이 사건 근로소득에 연구수당, 식대, 연구보조비가 포함되어 있다고 볼 수 없음

원고에게 연구수당, 식대, 연구보조비가 지급되었다는 사실을 인정할 증거가 없음에도, 과세관청이 원고의 주장만을 들어 급여 중 일부를 연구수당 등의 항목으로 임의로 분류하여 비과세할 수는 없음

사 건

2024구합51993 종합소득세경정거부처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무저장

변 론 종 결

2025. 06. 19.

판 결 선 고

2025. 08. 21.

주 문

1. 이 사건 소 중 201x년 귀속 종합소득세에 관한 재경정처분의 취소를 구하는 부분과 201x년 귀속 종합소득세 부과처분에 대한 경정청구 각하통지의 취소를 구하는 부분을 모두 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 202x. x. x. 원고에 대하여 한 201x년 귀속 종합소득세에 관한 경정청구 거부처분, 202x. x. x. 원고에 대하여 한 201x년 귀속 종합소득세에 관한 재경정처분, 202x. x. x. 원고에 대하여 한 201x년 귀속 종합소득세 부과처분에 대한 경정청구 각하통지를 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

원고는 201x. x. x.부터 201x. x. x.까지 ○○○학교에서 초빙 조교수 등으로 근무

하였던 사람이다.

가. 201x년 귀속 종합소득세 신고 및 경정청구의 경위

1) 원고는 201x. x. x. 피고에게, 201x. x. x.부터 201x. x. x.까지의 근로소득 xx,xxx,xxxx원(이하 ‘이 사건 근로소득’이라 한다)과 201x년 귀속 사업소득을 합산하여, 종합소득세 xx,xxxx원을 환급받는 것으로 확정신고하였다.

2) 원고는 202x. x. xx. 피고에게, 이 사건 근로소득 중 x,xxx,xxx원은 연구수당으로서 기타소득으로, 연구보조비 xxx,xxx원과 식대 x,xxx,xxx원은 비과세근로소득으로 보아야 하므로, ○○○학교가 제출한 근로소득지급명세서(갑 제10호증)에서 위 합계 x,xxx,xxx원을 과세대상인 근로소득에서 제외하여야 한다고 주장하면서, xxx,xxx원을 환급받아야 한다는 취지의 경정청구를 하였다.

3) 피고는 202x. x. x. 원고에게 “201x년 귀속 종합소득세 경정청구 검토한바, 근로소득지급명세서 및 기타소득 지급명세서 정정되지 않았는바, 본 경정청구 기각처리하고자 합니다”라는 처리사유로 경정청구를 기각하였다(이하 ‘201x년 종합소득세 경정청구 거부처분’이라 한다).

4) 이에 불복하여 원고는 202x. x. x. 피고에게 이의신청하였으나 202x. x. x. 이의신청 기각 결정통지를 받았고, 202x. x. x. 조세심판원에 201x년 종합소득세 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 심판을 제기하였으나, 202x. x. x. 기각결정을 받았다.

나. 201x년 귀속 종합소득세 신고 및 경정청구의 경위

1) 원고는 202x. x. x. 피고에게 201x년 귀속 종합소득세의 정기확정신고를 하면서, 201x. x. x.부터 201x. x. x.까지의 근로소득 xx,xxx,xxx원 중 ○○○학교 산학협력단으로부터 지급받은 x,xxx,xxx원은 연구수당으로서 기타소득으로, ○○○학교로부터 지급받은 x,xxx,xxx원은 식대로서 비관세근로소득으로 보아 이를 제외한 xx,xxx,xxx원을 근로소득으로 기한 후 신고하였다.

2) 피고는 202x. x. xx. 원고의 위 기한 후 신고에 따라 소득세 xxx,xxx원을 환급하는 것으로 경정처분을 하였으나, 202x. x. x. 다시 연구수당과 식대를 근로소득으로 포함하여 근로소득을 산정한 다음 xxx,xxx원의 종합소득세를 부과하는 재경정처분을 하였고(이하 ‘201x년 종합소득세 재경정처분’이라 한다), 원고는 202x. x. x. 이를 통지받았다.

