재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분리과세대상으로 구분하고 있고 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상이 될 수 없는 것이 법규정상 명백한 바 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가 분리과세대상이 되는 것은 법규정의 문언상 명백하며 이를 고려하지 않은 종합부동산세 부과처분에는 중대하고 명백한 하자가 존재하므로 당연무효임

조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법률의 문언대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는 바 구 지방세법 제106조 제1항의 문언해석상 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상이 될 수 없음이 명백하고 위 규정은 재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분리과세대상으로 구분하고 있으므로 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 분리과세대상에 해당함은 위 규정의 문언상 명백하며 이를 고려하지 않은 종합부동산세 부과처분에는 중대하고도 명백한 하자가 존재하므로 무효라고 봄이 타당함

사 건

2021가합592861 부당이득금

원 고

aaaaaaaa

피 고

대한민국

변 론 종 결

2025. 3. 27.

판 결 선 고

2025. 5. 15.

주 문

1. 원고에게,

가. 피고 OOOO시 OOO구는 xx,xxx,xxx원 및 그중 xx,xxx,xxx원에 대하여는

2021. 12. 14.부터 2021. 12. 30.까지 연 1.2%의, x,xxx,xxx원에 대하여는 2021.

12. 14.부터 2022. 11. 16.까지 연 1.2%의, 각 그 다음날부터 2025. 5. 15.까지

연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을,

나. 피고 OOOO시는 xx,xxx,xxx원 및 그중 xx,xxx,xxx원에 대하여는 2021. 12. 14.

부터 2021. 12. 30.까지 연 1.2%의, x,xxx,xxx원에 대하여는 2021. 12. 14.부터

2022. 11. 16.까지 연 1.2%의, 각 그 다음날부터 2025. 5. 15.까지 연 5%의, 그

다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을,

다. 피고 대한민국은 x,xxx,xxx,xxx원 및 그중 x,xxx,xxx,xxx원에 대하여는 2021. 12.

14.부터 2021. 12. 28.까지 연 1.2%의, xx,xxx,xxx원에 대하여는 2021. 12. 14.부

터 2022. 11. 24.까지 연 1.2%의, 각 그 다음날부터 2025. 5. 15.까지 연 5%의,

그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을

각 지급하라.

2. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 50%는 원고가, 나머지 50%는 피고들이 각 부담한다.

4. 제1항은 가집행할 수 있다.

청 구 취 지

가. 피고 OOOO시 OOO구는 xx,xxx,xxx원 및 그중 xx,xxx,xxx원에 대하여 2021.

12. 14.부터 이 사건 소장 송달일까지는 연 1.2%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까

지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을,

나. 피고 OOOO시는 xx,xxx,xxx원 및 그중 xx,xxx,xxx원에 대하여 2021. 12. 14.부

터 이 사건 소장 송달일까지는 연 1.2%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연

12%의 각 비율로 계산한 돈을,

다. 피고 대한민국은 x,xxx,xxx,xxx원 및 그중 x,xxx,xxx,xxx원에 대하여 2021. 12.

14.부터 이 사건 소장 송달일까지는 연 1.2%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지

는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을

이 유

1. 기초사실

가. 원고의 지위 등

1) 원고는 종교단체로서 서울 OOO구 aaa동 xx-x 대 x,xxx㎡(이하 ‘이 사건

제1토지’라 한다)와 같은 동 xx-xx 대 x,xxx㎡, xx-xx 대 x,xxx㎡(이하 위 xx-xx 및

xx-xx 토지를 통틀어 ‘이 사건 제2토지’라 한다)를 소유하고 있다.

2) 이 사건 제1토지는 그 지상에 건축물이 없는 주차장으로, 원고는 2012. 8. 7.

위 토지의 소유권을 취득하였다. 원고가 이 사건 제1토지의 소유권을 취득하기 전인

1978. 2. 22.경 위 토지에 관하여 도시계획시설(학교) 결정 및 지형도면 고시가 있었는

데, 도시계획시설사업이 장기간 미집행됨에 따라 2020. 7. 1.경 위 결정이 실효되었다.

3) 이 사건 제2토지 중 서울 OOO구 aaa동 xx-xx 토지는 2010. 5. 26. ① 같

은 동 xx-xx 대 xxx㎡, ② 같은 동 xx-xx 대 xxx㎡, ③ 같은 동 xx-xx 대 xxx㎡와 합

병되었는데, 원고는 위 토지들 중 xx-xx, xx-xx, xx-xx 토지의 소유권을 1995. 4. 7.

취득하였고, 위 xx-xx 토지의 소유권은 2009. 11. 30. 취득하였다. 원고는 이 사건 제2

토지 중 서울 OOO구 aaa동 xx-xx 대 x,xxx㎡의 소유권을 1979. 6. 15. 취득하였

다. 이 사건 제2토지에 관한 원고의 소유권 취득 시기 및 합병 내역 등은 아래와 같다.

한편 원고는 이 사건 제2토지 중 xx-xx 토지의 일부와 xx-xx 토지의 일부를 수

익사업에 사용하고 있다.

4) ① 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것) 제

84조 제1항은 ‘ 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제7호 에 따른 도시계획시

설로서 같은 법 제32조에 따라 지형도면이 고시된 후 10년 이상 장기간 미집행된 토

지, 지상건축물, 「지방세법」 제104조 제3호 에 따른 주택(각각 그 해당 부분으로 한정

한다)에 대해서는 2018년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감하고, 「지방세

법」 제112조에 따라 부과되는 세액을 면제한다.’라고 규정하고 있었고, 구 지방세특례

제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제84조 제1항은 ‘「국토의

계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제7호에 따른 도시ㆍ군계획시설로서 같은 법 제32

조에 따라 지형도면이 고시된 후 10년 이상 장기간 미집행된 토지, 지상건축물, 「지방

세법」 제104조 제3호에 따른 주택(각각 그 해당 부분으로 한정한다)에 대해서는 2021

년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감하고, 「지방세법」 제112조 에 따라 부

과되는 세액을 면제한다.’고 규정하고 있었다(이하 위 규정들을 통틀어 ‘이 사건 경감규

정’이라 한다).

② 구 지방세법(2016. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것, 2017. 12. 26.

법률 제15292호로 개정되기 전의 것, 2019. 12. 3. 법률 제16663호로 개정되기 전의

것, 이하에서도 구 지방세법을 지칭할 때는 별도로 특정하지 않는 한 위 각 구법들을

포괄하는 의미로 기재한다) 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서는 ‘구 지방

세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는

종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 보지 않는다.’고 규정하고 있었다.

③ 구 지방세법(2017. 12. 26. 법률 제15292호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1

항 제3호는 “분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다

음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지”라고 규정하고 있었고, 같은 호 마목에서는 “가

목부터 라목까지의 토지와 유사한 토지 중 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 것

으로서 대통령령으로 정하는 토지”라고 규정하고 있었다. 구 지방세법(2019. 12. 3. 법

률 제16663호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제3호는 “분리과세대상: 과세기준일

현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토

지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지”라고 규정하고 있었고, 같은 호 아목

에서는 “그 밖에 지역경제의 발전, 공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할

타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 토지”를 분리과세대상으로 규정하

고 있었다.

