토지 양·수도 관련비용 손금산입 적부, 과세예고결정 및 통지절차의 위법 여부, 과세전적부심사 제외 결정의 위법 여부, 비사업용 토지임을 전제로 한 처분의 위법 여부

(1) 과세관청이 과세예고통지 후 오류 등을 시정하여 그 통지한 금액보다 감경된 세액을 부과하였다면 사전통지 절차를 이행한 것으로 볼 것이어서 사전구제에 관한 납세자의 절차적 권리를 침해하였다고 볼 수 없음(국승)

(2) 과세예고통지가 부과제척기간 만료일에 임박하여 이루어진 주된 이유는 자료제출이 충분히 이루어지지 않아 수차례 추가 자료제출을 요구하는 과정에서 시간이 상당히 지체되었기 때문이지, 피고가 정당한 사유 없이 과세행정을 장기간 해태한 것으로는 보이지 않음(국승)

(3) 원고가 제출한 증거들만으로는 위 금원이 이 사건 토지 취득, 양도 관련 수수료 및 건설비용으로 지급되었다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없음(국승)

(4) 토지가 비사업용토지에 해당하지 않는다고 보려면, 원고가 위 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에‘착공’하였어야 하는데 정화조 설치공사를 한 것만으로는 건축물을 착공하였다고 할 수 없고, 부동산공부에 기재된 착공일이 토지 양도일 이후인 점 등에 비추어 볼 때, 위 토지들이 법인의 비사업용토지에 해당하지 않음(국승)

사 건

2024구합50261 법인세등부과처분취소

원 고

피 고

변 론 종 결

판 결 선 고

2025.10.30.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 9. 26. 원고에게 한 2017년도 법인세(각 사업연도 소득) 133,328,860원 및 2017년도 법인세(토지 등 양도소득) 95,541,440원 합계 228,870,300원의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 세무사업을 영위하는 법인이다.

나. 1) 원고는 2014. 7. 31. AAA 소유이던 오산시 ○동 ○○○-2 대 283.6㎡ 및 같은 동 ○○○-4 대 568.5㎡(이하 위 토지를 통틀어 지칭할 때에는 ‘이 사건 토지’, 위 토지를 각각 지칭할 때에는 ‘○동 ○○○-○ 토지’라 한다)를 총 매매대금 18억 1,000만 원에 각 취득하였다.

2) 원고는 2016. 9. 28. BBB 외 1인에게 원동 ○○○-2 토지를 8억 3,000만 원에 매도하였다(이하 ‘제1 매매계약’이라 한다).

3) 원고는 2016. 9. 29. 주식회사 ○○○신탁(이하 주식회사는 생략한다)에게 원동 ○○○-4 토지 지분 595.5분의 568.5를 신탁한 후 같은 해 10. 6. BBB 외 1인에게 원고의 나머지 지분(595.5분의 27)을 8,000만 원에 매도하였다. 원고는 2017. 2. 17. ○○○신탁으로부터 위 신탁 지분 전부를 이전받고, 같은 날 공유물 분할로 BBB 외 1인의 지분을 모두 이전받은 후, 2017. 2. 17. CCC 외 1인에게 18억 원에 매도하였다(이하 ‘제2 매매계약’이라 한다). 한편, 이 사건 토지는 2017. 2. 8.경 각 공유물 분할되었다.

다. 1) 원고는 2017. 9. 30. 이 사건 토지의 매매와 관련하여 토지 등(비사업용 토지) 양도소득에 대한 법인세 37,218,796원을 가산하여 2016. 7. 1. ~ 2017. 6. 30. 사업연도(이하 ‘이 사건 사업연도’라 한다) 법인세를 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 법인세 신고’라 한다).

2) 피고는 원고의 법인 비사업용 토지 양도소득 과세자료를 검토한 후, ① 원고가 이 사건 토지 취득 당시 지출하였다고 신고한 수수료 298,000,000원 중 268,200,000원, ② 원고가 이 사건 토지 양도 시 지출하였다고 주장하는 중개수수료 126,000,000원, ③ 원고가 이 사건 토지에 대하여 지출하였다고 주장하는 건물 신축 관련 공사비용 15,000,000원 등 합계 409,200,000원을 손금 불산입하고, 취·등록세 19,510,000원을 손금 인정하여 2022. 9. 20. 원고에게 이 사건 사업연도 법인세 192,553,584원(토지 등 양도소득에 대한 법인세 64,131,075원 포함)을 추가 경정·고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 당초 처분’이라 한다).

