특수관계인 원고들이 과점주주로서 법인의 2차납세의무자에 해당하는지는 지배적 영향력을 미치는지에 따라 결정됨

원고 중 1인은 과반수 주주로서 체납법인에 지배적 영향력을 가지는 것이 인정되나, 또 다른 원고는 특수관계인이기는 하나 지배적 영향력을 미친다는 사실을 인정하기 부족하므로 원고 중 1인만 과점주주로서 2차납세의무를 진다고 보아야 함

2차납세의무, 과점주주, 실질적 경영, 실질적 지배, 지배적 영향력, 실질과세원칙, 특수관계인

사 건

2024 구합 66877 제 2 차납세의무지정처분취소 등

원 고

1. AA

2. BBB

피 고

OOO세무서장

변 론 종 결

2025. 3. 28.

판 결 선 고

2025. 5. 16.

주 문

1. 피고가 2023. 3. 8. 원고 BBB 에게 한 별지 1 목록 기재 연번 12 내지 19 기재 ‘ 원고 BBB 에 대한 고지세액 ’ 란 기재 금액의 각 납부고지 처분을 취소한다 .

2. 원고 AA 의 청구 및 원고 BBB 의 나머지 청구를 각 기각한다 .

3. 소송비용 중 원고 AA 과 피고 사이에 생긴 부분은 원고 AA 이 부담하고 , 원고 BBB 와 피고 사이에 생긴 부분의 55% 는 원고 BBB 가 , 나머지는 피고가 각 부담한다 .

청 구 취 지

피고가 2023. 3. 8. 원고 AA 에게 한 별지 1 목록 기재 ‘ 원고 AA 에 대한 고지세액 ’ 란 기재 금액의 각 납부고지 처분과 같은 날 원고 BBB 에게 한 별지 1 목록 기재 ‘ 원고 BBB 에 대한 고지세액 ’ 란 기재 금액의 각 납부고지 처분을 각 취소한다 .

이 유

1. 처분의 경위

가 . 주식회사 CCC( 이하 ‘CCC’ 이라 한다 ) 은 2019. 3. 25. 설립되어 웨딩컨설팅사업 등을 영위하던 회사로 사내이사 DDD 가 그 대표자이다 .

나 . 원고 AA 은 DDD 의 연인이었고 , 원고 BBB 는 원고 AA 의 사촌으로 CCC 의 주주명부상 원고 AA 은 그 발행주식의 51% 를 , 원고 BBB 는 그 발행주식의 49% 를 각 보유한 주주로 등재되어 있다 .

다 . 피고는 CCC 이 2019 년 2 기분 부가가치세 등을 체납하자 원고들을 과점주주로 보아 CCC 의 제 2 차 납세의무자로 지정한 다음 , 2023. 3. 8. 원고들에게 별지 1 목록 기재 각 부과처분을 하였다 ( 원고 AA 에 대한 고지세액은 ‘ 원고 AA 에 대한 고지세액 ’ 란 기재 금액과 같고 , 원고 BBB 에 대한 고지세액은 ‘ 원고 BBB 에 대한 고지세액 ’ 란 기재 금액과 같다 . 이하 통틀어 ‘ 이 사건 처분 ’ 이라 한다 ).

[ 인정근거 ] 다툼 없는 사실 , 갑 제 1 내지 3 호증 , 을 제 1 내지 3 호증의 각 기재 ( 가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함 , 이하 같다 ), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 2 기재와 같다 .

3. 쟁점 : 원고들이 제 2 차 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하는지 여부

가 . 관련 법리

1) 구 국세기본법 (2020. 12. 22. 법률 제 17650 호로 개정되기 전의 것 , 이하 ‘ 개정 전 국세기본법 ’ 이라 한다 ) 내지 구 국세기본법 (2024. 12. 31. 제 20611 호로 개정되기 전의 것 , 이하 ‘ 개정 국세기본법 ’ 이라 한다 ) 제 39 조 제 2 호는 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 등에 충당하여도 부족한 경우 법인의 납세의무 성립일 현재 과점주주에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 그 지분율 (= 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 ÷ 발행주식 총수 ) 한도 내에서 제 2 차 납세의무를 진다고 규정하고 있다 . 다만 과점주주의 요건으로 , 개정 전 국세기본법 제 39 조 제 2 호는 ‘ 주주와 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 50% 를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들 ’ 일 것을 요구하였으나 , 2020. 12. 22. 법률 제 17650 호로 개정되어 2021. 1. 1. 시행된 개정 국세기본법 제 39 조 제 2 호는 ‘ 주주와 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 50% 를 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들 ’ 일 것을 요구하고 있다 .

