주택에 대한 임대사업자등록이 2020. 8. 18. 개정된 민간임대주택법에 따라 말소됨에 따라 해당 임대주택을 종합부동산세 합산배제에서 제외한 처분의 당부 등

이 사건 1주택에 대한 임대사업자등록이 민간임대주택법에 따라 말소되었으므로 해당 주택은 종합부동산세 합산배제에 해당하지 않고, 이 사건 2, 3주택에 대한 지분에 대한 임대사업자등록 신청이 2020. 7. 11. 이후에 있었으므로 해당 주택지분은 2020. 7. 11. 이후 종전의 민간임대주택법 제5조 제1항에 따라 등록신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에 해당하여 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 8호 단서 같은 호 (나)목 3)이 적용되어 합산배제 임대주택에서 제외됨

사 건

2023구합1408 종합부동산세등부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 6. 12.

판 결 선 고

2025. 8. 14.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 6. 13. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 종합부동산세 32,136,880원 및 농어촌특별세 6,427,370원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1. 현재 ① 원고가 거주하는 서울 ○○구 ●●로 ***, 1**동 6**호(●●동, ●●아파트) 아파트(이하 ‘이 사건 거주주택’이라 한다), ② ◉◉시 □□구 ■■로 **, 1**동 5**호(△△동, ▽▽아파트) 아파트(이하 ‘이 사건 제1주택’이라 한다), ③ ◉◉시 ▲▲구 ▼▼로 ***, 1**동 1**호(◇◇동, ◆◆단지) 아파트(이하 ‘이 사건 제2주택’이라 한다), ④ ◉◉시 ◎◎구 ★★★로 **, 1**동 3**호(★★동, ☆☆단지) 아파트(이하 ‘이 사건 제3주택’이라 한다)를 소유한 사람이다.

나. 피고는 2021. 11. 30. 이 사건 거주주택을 제외한 이 사건 제1 내지 3주택이 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택(이하 ‘합산배제 임대주택’이라고만 한다)에 해당한다고 보고 원고에게 2021년 귀속 종합부동산세 4,027,680원 및 농어촌특별세 805,530원 합계 4,833,210원을 결정·고지하였다.

다. 이후 피고는 이 사건 제1 내지 3주택이 합산배제 임대주택에 해당하지 않는 것으로 보고 2022. 1. 6. 원고에게 2021년 귀속 종합부동산세 33,272,562원 및 농어촌특별세 6,654,512원 합계 39,927,074원을 과세예고하였다.

라. 이에 원고가 2022. 2. 15. 피고에게 과세전적부심사청구를 하였고, 국세심사위원회는 2022. 4. 14. 원고가 이 사건 제1 내지 3주택 소재지(◉◉시)에 대한 조정대상지역 지정공고가 있은 날(2020. 6. 19.) 이전에 이 사건 제2주택의 1/2 지분과 이 사건 제3주택의 1/100 지분을 취득하여, 2020. 7. 11. 이전인 2020. 7. 7. 장기일반민간임대주택으로 변경 신고하여 계속 임대사업 중이므로 이 사건 제2주택의 1/2 지분과 이 사건 제3주택의 1/100 지분은 합산배제 임대주택에 해당하나 원고가 2020. 7. 11. 이후 원고의 동생 소외 BBB으로부터 취득한 이 사건 제2주택의 1/2 지분(이하 ‘이 사건 제2주택 지분’이라 한다)과 이 사건 제3주택의 99/100 지분(이하 ‘이 사건 제3주택 지분’이라 하고, 이 사건 제2, 3 주택지분을 통틀어 지칭할 때에는 ‘이 사건 주택지분’이라 한다)은 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다는 ‘일부채택’결정을 하였다.

마. 피고는 2022. 6. 14. 위 결정에 따라 이 사건 제1주택, 이 사건 제2주택의 1/2 지분, 이 사건 제3주택의 99/100 지분이 합산배제 임대주택에 해당하지 않는 것으로 보고 원고에게 2021년 귀속 종합부동산세 32,136,880원 및 농어촌특별세 6,427,370원을 경정·고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)

바. 원고가 이에 불복하여 2022. 9. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 12. 29. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법성에 관한 판단

가. 원고의 주장 요지

1) 주위적으로, 이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 위법하여 취소되어야 한다.