라. 원고가 이에 불복하여 ① 2022. 11. 9. 이의신청을 하였으나 피고는 2022. 12. 20. 이를 기각하였다. ② 원고는 2023. 3. 6. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2023. 10. 11. “피고가 2022. 9. 26.5) 원고에게 한 이 사건 사업연도 법인세 192,553,570원(토지 등 양도소득에 대한 법인세가 포함된 세액으로, 추후 7,061,355원이 감액 경정됨)의 부과처분은 중개수수료 26,037,000원6)을 손금산입 대상으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다”는 일부 인용결정을 하였다.

마. 피고는 조세심판원의 위 일부 인용 결정에 따라 2023. 10. 19. 이 사건 사업연도

1) aaa주식회사 관련 비용이다.

2) DDD 공인중개사 관련 비용이다.

3) bb건설 관련 비용이다.

4) 피고는 이의신청 절차에서 당초 부인했던 건물 신축 관련 공사비용 15,000,000원을 인정하여 이 사건 사업연도 법인세 7,061,355원을 감액 경정하였다.

5) 을 제1호증에 따르면 2022. 9. 20.의 오기로 보인다.

6) 원고가 DDD 공인중개사에게 지급한 중개수수료이다.

법인세를 감액 경정하여 원고에게 법인세(각 사업연도소득) 133,328,860원, 법인세(토지등 양도소득) 95,541,440원을 각 경정·고지하였다(위와 같이 감액 경정되고 남은 이 사건 당초처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 12, 15, 16, 25호증(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 과세예고결정 및 통지절차의 위법 여부

1) 원고 주장 요지

구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제103조 제1항 및 제3항에 의하면 ‘납세지 관할 세무서장은 법인세 신고기한으로부터 1년 이내 결정하여야 한다’라고 규정하고 있으므로 피고는 원고가 이 사건 법인세 신고를 한 날(2017. 9. 30.)로부터 1년 이내인 2018. 9. 30.까지 이 사건 사업연도의 법인세를 결정하여 과세예고 통지하였어야 한다. 그러나 피고는 2022. 8. 8.에야 과세예고통지(이하 ‘이 사건 과세예고통지’라 한다)를 하고 같은 해 9. 20. 이 사건 처분을 하면서 가산세까지 부과하였는바 이는 법인세법 시행령 제103조 제3항 에 위반한 것이다. 또한, 당초 과세예고 통지 세액(200,149,717원)과 이 사건 처분 세액(192,553,584원)이 다르므로, 피고는 잘못된 과세예고통지 세액을 바로 잡는 법인세 결정을 하고 다시 과세예고통지를 하였어야 함에도 위 통지를 결여한 것은 원고의 절차적 권리를 침해한 것이어서 위법하다.

2) 구체적 판단

가) 먼저 구 법인세법 시행령 제101조 제3항 위반 주장에 대하여 살펴본다. 법인세는 1980년 1월 1일 이후에 개시하는 사업연도부터는 법인 스스로 과세표준과 세액을 계산하여 신고한 금액으로 납세의무를 확정하는 신고납부방식을 취하고 있다[구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제60조]. 만약 내국법인이 구 법인세법 제60조 에 따른 신고를 하지 않은 경우에는 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정하고(구 법인세법 제66조 제1항 ), 위 결정은 원칙적으로 법 제60조의 규정에 의한 신고기한부터 1년 내에 완료하여야 한다(구 법인세법 시행령 제103조 제3항 ). 이와 달리 내국법인이 구 법인세법 제60조 에 따른 신고를 하였으나 신고 내용에 오류 또는 누락이 있거나 같은 법 제120조 또는 제120조의2에 따른 지급명세서, 제121조에 따른 매출ㆍ매입처별 계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 경우에는 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정하는데(구 법인세법 제66조 제2항 ), 이 경우 경정기한에 대하여는 관계 법령에서 별도의 규정을 두고 있지 않다. 그렇다면, 구 법인세법 시행령 제103조 제1항 은 내국법인이 법인세 신고를 하지 않은 경우에 한하여 적용되고 법인세를 신고하였으나 그 신고에 오류 등이 있는 경우에는 적용되지 않는다고 보아야 한다. 원고가 2017. 9. 30. 이 사건 법인세 신고를 한 것은 앞서 본 바와 같으므로, 피고가 위 법인세 신고일로부터 1년 이내에 이 사건 처분을 하지 않았다고 하여 구 법인세법 제103조 제1항 을 위반한 것으로 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다(원고의 주장을 가산세를 면할 정당한 사유가 있다는 취지로 선해하더라도 원고 주장 사유만으로는 위와 같은 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없다).

