법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호의 '건설에 착공'의 의미는 '건축물의 건설에 착공'한 경우로 해석해야 함

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 함

사 건

2023구합207826 법인세부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무저장

변 론 종 결

2025. 08. 14.

판 결 선 고

2025. 09. 4.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 202x. xx. xx. 원고에게 한 202x 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

원고회사(변경 전 상호: 주식회사 AAAA)는 201X. XX. XX. 부동산개발업을 목적으로 설립된 법인으로 202X. X. XX. 부동산개발업 등록을 하였다.

나. 원고회사의 토지 취득 및 양도

1) 원고회사는 공장용지를 조성하여 타인에게 공급할 목적으로, 201X. XX. X.부터202X. XX. XX.까지 사이에 별지1 기재 ○○시 ○○구 ○○면 ○○리 XXX 임야 XX㎡외 XX필지 토지(이하 ‘이 사건 토지’라고 하고, 개별 토지를 지칭하는 경우 리 단위 이외의 행정구역 명칭은 생략한다)를 합계 XX,XXX,XXX원에 취득하였다.

2) 원고회사는 주식회사 BBB(이하 ‘BBB’라고 한다)에게 이 사건 토지 중 ○○리 XXX 토지에 대한 지분 XXX분의 XXX과 ○○리 XXX 토지에 대한 지분 XX분의 XX를 각 202X. XX. XX.에, ○○리 XXX 토지에 대한 지분 XX분의 XX을 202X. X. XX.에 각 이전하였다(이하 위 ○○리 토지 3필지를 이 사건 ○○리 토지‘라고 한다).

3) 한편, 원고회사는 201X. X. X. ○○시장에게 농지인 ○○리 XXX 외 1필지에대하여, ○○○○ 제조공장 건설 및 도로 조성 목적으로 공장신설승인을 신청하고, 201X. X. XX. ○○시장으로부터 공장신설승인을 받고, 위 토지에 대한 농지전용허가를 받았다. 이후 원고회사는 BBBB 주식회사(이하 ‘BBBB’이라고 한다)와 위토지에 공장부지를 조성하기로 하는 도급계약을 체결하였고, BBBB은 2019. 3. 22. 위 ○○리 XXX 외 1필지에 공장부지조성 공사를 위한 비산먼지 발생사업 등 신고와 특정 공사 사전신고를 마쳤다.

4) 이후 원고회사는 이 사건 토지 중 ○○리 토지를 제외한 나머지 토지(이하 ‘○○리 토지’라고 한다)에 대하여 순차적으로 공장부지 조성 및 진입로 개설 공사를 완료하고 별지1 기재와 같이 CCC, DDD, 주식회사 EEE(이하 ‘EEE’라고 한다)에 각 양도하였다.

다. 이 사건 토지 양도소득에 대한 법인세 부과 처분 등

1) 피고는 202X. X. XX. 원고회사에게 이 사건 토지가 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 에 따른 비사업용 토지에 해당된다는 이유로 202X 사업연도 법인세 XX,XXX,XXX원(가산세 XX,XXX,XXX원 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

2) 원고회사는 이에 불복하여 202X. X. X. 조세심판원에 조세심판청구를 하였는데, 조세심판원은 202X. X. XX. 원고의 청구를 기각하였다.

2. 원고의 주장

이 사건 토지는 아래와 같이 비사업용 토지에서 제외되어야 하므로 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

가. ○○리 토지에 관하여

1) 주위적으로, ○○리 토지는 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지‘이므로 법인세법 제55조의2 제3항 , 법인세법 시행령(이하 ’시행령‘이라고만 한다) 제92조의11 제3항 제5호, 법인세법 시행규칙(이하 ’시행규칙‘이라고만 한다) 제46조의2 제5호에 따라 비사업용 토지에서 제외되어야 한다.

2) 예비적으로, ○○리 XXX와 XXX 토지(이하 ’○○리 농지‘라고 한다)는 ‘농지 전용협의를 완료한 농지로 당해 전용목적으로 사용되는 토지’이므로 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목, 시행령 제92조의5 제3항 제2호에 따라 비사업용 토지에서 제외되어야 한다.

