원고가 쟁점부품을 수입한 것은 원고의 '서비스 용역사업'을 위한 것으로, 쟁점부품에 대한 수입세금계산서는 매입세액 공제 대상에 해당함

이 사건 판매회사는 국내 고객사에게 반도체 제조장비가 약정된 성능에 적합하게 가동할 수 있도록 설치까지 하고 각종 기술적 지원을 하여야 하는데, 원고는 이 사건 판매회사가 위 계약상 의무를 완전하게 이행할 수 있도록 하는 것을 그 사업 목적으로 하고 있는바, 원고가 이 사건 판매회사로부터 이 사건 부품을 수입한 것은, 이 사건 장비 판매계약의 일환으로서 이 사건 판매회사의 국내 고객사에 대한 판매를 위한 것이라기보다는 원고가 이 사건 판매회사와 체결한 이 사건 서비스 계약의 일환으로서 원고가 서비스 용역을 수행하기 위한 것으로 보임

사 건

2023구합72944 부가가치세 부과처분 취소청구의 소

원 고

AAAAAAA 유한회사

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 10. 24.

판 결 선 고

2025. 2. 20.

주 문

1. 피고가 원고에게 별지1 기재와 같이 한 2016년 1기 내지 2020년 2기 부가가치세 합계 15,369,712,490원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 등

1) AAA Corporation(이하 ’이 사건 생산회사‘라 한다)은 미국에 있는 반도체 제조장비의 생산회사이고, AAA Sarl(이하 ’이 사건 판매회사‘라 한다)은 이 사건 생산회사가 생산한 반도체 제조장비를 ○○ 주식회사 등 국내 반도체 제조·생산 회사에 판매하는 회사이다.

2) 원고는 대한민국에 위치한 이 사건 생산회사 및 판매회사의 관계회사로서, 이 사건 판매회사와 체결한 계약에 따라 이 사건 판매회사의 국내 고객사들에 대한 판매지원 서비스, 장비의 설치 및 하자 보증 서비스 등의 사업을 영위하고 있다.

나. 수입신고 및 피고의 원고에 대한 부가가치세 경정·고지

1) 원고는 이 사건 판매회사가 국내 고객사에게 반도체 제조장비를 공급⸱설치하는 과정에서 누락되었거나 잘못 장착되어 교체가 필요한 부품(누락부품 내지 사양오류부품, 이하 ’이 사건 부품‘이라 한다)을 이 사건 판매회사로부터 무상수입하였고, 그 이외의 부품에 대하여는 유상으로 수입하여 국내 고객사에게 공급⸱설치한 장비의 하자를 보수하여 왔다.

2) 이 사건 부품은 국내 고객사가 이 사건 판매회사에게 지급한 장비의 구매대금에 포함되어 있는 관계로(이 사건 부품의 수입과 관련하여, 국내 고객사는 이 사건 판매회사에게 이 사건 부품의 대가를 별도로 지급하지 않는다), 원고는 이 사건 판매회사로부터 이를 무상으로 수입하되, 이에 대하여 ‘관세의 과세가격 및 제세를 합한 금액’을 부가가치세 과세표준으로 하여 세관장에게 수입부가가치세를 신고⸱납부하고, 세관장으로부터 원고를 수입자로 한 수입세금계산서를 발급받아, 이를 원고의 부가가치세 매출세액에서 매입세액으로 공제받았다.

3) 중부지방국세청장은 2021. 3. 16.부터 2021. 8. 2.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 이 사건 부품의 수입거래 당사자는 원고가 아닌 이 사건 판매회사와 국내 고객사이고, 2016년 제1기 내지 2020년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 원고가 수입자로 기재된 수입세금계산서(공급가액 합계 107,924,000,000원)는 원고가 실제 수입자 및 부가가치세 납세의무자가 아니어서 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당한다는 이유로(원고는 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자가 아니라 형식상의 수입신고 명의인에 불과하다) 위 공급가액 합계 107,924,000,000원은 매입세액 불공제 대상이라고 판단하였다.

