면세사업등을 운영하는 경우 공통매입세액 안분계산 시 국고보조금을 산입하여야 함

공공사업에 대하여 지급되는 국고보조금이 있을 경우 부가가치세 공통매입세액 안분계산시 국고보조금을 총공급가액 및 면세공급가액에 포함시켜야 함

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 8. 17. 원고에 대하여 한 2018년 1기분 부가가치세 2,058,422,710원의 경

정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 3. 16. 국토교통부장관과 사이에 ‘20OO년도 공익서비스 보상계약’을 체결하였는데, 그 주요 내용은 원고가 보상계약에 따라 3가지 종류의 공익서비스의 운영을 제공하고, 국토교통부장관이 위 공익서비스 제공에 소요되는 비용을 보상하는 것이다.

나. 원고는 위 보상계약에 따라 공익서비스를 제공하고 국토교통부장관으로부터 2018년 제1기분 공익서비스 보상금액 00억 원을 지급받았다(이하 ‘이 사건 보조금’ 이라 한다). 다. 원고는 2018년 제1기분 부가가치세를 신고하면서 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정된 것) 제81조 제1항에 따라 공통매입세액 안분계산 시 이 사건 보조금을 총공급가액과 면세공급가액에 산입하여 면세사업에 관한 매입세액을 계산한 후 2018년 제1기분 부가가치세 000원을 신고하고 2018. 7. 25. 이를 납부하였다.

라. 원고는 이 사건 보조금을 공통매입세액 안분계산 계산식(면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액)의 분자(면세공급가액)와 분모(총공급가액)에서 제외하여 불공제대상 매입세액을 재계산하여야 한다는 이유로 2018년 제1기분 부가가치세 00원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 이 사건 보조금은 원고의 용역제공과 대가관계가 없어 공급가액에 해당하지 않으므로 공통매입세액 안분계산 시 이 사건 보조금을 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되어, 2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제81조 제1항이 규정한 계산식(면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액)의 분자(면세공급가액)와 분모(총공급가액)에서 모두 제외하여 계산하여야 한다. 따라서 이 사건 보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함되는 공급가액에 해당한다고 보아 위 산식의 분자와 분모에 모두 포함하여 계산한 것에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 2018. 2. 13. 개정된 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 단서는 면세공급가액에 관하여 “면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다.”로 개정되었는데(이하 ‘쟁점 조항’이라 한다), 이와 같은 규정은 모법인 부가가치세법 제29조 제5항 제4호 가 국고보조금 등을 공급가액에서 명시적으로 제외하고 있는 점에 비추어 부가가치세법상 공급가액의 범위와 명백히 다른 내용을 규정한 것으로서 모법의 위임범위를 벗어나 효력이 없다. 따라서 위 쟁점 조항에 근거하여 이 사건 보조금을 공급가액에 해당하는 것으로 보고 행한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 쟁점 조항이 모법의 위임범위를 벗어난 것인지 여부

가) 관련 법리

(1) 특정 사안과 관련하여 법률에서 하위 법령에 위임을 한 경우에 모법의 위임범위를 확정하거나 하위 법령이 위임의 한계를 준수하고 있는지 여부를 판단할 때에는, 하위 법령이 규정한 내용이 입법자가 형식적 법률로 스스로 규율하여야 하는 본질적 사항으로서 의회유보의 원칙이 지켜져야 할 영역인지, 당해 법률 규정의 입법 목적과 규정 내용, 규정의 체계, 다른 규정과의 관계 등을 종합적으로 고려하여야 하고, 위임 규정 자체에서 의미 내용을 정확하게 알 수 있는 용어를 사용하여 위임의 한계를 분명히 하고 있는데도 문언적 의미의 한계를 벗어났는지나, 하위 법령의 내용이 모법 자체로부터 위임된 내용의 대강을 예측할 수 있는 범위 내에 속한 것인지, 수권 규정에서 사용하고 있는 용어의 의미를 넘어 범위를 확장하거나 축소하여서 위임 내용을 구체화하는 단계를 벗어나 새로운 입법을 한 것으로 평가할 수 있는지 등을 구체적으로 따져 보아야 한다(대법원 2015. 8. 20. 선고 2012두23808 전원합의체 판결 등 참조).

