이 사건 토지 지분을 현물출자한 것이 확정된 시기는 총유물인 이 사건 토지에 대한 관리 및 처분행위가 있었던 2차 총회일로 봄이 상당함

2차 총회 결의와 신탁결의서 제출로 원고는 이 사건 토지 지분을 등기에 상관없이 이 사건 조합에 사실상 양도하여 현물출자를 이행하였다고 봄이 상당함. 원고는 자산을 출자한 것에 대한 대가로 사원의 지위를 취득함.

사 건

2024구단76372 양도소득세부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2025. 8. 27.

판 결 선 고

2025. 10. 29.

주 문

1. 피고가 0000. 0. 0. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 0,000,000원(가산세 000,000원 포함) 부과 처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다

청 구 취 지

주문과 같다

이 유

1. 처분의 경위

가. ‘aaaaaa aaaa주택조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)‘은 ’00 0구 00동 0000-0 대 00000㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)‘에 공동주택을 건설하고 이를 제3자에게 분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 하여 그 수익금을 배분하는 것을 목적으로 설립된 단체이다. 원고는 이 사건 토지의 지분 소유자로 이 사건 조합의 조합원이다.

나. 피고는 0000. 0. 0. 원고에게,‘현물출자한 토지에 대해 무신고’를 사유로 다음과 같이 2016년 귀속 양도소득세 0,000,000원(가산세 포함)을 부과할 예정이라고 세무조사결과를 통지하였다.

다. 피고는 0000. 0. 0. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 0,000,000원(가산세 000,000원 포함)을 결정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 0000. 0. 00. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 제2, 7, 19, 20, 32호증, 을 제2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장 요지

1) 부과제척기간(7년) 도과

❶ 원고

원고는 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 현물출자함으로써 사업시행에 따른 수익배분을 받을 수 있는‘사원의 지위’를 취득하였고, 이는 소득세법상 양도소득세 과세원인인 ‘양도’에 해당한다. 원고가 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 양도한 시기는 이 사건 토지에 관한 환지처분이 있던 2014. 0. 00., 또는 늦어도 이 사건 조합의 제2차 총회에서 현물출자 결의를 한 2015. 0. 0.이다. 이 사건 처분은 무신고로 인한 부과제척기간 7년(2023. 5. 31.)이 지나 이루어졌다.

❷ 피고

이 사건 조합의 실질은 비법인사단이고, 비법인사단의 구성원들은 총유재산에 대한 지분권이 인정되지 않으므로,‘사원으로서의 지위’는 이 사건 토지 지분 양도에 대한 대가로 볼 수 없고, 원고가 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 양도함으로써 얻는 대가는 실제 이 사건 사업의 시행에 따라 지급받는 수익금이다. 이 사건 토지 지분의 양도일은 소득세법 제98조 에 따른 원칙적 양도 시기인 대금청산일, 즉 수익금을 지급받는 날이지만, 그 전에 이 사건 토지 지분에 대한 신탁등기가 경료되었으므로, 대금청산일에 앞서 등기가 이루어진 경우에 해당하여 소득세법 제98조 , 같은 법 시행령 제162조 제1항 제2호에 따라 신탁등기가 경료된 2016. 3. 00. 양도가 있었다. 이 사건 처분일 현재 부과제척기간이 지나지 않았다.

2) 절차상 중대한 하자

이 사건 처분은, 국세기본법에서 정한 과세예고통지 및 과세전적부심사 없이 이루어졌다. 절차상 중대한 하자가 있다

세무조사결과통지는 과세예고통지와 같은 역할을 해 세무조사결과통지 외에 과세예고통지를 별도로 할 필요가 없다. 세무조사 결과 통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당하여 국세기본법 제81조의15 제3항 따라 과세전적부심사 청구를 할 수 없다.

3. 부과제척기간(7년) 도과 여부

가. 인정사실

❶ 공동주택용지에 대한 환지처분

• 재정경제부는 개발사업을 위해 2003. 8. 00. 00 0구(00) 등을 0000자유구역으로 지정하였다. 사업시행자인 0000개발공사와 000000공사(이하 사업시행자를‘0000공사’라고만 한다)는 2006. 12. 0.‘00지구 0000도시 개발사업’ 실시계획 승인을 받았는데, 원고 소유 토지는 환지 대상 토지에 포함되었다.

