이 사건 세무조사는 중복조사가 아니며 이 사건 분할은 비적격분할로서 분할신설법의 사업개시일은 분할신설법인의 사업개시일로부터 기산함이 타당함

해명자료 안내문 발송 및 관련자료 수취를 세무조사로 보기는 어려우며 비적격분할에 있어서 분할신설법인의 사업영위기간은 분할신설법인 사업개시일로부터 기산함이 타당

사 건

2024 누 56063 종합소득세부과처분취소

원 고

1. AAA

2. BBB

피 고

OO세무서장

변 론 종 결

2025. 3. 20.

판 결 선 고

2025. 5. 15.

주 문

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다 .

2. 항소비용은 원고들이 부담한다 .

3. 소송비용 중 원고 AA 과 피고 사이에 생긴 부분은 원고 AA 이 부담하고 , 원고 BBB 와 피고 사이에 생긴 부분의 55% 는 원고 BBB 가 , 나머지는 피고가 각 부담한다 .

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제 1 심판결을 취소한다 . 피고가 2022. 5. 1. 원고 AAA 에게 한 2016 년 귀속 종합소득세 576,369,720 원 ( 가산세 포함 ) 의 부과처분 및 같은 날 원고 BBB 에게 한 2016 년 귀속 종합소득세 38,524,580 원 ( 가산세 포함 ) 의 부과처분을 각 취소한다 .

이 유

1. 제 1 심판결의 인용

원고들의 항소이유는 제 1 심에서의 주장과 다르지 않고 , 제출된 증거들을 다시 살펴보더라도 제 1 심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다 . 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 , 아래와 같이 일부 고치거나 제 2 항과 같이 원고들이 이 법원에서 특히 강조하는 주장에 관한 판단을 추가하는 것 외에는 제 1 심판결 이유 기재 ( 별지 포함 ) 와 같으므로 , 행정소송법 제 8 조 제 2 항 , 민사소송법 제 420 조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다 .

○ 10 쪽 3 줄의 “ 상증세법 시행령 ” 을 “ 구 상증세법 시행령 ” 으로 고친다 .

○ 11 쪽 3 줄의 “1995. 6. 16.” 를 “ 대법원 1995. 6. 16.” 로 , 4 줄의 “1995. 9. 29.” 를 “ 대법원 1995. 9. 29.” 로 각 고친다 .

2. 추가 판단

가 . 원고들의 주장

1) OO 지방국세청장은 이 사건 조사를 하는 과정에서 이 사건 법인에 사전조사통지를 하지 않은 채 이 사건 법인의 주식평가 관련 사항에 관한 조사 등 이 사건 법인에 대한 세무조사를 실시하고 그 조사 결과도 이 사건 법인에 통지하지 않았다 . 이후 OO지방국세청장은 2021. 5. 경 이 사건 조사 당시 이미 제출받은 자료를 기초로 하여 이 사건 법인에 대한 조사를 실시하고 이 사건 조사 당시 이 사건 법인과 관련하여 지적한 사항을 그대로 지적사항으로 하여 처분을 하였다 . 이 사건 조사는 구 국세기본법 제 81 조의 7(2021. 12. 21. 법률 제 18586 호로 개정되기 전의 것 , 이하 같다 ) 제 1 항에 따른 사전통지 의무 1) 와 구 국세기본법 제 81 조의 12 제 1 항에 따른 세무조사 결과통지 의무 2) 를 위반하고 , 구 국세기본법 제 81 조의 4 제 2 항 3) 을 위반하여 재조사한 것으로 위법하다 ( 이하 ‘ 제 1 주장 ’ 이라 한다 ).