① 이 사건 제1주택과 관련하여, 원고는 민간임대주택법에 관한 특별법(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다) 제5조, 같은 법 시행령 제4조 제6항, 같은 법 시행규칙 제2조 제4항에 따른 임대사업자등록(이하 ‘임대사업자등록’이라 한다)을 마친 후 2018. 7. 10.부터 2022. 7. 10.까지 4년간 위 주택을 적법하게 임대하였다. 그럼에도 피고는 임대사업자등록말소 예고도 하지 않고 임차인에 대한 퇴거명령도 내리지 않은 채 일방적으로 임대사업자등록을 말소하고 위 주택을 합산배제 임대주택에서 제외하였는바 이는 국민의 국가기관에 대한 신뢰를 파기하는 것으로 수탈 혹은 가렴주구에 해당한다(제1주장).

② 이 사건 제2, 3주택은, 당초 원고와 BBB의 공동소유로 원고와 BBB이 공동으로 임대사업자등록을 마치고 임대하였는데, 원고가 2020. 7. 11. 이후 BBB이 보유하던 이 사건 주택지분을 각 매입하여 BBB의 임대사업자 지위를 포괄적으로 승계하였다. 원고는 ○○구청과 ◉◉시에 위와 같은 변동사항을 적법하게 신고하였고, 위 행정청으로부터 아무런 보정명령이나 시정명령을 받은 적이 없다. 원고와 BBB은 2020. 7. 7. 당시 이 사건 제2, 3 주택에 대한 공유자 및 공동임대사업자 지위에 있었고, 그 후 원고가 BBB으로부터 이 사건 주택지분을 매수하기는 하였으나 임대주택 수를 비롯한 사업장 상황에는 변동이 없었다. 이 사건 2, 3주택을 현재 임대주택으로 등록되어 원고는 차임인상률 제한 등 여러 의무를 부담하고 있으므로, 피고가 이 사건 주택지분을 합산배제 임대주택에서 제외한 것은 신의칙에 반한다. 피고는 원고가 BBB으로부터 이 사건 주택지분을 각 매수하였을 당시 임대사업자등록을 말소하거나 혹은 합산배제 임대주택에 포함시켰어야 한다(제2주장)

2) 예비적으로, 이 사건 처분의 근거가 된 종합부동산세법이 헌법에 위반되므로 이와 같은 위헌인 법률에 근거한 이 사건 처분 역시 위법하여 취소되어야 한다.

나. 주위적 주장에 대한 판단

1) 제1주장에 대한 판단

원고는 피고가 이 사건 제1주택을 합산배제 임대주택에서 제외한 것은 국민의 국가기관에 대한 신뢰를 파기한 것으로 수탈 혹은 가렴주구에 해당한다고 주장하는바, 이를 신뢰보호의 원칙을 위반 주장으로 선해하여 판단한다.

가) 인정사실

앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따르면, 원고가 2012. 11. 30. 이 사건 제1주택을 취득하여 2013. 1. 28. 단기민간임대주택(매입)으로 민간임대주택법상 임대사업자등록을 마치고 임대하기 시작한 사실, 원고가 이 사건 제1주택을 2018. 7. 10.부터 2022. 7. 10.까지 임차인 CCC에게 임대한 사실, 서울특별시 ○○구청장이 2020. 10. 6. 원고의 임대사업자등록(2013-○○구-임대사업자-3*38)을 구 민간임대주택법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되고 2021. 3. 16. 법률 제17944호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법’이라 한다) 제6조 제5항에 따라 말소된 사실이 인정된다.