나) 다음으로 이 사건 과세예고통지 세액과 이 사건 처분 세액이 달라 과세예고통지를 다시 하였어야 한다는 주장에 대하여 살펴본다. 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취 절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 실질을 가지는 것으로(대법원 2025. 6. 12. 선고 2025두31960 판결), 과세처분을 위한 사전절차에 해당하는 것이지 과세처분과 별개의 처분으로 볼 수 없다. 따라서 과세관청이 과세예고통지 후 오류 등을 시정하여 그 통지한 금액보다 감경된 세액을 부과하였다면 사전통지 절차를 이행한 것으로 볼 것이어서 법인세 감경결정 후 재차 과세예고통지 하지 않았더라도 사전구제에 관한 납세자의 절차적 권리를 침해하였다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

나. 과세전적부심사 제외 결정의 위법 여부

피고가 2018. 9. 30.까지 과세처분을 하였어야 함에도 이를 하지 않고 있다가 2022년에 이르러서야 비로소 이 사건 처분을 하면서, 원고의 과세전적부심사청구에 대하여 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 의 ‘국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당한다는 사유로 ‘심사제외결정’을 한 것은 원고의 과세전적부심사를 받을 권리를 박탈한 것이어서 위법하다.

2) 관련 규정 및 법리

국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 일정한 사유가 있는 경우 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 스스로 정당한 사유 없이 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료에 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다. 따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 12. 2025두31960 판결 취지 참조).

3) 구체적 판단

살피건대, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제20호증, 을 제6, 7호증의 각 기재, 이 법원의 B세무서장에 대한 과세정보회신결과 및 변론 전체의 취지에 따르면, ① 과세관청(B세무서장 또는 피고, 이하 ‘피고 등’이라 한다)이 2019년경부터 원고에게 공문 또는 구두로 이 사건 토지 양수도와 관련한 법인세 해명자료 제출을 요청한 사실(이는 원고도 인정하고 있다), ② B세무세장이 2021. 4. 29. 원고에게 ‘2016년 하반기 사업연도 귀속 비사업용토지 양도소득’과 관련하여 ‘양도차익이 적정하게 신고되었는지, 취득 시부터 양도 시까지 법인세 신고가 적정하게 이루어졌는지 확인할 수 있는 자료’의 제출을 요구한 사실, ③ 피고가 같은 해 7. 28. 원고에게 국세청이 보유한 자료와 원고의 법인세 신고 내용이 다르다는 이유로 재차 ‘이 사건 사업연도의 이 사건 토지 양도소득에 대한 법인세 신고의 적정 여부에 대한 자료’ 제출을 요구한 사실, ④ 피고가 2022. 6. 22. 원고에게 국세청이 보유한 자료와 원고의 종합소득세 신고 내용이 다르다는 이유로 ‘2017년 상반기 사업연도 귀속 법인 비사업용 토지 양도소득’과 관련하여 ‘취득가액 및 필요경비 관련 적격증빙 자료’를 요구한 사실, ⑤ 피고가 원고가 그 동안 제출한 소명자료 등을 기초로 부과제척기간(2022. 10. 10.)이 임박한 2022.8. 8. 원고에게 이 사건 과세예고통지를 하였으나 과세전적부심사는 거치지 않고 이 사건 처분을 한 사실이 인정된다.