3) 원고는 202x. x. x. 피고에게 201x년 종합소득세 재경정처분에 대하여 급여 중 연구수당, 식대 부분을 비과세하여야 한다는 취지로 경정청구하였으나, 피고는 202x. x. x. 원고에게 경정청구 기간을 도과하였다는 이유로 이를 각하한다는 통지를 하였다(이하 ‘201x년 종합소득세 경정청구 각하통지’라고 한다).

2. 본안전항변에 관한 판단

가. 본안전항변의 요지

201x년 종합소득세 재경정처분의 취소를 구하는 부분은 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하고, 201x년 종합소득세 경정청구 각하통지의 취소를 구하는 부분은 항고소송의 대상이 되는 처분을 대상으로 한 것이라 볼 수 없으므로 부적법하다.

나. 판단

1) 201x년 종합소득세 재경정처분의 취소를 구하는 부분

조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적·발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 조세행정소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 조세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 할 것이나(대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두25817 판결 등 참조), 그와 같은 정당한 사유가 없는 경우에는 전심절차를 거치지아니한 채 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기하는 것은 부적법하다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 201x년 종합소득세 재경정처분에 관하여 전심절차를 거치지 아니한 사실은 원고도 인정하고 있고, 원고는 202x. x. x. 201x년 종합소득세 재경정처분을 통지받고도 그로부터 한 달 이상이 지난 202x. x. x. 201x년 종합소득세 경정청구 거부처분에 관한 이의신청을 하였으므로, 비록 201x년도 및 201x년도 종합소득세의 부과와 관련하여 서로 동일한 쟁점을 공유하고 있다고 하더라도, 201x년 종합소득세 재경정처분과 관련하여 국세청장과 조세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였다거나 원고에게 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 전심절차를 거치지 아니하고도 201x년 종합소득세 재경정처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

따라서 이 사건 소 중 201x년 종합소득세 재경정처분의 취소를 구하는 부분은 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하고, 이를 지적하는 피고의 이 부분 본안전항변은 이

유 있다.

2) 201x년 종합소득세 경정청구 각하통지의 취소를 구하는 부분

국세기본법 제45조의2 제1항 단서는 “결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있는바, 위 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 1999. 7. 23. 선고 98두9608 판결, 대법원 2015. 3. 12. 선고 2014두44830 판결 등 참조).

원고가 202x. x. x. 201x년 종합소득세 재경정처분을 통지받고, 이에 대하여 202x. x. x. 201x년 종합소득세 경정청구를 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 201x년 종합소득세 재경정처분은 원고의 기한 후 신고에 따라 연구수당과 식대를 과세대상에서 제외한 경정처분을 재경정하여 과세대상에 포함시킨 것으로서 그에 대한 경정청구기간은 3개월 이내라고 할 것인바, 원고는 202x. x. x.부터 3개월이 도과하였음이 역수상 명백한 202x. x. x.에서야 201x년 종합소득세 경정청구를 하였으므로, 이는 경정청구기간이 도과한 후에 제기된 것이어서 이에 대한 거부의사를 담은 201x년 종합소득세 경정청구 각하통지는 항고소송의 대상이 되는 거부처분이라 할 수 없다.

따라서 이 사건 소 중 201x년 종합소득세 경정청구 각하통지의 취소를 구하는 부분은 항고소송의 대상이 되는 거부처분을 대상으로 한 것이라 볼 수 없어 부적법하고,이를 지적하는 피고의 이 부분 본안전항변도 이유 있다.