나) 관련 규정의 개정 내용

구 종합부동산세법(2021. 9. 14. 법률 제18449호로 개정되고, 2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법’이라 한다)은 제8조 제2항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.”라고 규정하면서 제1호로 “민간임대주택법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택”이라고 규정하였고, 위 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32425호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법 시행령’이라 한다) 제3조 제1항은 “법 제8조 제2항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 주택’이란 공공주택 특별법 제3조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 ‘임대사업자’라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 ‘합산배제 임대주택’이라 한다)을 말한다.”라고 하여 각 호로 세부 내용을 규정하였다.

한편 구 민간임대주택법(2020. 8. 18. 법률 제17482호고 개정되기 전의 것) 제2조 제7호는 “‘임대사업자’란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.”라고 규정하고, 제5조는 임대사업자의 등록에 관하여 규정하면서 제2항에서 그 종류를 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택(제2호), 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택(제3호)으로 구분하였다. 그런데 민간임대주택법이 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되면서 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택의 임대기간이 종전 8년에서 10년으로 연장되었고(제2조 제4호), 장기일반민간임대주택에서 ‘아파트를 임대하는 민간매입주택’이 제외되었으며(제2조 제5호), 민간임대주택법의 정의 규정(제2조 제6호) 및 임대사업자 등록 구분 규정(제5조 제2항)에서 ‘단기민간임대주택’이 각 삭제되었고, 제6조 제5호로 “종전의 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.”는 규정을 두었으며, 부칙 제7조에서 “제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.”라고 규정하였다.

이러한 관련규정의 개정에 의해, 구 민간임대주택법 부칙 제7조, 제1조에 따라 단기민간임대주택의 임대의무기간이 위 법 시행일 전에 경과된 경우에는 구 민간임대주택법 제6조 시행일에 단기임대사업자등록이 말소되게 되었고, 이에 따라 임대사업자등록이 말소된 자는 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 이 정하는 합산배제 임대주택의 요건 중 ‘ 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자일 것’에 해당할 수 없게 되어 그 소유 임대주택이 종합부동산세의 과세표준의 합산배제 대상이 되는 임대주택 범위에서 제외되고 비과세 범위가 축소되었다.

다) 신뢰보호의 원칙 위반 여부

(1) 종래 구 민간임대주택법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것)에서 단기민간임대주택 유형의 임대사업자등록을 허용하여 단기민간임대주택의 경우 종합부동산세 과세표준에 있어 합산배제 임대주택이 되어 왔다고 하더라도, 조세감면 또는 우대조치에 있어서 혜택이 있었다고 하여 그것이 반드시 지속되어야 하는 것은 아니고(헌법재판소 2012. 4. 24. 선고 2010헌가87 결정의 취지 참조), 조세감면대상의 범위 등 구체적인 내용의 형성에 관하여는 보다 광범위한 입법재량이 인정되므로 그 내용이 명백히 불합리하거나 불공정하지 않는 한 입법부의 정책적인 판단은 존중되어야 하는 것이다(헌법재판소 2011. 6. 30. 선고 2009헌바199 결정 참조). 그러므로 조세감면이나 우대조치에 대한 기대나 신뢰가 영구히 보호할 필요나 가치가 있는 것이라고 할 수는 없다.

조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼, 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서, 특별한 사정이 없는 한 현재의 세법이 변함없이 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수 없으며, 조세감면조치란 잠정적인 것으로서 장래에 축소 내지 폐지되는 방향으로 개정될 수 있으리라는 것도 충분히 예측할 수 있으므로, 원고에게 그 존속에 대한 신뢰가 존재한다고 하더라도 신뢰보호의 필요성이 크다고 볼 수는 없다.