4) 피고는 원고에게 별지1 기재 각 처분일자에 가산세를 포함하여 부가가치세 합계 15,369,712,490원(2016년 제1기분 부가가치세 656,085,440원, 2016년 제2기분 부가가치세 1,187,066,110원, 2017년 제1기분 부가가치세 3,469,994,790원, 2017년 제2기분 부가가치세 2,337,786,820원, 2018년 제1기 부가가치세 3,254,331,560원, 2018년 제2기 부가가치세 546,328,820원, 2019년 제1기 부가가치세 529,280,830원, 2019년 제2기 부가가치세 246,336,740원, 2020년 제1기 부가가치세 2,074,684,810원, 2020년 제2기 부가가치세 1,067,816,570원)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 전심절차

원고는 2016년 1기 부가가치세 부과처분에 대한 이의신청을 거쳐 2022. 4. 11. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2023.6. 21. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하

같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부는 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다. 이 사건 부품은 이 사건 판매회사와 원고 간 체결된 판매지원 서비스 계약, 설치 및 하자 보증 서비스 계약의 이행을 위하여 원고가 이 사건 판매회사로부터 수입한 것이고, 원고가 이 사건 부품의 수입자임은 상업서류(송품장, 선하증권, 항공화물운송장), 수입신고필증, 계약서 등의 기재에 비추어 명백하며, 원고는 누구와도 이 사건 부품에 관하여 수입대행계약을 체결한 적도 없다. 원고는 이 사건 판매회사와 사이에 위 각 계약을 체결한 독립적인 당사자로서 이 사건 판매회사로부터 위 각 계약의 이행을 위하여 이 사건 부품을 수입하였으므로 이 사건 부품의 수입자이자 수입부가가치세의 납세의무자이다. 그럼에도 피고는 원고가 이 사건 부품의 수입자가 아님을 전제로 이 사건 처분을 하였다.

2) 세관장은 원고를 이 사건 부품의 수입자로 판단하여 관세 및 수입부가가치세의 납세의무자로 보고, 원고로부터 수입부가가치세를 징수하고 이에 따른 수입세금계산서를 발급하여 주었다. 또한 관세당국은 2014년 원고에 대한 관세 심사에서 원고를 이사건 부품의 수입자로 인정하고, 납세의무자에 해당한다는 공식적인 견해를 표명하였다. 나아가 관세당국은 2023년에 원고가 기존에 납부한 이 사건 부품의 수입부가가치세가 적법하게 납부되었음을 전제로 원고의 경정청구를 기각하는 통보를 하였다. 그럼에도 피고는 관세당국의 견해와 달리 원고가 실제 수입자가 아니라는 전제에서 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 수년간 확인·확립되어 온 관세당국의 견해에 배치되는 것으로서 받아들일 수 없고, 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙에도 반한다.

3) 사업자가 무상으로 수입한 부품을 사용하여 서비스를 제공하는 경우에도, 해당 부품이 자기의 사업을 위하여 사용되었다면 부가가치세법 제38조 제1항 제2호 에 따라 세관장에 납부한 수입부가가치세는 매입세액 공제 대상에 해당한다. 이 사건 판매회사에 대한 판매지원 서비스, 설치 및 하자 보증 서비스 등을 제공하는 사업을 영위한 원고가 그 사업을 수행하기 위하여 이 사건 부품을 무상으로 수입한 이상 피고로서는 수입부가가치세 만큼 매입세액공제를 허용하여야 함에도 피고는 이 사건 부품이 원고의 사업과 무관하다는 전제 아래 이 사건 처분으로써 매입세액공제를 하지 아니하였다.

나. 관계　 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

다. 관련 법리

1) 부가가치세는 재화나 용역이 생산·제공되거나 유통되는 모든 단계에서 창출된부가가치를 과세표준으로 하고 소비행위에 담세력을 인정하여 과세하는 소비세로서의 성격을 가지고 있지만, 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 등 참조).

