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행정국세법령정보시스템2025.08.20 선고

토지사용계약의 법적 성격이 사용대차인지 여부 및 이 사건 과세표준이 적정한 지 여부

서울고등법원-2023-누-63811국세법령정보시스템 원문

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이 사건 토지사용계약은 공장이전 사업이라는 목적에 따라 모든 개발비용을 AAAA이 부담하기로 하고(제2조), 개발사업이 완료되기 전에는 원고가 AAAA의 동의 없이 제3자에게 이 사건 토지를 양도할 수도 없으며(제5조 제2항), 이 사건 토지를 인도받은 그대로 원상에 회복할 의무를 부담하지도 않는다는 점에서, 차주에게 비용상환청구권 및 원상회복의무가 인정되는 일반적인 사용대차와는 그 양상을 달리한다고 할 것이고, 피고들로서는 이 사건 토지사용계약을 특수관계인에 대한 무상의 임대라고 보아 부가가치세 및 종합소득세를 과세할 수 있다.

앞서 본 관련 법리와 관계 규정을 종합하여 보면, 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우로서 특수관계인에게 임대용역을 ‘무상’으로 제공한 경우 (구 부가가치세법 제29조 제4항 제3호)에 그 임대용역 제공행위에 대한 부가가치세 및 종합소득세의 과세표준은 기본적으로 그 용역의 시가, 즉 임대료 시가 상당액이 된다고 봄이 타당하고, 그 시가는 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격으로 보아야 한다.

[주 문]

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고별로 별지 1 기재 각 ‘경정거부일’란 일자에 원고에게 한 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

3. 소송총비용은 피고들이 부담한다.

[청구 취지 및 항소취지]

주문과 같다.

[이 유]

1. 이 사건 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 다음과 같이 일부 고치는 부분을 빼면 제1심판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약칭을 포함하여 이를 인용한다.

○ 제1심판결 제4면 제6행의 “AAAA은”을 “AAAA은 2018. 8. 31.까지 DDDDD로부터 월 500만원 상당의 임대료를 꾸준히 받아오다가,”로 고친다.

○ 제1심판결 제4면 제7행의 “5,000,000원이었다.”를 “5,000,000원이었다. 한편 원고는 2019. 7. 1. AAAA과 이 사건 토지에 대한 임대차계약을 체결하였는데, 임대차보증금은 없이 월 차임을 1,000,000원으로 정하였다.”로 고친다.

○ 제1심판결 제4면 마지막 행의 “2016~”을 “2015~”로 고친다.

○ 제1심판결 제5면 표 아래 제6행의 “거부하였다.”를 “거부하면서 그 사유에 ‘AAAA이 공장이전ㆍ신축 목적으로 지출한 토목공사비, 대체산림자원조성비 등의 개발비용 지출과 관련하여, 원고가 소유하고 있는 토지의 임대 사업소득 수입금액으로 본 것은 적정한 것으로 판단됨’이라는 취지로 기재하였다.”로 고친다.

○ 제1심판결 제5면 하단으로부터 제2행의 “10호증”을 “11, 13호증”으로 고친다.

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 토지사용계약은 임대차계약이 아니라 사용대차계약인바, 이를 오해하고 제2차 개발비를 임대소득으로 보아 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 제2차 개발비는 그 실질을 보더라도 원고에게 지출의무가 있는 비용이 아니어서 AAAA이 원고를 대신해 위 비용을 지출한 것으로 볼 수 없고, 그 지출로 인하여 이 사건 토지가 개량되거나 현실적인 가치가 증가되지도 않았으므로 이를 원고에 대한 선수임대료로 볼 수 없다. 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다.

3) 원고가 AAAA에 임대용역을 공급하였다고 보더라도, 그 공급가액은 원고가 공급한 임대 용역의 시가 상당액이므로, 원고가 지급받은 대가인 제2차 개발비 상당액은 적법한 과세표준이 될 수 없다. 또한 임대용역에 대한 대가는 전체 사업기간에 대하여 과세기간별로 안분하고 그 과세기간별 대가만을 과세표준으로 삼아야 하는데, 피고는 특별한 근거 없이 제2차 개발비가 지출된 기간만을 부가가치세 과세기간으로 삼았다.

