대토협약 및 건축물에 대한 건축지원금을 수령한 경우, 소득세법 제88조 제2호 가목에 따른 환지로 볼 수 있지 여부와 소득구분

○(사실관계)원고는 ’14.8.19. 취득한 마포구 소재 토지·건축물을 조합 서울시 **구 **동 내 **제*주택재개발정비사업조합

에 철거가능상태이전 조건으로 양도

-원고는 종전 토지대신 대토부지를 받고, 건물에 대하여 건축지원금 2,078백만원을 수령하였으나 환지로 보아 관련 양도소득세 신고누락

○(과세처분)처분청은 ’19.5. 양도소득세 조사 후, 원고 수령 건축지원금을 유상이전에 대한 양도소득세 과세대상으로 보아 1,199백만원 경정・고지

○ 정비사업조합과 체결한 대토협약에 따라 대토와 건축지원금을 수령한 경우, 소득세법 제88조에 따른 환지로 볼 수 있지 여부

○ 건축지원금 수취와 동시에 노유자시설 건축의무 있는 경우 소득발생 여부

○ 건축지원금 경위가 같은 인근 토지와 평등원칙 위배여부

○ 이 사건 건축지원금의 소득구분 (양도소득 vs. 기타소득)

○ 가산세를 면제할 수 있는 정당한 사유의 존재

이 유

이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래 제2항과 같이 일부 내용을 고쳐 쓰

거나 추가하고, 원고가 새로이 추가한 주장에 관하여 아래 제3항과 같이 추가로 판단

하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제

420조 본문에 따라 별지 및 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심판결 제2면 ‘이유’ 아래 제4행의 “‘이 사건 재개발’이라고 한다”를 “‘이 사건 재

개발사업’이라 하고, 그 정비구역을 ‘이 사건 재개발정비구역’이라 한다”로 고쳐 쓴

다.

○ 제1심판결 제6면 제2행 및 제14면 아래에서 제3행의 “2016. 12. 20. 법률 제14389

호로 개정되기 전의 것”을 “2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것”으로

각 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제6면 제15행의 “갑 제16, 17, 25호증, 을 제4호증”을 “갑 제16, 17, 21,

22, 25호증, 을 제4, 7, 8호증”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제7면 각주 4) 제1행의 “2017. 2. 8. 법률 제14568호로 전부개정되기 전

의 것”을 “2017. 10. 24. 법률 제14943호로 개정되기 전의 것”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8면 제11행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

『마) 원고는 이 사건 협약 당시 이 사건 조합과 이 사건 건축물을 환지 대상에 포함하기로 합의하였다고 주장한다. 살피건대, 갑 제16, 17, 21, 22호증의 각 기재에 의하

면 이 사건 조합이 2019. *. 17., 2019. *. 27., 2019. **. 21., 2021. *. 24. 원고에게

‘향후 이 사건 건축물이 환지 대상에 포함될 수 있다’는 취지의 공문들을 보낸 사실은

인정되나, 앞서 든 각 증거와 인정사실에 비추어 알 수 있는 바와 같이 이 사건 조합

의 관리처분계획인가 당시 이 사건 각 부동산과 관련하여 그 중 이 사건 토지에 대하

여만 ‘획지5’를 대토로 받는 것으로 되어 있었고(위 2019. *. 17.자 공문에도 “당시에는

대토협의가 이루어지지 않음으로 인하여 관리처분인가서에 토지부분만 환지목록에 작

성되어 있는 상황입니다”라고 기재되어 있다), 이 사건 건축물을 환지 대상에 포함시키

기로 하는 확정적인 협의는 이루어지지 않았던 것으로 보이는 점, 이 사건 건축물이

환지 대상에 포함되기 위해서는 그 내용이 최종 관리처분계획에 반영되어야 하는데,

이 사건 조합은 최종 관리처분계획 수립을 위한 임시총회에서 ‘이 사건 토지는 이 사

건 대토로 (1:1) 대토보상하고, 이 사건 건축물에 대하여는 협의보상하는 취지’의 결의

를 하였고(을 제8호증 제32면 참조), 2022. *. 21. 최종 인가된 관리처분계획(변경)에서

도 이 사건 건축물은 환지 대상 목록에 포함되어 있지 아니한 점(을 제7호증 제2면 참

조) 등을 종합하면, 위 증거들만으로는 원고의 위 주장사실을 인정하기에 부족하고, 달

리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.』

○ 제1심판결 제8면 제14행의 “어렵고,”를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『어렵다. 한편 이 사건 대토 지상에 신축할 건축물의 주된 용도가 ‘유치원’이었다가