3. 본안에 관한 판단

가. 원고 주장의 요지

원고가 201x. x. x.부터 201x. x. xx.까지 기간 동안 지급받은 급여에는 비과세항목인 연구수당(급여의 20%에 상당하는 금액인 연 x,xxx,xx원), 식대(연 x,xxx,xxx원), 연구보조비(연 xxx,xxx원)가 포함되어 있으므로, 위 연구수당, 식대, 연구보조비는 과세대상 근로소득에서 제외되어야 한다. 그럼에도 원고의 경정청구를 기각한 201x년 종합소득세 경정청구 거부처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결, 대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조).

과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 참조).

라. 구체적 판단

1) 인정사실

갑 제8 내지 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

① 원고는 201x. xx.경 ○○○학교총장, ○○○학교 □□부장과 수정고용계약서를 작성하였는데, 그 계약서에는 제2조(계약기간)에 “201x. xx. x.부터 201x. xx. xx.까지”라고 기재되어 있고, 제4조(보수)에 “제2조의 계약기간 동안 원고의 급여는 201x. xx.~xx. 월 xx,xxx,xxx원(제세공과금 포함)으로 하며, 201x. x.~x. 월 x,xxx,xxx원(제세공과금 포함)으로 하며, 201x. x.~xx. 월 x,xxx,xxx원(제세공과금 포함)으로 하며, 201x. xx.부터 월 x,xxx,xxx원을 원고의 요청에 따라 매월 말일 원고의 예금계좌에 지급한다.”라고 기재되어 있으며, 식대, 연구보조비 등에 관하여는 아무런 기재가 없다.

② ○○○학교총장이 발행한 201x. x. x.부터 201x. x. x.까지 기간에 대한 근로소득 원천징수영수증에는 급여로 xx,xxx,xxx원이 기재되어 있고, 비과세소득란이나 감면소득란에는 0원으로 기재되어 있다.

③ ○○○학교 측은 202x. x. xx. 피고에게 ‘원고가 수행한 산업체 과제는 지원기관의 별도 규정이 없어 ○○○학교 연구비관리규정 세부시행지침을 적용하여야 하고, 이에 따르면 연구비 예산 변경은 연구기간 내에만 가능하며, 연구수당은 당초 계획서상 계상금액보다 증액이 불가능한데, 원고의 고용계약서에는 식대 및 연구보조비의 비과세 관련 문구가 없다’는 취지로 회신한 바 있다.

2) 판단

위 인정사실과 앞서 든 증거들, 변론 전체의 취지를 종합하면 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 근로소득에 연구수당, 식대, 연구보조비가 포함되어 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 201x년 종합소득세 경정청구 거부처분이 위법하다고 볼 수 없다.

○ 원고가 ○○○학교 측과 작성한 고용계약서상 연구수당, 식대, 연구보조비에 관한 조항은 찾아볼 수 없고, 이를 별도로 지급받기로 약정하였다거나 정해진 월 급여에 포함하여 지급하였다는 사실을 인정할 만한 증거가 없다.

○ 원고에게 연구수당, 식대, 연구보조비가 지급되었다는 사실을 인정할 증거가 없음에도, 과세관청이 원고의 주장만을 들어 급여 중 일부를 연구수당 등의 항목으로 임의로 분류하여 비과세할 수는 없다.

○ 원고는, ○○○학교가 전임교원에게는 연구수당, 식대, 연구보조비를 비과세항목으로 지급하고, 기간제교원에게는 이를 지급하지 아니하거나 과세항목으로 지급하여 차별적으로 대우하였고 이는 기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률 제8조 에 따른 차별적 대우라고 주장하기도 하나, 위 법률 제8조는 사용자에 대한 의무를 규정하고 있을 뿐이므로 사용자가 아닌 과세관청에 관하여 적용될 법률이 아니다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 201x년 종합소득세 재경정처분의 취소를 구하는 부분, 201x년 종합소득세 경정청구 각하통지의 취소를 구하는 부분은 모두 부적법하여 각하하고, 201x년 종합소득세 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.