과세표준에 대한 입증책임은 피고들에게 있으므로, 피고들이 적법한 과세표준과 세액을 증명하지 못하는 이상 이 사건 처분은 위법하다.

4) 설령 제2차 개발비 상당액이 임대용역에 관한 적법한 과세표준이 될 수 있다고 하더라도, 제2차 개발비 중 적어도 인허가 용역비는 현실적 가치 증가를 가져올 수 없는 지출에 해당하므로 토지 임대료라고 볼 수 없다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있다 할 것이므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 참조).

2) 과세근거의 적법 여부(이 사건 토지사용계약의 법적 성격 관련)

가) 구 부가가치세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구부가가치세법’이라 한다) 제12조 제2항 단서, 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제26조 제1항 및 제2항을 종합하면, 사업자가 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 각 호에 따른 특수관계인에게 대가를 받지 아니하고 사업용부동산의 임대용역1)을 공급하는 경우 ‘용역의 공급’으로 보아 부가가치세법상 과세대상이 된다. 그리고 소득세법 시행령 제98조 제1항이 준용하는 국세기본법 제1조의2 제3항 제1호 ㈎목은 ‘본인이 직접 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인’을 특수관계인으로 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2018. 10. 30.대통령령 제29269호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제87조 제1항 제3호는 ‘임원’을 특수관계인으로 규정하면서 본인도 특수관계인의 특수관계인으로 본다고 규정하고 있다.구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제41조 제1항은 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다고 정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제98조 제2항 제2호는 ‘특수관계인에게 용역을 무상으로 제공한 경우’를 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 중 하나로 규정하고 있다.

나) 앞서 인정한 사실을 위 관련 규정에 비추어 보면, 원고는 AAAA의 대표이사이므로 AAAA과 특수관계에 있고, 원고는 이 사건 토지 위에 공장을 신축하기 위한 목적으로 AAAA과 이 사건 토지사용계약을 체결하여 AAAA으로 하여금 이 사건 토지를 사용하도록 하는 한편 공장건물 신축공사 착공 전까지는 토지임대료를 받지 아니하기로 한 것인바, 이는 구 부가가치세법 제12조 제2항 단서의 ‘특수관계인에게 대가를 받지 아니하고 사업용 부동산의 임대용역을 공급하는 경우’에 해당하고, 구 소득세법 시행령 제98조 제2항 제2호의 ‘특수관계인에게 용역을 무상으로 제공한 경우’에도 해당한다.

다) 원고는, 이 사건 토지사용계약의 법적 성격이 임대차가 아닌 사용대차에 해당하므로 임대차에 적용되는 위 규정을 원고에게 적용할 수 없어 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 그러나 이 사건 토지사용계약은 공장이전사업이라는 목적에 따라 모든 개발비용을 AAAA이 부담하기로 하고(제2조), 개발사업이 완료되기 전에는 원고가 AAAA의 동의 없이 제3자에게 이 사건 토지를 양도할 수도 없으며(제5조 제2항), 이 사건 토지를 인도받은 그대로 원상에 회복할 의무를 부담하지도 않는다는 점에서, 차주에게 비용상환청구권 및 원상회복의무가 인정되는 일반적인 사용대차와는 그 양상을 달리 한다고 할 것이고, 피고들로서는 이 사건 토지사용계약을 특수관계인에 대한 무상의 임대라고 보아 부가가치세 및 종합소득세를 과세할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 주장은 받아들이지 않는다.

