실질적으로 공사에 관여하고 재화 및 용역을 공급한 자를 납세의무자로 보고 부가가치세 및 법인세를 고지한 것은 적법한 처분임

사건

2024누605 종합부동산세등부과처분취소

원고, 항소인

주식회사 ○○○○○○

피고, 피항소인

○○세무서장

제1심판결

전주지방법원 20224. 5. 30. 선고 2023구합10744 판결

변론종결

2025. 8. 27.

판결선고

2025. 10. 22.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2021. 11. 19. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 종합부동산세 292,293,120원과 농어촌특별세 58,458,620원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 수정하거나, 원고가 이 법원에서 강조하거나 추가한 주장에 대한 판단을 아래 제2항에 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 부분(‘별지’를 포함하되 ‘5. 결론’ 부분은 제외한다) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심 판결 2쪽 이유 부분 6행의 “민간임대주택에 관한 특별법” 다음에 “(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다)”를 추가한다.

○ 제1심 판결 2쪽 이유 부분 8행의 “임대사업자 등록을 마쳤다” 다음에 아래 내용을 추가한다.『(다만 이 사건 건물 중 B동 406호는 ‘주택종류: 장기 일반 민간임대주택, 주택유형: 연립주택’으로 임대사업자 등록을 마쳤다)』

○ 제1심 판결 2쪽 이유 부분 10행의 “세율 6%를 적용한”을 “구 종합부동산세법(2021. 9. 14. 법률 제18449호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항, 제3항에

따라 세율 6%(1천분의 60)를 적용하여 산출한 종합부동산세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출한”으로 고친다.

○ 제1심 판결 2쪽 이유 부분 14행의 “조세심판원은” 다음에 ”2023. 2. 13.”을 추가한다.

○ 제1심 판결 3쪽 1행의 “2007년“을 “2010. 9. 17.경”으로 고친다.

○ 제1심 판결의 별지 ‘관계 법령’을 이 법원의 별지 ‘관계 법령’으로 교체한다.

2. 추가 판단

가. 원고의 주장

이 사건 건물이 종합부동산세법이 적용되는 ‘주택’에 해당한다 하더라도, 위 건물은 민간임대주택으로서 종합부동산세 과세표준에 합산되지 않는 주택, 즉 합산배제 임대주택에 해당한다고 보아야 한다. 그럼에도 AA시는 원고와 미군 사이에 체결한 임대차계약의 실질 등을 살펴보지 않은 채 표준임대차계약서가 제출되지 않았다는 이유로 임대차신고를 수리하지 않는 등 잘못된 행정처리를 하여 이 사건 건물이 종합부동산세 과세표준에 합산되는 주택에 포함되게 되었다. 따라서 이 사건 건물이 종합부동산세 과세표준에 합산되는 주택임을 전제로 하고 있는 이 사건 처분은 실질과세의 원칙 등에 반하여 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 관련 법령 및 법리

가) 구 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 는 ‘민간임대주택법에 따른 민간임대주택의 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택은 종합부동산세 과세표준 합산의 대상이 되는 주택에 포함되지 않는 것으로 본다’고 정하고 있다. 그 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32425호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항은 ‘대통령령이 정하는 주택이란 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 ‘합산배제 임대주택’이라 한다)을 말한다’고 정하면서, 제2호 본문에서 ‘ 민간임대주택법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택으로서 같은 호 각 목에 정해진 일정 요건을 충족한 주택’을 정하고, 같은 호 단서에서 ‘2018. 3. 31. 이전에 사업자등록 등을 한 주택으로 한정한다’고 정하고 있다.

나) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

원고는 이 사건 건물을 매입하여 그중 A, B, C동에 대하여 2019. 10. 16.경 구 민간임대주택법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 민간임대주택으로 임대사업자 등록을 마쳤는바, 이 사건 건물은 구 민간임대주택법 제2조제3호 에 정해진 ‘민간매입임대주택’에 해당한다고 볼 수 있다(원고의 임대사업자 등록증에도 ‘주택 구분’이 ‘매입’으로 되어 있다).

구 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 , 같은 법 시행령 제3조 제1항은 합산배제임대주택의 요건으로 ‘ 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 주택일 것’을 정하고 있고, 이는 종합부동산세의 과세표준 합산배제 특례를 규정한 특혜규정으로서 엄격하게 해석하여야 하는바, 위 규정에 의하면 구 민간임대주택법 제2조 제3호 에 정해진 ‘민간매입임대주택’에 해당하는 이 사건 건물이 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 구 종합부동산세법 시행령 제3조제1항 제2호 각 목에 정해진 요건을 모두 갖추어야 하고, 2018. 3. 31. 이전에 주택임대업 사업자등록 등을 마쳤어야 한다.

그런데 앞서 인정한 사실을 위 관련 규정에 비추어 보면, 원고는 2019. 10. 16.경에야 이 사건 건물에 대하여 구 민간임대주택법상 민간임대주택으로 임대사업자 등록을 마쳤을 뿐 2018. 3. 31. 이전에 사업자등록 등을 마쳤음을 인정할 증거가 없는바, 이 사건 건물의 경우 구 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 , 같은 법 시행령 제3조 제1항 제2호에 정해진 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 그 밖에 이 사건 주택이 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 의 나머지 각 호에 해당된다고 볼 만한 자료도 확인되지 않는다.

따라서 이 사건 건물은 이 사건 처분의 과세기준일(2021. 6.) 기준으로 합산배제 임대주택에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 있는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다(원고는, AA시가 원고에게 임대차계약 미신고 등으로 과태료를 부과하는 잘못된 행정 처리로 이 사건 건물이 합산배제 임대주택에 포함되지 않은 것이라는 취지로도 주장하나, AA시의 위와 같은 과태료 부과 등의 행정 처리가 피고의 과세처분인 이 사건 처분의 효력 유무에 직접적으로 영향을 미친다고 보기 어려운데다, 이 법원의 AA시장에 대한 사실조회 결과에 의하면, AA시의 위 과태료 부과는 원고가 구 민간임대주택법 제46조 에 정해진 임대차계약 신고의무를 위반하였음을 원인으로 하는 것으로서 구 종합부동산세법령상 합산배제 임대주택 해당 여부와는 무관한 것으로 보이므로, 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다).

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.