상표권 미수취 거래에 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산 부인을 적용한 처분에 있어 피고의 시가를 인정할 근거가 없어 위법

상표 사용료를 수취하지 않은 것은 경제적 합리성을 결한 경우에 해당하여 구 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 대상에 해당하나 피고가 제출한 증거들만으로는 피고가 산정한 이 사건 상표 사용료가 구 법인세법상 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가에 해당한다고 볼 수 없음

특수관계인 간에 상표권 미수취한 거래에 법인세법상 부당행위계산 부인 적용 가부

사 건

2018구합84652 법인세경정거부처분취소

원 고

○○○○○ 주식회사

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 7. 10.

판 결 선 고

2025. 9. 11.

주 문

1. 이 사건 소 중 2012 사업연도 법인세 소득금액 ***원의 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 피고가 2016. 1. 14. 원고에 대하여 한,

가. 2010 사업연도 법인세 본세 ***원의 부과처분 중 1***원을 초과하는 부분, 가산세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분,

나. 2013 사업연도 법인세 본세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분, 가산세 ***원의 부과처분 중 ***을 초과하는 부분,

다. 2013 사업연도 농어촌특별세 본세 ***원, 가산세 ***원의 부과처분,

라. 2014 사업연도 법인세 본세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분, 가산세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분,

마. 2014 사업연도 농어촌특별세 본세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분, 가산세 ***원의 부과처분 중 ***원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

3. 피고가 2016. 5. 2. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 결손금 ***원의 증액경정청구 거부처분을 취소한다.

4. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

5. 소송비용 중 1/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

아래 취소를 구하는 부분 외에는 주문 제2항 및 제3항과 같다.

피고가 2016. 1. 14. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 본세 ***원 부과분을 취소한다. 피고가 2016. 5. 2. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 소득금액 ***원의 감액경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 AA그룹 내 자회사 주식 또는 지분을 취득, 소유함으로써 자회사의 제반사업내용을 지배, 경영지도, 정리, 육성하는 지주사업 등을 영위하는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사이다.

나. 원고는 1965. 1.경 BB 주식회사라는 상호로 설립되어, 1968. 8.경 CC 주식회사로 상호를 변경하였고, 이후 1991. 11.경 DD그룹에서 분리되면서, 1992.10.경 AAAA 주식회사로 상호를 변경하였다. 원고는 1993년경 AA 관련 상표인 (이하 ‘이 사건 상표’라 하고 이에 관한 권리를 ‘이 사건 상표권’이라 한다)을 특허청에 등록하였다.

다. 원고는 회사분할에 관한 2014. 8. 7.자 이사회 결의 및 2014. 11. 28. 주주총회 승인을 거쳐 분할기일을 2015. 1. 1.로 하여 투자사업부문과 제조사업부문을 분할하였다(이하 ‘이 사건 분할’이라 한다). 위 회사분할로 투자사업부문은 분할존속법인인 원고에게, 제조사업부문은 분할신설법인에게 각 귀속하게 되었는데, 원고는 이 사건 분할 후 지주회사로 전환하고 상호를 현재의 QQQQQ 주식회사로 변경하였으며, 종전의 상호인 KKKK 주식회사는 분할신설법인이 사용하게 되었다.

라. 원고는 이 사건 상표권이 등록된 이후부터 계속 이 사건 상표권의 등록권자였는데 (이 사건 분할시 원고에게 위 상표권이 승계되었다), 원고는 AA그룹 계열사들(이하‘이 사건 계열회사들’이라 한다)에게 이 사건 상표의 사용을 허락하여 위 회사들이 이를 사용하고 있음에도 상표권 사용료를 수취하지 않다가, 2015. 1.경 AA 브랜드 관리규범을 제정하고 같은 해 1. 30. 이 사건 상표를 사용하는 27개의 국·내외 계열회사들과 상표사용계약을 각 체결하여 2015년부터 계열회사들로부터 각 계열회사의 당해 연도 매출액에 기본요율 0.28%(원고가 2014. 10.경 DDD에 의뢰하여 산정한 상표 사용요율이다)를 곱하여 산정한 상표 사용료를 수취하였다.