3) 과세표준의 적법 여부

가) 관련 법리 및 관계 규정

⑴ 부가가치세법상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부나 과세표준인 공급가액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있고(대법원 1992.9. 22. 선고 92누2431 판결), 부당행위계산의 부인에 관하여 적용기준이 되는 ‘시가’에 대한 주장ㆍ증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원 2018. 7. 26. 선고 2016두40375 판결). 사업자가 특수관계 있는 자에게 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 임대한 경우에 있어서 과세표준이 되는 부동산임대용역의 시가는 사업자와 특수관계 없는 자와의 정상적인 거래에서 형성되는 가격을 기준으로 하여야 하고, 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 부동산의 위치, 주위환경, 이용상황, 인접 및 유사지역내의 부동산에 대한 적정거래 가능가격 등을 참작하여 산정한 가격을 기준으로 삼아야 하며, 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있다(대법원 1997. 9. 9. 선고 97누1570 판결, 대법원 2009. 9. 24. 선고 2007두7505 판결 등 참조).

⑵ 구 부가가치세법 제29조 제4항 제3호는, 특수관계인에게 공급하는 용역에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우로서 용역의 공급에 대하여 대가를 받지 않으면서 법 제12조 제2항 단서가 적용되는 경우에는 공급한 용역의 시가를 공급가액으로 본다고 규정하고 있다. 위 ‘시가’의 기준에 관하여 규정한 구 부가가치세법 시행령 제62조는 ‘사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’(제1호), ‘제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)’(제2호),‘제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격’(제3호)을 시가로 정하고 있다.

또한 특수관계인에게 용역을 무상으로 제공한 경우의 소득금액 계산에 관하여, 구 소득세법 시행령 제98조 제2항 제2호 및 같은 조 제4항에 의해 준용되는 구 법인세법 시행령 제89조 제4항은 같은 조 제1항 및 제2항을 우선적으로 적용하도록 규정하고 있고, 같은 조 제1항은 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.’고 정하고 있으며, 제2항은 ‘시가가 불분명한 경우 차례로 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액, 상속세 및 증여세법 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2 ㆍ제39조의3ㆍ제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세제한특례법 제101조를 준용하여 평가한 가액을 적용하여 계산한 금액에 따른다.’고 정하고 있다.

⑶ 앞서 본 관련 법리와 관계 규정을 종합하여 보면, 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우로서 특수관계인에게 임대용역을 ‘무상’으로 제공한 경우(구 부가가치세법 제29조 제4항 제3호)에 그 임대용역 제공행위에 대한 부가가치세 및 종합소득세의 과세표준은 기본적으로 그 용역의 시가, 즉 임대료 시가 상당액이 된다고 봄이 타당하고, 그 시가는 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격으로 보아야 한다. 그리고 이러한 가격이 없는 경우에는 보충적 평가방법에 해당하는「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자의 감정을 거쳐 그 가액을 시가로 보거나, 그러한 감정을 거칠 수 없다면 「상속세 및 증여세법」 관련규정에 따라 시가를 산정하여야 하고(이하 구 부가가치세법 시행령 제62조 각 호에 따라 1호 가격, 2호 가격, 3호 가격이라 한다), 이렇게 산정된 시가 상당액만이 정당한 과세표준이 된다.

나) 구체적 판단

⑴ 앞서 본 바와 같이, 원고는 2010. 10.경부터 AAAA과 토지임대차계약을 체결한 2019. 7. 1. 이전까지 이 사건 토지사용계약을 통해 원고와 특수관계인인 AAAA에게 이 사건 토지를 무상으로 임대하여 주었고, 이 사건 토지에 대하여는 AAAA이 DDDDD과의 사이에 2016. 9. 13.부터 2017. 9. 12.까지 임대보증금 없이 6개월 단위로 차임을 30,000,000원으로 한 임대차계약이 계속되어 왔으며,2) 이 사건 제2차 개발비가 지출된 이후 2018. 12. 19. AAAA은 DDDDD과의 사이에 임대보증금을 100,000,000원으로 하고 월 차임은 5,000,000원으로 한 임대차계약을 다시 체결하였다. 원고가 AAAA에게 이 사건 토지를 무상으로 사용하게 한 것은 구 부가가치세법 제12조 제2항 단서에 규정된 바와 같이 사업자가 특수관계인에게 부동산 임대 등의 용역을 공급하되 그 용역의 공급에 대하여 대가를 받지 아니하는 경우에 해당하는바, 이 경우 특수관계인에게 공급하는 용역에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정된다면3) 이와 같은 경우의 과세표준은 구 부가가치세법 제29조 제4항 제3호에 따라 원고가 공급한 임대용역의 시가, 즉 이 사건 토지에 관한 임대료의 시가 상당액이라고 봄이 타당하다. 한편, 피고들이 이 사건 처분의 근거로 주장하고 있듯이 원고가 자신이 공급한 임대용역의 대가로 AAAA으로부터 제2차 개발비 상당의 ‘금전 외의 대가를 받는 경우’에 해당한다고 보더라도, 구 부가가치세법 제29조 제3항 제2호에 따라 ‘원고가 공급한 용역의 시가’를 공급가액으로 삼아야 함은 마찬가지이다.