2) 수입물품에 대한 관세의 과세가격은 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야할 가격에 수수료, 운임 등을 조정한 거래가격으로 한다( 관세법 제30조 제1항 ). 그러므로 그 과세가격은 원칙적으로 물품의 수입자가 해외 수출자에게 지급한 수입가격을 기초로 결정하여야 한다. 다만 수입자가 해외 수출자의 국내 판매대리인에 불과하여 실질적으로는 국내 구매자가 해외 수출자로부터 직접 수입한 것과 동일하게 볼 수 있는 특별한 사정이 있는 때에는 실질에 따라 국내 구매자가 수입자에게 지급한 가격이 과세가격 결정의 기준이 될 수 있다. 이때 수입자가 국내 구매자에 대한 독립적인 판매자의 지위에 있는지 아니면 수출자의 판매대리인으로서 단순 보조자에 불과한지는 물품 수입계약 및 국내 구매자에 대한 판매계약의 각 계약당사자, 수입가격 및 국내 판매가격의 결정 방식, 국내 구매자에 대한 물품공급 과정, 수입물품에 관한 위험부담의 법적 귀속주체, 관세회피 목적의 유무 등을 종합적으로 고려하여 거래관념과 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다. 다만 납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제

적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 한다. 그러므로 수입자가 수출자의 국내 자회사로서 물품 수입 및 공급거래의 과정에서 모회사의 지시에 따르거나 수입물품에 관한 경제적 위험을 모회사와 분담하는 등 일반적인 제3자 사이의 거래와 다른 특수한 점이 있다고 하더라도, 그것이 거래통념상 모회사와 자회사 사이에서 보통 이루어지는 거래방식에서 벗어난 것이 아니라면, 관련 당사자들 사이의 계약 내용을 무시하고 자회사를 수입물품의 구매자가 아닌 판매대리인에 불과하다고 쉽게 단정할 것은 아니다(대법원 2017. 4. 7. 선고 2015두49320 판결 등 참조).

라. 판단

피고는, 원고가 이 사건 부품의 수입자가 아니어서 이 사건 부품을 수입하면서 취득한 수입세금계산서는 사실과 다르게 적힌 세금계산서로서 매입세액 공제 대상에 해당하지 않음을 전제로 이 사건 처분을 하였다. 그러나 갑 2, 3, 5, 6, 8 내지 16호증, 을4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 부품에 관한 수입세금계산서가 사실과 다르게 적힌 세금계산서에 해당함을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 원고는 자신의 사업을 영위하기 위하여 이 사건 부품을 수입한 수입자에 해당한다고 판단된다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

① 이 사건 판매회사는 ○전자 주식회사 등 국내 고객사와 반도체 제조장비의 판매계약(이하 ‘이 사건 장비 판매계약’이라 한다)을 체결하였는데, 위 계약은 반도체 제조장비의 판매뿐만 아니라 판매된 반도체 제조장비가 약정된 성능에 적합하게 가동할 수 있도록 장비를 부착, 조율, 설치하여 주고, 각종 기술적 지원을 하는 것을 그 내용으로 한다. 이 사건 판매회사가 국내 고객사에게 반도체 제조장비를 공급⸱설치하는 과정에서 누락부품, 사양오류부품의 발생은 거의 필연적인 것으로 보이는데(이 사건 판매회사는 주로 장비를 선적하기 전 출고지시서와 배송품을 최종 점검하는 과정에서 누락부품 등의 존재를 발견하는 것으로 보인다), 누락부품 등의 발견 시점에 이를 정정하게 되면, 선적 일정이 1~2주 지연되는 등 차질이 생기므로 국내 고객사가 계획하고 있는 장비 설치시기가 늦어지지 않도록 하기 위하여 그대로 선적을 진행하고, 대신 이 사건 판매회사로서는 사후적으로 국내에서 이 사건 부품을 수입하여 이를 반도체 제조장비에 조립하고 기술적 지원을 하는 역할을 하는 주체(이 사건에 있어서 원고)가 필요하였던 것으로 보인다(국내 사업장이 없는 이 사건 판매회사로서는 자신을 수입자로 하여 이를 수입하기 용이치 않다).