마. FF지방국세청장은 2015. 9. 18.부터 2015. 12. 24.까지 원고에 대한 법인세통합조사를 실시하여, 원고가 2010 ~ 2014 사업연도에 이 사건 계열회사들로부터 상표 사용료를 수취하지 않은 것이 원고 소유인 이 사건 상표를 법인세법상 특수관계인인 이 사건 계열회사들에게 무상으로 제공한 것이라고 보고, 구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 12850호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하여 미수취 상표 사용료 약 ***원(상표 사용요율을 0.28%로 하여 산정한 금액이다)을 익금 산입하는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

바. 피고는 위 과세자료에 따라 2016. 1. 14. 원고에게 2010 사업연도 법인세 ***원(가산세 포함), 2012 사업연도 법인세 ***원, 2013 사업연도 법인세(가산세 포함) ***원, 농어촌특별세(가산세 포함) ***원, 2014 사업연도 법인세(가산세 포함) *** 농어촌특별세(가산세 포함) ***원을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 이에 대하여 원고는 이 사건 계열회사들로부터 이 사건 상표 사용료를 수취하지 않은 것이 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다고 보고, 2016. 3. 7. 2011 사업연도 법인세 결손금을 ***원만큼 증액하고 2012 사업연도 법인세 과세표준에서 소득금액 ***원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2016. 5. 2. 위 경정청구를 모두 거부하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

아. 원고는 이 사건 처분 및 이 사건 거부처분에 각 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 위 청구를 모두 병합하여 심리한 후 2018. 8. 1. ‘원고의 이 사건 계열회사에 대한 상표권 제공행위가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 의 자산 등을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우에 해당하는지 여부 및 원고가 상표 사용료로 수취하였어야 할 적정한 사용요율 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 재조사결정을 하였다(이하 ‘이 사건 재조사결정’이라 한다).

자. 피고는 이 사건 재조사결정에 따라 재조사를 실시한 후 2018. 9. 20. 관련 세액을 재계산(상표 사용요율을 0.2%로 하여 산정한 금액이다)하여 과세표준과 세액을 경정하는 감액경정결정을 하였다(이하 ‘이 사건 감액경정결정’이라 한다). 그 구체적 내역은 별지1 목록 ‘1. 법인세, 농어촌특별세 관련 재조사 후 잔존세액(①)’란 및 ‘2. 거부처분 관련 재조사 후 증감된 소득금액(결손금)’란 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 5, 9호증(가지번호 있는

경우 각 가지번호를 포함한다. 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

3. 본안전 항변에 대한 판단 : 2012 사업연도 소득금액 경정거부처분 취소청구

가. 본안전 항변요지

원고의 2012 사업연도 법인세는 이 사건 처분 및 재조사 결정에 따른 감액경정결정 시 이월결손금으로 인하여 과세표준이 전부 공제되어 과세표준과 세액이 모두 0원이므로, 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 경정청구의 대상이 될 수 없다. 따라서 원고가 2012 사업연도 법인세 소득금액 경정청구거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

나. 관련 법령 및 법리

1) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제45조의2 제1항에 따라 과세표준신고서의 경정을 청구하기 위해서는, ① 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때이거나, ② 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때이어야 한다.

2) 국세기본법 또는 개별 세법에 경정청구권을 인정하는 명문의 규정이 없는 이상 조리에 의한 경정청구권을 인정할 수 없으므로, 납부의무자의 세법에 근거하지 아니한 경정청구에 대하여 과세관청이 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 2006. 5. 12. 선고 2003두7651 판결, 대법원 2010. 2. 25. 선고 2007두18284 판결).

다. 구체적 판단 : 소 각하

1) 원고는 피고에게 2012 사업연도 법인세 소득금액의 경정을 청구하였는데, 이는 구 국세기본법 제45조의2 제1항 에서 정한 ‘과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때’에 해당한다거나 ‘결손금액 또는 환급세액이 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때’에 해당하지 않는다.

또한, 앞서 본 인정사실, 앞서 든 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따르면 원고가 당초 신고한 2012년 법인세 과세표준과 세액이 모두 0원이고, 이 사건 처분 및 이 사건 감액경정결정에 따른 2012년 법인세 과세표준 및 세액 또한 모두 0원인 사실이 인정되므로,2) 원고에 대한 2012 사업연도 법인세 소득금액이 경정되더라도 2012사업연도 법인세의 과세표준이나 세액이 변경되는 것도 아니다. 그렇다면, 원고에게 구 국세기본법 제45조의2 제1항 에서 정한 경정청구권이 인정된다고 할 수 없다.