2) 제 2 차 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당한다는 사실은 과세관청이 주장 · 입증하여야 한다 ( 대법원 1995. 1. 20. 선고 94 누 7997 판결 등 참조 ). 다만 주식의 소유사실은과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고 , 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다 ( 대법원 2004. 7. 9. 선고 2003 두 1615 판결 참조 ).

개정 전 국세기본법 제 39 조 제 2 호에서 말하는 ‘ 주식에 대한 실질적인 권리 행사 ’ 는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고 , 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다 ( 대법원 2004. 10. 15. 선고 2003 두 8418 판결 등 참조 ). 반면 개정 국세기본법 제 39 조 제 2 호에서 말하는 ‘ 법인의 경영에 대한 지배적인 영향력의 행사 ’ 는 임원에 대한 임면권 행사 , 사업방침 결정 등 법인 경영에 사실상 영향력을 행사하는 경우를 의미한다 . 개정 국세기본법 제 39 조 제 2 호는 종전 규정에 따른 과점주주에 해당하지만 법인 경영에 영향력이 없는 자에 대해서도 제 2 차 납세의무를 부담하게 하는 것은 법인격 남용 방지 목적을 넘어서 납세의무를 부여하는 측면이 있어 상법상 유한책임의 원칙에 보다 부합하게 과점주주의 범위를 축소한 것인 점 , 과점주주의 제 2 차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제 3 자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 하는 점 등에 비추어 보면 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는지 여부는 해당 과점주주 개개인을 기준으로 그가 법인의 경영에 관여하여 이를 사실상 지배하였는지의 여부에 따라 판단하여야 한다 .

나 . 개정 전 국세기본법 제 39 조 제 2 호 적용 부분에 대한 판단 : 별지 1 목록 연번 1 내지 11 기재 각 납부고지 처분

1) 개정 국세기본법은 2021. 1. 1. 부터 시행되었고 , 국세기본법 부칙 (2020. 12. 22. 법률 제 17650 호 ) 제 2 조는 ‘ 제 39 조의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다 ’ 고 규정하고 있다 . 이 사건 처분 중 별지 1 목록 연번 1 내지 11 기재 각 납부고지 처분은 CCC 의 납세의무가 2020. 12. 31. 이전에 성립한 체납액에 대한 것이므로 , 개정 전 국세기본법이 적용된다 .

2) 주주명부상 원고 AA 이 CCC 발행주식의 51%, 원고 BBB 가 CCC 발행주식의 49% 를 보유한 주주인 사실 , 원고 AA 과 원고 BBB 가 사촌인 사실은 앞서 본 바와 같다 . 따라서 원고들은 개정 전 국세기본법 제 39 조 제 2 호가 규정하고 있는 과점주주로서의 지분 요건을 충족하고 있다 .

이에 대하여 원고들은 DDD 에게 투자한 돈에 대한 담보 목적으로 CCC 의 발행주식을 취득한 것으로서 DDD 가 실질주주이고 원고들은 형식주주 내지 명의수탁자에 불과하며 , 특히 원고 BBB 는 그 명의로 CCC 의 발행주식을 취득한 사실조차 알지 못하였다고 주장한다 . 그러나 앞서 든 증거들 , 갑 제 6, 7 호증 , 을 제 4, 5 호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정 , 즉 ① CCC 의 설립 당시 정관에 원고들 모두가 발기인으로 기명날인한 것으로 되어 있고 , 발기인총회 의사록에도 원고들 모두가 발기인으로 기명날인한 것으로 되어 있는 점 , ② 그 발기인총회에서 DDD 가 대표자인 사내이사로 선임되었던 점 , ③ 원고 AA 은 CCC 의 감사로 등재되어 있고 실제로는 이사 직함을 가지고 활동하였으며 , EEE 의 CCC 에 대한 투자 유치에도 관여하고 EEE 에게 DDD 와 연대하여 위 투자금에 대한 채무를 부담한다는 취지의 약정서를 작성하여 주었던 점 , ④ 원고들이 DDD 에게 투자하였다는 돈이 CCC 의 자본금으로 납입된 것으로 보이는 점 , ⑤ 원고 BBB 는 원고 AA 이 원고 BBB 에게 알리지 않고 원고 BBB 를 CCC 의 주주로 등재했다고 주장하는데 , 원고 BBB 가 원고 AA 을 고소하여 원고 AA 이 형사처벌을 받았다는 등의 사정이 엿보이지 않는 점 , ⑥ 달리 원고들과 DDD 사이에 투자계약서나 담보약정서 등이 존재하지도 않는 점 등에 비추어 보면 원고들이 제출한 증거만으로는 원고들이 CCC 의 형식주주라거나 그 주식에 관한 명의수탁자라는 점을 인정하기에 부족하다 .