이와 같은 전제에서 이 사건을 볼 때, 이 사건 토지에 대한 AAAA과 DDDDD 사이의 위 임대차계약에 따른 차임 상당액은, DDDDD이 원고와 특수관계에 있지 아니한 이상 제3자 간에 일반적으로 거래된 1호 가격에 해당한다고 볼 수 있다 할 것이다. 그럼에도 피고들은, 원고가 특수관계인 아닌 자에게 임대용역을 제공한 적이 없으므로 2호 가격에 따라 산정하여야 한다는 주장을 고수하였는데, 이는 구 부가가치세법 제62조 제1호 전단 해당 여부만 살핀 채 후단에 해당하는지를 살피지 않은 것으로 보이고, 만일 AAAA과 DDDDD 사이의 차임 상당액을 시가로 보기 어려운 사정이 있다면, 피고들로서는 응당 시가가 불분명한 경우 등에 적용할 수 있는 3호 가격을 산정해 보았어야 함에도 그와 같은 절차에 나아가 따져보지 아니한 잘못이 있다.

⑵ 가사 피고들의 주장처럼 이 사건에 대하여서는 1호 가격이 없는 경우에 해 당하여 2호 가격에 따라 과세표준을 산정하여야 한다고 보더라도, 2호 가격은 원고가 그 대가로 받은 용역의 가격이 ‘특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’에 해당되어야 하는바, 제2차 개발비는 피고들의 주장에 의하더라도 원고와 특수관계인 지위에 있는 AAAA으로부터 받은 대가(구 부가가치세법 제29조 제3항 후문에서의 ‘금전적 가치 있는 모든 것’)라는 것이므로, 제2차 개발비를 그대로 구 부가가치세법 시행령 제62조에 따른 2호 가격에 해당한다고 볼 수는 없다. 한편, 피고들이 원고가 AAAA으로부터 대가로 받은 용역을 토지조성 용역으로 보았다면 그에 대하여 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격이 있는지 따져보고, 그와 같은 가격이 없다면 3호 가격을 산정해 보았어야 할 것임에도, 피고들은 더 나아가 살피지도 않았다.

⑶ 결국 피고들은 원고가 공급한 용역의 시가에 관하여 법령이 정한 적법한 산정 과정을 거치지 않은 채, 원고와 특수관계인 지위에 있는 AAAA이 지출한 제2차 개발비 전액을 그대로 과세표준으로 삼아 이 사건 처분을 하였다. 따라서, 이 사건 처분은 과세표준을 잘못 산정한 위법이 있다.

4) 소결

가) 경정거부처분 취소소송에서 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 때에는 감액을 구하는 세액 중 당초 신고한 세액에서 정당한 세액을 차감한 부분만 취소하여야 할 것이고 전체를 취소할 것이 아니나(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 참조), 그렇지 아니한 경우에는 경정거부처분 전체를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 과세금액의 산정방법을 찾아내어 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

나) 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분은 그 과세표준을 잘못 산정하여 위법하므로 적법한 과세표준에 따라 산출된 정당한 세액을 초과하는 부분에 한하여 취소되어야 하나, 피고들이 제출한 자료만으로는 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없을 뿐만 아니라, 피고들은 이 사건 처분의 과세기간의 근거에 관한 적절한 주장ㆍ증명을 다하지 못하여 이 사건 처분 전체를 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면, 피고들의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 하고, 원고의 피고들에 대한 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 피고들에 대한 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

