당사자들이 자유로운 의사결정에 의해 정한 이 사건 출자지분의 양도대금은 실지거래가액에 해당함

이 사건 출자지분의 양도대금은 당사자들이 그 매매 당시에 이 사건 회사의 소유 부동산, 채무 등 이 사건 회사의 가치를 평가하여 자유로운 의사결정에 의해 정한 것으로 보이므로, 보충적 평가방식이 아닌 당사자들이 정한 양도대금이 양도소득세의 과세표준이 되는 양도차익을 산정하는 실지거래가액이 된다고 봄이 타당하다.

사 건

2023구합12651 양도소득세경정거부처분취소

원 고

AAA, BBB

피 고

○○세무서장

변론종결

2024. 3. 7.

판결선고

2024. 3. 28.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청구취지

피고가 2021. 11. 23. 원고들에게 한 각 양도소득세경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

유한회사 甲산업(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)은 유기질 비료 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사로, 출자지분 총 20,000좌(이하 ‘이 사건 출자지분’이라 한다, 출자 1좌의 금액 10,000원) 중 50%인 10,000좌를 원고 AAA이, 나머지 50%인 10,000좌를 원고 AAA의 배우자인 원고 BBB이 각 소유하고 있었다.

나. 이 사건 출자지분의 양도 및 양도소득세 신고

1) 원고들은 2017. 12. 20. 피고에게, 원고들이 2017. 11. 13. CCC에게 이 사건 출자지분 중 각 자신의 지분을 1좌당 양도가액 37,500원, 총 양도가액을 3억 7,500만 원(=10,000좌 × 37,500원, 원고들 합계 양도가액은 7억 5,000만 원)으로 정하여 양도하였다고 하며, 2017년 귀속 양도소득세로 각각 5,450만 원을 예정신고(이하 ‘이 사건 각 최초신고’라 한다) 하였다.

2) CCC은 2019. 1. 15. 이 사건 출자지분을 DDD에게 양도하였는데, 피고는 CCC이 이 사건 출자지분의 취득가액을 11억 원으로 신고한 사실을 확인하여, 원고들에게 이 사건 각 최초신고의 양도가액을 수정신고 하도록 안내하였다.

3) 이에 원고들은 2019. 10. 7. 이 사건 출자지분 중 자신의 지분에 관한 양도가액을 각 3억 7,500만 원에서 각 5억 5,000만 원으로 수정하고, 2017년 귀속 양도소득세로 각각 54,736,500원을 추가로 수정신고·납부하였다(이하 위 각 수정신고를 ‘이 사건 각 수정신고’라 한다).

다. 원고들의 양도소득세 경정청구 및 경정청구 거부처분

1) 원고들은 2021. 9. 30. 원고들과 CCC 사이의 이 사건 출자지분의 실지 양도가액은 합계 7억 5,388만 원(=원고들 각 3억 7,694만 원 × 2)이므로, 원고들이 과다신고·납부한 양도소득세 각 54,348,500원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 각 경정청구’라 한다)를 하였다.

2) 피고는 2021. 11. 23. 원고들에게 ‘이 사건 출자지분의 양도양수계약은 원고들이 보유 중인 이 사건 회사의 발행주식(출자지분) 전부 및 이 사건 회사 소유 부동산 일체 등을 양수인에게 양도하는 계약으로, 개인 간의 단순한 주식(출자지분)의 거래가 아닌 회사를 인수하기 위한 거래이다. 회사를 양도하기 위해 주식(출자지분)의 양도가액으로 약정한 금액에서 양수인이 인수하기로 한 회사의 은행채무액을 차감할 수 없으며, 약정서에 기재된 매매대금이 주식(출자지분)의 양도가액으로 판단된다’는 이유로 원고들의 이 사건 각 경정청구를 거부한다고 각 통지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 조세심판원에 대한 심판청구

원고들은 2022. 2. 14. 조세심판원에 이 사건 각 처분에 대한 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 3. 15. 원고들의 심판청구를 각 기각하는 결정을 하였다(조심2022광0000).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들 주장의 요지

원고들은 CCC에게 원고들이 각 소유한 이 사건 출자지분 중 각 10,000좌를, 출자 1좌당 양도가액을 37,500원으로 정하여 총 양도가액 3억 7,500만 원(=10,000좌 × 37,500원)에 각각 양도하였다. 그러나 피고는 원고들과 CCC 사이의 이 사건 출자지분 양도거래가 이 사건 회사를 포괄적으로 양도하는 거래라고 보고, 이 사건 출자지분의 양도가액에는 이 사건 회사의 부채까지 포함되어야 한다는 전제에서 원고들에게 수정신고를 권고하였으며, 이에 원고들은 이 사건 출자지분 중 각 10,000좌의 양도가액을 각 5억 5,000만 원으로 수정하여 이 사건 각 수정신고를 하였다.