재정비촉진계획변경 등을 통해 ‘노유자시설’로 변경된 사정을 감안하더라도(갑 제8, 11,

12, 13, 38, 40호증 참조), 이 사건 협약에는 “(5) 대토부지 용도의 문제 - 이 사건 조

합과 원고는 대토부지의 용도문제에 대하여 수차례 협의한바 있으나 이견을 좁힐 수없어 본 계약과는 별도로 원고가 이 사건 조합과 관계기관에 공문으로 이의를 제기하

고 이 사건 조합은 본 내용에 대하여 지원 가능한 범위 내에서 지원한다.”라고 되어

있는 점, 그 후 원고는 2017. *. 3.경 이 사건 대토의 용도를 근린생활시설로 변경하려

고 하였고, 이 사건 조합도 이 사건 협약에 따라 해당 용도변경 절차에 협조하려 하였

던 것으로 보이는 점(원고가 오**로부터 이 사건 각 부동산을 매수하기 전 해당 유

치원은 이미 교육청 허가취소로 운영할 수 없는 상태였고, 원고도 유치원 원장 자격을

갖추지 못하는 등으로 유아교육법 제22조 제1항 별표 1에 따라 직접 유치원을 운영할

수 없는 상태였던 것으로 보인다) 등 제반 사정을 종합하면, 원고가 이 사건 협약에 의

하여 이 사건 조합의 노유자시설 등 건축의무를 대신 부담하게 되었다고 보기는 어렵

다.』

○ 제1심판결 제10면 제4행의 “어렵다.” 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『아울러 갑 제25, 27호증의 기재에 따르면, 이 사건 조합의 정관 제45조 제4항 제1호

가 분양신청을 하지 아니하여 현금청산대상자가 된 자에게는 그 해당하게 된 날부터

150일 이내에 현금청산하고, 청산금은 감정평가업자 2명 이상이 평가한 금액을 산술평

균하여 산정한다고 규정하고 있음에도, 원고는 현금청산일과 무관하게 이 사건 건축지

원금을 지급받은 점,1) 이 사건 건축지원금 2,078,750,000원은 새로운 건물의 신축에

필요한 건축비용 등을 기초로 산정된 금액으로, 이 사건 건축물의 감정평가금액인

558,597,535원을 훨씬 초과하는 점 등도 이 사건 건축지원금이 이 사건 건축물에 대한

청산금이 아님을 뒷받침한다.○ 제1심판결 제11면 제15, 16행의 “(한편 피고는 박**에 대하여도 양도소득세 부과

처분이 이루어졌다고 주장하고 있다)”를 “(피고는 박**에 대하여 양도소득세 부과

처분이 이루어졌다고 주장하면서도 그에 관한 구체적 근거자료는 제출하지 않다가,

이 사건 변론종결 이후 제출한 2025. 4. 23.자 참고서면을 통해 그 부과 내역에 대

해 간략히 언급하였다)”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제12면 제10행부터 제16행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『 2) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거와 인정사실에 비

추어 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 종합하면, 원고가 이 사건 처분에

따른 양도소득세를 납부하지 아니함에 있어 그 의무이행을 기대하기 어렵거나 이를 게

을리한 점을 탓할 수 없는 등의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 판단된다.