2) 이에 대하여, 원고는 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득에서 이월결손금과 비과세소득, 소득공제액을 순차로 공제하여 결정되고, 이 경우 각 사업연도 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액이어서, 익금은 과세표준을 구성하는 항목 중 하나에 해당하므로 익금산입액(소득금액)의 경정을 구하는 것은 과세표준의 경정을 구하는 것으로 볼 수 있고, 만약 이와 같은 소득금액의 경정청구를 허용하지 않는다면 원고는 2012 사업연도의 소득금액에 대하여는 영원히 다툴 수 없는 문제가 발생하므로, 소득금액 또한 경정청구의 대상으로 삼을 수 있다고 주장한다. 그러나 원고의 위 주장을 조리상 경청청구권을 행사하는 것으로 선해하더라도, 앞서 본 법리에 따르면 국세기본법 또는 개별 세법에 경정청구권을 인정하는 명문의 규정이 없는 이상 조리에 의한 경정청구권을 인정할 수 없어 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

3) 따라서 피고가 원고에게 2012 사업연도 법인세 소득금액에 대한 경정청구권이 있음을 전제로 한 이 부분 경정청구를 받아들이지 않았더라도 위 경정거부가 항고소송의 대상이 되는 거부처분에 해당한다고 할 수 없으므로, 이 사건 소 중 2012 사업연도 법인세 소득금액에 대한 경정청구거부처분 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

4. 소 각하 부분을 제외한 이 사건 처분 및 거부처분의 위법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장 요지

1) 주위적 주장

이 사건 계열회사들을 포함한 AA그룹 전 계열사들이 공동으로 이 사건 상표의 가치 형성에 기여하였고, 이 사건 계열회사들은 이 사건 상표에 관한 그룹 공동광고비를 매출액 비율에 따라 분담하여 지출함으로써 이 사건 상표의 경제적 가치 창출·유지에 직접 기여하였므로, 원고가 이 사건 계열회사들로부터 이 사건 상표 사용료를 수취하지 않은 것은 경제적 합리성이 인정되어 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다.

또한 법인세법에 따른 부당행위계산부인을 할 경우의 시가에 관한 증명책임은 과세관청인 피고에게 있는데, 피고는 어떠한 법적인 근거도 없이 자의적으로 산정한 요율(0.2%)에 기초하여 과세를 하였는바 이를 이 사건 상표 사용료의 시가라고 볼 수 없다.

2) 예비적 주장

원고는 2010 ∼ 2014 사업연도 당시에는 AA테크닉스 주식회사(이하 주식회사는 생략한다)가 영위하는 사업에 관한 상표권을 소유하고 있지 않았다. 따라서 원고는 DDDDDD로부터 이 사건 상표 사용료를 수취할 권리가 없었으므로 원고가 그 사용료를 수취하지 않은 것은 정당하다.

나. 부당행위계산부인 요건 충족 여부에 관한 판단

1) 관련 법리 및 규정

가) 구 법인세법 제52조 제1항 은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 26068호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제88조는 법인세법 제52조 제1항 의 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 대해서 제6호에서 ‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우’를, 제9호에서 ‘그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’를 들고 있다.

나) 구 법인세법 제52조 에서 정한 부당행위계산부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 참조).

상표는 자기의 상품과 타인의 상품을 식별하기 위하여 사용하는 표장으로, 상표제도는 상표를 보호함으로써 상표 사용자의 업무상 신용 유지를 도모하여 산업발전에 이바지함과 아울러 수요자의 이익을 보호함을 목적으로 한다. 상표에 화체된 업무상의 신용이나 고객흡인력 등 무형의 가치는 상표권자나 상표 사용자가 상표의 사용과 관련하여 투여한 자본과 노력 등에 의하여 획득되고 상표 사용의 정도, 거래사회의 실정, 상표의 인지도 등에 따라 변동될 수 있다. 따라서 상표권자가 상표 사용자로부터 상표권 사용료를 지급받지 않았다는 이유만으로 곧바로 그 행위가 경제적 합리성을 결여하였다고 단정할 것은 아니고, 상표권 사용의 법률상·계약상 근거와 그 내용, 상표권자와 상표 사용자의 관계, 양 당사자가 상표의 개발, 상표 가치의 향상, 유지, 보호 및 활용과 관련하여 수행한 기능 및 그 기능을 수행하면서 투여한 자본과 노력 등의 규모, 양당사자가 수행한 기능이 상표를 통한 수익 창출에 기여하였는지 여부 및 그 정도, 해당 상표에 대한 일반 수요자들의 인식, 그 밖에 상표의 등록·사용을 둘러싼 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 상표권자가 상표권 사용료를 지급받지 않은 행위가 과연 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부를 판단하여야 한다(대법원 2023. 5. 18.

