이 사건 계산서는 실물 거래 없이 발급ㆍ수취된 사실과 다른 계산서로 보임

이 사건 거래의 목적은 원고에게 이 사건 거래 물품의 소유권을 진정하게 이전하여 원고로 하여금 실질적인 사용·처분권한을 가지게 하려는 의도라기보다는, 매입처가 수산물 구입에 필요한 선급금을 원고를 통하여 마련하고, 그 대가로 원고에게 매매차익 상당을 이윤으로 지급하려는 것이라고 봄이 타당하며, 이 사건 거래의 구조 및 경위 등을 고려하면 일부 수산물에 대하여 원고로의 명의변경이 있었다는 사정만으로 이 사건 거래 전부가 재화의 이동이 수반된 실질 거래라고 보기는 어렵다.

사 건

2025구합53119 법인세부과처분취소

원 고

주식회사 AAA

피 고

aa세무서장

변 론 종 결

2025. 8. 13.

판 결 선 고

2025. 9. 24.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 11. 3. 원고에 대하여 한 2019 사업연도 법인세 xxx원, 2020 사업연도 법인세 xxx원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 9. 1. 설립되어 부세, 황태채, 먹태 등 수산물 도소매·무역업을 수행하였다.

나. bb청장은 2023. 7. 13.부터 2023. 10. 3.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 원고가 2019년 제1기부터 2020년 제2기 과세기간 동안 주식회사 BBB(이하 ‘BBB’라 하며, 이하 ‘주식회사’의 기재를 생략한다) 등 9개 매출처에 실제 재화를 공급하지 아니하고 공급가액 합계 xxx원의 계산서를 발급하고, BBB를 포함한 4개 매입처로부터 실제 재화를 공급받지 아니하고 공급가액 합계 xxx원의 계산서를 수취한 것을 확인하여(이하 각 세금계산서를 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 하고, 위 거래를 통틀어 ‘이 사건 거래’라 한다. 거래처별 세금계산서의 내역은 별지 1 기재와 같다), 이 사건 계산서를 실물거래 없이 발급한 가공계산서로 확정한 후 해당 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 이에 피고는 이 사건 세금계산서상 가공매출 금액 xxx원을 익금불산입, 가공매입 금액 xxx원을 손금불산입하고, 계산서 등 제출 불성실 가산세를 적용하여 2023. 11. 3. 원고에 대하여 2019 사업연도 법인세 xxx원, 2020 사업연도 법인세 xxx원을 부과하였다(이하 ‘종전 처분’이라 한다).

라. 원고는 종전 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으며, 조세심판원은 2024. 12. 4. ‘원고의 기말재고자산 중 가공거래로 확정된 매입분이 있는지 여부를 재조사한 후 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다’는 취지의 결정을 하였다.

마. 이후 피고는 원고의 기말재고자산에 대한 재조사를 실시한 후, 손금불산입된 매입계산서 중 원고의 기말재고자산에 포함된 것으로 확인된 2019 사업연도 xxx원, 2020사업연도 xxx원의 매입을 손금산입하여, 2025. 2. 5. 2019 사업연도 법인세를 xxx원으로, 2020 사업연도 법인세를 xxx원으로 각 감액경정하였다(이와 같이 감액되고 남은 종전 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 한편 BBB의 대표 ccc는 2022. 6. 15. 서울중앙지방법원에서 ‘ccc가 AAA를 운영하는 ddd를 기망하여 2020. 7. 24. ~ 2020. 8. 3. 수산물 대금 명목으로 총 xx억 xxx만 원을 편취하였고, 그 과정에서 수산물 입고확인서를 위조하였다’는 내용의 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기) 등 혐의로 징역 1년 6월에 집행유예 3년을 선고받았으며(20xx고합xxx, 이하 ‘관련 형사사건’이라 한다), 2024. 2. 7. 항소심에서 징역 2년을 선고받았다[부산고등법원 20xx노xx, 20xx노xxx(병합)].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5 내지 9, 11호증, 을 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 원고와 BBB 사이의 거래는 재화의 인도 또는 양도가 이루어진 실제 거래이므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

원고의 대표이사인 ddd는 2017년경 수산물을 구입하기 위하여 중국에 방문하였다가 BBB의 이사 eee를 알게 되었다. eee가 2019. 6.경 ddd에게 ‘BBB가 신용장을 발행하여 중국으로부터 수산물을 수입하여 오고 있는데, 수산물이 입항하기 전에 원고가 이를 현금으로 구매하여 주면 BBB가 3~4주 후에 7~10%의 마진을 붙여 재매입하여 주거나, 계열사인 CCC 등을 통해 재매입하여 주겠다’고 제안하였다. 이에 따라 원고는 2019. 9.경부터 BBB와 거래를 시작하였는데, BBB가 부세 등을 수입하면서 원고에게 재매입 거래를 요청하여 원고가 이를 매입하면, BBB는 원고가 구매한 부세 등을 3~4주 이내에 7~10%의 마진을 붙여 BBB 내지 BBB의 계열사인 CCC나 BBB의 거래처를 통해 재매입하였다.