• 2009. 1. 00. 환지계획이 인가되고, 2009. 2. 0. 환지예정지 지정 공고가 있었다. 환지예정지는 단독주택용지와 공동주택용지로 구분되었는데, 0000공사는 도시개발법 시행규칙 제9조 1)에 따라 공동주택용지를 공유로 하여 환지를 지정하고, 원고 소유 토지는 공동주택용지로 환지예정지 지정을 받았다. 0000도시 개발사업 환지시행규칙 제11조는, 공동주택용지에 환지를 지정받은 토지 중 권리면적의 2/3이상, 소유자 수의 1/2이상이 공동주택 처리방안을 결정할 경우, 그 결정에 반대하는 토지소유자에 대하여는 금전청산 대상자로 환지계획을 변경할 수 있다고 규정하였고, 이러한 내용이 환지예정지 지정 당시 안내되었다

• 공동주택용지(A00, A00, A00 구역)에 공동주택을 건설하여 분양하는 사업의 진행을 위해 ‘0000도시 환지대책위원회’가 구성되었고, 위 대책위원회는 2009. 11. . 창립총회를 개최하여, 창립총회에서‘개발사업 및 조합창립 결의’,‘조합정관 인준’ 안건등이 의결되고, 조합장 등이 선임되어 이 사건 조합이 설립되었다. 위 정관상 이 사건 조합은 설립등기나 조합설립인가를 받을 것을 예정하였으나, 실제 설립등기나 조합설립인가를 받지 않았다. 위 정관상 조합원 자격은 0000도시 개발사업의 공동주택용지 중 A00, A00, A00 토지를 소유한 자(환지주)이다(제11조 제1항).

• 0000공사는 2013. 1. 00., 2013. 3. 00. A00 구역 환지처분 대상자 중 공동주택 건설에 동의한 사람은 A00 구역으로, 동의하지 않는 사람은 A00, A00 구역으로 구분하여 환지계획을 변경하고, 2014. 1. 00. 도시개발법 제40조 에 따라 환지처분을 공고하였다. 환지처분에 따라 A00 구역 면적(00000㎡), 원고의 공유지분 등 이 사건 토지의 공유자 및 공유지분이 확정되었다.

❷ 2015. 5. 0.자 2차 총회 결의

• 이 사건 조합은 2015. 5. 0. 2차 총회를 개최하여, 정관 개정(환지처분에 따라 확정된 이 사건 토지만 사업시행구역으로 하고, 조합원도 A00 토지 소유자로 하며, 사업의 시행방법에 신탁개발 방식을 추가하는 내용, 이하 ‘개정 정관’이라 한다) 및 이 사건 토지 지상에 공동주택 및 부대복리시설을 건축하기 위한 사업계획을 승인하는 내용의‘개발사업 및 신탁결의’ 안건을 의결하였다. 의결된 정관 중 사업시행, 조합원 지위에 관한 부분은 다음과 같다

• 의결된 ‘개발사업 및 신탁결의’에 따라, 원고를 포함한 조합원들은 조합에 인감증명서를 첨부하여‘조합이 관리형 또는 차입형 토지신탁 방식으로 사업을 시행하고, 이를 위해 부동산신탁회사와 관리형 또는 차입형 토지신탁을 체결함에 조합원이 전원이 동의한다’는 내용의 ‘사업결의 및 신탁결의서’를 제출하였다.

❸ 신탁계약의 체결 및 신탁등기

• 이 사건 조합은 2015. 8. 00. 신탁사인 주식회사 bbbb신탁(이하 법인명에서 ‘주식회사’ 기재는 생략한다), 시공사 cccc, 시행업무대행사 dddddd와 이 사건 사업 시행을 위한 사업협약을 체결하였다.

• 이 사건 조합은 2015. 11. 00. 제3차 총회를 개최하여, 시공사 선정, 환지등기 및 신탁등기 실행 안건(환지 촉탁등기, 이 사건 조합 명의로 신탁등기, 신탁사 명의로 신탁등기를 같은 날 경료한다는 내용)을 의결하였다.

• 신탁사인 bbbb신탁이 이 사건 사업에 대한 투자심의를 보류하자, 이 사건 조합은 2016. 1. 00. 임시총회를 개최하여 eeee신탁으로 신탁사 변경과 담보신탁을 통한 경비조달 등을 의결하고, 2016. 3. 00. eeee신탁과 신탁계약을 체결하였다.

• 2016. 3. 00. 000000공사의 환지촉탁에 따라 도시개발사업에 따른 환지처분으로 인한 이 사건 토지 공유지분자들의 지분이전등기가 이루어지고, 같은 날 그 지분에 관하여 이 사건 조합을 수탁자로 하는 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기 및 eeee신탁을 수탁자로 하는 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기(이하 이 사건 조합을 수탁자로 하는 신탁등기와 eeee신탁을 수탁자로 하는 신탁등기를 통틀어 ‘이 사건 신탁등기’라 한다)가 이루어졌다.