② 이 사건 판매회사는 국내 관계 회사인 원고를 통하여 국내 고객사에게 판매지원 서비스, 설치 및 하자 보증 서비스 등을 제공할 목적으로 원고와 사이에, 이 사건 판매회사가 원고에게 기본 서비스 용역을 위탁하는 Intercompany Master Agreement를 체결하였고, 그 하위 계약으로서 반도체 제조 장비의 판매 전후로 요구되는 각종 지원서비스를 포괄적으로 수행하는 내용의 Non-Exclusive Sales Representative Sub-Agreement(이하 ‘이 사건 판매지원 서비스 계약’이라 한다), 제조장비의 설치 및 하자 보증 서비스 등을 수행하는 내용의 Installation & Warranty　 Sub-Agreement(이하‘이 사건 설치 및 하자 보증 서비스 계약’이라 하고, 위 각 계약을 통칭할 경우 ‘이 사건 서비스 계약’이라고 한다)를 체결하였다. 이 사건 판매지원 서비스 계약에 따라 원고는, 국내 고객사로부터 주문을 수령하여 이 사건 판매회사에 전달하고, 국내 고객사들의 각종 기술적 문의 및 요청에 응대하는 것을 포함한 고객관계 유지활동을 수행하며, 반도체 제조장비와 별도로 수입되는 부품의 선적지원활동(수입 및 인도를 지원하는 활동) 등을 수행하고, 이 사건 판매회사로부터 반도체 제조장비 매출의 4%에 해당하는 금액을 수취하였다. 이 사건 설치 및 하자 보증 서비스 계약과 관련하여 원고는, 반도체 제조장비가 다른 장비와 호환될 수 있도록 장비를 설치하고, 하자 발생 시 각종 보증서비스 문의 및 요청에 응대하며, 수리가 어려운 하자 장비를 반송하는 업무 등을 수행하고, 이 사건 판매회사로부터 관련 발생 비용의 105%에 해당하는 금액을 수취하였다.

앞서 본 바와 같이 이 사건 판매회사는 이 사건 장비 판매계약에 따라 국내 고객사에게 반도체 제조장비가 약정된 성능에 적합하게 가동할 수 있도록 설치까지 하고 각종 기술적 지원을 하여야 하는데, 원고는 이 사건 판매회사와의 이 사건 서비스 계약에 따라 이 사건 판매회사가 위 계약상 의무를 완전하게 이행할 수 있도록 하는 것을 그 사업 목적으로 하고 있다. 원고가 이 사건 부품을 수입하여 국내 고객사에 전달하는 업무는 이 사건 판매지원 서비스 계약에 따른 부품의 수입 및 인도를 지원하는 업무의 일환으로 보이고, 그 이후 이 사건 부품을 이용하여 국내 고객사에게 설치 및 하자 보증서비스를 제공하는 업무 또한 이 사건 판매회사가 이 사건 장비 판매계약에 따른 계약상 의무를 완전하게 이행할 수 있도록 하는 것으로서 이 사건 서비스 계약에 따른 원고의 고유 업무라고 보인다(원고는 이 사건 부품이 국내 고객사에게 배송되기까지 통관 일정과 배송 일정 등을 전반적으로 관리하였다). 즉, 원고가 이 사건 판매회사로부터 이 사건 부품을 수입한 것은, 이 사건 장비 판매계약의 일환으로서 이 사건 판매회사의 국내 고객사에 대한 판매를 위한 것이라기보다는 원고가 이 사건 판매회사와 체결한 이 사건 서비스 계약의 일환으로서 원고가 서비스 용역을 수행하기 위한 것으로 보인다(원고가 이 사건 판매회사와 이 사건 서비스 계약을 체결하지 않았다면, 원고로서는 이 사

건 부품을 수입하여 이를 국내 고객사에게 인도할 이유가 없다).