그러나 이 사건 출자지분의 1좌당 가액은 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다)에서 규정한 비상장주식등의 평가 방법에서 규정하고 있는 1주당 순자산가치의 산식(1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수)에 의하여 산출해야 하는바, 이 사건 출자지분의 1좌당 가액은 11억 원(=원고들이 이 사건 각 수정신고 한 5억 5,000만 원 × 2)에서 이 사건 회사의 채무 3억 5,000만 원을 제외한 순자산가액 7억 5,000만 원을 총 출자좌수 20,000좌로 나눈 37,500원이고, 결국 원고들과 CCC 사이의 이 사건 출자지분의 실지 양도가액은 합계 7억 5,000만 원이다. 그럼에도 이 사건 각 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 판단

앞서 든 증거들, 갑 제6, 7호증, 을 제4 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사실 내지 사정에 비추어 볼 때, 원고들과 CCC 사이의 이 사건 출자지분의 양도가액은 합계 11억 원(원고당 5억 5,000만 원)이라고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 출자지분의 양도가액이 7억 5,000만 원(원고당 3억 7,500만 원)임을 전제로 한 원고들의 주장은 이유 없고, 이 사건 각 경정청구를 거부한 이 사건 각 처분은 적법하다.

① 원고들과 CCC은 이 사건 출자지분의 양도와 관련하여 이 사건 출자지분 중 각 10,000주를 각 3억 7,500만 원에 양도한다는 내용의 각 2017. 9. 5.자 주식양도양수계약서(을 제1호증 중 각 4면 참조, 갑 제3, 4호증의 각 2도 이와 동일하다, 이하 위 각 계약서를 통틀어 ‘최초계약서’라고만 한다)를 작성하였고, 이후 피고의 수정신고 권고에 따라 위 각 출자지분의 양도가액을 각 5억 5,000만 원으로 수정한 각 주식양도양수계약서[을 제3호증 중 5, 6면 참조, 을 제2호증의 1 중 4면(원고 BBB)도 이와 동일하다. 이하 위 각 계약서를 통틀어 ‘수정계약서’라고만 한다]를 작성하였으며, 이 사건 출자지분 중 각 10,000좌의 실지거래가액은 최초계약서에 기재된 바와 같이 각 3억 7,500만 원이라고 주장하고 있다.

살피건대, 최초계약서 제1조에는 원고들의 주장과 같이 이 사건 출자지분 1좌의 금액이 37,500원으로, 양도할 출자지분 10,000좌의 양도대금이 3억 7,500만 원으로 각 기재되어 있으나, 양도대금의 지급시기를 정한 최초계약서 제2조에서는 원고들과 CCC이 주고받을 양도대금이 계약금 5,500만 원, 중도금 1억 원, 잔금 3억 9,500만 원, 합계 5억 5,000만 원으로 기재되어 있다. 따라서 최초계약서 제1조에 기재된 양도대금 3억 7,500만 원이 실지 양도가액이라고 그대로 믿기는 어려운 반면, 수정계약서 뿐만 아니라 최초계약서 제2조에 의하더라도 이 사건 출자지분 중 각 10,000좌의 양도대금은 각 5억 5,000만 원이라는 것이므로, 원고들과 CCC은 최초계약서 작성 당시부터 이 사건 출자지분 중 각 10,000좌의 양도대금을 5억 5,000만 원으로 정하였던 것으로 볼 여지가 크다.