문서번호

서울고등법원-2023-누-63811

결정유형

국패

세목

부가가치세·종합소득세

생산일자

2025. 8. 20

귀속연도

2018년

제목

토지사용계약의 법적 성격이 사용대차인지 여부 및 이 사건 과세표준이 적정한 지 여부

앞서 본 관련 법리와 관계 규정을 종합하여 보면, 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우로서 특수관계인에게 임대용역을 ‘무상’으로 제공한 경우 (구 부가가치세법 제29조 제4항 제3호 )에 그 임대용역 제공행위에 대한 부가가치세 및 종합소득세의 과세표준은 기본적으로 그 용역의 시가, 즉 임대료 시가 상당액이 된다고 봄이 타당하고, 그 시가는 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격으로 보아야 한다.

내용

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 다음과 같이 일부 고치는 부분을 빼면 제1심판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약칭을 포함하여 이를 인용한다.

가) 구 부가가치세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구부가가치세법’이라 한다) 제12조 제2항 단서, 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제26조 제1항 및 제2항을 종합하면, 사업자가 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 각 호에 따른 특수관계인에게 대가를 받지 아니하고 사업용부동산의 임대용역1)을 공급하는 경우 ‘용역의 공급’으로 보아 부가가치세법상 과세대상이 된다. 그리고 소득세법 시행령 제98조 제1항 이 준용하는 국세기본법 제1조의2 제3항 제1호 ㈎목은 ‘본인이 직접 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인’을 특수관계인으로 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2018. 10. 30.대통령령 제29269호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제87조 제1항 제3호는 ‘임원’을 특수관계인으로 규정하면서 본인도 특수관계인의 특수관계인으로 본다고 규정하고 있다.구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제41조 제1항은 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다고 정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제98조 제2항 제2호는 ‘특수관계인에게 용역을 무상으로 제공한 경우’를 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 중 하나로 규정하고 있다.

나) 앞서 인정한 사실을 위 관련 규정에 비추어 보면, 원고는 AAAA의 대표이사이므로 AAAA과 특수관계에 있고, 원고는 이 사건 토지 위에 공장을 신축하기 위한 목적으로 AAAA과 이 사건 토지사용계약을 체결하여 AAAA으로 하여금 이 사건 토지를 사용하도록 하는 한편 공장건물 신축공사 착공 전까지는 토지임대료를 받지 아니하기로 한 것인바, 이는 구 부가가치세법 제12조 제2항 단서의 ‘특수관계인에게 대가를 받지 아니하고 사업용 부동산의 임대용역을 공급하는 경우’에 해당하고, 구 소득세법 시행령 제98조 제2항 제2호 의 ‘특수관계인에게 용역을 무상으로 제공한 경우’에도 해당한다.

⑵ 구 부가가치세법 제29조 제4항 제3호 는, 특수관계인에게 공급하는 용역에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 경우로서 용역의 공급에 대하여 대가를 받지 않으면서 법 제12조 제2항 단서가 적용되는 경우에는 공급한 용역의 시가를 공급가액으로 본다고 규정하고 있다. 위 ‘시가’의 기준에 관하여 규정한 구 부가가치세법 시행령 제62조 는 ‘사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’(제1호), ‘제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 해당 재화 및 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)’(제2호),‘제1호나 제2호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조 제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조 제2항 및 제4항에 따른 가격’(제3호)을 시가로 정하고 있다.

또한 특수관계인에게 용역을 무상으로 제공한 경우의 소득금액 계산에 관하여, 구 소득세법 시행령 제98조 제2항 제2호 및 같은 조 제4항에 의해 준용되는 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 은 같은 조 제1항 및 제2항을 우선적으로 적용하도록 규정하고 있고, 같은 조 제1항은 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.’고 정하고 있으며, 제2항은 ‘시가가 불분명한 경우 차례로 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액, 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2 ㆍ제39조의3ㆍ제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세제한특례법 제101조를 준용하여 평가한 가액을 적용하여 계산한 금액에 따른다.’고 정하고 있다.