구 지방세법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28524호로 개정되기 전의 것) 제

102조 제5항은 ‘법 제106조 제1항 제3호 마목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음

각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한

다. 다만, 제1호 및 제37호에 따른 토지 중 취득일부터 5년이 지난 토지로서 용지조성

사업 또는 건축을 착공하지 아니한 토지는 제외하며, 제4호 및 제8호부터 제10호까지

의 토지는 같은 호에 따른 시설 및 설비공사를 진행 중인 토지를 포함한다.’라고 규정

하고 있었고, 같은 항 제13호는 ‘제22조에 따른 비영리사업자가 1995년 12월 31일

이전부터 소유하고 있는 토지’라고 규정하고 있었다. 구 지방세법 시행령(2020. 6. 2.

대통령령 제30728호로 개정되기 전의 것) 제102조 제8항은 ‘법 제106조 제1항 제3호

아목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1

항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다.’라고 규정하고 있었고, 같은 항 제1

호는 ‘제22조에 따른 비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지’

라고 규정하고 있었다. 구 지방세법 시행령(2021. 4. 27. 대통령령 제31646호로 개정되

기 전의 것) 제102조 제8항은 ‘법 제106조 제1항 제3호 아목에서 "대통령령으로 정하

는 토지"란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는

제외한다)를 말한다.’라고 규정하고 있었고, 같은 항 제1호는 ‘제22조 제2호에 해당하는

비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지’라고 규정하고 있었

다.

한편, 구 지방세법 시행령(2020. 6. 2. 대통령령 제30728호로 개정된 것) 부칙

제3조는 ‘분리과세대상 토지의 범위에 관한 특례’라는 표제 하에 ‘제102조 제8항 제1호

부터 제3호까지, 제8호 및 제9호의 개정규정에 따라 분리과세대상에서 별도합산과세대

상 또는 종합합산과세대상으로 과세대상의 구분이 변경되는 토지(이하 이 조에서 "과

세대상 구분 변경 토지"라 한다)에 대해서는 같은 항 제1호부터 제3호까지, 제8호 및

제9호의 개정규정에도 불구하고 2025년까지는 과세대상 구분 변경 토지의 필지별로

다음 표에 따른 과세연도별 비율을 곱하여 계산한 면적은 분리과세대상 토지로 본다.

이 경우 과세대상 구분 변경 토지의 납세의무자가 변경되지 않은 경우로 한정한다.’고

규정하고 있었다.

과세연도 비율

2020년 100/100

2021년 100/100

2022년 80/100

2023년 60/100

2024년 40/100

2025년 20/100

나. 이 사건 재산세 등 부과처분 및 납부 등

1) OOOO시 OOO구청장은 이 사건 제1토지 중 이 사건 경감규정에 따른 경감

비율에 해당하는 부분(이하 ‘이 사건 경감 부분’이라 한다)을 종합합산과세대상에, 이

사건 제2토지 중 수익사업에 사용하는 부분(이하 ‘이 사건 분리과세 부분’이라 한다)을

별도합산과세대상에 각 포함시킨 후 원고에게 각 재산세(토지분, 이하 같다) 등 부과처

분을 하였고, 원고는 아래 표 기재와 같이 OOOO시 OOO구청장에게 이를 모두 납

부하였다.

2) OOO세무서장은 이 사건 제1토지 중 이 사건 경감 부분을 종합부동산세 과세

대상에 포함시킨 후 이 사건 경감규정에 따라 과세표준을 경감하는 방식(OOOO시

OOO구청장과 동일한 방식)으로 이 사건 제1토지에 관한 종합부동산세 및 농어촌특

별세를 산정하였고, 이 사건 제2토지 중 이 사건 분리과세 부분을 별도합산과세대상으

로 하여 원고에게 각 종합부동산세 등 부과처분(이하 OOOO시 OOO구청장, OOO

세무서장의 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 각 부과처분’이라 하고, 별도로 특정하지 않는

한 재산세와 지방교육세, 종합부동산세와 농어촌특별세를 포괄하여 ‘이 사건 재산세

등’이라 한다)을 하였고, 원고는 아래 표 기재와 같이 OOO세무서장에게 종합부동산

세 및 농어촌특별세를 모두 납부하였다.

다. 이 사건 재산세 등의 귀속

1) 원고가 이 사건 각 부과처분에 따라 납부한 재산세는 지방세기본법 제8조 제3

항 제2호 및 제9조에 따라 50%는 피고 OOOO시 OOO구에게, 나머지 50%는 피고

OOOO시에게 각 귀속되었다.

2) 지방세기본법 제8조 제1항 제2호 나목 및 같은 조 제2항 제2호 나목에 따라,

원고가 이 사건 각 부과처분에 따라 납부한 지방교육세는 피고 OOOO시에게 귀속되

었다.

3) 원고가 이 사건 각 부과처분에 따라 납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세는

국세기본법 제2조 제1호 차, 카목에 따라 피고 대한민국에게 귀속되었다.

라. 관련 법령

별지1 관련 법령 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 12, 13호증(가지번호 있는 것은 각 가지번

호 포함, 이하 같다), 을가 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 부당이득반환채권의 성립 여부에 관한 판단

가. 당사자들 주장의 요지

1) 원고

가) 이 사건 제1토지 중 이 사건 경감 부분은 구 지방세법 제106조 제1항 제1호

단서 나목 및 제2호 단서에 따라 종합합산과세 및 별도합산과세 대상에서 제외됨이 명

백하고, 이 사건 제2토지 중 이 사건 분리과세 부분은 구 지방세법 제106조 제1항 제3

호, 구 지방세법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28524호로 개정되기 전의 것) 제102

조 제5항 제13호나 구 지방세법 시행령(2021. 4. 27. 대통령령 제31646호로 개정되기

전의 것) 제102조 제8항 제1호(이하 특별한 사정이 없는 한 포괄하여 ‘구 지방세법 시

행령 제102조 제8항 제1호’로 지칭한다)에 따라 분리과세대상에 해당함이 명백하므로,

위 각 부분은 모두 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 의 분리과세대상에 해당하는데,

OOOO시 OOO구청장은 이 사건 경감 부분과 이 사건 분리과세 부분을 종합합산과

세대상 내지 별도합산과세대상으로 분류한 후 이 사건 제1, 2토지에 관한 재산세 및

지방교육세를 산정하였다.

또한 종합부동산세법 제11조 는 구 지방세법 제106조 제1항 제1, 2호에 따른

종합합산과세대상 토지와 별도합산과세대상 토지만을 종합부동산세의 과세대상으로 정

하고 있는데, OOO세무서장은 분리과세대상에 해당하는 이 사건 경감 부분과 이 사

건 분리과세 부분을 종합부동산세의 과세대상으로 포함시킨 후 이 사건 제1, 2토지에

관한 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정하였다.