그렇다면, 이 사건 과세예고통지가 부과제척기간 만료일에 임박하여 이루어진 주된 이유는 피고 등이 2019년경부터 원고에게 이 사건 토지 양도소득과 관련한 자료를 제출 받아 과세표준 및 세액을 경정하고자 하였으나 자료제출이 충분히 이루어지지 않아 수차례 추가 자료제출을 요구하는 과정에서 시간이 상당히 지체되었기 때문이지, 피고가 정당한 사유 없이 과세행정을 장기간 해태한 것으로는 보이지 않는다. 그렇다면 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 피고가 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 채 이 사건 처분을 하였더라도 위법하다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

다. aaa 주식회사 관련 비용의 손금 불산입 위법 여부

원고가 이 사건 토지 취득과 관련하여 aaa 주식회사(이하 ‘aaa’이라 한다)에 부동산 가압류 말소, 유치권 해결 등을 위한 법률업무진행 수수료로 200,517,460원을 지급하였음에도 피고가 그 중 29,800,000원만 손금으로 인정하고 나머지 170,717,460원을 손금 불산입한 것은 부당하다. 또한, 원고가 aaa의 대표인 FFF에게 지급한 1억 3,600만 원도 법률업무진행 수수료로 손금에 산입되어야 한다.

2) 관련 법리

법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결).

살피건대, 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제6, 7, 13, 21 내지 24호증, 을제4호증의 각 기재, 이 법원의 우리은행 및 농협중앙회에 대한 금융거래정보회신결과및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 신고한 중개수수료 298,000,000원 중 2,980만 원을 제외한 나머지 금원이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 것이 피고에 의하여 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 위 금원이 이 사건 토지 취득을 위한 법률업무진행수수료로 지급되었다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

가) 원고가 2014. 7. 31. aaa을 통해 이 사건 토지에 설정되어 있던 부동산가압류(가압류권자 주식회사 CC토건, EEE)를 해지하고 주식회사 aaa의 금융계좌로 298,700,000원을 송금한 사실은 인정된다.

나) 피고는 이 사건 처분 전 원고의 계정별 원장에 298,000,000원이 중개수수료로 지급된 것으로 기재되어 있는 것을 확인하고 원고에게 이를 손금으로 인정할 소명자료를 요구하였으나 원고는 aaa에 송금한 거래내역 외에 계약서 등 구체적 자료를 제출하지 않았다.

다) 피고는 aaa 대표인 FFF로부터 ‘원고로부터 지급받은 298,000,000원 중 등기수수료로 지급받은 것은 2,980만 원이고, 나머지는 근저당 등 채무액을 대신 변제하는데 사용하였다’는 확인을 받은 후(갑 제6호증), 298,000,000원 중 2,980만 원만을 손금으로 인정하여 이 사건 처분을 하였다.

라) 원고는 ‘원고가 이 사건 토지를 AAA으로부터 18억 1,000만 원에 매수하면서 그 중 1억 7천여만 원에서 3억여 원(FFF에 지급하였다는 1억 3,600만 원 포함)에 이르는 금원을 가압류 말소 및 유치권 해결 대가로 지급하였다’고 주장한다. 그런데 원고는 이 사건 변론 종결 시까지 aaa에 대한 송금자료 외에 이를 인정할만한 객관적인 자료를 제출하지 않고 있다.

마) 이 사건 토지 매수대금은 18억 1,000만 원이고 원고가 aaa 등에게 주기로 하였다는 법률업무진행수수료는 이 사건 토지 취득비용의 약 16.5%로 수억 원에 달하는 거액임에도, 원고는 aaa과 사이에 아무런 약정서 등을 작성하지 않은 것으로 보이고, 정확한 수수료 금액도 특정하지 않은바(원고는 위 수수료 금액을 증명하기 위하여 이 법원에 aaa에 대한 금융거래정보제출명령을 신청하였는데, 그 회신 결과에 따라 원고가 지급했다는 수수료 금액이 수차례 변동되었다), 이는 일반 거래 관행에 비추어 매우 이례적이고 원고가 세무업무를 처리하는 법인이 점에 비추어 보면 더욱 그러하다. 그렇다면 위 금원 전부를 법률업무진행 수수료로 지급하였다는 원고의 주장은 믿기 어렵다.