(2) 구 민간임대주택법이 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되면서 단기민간임대주택 제도를 폐지하고, 아파트를 장기일반민간임대주택에서 제외하였는데, 그 취지는 ‘민간임대주택에 대해서는 임차인의 주거안정 지원을 위하여 실질적인 전월세상한제, 계약갱신요구권 및 임대차신고제 등 공적인 규제가 적용되는 대신 등록 임대사업자에게 세제혜택 등을 부여하여 왔으나, 월세상한제, 계약갱신요구권이 일반 임대주택에도 도입됨에 따라 일반 임대주택과의 차별성이 희박해진 단기민간임대주택을 폐지하고, 또한 매물 부족을 초래하여 주택시장 과열요인이 될 수 있는 아파트 장기일반민간매입임대주택 유형을 폐지하기 위한 것’이었다. 이처럼 일반 임대주택과 크게 차이가 없는 상태의 단기민간임대주택을 통해 종합부동산세 과세표준에서 합산배제 되는 비과세 혜택을 받던 원고가 임대주택법상 임대사업자등록이 말소되어 결과적으로 그 비과세 혜택을 잃게 되었더라도, 원고의 그러한 단기민간임대주택 제도와 이를 통한 종합부동산세 비과세 혜택에 대한 신뢰이익보다는 임대주택에 있어서의 조세부담 형평성 회복과 부동산 과다 보유 및 투기 수요 차단, 실수요자 보호 등 종합부동산세법의 입법목적의 실현이라는 공익이 보다 중대하다고 할 것이다. 따라서 원고가 단기민간임대주택을 통해 임대사업자로 등록할 수 없게 되고 종합부동산세 과세표준 합산배제 혜택을 받을 수 없는 내용으로 관련 법령이 개정되었더라도, 이 사건 제1주택에 대하여 계속 종합부동산세 과세표준 합산배제 혜택을 받을 것이라는 원고의 신뢰보다 위와 같은 민간임대주택법 및 종합부동산세법의 정책적 목적 실현이 보다 중대한 공익이라는 점에서 위 주택을 합산배제 임대주택에서 제외한 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위반된다고 할 수 없다.

(3) 결국 구 민간임대주택법의 개정 및 그로 인한 종합부동산세 과세표준 합산배제 혜택의 폐지나 그러한 내용의 관련 법령에 근거한 이 사건 처분은 모두 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

(4) 한편, 이 사건 제1주택에 대한 임대사업자등록은 구 민간임대주택법 제6조 , 부칙 제7조, 제1조에 따라 말소된 것이므로, 피고가 원고에게 임대사업자등록말소를 예고할 의무가 있다거나 임대사업자등록말소 전 임차인에 대한 퇴거명령을 내릴 의무가 있다고 볼 수도 없다.

(5) 이에 대하여 원고는 피고가 2023년 및 2024년 귀속 종합부동산세를 부과하면서 이 사건 제1주택을 과세표준에서 합산배제하였으므로, 그와 동일한 사실관계에 있는 2021년 귀속 종합부동산세에서도 위 주택을 합산배제 임대주택에 포함시켜야 한다고도 주장한다. 그러나 이 사건 제1주택이 합산배제 임대주택에서 제외된 이유는 구 민간임대주택법이 개정되어 단기민간임대주택제도가 폐지되었기 때문이고, 위 주택이 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당한다고 볼 아무런 법적 근거가 없는 이상 이 사건 제1주택이 2023년 및 2024년 귀속 종합부동산세 과세표준에서 배제되었다는 이유만으로 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 제1주장은 받아들이지 아니한다.

2) 제2주장에 대한 판단

(1) 원고와 BBB은 2011. 5. 6. ◉◉시 ◎◎구 ★★동 ***, 가동 3*호 각 1/2 지분을 매수하였는데, 위 주택이 이 사건 제2주택으로 재건축됨에 따라 원고와 BBB은 이 사건 제2주택의 1/2 지분을 각각 취득하였다(소유권보존등기일 2020. 4. 28.). 그 후 원고는 2020. 9. 11. BBB이 보유한 1/2 지분(이 사건 제2주택 지분)을 이전받아 이 사건 제2주택 전부를 소유하게 되었다.

(2) 원고와 BBB은 2010. 12. 30. ◉◉시 ◎◎구 ★★동 *** 외 1필지 **동 1**호의 지분(원고 1/100, BBB 99/100)을 각각 매수하였는데 위 주택이 이 사건 제3주택으로 재건축됨에 따라 원고와 BBB은 이 사건 제3주택의 지분(원고 1/00, BBB 99/100)을 각각 취득하였다(소유권보존등기일 2020. 5. 8.). 그 후 원고는 2020. 10. 5. BBB이 보유한 99/100 지분(이 사건 제3주택 지분)을 이전받아 이 사건 제3주택 전부를 소유하게 되었다.