원고는 이 사건 거래 과정에서 BBB가 eee 등과 계약서, 거래명세서, 출고증 등 거래에 관한 각종 자료를 주고받았다. 원고가 BBB 등으로부터 매입한 일부 수산물의 경우에는 실제로 냉동창고에 대한 관계에서 화주의 명의가 원고로 변경되었고, 이에 대하여는 피고도 실질 거래로 인정하였다. 이 사건 거래도 위 실질거래와 같은 절차로 이루어진 것이므로 역시 실질 거래에 해당한다고 보아야 한다.

관련 형사사건에서도, 원고와 BBB 사이에 원고가 수산물을 선매입하고 BBB가 이를 재매입하기로 하는 약정이 성립되어 실질적으로 효력이 있다고 판단되었다.

2) 원고는 BBB로부터 입고확인서 등을 수령하였기에, 냉동창고에 대한 관계에서도 해당 수산물에 대한 화주의 명의가 원고로 변경되었다고 알고 있었다. 따라서 원고에게는 이 사건 거래가 실질 거래라고 믿을 만한 정당한 사유가 존재하였으므로, 이 사건 거래가 가공거래로 판단된다고 하더라도 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 사실과 다른 세금계산서 여부

1) 관련 법리

가) 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래 별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하고(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 참조), 재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있다는 것은 당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미하는 것으로서, 부가가치세법 등 관련 법령에서 세금계산서에 기재할 사항 중의 하나로 규정하고 있는 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가 있어야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010도11382 판결 등 참조).

나) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 하여야 할 것이며, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

2) 판단

앞서 채택한 각 증거에, 갑 제3, 4, 10, 12 내지 17호증, 을 제7 내지 11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 세금계산서는 실물 거래 없이 발급·수취된 사실과 다른 세금계산서라고 판단된다.

가) BBB는 수산물을 수입하여 이를 원고에게 판매하면서 대금을 지급받은 후, 3~4주 뒤에 원고로부터 7~10%의 마진을 붙인 가격에 이를 재매입하였다. 이러한 거래방식은 이례적이며, 위 거래 과정에 원고를 추가할 합리적 이유를 찾아보기 힘들고, 그 과정에서 원고가 어떠한 역할을 하였다고 볼 만한 사정도 보이지 않는다.

BBB 외에 이 사건 세금계산서를 발급·수취한 업체들은, BBB 대표 ccc의 동생이 대표로 있는 곳이거나, ccc가 실질적으로 지배하는 곳이거나, 원고의 대표 ddd가 실질적으로 지배하는 곳으로, 사실상 ccc 또는 ddd가 그 거래 및 세금계산서 발급·수취를 주도하였던 것으로 보인다.

뿐만 아니라, 통상적으로 매입을 하는 업체에서 주문 품목, 수량 등에 대한 발주를 넣는 것과 달리, 이 사건 거래에서는 당초 수입업자인 BBB 측에서 수산물의 품목, 수량, 가격을 지정하여 원고에게 매입을 요구하였는바, 이러한 거래 절차 또한 이례적이다.

나) ccc는 BBB에 대한 범칙조사 심문 과정에서 ‘원고와 재화(수산물)를 주고받은 것이 없기 때문에 실제 거래가 아니다. 원고와는 재화를 주고받지 않고 대금을 수수한 것에 대한 증빙으로 계산서를 수수하였다’, ‘원고와는 일부 실제 거래를 제외하고는 대부분 대금을 차용하고 이자를 지불하는 거래를 하였다. 언젠가부터 원고로부터 자금을 융통하여 이자를 지급하면 원고가 BBB로 세금계산서를 발급했다. 정상적인 계산서는 실물인 냉동수산물의 소유권자가 출고증을 DDD 등 보세창고에 발급한 사실이 확인되어야 실질 거래인데, 상기 계산서는 이런 출고증을 보세창고에서 확인할 수 없기 때문에 가공계산서라 볼 수 있다’고 진술하였다.

위 조사 과정에서 이정민은 원고 외에도 이 사건 세금계산서 발급·수취업체인 CCC, EEE, FFF, GGG, HHH 등과도 실물거래 없이 대금을 주고받고 세금계산서를 수수하였다고 진술하였다.

이 사건 세금계산서 발급·수취업체들 중 III, JJJ 등의 대표도 조세범칙혐의자 조사 과정에서 원고로부터 계산서를 받았으나 물건(수산물)은 주고받지 않았다고 진술한 바 있다.