나. ○○리 토지에 관하여

BBB에 양도된 ○○리 토지는 ‘사업장의 사도로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정 다수인이 이용하는 도로’에 해당하므로 법인세법 제55조의2 제3항 , 시행령 제92조의11 제3항 제5호, 시행규칙 제46조의2 제1항 제3호에 따라 비사업용 토지에서 제외되어야 한다.

3. 관련 법규

별지2 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법여부

가. 관련 법령의 취지 및 체계와 관련 법리

1) 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 에 의하면 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 원칙적으로 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 법인세법 제13조 에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을

적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.

위와 같이 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 대하여 법인세를 중과하는 취지는 토지를 그 생산력이나 법인의 사업목적 등에 부합하는 고유한 특성을 활용하는 방식으로 사용하지 않고 단순히 거래의 객체로 삼아 양도차익을 통한 재산증식의 수단으로 이용하는 법인에 대하여 중과함으로써 부동산 투기수요를 억제하여 부동산시장을 안정화하고 투기이익을 환수하는 데 있다.

2) 한편, 법인세법 제55조의2 제2항 은 ’제1항 제3호의 비사업용 토지란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다‘고 규정하고, 같은 법 시행령 제95조의3 제3호는 ’법 제55조의2 제2항 각 호 이외의 부분에서 대통령령으로 정하는 기간이란 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과한 기간 및 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두에 해당하는 기간‘이라고 규정하고 있는바, 법인세 중과대상이 되는 비사업용 토지는 위 시행령에서 정하는 일정 기간 동안 법인세법 제55조의2 제2항 각 호에 해당하는 경우를 말한다(이하 ’비사업용 토지‘라고 한다).

3) 또, 법인세법 제55조의2 제3항 은 ’제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다‘고 규정하고, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항은 ’법 제55조의2 제3항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않은 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지를 판정한다‘며 제3호에서 ’그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간‘을 규정하고 있으며, 위 위임에 따라 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항에서는 ’영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. 다만, 부동산매매업(한국표준산업분류에 따른 건물건설업 및 부동산공급업을 말한다)을 영위하는 자가 취득한 매매용부동산에 대하여는 제1호 및 제2호를 적용하지아니한다.‘라고 규정하고 있다.

위 각 규정을 종합하여 보면, 토지를 취득한 후 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 각 호에서 정하는 부득이한 사유가 인정되는 경우, 각 호에서 정하는 기간 동안 비사업용 토지에서 제외한다.

4) 한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 조세감면요건에 대하여는 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합한다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결 등 참조). 또한 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

나. ○○리 토지에 관한 판단

1) 주위적 주장에 대한 판단

가) 법인세법 제55조의2 제2항 은 제1호에서 논밭과 과수원, 제2호에서 임야는 비사업용 토지에 해당한다고 규정한다. 한편, 위 제2호 단서는 비사업용 토지에 해당하지 않는 예외적인 경우를 각 목에서 정하고 있고, 다목에서 ‘토지의 소유자·소재지·이용상황·보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것’은 제외하면서 그 범위를 하위 법령에 위임하고 있으나, 그 범위를 구체화하는 기획재정부령은 제정되어 있지 않다.

나) 법인세법 제55조의2 제2항 및 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항의 위임에 따라 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준을 구체화한 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호에 따르면 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지’의 경우 ‘당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간’ 동안 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 토지로 보고 법제55조의2 제2항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하여야 한다.

다) 앞서 인정한 증거에 갑 제5 내지 7, 12호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면, ○○리 토지는 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 의 비사업용 토지에 해당한다. 원고의 이 부분 주위적 주장은 받아들이지 않는다.

① 원고가 ○○리 토지를 취득할 당시 지목은 임야 또는 답이었는바, 법인세법 제55조의2 제2항 제1, 2호에 따르면 위 토지는 원칙적으로 비사업용 토지에 해당한다.

② 이에 대하여 원고는 부동산개발업을 영위하는 사업자로 위 토지를 공장부지로 조성하여 매매차익을 취득하는 사업을 수행하므로 그 목적물인 토지는 법인의 업무와 직접 관련이 있는 토지이므로 법인세 중과 대상인 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장한다.