(3) 원고와 BBB은 2012. 10. 2. 공동임대사업자등록을 하였다(등록번호 2012-○○구-임대사업자-****, 이하 ‘이 사건 공동임대사업자등록’이라 한다). 원고와 BBB은 2020. 7. 7. 이 사건 제2, 3주택을 단기민간임대주택(매입)으로 추가 등록하고, 같은 날 이를 모두 장기일반민간임대주택(8년)(매입)으로 등록사항을 변경하였다. 이후 원고가 위 (1), (2)항과 같이 BBB 소유의 이 사건 주택지분을 취득함에 따라, 민간임대주택법 제6조 제1항 제5호 에서 정한 임대의무기간 내 사업자간 주택 양도에 해당되어, 이 사건 제2주택은 2020. 10. 14., 이 사건 제3 주택은 2020. 11. 25. 등록사항에서 각 말소되었고, 이 사건 공동임대사업자등록은 2020. 11. 25. 말소[영업구분(폐업)]되었다.

(4) 원고는 2020. 10. 6. 임대사업자등록(등록번호 020-○○구-임대사업자-****, 이하 ‘이 사건 임대사업자등록’이라 한다)을 하고, 이 사건 제2, 3주택을 장기일반민간임대주택(8년)(매입)으로 등록하였다.

(5) 국토교통부장관은 2020. 6. 19. **도 ◉◉시 전역을 주택법 제63조의2 제4항 의 규정에 따라 조정대상지역으로 지정하여 공고하였다.

(6) 이 사건 제2, 3 주택의 임대료 등의 증가율은 100분의 5를 초과하지 않는다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4호증, 을 제1, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나) 관련 법령

(1) 이 사건 처분 당시 시행된 종합부동산세법령에 따르면, ① 주택에 대한 종합부동산세 과세표준은, 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 법 제8조 제1항 각호의 금액을 공제한 금액에 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 하고(제8조 제1항), ② 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하는 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택 등으로서 일정한 요건 1) 을 모두 갖춘 주택(합산배제 임대주택)의 경우에는, 종합부동산세법 제8조 제1항 에 따른 과세표준의 합산의 대상이 되는 주택의 대상에 포함되지 않는 것으로 본다[제8조 제2항 제1호, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 본문]. ③ 다만, ‘2020. 7. 11. 이후 종전의 민간임대주택법 제5조 제1항 에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택’의 경우에는, 합산배제 임대주택에서 제외된다[구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 단서 (나)목 3)].

(2) 한편, 이 사건 처분 당시 시행된 민간임대주택법(2021. 3. 16. 법률 제17944호로 개정되어 2021. 5. 17. 시행된 것)에 따르면, ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있고(제5조 제1항), ② 위 등록은 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택, 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택으로 구분된다(제5조 제2항). ③ 위 법에 따르면, 장기일반민간임대주택이란, 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트( 주택법 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말하고(제2조 제5호), ④ 민간매입임대주택이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다(제2조 제3호).

다) 판단

살피건대, 위 관련 법령의 규정에, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 더하여 보면, 피고가 이 사건 주택지분을 합산배제 임대주택에서 제외하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

(1) 앞서 본 바와 같이, ‘2020. 7. 11. 이후 종전의 민간임대주택법 제5조 제1항 에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택’은 합산배제 임대주택에서 제외된다[구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 8호 단서 (나)목 3)].

(2) 이 사건 제2, 3주택은 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트로 임대사업자인 원고가 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택에 해당한다.

(3) 피고가 이 사건 처분을 하면서 합산배제 임대주택에서 제외한 것은 이 사건 주택지분으로, 원고가 취득한 BBB 보유 지분에 해당한다.