② 원고들과 CCC이 2017. 9. 5.자로 작성한 법인주식양도양수계약 및 이행합의각서(갑 제3, 4호증의 각 6, 을 제2호증의 2 중 4면 이하 참조, 이하 ‘이 사건 각서’라 한다) 제4조에서는 이 사건 출자지분의 매매대금을 11억 원으로 정하고 있다. 또한 이 사건 각서 제5조에서는 위 출자지분 매매대금의 지급방법에 관하여 정하고 있는데, 잔금의 경우 ‘2017. 9. 30. 잔금 7억 9,000만 원을 지급하되 근저당권설정채무(채권자 중소기업은행)를 확인 후 공제하고 지불한다’고 기재되어 있다. 이 사건 각 경정청구 당시 양수인인 CCC도 피고에게 ‘이 사건 출자지분의 매매대금은 11억 원이고, 이 사건 출자지분 매매계약 체결 당시의 위 근저당권설정채무 잔액을 확인하여 원고들이 채무를 상환하면 CCC이 그 상환한 금액만큼을 매매대금에 포함하여 지급하고, 상환하지 않으면 CCC이 채무를 인수하여 매매대금의 지급에 갈음하기로 하였다’는 취지로 진술하였다. 한편, 이 사건 회사는 최초계약서 및 이 사건 각서 작성일인 2017. 9. 5. 무렵 기업은행에 대해 약 3억 4,612만 원 정도의 채무가 있었다. 이와 같이 원고들과 CCC은 이 사건 회사가 부담하고 있었던 채무를 이 사건 출자지분의 양도대금에 반영하여, 이 사건 출자지분의 양도대금을 11억 원으로 정한 것으로 보인다.

③ 이 사건 각서에서 정한 바와 같이, 이 사건 출자지분의 양도로써 원고들은 CCC에게 이 사건 회사를 포괄적으로 양도하였다. CCC은 이 사건 회사 명의의 농협계좌에 2017. 5. 22.부터 2017. 11. 16.까지 합계 951,160,000원을 이체하였고, 위 무렵 이 사건 회사의 채무 1억 9,200만 원을 인수한 것으로 보인다. 이는 CCC이 진술한 이 사건 출자지분의 매매대금 지급방법과도 일치할 뿐만 아니라, 위 각 금액의 합계도 11억 4,316만 원(=9억 5,116만 원 + 채무 인수액 1억 9,200만 원)으로, 이 사건 출자지분의 양도대금인 11억 원과 비슷한 금액이다. 이러한 점에 비추어 보더라도, 원고들과 CCC은 이 사건 출자지분의 양도대금을 11억 원으로 정한 것으로 봄이 상당하다.

④ 같은 기간 동안인 2017. 5. 22.부터 2017. 11. 16.까지 원고 AAA은 이 사건 회사 명의의 농협계좌에서 자신 명의의 계좌로 합계 793,360,000원을 출금하였는데, 원고들은 이 사건 출자지분의 양도금액이라고 주장하는 7억 5,000만 원을 제외한 나머지 금액은 중도금 및 잔금 지연에 따른 이자 등의 금원이라거나(2017. 10. 10.자 2,888만 원 중 1,500만 원 및 388만 원) 폐기물방치 보증금을 개인비용으로 납부하였다가 회수한 금원(2017. 11. 16.자 2,448만 원)이라고 주장하고 있다. 그러나 이러한 원고들의 주장을 인정할 아무런 객관적인 증거가 없으므로, 원고들 주장과 같이 원고들이 이 사건 출자지분의 양도대금으로 7억 5,000만 원만을 지급받았다고 보기는 어렵다.

⑤ 원고들은 상증세법에서 규정하고 있는 ‘1주당 순자산가치의 산식’에 따라 이 사건 출자지분 1좌당 가액을 산정해야 한다고 주장하나, 이는 비상장주식등의 시가를 알 수 없는 경우 그 가액을 보충적으로 평가하기 위한 방법으로, 시장성이 적은 비상장주식의 경우에도 그에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 하고 상증세법이 규정한 보충적 평가방법에 의하여 평가해서는 아니 된다고 할 것이다(대법원 2012. 4. 26. 선고 2010두26988 판결 참조). 앞서 본 바와 같이 이 사건 출자지분의 양도대금은 원고들과 CCC이 그 매매 당시에 이 사건 회사의 소유 부동산, 채무 등 이 사건 회사의 가치를 평가하여 자유로운 의사결정에 의해 정한 것으로 보이므로, 위와 같은 보충적 평가방식이 아닌 당사자들이 정한 양도대금이 양도소득세의 과세표준이 되는 양도차익을 산정하는 실지거래가액이 된다고 봄이 타당하다.

5. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.