수정세금계산서 발급사유에 해당하지 않고, 법령의 정한 대로 발급하지 않아 거짓 수정세금계산서에 해당함

부가가치세법 시행령 제70조 제1항 각 호에서 정한 수정세금계산서 발급사유에 해당하지 않아 부적법하게 발행된 거짓 수정세금계산서에 해당함

사 건

2023누58857 부가가치세부과처분취소

원고, 항소인

주식회사 AA

피고, 피항소인

○○세무서장

제1심 판 결

인천지방법원 2023. 8. 24. 선고 2021구합58411 판결

변 론 종 결

2025. 4. 3.

판 결 선 고

2025. 5. 15.

주 문

1. 제1심판결 중 피고가 2019. 10. 11. 원고에 대하여 한 2018년 제2기 부가가치세 205,083,686원의 부과처분 중 95,881,621원을 초과하는 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 소를 각하한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 1/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 10. 11. 원고에 대하여 한 2018년 제2기 부가가치세 205,083,686원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. BB조합(이하 ‘조합’이라 한다)은 인천 서구 ○○동에 있는 지식산업센터(CC센터)에 입주한 사업자들을 조합원으로 하는 단체로서, 2015. 10.경 DD연구원(이하 ‘DD연구원’이라 한다)과 조합이 4,000,000,000원의 자금을 투입하여 위 지식산업센터에 중앙집중식 열공급설비를 설치하는 데에 DD연구원이 정부출연금으로 그 10%인 400,000,000원을 지원하는 내용의 ‘○○산업 특화단지지원사업 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)‘을 체결하였다.

나. 원고는 2015. 10. 28. 조합과 공사대금 4,000,000,000원, 공사기간 2015. 10. 28.부터 2016. 12. 31.까지로 정하여 원고가 위 지식산업센터에 중앙냉난방설비(이하 ‘이 사건 설비’라 한다)를 설치하는 내용의 공사계약(이하 ‘이 사건 공사계약’이라 한다)을 체결하고, 2016. 3. 28.부터 2016. 12. 27.까지 조합에 아래와 같이 합계 4,400,000,000원의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다)를 발행하였다.

다. DD연구원의 의뢰를 받아 이 사건 협약과 관련하여 조합이 사용한 연구개발사업비의 사용실적에 대한 특정목적감사를 실시한 ○○회계법인은 2018. 10. 8. DD연구원에 이 사건 설비를 설치하는 데 사용된 것으로 보고된 사업금액 4,000,000,000원 중 실제 930,419,000원만이 사용되고 나머지 3,069,581,000원이 사용되지 않았다는 취지의 감사결과(이하 ‘이 사건 감사결과’라 한다)를 보고하였다.

DD연구원은 2018. 12. 19. 이 사건 감사결과에 따라 조합에 정부출연금 400,000,000원 중 318,105,727원을 반환하라고 안내하였다.

라. 원고는 2018. 12. 19. 아래와 같이 공급가액 변동을 수정사유로 하여 조합에 발행하였던 세금계산서의 공급가액에서 3,069,581,000원을 감액하는 내용의 수정세금계산서(이하 ‘이 사건 수정세금계산서’라고 한다)를 발행하였다(갑 제10호증 14, 15쪽).

마. 피고는 원고에 대한 세무조사 결과, 이 사건 세금계산서 및 수정세금계산서를 가공의 세금계산서로 보아 2016년 제1기 및 제2기, 2018년 제2기 매출을 경정하고 가산세를 적용하여 2019. 10. 11. 원고에게 2018년 제2기 부가가치세 205,083,680원[2018년 제2기 부가가치세 525,353,180원(가산세 218,664,861원 포함)에서 2016년 제1기 및 제2기 부가가치세 환급분 320,269,499원을 공제]을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2020. 4. 7. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2021. 9. 27. 이를 기각하였다.

사. 피고는 재화와 용역을 공급하지 않았음에도 이 사건 세금계산서 및 수정세금계산서를 발급하였다는 내용으로 조세범 처벌법 제10조 제3항 을 적용법조로 하여 원고와 그 대표자 안EE를 고발하였다.

검사는 조합과 원고 사이에 실제 거래가 존재하기는 하였으나 상당 부분이 거짓으로 기재된 금액이라고 보아 ‘이 사건 세금계산서를 거짓으로 기재하여 발급하였다’는 내용으로 조세범 처벌법 제10조 제1항 제1호 를 적용법조로 하여 원고와 그 대표자 안EE에 대하여 공소를 제기하였고, 2024. 5. 17. 원고와 원고의 대표자 안EE에 대한 유죄판결이 확정되었다(인천지방법원 2020고정○○○9, 인천지방법원 2021노○○○4, 대법원 2024도○○○1, 이하 ‘관련 형사사건’이라 한다).

아. 피고는 2024. 11. 21. 이 사건 세금계산서 및 수정세금계산서를 사실과 달리 거짓으로 기재하여 발급한 것으로 보아 아래와 같이 2018년 제2기 부가가치세 가산세를 재산정하여 이 사건 처분 중 122,783,240원을 직권 취소하였다(이하 이 사건 처분 중 직권 취소되고 남은 부분을 ‘나머지 처분’이라 한다).

