금융지주회사가 영위하는 고유사업은 과세사업에 해당하므로 관련 매입세액은 공제되어야 하는 지 여부

자회사 등에 계속적‧반복적으로 용역을 유상으로 공급하였다고 볼 자료가 없어 부가가치세법상 과세사업을 영위하였다고 볼 수 없을 뿐 아니라 장래에 과세사업을 영위하였다고 판단하기에 무리가 있으나, 원고가 해당 과세기간 동안 얻은 상표권 매각수익 등의 기타수익은 주된 사업인 비과세사업에 부수하여 일시적으로 재화 또는 용역을 공급한 것에 불과하므로 구 부가가치세법 제14조 제2항 제1호에 따라 해당 과세기간의 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 하는 바, 원고의 예비적 주장은 이유 있다

사 건 부가가치세경정거부처분취소

원 고 AAA

피 고 aa 세무서장

변 론 종 결 2025. 9. 18.

판 결 선 고 2025. 12. 4.

주 문

1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

피고가 2020. 6. 5. 원고에게 한 2016년 제1기 부가가치세 ×××원의 경정거부처분 중 ×××원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송 총비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2020. 6. 5. 원고에게 한 별지 1 처분목록 ‘불복세액’란

기재 금액의 각 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고치거나 추가하고, 제2항과 같이‘원고의 예비적 주장에 관한 판단’을 추가하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와

같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지 2를

포함하여 이를 인용한다.

○ 제1심판결 제3쪽 표 안 6행의 각 “×××”를 “×××”으로 고친다 .

○ 제1심판결 제4쪽 14행부터 제5쪽 2행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

“원고는 금융지주회사로서 부가가치세법상 비과세사업에 해당하는 ‘자회사 등에 대한

자금지원 업무’와 과세사업에 해당하는 ‘지주회사업’을 겸영하였다. 피고가 매출세액 공제를 거부한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다) 중 비과세사업에 실지귀속 되는 신용평가수수료 ×××을 제외한 나머지 금액은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하므로, 부가가치세법 시행령 제81조 에 따라 안분하여 공제되어야 한다. 피고는 이 사건 매입세액을 전액 공통매입세액으로 보아 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 의 ‘공급가액 비율’에 따라 안분 계산하여 이 사건 처분을 하면서, 면세공급가액에 포함될 수 없는 자회사의 지배 내지 경영관리업무에서 발생하는 배당수익, 자금을 대여하고 받은 이자수익, 예금이자 수익을 전액 면세공급가액에 합산하여 계산한 결과 정당세액이 잘못 산출되었다. 원고의 공통매입세액은 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그중 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하여 ‘공급가액 비율’에 따라 안분할 수 없는 이상 공통매입세액을 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 제1호 의 ‘매입가액 비율’로 안분하여 계산하여야 하는데, 비과세사업에 관련된 매입가액이 존재하지 않으므로 원고의 공통매입세액은 그 전액이 매출세액에서 공제되어야 한다.”

○ 제1심판결 제5쪽 아래에서 2행과 1행 사이에 아래 내용을 추가한다.

“구 부가가치세법 제38조 제1항 은 ‘매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호

의 금액을 말한다’고 정하면서 같은 항 제1호에서 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 들고있고, 같은 법 제39조 제1항은 ‘제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 정하면서 같은 항 제7호에서 ‘면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 들고 있으며, 같은 법 제40조는 ‘사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ”공통매입세액“이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 ”공통매입세액 안분기준“이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다’고 정하고 있다.”

○ 제1심판결 제9쪽 아래에서 3행부터 아래에서 2행 “하더라도,”까지 부분을 아래와

같이 고쳐 쓴다.

“구 부가가치세법 시행령 제3조 제1항 은 ‘법 제2조 제2호에 따른 용역은 재화 외에

재산 가치가 있는 다음 각 호의 사업에 해당하는 모든 역무와 그 밖의 행위로 한다’고 규정하면서 같은 항 제5호에서 ‘금융 및 보험업’을 정하고 있고, 구 부가가치세법 시행령 제4조 제1항 은 ‘재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다’고 정하고 있으며, 한국표준산업분류(2017. 1. 13. 통계청고시 제2017-13호)가 지주회사업(분류코드 64992)을 금융 및 보험업에 속하는 산업으로 분류하고 있기는 하다. 그러나”

○ 제1심판결 제10쪽 아래에서 2행 “달리한다.” 다음에 아래 내용을 추가한다.

“또한, 원고가 그 근거로 든 서울고등법원 2017. 6. 21. 선고 2016누54574 판결, 서

울고등법원 2022. 11. 15. 선고 2022누44400 판결 역시 해당 사건의 원고인 금융지주

회사가 타 회사에 경영자문을 제공하고 매월 일정액의 자문수수료 등을 지급받거나 자

회사로부터 브랜드 사용료 수익을 수취하는 등 부가가치세법상 과세사업을 영위하는

것으로 평가할 수 있었던 사안으로, 원고가 자회사 등에 계속적ㆍ반복적으로 용역을

유상으로 공급하였다고 볼 자료가 없어 부가가치세법상 과세사업을 영위하였던 것으로

볼 수 없는 이 사건과는 사실관계를 달리하여 원용할 수 없다.