먼저 ○○리 토지가 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 다목에 해당하여 비사업용토지에서 제외될 수 있는지 문제된다. 시행령 제92조의6 제4항은 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 다목의 ‘대통령령으로 정하는 것’을 각 목에서 구체화하고 있는데, 각목을 살펴보면 종·묘생산업자가 산림용 종자 또는 묘목 생산에 사용하는 임야, 자연휴양림을 조성 또는 관리운영하는 사업에 사용되는 임야, 수목원을 조성 또는 관리 운영하는 사업에 사용되는 임야, 산림조합 및 산림계가 그 고유목적에 직접 사용하는 임야등이 이에 해당하는바 위 조항에서 정하는 비사업용 토지에서 제외되는 경우는 사업장소로 직접 사용되는 임야를 말하는 것으로 한정하여야 한다. 그런데 원고는 ○○리 토지를 사업장 또는 사업장 부지 등으로 사용하지 않았으므로 위 토지는 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 다목의 경우에 해당하지 않는다.

③ 다음으로, ○○리 토지가 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호 의 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 토지’에 해당하는지 살펴본다.

위 조항 문언에 따르면 비사업용 토지에서 제외되는 토지로 단순히 ‘사업용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 토지’라고 규정하지 않고 ‘지상에 건축물이 정착되어 있지 않은 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 토지’로 한정하고 있다. 이와 같은 문언과 앞서 위와 같은 예외 규정을 둔 취지를 고려하면, 위 규정에서 말하는 ‘건설에 착공’하였다는 말은 그 앞에 건설의 목적물인 ‘건축물’이 생략되어 있는 것으로 보아 ‘건축물의 건설에 착공’한 경우로 해석하여야 한다. 그런데 원고는 지상에건축물이 정착되어 있지 않은 ○○리 토지를 취득하여 공장신설승인을 받고 공장부지 조성공사를 한 후 위 토지를 다시 매도하였는바, 위 공장부지 조성공사는 건축물의 건설에 착공하기 위한 준비작업에 불과할 뿐이므로 위 시행규칙 제46조 제1항 제5호의 ‘건설 공사에 착공한 경우’에 해당한다고 할 수 없다.

④ 부동산개발업자인 원고에게 토지는 일종의 상품이므로 원고의 사업과의 관련성을 부인할 수는 없으나, 부동산개발업자가 소유하는 토지를 ‘법인의 업무와 직접 관련이 있는 토지’로 보아 법인세 중과대상에서 배제할 경우 법인의 부동산 투기 방지라는 법인세법 제55조의2 제1항 의 입법취지에 정면으로 반하게 된다.

2) 예비적 주장에 대한 판단

가) 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목은 ‘농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지인 농지’는 ‘비사업용 토지’로 보되, 그 단서는 ‘농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지’에 대해서는 ‘비사업용 토지’에서 제외하는 것으로 규정하고 있다. 그리고 위 위임에 따라 법인세법 시행령 제92조의5 제3항 제2호 는 위 ‘대통령령으로 정하는 농지’ 중 하나로 ‘ 농지법 제6조 제2항 제7호 에 따른 농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 법인이 소유한 농지 또는 같은 법 제6조 제2항 제8호에 따른 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지’를 규정하고 있다.

나) 앞서 인정한 증거에 갑 제5호증 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, ○○리 농지는 ’농지전용허가를 받은 법인이 소유한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지‘에 해당한다고 볼 수 없으므로 비사업용 토지에 해당한다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 예비적 주장 역시 받아들이지않는다.

① 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가목 단서 및 같은 법 시행령 제92조의5 제3항 제2호에 따라 ’비사업용 토지‘에서 제외되는 경우는 ’농지전용허가를 받은 토지‘이면서 ’당해 전용목적으로 사용되는 토지‘에 모두 해당하여야 한다.