[인정근거] 이 법원에 현저하거나 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 10, 12, 13, 15호증, 을 제1, 5, 8, 11호증의 각 기재, 변론 전제의 취지

2. 직권 판단

행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 아니하고, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2024. 2. 29. 선고 2023두56491 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 피고는 제1심판결 선고 이후인 2024. 11. 21. 이 사건 처분 중 122,783,240원 부분을 직권으로 취소하였다. 이 사건 소 중 위 직권 취소 부분의 취소를 구하는 부분은 이미 효력이 소멸하여 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 나머지 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고는 실제로 이 사건 설비를 설치하는 공사를 진행하였고, 이후 이 사건 감사결과에 따라 이 사건 세금계산서 금액의 오류를 수정하고자 이 사건 수정세금계산서를 발행한 것이므로, 이 사건 세금계산서 및 수정세금계산서는 거짓 세금계산서가 아니다.

이 사건 세금계산서 및 수정세금계산서가 가공임을 전제로 이 사건 처분이 이루어진 이상, 피고가 이후 이 사건 세금계산서 및 수정세금계산서를 가공이 아닌 거짓 세금계산서로 보아 2018년 제2기 부가가치세 중 일부를 직권취소하였다고 하더라도 여전히 이 사건 처분은 위법하다.

피고는 이 사건 수정세금계산서의 작성연도가 2016년이 아닌 2018년도로 기재되어 이것이 거짓 기재에 해당한다고도 주장하나, 이 사건 수정세금계산서의 공급가액이 가공임을 이유로 이 사건 처분을 한 이상 그 작성연도의 거짓 기재를 처분사유로 추가할 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 행정재판에서 형사재판의 사실인정에 구속되는 것은 아니라고 하더라도 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 유력한 증거자료가 되므로 행정재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실은 인정할 수 없다(대법원 2012. 5. 24. 선고 2011두28240 판결, 대법원 2020. 2. 27. 선고 2019두39611 판결 등 참조). 원고가 관련 형사사건에서 ‘2016. 3. 28.부터 2016. 12. 27.까지 4회에 걸쳐 공급가액 합계 3,999,999,999원의 거짓 기재 세금계산서(이 사건 세금계산서)를 발급하였다’는 범죄사실로 유죄의 확정판결을 받았음은 앞서 본 바와 같고, 달리 이 사건 세금계산서 발급에 관한 관련 형사사건의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정할 만한 특별한 사정을 찾을 수 없다(원고도 이 사건 처분이 위법하다고 다투면서 그 주장을 뒷받침하는 주된 근거로, 사업금액 중 93,419,000원은 사용되었다고 판단한 이 사건 감사결과와 관련 형사사건에서 검사가 이 사건 세금계산서를 가공이 아닌 거짓 기재로 보아 공소제기를 하였다는 자료를 제출하고 있을 뿐이다). 따라서 이 사건 세금계산서는 공급가액을 과다하게 기재한 거짓 세금계산서임이 인정된다.

2) 피고의 당초 이 사건 처분사유는 이 사건 세금계산서 및 수정세금계산서가 허위이므로 이를 취소하고 해당 과세기간의 매출을 경정하고 그에 상응하는 가산세를 부과한다는 것이다. 이후 피고가 이 사건 처분 중 일부를 직권 취소하면서 든 처분사유는 이 사건 세금계산서의 공급가액이 과다하게 기재된 거짓이고 이 사건 수정세금계산서는 법이 정한 요건과 절차를 갖추지 못한 부적법한 것이므로 이를 취소하고 해당 과세기간의 매출을 경정하고 그에 상응하는 가산세를 부과한다는 것이다. 이러한 처분사유는 모두 이 사건 세금계산서 및 수정세금계산서가 적법한지 여부에 관한 동일한 사실관계에 기초한 것으로 다만 그 법률적 평가만을 달리한다. 피고는 위와 같이 처분사유를 주장할 추가 내지 변경할 수 있다.

3) 부가가치세법은 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 세금계산서를 공급받는 자에게 발급하도록 하면서(제32조 제1항), 세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 규정하고 있다(같은 조 제7항). 그에 따라 구 부가가치세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31445호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조 제1항은 수정세금계산서 발급 사유를 당초 공급한 재화가 환입된 경우(제1호), 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 않은 경우(제2호), 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우(제3호), 내국신용장 또는 구매확인서의 사후 개설(제4호), 필요적 기재사항 등이착오로 잘못 기재된 경우(제5호), 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제6호), 착오로 전제세금계산서를 이중으로 발급한 경우(제7호), 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우(제8호), 세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제9호)로 정하면서, 그중 제1, 2, 3호의 경우에는 ‘사유 발생일’을 수정세금계산서의 작성연월일로, 제4 내지 9호의 경우에는 ‘당초 작성일’을 수정세금계산서의 작성연월일로 각 기재하도록 규정하고 있다.

원고는 이 사건 세금계산서가 공급가액이 과다하게 거짓으로 기재된 것임이 밝혀지자 수정사유를 ‘공급가액 변동’으로, 작성연월일을 ‘2018. 12. 19.’로 하여 이 사건 수정세금계산서를 발행하였다. 이는 구 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제1 내지 3호의 수정세금계산서 발급사유에 해당하지 아니하고, 제4 내지 9호의 수정사유에 해당할 여지가 있다고 보더라도 관계 법령이 정한 대로 작성연월일을 기재하지 아니하였다. 이 사건 수정세금계산서 또한 부적법하게 발행된 거짓 수정세금계산서에 해당한다.

4) 이 사건 세금계산서 및 수정세금계산서를 가공이 아닌 거짓 기재로 평가할 경우 계산한 정당한 부가가치세 고지세액의 구체적인 내역은 앞서 제1의 아.항 기재와 같다.

따라서 이 사건 처분 중 피고가 직권 취소하고 남은 나머지 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 위 직권 취소 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하여야 하고, 나머지 처분에 관한 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결 중 위 직권 취소 부분은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로 이를 취소하고 이 부분 소를 각하하고, 제1심판결 중 나머지 부분은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.