1+1조합원입주권의 양도를 1세대1주택 양도로 보아 장기보유특별공제율 80%를

이 사건 양도는 조합원입주권 양도에 해당하고, 조합원입주권의 내용이 나중에 관리처분계획 등의 변경에 따라 변경될 수 있는 것이라거나 매수인이 매수 후에 변경된 관리처분계획에 따라 하나의 아파트를 선택하였다고 하더라도 이는 과세대상인 권리가 양도된 후에 발생한 사후적인 권리 변경에 불과하다고 할 것이므로, 이로 인하여 이 사건 양도의 성질이나 내용이 변경되는 것은 아님

[ 세 목 ]

양도

[ 판결유형 ]

국승

[ 사건번호 ]

서울고등법원-2024-누-70304(2025.07.04)

[직전소송사건번호 ]

서울행정법원-2023-구단-60950(2024.10.30)

[ 제 목 ]

1+1조합원입주권의 양도를 1세대1주택 양도로 보아 장기보유특별공제율 80%를

적용할 수 있는지 여부

[ 요 지 ]

[ 판결내용 ]

판결 내용은 붙임과 같습니다.

[ 관련법령 ]

소득세법 제89조 【비과세 양도소득】

소득세법시행령 제159조의4 【장기보유특별공제】

사 건

2024누70304 양도소득세경정처분일부취소

원 고

AAA

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2025. 05. 30.

판 결 선 고

2025. 07. 04.

주 문

1. 원고의 항소를 기각 한다.

2. 항소 비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 12. 16. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 419,527,740원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 기재할 이유는 제1심판결 제2면 제9행의 “양도한 후”를 “양도(이

하 ‘이 사건 양도’라 한다)한 후”로 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 이유의 해당 부분과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 인용한다.

2. 원고의 주장 및 관계 법령

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 부동산 자체를 양도한 것이거나 재건축 후에 1주택(대형평수) 또는

2주택 중 하나를 선택하여 취득할 수 있는 권리를 양도한 것이지, 2개의 조합원입주권

을 양도한 것이 아니다. 이 사건 부동산에 관하여 조합원입주권이 2개 부여될지는 이

사건 양도 당시에 확정되지 아니한 상태였으므로, 이 사건 부동산의 양도가 2개의 조

합원입주권 양도임을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 인정사실

1) 이 사건 부동산은 00주공0단지(0주구) 주택재건축사업(이하 ‘이 사건 재건

축사업’이라 한다)의 정비구역에 속해 있는 전용면적 140.13㎡ 규모의 대형 아파트였

다.

2) 이 사건 재건축사업을 시행하기 위하여 설립된 00주공0단지(0주구) 주택

재건축정비사업조합(이하 ‘이 사건 재건축조합이라 한다)은 이 사건 사업을 추진하는

과정에서 조합원에게 구 「도시 및 주거환경정비법」(2024. 1. 30. 법률 제20174호로

개정되기 전의 것. 이하 ‘도시정비법’이라 한다) 제74조 제1항 제5호에 따른 가격의 범위 또는 종전 주택의 주거전용면적의 범위에서 2주택을 공급할 수 있다는 구 도시정비법 제76조 제1항 제7호 다목에 따라, 조합원이 신청할 경우에는 이 사건 부동산에 대하여는 2주택을 공급할 수 있도록 하는 내용의 사업계획을 수립하고, 그러한 내용을 반영하여 구 도시정비법 제72조 에 따른 분양공고를 하고 토지등소유자인 조합원들로부터 분양신청을 받았다.

3) 원고는 이 사건 부동산의 공유자와 함께 이 사건 재건축조합에 전용면적 135.31

㎡ 주택과 전용면적 59.96㎡ 주택, 총 2채의 주택을 분양받는 내용으로 분양신청을 하

였다. 이에 이 사건 재건축조합은 위와 같은 분양신청 현황을 기초로 이 사건 부동산

과 관련하여 원고와 공유자에게 2개의 입주권을 부여하는 것을 전제로 관리처분계획

(이하 ‘이 사건 관리처분계획’이라 한다)을 수립한 다음 2018. 12. 3.경 oo특별시 oo구청장으로부터 이에 대한 인가를 받았다.