2018두33005 판결).

2) 구체적 판단

살피건대, 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제7호증, 을 제6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 2010 ~ 2014 사업연도에 이 사건 계열회사들에게 이 사건 상표권 사용을 허락하였으면서도 상표 사용료를 수취하지 않은 것은 경제적 합리성을 결한 경우에 해당하여 구 법인세법 제52조 의 부당행위계산부인 대상에 해당한다.

⑴ 상표권자는 상표를 사용할 독점적․배타적 권리를 가지고 있으므로, 그 상표가 경제적으로 전혀 가치 없는 상표가 아닌 한 상표권 사용 허락에 따른 사용료를 수령하는 것이 경제적 합리성이 있는 거래라고 할 수 있고, 아무 대가 없이 상표 사용을 허락하는 것은 특별한 사정이 없는 한 합리성을 결한 비정상적 거래행위라고 보아야 한다.

⑵ 상표권의 가치 창출 및 상승에 대한 기여자가 누구인지와 관계없이 그 상표를 사용할 배타적․독점적 권한은 상표권자에게 있으므로, 누구든 그 상표를 사용하기 위해서는 상표권자로부터 허락을 받아야 함은 물론 그 상표 사용에 관한 대가를 지급하는 것이 합리적인 거래행위이다.

⑶ 그럼에도 원고는 2015 사업연도 이전에는 이 사건 계열회사들로 하여금 아무런 대가 없이 이 사건 상표권을 사용하도록 허락하였다가 2015년 이후에 이르러서야 비로소 상표 사용료를 수취하기 시작하였다.

⑷ 이 사건 계열회사들이 2010 ~ 2014 사업연도까지 이 사건 상표의 가치 증진과 관련 있는 공동 광고비와 홍보비(이하 ‘이 사건 광고비 등’이라 한다)를 일부 지출한 사실은 인정되나, 이는 원고가 수취하였어야 할 상표 사용료에서 그 기여분을 차감할 필요가 있는 사정으로 볼 수 있을 뿐 그와 같은 사정만으로 원고가 이 사건 상표 사용료를 전혀 지급받지 않은 것이 경제적 합리성이 있다고 볼 수 없다.

⑸ 더욱이 원고가 2015년 이 사건 계열회사들과 상표사용계약을 체결하고 청구한 상표 사용료는 총 126억 원에 이르는 반면, AA그룹이 2010 ~ 2014년까지 지출한 연 평균 이 사건 광고비 등은 약 19억 원 가량으로 그중 원고가 부담한 금액이 연 평균 6억여 원, 이 사건 계열회사들이 부담한 금액이 연 평균 12억여 원에 불과하므로, 계열회사들이 이 사건 광고비 등을 분담하였다는 이유로 원고가 상표 사용료를 전혀 수취하지 않은 것에 경제적 합리성이 있다고 할 수 없다.

⑹ 이에 대하여 원고는, 2010 ~ 2014 사업연도까지 원고는 지주회사가 아니었고 그룹 상표의 가치를 증가시키는 이 사건 광고 등은 DDDDDD와 FFFF 주식회사가 수행하였으며 원고가 지주회사로 전환된 이후에야 비로소 이 사건 상표권을 관리하게 되었으므로 원고가 2015 사업연도 이전에 상표 사용료를 수취하지 않았더라도 경제적 합리성이 결여되었다고 볼 수 없다고 주장한다.

그러나 ① 원고는 지주회사 전환 전에도 이 사건 상표권 등록권자였으므로 지주회사 전환 여부와 무관하게 계열회사들로부터 상표 사용료를 지급받을 수 있었던 점, ② 원고가 지주회사로 되기 전에는 경영기획실이 이 사건 광고 등 업무를 수행하였는데, 경영기획실은 DDDDDD 사업장 소재지에 사무실을 두고 있었을 뿐 DDDDDD스로부터 지휘·감독을 받는 소속 부서가 아니고, 원고 및 DDDDDD 등의 소속 인원으로 구성되어 각 소속 법인으로부터 급여를 받으면서 AA그룹의 어느 한 계열사에도 속하지 않고 그룹홍보, 기업 인수·합병(M&A), 손익관리, 지분구조 관리, 경영진 인사 등의 업무를 수행하는 일종의 별동대(別動隊), 즉, 상시 운영되는 태스크 포스(Task Forcce)였으므로, 원고가 제출한 증거들(갑 제17 내지 20호증)만으로는 DDDDDD나 FFFF이 그룹홍보 업무 전적으로 수행하였다고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없는 점 등에 비추어, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