2) 상법 제 530 조의 10,4) 구 법인세법 (2016. 12. 20. 법률 제 14386 호로 개정되기 전의 것 , 이하 같다 ) 제 46 조 제 1 항 5) 및 2017. 2. 7. 대통령령 제 27835 호로 구 상증세법 시행령 제 54 조 제 4 항 제 2 호 후단이 신설되기 전 기존의 예규들은 ‘ 적격분할 또는 비적격분할 여부와 관계없이 인적분할된 분할신설법인의 사업영위기간은 분할 전 분할법인의 사업개시일부터 기산한다 ’ 고 해석함이 타당하다 . 따라서 비적격 인적분할된 이 사건 법인의 경우에도 사업영위기간이 분할법인의 사업개시일인 1986. 10. 1. 부터 기산하는 것으로 보아야 하고 , 그 경우 이 사건 법인은 구 상증세법 시행령 제 54 조 제 4 항 제 2 호의 ‘ 사업개시 후 3 년 미만의 법인 ’ 에 해당하지 않는다 ( 이하 ‘ 제 2 주장 ’ 이라 한다 ).

3) 2017. 2. 7. 대통령령 제 27835 호로 신설된 구 상증세법 시행령 제 54 조 제 4 항 제 2 호 후단은 2017. 2. 7. 이후 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용되는데 , 이 사건 법인의 주식평가 기준일은 2016. 4. 30. 이므로 위 규정이 적용될 수 없다 . 그럼에도 위 규정을 적용하여 이 사건 법인의 사업영위기간이 3 년 미만에 해당한다는 전제하에 이루어진 이 사건 처분은 구 국세기본법 제 18 조 제 2 항의 소급과세의 원칙 6) 을 위반하여 위법하다 ( 이하 ‘ 제 3 주장 ’ 이라 한다 ).

나 . 제 1 주장에 관한 판단

제 1 심의 인정 사실 , 제 1 심이 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 등을 종합하면 , 이 사건 조사가 이 사건 법인에 대한 통지의무를 위반하거나 재조사를 실시한 것으로서 위법한 세무조사에 해당한다고 볼 수 없다 .

원고들의 제 1 주장은 받아들일 수 없다 .

1) OO 지방국세청장은 이 사건 조사를 하면서 분할법인과 원고 AAA 을 조사대상으로 하였고 , 이 사건 법인을 조사대상으로 삼지 않았다 . OO 지방국세청장이 이 사건 조사 과정에서 분할법인으로부터 이 사건 주식의 평가 및 이 사건 법인의 분할 관련 자료를 제출받은 것으로 보이나 , 이를 이 사건 법인에 대한 세무조사를 실시한 것으로 볼 수는 없다 . 따라서 OO지방국세청장이 이 사건 조사 이후 2021. 5. 경 이 사건 법인에 대한 세무조사를 실시한 것이 구 국세기본법 제 81 조의 4 제 2 항을 위반한 재조사에 해당한다고 볼 수 없다 .

2) 구 국세기본법 제 81 조의 7 제 1 항에 따르면 세무공무원은 ‘ 세무조사 ’ 를 하는 경우

‘ 납세자 또는 납세관리인 ’ 에게 사전통지를 하여야 하고 , 구 국세기본법 제 81 조의 12 제 1 항에 따르면 세무공무원은 ‘ 세무조사 ’ 를 마쳤을 때 ‘ 납세자 또는 납세관리인 ’ 에게 세무조사 결과를 통지하여야 하는데 , OO 지방국세청장은 이 사건 조사를 하면서 조사대상이자 납세자인 분할법인과 원고 AAA 에게 위 각 규정에 따른 사전통지 및 결과통지를 하였다 . 한편 앞서 본 것과 같이 이 사건 조사를 이 사건 법인에 대한 세무조사라고 볼 수 없으므로 , OO 지방국세청장이 이 사건 조사 과정에서 이 사건 법인에는 사전통지 및 결과통지를 하지 않은 것이 위 각 규정을 위반하여 위법하다고 볼 수 없다 .

다 . 제 2 주장에 관한 판단

제 1 심의 인정 사실 , 제 1 심이 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정 등을 종합하면 , 이 사건 법인의 사업영위기간이 분할법인의 사업개시일인 1986. 10. 1. 부터 기산하여야 한다는 전제하에 이 사건 법인이 구 상증세법 시행령 제 54 조 제 4 항 제 2 호의 ‘ 사업개시 후 3 년 미만의 법인 ’ 에 해당하지 않는다고 볼 수는 없다 . 원고들의 제 2 주장도 받아들이기 어렵다 .