가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 건축지원금은 실질적으로 이 사건 건축물에 대

한 처분권을 이전한 대가로서 구 소득세법상 양도소득에 해당한다고 보아야 한다. 다

만 이 사건 조합은 이 사건 재개발사업의 초기인 2011. *. 25. 오**에게 이 사건 토

지(289㎡) 및 이 사건 건축물(1,021.61㎡)의 감정평가금액(1,656,797,535원) 상당의 대

토(379㎡. 종후 평가금액 1,671,390,000원)를 지급하는 방법으로 협의를 진행하고자 하

였던 점(갑 제6호증 참조), 이러한 경우 그 대토는 이 사건 토지 및 건축물 전체에 관

한 권리가 변환된 것으로서 동일성이 유지되므로 이에 대하여는 양도소득세가 부과되

지 않을 것으로 보이는 점, 원고는 오**로부터 이 사건 각 부동산을 매수하여 오**의

지위를 승계받음을 전제로 이 사건 협약을 체결하기에 이른 점 등을 고려하면,

원고로서는 이 사건 협약에서 지급받기로 한 이 사건 건축지원금도 이 사건 대토와 마

찬가지로 비과세 대상이라고 오인할 여지가 있어 보이기는 한다.나) 이 사건 조합은 원고와 협의를 진행한 끝에 원고에게 이 사건 토지와 유사

한 면적의 이 사건 대토(290㎡)를 제공하기로 하고 이 사건 건축물과 관련하여서는 그

지상에 건물을 신축하는 비용 일부를 보상지급하기로 협의하였다(갑 제7호증의 2 등

참조). 이 사건에서 원고가 이 사건 토지를 제공하여 이 사건 대토를 취득한 것과 관련

하여서는 양도소득세가 부과되지 않았고, 이 사건 건축지원금 지급 부분에 대해서만

양도소득세가 부과되었다. 그런데 정비구역 내의 토지 등 소유자가 조합의 재개발사업

을 위해 사업부지 내 토지 및 그 지상 건축물을 제공하기로 하되, 토지에 대하여는 대

토를 받고, 지상 건축물에 대하여는 건물 신축을 위한 건축지원금을 지급받는 것으로

협의한 경우, 해당 건축지원금이 양도소득세 과세 대상인지에 대하여, 적어도 이 사건

각 부동산의 양도일 당시까지 과세관청의 유권해석이나 선례 또는 판결이 있었다는 등

의 자료는 기록상 확인되지 않는다. 그러나 앞서 본 바와 같이 원고가 종전에 소유하

고 있던 이 사건 토지와 건축물이 최종 인가된 관리처분계획에 의하여 권리변환되어

그 권리로서의 동일성이 인정되는 범위는 이 사건 대토에 국한되는 것이지, 협의보상

을 통해 지급받은 이 사건 건축지원금에 대해서까지 그 권리의 동일성이 인정된다고

보기는 어렵다.

다) 제1심과 이 법원의 거듭된 석명에도 불구하고 피고는 이 사건과 유사한 사

안에서 양도소득세를 부과한 구체적 과세자료를 제시하지 못하였다(다만 이 사건 변론

종결 이후 제출한 참고서면을 통해, 박**에 대한 양도소득세 부과사실에 관하여 간

략히 언급하였을 뿐이다). 이러한 사정에 비추어 피고를 비롯한 과세관청이 이 사건과

같은 사안에서 건축지원비 부분에 대한 양도소득세 과세 여부에 대해 확고한 견해를

갖지 못한 것이 아닌가 하는 의문이 없지는 않으나, 이 사건 조합은 이 사건 건축지원금에 관한 협의보상을 통해 원고 소유의 이 사건 건축물을 철거하는 등 정비사업 진행

을 추진하려고 하였던 점, 실제로 이 사건 조합은 원고에게 대토 제공 외에 이 사건

건축지원금을 지급하고 이 사건 건축물을 철거하여 정비사업을 진행하였고, 이로써 이

사건 건축물이라는 자산은 유상으로 이 사건 조합에게 이전되었다고 평가할 수 있는

점, 피고를 비롯한 과세관청이 건축지원금에 대한 양도소득세 부과를 하지 않기로 하

였다거나 그와 관련된 유권해석이나 지침을 변경하여 이 사건 부과처분에 이르렀다고

볼 만한 자료도 없는 점 등을 감안하면, 이 사건 건축지원금이 양도소득에 해당하는지

에 관하여 세법의 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있었다거나 원고가 그 양

도소득세 납부의무를 부담한다는 점을 알지 못하는 것이 사회통념상 무리였다고 쉽사

리 단정하기 어렵다.

라) 원고는 이 사건 협약 체결 이후 이 사건 조합에게 이 사건 건축물이 환지

대상인지에 대하여 몇 차례 문의한 적이 있었고, 이 사건 조합이 원고에게 원고가 대

토 협의를 체결한 환지예정자로 현금청산자가 아니라는 취지의 회신을 보내기도 하였

던 것으로 보인다. 그러나 원고가 이 사건 건축지원금의 양도소득세 부과 여부에 대하

여 조세전문가에게 정확하고 충분한 정보를 제공하여 공정하고 신중한 자문과 검토를

받기 위해 노력을 하였다거나 조세전문가로부터 이 사건 건축지원금이 양도소득세 부

과대상이 아니라는 등의 의견을 제시받아 이를 신뢰하였다고 볼 만한 자료는 찾아볼

수 없다. 더욱이 최종 인가된 관리처분계획(변경)에서도 이 사건 건축물은 환지 대상에

포함되어 있지 않음을 명백히 알 수 있고, 구 소득세법령 규정에 비추어 이 사건 건축

물의 사실상 소유권을 이전하고 이 사건 건축지원금을 지급받는 것이 양도소득세 과세

대상인 ‘양도’에 해당한다는 점을 파악하는데 특별한 장애가 있다고 볼 사정은 찾아보기 어렵다.