(2) 법규명령이 법률의 위임 범위를 벗어났는지는 직접적인 위임 법률조항의 형식과 내용뿐만 아니라 법률의 전반적인 체계와 목적 등도 아울러 고려하여 법률의 위임 범위나 한계를 객관적으로 확정한 다음 법규명령의 내용과 비교해서 판단해야 한다. 법규명령의 내용이 위와 같이 확정된 법률의 위임 범위 내에 있다고 인정되거나 법률이 예정하고 있는 바를 구체적으로 명확하게 한 것으로 인정되면 법규명령은 무효로 되지 않는다. 나아가 어느 시행령 규정이 모법의 위임 범위를 벗어난 것인지를 판단할 때 중요한 기준 중 하나는 예측 가능성이다. 이는 해당 시행령의 내용이 이미 모법에서 구체적으로 위임되어 있는 사항을 규정한 것으로서 누구라도 모법 자체로부터 위임된 내용의 대강을 예측할 수 있는 범위에 속한다는 것을 뜻한다. 이러한 예측 가능성의 유무는 해당 조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 법률의 입법 취지 등을 고려하여 관련 법조항 전체를 유기적·체계적으로 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2021. 7. 29. 선고 2020두39655 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

아래와 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살피건대, 부가가치세법 시행령인 쟁점 조항은 부가가치세법 제40조 의 위임규정에 따라 그 위임범위 내에서 예정하고 있는 바를 구체적으로 명확하게 한 것으로 인정되고 그 규정이 부가가치세법 제29조 제5항 제4호 에 저촉되는 것으로 볼 수 없는바, 쟁점 조항이 모법인 부가가치세법의 위임범위를 벗어난 것으로 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

(1) 부가가치세법 제40조 는 “사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 ‘공통매입세액 안분기준’이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다.“고 규정하고 있는바, 그 위임에 따라 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 개정된 것) 제81조 제1항은 공통매입세액 안분기준에 관한 계산식을 ”면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액“으로 규정하면서, 위 계산식의 ‘면세공급가액’에 ‘사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액’도 포함하는 것으로 개정되었다[위와 같이 개정되기 전의 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등(면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다)에 관련된 매입세액을 계산하는 계산식을 규정하면서, ‘면세공급가액’에 관하여 ‘비과세공급가액을 포함한다.’고만 규정하고 있었는데, 이와 관련하여 대법원은 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대하여 거래 상대방으로부터 별도로 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받는 경우라면 이는 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산 하도록 정한 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 규정을 유추적용할 수는 없고, 이러한 경우에는 같은 영 제61조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제대상인 매입세액을 가려야 한다는 취지의 판결을 선고하였다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결). 이후 2018. 2. 13. 개정된 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액을 계산하는 계산식을 개정 전 부가가치세법 시행령과 동일하게 규정하면서, 다만 ‘면세공급가액’에 관하여 위 대법원 판례의 취지를 고려해서 ‘면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다.’고 규정하였다]. 따라서 쟁점 조항이 포함된 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 은 직접적인 위임 법률조항인 부가가치세법 제40조 를 근거로 규정되었다 할 것이다.

(2) 원고는 부가가치세법상 과세대상인 사업과 면세대상인 사업 등을 겸영하고 있는바, 매입세액이 오로지 면세사업등과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없고, 과세사업과 면세사업등(면세사업 및 비과세사업)에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하며, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우에는 면세사업등에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다.

이와 관련하여 위와 같이 쟁점 조항은 ‘사업자가 면세사업등과 관련하여 받았으나 부가가치세법 제29조 의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 면세공급가액에 포함한다’고 규정하고 있는바, 앞서 본 바와 같은 쟁점 조항의 개정 경위와 그 문언에 비추어 볼 때 이는 국고보조금 등이 면세사업등에 해당하는 용역의 공급에 대한 직접적인 대가로 볼 수 없는 금전이어서 국고보조금 등을 부가가치세법상의 공급가액으로 볼 수 없다고 하더라도, 과세사업과 면세사업등의 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액 중 면세사업등에 관련된 매입세액을 안분하는 비율을 산정함에 있어서는 국고보조금 등이 사실상 공급가액을 대체할 수 있는 역할을 하는 것을 고려하여 위 안분비율 산정에 한하여 해당 면세사업등과 관련하여 받은 국고보조금 등을 면세공급가액에 포함시켜 계산하고자 한 것으로 보인다(국고보조금 등은 면세사업등에 대한 대가로 직접 지급받은 것이 아니라고 하더라도 정부가 면세사업등이 그 자체로 수익성이 없고 손실 발생이 예정되어 있음에 따라 이를 보전하여 그 수행을 원활하게 하고자 지급하는 것으로서, 결국 공익 목적으로 수행되는 면세사업등으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급가액의 역할을 사실상 대체한다고 볼 수 있고, 그 출처와 금액 등에 있어 객관적인 확인가능성이 보장된다). 즉 면세사업등에 해당하는 재화나 용역의 공급에 관하여는 그 대가나 시가가 없이 국고보조금 등으로 공급이 이루어져 공급가액이 존재하지 않는 경우가 대부분이므로, 공통매입세액의 안분에 있어서는 부득이 면세사업등의 공급가액에 가장 근접하다고 보이는 국고보조금 등을 면세사업등의 공급가액으로 취급하고자 하는 데에 그 취지가 있는 것으로 보인다. 또한 국고보조금이나 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액은 사실상 공급으로 인한 비용이나 손실을 보전하기 위하여 지급된 것인데도 쟁점 조항과 같이 개정되기 이전에는 국고보조금 등과 같은 금액을 개정 전 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 의 ‘면세공급가액’에 포함되는 것으로 볼 수 없어 국고보조금 등 상당액을 사실상 과세사업에 포함시켜 매입세액공제를 해주는 것과 크게 다름없는 결과가 되었고, 더욱이 사업자의 전체 수입에서 국고보조금 등이 차지하는 비율이 높을수록 공통매입세액 중 매입세액공제액의 비율이 커지는 부당한 결과가 초래되었는바, 위와 같은 불합리를 시정하기 위하여 비록 국고보조금 등과 같은 금액이 면세사업등의 거래상대방으로부터 직접 지급받는 대가는 아니라 하더라도 면세공급가액에 포함할 수 있도록 쟁점 조항에서 면세공급가액에 ‘사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 부가가치세법 제29조 의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액’을 포함하는 것으로 개정한 것으로 보인다.