1) 상법 제 530 조의 10, 구 법인세법 제 46 조 제 1 항은 ‘ 분할신설법인의 사업개시일이 분할법인의 사업개시일부터 기산한다 ’ 는 것을 그 내용으로 하지 않는다 . 또한 상법에서는 법인의 분할과 관련하여 적격분할과 비적격분할의 경우를 구분하여 규정하고 있지 않으나 , 구 법인세법에서는 적격분할과 비적격분할의 경우를 구분하여 적격분할에 대하여는 과세이연의 혜택을 부여하고 있는바 , 이 사건 주식에 관한 과세가 문제되는 이 사건에서 구 법인세법이 아닌 상법에 따라 적격분할과 비적격분할의 경우를 구분하지 않고 판단하는 것은 적절하지 않다 . 따라서 위 각 규정을 근거로 ‘ 적격분할 또는 비적격분할 여부와 관계없이 인적분할된 분할신설법인의 사업영위기간은 분할법인의 사업개시일부터 기산한다 ’ 고 해석할 수는 없다 .

2) 원고들이 구 상증세법 시행령 제 54 조 제 4 항 제 2 호 후단이 신설되기 전 적용되었다고 주장하는 기존의 예규들은 대부분 구 법인세법상 적격분할의 요건을 갖춘 법인을 전제로 적용해온 것으로 보이므로 , 비적격분할된 분할법인의 분할에 적용할 수 있는 예규라고 보기 어렵다 . 또한 , 설령 위 예규들이 비적격분할된 분할법인의 분할에 적용된다고 하더라도 , 위 예규들은 원고들에 대한 과세관청의 공적인 견해표명에 해당한다고 볼 수 없으므로 , 피고가 위 예규들과 다르게 세법을 해석하여 이 사건 주식의 가액을 평가하였다고 하더라도 신의성실의 원칙에 위배된다고 볼 수도 없다 . 구 상증세법 시행령 제 54 조 제 4 항 제 2 호 후단의 문언과 그 개정 이유에 비추어 볼 때 , 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 구 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능하다고 해석함이 타당하고 , 위 예규들을 근거로 이와 달리 구 법인세법상 비적격분할인 경우에도 분할신설법인의 사업개시일이 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것으로 해석함은 타당하지 않다 .

라 . 제 3 주장에 관한 판단

구 상증세법 시행령 부칙 제 1 조는 “ 이 영은 공포한 날부터 시행한다 ” 고 규정하고 , 제 2 조는 “ 이 영은 이 영 시행 이후 상속이 개시되거나 증여받는 분부터 적용한다 ” 고 규정하였다 . 이 사건 주식의 주식평가 기준일은 2016. 4. 30. 이므로 2017. 2. 7. 신설된 구 상증세법 시행령 제 54 조 제 4 항 제 2 호 후단은 적용될 수 없다 . 이에 따라 OO지방국세청장은 구 상증세법 시행령 제 54 조 제 4 항 제 2 호의 후단을 적용하지 않고 전단만을 적용하여 ‘ 이 사건 법인의 사업영위기간은 이 사건 법인의 사업개시일부터 기산하므로 , 이 사건 법인은 사업개시 후 3 년 미만의 법인에 해당한다 ’ 는 전제 하에 이 사건 주식의 1 주당 가액을 평가하였고 , 피고는 이를 바탕으로 이 사건 처분을 하였다 . 따라서 이 사건에서는 구 상증세법 시행령 제 54 조 제 2 항 제 2 호 후단의 적용과 관련한 소급과세금지의 원칙이 문제될 여지가 없다 . 원고들의 제 3 주장 역시 받아들일 수 없다 .

3. 결론

원고들의 청구는 이유 없어 모두 기각하여야 한다 . 제 1 심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고들의 항소를 모두 기각한다 .