4) 원고와 공유자는 이 사건 관리처분계획의 인가가 있은 후인 2020. 12. 28. 이 사

건 부동산을 양도하였는데, 당시 작성된 매매계약서(갑 제4호증)의 특약사항에는 “기존관리처분계획상 감정평가액 금 3,325,900,000원 평가액이며, 135㎡+59㎡ 분양신청한 상태에서 매매계약하며, 조합원분양 추산가액 사본을 첨부하며, 조합원 지위를 매수인에게 승계함”이라고 기재되어 있다.

5) 이 사건 재건축조합은 이 사건 부동산과 관련하여 2개의 조합원입주권인 상태가

유지되고 있는지 등에 대한 제1심 법원의 사실조회들에 대하여, 2024. 4. 4.에는 ‘이 사건 양도 시 이 사건 관리처분계획에 따라 이 사건 부동산(135㎡ + 59㎡. 조합원입주권포함)이 양도되었다’는 취지로 회신하였고, 2024. 6. 28.에는 ‘원고로부터 이 사건 부동산을 매수한 매수인은 현재 인가된 이 사건 관리처분계획에 따라 1+1 입주권 지위를 유지하고 있다. 매수인은 선호도 조사 시 85평형 1채의 분양을 선호한다는 의사를 밝혔다. 현재 세대수 및 주택규모가 달라지는 사업시행계획의 변경 인가를 진행하였기에 도시정비법 제72조 제4항 에 따른 분양신청 등의 절차를 2024. 11.부터 2024. 12.경에 다시 진행할 예정이다. 매수인은 위 시기에 1주택 또는 2주택 입주권을 다시 신청하여 분양신청할 수 있다’는 취지로 회신하였다.

[인정근거] 갑 제4, 11, 13호증의 각 기재, 제1심 법원의 이 사건 재건축조합에 대한

각 사실조회결과

나. 판단

1) 과세대상에 관한 주장에 대하여

가) 구 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되어 2022. 1. 1. 시행되기 전

의 것. 이하 같다)에 의하여 양도소득세가 과세되는 자산의 양도란 자산에 대한 등기

또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상

으로 사실상 이전하는 것을 말하고(구 소득세법 제88조 제1호 ), 같은 법 제94조 제1항

제2호 가목은 양도소득세 과세대상이 되는 국내자산 중의 하나로 ‘부동산을 취득할 수

있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를

포함한다)의 양도로 발생하는 소득’을 규정하고 있다. 나아가 구 소득세법 제88조 제9

호는 “‘조합원입주권’이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획의

인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가

로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비

법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례

법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개

발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것으로 한정하며, 이에 딸린

토지를 포함한다.”고 하여 부동산을 취득할 수 있는 권리 중 하나인 ‘조합원입주권’을

정의한 후, 양도소득 중 비과세되는 소득을 열거한 제89조 제1항에서 비과세되는 양도

소득의 하나로 ‘조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득 중 일정한 요건을 갖춘 경우’

를 규정하고 있다(제4호). 이와 같은 구 소득세법의 규정 체계와 내용에 비추어 보면,

재건축조합의 조합원이 구 도시정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여

취득한 입주자로 선정된 지위인 조합원입주권을 양도하여 소득이 발생하는 경우에는,

구 소득세법 제89조 제1항 에 의하여 비과세되는 경우에 해당한다는 등의 특별한 사정

이 없는 한, 구 소득세법에 따라 양도소득세의 과세대상이 된다고 할 것이다.

나) 그런데 원고는 이 사건 재건축사업 과정에서 2018. 12. 3.경 인가된 이 사건 관

리처분계획에 따라 조합원입주권을 취득하였다가 2020. 12. 28. 그 권리를 양도한 사실은 앞서 본 바와 같거나 관련 매매계약서(갑 제4호증)의 기재에 의하여 인정할 수 있으므로, 피고가 이 사건 양도를 이 사건 부동산 자체가 아니라 위 조합원입주권을 양도한 것으로 보고, 그로 인한 소득을 양도소득세의 과세대상으로 본 것이 잘못이라고 할 수 없다.

다) 따라서 피고가 과세대상으로 삼은 이 사건 양도가 조합원입주권의 양도가 아니

라 이 사건 부동산 자체의 양도라거나 아파트 입주 평형을 선택할 수 있는 선택권의

양도임을 전제로 하는 원고 주장은 이유 없다.