다. 상표 사용료 시가 산정의 적법성 판단

가) 구 법인세법 제52조 제2항 은 ‘부당행위계산부인을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(이하 ’시가‘라 한다)을 기준으로 한다’고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 은 ‘시가’를 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격’이라고 정의하고 있고, 제2항에서는 ‘시가가 불분명한 경우 감정평가액 또는 상속세 및 증여세법에서 규정한 보충적 평가방법에 의한 가격을 시가로 한다’고 규정하고 있으며, 제4항 제1호에서는 ‘제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 유형 또는 무형의 자산(금전을 제외한다)을 제공하거나 제공받는 경우에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 시가로 한다’고 규정하고 있다.

나) 그런데 ‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것이지만, 그와 같은 시가를 확인하기 어려울 때에는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있으나, 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가에 관한 입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

을 제3호증의 기재에 의하면, 피고는 ‘이 사건 계열회사들의 대상매출액[= 매출액 – OEM 매출액 + 특수관계자(내부) 매출액 –매체광고비]의 0.2% 상당액’을 원고가 이 사건 계열회사들로부터 수취하였어야 할 상표 사용료의 시가로 산정한 후 이 사건 처분을 하였다. 그런데 상표 사용료 산정에 관한 위와 같은 방법은 앞서 본 구 법인세법 시행령 제89조 에서 정하고 있는 보충적 시가 산정방법 어디에도 해당하지 않으므로, 결국 피고가 위와 같은 방법으로 상표 사용료의 시가를 산정한 것이 객관적이고 합리적인 방법에 해당하는지가 문제된다.

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 위 관련 법리 및 규정에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 피고가 산정한 이 사건 상표 사용료가 구 법인세법상 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가에 해당한다고 볼 수 없다.

⑴ 피고가 이 사건 상표 사용료의 시가를 도출하면서 적용한 상표 사용요율 0.2%는, ‘피고가 일반적인 상거래 관행인 국내기업 그룹브랜드 사용요율 및 CI 사용요율을 비교분석한 바, 다수 기업들이 사용하고 있는 사용요율 0.2%가 적정요율이고, 특히 aaaa이 비특수관계자인 bbbbb 및 ccccc로부터 브랜드(CI) 사용요율0.2%로 확인되어 사용요율 0.2%가 적정요율로 시가’라는 이유로 적용된 것으로, 피고는 상표 사용요율 비교 대상으로 aaaa(0.2%), dddd(0.15%), ff(0.1~0.2%), ggg(0.2%), hhh(0.1~0.2%), jj(0.2%), kkkk(0.2%), llll지주(0.2%), qqqq지주(0.2%)를 들었다.

⑵ 즉, 피고는 이 사건 상표 사용료 계산 방법으로 무형자산 평가방법론 중 시장접근법을 차용하기로 임의로 결정한 후 국내 다른 기업들의 상표 사용료 관련 자료를 수집하는 방법으로 이 사건 상표 사용료의 시가를 산정하였는데, 이러한 방법이 상표사용료를 산정하는 데 있어 일반적으로 받아들여질 수 있는 객관적이고 합리적인 방법임을 인정할 아무런 근거가 없고, 위 방법은 전문성과 객관성을 겸비한 제3자가 이 사건 상표와 관련한 원고 및 이 사건 계열회사들의 개별적·구체적인 사정에 대한 조사와 검토를 거쳐 도출한 것도 아니다.

⑶ 피고가 이 사건 상표 사용료의 시가를 산정하면서 조사한 다른 기업들 중에는 원고와 업종, 매출규모 등이 전혀 다른 기업들이 다수 포함되어 있어 해당 기업들의 상표 사용요율을 이 사건 상표 사용요율과 동일 선상에서 비교하기 어렵다.