나) 이와 같은 산정방식에 의하여 이루어진 이 사건 각 부과처분은 그 하자가

중대하고도 명백하여 당연무효이므로, 이 사건 각 부과처분에 따라 납부한 이 사건 재

산세 등의 귀속주체인 피고들은 원고에게, 원고가 이미 납부한 세액에서 관련 법령에

따라 정당하게 산정된 세액을 제외한 나머지 금액 및 이에 대한 지방세 및 국세 환급

가산금 또는 지연손해금 등을 지급할 의무가 있다.

2) 피고들

가) 이 사건 각 부과처분의 위법성에 관하여

① [이 사건 경감 부분 관련] 구 지방세법 제106조 제1항 은 이 법 또는 관계

법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지를 종합합산과세대상

과 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정할 뿐, 이를 분리과세대상으로 간주한다

는 규정을 두지 않고 있다. 구 지방세법 제106조 제1항 각 호는 예시적 규정이 아닌

열거적․한정적 규정이며, 재산세 경감비율에 해당하는 토지를 과세표준에서 차감하고

자 하는 목적에서 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 단서를 규정한 입법자의 의도를

고려하면, 재산세 경감비율 해당 토지가 종합합산과세대상과 별도합산과세대상에 해당

하지 않는다고 하여 분리과세대상으로 보아야 한다고 할 수는 없다. 만약 재산세 경감

비율 해당 토지를 분리과세대상으로 본다면 이는 별도합산과세대상 토지를 분리과세대

상으로 전환하여 더 낮은 재산세율을 적용하거나 종합부동산세를 면제해 주는 특례를

제공해주는 것이므로, 이미 지방세특례제한법, 종합부동산세법 등에 의하여 세제를 감

면받는 이 사건 경감 부분에 직접 사용하는 토지는 이중의 감면 혜택을 받게 되어 지

방세특례제한법 제180조 및 종합부동산세법의 도입 취지에 반하는 결과를 초래한다.

이처럼 구 지방세법 제106조 제1항 의 문언해석 및 입법취지, 이중감면의 문제 등을 고

려하면, 원고의 주장과 같이 이 사건 경감 부분이 분리과세대상에 해당한다고 해석할

수 없다.

② [이 사건 분리과세 부분 관련] 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 의 입법

취지상 구 지방세법 시형령 제102조 제8항 제1호에 따른 분리과세대상 토지는 분리과

세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로 한정하여 해석하는 것이 타당한바, 이 사건

분리과세 부분은 원고가 수익사업에 사용하는 토지이므로, 이를 분리과세대상에 해당

한다고 해석할 수 없다.

나) 이 사건 각 부과처분의 당연무효에 관하여

① [이 사건 경감 부분 관련] 구 지방세법 제106조 제1항 이 명시적으로 재산

세 감면대상 토지를 분리과세대상으로 규정하지 않고 있어 원고의 주장과 달리 해석하

는 것도 충분히 가능하고, 해당 조항의 해석 여부가 여러 사건에서 문제되고 있어 통

일된 해석이 존재한다고 보기 어려울 뿐 아니라, 재산세 감면대상 토지를 분리과세대

상으로 볼 경우 위 가) ①항과 같은 여러 문제들이 발생하는 점, OOO세무서장은 지

방자치단체로부터 전달받은 재산세 과세자료를 토대로 이 사건 각 처분을 하였는데,

위 과세자료에 하자가 있었다는 사실은 사실관계를 정확히 조사하여야 밝혀질 수 있는

것이어서 OOO세무서장이 위 과세자료에 하자가 있었음을 알 수 없었다는 점 등에

비추어 보면, 이 사건 제1토지 전체를 종합합산과세대상으로 분류하여서 한 과세처분

의 하자가 중대․명백하여 당연무효라고 볼 수 없다.

② [이 사건 분리과세 부분 관련] 이 사건 제2토지 중 이 사건 분리과세 부분

이 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 의 분리과세대상에 해당하는지 여부에 관하여, 국

가의 보호․지원이 필요한 토지인지, 지역경제의 발전이나 공익성의 정도 등을 고려할

때 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는지, 원고의 고유 목적사업인 종교활동에 직

접 사용되었는지 여부 등에 대한 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 과세처분의 타

당성 여부를 밝힐 수 있는 경우이므로, 이 부분과 관련된 과세처분의 하자가 중대․명

백하여 당연무효라고 볼 수 없다.

나. 이 사건 각 부과처분의 위법성

1) 이 사건 경감 부분에 관하여

가) 구 지방세법 제106조 제1항 은 ‘토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과

세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.’고 규정하고 있다. 그에 따라

같은 항 제1호는 종합합산과세대상 토지를 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고

있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지’라고

규정하되, 다만 그 단서에서 ‘이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면

제되는 토지(가목)와 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비

율에 해당하는 토지(나목) 중 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보

지 아니한다.’고 규정하고 있다. 또한 같은 항 제2호는 별도합산과세대상 토지를 ‘과세

기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는

토지’로 규정하되, 다만 그 단서에서 ‘제1호 가목 및 나목에 따른 토지는 별도합산과세

대상으로 보지 아니한다.’고 규정하고 있다. 그리고 같은 항 제3호는 분리과세대상 토

지를 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는

중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지’로 규정하고 있다.

이와 같이 구 지방세법 제106조 제1항 은 재산세 과세대상인 토지를 분리과세대상, 별

도합산과세대상, 종합합산과세대상으로 구분하고 있으므로, 법령에 따라 재산세가 경감

되는 토지의 경감비율에 해당하는 부분 역시 분리과세대상, 별도합산과세대상, 종합합

산과세대상 중 어느 하나에 반드시 포섭되어야 한다. 그런데 구 지방세법 제106조 제1

항은 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당

하는 토지’를 별도합산과세대상으로 보지 않고(구 지방세법 제106조 제1항 제2호 단서,

제1호 단서 나목), 종합합산과세대상으로도 보지 않으므로(구 지방세법 제106조 제1항

제1호 단서 나목), 위 토지가 명시적으로 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 소정의 분

리과세대상에 해당하지 않는다 하더라도 정책적인 고려에 따라 마련된 구 지방세법 제

106조 제1항 제2호 단서, 제1호 단서 나목의 규정으로 인하여 별도합산과세대상이나

종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상으로 간주되어야 한다(대법원 2018. 11. 29. 선

고 2018두45725 판결 참조).

나) 위와 같은 법리와 종합부동산세법 제11조 의 규정을 종합하면, 이 사건 제1

토지에 대한 재산세를 산정할 때에는 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로 분류하여

야 하고, 이 사건 제1토지에 대한 종합부동산세를 산정할 때에는 분리과세대상에 해당

하는 이 사건 경감 부분은 과세대상에서 제외하여야 한다. 나아가, 조세법률주의의 원

칙상 조세법규는 과세요건이거나 비과세요건을 가리지 아니하고 특별한 사정이 없는

한 법률의 문언대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는

것은 허용되지 아니하는바(대법원 2003. 8. 19. 선고 2003두4331 판결 등 참조), 구 지

방세법 제106조 제1항의 문언해석상 이 사건 경감규정에 따라 재산세가 경감되는 토

지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상, 별도합산과세대상이 될 수 없음

이 명백하므로, 위와 같은 해석이 입법 취지에 맞지 않는다거나 원고가 사실상 이중감

면의 혜택을 입게 된다는 사유만으로 위 법률의 문언과 달리 재산세가 경감되는 토지

의 경감비율에 해당하는 토지를 별도합산과세대상으로 해석하는 것은 조세법률주의의

원칙에 반하는 것으로 보인다(자세한 내용은 아래 다.항에서 살펴보기로 한다).