• 등기부상 이 사건 신탁의 원인인 ‘신탁계약증서’ 내용은 다음과 같다.

❹ 이 사건 사업의 완료

eeee신탁이 이 사건 사업을 시행하여, 2018. 8. 00. 이 사건 토지에 8개동 000세대 공동주택이 준공되었다. 이 사건 조합은 일반분양에 따른 분양수익금을 2019. 6.경부터 2023년경까지 조합원들의 지분비율대로 정산하여 지급하였다.

[인정근거] 갑 제1 내지 18, 34 내지 36, 39호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체

의 취지

나. 구체적인 판단

1) 소득세법은, ‘양도’란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하고(제88조 제1호), 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다(제98조).

조합에 출자된 자산은 출자자의 개인재산과 구별되는 별개의 조합재산을 이루어 조합원의 합유로 되고 출자자는 그 출자의 대가로 조합원의 지위를 취득하는 것이므로, 조합에 대한 자산의 현물출자는 자산의 유상이전으로서 양도소득세의 과세원인인 양도에 해당하고, 그 양도시기는 조합에 현물출자를 이행한 때이다(대법원 1985. 11. 12. 선고 85누339 판결, 대법원 2002. 4. 23. 선고 2000두5852 판결 참조).

2) 현물출자의 대가: 사원의 지위

• 이 사건 조합은 고유의 목적(이 사건 토지에 공동주택을 건설하고 이를 제3자에게 분양하여 수익금을 배분)을 가지고 사단적 성격을 가지는 규약(정관)을 만들어 이에 근거하여 의사결정기관 및 집행기관인 대표자를 두는 등의 조직을 갖추고 있고, 기관의 의결이나 업무집행방법이 다수결의 원칙에 의하여 행하여지며, 구성원의 가입, 탈퇴 등으로 인한 변경에 관계없이 단체 그 자체가 존속되고, 그 조직에 의하여 대표의 방법, 총회나 이사회 등의 운영, 사업시행방법, 개발이익분배 등 단체로서의 주요사항이 확정되어 있으므로 비법인사단으로서 실체를 가진다(대법원 1992. 7. 10. 선고 92다2431 판결 참조).

• 비법인 사단의 사원이 집합체로서 물건을 소유할 때에는 총유로 한다( 민법 제275조 ). 사원의 권리는 사단의 관리‧운영에 참여하는 것(공익권) 외에도, 사단으로부터 이익을 추구하는 권리(사익권), 예컨대 이익배당청구권 또는 잔여재산분배청구권도 포함된다.

즉 총유는 합유와 같이 합유물에 대한 지분이 없지만, 비법인사단의 사원은‘사원의 지위’를 통해 총유물의 관리‧처분에 참여할 수 있는 권리나 확정된 총유물에 대한 권리를 사단에 대해 청구할 수 있는 권리를 갖게 된다.

• 이 사건 조합은 2015. 5. 0. 2차 총회결의 및 개정 정관을 통해,‘조합원에게 출자된 비율에 따라 수익을 배분(제5조)’하기로 사업시행방법을 정하고, 조합원은 조합에 대해‘사업이익의 출자비율에 따른 이익배당권(제12조)’을 가지며,‘사업을 통해 발생된 이익금에서 사업비를 제외한 개발이익을 조합원에게 권리금액의 비율대로 분배(제42조)’하기로 정하였다. 사업이 시행된 후 수익이 발생하였음에도 조합이 조합원에게 이익배당을 하지 않으면, 조합원은 조합에게 정관에서 정한 바에 따라 이익배당을 청구할 수 있다.

• 총유물에 관한 사원의 권리의무는 사원의 지위를 취득상실함으로써 취득상실한다( 민법 제277조 ).‘사원의 지위’를 통해 총유물에 대한 권리를 가지기 때문에 사원의 지위에 따라 총유물에 대한 권리도 존재한다. 개정 정관은, 조합원의 임의탈퇴가 금지되고 본인 소유 토지를 양도하면 조합원 자격이 자동 상실되도록 정하였으며, 조합원이 제명되는 경우 제명된 조합원은 발생한 이익이 아니라 제명시점의 토지 감정평가액을 지급받고 조합원 지위를 상실한다고 정하였다. 이 사건 사업에 제공된 개인 토지 지분은 더 이상 개인 소유가 아니라 총유물이어서 이 사건 사업에 제공된 것과 다른 용도로 사용하지 못하고, 총유물인 토지 지분 소유에 따라 사원의 지위도 변한다(2015. 5. 6.자 2차 총회 이후 이 사건 조합이 지분을 매수한 조합원들은, 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 출자하였다가 조합에서 탈퇴하기로 하여 조합에서 토지 지분을 매수하고, 조합원의 지위를 상실한 것이다. 조합의 토지 지분 매수 시점에 조합에 토지 지분을 출자한 것이 아니다).