바) aaa의 대표인 FFF는 이 법원에 증인으로 출석하여 원고로부터 원고가 주장하는 액수의 법률업무수수료나 컨설팅 비용 등을 지급받은 적이 없다고 증언하였고, 달리 위 증언의 신빙성을 배척할 만한 사정을 찾을 수 없다.

라. bb건설 관련 비용의 손금 불산입 위법 여부

원고는 이 사건 토지에 건물을 신축하기 위하여 2014. 9. 1. 소외 bb건설 주식회사(이하 ‘bb건설’이라 한다)와 사이에 1,330,000,000원에 공사도급계약을 체결하고, bb건설에 대하여 15,000,000원 및 52,654,625원의 공사대금채무를 부담하였다. 그럼에도 피고가 15,000,000원만 손금으로 인정하고 52,654,625원을 손금 불산입한 것은 부당하다.

살피건대, 갑 제9호증의2의 기재에 따르면, bb건설이 2016. 9. 1. 청구금액을 52,654,625원으로 하여 원고 소유인 이 사건 토지를 가압류하여(서울서부지방법원2015카단OOOO), 원고가 같은 달 28. 가압류 집행취소를 위하여 52,654,625원을 해방공탁한 사실이 인정되기는 한다. 그러나 갑 제19호증의 기재에 따르면, 2017. 5. 12. 원고와 bb건설 사이에 ‘원고가 bb건설에게 1,500만 원을 지급하고 bb건설이 위 돈을 지급받음과 동시에 위 2015카단OOOO 부동산가압류 사건과 관련된 해방공탁금 회수를 위한 절차에 적극 협조한다’는 내용의 조정이 성립한 사실이 인정되므로(서울서부지방법원 2015가단OOOOO), 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 처분 당시 원고가 bb건설에 대하여 52,654,625원의 채무를 부담하고 있었음을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

마. 이 사건 토지 관련 비용의 손금불산입 위법 여부

이 사건 토지 보유기간 중에 발생하였으나 법인소득금액에 반영되지 않은 다음의 비용 합계 14,254,000원은 이 사건 토지 처분 비용으로 인정되어야 함에도 손금 불산입한 것은 부당하다.

살피건대, 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제10, 18호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 위 각 금원은 세무법인인 원고가 변호사나 법무사, 신탁회사 등에게 관련 비용을 지급한 것으로 일반 거래 관행에 비추어 그 지급근거가 되는 서류 등이 작성되었을 것으로 봄이 상당함에도 해당 자료가 존재하지 않는 것으로 보이는 점, ② 원고가 이 사건 토지 취득 무렵 GGG 법무사에게 85,4000원을 송금하였다는 송금 내역(갑 제18호증) 및 법무법인 cc이 원고에게 발급한 영수증 및 판결문(갑 제10호증의6 내지 7)만으로는 위 각 금원이 이 사건 토지 취득 비용으로 사용된 것임을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없는 점, ③ ○○○신탁이 원고에게 발급한 세금계산서(갑 제10호증의1)에는 공급내역이 ‘담보신탁보수’로 되어 있어 위 세금계산서만으로는 원고가 위 금원을 ○○○신탁에 ‘관리신탁보수’로 지급한 사실을 인정할 수 없고, 구 법인세법 제55조의2 제6항 에 따르면 토지 등 양도소득은 ‘토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 뺀 금액’으로 하는데 을 제4호증 계정별 원장에 따르면 위 금원은 장부가액에 포함되어 있지 않으므로 양도 관련 비용으로 공제될 수도 없는 점, ④ HHH 법무사가 원고에게 발급한 영수증 및 취득세 납부확인서(갑 제10호증의2 내지 5)만으로는 위 금원이 이 사건 토지 관련 비용으로 지출된 것이라는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없는 점 등에 비추어, 이 부분 금원이 손금으로 인정되어야 한다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