그런데 OOOO시 OOO구청장은 이 사건 경감 부분을 분리과세대상이 아닌

종합합산과세대상으로 분류하여 이 사건 제1토지에 관한 재산세를 산정하였고, OOO

세무서장은 이 사건 경감 부분을 종합부동산세의 과세대상에 포함시킨 후 이 사건 제1

토지에 관한 종합부동산세를 산정하였으므로, 이에 따른 재산세 및 종합부동산세 부과

처분은 위법하다.

나아가 지방교육세는 재산세를 과세표준으로 하여 산출되고( 지방세법 제151조

제1항 제6호), 농어촌특별세는 종합부동산세를 과세표준으로 하여 산출되므로(농어촌특

별세법 제5조 제1항 제8호), 위와 같은 재산세 및 종합부동산세를 과세표준으로 산정

된 지방교육세 및 농어촌특별세 부과처분 역시 위법하다.

2) 이 사건 분리과세 부분에 관하여

가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 과세요건이거나 비과세요건을 가리지 아

니하고 특별한 사정이 없는 한 법률의 문언대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확

장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바(대법원 2003. 8. 19. 선고 2003

두4331 판결 등 참조), 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 아목에 따라 구 지방세법 시

행령 제102조 제8항 제1호는 ‘제22조에 따른 비영리사업자가 1995년 12월 31일 이전

부터 소유하고 있는 토지’라고만 규정하여 종교를 목적으로 하는 단체가 소유하고 있

는 토지라면 수익사업에 사용하는 토지인지 여부에 관계없이 분리과세대상으로 한다는

점이 문언상 명백하다. 즉, 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 아목은 국가의 보호․지

원이 필요한 토지로서 지역경제의 발전․공익성의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야

할 타당한 이유가 있는 토지를 대통령령으로 정하도록 위임한 것이고, 이에 따라 구

지방세법 시행령 제102조 제8항 제1호 는 종교단체가 1995. 12. 31. 이전부터 소유하고

있는 토지가 위와 같은 필요와 이유가 있는 토지에 해당한다고 보아 이를 분리과세대

상으로 규정한 것이다. 구 지방세법 시행령 제102조 제8항 제4호 라목과 제8호에서

‘제107조에 따른 수익사업용으로 사용되는 부분은 제외한다.’고 규정하고 있는 점에 비

추어 보면, 이러한 제한이 없는 제1호의 의미를 위와 같이 해석하여야 함이 더욱 명백

하다고 할 것이다.

나) 그런데 OOOO시 OOO구청장은 이 사건 분리과세 부분을 분리과세대상

이 아닌 별도합산과세대상으로 분류하여 이 사건 제2토지에 관한 재산세를 산정하였

고, OOO세무서장은 이 사건 분리과세 부분을 종합부동산세의 과세대상에 포함시킨

후 이 사건 제2토지에 관한 종합부동산세를 산정하였으므로, 이에 따른 재산세 및 종

합부동산세 부과처분은 위법하다.

다. 이 사건 각 부과처분의 당연무효

1) 관련 법리

과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로

는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명

백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가

되는 법규의 목적ㆍ의미ㆍ기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체

의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계

에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관

계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다

툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그

하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령

의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가

있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사

실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2018. 7. 19. 선

고 2017다242409 전원합의체 판결 참조). 한편 과세관청이 법령 규정의 문언상 과세처

분 요건의 의미가 분명함에도 합리적인 근거 없이 그 의미를 잘못 해석한 결과, 과세

처분 요건이 충족되지 아니한 상태에서 해당 처분을 한 경우에는 법리가 명백히 밝혀

지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있다고 볼 수 없다(대법원 2014. 5. 16. 선고

2011두27094 판결 참조).

2) 이 사건 경감 부분에 관한 구체적 판단

살피건대, 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음

과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 경감 부분에 관한 과세처분에는 중대하고 명백한

하자가 존재하므로 위 처분은 무효라고 봄이 타당하다.

① 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서는 ‘구 지방세법

또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 종합

합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.‘고 명확히 규정하고 있고, 구

지방세법 제106조 제1항 은 재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세

대상, 분리과세대상으로 구분하고 있다. 따라서 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에

해당하는 토지’가 분리과세대상에 해당함은 위 규정의 문언상 명백하다.

② 구 지방세법[2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세

법(2005년)’이라 한다] 제234조의15 제2항 단서, 제3항 단서는 제2항 제1호 및 제2호에

열거된 토지의 가액을 종합합산과세표준 또는 별도합산과세표준에 합산하지 아니한다

고 규정하고 있기는 하다. 그러나 구 지방세법(2005년) 제234조의15 제2항 단서, 제3

항 단서가 ‘과세표준’에 관하여 규정하고 있는 것과 달리, 구 지방세법 제106조 제1항

제1호 단서 나목, 제2호 단서는 ‘과세대상’에 관한 규정임이 분명하고, 과세요건을 충족

시키기 위한 물적 요소인 ‘과세대상’과 ‘과세대상’에 대한 구체적인 세액을 산정하기 위한 기초인 ‘과세표준’은 명백히 구분되므로, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목, 제2호 단서를 ‘과세표준’에 관한 규정으로 해석하는 것은 문언의 객관적인 범위를

넘어서는 확장해석으로서 허용되지 않고, 이는 이 사건 각 부과처분을 할 당시라고 하

여 달라지지 않는다.

③ 지방세법은 ‘구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 각 목 및 제2호 단서의

입법취지는 종합토지세를 경감할 때 경감비율만큼 종합토지세 과세표준에서 차감하던

방식을 새로 개편된 재산세와 종합부동산세에도 동일하게 적용하기 위함이었으나, 그

의미가 명확히 표현되지 않았다’는 이유로, 제106조 제1항 제1호 단서 각 목 및 제2호

단서를 삭제하고, 세율 적용에 관하여 규정하고 있는 제113조 제1항 단서로 ‘다만, 이

법 또는 관계 법령에 따라 재산세를 경감할 때에는 다음 각 호의 과세표준에서 경감대

상 토지의 과세표준액에 경감비율(비과세 또는 면제의 경우에는 이를 100분의 100으로

본다)을 곱한 금액을 공제하여 세율을 적용한다.’는 규정을 추가하는 내용으로 개정되

었다(2019. 12. 3. 법률 제16663호). 그러나 입법취지를 고려하여 합목적적으로 법률을

해석하더라도 이는 문언상 가능한 범위 내에서 이루어져야 하므로, 이 사건 각 부과처

분 당시 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서가 ‘재산세가 경감

되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 합산과세대상으로 포함하되 그 과세표준만

을 경감비율만큼 감축하기 위한 규정으로 해석될 여지가 있었다고 보기 어렵다.