• 원고는 비법인사단인 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 제공하기로 하였고, 출자한 자산은 원고 개인 재산과 분리되어 비법인사단의 재산으로서 조합원의 총유로 되며, 원고는 자산을 출자한 것에 대한 대가로 ‘사원의 지위’를 취득하였다. ‘사원의 지위’에서 사원은 총유물의 관리‧처분에 관여할 권리가 있고, 향후 총유물의 관리‧처분 내용이 확정되면 사업시행에 따른 수익을 배분받을 수 있게 되므로, ‘사원의 지위’ 자체에 ‘재산적 가치’가 있다. 비법인사단인 이 사건 조합에 대한 토지 지분의 현물출자 대가도 조합이나 법인과 마찬가지로 ‘사원의 지위’이고, 사원의 지위를 통해 총유물에 대한 권리를 가지므로 재산적 가치가 있어 자산의 유상이전에 해당한다.

• 피고는 정관이 비법인사단의 자치법규에 불과하여 정관에 따른 사원의 지위를 구체적인 권리라고 할 수 없다고 주장한다. 사원총회 결의에 의해 정관이 확정되고, 정관 및 사원총회 결의에 따라 사원의 지위나 총유물의 관리 및 처분도 이루어진다. 원고는 정관에 따라 사원의 지위에서 비법인사단이나 총유물에 대한 권리를 가지고, 이를 소구할 수 있다. 피고가 주장하는 대법원 1992. 8. 18. 선고 92다13875, 13882, 13899 판결은, 정관무효확인을 구하는 것이 신청인들의 구체적인 권리관계를 대상으로 한 것이 아니어서 소의 이익이 없다는 내용이다. 정관규정의 효력은 구체적인 권리관계의 분쟁이 발생한 경우 분쟁 해결의 선결문제로 판단될 문제이다. 위 판결에 따르면 예컨대 원고가 비법인사단을 상대로 정관에 따라 이익배당을 청구하면 되지, 정관의 무효확인을 구하는 것은 소의 이익이 없다는 취지이다.

3) 현물출자의 시기

• 총유에 관하여는 사단의 정관 기타 계약에 의하는 외에 총유물의 관리 및 처분은 사원총회의 결의에 의한다( 민법 제275조 제2항 , 제276조 제1항). 총유물의 관리 및 처분에 관하여 정관이나 규약에 정한 바가 있으면 이에 따라야 하고, 그에 관한 정관이나 규약이 없으면 사원 총회의 결의에 의하여야 하는 것이므로, 정관이나 규약에 정함이 없는 이상, 사원 총회의 결의를 거치지 않은 총유물의 관리 및 처분행위는 무효이다(대법원 2003. 7. 22. 선고 2002다64780 판결 참조). 총유물의 관리 및 처분행위라 함은 총유물 그 자체에 관한 법률적·사실적 처분행위와 이용·개량행위를 모두 포함한다(대법원 2003. 7. 22. 선고 2002다64780 판결 참조)

• 이 사건 토지는 0000 0000도시 개발사업 중 환지방식(공동주택용지)으로 개발사업이 시행되었다. 원고는 이 사건 토지의 공유자로서 이 사건 토지를 이 사건 사업에 제공할 것을 예정하고 사업추진위원회에 동의서를 이미 제출하여, 이 사건 조합의 설립 이후 조합원으로서 비법인사단의 사원이 되었다. 2014. 1. 00. 환지처분으로 이 사건 사업의 시행구역인 이 사건 토지의 공유자 및 공유지분이 확정되어, 원고가 현물출자하는 재산의 종류와 수량이 확정되었다. 0000공사는 2013. 11.경 감정가액 (0,000,000원/㎡)으로 A00 구역 금전청산을 하여 이 사건 토지 지분의 가격도 확정되었다. 피고도 2013. 11.경 0000공사의 감정가를 기준으로 원고의 이 사건 토지 지분 실지거래가액을 산정하여 과세예고통지 및 납세고지를 하였다.