(4) 원고가 2020. 9. 11. 이 사건 제2주택 지분을 취득하였고, 같은 해 10. 6. 위 지분에 대한 이 사건 임대사업자등록을 하였으므로, 위 지분에 대한 이 사건 임대사업자등록 신청은 2020. 7. 11. 이후에 있었음이 명백하다.

(5) 마찬가지로 원고가 2020. 10. 5. 이 사건 제3주택 지분을 취득하였고, 같은 달 위 지분에 대한 이 사건 임대사업자등록을 하였으므로, 이 사건 제3주택 지분에 대한 이 사건 임대사업자등록 신청도 2020. 7. 11. 이후에 있었음이 명백하다.

(6) 그렇다면, 원고가 BBB으로부터 취득한 이 사건 주택지분은 ‘2020. 7. 11. 이후 종전의 민간임대주택법 제5조 제1항 에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택’에 해당하여, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 8호 단서 같은 호 (나)목 3)이 적용되어 합산배제 임대주택에서 제외된다.

(7) 이에 대하여 원고는, 원고가 BBB의 공동사업자 지위를 포괄승계하였으므로 이 사건 주택지분 또한 합산배제 임대주택에 포함되어야 한다고 주장한다. 그러나 ① 종합부동산세법의 취지가 과세대상 재산을 보유하는 자에게 1차로 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고, 2차로 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 금액을 초과하는 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써, 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격 안정을 도모하고자 하는 데에 있는 점( 종합부동산세법 제1조 ), 2) ② 주택에 대한 종합부동산세 과세표준은 ‘납세의무자 별’로 주택의 공시가격을 합산한 금액을 기준으로 하는데(제8조 제1항), 종합부동산세 주택분 ‘납세의무자’는 과세기준일 현재 주택분 ‘재산세 납세의무자’이고( 종합부동산세법 제7조 제1항 ), 공유재산의 경우 그 ‘지분권자’가 재산세 납세의무자이므로( 지방세법 제107조 제1항 ), 결국 이 사건과 같이 공유재산의 지분이 변동된 경우에는 종합부동산세 주택분 납세의무자 및 과세표준 역시 변동되는 점, ③ 그렇다면 이 사건 주택지분의 경우 소유자가 BBB에서 원고로 변경되어 종합부동산세 납세의무자 또한 BBB에서 원고로 변경되었으므로, 그 과세표준 합산 대상 포함 여부는 납세의무자인 원고를 기준으로 판단해야 하는 점, ④ 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건주택지분은 원고에 대한 합산배제 임대주택에는 포함되지 않고, ⑤ 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 8호 단서 (나)목 3) 등에서 이 사건과 같이 ‘2020. 7. 11. 당시 합산배제 임대주택에 포함될 수 있는 공동임대사업자등록이 있었던 경우 그 이후에 임대사업자등록신청이 있었더라도 합산배제 임대주택에 포함한다는 등의 경과규정’을 찾을 수 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 주택지분은 합산배제 임대주택에 포함되지 않는다고 봄이 타당하고, 원고가 주장하는 다른 사정들만으로는 이 사건 주택지분이 합산배제 임대주택에 포함된다고 할 수 없다. 따라서 원고의 제2주장도 받아들이지 않는다.

다. 예비적 주장에 대한 판단

헌법재판소는 2024. 5. 30. 구 종합부동산세법(2021. 9. 14. 법률 제18449호로 개정되고, 2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항, 구 종합부동산세법(2020. 8. 18. 법률 제17478호로 개정되고, 2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항, 구 종합부동산세법(2020. 6. 9. 법률 제17339호로 개정된 것) 제9조 제4항, 구 종합부동산세법(2020. 8. 18. 법률 제17478호로 개정되고, 2022. 9. 15. 법률 제18977호로 개정되기 전의 것) 제9조 제5항을 비롯한 2021년 귀속 주택분 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과 근거 규정에 대해 조세법률주의, 포괄위임금지원칙, 과잉금지원칙, 조세평등주의, 소급입법금지원칙, 신뢰보호원칙 등에 어긋나지 않고 재산권 등 기본권을 과도하게 침해하지 않아 헌법에 위반되지 않는다고 결정하였다(헌법재판소 2024. 5. 30. 선고 2022헌바238 등 결정 참조). 원고의 이 사건에서의 주장은 위 헌법재판소에서 배척된 주장과 크게 다르지 않고, 그 밖의 원고가 주장하는 여러 사정들을 살펴보아도 위 종합부동산세 부과의 근거 법률이 위헌이라고 보기 어렵다.