④ 과세관청이 그동안 대부분의 재산세 과세처분에서 ‘재산세가 경감되는 토지

의 경감비율에 해당하는 토지’를 분리과세대상으로 분류하지 아니하였고, 이 사건 각

부과처분 당시까지는 구 지방세법 제106조 제1항 의 해석에 관한 법원의 판단을 받은

적이 없더라도, 이는 과세관청이 법령 규정의 문언상 과세처분 요건의 의미가 분명함

에도 합리적인 근거 없이 그 의미를 잘못 해석한 것에 불과하다. 또한 하자의 명백성

은 처분의 하자가 객관적으로 분명한지 여부에 따라 판단하는 것이지 납세자가 처분

당시 하자를 알았는지 또는 처분에 대하여 불복기간 내에 불복하였는지에 따라 판단하

는 것이 아니므로, ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 합산과세

대상으로 포함하는 실무례가 정립되어 있었다거나, 원고가 불복기간 내에 이 사건 각

부과처분에 대하여 다투지 않았다는 이유만으로, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단

서 및 제2호 단서에 관한 해석에 다툼의 여지가 있었다고 인정할 수도 없다.

⑤ 재산세 부과처분에 있어 과세대상을 잘못 판단한 중대ㆍ명백한 하자가 있어

해당 처분이 당연무효라면, 재산세 부과처분의 기초가 된 과세자료에 근거하여 이루어

지는 종합부동산세 부과처분도 당연무효라고 봄이 타당하다. 이와 달리 본다면, 재산세

부과처분이 당연무효인 경우 납세자는 이에 대해 구제받을 수 있는 반면, 동일한 사실

관계와 자료를 기초로 한 종합부동산세 부과처분은 불복기간 도과 등과 같은 사유로

다투거나 구제받을 수 없게 되는 매우 불합리한 결과가 초래될 우려가 있다. 이는 잘

못된 법령 해석으로 인해 발생한 불이익을 과세관청이 아닌 납세의무자에게 전가시키

는 부당한 결과를 가져온다.

⑥ 위와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 경감 부분을 종합합산과세대상으로

분류하여 내려진, 이 사건 제1토지에 관한 재산세 및 종합부동산세 부과처분은 그 위

법이 중대ㆍ명백하다. 또한 지방교육세는 재산세를 과세표준으로 하여 산출되고, 농어

촌특별세는 종합부동산세를 과세표준으로 하여 산출되므로, 위와 같이 재산세 및 종합

부동산세 부과처분에 관한 위법이 중대ㆍ명백한 이상, 지방교육세 및 농어촌특별세 부

과처분에 관한 위법도 중대ㆍ명백하다.

3) 이 사건 분리과세 부분에 관한 구체적 판단

과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 분리과세 부분에 관한 과세처분에는 중대하고 명백

한 하자가 존재하므로 위 처분은 무효라고 봄이 타당하다.

① 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 아목은 ‘그 밖에 지역경제의 발전, 공익성

의 정도 등을 고려하여 분리과세하여야 할 타당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로

정하는 토지’를 분리과세대상 중 하나로 규정하면서, 그 구체적인 범위를 대통령령에

위임하고 있다. 구 지방세법 시행령 제102조 제8항 제1호 는 ‘제22조에 따른 비영리사

업자가 1995년 12월 31일 이전부터 소유하고 있는 토지’라고 규정하고 있어, 동법 시

행령 제22조 제1호의 종교를 목적으로 하는 단체인 원고가 ‘1995. 12. 31. 이전부터 소

유하고 있는 토지’가 분리과세대상에 해당함은 위 법령의 문언상 명백하다.

② 구 지방세법 시행령 제102조 제8항 제4호 라목은 ‘「산업집적활성화 및 공장

설립에 관한 법률」 제30조 제2항에 따른 관리기관이 산업단지의 관리, 입주기업체 지

원 및 근로자의 후생복지를 위하여 설치하는 건축물의 부속토지(제107조에 따른 수익

사업용으로 사용되는 부분은 제외한다)’라고 규정하고 있고, 같은 항 제8호는 ‘「인천

국제공항공사법」에 따라 설립된 인천국제공항공사가 소유하고 있는 공항시설(「공항

시설법」 제2조 제7호에 따른 공항시설을 말한다)용 토지 중 「인천국제공항공사법」

제10조제1항의 사업에 사용하거나 사용하기 위한 토지. 다만, 「공항시설법 시행령」

제3조제2호에 따른 지원시설용 토지로서 제107조에 따른 수익사업에 사용되는 부분은

제외한다.’라고 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 수익사업용으로 사용되는 부분을 제

외한다는 규정이 없는 구 지방세법 시행령 제102조 제8항 제1호 는 수익사업용으로 사

용되는지 여부와 무관하게 전부 분리과세대상으로 한다는 취지의 규정으로 이해된다.

③ 구 지방세법 시행령 제102조 제8항 제1호 는 2020. 6. 2. 대통령령 제30728호

로 ‘제22조 제2호(학교, 교육단체 등)에 해당하는 비영리사업자가 1995. 12. 31. 이전부

터 소유하고 있는 토지’로 개정됨으로써 종교단체가 소유하고 있는 토지는 분리과세대

상에서 제외되었고, 2021. 12. 31. 대통령령 제32293호로 ‘제22조 제2호에 해당하는

비영리사업자가 소유하고 있는 토지로서 교육사업에 직접 사용하고 있는 토지. 다만,

수익사업에 사용하는 토지는 제외한다.’로 개정됨으로써 교육단체 등이 소유하고 있는

토지 중 수익사업용 토지는 분리과세대상에서 제외하는 것으로 그 범위가 제한되었는

바, 위 각 개정규정의 반대해석상 개정 전 규정은, 종교단체인 원고가 1995. 12. 31.

이전부터 소유하고 있는 토지는 수익사업에 사용하는 토지인지 여부와 관계없이 해당

토지 전부를 분리과세대상 토지에 포함시키고 있었던 것으로 봄이 타당하다.

④ 구 지방세법 시행령은 ‘과세형평성을 높이기 위하여 재산세 분리과세대상 토

지의 범위를 정비한다’는 이유로, 위 ③항과 같이 분리과세대상 토지의 범위를 제한하

는 것으로 개정되었으나, 입법취지를 고려하여 합목적적으로 법률을 해석하더라도 이

는 문언상 가능한 범위 내에서 이루어져야 하므로, 원고가 1995. 12. 31. 이전부터 소

유하고 있던 토지 중 수익사업에 사용되는 토지를 분리과세대상에서 제외하는 것으로

해석될 여지가 있었다고 보기 어렵다.