(3) 부가가치세법 제29조 는 부가가치세의 과세표준을 ”재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.“고 규정하면서(제1항), ‘재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금’은 ‘공급가액’에 포함하지 아니하는 것으로 규정하고 있다(제5항 제4호). 그리고 부가가치세법은 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 매출세액에서 매입세액을 공제해 납부세액을 계산하는 전 단계 세액공제법을 채택하여 부가가치세법 제29조 의 과세표준에 같은 법 제30조의 세율(10%)을 곱한 금액을 매출세액으로 하여(제37조 제1항), 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액을 최종납부세액으로 규정하되(제37조 제2항), 매입세액 중에서 면세사업등에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 하고 있다(제39조 제1항 제7호). 위와 같이 면세사업등(면세사업 및 비과세사업)에 관련된 매입세액은 불공제대상인바, 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에는 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산을 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액인 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(공통매입세액 안분기준)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산하도록 규정하고 있고(제40조), 그 위임에 따른 쟁점조항은 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있는 경우 불공제대상인 ‘면세사업등에 관련된 매입세액’의 계산 방식을 규정함에 있어서 ① 공급가액이 존재하는 면세사업등의 경우에는 그 면세사업등에 대한 공급가액을, ② 공급가액이 존재하지 아니하는 면세사업등의 경우(이 사건 보조금의 경우와 같이)에는 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 부가가치세법 제29조 의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금 등을 안분하여 산정하도록 규정하였는바, 쟁점 조항 자체에서 ① ‘공급가액’과 ② ‘ 부가가치세법 제29조 의 과세표준(공급가액)에 포함되지 아니하는 국고보조금 등’을 개념상 구분하여 ‘공급가액’의 의미를 모법과 다른 내용으로 규정한 것이라고 볼 수 없고, 단지 쟁점 조항은 과세사업과 면세사업등에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액 안분계산에 관하여 규정한 부가가치세법 제40조 의 위임에 따라 그 공통매입세액 안분기준을 구체적으로 제시한 것에 불과하며, 부가가치세법 제29조 제1항 이 정하는 과세표준의 산정기준이 되는 공급가액에 국고보조금 등도 포함한 것이라고 볼 수 없다. 그리고 과세사업 관련 매입세액만을 매출세액에서 공제하고 면세사업등 관련 매입세액은 공제할 수 없으며, 매입세액 공제는 매출세액의 존재를 전제로 하는 것인데, 이 사건 보조금에 대하여 부가가치세가 부과되지 않기 때문에 그 부분에 관한 매입세액을 공제할 이유는 없다 할 것이다.

2) 이 사건 처분의 위법 여부

위와 같이 ‘면세공급가액’에 ‘사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액’도 포함하는 것으로 규정한 쟁점 조항이 부가가치세법의 위임범위 내에서 규정된 것으로 적법하다고 볼 것이므로, 쟁점 조항의 계산식(면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액) 중 면세공급가액과 총공급가액에 이 사건 보조금을 포함하여 계산한 것은 적법하고(이 사건 보조금이 면세공급가액에 포함되는 이상 총공급가액에도 당연히 포함된다), 위 계산에 근거한 이 사건 처분 역시 적법하므로 이에 반하는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다