3) 나아가 원고들이 CCC 의 주주명부상 주주이고 , 앞서 본 바와 같이 원고들이 CCC 의 형식주주라거나 그 주식에 관한 명의수탁자라는 등의 사정이 없으며 , 실제 원고들이 발기인총회 등에서 그 의결권을 행사하기도 한 이상 원고들은 그 명의 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 추인할 수 있다 . 결국 사촌인 원고들은 합하여 CCC 의 발행주식 총수의 50% 를 초과하여 소유하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 주주 , 즉 개정 전 국세기본법 제 39 조제 2 호에 따른 CCC 의 과점주주에 해당한다고 봄이 타당하다 .

다 . 개정 국세기본법 제 39 조 제 2 호 적용 부분에 대한 판단 : 별지 1 목록 연번 12 내지 19 기재 각 납부고지 처분

1) 이 사건 처분 중 별지 1 목록 연번 12 내지 19 기재 각 납부고지 처분은 CCC 의 납세의무가 2021. 1. 1. 이후에 성립한 체납액에 대한 것이므로 , 개정 국세기본법이 적용된다 .

2) 주주명부상 원고 AA 이 CCC 발행주식의 51%, 원고 BBB 가 CCC 발행주식의 49% 를 보유한 주주인 사실 , 원고 AA 과 원고 BBB 가 사촌인 사실은 앞서 본 바와 같다 . 따라서 원고들이 개정 국세기본법 제 39 조 제 2 호가 규정하고 있는 과점주주로서의 지분 요건을 충족하고 있음을 인정할 수 있고 , 앞서 본 사정들에 비추어 보면 원고들이 제출한 증거만으로 원고들이 CCC 의 형식주주 내지 그 주식에 관한 명의수탁자라는 점을 인정하기에 부족하며 , 달리 이를 인정할 증거가 없다 .

3) 나아가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정 , 즉 ① 원고 AA 은 단독으로 CCC 발행주식 총수의 51% 를 보유한 주주로서 단독으로 임원에 대한 임면권을 행사할 수 있는 점 , ② 원고 AA 이 CCC 의 대표자인 DDD 와 연인관계에 있었고 실제 CCC 에서 이사 직함을 가지고 활동하였던 점 , ③ 원고 AA 은 EEE 의 CCC 에 대한 투자 유치에 관여하였으며 EEE 에게 DDD 와 연대하여 위 투자금에 대한 채무를 부담한다는 취지의 약정서를 작성하여 주기도 하였던 점 , ④ 원고 AA 은 DDD 를 CCC 의 대표자인 사내이사로 선임하는 발기인총회에 참여하여 그 의결권을 행사하였던 점 등에 비추어 보면 , 원고 AA 은 CCC 의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당한다 .

결국 원고 AA 은 CCC 의 발행주식 총수의 50% 를 초과하여 소유하면서 CCC 의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자 , 즉 개정 국세기본법 제 39 조 제 2 호에 따른 과점주주에도 해당한다고 봄이 상당하다 .

4) 반면 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정 , 즉 ① 원고 BBB 는 CCC 발행주식 총수의 49% 를 보유한 주주로서 단독으로 임원의 임면권을 행사할 수는 없는 점 , ② 이에 원고 BBB 는 CCC 발행주식 총수의 51% 를 보유한 주주이자 , 대표자인 DDD 의 연인이었던 원고 AA 을 통하여 CCC 의 경영에 관여할 수 있었을 것으로 보이는 점 , ③ 그런데 CCC 의 발기인총회 이후로 원고 BBB 가 직접 또는 원고 AA 을 통하여 그 경영에 관여하였다고 볼 만한 자료가 없고 , 원고 AA 이 이사 직함으로 CCC 의 경영에 관여해왔던 것과는 달리 원고 BBB 가 CCC 의 경영에 관여하였다고 볼 만한 사정이 엿보이지 않는 점 , ④ 원고 BBB 가 과점주주라는 점에 대하여 입증책임을 부담하는 피고가 원고 BBB 의 CCC 에 대한 경영 관여 정도에 대해 별다른 조사를 하지도 않은 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 피고가 제출한 증거만으로는 원고 BBB 가 CCC 의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당한다고 보기 어렵다 .

결국 원고 BBB 는 CCC 의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자가 아니므로 개정 국세기본법 제 39 조 제 2 호에 따른 과점주주에 해당하지 않는다 .

라 . 소결론

따라서 원고들이 CCC 의 과점주주임을 전제로 하는 이 사건 처분 중 원고 BBB 에 대한 별지 1 목록 연번 12 내지 19 기재 ‘ 원고 BBB 에 대한 고지세액 ’ 란 기재 금액의 각 납부고지 처분만이 위법하여 취소되어야 한다 .

4. 결론

그렇다면 원고 BBB 의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고 , 원고 AA 의 청구 및 원고 BBB 의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다 .