⑶ 앞서 본 관련 법리와 관계 규정을 종합하여 보면, 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우로서 특수관계인에게 임대용역을 ‘무상’으로 제공한 경우(구 부가가치세법 제29조 제4항 제3호 )에 그 임대용역 제공행위에 대한 부가가치세 및 종합소득세의 과세표준은 기본적으로 그 용역의 시가, 즉 임대료 시가 상당액이 된다고 봄이 타당하고, 그 시가는 특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격으로 보아야 한다. 그리고 이러한 가격이 없는 경우에는 보충적 평가방법에 해당하는「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자의 감정을 거쳐 그 가액을 시가로 보거나, 그러한 감정을 거칠 수 없다면 「상속세 및 증여세법」 관련규정에 따라 시가를 산정하여야 하고(이하 구 부가가치세법 시행령 제62조 각 호에 따라 1호 가격, 2호 가격, 3호 가격이라 한다), 이렇게 산정된 시가 상당액만이 정당한 과세표준이 된다.

⑴ 앞서 본 바와 같이, 원고는 2010. 10.경부터 AAAA과 토지임대차계약을 체결한 2019. 7. 1. 이전까지 이 사건 토지사용계약을 통해 원고와 특수관계인인 AAAA에게 이 사건 토지를 무상으로 임대하여 주었고, 이 사건 토지에 대하여는 AAAA이 DDDDD과의 사이에 2016. 9. 13.부터 2017. 9. 12.까지 임대보증금 없이 6개월 단위로 차임을 30,000,000원으로 한 임대차계약이 계속되어 왔으며,2) 이 사건 제2차 개발비가 지출된 이후 2018. 12. 19. AAAA은 DDDDD과의 사이에 임대보증금을 100,000,000원으로 하고 월 차임은 5,000,000원으로 한 임대차계약을 다시 체결하였다. 원고가 AAAA에게 이 사건 토지를 무상으로 사용하게 한 것은 구 부가가치세법 제12조 제2항 단서에 규정된 바와 같이 사업자가 특수관계인에게 부동산 임대 등의 용역을 공급하되 그 용역의 공급에 대하여 대가를 받지 아니하는 경우에 해당하는바, 이 경우 특수관계인에게 공급하는 용역에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정된다면3) 이와 같은 경우의 과세표준은 구 부가가치세법 제29조 제4항 제3호 에 따라 원고가 공급한 임대용역의 시가, 즉 이 사건 토지에 관한 임대료의 시가 상당액이라고 봄이 타당하다. 한편, 피고들이 이 사건 처분의 근거로 주장하고 있듯이 원고가 자신이 공급한 임대용역의 대가로 AAAA으로부터 제2차 개발비 상당의 ‘금전 외의 대가를 받는 경우’에 해당한다고 보더라도, 구 부가가치세법 제29조 제3항 제2호 에 따라 ‘원고가 공급한 용역의 시가’를 공급가액으로 삼아야 함은 마찬가지이다.

⑵ 가사 피고들의 주장처럼 이 사건에 대하여서는 1호 가격이 없는 경우에 해 당하여 2호 가격에 따라 과세표준을 산정하여야 한다고 보더라도, 2호 가격은 원고가 그 대가로 받은 용역의 가격이 ‘특수관계인이 아닌 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 용역의 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’에 해당되어야 하는바, 제2차 개발비는 피고들의 주장에 의하더라도 원고와 특수관계인 지위에 있는 AAAA으로부터 받은 대가(구 부가가치세법 제29조 제3항 후문에서의 ‘금전적 가치 있는 모든 것’)라는 것이므로, 제2차 개발비를 그대로 구 부가가치세법 시행령 제62조 에 따른 2호 가격에 해당한다고 볼 수는 없다. 한편, 피고들이 원고가 AAAA으로부터 대가로 받은 용역을 토지조성 용역으로 보았다면 그에 대하여 제3자 사이에 일반적으로 거래된 가격이 있는지 따져보고, 그와 같은 가격이 없다면 3호 가격을 산정해 보았어야 할 것임에도, 피고들은 더 나아가 살피지도 않았다.