③ 이 사건 부품에 관한 수입신고필증, 선적 서류, 수입세금계산서 등에는 원고가 이 사건 부품의 수입자 내지 수하인(화수, 화물수취인, consignee)으로 등재되어 있다. 인천세관장은 이 사건 부품의 수입기간 동안 원고를 이 사건 부품의 수입자로서 관세 및 수입부가가치세의 납세의무자라고 보아 원고에게 관세 및 부가가치세를 부과하였고, 수입세금계산서도 발급하여 주었다. 서울세관장은 2014년경 “이 사건 부품의 수입이 ‘분할 수입’에 해당하여 그 실질적인 수입 주체가 국내 고객사이므로 관세의 과세가격은 이 사건 판매회사와 국내 고객사 사이에 합의된 가격을 기준으로 산정되어야 할 것이지 원고와 이 사건 판매회사 사이에 합의된 내부 이전가격을 기준으로 산정할 것은 아니다.”라고 하면서 원고에게 누락 관세 및 부가가치세, 가산세 등을 부과하였다가, 원고의 과세전적부심사청구에 따라 2015. 1. 28. 원고에게 위 부과 액수 중 일부를 환급한다는 내용의 직권시정 통지를 하였는바, 그 경위에 비추어 보면, 서울세관장은 원고가 이 사건 부품의 수입자에 해당한다고 판단한 것으로 보인다. 원고는 그 이후에도 종전과 같은 방식으로 이 사건 부품을 수입하여 왔고, 이 사건에 이르기까지 과세 당국으로부터 특별한 문제제기를 받은 것은 없었다. 원고는 피고가 원고를 이 사건 부품의 수입자가 아니라고 한다는 이유로, 이 사건 부품에 관하여 수입세금계산서를 발행한 인천세관장을 상대로 이 사건 소 제기 이후에 ‘원고가 이 사건 부품의 수입자에 해당하지 아니한다면 2019년 상반기 수입 통관한 이 사건 부품에 대하여 납부세액을 0원으로 경정하여 줄 것’을 청구하였으나, 인천세관장은 ‘제출된 수입신고 서류상 납세의무자, 과세가격,세액 등 변경 없음’이라는 사유로 원고의 위 청구를 기각하였다.

위와 같이 세관장은 원고가 이 사건 부품의 수입자라는 입장을 유지하고 있고, 원고도 이 사건 부품의 수입자에 해당함을 전제로 이 사건 부품 수입과 관련된 수입부가가치세를 납부하고 수입세금계산서를 발급받아 왔다. 또한 그로 인한 조세의 일실이나 탈루가 없었고, 그럼에도 원고가 세관장에게 납부한 수입부가가치세에 대하여 매입세액 공제를 허용하지 아니할 경우 원고가 창출한 부가가치를 넘는 부가가치세를 부담하게 되어 부당한 결과가 초래될 수 있다.

④ 이 사건 판매회사는 국내에 사업장이 없고, 이 사건 부품의 수입은 국내 고객사와 무관하게 이루어졌으며(국내 고객사와 원고와 사이에 수입대행계약을 체결한 것도 아니다), 국내 고객사는 이 사건 장비 판매계약에 따른 대가만을 부담할 뿐인바(국내 고객사는 이 사건 부품에 대하여 별도의 관세 등을 부담하지 않는다), 이 사건 부품에 관하여 원고를 제외한 다른 수입자를 상정하기 어렵다(피고는 이 사건 부품의 거래구조를 알고 있음에도, 원고가 실질적인 수입자가 아니라고만 주장할 뿐, 누가 실제 수입자인지 특정하지 못하고 있다).

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.