⑤ 위와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 분리과세 부분을 별도합산과세대상으

로 분류하여 내려진, 이 사건 제2토지에 관한 재산세 및 종합부동산세 부과처분은 그

위법이 중대ㆍ명백하다. 또한 지방교육세는 재산세를 과세표준으로 하여 산출되고, 농

어촌특별세는 종합부동산세를 과세표준으로 하여 산출되므로, 위와 같이 재산세 및 종

합부동산세 부과처분에 관한 위법이 중대ㆍ명백한 이상, 지방교육세 및 농어촌특별세

부과처분에 관한 위법도 중대ㆍ명백하다.

라. 소결

따라서 이 사건 각 부과처분에 따라 납부한 이 사건 재산세 등의 귀속주체인 피고

들은 원고에게, 원고가 이미 납부한 세액에서 관련 법령에 따라 정당하게 산정된 세액

을 제외한 나머지 금액을 부당이득으로 반환함과 아울러 지방세 및 국세 환급가산금

또는 지연손해금 등을 가산하여 지급할 의무가 있다.

3. 부당이득반환 범위에 관한 판단

가. 계산방식에 관한 판단

1) 논의의 전제

한국지방세연구원은 2022. 12. 31. 구 지방세법 제106조 를 통하여 재산세가 경

감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지에 관하여 연구논문 ‘재산세 경감토지 분리과

세에 따른 세액 계산방식 검토’(을나 제1호증)를 발표하였는데, 위 연구논문에는 ① 과

세대상을 구분하여 감면 전 세액을 산출 후 경감율을 적용하여 세액을 경감하는 방

식 (이하 ‘유형1 계산방식’이라 한다), ② 과세대상 구분 후 과표에 경감율을 적용하여 과표공제 후 세액을 산출하는 방식 (이하 ‘유형2 계산방식’이라 한다), ③ 전체 토지에서 과표 구분 후 비감면분 토지를 분리과세로 분류하여 세액을 산정하는 방식 (이하‘유형3 계산방식’이라 한다), ④ 경감비율에 해당하는 토지에 대해서 분리과세대상으로의 구분전환만을 적용하여 세액산출하는 방식 (이하 ‘유형4 계산방식’이라 한다), ⑤ 경감비율에 해당하는 토지에 대해서만 분리과세대상으로의 구분전환 후 경감율을 적용하여 과표에서 공제하는 방식 (이하 ‘유형5 계산방식’이라 한다), ⑥ 경감비율에 해당하는 토지에 대해서만 분리과세대상으로의 구분전환 후 경감률을 적용하여 세액을 경

감하는 방식 (이하 ‘유형6 계산방식’이라 한다) 등 6가지의 세액계산방식이 기재되어

있다.

2) 판단

가) 어떤 계산방식을 택해야 하는지 여부(유형2 계산방식)

(1) 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로 분류하여야 하고, 이 사건 제1토

지에 대한 종합부동산세를 산정할 때에는 분리과세대상에 해당하는 이 사건 경감 부분

은 과세대상에서 제외하여야 함은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 경감 부분은 분리과

세대상으로, 이 사건 비경감 부분은 별도합산과세대상으로 각 구분하여야 할 것이다.

(2) 이 사건 경감규정의 문언에 의할 때, 이 사건 경감규정에 따른 경감은 이

사건 경감 부분에 한정되어 적용되는 것이 아니라 이 사건 비경감 부분에도 적용되는

것으로 해석되므로, 조세법률주의 원칙상 이 사건 경감 부분 및 비경감 부분에 각 이

사건 경감규정에 따른 경감이 이루어져야 한다.

(3) 지방세특례제한법 제179조 는 “토지에 대한 재산세의 경감 규정을 둔 경우

에는 경감대상 토지의 과세표준액에 해당 경감비율을 곱한 금액을 경감한다.”라고 규

정하고 있고, 이 사건 경감규정이 재산세의 경감 규정에 해당하는 것은 명백하므로, 먼

저 세액을 산출할 것이 아니라 이 사건 경감 부분 및 비경감 부분의 감면 전 과세표준

에 각각 감면규정을 적용하여 경감비율만큼 과세표준을 공제해야 하고, 이에 따라 산

출된 과세표준에 지방세 등에 따른 세율을 적용하여 최종적인 세액을 결정하여야 한

(4) 따라서 이 사건 경감규정, 구 지방세법 및 지방세특례제한법에 따르면 특

별한 사정이 없는 한 과세대상 구분 후 과표에 경감율을 적용하여 과표공제 후 세액을

산출하는 유형2 계산방식을 따라야 할 것으로 보인다.

나) 유형2 계산방식이 중복감면에 위반되는지 여부

지방세특례제한법 제180조 는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때

둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다

고 규정하고 있다. 또한 지방세법특례제한법 제2조 제1항 제6호는 “지방세 특례”란 세

율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환

을 포함한다) 등을 말한다고 규정하고 있고, 제4조 제1항, 제182조는 지방세의 세율경

감, 세액감면 및 세액공제를 모두 “지방세 감면”으로 통칭하고 있으므로, 과세대상 구

분전환도 ‘지방세 감면’에 해당하여 지방세특례제한법 제180조 에 따른 중복 특례의 배

제가 적용될 수 있다.

그러나 구 지방세법은 토지를 재산세 과세대상으로 보고(제105조), 이를 종합

합산과세대상․별도합산과세대상․분리과세대상으로 구분하여(제106조 제1항), 이에 따

른 과세표준과 세율을 결정하도록 하고 있다(제110조, 제111조). 결국 재산세 과세 대

상인 토지는 구 지방세법 제106조 제1항 에 따른 종합합산과세대상․별도합산과세대

상․분리과세대상 중 어느 하나에 포섭되어야 하는바(대법원 2018. 11. 29. 선고 2018

두45725 판결 등 참조), 이러한 구 지방세법의 규정, 내용, 구조에 비추어 보면, 구 지

방세법 제106조 제1항에서 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토

지의 경감비율에 해당하는 토지’를 분리과세대상으로 보는 것은 위 토지가 처음부터

분리과세대상으로 포섭되는 것일 뿐, 그 과세대상 구분을 전환시키는 규정이라거나, 더

나아가 구 지방세특례제한법 제180조 에 의하여 중복 특례가 배제되는 ‘감면 규정’에 해

당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 제1토지에 관한 감면 규정은 구 지방세법 제106

조 제1항을 제외한 이 사건 경감규정뿐이므로, 유형2 계산방식이 중복감면에 위반될

여지는 없다.

다) 유형2 계산방식이 순환반복에 해당되는지 여부

토지에 대한 재산세의 정당세액 계산은 ① 대상토지를 종합합산과세대상․별

도합산과세대상․분리과세대상 중 하나로 과세대상을 구분한 뒤(과세대상 구분 단계),

② 대상토지에 대한 재산세 감면규정이 있는 경우 대상 토지에 대한 과세표준액에서

경감비율을 곱한 금액을 경감하여 최종 과세표준을 산출하고(과세표준 산출 단계), ③

그에 따라 산출된 과세표준에 세율을 적용하는 방법(세액적용 단계)에 따라 이루어지

게 된다. 경감비율 부분을 분리과세대상으로 보는 것은 과세대상의 구분 단계에서 이

루어지는 것이고, 이후 각 과세대상에 감면규정을 적용하여 경감비율만큼의 과표를 공

제하는 것은 과세표준 산출 단계에서 이루어지는 것이다. 따라서 과세대상(이 사건 제

1토지)에 감면규정을 적용한 뒤에는 세율을 적용하여 최종 세액이 산출되는 것이지 다

시 과세대상의 구분이 문제될 여지가 없으므로, 유형2 계산방식이 순환반복에 해당되

지도 않는다.