3) 따라서 원고가 ‘이 사건 협약에 따라 이 사건 건축지원금을 지급받는 것은 양도

소득세 과세대상에 해당하지 않는다’라고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지 또는

오해에 불과하고, 원고에게 그 양도소득세 신고 및 납부의무를 이행하는 것을 기대하

기 어렵다는 등 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 원고

의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.』

○ 제1심판결 제15면 제13행부터 제27행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하

여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의

자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한

양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 하고, 제12호에 따른 세율은 자본시장 육성 등

을 위하여 필요한 경우 그 세율의 100분의 50의 범위에서 대통령령으로 인하할 수 있다.

1. 제94조제1항제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산

제55조제1항에 따른 세율

2. 제94조제1항제1호 및 제2호에서 규정하는 자산[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정

하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 및 조합원입주권은 제외한다]으로서 그 보유

기간이 1년 이상 2년 미만인 것

도소득 과세표준의 100분의 40

3. 제94조제1항제1호 및 제2호에 따른 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것

양도소득 과세표준의 100분의 50(주택 및 조합원 입주권의 경우에는 100분의 40)』

3. 추가판단

가. 신뢰보호원칙 위반 주장에 대한 판단

1) 원고는 공법인으로서 행정주체인 이 사건 조합이 이 사건 협약 체결 전후로 이

사건 건축물도 환지 대상이며, 신축 건물이 완공되면 해당 건물을 최종 관리처분계획에서 환지 대상으로 반영할 것이라는 공적 견해를 표명하였음에도, 피고가 위 공적 견

해에 반하는 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다는 취지로 주

장한다.

2) 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적

용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표

명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여

납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따

라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으

로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명

은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다

(대법원 1996. 1. 23. 선고 95누13746 판결 등 참조).

그러나 이 사건 조합은 조세에 관하여 공적 견해를 표명할 수 있는 과세관청이나

일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 해당하지 않음이 분명하고, 피고 등 과세

관청이 이 사건 건축지원금이 과세 대상이 아니라는 내용의 공적 견해를 표명하였다고

볼 아무런 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 더 나아가 살펴볼 필요 없이

이유 없다.

나. 이 사건 건축지원금이 기타소득이라는 주장에 대한 판단(예비적 주장)

1) 원고는 이 사건 건축지원금 중 이 사건 건축물의 감정평가금액을 초과하는 부분

은 사례금이므로 ‘기타소득’에 해당한다는 취지로 주장한다.

2) 살피건대, 원고의 이 부분 주장은 이 사건 건축지원금 중 감정평가금액 해당액

이 청산금임을 전제로 한 주장으로 보이나, 이 사건 건축지원금이 이에 해당하지 않는다는 점은 앞서 본 바와 같으며, 이 사건 건축지원금 중 이 사건 건축물의 감정평가금

액 해당액 부분만을 양도대가로 정하였다거나 감정평가금액 초과분은 정비사업의 원활

한 추진 등을 위한 사례비 또는 기타소득의 일종으로 정하였다고 볼 아무런 근거가 없

한편 사례금이란 사무처리 또는 역무의 제공 등과 관련하여 사례의 뜻으로 지급

되는 금품을 의미하는데(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조), 이 사건

조합 총회에서 이 사건 건축지원금에 관한 안건이 부결되어 이를 원고에게 지급하지

못할 경우 이 사건 협약은 쌍방 책임 없이 무효로 하기로 약정되어 있는 점(갑 제2호

증 제4면 참조), 이 사건 조합은 ‘이주보상비’에 대하여는 기타소득으로 인식하여 원천

징수세액을 신고·납부한 반면(을 제5호증 제1면 참조) 이 사건 건축지원금에 대하여는

원천징수액을 신고·납부하지 않는 등 이를 기타소득으로 인식하지 않은 것으로 보이는

점 등을 종합하면 이 사건 건축지원금이 원고의 사무처리 또는 역무의 제공 등과 관련

한 사례금이라고 보기는 어렵다. 아울러 원고가 그 주장의 근거로 제시한 판결들과 심

결례들은 모두 별도의 추가 지급 약정이 있었던 금액에 대한 사안과 관련된 것이어서

이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.

3) 따라서 이 사건 건축지원금은 이 사건 건축물의 양도에 대한 대가보상금으로서

양도소득세 부과대상으로 보아야 하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 예비적 주장

은 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와

결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제

있는 점, 그 후 원고는 2017. 2. 3.경 이 사건 대토의 용도를 근린생활시설로 변경하려

만 이 사건 조합은 이 사건 재개발사업의 초기인 2011. 5. 25. 오**에게 이 사건 토

지 않을 것으로 보이는 점, 원고는 오**로부터 이 사건 각 부동산을 매수하여 오**의 지위를 승계받음을 전제로 이 사건 협약을 체결하기에 이른 점 등을 고려하면,