다) 거래의 목적과 경위 및 태양, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하더라도, 원고가 이 사건 거래 과정에서 거래당사자로서 자기의 책임과 계산으로 어떠한 위험을 부담하였다거나 구체적인 역할을 수행하였다고 보기 어렵다.

BBB 측이 수산물을 수입하여 냉동창고에 입고한 후 원고로부터 수산물 대금을 지급받고 이 사건 세금계산서를 발급한 이후에도, 냉동창고에 대한 관계에서 원고로 수산물의 명의변경이 되지 않았는바, 원고가 이 사건 거래 물품의 소유권을 확정적으로 취득하여 사용·수익·처분권한을 온전하게 보유하였다고 보기 어렵다(원고가 제출한 출고증, 입고확인서만으로는 원고가 냉동창고 측에 대하여 유효하게 이 사건 거래 물품의 소유권을 주장할 수 있다고 보이지 않는다). 원고는 그 과정에서 냉동창고 측에 수산물의 입고현황을 확인하거나, 명의변경 여부를 확인하거나, 출고증을 냉동창고 측에 직접 제시하거나 한 바가 없으며, 단지 BBB 측과 사이에 대금을 수수하며 이 사건 세금계산서를 발급·수취하였을 뿐이다.

이 사건 거래 물품과 관련한 냉동창고 비용 또한 원고가 지불하지 않았던 것으로 보이는바, 원고가 해당 물품의 분실·손상 등에 대한 위험을 부담하였다고 보이지도 않는다.

라) BBB 직원 eee는 진술서에서 ‘당시 BBB는 fff 회장과 L/C 1) 할인조건으로 수산물 수입을 하고 있었는데, 수입물건이 한국에 도착, 통관이 되면 회사가 fff 회장에게 현금으로 비용을 선지급하고 통관된 물건을 넘겨받았다. 그 선지급금이 신용장 금액보다 10~20% 할인된 가격이라 결국 수산물을 수입원가보다 10~20% 저렴하게 구매할 수 있다. 2019. 6.경 BBB가 fff 회장에게 선급할 자금이 부족하게 되자 ccc의 지시로 원고 대표 ddd에게 이 사건 거래를 제안하여 선급금을 마련했다’는 취지로 진술하였다.

이러한 진술에 더하여, 앞서 본 ccc의 범칙조사과정에서의 진술, 원고의 대표 ddd는 관련 형사사건에서 ‘BBB 측에서 처음에 차용을 부탁하였는데 이를 거절하자 선매입·재매입 거래를 제안하여 이 사건 거래를 하게 되었다’는 취지로 진술한 점, BBB 측에서 2020. 6. 9.경 원고에게 차용원금 15억 원의 ‘금전소비대차계약’ 공정증서를 작성해준 점, 관련 형사사건의 항소심에서도 ‘이 사건 거래에 있어 원고 앞으로 수산물의 명의를 이전하는 목적이 원고의 채권을 담보하기 위한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 거래가 수산물에 관한 일종의 양도담보 내지는 매도담보의 설정을 동반한 금전소비대차의 실질에 가까운 약정으로 보인다’고 판단한 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 거래의 목적은 원고에게 이 사건 거래 물품의 소유권을 진정하게 이전하여 원고로 하여금 실질적인 사용·처분권한을 가지게 하려는 의도라기보다는, BBB가 수산물 구입에 필요한 선급금을 원고를 통하여 마련하고, 그 대가로 원고에게 매매차익 상당을 이윤으로 지급하려는 것이라고 봄이 타당하다.

마) 원고와 BBB 사이의 거래 과정에서 일부 수산물의 경우에는 원고 명의로 명의변경이 되었던 사실, 원고가 냉동창고 보관비용을 지불하기도 한 사실 등은 인정된다.

그러나 피고는 원고와 BBB 사이에 수수된 세금계산서 중 이러한 부분은 허위 세금계산서 항목에서 제외하고 이 사건 처분을 하였으며, 앞서 본 이 사건 거래의 구조 및 경위 등을 고려하면 일부 수산물에 대하여 원고로의 명의변경이 있었다는 사정만으로 이 사건 거래 전부가 재화의 이동이 수반된 실질 거래라고 보기는 어렵다.

뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 이 사건 거래의 목적은 BBB가 수산물 구입에 필요한 선급금을 원고를 통하여 마련하고 원고에게 일정한 이윤을 지급하려는 것으로 봄이 타당한바, 실제로 원고 명의로 명의이전이 된 수산물이 있더라도 이는 원고가 BBB에 제공한 금전에 대한 담보 목적의 성격이 강하다고 보인다.

바) 관련 형사사건의 제1심이 ‘이 사건 거래가 단순히 금전소비대차에 불과하다고 볼 수 없고, 원고가 수산물을 선매입하고 BBB가 이를 재매입하기로 하는 약정이 성립되었고 그 약정도 실질적으로 효력이 있다’고 판단한 사실, 위 형사사건에서 ccc는 ‘ddd에게 냉동창고 업체 명의의 입고확인서 6장을 임의로 작성하여 제시함으로써 사문서를 위조하고 이를 행사하였다’는 혐의로 유죄판결을 선고받은 사실은 인정된다.