따라서 이와 전제를 달리하여 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 예비적 주장은 받아들이지 않는다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지

관 계 법 령

▣ 구 종합부동산세법(2021. 9. 14. 법률 제18449호로 개정되고, 2022. 12. 31. 법률 제19200호로 개정되기 전의 것)

제8조(과세표준)

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억 원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

부칙<제18449호, 2021. 9. 14.>

제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행일이 속하는 연도에 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

▣ 구 종합부동산세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32425호로 개정되기 전의 것)

제3조(합산배제 임대주택)

① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

가. 적용요건

1) 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것

2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항 에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.

3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

나. 제외되는 주택

1) 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 세대원이 새로 취득(제7항제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역( 「주택법」 제63조의2제1항제1호 에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호 에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]

2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호 에 따른 장기일반민간임대주택

3) 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제1항 에 따라 등록신청한 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택

4) 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제6호 에 따른 단기민간임대주택으로 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제4호에 따른 공공지원 민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택

▣ 구 민간임대주택에 관한 특별법(2020. 8. 18. 법률 제17219호로 개정되기 전의 것)

제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.

제5조【임대사업자의 등록】

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

1. 삭제 <2018. 1. 16.>

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택

제6조【임대사업자 등록의 말소】

① 시장·군수·구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는

일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

1. ~ 4. 생략

5. 제43조 제2항에 따라 민간임대주택을 양도한 경우

제43조【임대의무기간 및 양도등】

① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조제4호부터 제6호까지의 규정에 따른 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.

▣ 구 민간임대주택에 관한 특별법(2020. 8. 18. 법률17482호로 개정되고 2021. 3. 16. 법률 제17944호로 개정되기 전의 것)

1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. 삭제

제5조 【임대사업자의 등록】

1. 삭제<2018. 1. 16.>

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

⑥ 제1항 각 호(제5호는 제외한다) 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다.

제43조【임대의무기간 및 양도】

① 임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조 제4호 또는 제5호의 규정에 따른 기간(이하 “임대의무기간”이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

② 제1항에도 불구하고 임대사업자는 임대의무기간 동안에도 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 시장·군수·구청장에게 신고한 후 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있다. 이 경우 양도받는 자는 양도하는 자의 임대사업자로서의 지위를 포괄적으로 승계하며, 이러한 뜻을 양수도계약서에 명시하여야 한다.

③ ~ ⑤ 생략

⑥ 임대사업자는 제3항에 따라 신고된 장기일반민간임대주택과 제5항에 따라 신고가 수리된 공공지원민간임대주택을 양도할 수 있다.

부칙(법률 제17482호, 2020. 8. 18.)

제1조(시행일)

이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조제1항제12호, 제48조제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다.

제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치)

제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.

▣ 구 민간임대주택에 관한 특별법(2021. 3. 16. 법률 제17944호로 개정된 것)

제2조【정의】

5. “장기일반임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)을 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

제5조(임대사업자의 등록)

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택. 끝.

1) 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 (가)목 1) 내지 3)의 적용요건을 말한다.

2) 헌법재판소 2024. 5. 30. 선고 2022헌바238, 242, 244, 245, 246, 270, 289, 290, 291, 292, 302, 304, 305, 308, 311, 320, 331, 2023헌바36, 37, 56, 62, 93, 94, 114, 130, 131, 140, 141, 159, 167, 171, 176, 190, 218, 226, 241, 243, 246, 279, 290, 304, 310, 311, 338, 387, 388, 389, 409, 410, 411, 412, 413, 426, 431, 432, 450(병합) 결정(이하 ‘2022헌바 238 등’이라 한다.