② 원고는 ○○시장으로부터 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제13조 에 따른 공장신설승인을 받고 이와 함께 같은 법 제13조의2에 따라 농지전용허가가 의제되었다. 원고는 공장부지 조성을 목적으로 농지전용을 한 것이므로, ○○리 농지는 당해 농지전용목적으로 사용되고 있다고 주장한다. 그러나 원고는 ○○리 농지 지상에 공장 건설을 위한 공장신설승인을 받고 그에 따라 ○○리 농지에 대한 농지전용허가가 의제된 것이므로 농지전용 목적은 ’신설을 승인받은 공장의 부지로 사용하는 것‘이라고 할 것이다.

③ 그런데 앞서 살펴본 바와 같이 원고가 ○○리 농지에 대한 농지전용허가를 받고 소유하였던 사실은 인정되나 원고는 위 농지에 공장을 건설하기도 전에 위 농지를 EEE에게 양도하였고 EEE가 공장 건설에 착공하였는바, 원고가 ○○리 농지를 소유하는 기간 동안 농지전용 목적으로 사용하였다고 할 수 없다.

다. ○○리 토지에 관한 판단

1) 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제3호 는 ’사업장(임시 작업장을 제외한다)의 진입도로로서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로‘는 사도 또는 도로로 이용되는 기간 동안은 제외하고 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하도록 규정하고 있다.

한편, 법인세법 제55조의2 제2항 은 ’제1항 제3호의 비사업용 토지란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다‘고 하여 비사업용 토지로서 소유기간이 일정한 기간을 충족할 것을 요구하고 있다. 법인세법 시행령 제95조의3 제3호 는 ’법 제55조의2 제2항 각 호 이외의 부분에서 대통령령으로 정하는 기간이란 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과한 기간으로 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두에 해당하는 기간‘이라고 규정하고 있다.

2) 앞서 인정한 증거에 갑 제8 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들을 모두 살펴보더라도 ○○리 토지가 원고의 사업장 진입도로에 해당하여 비사업용 토지에서 제외된다고 인정하기 어렵다. 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 않는다.

가) 당초 원고가 ○○리 토지를 202X. XX. XX. 취득하기 전 ○○리 XXX 토지는 지목이 ’임야‘였고, ○○리 XXX 토지는 지목이 ’과수원‘이었다. 원고는 202X. XX. XX. BBB에게 ○○리 XXX 토지를 양도하였고, 위 토지는 202X. X. X.과 202X. XX. XX.에 각 ’도로‘로 그 지목이 변경되었다. 한편, ○○리 XXX 토지의 경우 원고가 위 토지를 소유하고 있던 202X. XX. XX. ’도로‘로 지목이 변경되었고, 원고는 그 다음 날인 202X. XX. XX. BBB에게 위 토지를 양도하였다. 위와 같은 사실을 종합하여 보면 원고가 도로인 ○○리 토지를 보유한 기간은 ○○리 XXX 토지를 소유한 XX일의 기간 중 X일에 불과하고, 이는 토지소유기간의 100분의 40에 미달하는 것이다.

나) 한편, 원고는 ○○리 XXX 토지에 사업장을 건설하였고, ○○리 토지는 위 사업장의 진입도로로 사용하였는데, 인근에 자동차 매매장을 신축하려는 BBB와 함께 사용하기 위하여 ○○리 토지에 대한 지분을 이전한 것이라고 주장한다.

살피건대, 원고는 2020. 5. ○○리 XXX 토지 지상에 ’제2종근린생활시설(사무소) 건설을 위한 부지조성‘을 목적으로 개발행위 허가신고를 하고, 202X. X. X.에는 ○○시 ○○구청장으로부터 위 토지 지상에 ’제2종근린생활시설(사무소)‘ 건물을 건축한다는 내용으로 건축신고필증을 교부받았다. 한편, 위 토지는 202X. XX. XX. FFF으로부터 BBB에게 소유권이 이전되었고, BBB는 202X. X. XX. ○○리 XXX 토지 지상의 □□□관련시설(매매장) 건물에 대한 사용승인을 받았다.

위와 같은 사실에 비추어 보면 ○○리 XXX 토지 역시 원고가 매매차익을 취득하기 위하여 상업용지로 조성하여 BBB에게 매도하였던 것으로 보이고, ○○리 XXX 토지 지상에는 BBB의 사업장을 건설하였던 것으로 보이는바, 원고의 위 주장 역시 그대로 믿기 어렵다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.