⑷ 이에 대하여 피고는 0.2%의 사용요율은 원고가 2014. 10.경 DDD에 의뢰하여 산정한 상표 사용요율 0.28%보다 낮은 사용요율이고, 원고가 위 0.28%의 사용요율을 현재까지 그대로 사용하여 상표 사용료를 수취하고 있으므로 시가 산정의 근거가 될 수 있다고 주장한다. 그러나 DDD는 위 사용요율 0.28%를 다음의 산정방법을 순차 적용, 즉 ① ‘기준 매출액’을 기준으로 영업이익, 세전순이익, ‘세전 현금흐름’을 산정, ② ‘세전 현금흐름’을 순자산 기여이익분과 ‘무형자산 추정이익’으로 구분,③ ‘무형자산 추정이익’에 브랜드 인덱스 지수를 곱하여 ‘브랜드 이익’을 산출, ④ ‘브랜드 이익’에 사용자(이 사건 계열회사들을 말한다) 기여도 비율을 제외한 소유권자(원고를 말한다) 기여도 비율을 곱하여 ‘로열티 부과대상 브랜드 이익’을 산출, ⑤ ‘로열티 부과대상 브랜드 이익’에서 매출액을 나누어 ‘사용요율’ 계산(= 소유권자 창출 브랜드이익 / 전체 매출액)하여 도출된 것이고, 이를 산정함에 있어 2015 ~ 2019 사업연도의 추정 매출액과 영업이익, 세전 현금흐름 등을 기준으로 하였는데, 2015 ~ 2019 사업연도 추정 매출액 합계액은 약 28조원에 이르는 반면(을 제1호증), 2010 ~ 2014 사업연도의 실제 매출액 합계액은 그 절반가량인 14조 원에 불과하여 상당한 차이가 있는 점(을제 2호증), 피고가 적용한 사용요율이 원고가 스스로 산정한 사용요율 보다 낮다는 사정만으로 시가가 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

라. 소결론

원고가 이 사건 상표의 상표권자로서 이 사건 상표를 사용하는 이 사건 계열회사들로부터 상표 사용료를 전혀 수취하지 않은 것은 경제적 합리성 없이 조세부담을 부당하게 감소시킨 행위로서 구 법인세법상 부당행위계산부인 대상에 해당한다. 따라서 피고는 객관적이고 합리적인 방법으로 산정한 이 사건 상표 사용료의 시가를 익금 산입하였어야 하나, 앞서 본 바와 같이 피고가 산정한 이 사건 상표 사용료는 객관적이고 합리적으로 산정된 가액이라고 볼 수 없으므로, 위 소 각하 부분 및 아래 마.항의 기각하는 부분을 제외한 이 사건 처분 및 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다(원고의 주위적 주장을 받아들여 이를 취소하는 이상 예비적 주장에 대하여는 나아가 살피지 아니한다).

마. 기각하는 부분　 : 2012 사업연도 법인세 ***원 취소청구 살피건대, 피고가 원고에게 부과한 2012 사업연도 법인세 85,303,440원이 이 사건 상표 사용료 미수취가 부당행위계산부인 대상에 해당한다는 이유로 부과된 세액임을 인정할 아무런 증거가 없다. 원고 또한 이 부분 세액은 이 사건과 무관하게 일부 공제 취소세액이 발생하여 과세처분이 이루어진 것이라고 하므로, 원고의 이 부분 청구는 받아들이지 않는다.

바. 취소의 범위

1) 관련 법리

과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 그 전부를 취소할 것이 아니다(대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결).

앞서 본 증거들의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 감액경정결정으로 감액되고 남은 원고에 대한 2010년 사업연도 법인세 본세 및 가산세, 2013 사업연도 법인세 본세 및 가산세와 농어촌특별세 본세 및 가산세, 2014 사업연도 법인세 본세 및 가산세와 농어촌특별세 본세 및 가산세액은 별지1 목록 ‘1. 법인세, 농어촌특별세 관련 재조사 후 잔존세액(①)’란 기재와 같고, 이 부분 정당세액은 별지1 목록 ‘1,법인세, 농어촌특별세 관련 정당세액(②)’란 기재와 같다. 그렇다면, 이 사건 처분 및 거부처분(소 각하 및 기각 부분은 제외한다)은 정당세액(②)란 기재 금액 부분을 초과하는 범위에서 위법하여 각 취소되어야 한다(다만, 2013 사업연도 농어촌특별세 본세 및 가산세는 정당세액이 0이므로 전부 취소한다).

또한, 이 사건 감액경정결정 이후 남은 2011 사업연도 법인세 결손금 경정거부액은 별지1 목록 ‘2. 거부처분 관련 2011 사업연도 잔존 거부처분(****원)’란 기재와 같으므로, 이 부분 경정거부처분 역시 위법하여 취소되어야 한다.

5. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 2012 사업연도 법인세 소득금액 ***원의 감액경정청구 거부처분 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 각 인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.