나. 기준면적에 관한 판단

1) 원고는 이 사건 제1토지 전체가 구 지방세특례법 제84조 제1항의 사권제한 토

지에 해당하므로, 위 토지의 전체 면적(x,xxx㎡)을 기준으로 유형2 계산방식에 따라 정

당세액 및 부당이득액을 산출하여야 한다고 주장한다. 이에 대하여 피고들은 이 사건

제1토지 중 구 지방세특례법 제84조 제1항에 따른 장기 미집행 토지의 면적은 x,xxx㎡

이므로 이를 기준으로 정당세액 및 부당이득액을 산출하여야 한다고 주장한다.

2) 살피건대, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같

은 사정에 비추어 보면, 이 사건 제1토지에 관한 정당세액 및 부당이득액 산출은 이

사건 제1토지 전체 면적(x,xxx㎡)을 기준으로 계산하여야 한다고 봄이 타당하다.

① 피고 OOOO시가 2019년경 언론에 공개한 자료에 따르면, 서울 OOO구

aaa동 xx-x 토지(이 사건 제1토지)와 같은 동 xx-x 토지가 1978. 2. 22.경 학교용지

로 지정 고시되었고, 그 지정 면적이 xx,xxx㎡인데, 11) 위 xx-x 토지와 xx-x 토지의 각

면적이 x,xxx㎡인 점에 비추어 볼 때, 이 사건 제1토지 전부에 대하여 학교용지 지정

고시가 되었다가 장기 미집행되었음을 알 수 있다.

② OOO구청장이 2020. 7. 2. 고시한 도시계획시설(학교) 결정 실효 및 지형도

면 고시에도 이 사건 제1토지 및 서울 OOO구 aaa동 xx-x 토지 xx,xxx㎡에 관하

여 도시계획시설(학교) 결정이 있었다가 실효되었다고 기재되어 있는바, 이 사건 제1토

지 전부에 대하여 학교용지 지정 고시가 되었다가 장기 미집행되었음이 확인된다.

③ 피고 OOOO시는 재산세 대장 등을 근거로 이 사건 제1토지 중 xxx㎡를

제외한 x,xxx㎡ 부분만이 장기 미집행된 토지에 해당하므로, 이를 기준으로 정당세액

및 부당이득액을 산출하여야 한다고 주장하나, 위 재산세 대장 등은 타 지방자치단체

에 제공되었을 뿐 원고에게 제공되지 않은 것으로 보이고, 고시나 공고가 이루어지지

도 않은 것으로 보인다.

④ 구 지방세특례제한법 제84조 제1항 은 지형도면이 고시된 후 10년 이상 장기

간 미집행된 토지에 대하여 재산세를 감면해 줄 것을 규정하고 있다. 피고 OOOO시

는 이 사건 제1토지 중 xxx㎡에 관하여는 이를 구 지방세특례제한법상 재산세가 감면

되는 토지가 아니라고 주장하고 있는바, 이는 위 토지 중 xxx㎡는 10년 이내에 집행이

이루어졌다는 의미로 이해되나, 피고 OOOO시가 제출한 증거만으로 위와 같은 사실

을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

다. 부당이득반환의 구체적 범위

1) 위와 같이 이 사건 제1토지의 전체 면적을 기준으로, 이 사건 제1, 2토지에 관

하여 유형2 계산방식에 따라 정당세액과 부당이득액을 계산하여야 한다.

2) 이에 따라 피고 OOOO시 OOO구, OOOO시가 원고에게 반환하여야 할 부

당이득액 합계액이 아래 표와 같이 xxx,xxx,xxx원(= 재산세 xxx,xxx,xxx원 + 지방교육

세 xx,xxx,xxx원)이라는 사정에 대하여는 위 당사자들 사이에 다툼이 없다.

3) 한편, 종합부동산세 및 농어촌특별세와 관련하여, 2016~2018년의 정당세액과

부당이득액은 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여, 2019년의 정당세액과

부당이득액은 피고 대한민국이 자인하는 범위에서 원고가 구하는 바에 따라,

2020~2021년의 정당세액 및 부당이득액은 원고와 피고 대한민국 사이에 다툼이 없으

므로, 각 아래 표와 같이 인정할 수 있는바, 피고 대한민국이 원고에게 반환하여야

할 부당이득액 합계액은 x,xxx,xxx,xxx원(= 종합부동산세 xxx,xxx,xxx원 + 농어촌특별

세 xxx,xxx,xxx원)이 된다.

4) 따라서 원고에게, ① 피고 OOOO시 OOO구는 자신에게 귀속된 과오납 재산

세 xx,xxx,xxx원(= 재산세 xxx,xxx,xxx원 × 1/2), ② 피고 OOOO시는 자신에게 귀속

된 과오납 재산세 및 지방교육세 xx,xxx,xxx원[= 재산세 xx,xxx,xxx원(xxx,xxx,xxx원

× 1/2) + 지방교육세 xx,xxx,xxx원], ③ 피고 대한민국은 자신에게 귀속된 과오납 종

합부동산세 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx,xxx원(= 종합부동산세 xxx,xxx,xxx원 + 농어촌

특별세 xxx,xxx,xxx원) 및 위 각 돈에 대한 환급가산금 및 지연손해금을 지급할 의무

가 있다.

5) 위 각 부당이득금에 대한 환급가산금 내지 지연손해금에 대해서 관련 법리에

관하여 살피건대, 국세환급금은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거나 그 후 소멸하였

음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있는 부당이득에 해당

하고, 가산금은 그 부당이득에 대한 법정이자로서의 성질을 가진다(대법원 2008. 1.

10. 선고 2007다79534 판결 참조). 이때 환급가산금의 내용에 대한 세법상의 규정은

부당이득의 반환범위에 관한 민법 제748조 에 대하여 그 특칙으로서의 성질을 가진다고

할 것이므로, 환급가산금은 수익자인 국가의 선의․악의를 불문하고 그 가산금에 관한

각 규정에서 정한 기산일과 비율에 의하여 확정된다. 한편 부당이득반환의무는 일반적

으로 기한의 정함이 없는 채무로서, 수익자는 이행청구를 받은 다음 날부터 이행지체

로 인한 지연손해금을 배상할 책임이 있다. 그러므로 납세자가 조세환급금에 대하여

이행청구를 한 이후에는 법정이자의 성질을 가지는 환급가산금청구권 및 이행지체로

인한 지연손해금청구권이 경합적으로 발생하고, 납세자는 자신의 선택에 좇아 그중 하

나의 청구권을 행사할 수 있다(대법원 2009. 9. 10. 선고 2009다11808 판결 참조).