원고는 대법원 1989. 5. 23. 선고 88누7521 판결을 근거로 들어 특정 과세기간에 과세매출이 발생하였는지 여부와 과세사업의 영위 여부가 무관하다고 주장한다. 그러나 해당 사건은 부가가치세법상 과세사업에 해당하는 육가공품 제조ㆍ판매업을 주된 사업으로 하는 사업자가 주된 사업의 개시에 앞서 이미 갖추어진 기계 설비를 이용하여 임시로 부가가치세 면세사업(포장육 생산ㆍ판매업)을 영위하였음을 전제로 해당 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자에 해당한다고 판단한 사건인 반면, 원고의 경우 자회사 등에 용역을 유상으로 공급하는 것을 내용으로 하는 부가가치세법상 과세사업을 영위하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 장래에 그와 같은 과세사업을 영위할 것이 예정되어 있었다고 볼 근거도 없으므로(주된 사업인 용역의 무상공급 사업에 부수하여 일시적으로 소액의 기타수익이 발생하였을 뿐이다), 위 대법원 판결을 근거로 원고가 부가가치세법상 과세사업을 영위하였다고 판단하기에는 무리가 있다.”

○ 제1심판결 제13쪽 22행과 23행 사이에 아래 내용을 추가한다.

“제14조(부수 재화 및 부수 용역의 공급)

② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다.

1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

2. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산 과정이나 용역의 제공 과정에서 필연적으로 생기는 재화

제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

제40조(공통매입세액의 안분)

사업자가 과세사업과 면세사업 등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다.”

2. 원고의 예비적 주장에 관한 판단

가. 예비적 주장의 요지

원고가 부가가치세법상 비과세사업만을 영위하는 사업자에 해당한다고 볼 경우, 원고는 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지의 각 부가가치세 과세기간 동안 얻은 수익에 대하여 부가가치세 납세의무를 부담하지 않는다. 그럼에도 피고는 원고가 납부한 2016년 제1기 부가가치세 ×××원 가운데 재조사 결정에 따른 환급세액 ×××원만을 원고에게 환급하였는바, 나머지 금액인 ×××원(= ×××원 –×××원) 역시도 환급되어야 한다. 따라서 피고가 원고에게 한 2016년 제1기 부가가치세 경정거부처분 중 위 ×××원 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 관련 규정 및 법리

가) 과세처분 취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 그 전부를 취소할 것이 아니다(대법원 1986. 1. 21. 선고 84누772 판결, 대법원

2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 등 참조).

나) 구 부가가치세법 제14조 제2항 은 ‘주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역’을 정하고 있다.

2) 구체적 판단

원고가 2016년 제1기에 상표권 매각 관련 ×××원의 과세매출이 있는 것으로 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고하고 2016년 제1기 부가가치세 ×××원을 납부한 사실, 원고가 2020. 2. 3. 2016년 제1기 부가가치세 ×××원의 환급을 구하는 취지의 감액경정청구를 하였으나, 피고는 2020. 6. 5. 이를 모두 거부하는 내용의 당초 처분을 한 사실, 이후 피고는 조세심판원의 재조사 결정에 따라 원고에게 2016년 제1기 부가가치세 ×××원을 환급한 사실은 앞서 인정한 바와 같다.

그런데 앞서 판단한 바와 같이 원고가 2016년 제1기부터 2019년 제1기까지의 각 부가가치세 과세기간 동안 과세사업을 영위하였다고 볼 수 없고, 원고가 해당 과세기간 동안 얻은 상표권 매각 수익 등의 기타수익은 주된 사업인 비과세사업에 부수하여 일시적으로 재화 또는 용역을 공급하여 발생한 것에 불과하다. 따라서 원고가 2016년 제1기에 얻은 상표권 매각 수익 ×××원은 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급된 재화 또는 용역의 대가로서, 구 부가가치세법 제14조 제2항 제1호 에 따라 그 과세 여부는 주된 사업인 비과세사업의 과세 여부에 따라야 한다. 그렇다면 위 ×××원은 부가가치세의 과세대상으로 볼 수 없어 해당 과세기간의 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 하는바, 조세심판원의 재조사 결정에도 불구하고 원고에게 환급되지 않은 2016년 제1기 부가가치세 ×××원(= ×××원 –×××원)은 원고에게 납세의무가 없는 금액이므로, 피고가 위 금액에 관하여 원고의 부가가치세 경정청구를 거부한 것은 위법하다.

따라서 피고가 2020. 6. 5. 원고에게 한 2016년 제1기 부가가치세 ×××원의 경 정거부처분 중 ×××원(= ×××원 –×××원)을 초과하는 ×××원 부분은 위법하여 취소되어야 한다. 이를 지적하는 원고의 예비적 주장은 이유 있다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이

유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의

항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 위 인정범위에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하

고, 그 취소 부분에 해당하는 2016년 제1기 부가가치세 경정거부처분 중 일부를 취소

하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.