바. 비사업용 토지임을 전제로 한 처분의 위법 여부

이 사건 토지는 2년 초과 4년 미만 보유 토지로 전체 보유기간 중 60% 이상이 사업용이었고, 원고가 위 토지 위에 건축물을 건축하기 위하여 bb건설과 공사계약을 체결하여 정화조를 설치하는 등 공사에 착공하였으므로 사업용 토지를 양도한 것으로 보아야 한다. 또한, 국세청 재산세과-1980(2008. 7. 29.)에 따르면 “당해 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날로부터 2년 동안 사업용으로 사용한 기간으로 본다”고 되어 있으므로 이 사건 토지는 법인의 사업용 토지로 봄이 타당하다. 그럼에도 이를 법인의 비사업용 토지 양도에 해당한다고 보고 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

2) 관련 법령

구 법인세법 제55조의2 제2, 3항, 구 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 , 구 법인세법 시행규칙(2017. 10. 31. 기획재정부령 제639호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행규칙’이라 한다) 제46조의2 제1항 제5호에 따르면, ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지의 경우에는 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)’은 법인의 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 구 법인세법 제55조의2 제1항 의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용되지 않는다.

이 사건 토지가 위 관련 법령에 따라 법인의 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 볼 수 있는지 살피건대, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제14, 19, 29, 30호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사정들 즉, ① 원고가 이 사건 토지를 취득하였을 당시 위 지상에 건축물이 정착되어 있었음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없는 점(갑 제29호증은 건축물 ‘철거’에 관한 것이 아니라 ‘신축’에 관한 특정공사 사전신고서이고, 갑 제30호증은 건설폐기물처리계획신고필증에 불과하여 위 증거들만으로는 이 사건 토지 위에 건축물이 정착되어 있던 사실을 인정하기 어렵다), ② 그렇다면 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 보려면, 원고가 위 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 ‘착공’하였어야 하는데 정화조 설치공사를 한 것만으로는 건축물을 착공하였다고 할 수 없고, 부동산공부에 기재된 착공일은 2017. 4. 1. 및 2018. 7. 15.(갑 제1호증 49면)로 원고가 이 사건 토지를 각 양도한 이후인 점 등에 비추어 볼 때, 위 토지들이 법인의 비사업용토지에 해당하지 않는다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

사. DDD 공인중개사 관련 비용의 손금불산입 위법 여부

이 사건 토지 매각 당시 원고가 공인중개사 DDD에게 중개수수료로 117,192,540원을 지급하였음에도 피고가 그 중 26,037,000원만 중개수수료로 인정하고 나머지 91,155,540원을 손금 불산입한 것은 부당하다.

살피건대, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들의 각 기재, 증인 DDD의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들 즉, ① 제1 매매계약서(갑 제16호증의1)에는 DDD이 위 매매계약을 중개하고 중개보수로 8,217,000원(부가세 포함)을 지급받은 것으로 기재되어 있는 점, ② 제2 매매계약서(갑 제16호증의 2)에는 DDD이 위 매매계약을 중개하고 중개보수로 17,820,000원(부가세 포함)을 각 지급받은 것으로 기재되어 있는 점, ③ 이에 피고가 위 중개보수 합계액 26,037,000원(=8,217,000원 + 17,820,000원)을 손금 산입하여 이 사건 처분을 한 점, ④ 증인 DDD 이 이 법정에서 이 사건 토지 매도를 중개하고 원고로부터 받은 중개수수료가 약 900만 원에 불과하고 원고로부터 중개수수료로 1억 원에 달하는 금원을 받은 적이 없다고 명백하게 진술한 점, ⑤ 원고 주장에 따르면 이 사건 토지의 매매가액은 27억 1,000만 원 가량이고 중개수수료로 DDD에게 약 1억 원을 지급하였다는 것인데 이는 중개수수료로는 지나치게 고액인 점, ⑥ 그럼에도 불구하고 원고가 DDD에게 지급하였다고 주장하는 중개수수료 금액이 일관되지 않고 이를 증명할 객관적인 자료(계약서 등)도 전혀 제출되지 않은 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 117,192,540원이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 것이 피고에 의하여 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 위 금원이 이 사건 토지 매도를 위한 중개수수료로 지급되었다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.