• 이 사건 조합은 2015. 6. 0. 2차 총회에서,‘이 사건 토지를 사업시행구역으로 정하고, 조합원은 소유한 토지를 조합의 사업목적에 따라 공여 또는 신탁하고, 조합은 사업시행에 따른 수익금을 조합원들에게 출자 비율에 따라 배분하기’로 결의하였다. 즉 2015. 6. 0. 2차 총회 결의를 통해, 원고가 제공한 토지 지분이 개인의 재산과 구분되는 조합의 재산인 총유물이 되고, 총유물인 이 사건 토지에 대해 이 사건 사업에 제공한다는 관리 및 처분행위가 있었다. 여기에 더하여 원고는 총회결의 이후 총회결의 내용에 따른 신탁결의서도 별도로 제출하였다. 총유물에 대한 관리 및 처분행위에 비춰,2차 총회 결의와 신탁결의서 제출로 원고는 이 사건 토지 지분을 등기에 상관없이 이사건 조합에 사실상 양도하여 현물출자를 이행하였다고 봄이 상당하다(원고가 이 사건 토지 지분을 출자하지 않았다면, 총회에서 총유물인 이 사건 토지에 대한 관리 및 처분행위 의결을 할 수 없다).

• 정관이나 총회 결의에 따르지 않고 비법인사단인 조합이 개별 조합원과 출자에 대해 추가 이익을 약정하는 것은 총유물의 관리 및 처분행위로서 무효이다(위 2002다64780 판결 사안). 원고 등 조합원은 공동주택건설에 이 사건 토지 지분을 제공하기로 하면서 이 사건 조합에 가입하는 동의서를 이미 제출하였고(해당 서류는 보존기간이 지나 현재 남아있지 않다), 2014. 1. 00. 환지처분을 통해 현물출자 대상이 확정되었으며, 제2차 총회 결의를 통해 총유물인 이 사건 토지에 대한 관리‧처분행위가 있었다. 제2차 총회 결의를 통해 원고가 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분 현물출자 이행이 확정되어 이 사건 토지 지분은 원고 개인 재산이 아니라 총유물이 되었다. 원고는 더 이상 이 사건 토지 지분을 이 사건 사업에 제공하지 않고 다르게 사용할 수 없고, 원하지 않으면 이 사건 토지 지분을 제3자에게 매도하고 조합을 탈퇴할 수 밖에 없다.

• 피고 주장과 같이 별도 현물출자 약정이 필요하다고 볼 수 없고, 별도로 정할 수도 없으며, 신탁등기의 원인이 된 신탁계약서에 의하여 비로소 원고 등 조합원에게 조합을 상대로 수익을 분배할 수 있는 권리가 생기는 것도 아니다. 신탁계약서도 신탁재산의 처분을 총회결의를 받아야 한다고 정하고, 수익권에 대해서는 개정 정관과 마찬가지로 정하였다. 만일 수익분배에 관해 총회결의를 통해 다르게 정해진다면 조합원의 권리도 해당 총회결의에 따라 변동된다. 신탁계약에서 정한 내용에 따르는 것이 아니다. 조합원이 조합과 사이에, 총회 결의와 다르게 별도로 이익분배 등을 약정하면 무효이다. 원고가 사업의 종료 후 분배받는 개발이익은 토지의 양도소득이 아니라 사업에 따른 이득을 분배받는 배당소득으로서 별도로 소득세가 과세되어야 한다.

• 2차 총회 결의 이후 신탁등기는, 총유물인 이 사건 토지를 이 사건 사업에 제공하기로 결정된 처분행위 의결에 따른 집행으로, 이 사건 신탁등기에 의해 비로소 원고의 이 사건 토지 지분이 조합재산인 총유물이 되었다고 할 수 없다. 만일 조합원이 총회결의나 정관에서 정한 바에 따라 조합이나 선정된 부동산신탁회사에 신탁등기를 하지 않는다면, 조합은 조합원에게 신탁등기 이행의 소를 제기할 수 있다.

4) 소결론

원고가 이 사건 조합에 이 사건 토지 지분을 현물출자한 것이 확정된 시기는 총유물인 이 사건 토지에 대한 관리 및 처분행위가 있었던 2차 총회일(2015. 5. 0.)로 봄이 상당하다. 2015년 귀속 양도소득세 신고기한은 2016. 5. 31.이고, 2024. 5. 0.자 이 사건 처분은 부과제척기간 7년이 도과하였음이 역수상 명백하므로, 나머지 점에 관하여 살필 필요 없이 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다