2) 조합원입주권의 내용에 관하여

가) 구 도시정비법에 따른 재건축사업은 ① 정비기본계획수립, ② 정비구역 지정,

③ 추진위원회 구성, ④ 조합설립인가, ⑤ 사업시행계획의 수립 및 인가, ⑥ 분양신청,

⑦ 관리처분계획의 수립 및 인가, ⑧ 기존건축물 등의 사용수익 중지 및 철거, ⑨ 신규주택의 건축 및 준공인가, ⑩ 이전고시 및 그로 인한 소유권이전, ⑪ 조합해산 순으로 진행되고, 그 과정에서 조합원입주권의 내용은 조합원인 토지등소유자가 구 도시정비법과 그 시행령이 정한 방법과 절차에 따라 사업시행자에게 분양 대상이 되는 대지 또는 건축물에 대하여 하는 분양신청과 그러한 분양신청의 현황을 기초로 사업시행자에의하여 분양대상자와 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액 등을 정하여 수립된 후 관할 당국에 의하여 인가되는 관리처분계획의 내용에 의하여 정해진다.

나) 그런데 원고는 이 사건 재건축사업 과정에서 이 사건 재건축조합에 종전 부동

산인 이 사건 부동산 대신 재건축 후에 건축되는 전용면적 135.31㎡ 주택과 전용면적

59.96㎡ 주택 총 2채의 주택을 분양받겠다는 내용의 분양신청을 하였고, 사업시행자인

이 사건 재건축조합은 위와 같은 분양신청을 바탕으로 이 사건 부동산과 관련하여 원

고와 공유자에게 2개의 주택에 대한 조합원입주권을 부여하는 것으로 관리처분계획을

수립하여 인가받았으며, 이 사건 부동산과 관련된 조합원입주권의 내용은 이 사건 양

도 당시는 물론 이 사건 재건축조합이 제1심 법원의 사실조회들에 대해 회신한 2024.

6. 28.경까지도 그대로 유지되었음은 앞서 본 바와 같다.

다) 그렇다면, 이 사건 양도 당시에 원고가 양도한 권리는, 재건축 후에 전용면적

135.31㎡ 주택을 분양받을 수 있는 조합원입주권과 전용면적 59.96㎡ 주택을 분양받을 수 있는 조합원입주권으로서, 2개의 조합원입주권이라고 보아야 한다. 이 사건 재건축조합도 제1심 법원의 사실조회들에 대하여 원고가 이 사건 양도 당시 보유한 권리 및 매수인이 이 사건 양도 후 취득한 권리가 위와 같은 2개의 조합원입주권이라는 취지로 회신하고 있다.

라) 원고는, 이 사건 양도 시에 양도된 조합원입주권은 2개의 주택 대신 하나의 대

형평형 주택을 분양받는 것으로 변경 가능한 것이었고, 실제 이 사건 양도 후에 매수

인이 하나의 대형평형 주택을 분양받는 것으로 선택하였으므로, 이 사건 조합원입주권

은 위와 같은 과정을 통해 하나의 주택에 대한 조합원입주권으로 변경된 것으로 보아

야 한다고 주장한다.

그러나 양도소득세의 과세대상은 양도 시를 기준으로 판단하여야 하는 것이고,

앞서 본 각 사실조회결과에서 알 수 있듯이 이 사건 양도로 이전된 조합원입주권의 내

용을 변경하기 위해서는 사업시행자에 의하여 세대수 및 주택규모가 달라지는 내용의

사업시행계획과 관리처분계획의 변경이 이루어지고 이에 대한 관할 관청의 인가가 있

어야 하며, 그에 따른 새로운 분양신청도 있어야 한다. 그러므로 설령 원고의 주장처럼 조합원입주권의 내용이 나중에 관리처분계획 등의 변경에 따라 변경될 수 있는 것이라거나 매수인이 매수 후에 변경된 관리처분계획에 따라 하나의 아파트를 선택하였다고 하더라도(현재 위와 같은 권리의 내용 변경 및 선택이 확정적으로 이루어졌다는 증거도 부족하다) 이는 과세대상인 권리가 양도된 후에 발생한 사후적인 권리 변경에 불과하다고 할 것이므로, 이로 인하여 이 사건 양도의 성질이나 내용이 변경되는 것은 아니라고 보아야 한다. 따라서 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을

같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.