또한 세무서장이 국세환급금을 지급할 때에는 국세기본법 시행령 제43조의3 , 동법

시행규칙 제19조의3에 의한 기산일, 기본이자율에 따라 계산한 국세환급가산금을 국세

환급금에 가산하여야 한다( 국세기본법 제52조 제1항 참조). 지방자치단체의 장이 지방

세환급금을 지급하여야 하는 경우에도 이와 같다( 지방세기본법 제60조 , 제62조 제1항,

지방세기본법 시행령 제43조 참조). 위 기본이자율은 2016. 3. 7.부터 2017. 3. 14.까지

는 연 1.8%, 2017. 3. 15.부터 2018. 3. 18.까지는 연 1.6%, 2018. 3. 19.부터 2019. 3.

19.까지는 연 1.8%, 2019. 3. 20.부터 2020. 3. 12.까지는 연 2.1%, 2020. 3. 13.부터

2021. 3. 15.까지는 연 1.8%, 2021. 3. 16.부터 2023. 3. 19.까지는 연 1.2%이다.

6) 원고는 이 사건 소를 제기하면서, 과오납한 국세 및 지방세 환급금(①)과 이에

대한 각 납부일부터 이 사건 소 제기일 전날까지의 환급가산금(②)의 합산액 및 그중

과오납한 국세 및 지방세 환급금(①)에 대하여는 이 사건 소 제기일부터 소장 송달일

까지는 국세기본법 및 지방세기본법과 그 시행령, 시행규칙에 따른 환급가산금을, 그

다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법에 따른 지연손해금의 지급을

구하였다. 원고의 의사는 이 사건 소장 송달일까지는 환급가산금청구권을, 그 후로는

이행지체로 인한 지연손해금청구권을 행사하는 것으로 해석된다. 다만, 2020년과 2021

년의 각 과오납 국세 및 지방세 환급금에 대하여는 2022. 11. 15.자 청구취지 및 청구

원인 변경신청서에서 추가로 청구하였는바, 부당이득반환채무는 이행의 기한이 없는

채무로서 이행청구를 받은 때로부터 지체책임이 있으므로(대법원 2008. 2. 1. 선고

2007다8914 판결 참조), 2020년과 2021년의 각 과오납 국세 및 지방세 환급금에 대한

지연손해금은 위 청구취지 및 청구원인 변경신청서 송달일 다음날부터 기산한다고 볼

것이다.

7) 원고가 과오납한 국세 및 지방세 환급금에 대한 각 납부일부터 이 사건 소 제

기일 전날인 2021. 12. 13.까지의 환급가산금 합산액을 계산하면 별지2 각 환급가산금

계산표 ‘환급가산금 합계’란 기재와 같다.

라. 소결론

결국 원고에게, ① 피고 OOOO시 OOO구는 자신에게 귀속된 과오납 재산세

xx,xxx,xxx원과 이에 대한 2017년부터 2021년까지의 각 연도별 재산세 납부일 다음날

부터 이 사건 소 제기 전날인 2021. 12. 13.까지의 환급가산금 x,xxx,xxx원의 합계인

xx,xxx,xxx원 및 그중 xx,xxx,xxx원(2017년부터 2019년까지의 지방세 환급금)에 대하

여는 2021. 12. 14.부터 이 사건 소장 송달일인 2021. 12. 30.까지 연 1.2%의 비율로

계산한 환급가산금을, x,xxx,xxx원(2020년부터 2021년까지의 지방세 환급금)에 대하여

는 2021. 12. 14.부터 2022. 11. 15.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서 송달일인

2022. 11. 16.까지 연 1.2%의 비율로 계산한 환급가산금을, 각 그 다음날부터 피고 OOOO시 OOO구가 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 것이 타당하

다고 인정되는 이 판결 선고일인 2025. 5. 15.까지 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부

터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지

연손해금을 각 지급할 의무가 있고, ② 피고 OOOO시는 자신에게 귀속된 과오납 재

산세 및 지방교육세 xx,xxx,xxx원과 이에 대한 2017년부터 2021년까지의 각 연도별

재산세 및 지방교육세 납부일 다음날부터 이 사건 소 제기 전날인 2021. 12. 13.까지의

환급가산금 x,xxx,xxx원의 합계인 xx,xxx,xxx원 및 그중 xx,xxx,xxx원(2017년부터

2019년까지의 지방세 및 지방교육세 환급금)에 대하여는 2021. 12. 14.부터 이 사건 소

장 송달일인 2021. 12. 30.까지 연 1.2%의 비율로 계산한 환급가산금을, x,xxx,xxx원

(2020년부터 2021년까지의 지방세 및 지방교육세 환급금)에 대하여는 2021. 12. 14.부

터 2022. 11. 15.자 청구취지 및 청구원인 변경신청서 송달일인 2022. 11. 16.까지 연

1.2%의 비율로 계산한 환급가산금을, 각 그 다음날부터 피고 OOOO시가 그 이행의

무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는 것이 타당하다고 인정되는 이 판결 선고일

인 2025. 5. 15.까지 민법이 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 소송촉진

등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 각 지급할 의무가

있으며, ③ 피고 대한민국은 자신에게 귀속된 과오납 종합부동산세 및 농어촌특별세

x,xxx,xxx,xxx원과 이에 대한 2016년부터 2021년까지의 각 연도별 종합부동산세 및 농

어촌특별세 납부일 다음날부터 이 사건 소 제기 전날인 2021. 12. 13.까지의 환급가산

금 중 원고가 구하는 바에 따른 xx,xxx,xxx원의 합계인 x,xxx,xxx,xxx원 및 그중

x,xxx,xxx,xxx원(2016년부터 2019년까지의 종합부동산세 및 농어촌특별세 환급금)에

대하여는 2021. 12. 14.부터 이 사건 소장 송달일인 2021. 12. 28.까지 연 1.2%의 비율

로 계산한 환급가산금을, xx,xxx,xxx원(2020년부터 2021년까지의 종합부동산세 및 농

어촌특별세 환급금)에 대하여는 2021. 12. 14.부터 2022. 11. 15.자 청구취지 및 청구원

인 변경신청서 송달일인 2022. 11. 24.까지 연 1.2%의 비율로 계산한 환급가산금을, 각

그 다음날부터 피고 대한민국이 그 이행의무의 존재 여부나 범위에 관하여 항쟁하는

것이 타당하다고 인정되는 이 판결 선고일인 2025. 5. 15.까지 민법이 정한 연 5%의,

그 다음날부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율

로 계산한 지연손해금을 각 지급할 의무가 있다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 청구는 위 각 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를

각 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하며, 소송비용의 부담에 관하

여는 청구취지의 감축 경위 등 소송의 진행경과와 제반 사정을 참작하여 민사소송법

제99조, 제101조를 적용하여, 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 김지혜 전자서명완료

판사 이원석 전자서명완료

판사 채지웅 전자서명완료