그러나 위 형사사건 판결의 취지는, 원고와 BBB 측 사이에 ‘원고가 수산물을 선매입하고 BBB가 이를 재매입하기로 하는 약정’이 유효하게 성립되었음에도 ccc가 원고를 기망하고 이를 이행하지 않았다는 것일 뿐, 이 사건 거래가 수산물의 소유권을 원고에게 실질적·종국적으로 이전하기 위한 목적의 거래라거나 그에 따른 물품의 이전이 실제로 이루어졌다고 판단한 것도 아닌 점, 위 형사판결의 제1심은 ‘이와 같은 선매입·재매입 약정은 원고의 BBB에 대한 채권을 담보하는 실질적인 기능을 할 것을 예정하기도 하였다’고 판시하였으며, 그 항소심 또한 이 사건 거래가 수산물에 관한 일종의 양도담보 내지는 매도담보의 설정을 동반한 금전소비대차의 실질에 가까운 약정으로 보인다고 판시한 점 등을 종합하면, 위와 같은 사정만으로 이 사건 세금계산서가 실질에 부합하는 것이라고 인정하기 어렵다.

사) 원고의 대표 ddd가 이 사건 세금계산서에 관한 허위세금계산서교부 등 혐의로 고발되었으나 서울송파경찰서가 2024. 6. 27. 불송치(혐의없음) 결정을 한 사실은 인정된다.

그러나 민사소송이나 행정소송에서 사실의 증명은 경험칙에 비추어 모든 증거를 종합 검토하여 볼 때 어떤 사실이 있었다는 점을 시인할 수 있는 고도의 개연성을 기준으로 함이 원칙이고, 형사책임은 지도이념과 증명책임, 증명의 정도 등이 이와 다르므로, 경찰이 형사사건에서 허위 세금계산서를 수수하였음을 합리적 의심의 여지없이 확신하기 어렵다는 이유로 불송치 결정을 하였다고 하더라도, 그 판단 대상이나 증명의 책임, 정도 등을 달리하는 행정소송에서 앞서 본 여러 사정들에 비추어 볼 때, 그것만으로 이 사건 세금계산서에 관한 거래가 가공거래가 아니라고 볼 수는 없다.

라. 가산세 부분의 위법 여부

세금계산서불성실가산세는 세금계산서 제도가 당사자 사이의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있음을 감안하여, 과세권의 적정한 행사와 조세채권의 용이한 실현을 위하여 부가가치세 납세의무를 지는 사업자로 하여금 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발행 또는 수취하지 않도록 할 의무를 부과하고, 사업자가 정당한 사유없이 이에 위배하여 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수할 경우에는 행정상 제재로 세금계산서불성실가산세를 부과하도록 한 것이다. 이에 비추어 보면 세금계산서불성실가산세는 사업자가 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수한다는 점에 관한 인식이 있었을 것을 요건으로 하지 아니한다. 그리고 세금계산서불성실가산세를 면할 정당한 사유가 있는지가 문제될 때에는 이러한 규정 취지를 충분히 고려하면서 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리였다고 할 것이어서 납세의무자에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 있는지 여부를 판단하여야 하고, 단지 재화나 용역의 공급 없이 수수되는 세금계산서라는 점을 알지 못하였다는 사정만으로 쉽게 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 단정하여서는 안 된다(대법원 2016. 11. 10. 선고 2016두31920 판결 등 참조).

위 법리에 앞서 채택한 각 증거들을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 BBB 등으로부터 수산물을 구입하고 이를 BBB 등이 원고로부터 재매입하는 이 사건 거래구조는 그 자체로 이례적인 점, ② BBB가 원고와 거래하게 된 경위를 보면 이 사건 거래의 목적은 선급금의 대여 및 그에 대한 대가 지급으로 봄이 타당한 점, ③ 일부 거래 과정에서 ccc가 원고에게 냉동창고 명의의 입고확인서 등을 위조하여 교부한 사정은 인정되나, 입고확인서만으로 냉동창고에 대한 관계에서 원고가 수산물의 소유자로서 권리를 행사할 수 없고, 원고로서는 냉동창고에 수산물의 입고내역 및 명의이전 여부를 쉽게 확인할 수 있을 것임에도 전혀 이를 하지 않은 점, ④ 원고는 이러한 확인 없이 BBB 등과 대금을 수수하면서 이 사건 세금계산서를 발급·수취한 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 세금계산서를 발급·수취함에 있어서 그 의무이행을 기대할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 인정하기 어렵다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 신용장(Letter of Credit)