이 사건 주택의 양도는 '조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택'을 양도한 경우에 해당함

이 사건 주택의 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호가 정한 '조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택'을 양도한 경우에 해당하고, 이 사건 주택의 양도차익 중 9억 원을 초과하는 부분에 대하여는 중과세율이 적용되고 장기보유 특별공제 대상에서도 제외될 수밖에 없다.

사 건

2024구단10274 양도소득세경정거부처분취소

원 고

이ㅇㅇ 외 1명

피 고

ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2024. 7. 5.

판 결 선 고

2024. 8. 23.

주 문

1. 원고들의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20xx. x. x. 원고들에 대하여 한 각 2020년도 귀속 양도소득세 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 부부로 20xx. xx. xx. 조정대상지역 내에 위치한 xx시 xx구 xx동 xxx xxx푸르지오 xxx동 xxxx호(83.002㎡, 이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 각 2분의 1 지분씩 취득하였고, 20xx. x. xx. xx시 xx동 xxx xxxxxxxx xxxxxx xxxx동 xxx호(98.7995㎡, 이하 ‘대체주택’이라 한다)를 매수하여 20xx. xx. x. 각 2분의 1 지분씩 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고들은 20xx. xx. xx. 이 사건 주택을 13억 9,000만 원에 매도하고 20xx. xx. xx. 매수인들 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었는데, 당시 원고들은 다음과 같이 주택을 보유하고 있었다.

다. 원고들은 20xx. xx. x. 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대하여 장기보유특별공제를 적용하지 않고, 일반세율이 아닌 3주택 이상 중과세율을 적용하여 피고에게 각 2020년 귀속 양도소득세 45,868,704원을 신고·납부하였다.

라. 이후 원고들은 20xx. x. xx. 피고에게 이 사건 주택의 양도와 관련하여 장기보유특별공제와 일반세율을 적용하여야 한다고 주장하면서 양도소득세 각 31,079,592원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 20xx. x. xx. 원고들의 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

마. 원고는 20xx. x. xx. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 20xx. xx. xx. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12, 31호증, 을 제1, 2, 3호증(각 가지번호

생략)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

원고들은 자녀들의 취학을 앞두고 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로 투기목적이 없고, 이 사건 주택을 매도하려 하였으나 여의치 않아 결과적으로 대체주택 취득 후 사회통념상 일시적으로 인정되는 기간인 불과 25일 뒤에 양도하게 된 것이므로, 원고는 임대주택을 제외하면 '일시적 2주택자'에 해당한다. 이 사건 주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도’의 경우 양도소득세율을 제55조 제1항에 따른 일반세율에 20%를 더한 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 제95조 제2항 본문의 괄호 규정에서는 ‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’은 장기보유특별공제 대상에서도 제외하도록 규정하고 있다. 한편 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 “ 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.”라고 규정하면서 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택을 들고 있는바, 1세대가 소유하는 주택의 수를 계산할 때에는 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 해당하는 주택(수도권 및 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만 산입되지 않을 뿐 나머지 각 호에 해당하는 주택은 비록 그것이 장기임대주택 등이라 할지라도 모두 산입되고, 단지 그 해당 주택 자체가 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는 것으로 봄이 타당하다.

결국 원고들의 소유 주택수를 계산할 때에는 이 사건 주택과 양도 당시 원고들이 소유한 임대주택들과 대체주택이 모두 포함되므로, 특별한 사정이 없는 한 이 사건 주택의 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 가 정한 '조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택'을 양도한 경우에 해당하고, 이 사건 주택의 양도차익 중 9억 원을 초과하는 부분에 대하여는 중과세율이 적용되고 장기보유 특별공제 대상에서도 제외될 수밖에 없다.

2) 한편 이러한 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 관한 중과세율의 적용 취지는 투기 목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 것이므로 종전주택과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다고할 것이지만(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 참조), 이러한 특별한 사정의 존재에 대하여는 중과세율의 적용 배제를 주장하는 원고들에게 입증책임이 있다고 볼 수밖에 없다.

3) 갑 제10, 11, 16 내지 19, 22호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면 이 사건 주택의 매도와 대체주택의 취득 경위에 관하여 다음과 같은 사실들을 인정할 수 있다.

㉮ 원고들은 20xx. x. xx. 대체주택을 대금 15억 5,500만 원에 매수하였다. 원고 장ㅁㅁ는 계약금 1억 5,500만 원을 지급하기 위해 20xx. x. xx. 과학기술인공제회로부터 목돈급여사업 공제금 1억 원을 중도 해지하여 지급받는 한편 6,500만 원을 추가로 차용하였다. 원고들은 잔금 14억 원을 20xx. xx. x.까지 지급하되 그 중 9억 원은 매도인이 대체주택에서 계속 거주하는 전세보증금 조로 대체하여 20xx. x. xx.까지 정산하기로 약정하였고, 원고 이ㅇㅇ는 20xx. xx. x. 이 사건 주택을 담보로 4억 6,000만원을 대출받아 잔금 일부를 지급하였다.

㉯ 원고들은 20xx. xx. x. 이 사건 주택을 대금 13억 9,000만 원(계약금 1억 3,900만 원은 계약일 수령)에 매도하면서 중도금 1억 3,900만 원은 20xx. xx. xx.에, 잔금 11억 1,200만 원은 20xx. xx. xx.에 지급받되 그 중 8억 원은 원고들이 20xx. x. xx.까지 이 사건 주택에서 계속 거주하는 데 대한 전세보증금으로 공제하기로 약정하였다.

㉰ 원고들은 20xx. x. xx. 이 사건 주택의 매수인으로부터 8억 원을 지급받아 같은 날 대체주택의 매도인에게 9억 원을 지급하였고, 20xx. x. x. 대체주택으로 전입하였다.

4) 위 사실관계에 나타나는 다음과 같은 사정, 즉 원고들이 대체주택을 매수하기로 계약한 뒤 매매계약에서 정한 잔금지급일보다도 뒤에 비로소 이 사건 주택을 매도하기로 계약하였고(원고들은 20xx. 7.경부터 이 사건 주택을 매도하기 위하여 매물로 등록하였다고 주장하나, 갑 제20호증의 영상만으로는 위 주장사실을 인정하기 부족하고 달리 증거가 없다), 대체주택에 관한 계약금, 잔금 일부가 이 사건 주택의 매매대금과 전혀 무관하게 지급한 점, 원고들은 이 사건 주택의 잔금 지급일을 20xx. xx. xx.로 정하였으므로 이때 잔금을 지급받아 대체주택의 잔금을 지급할 수 있었는데도 그로부터 3개월 뒤까지 이 사건 주택에 계속 거주한 점에 더하여 을 제5, 6호증의 영상에 의하여 알 수 있는 것처럼 이 사건 주택과 대체주택의 거리가 1.5㎞ 정도에 불과하고 이 사건 주택 인근에도 초등학교가 위치하고 있어 이 사건 주택의 매도 이전에 대체주택을 긴급하게 매수하여야 할 만한 뚜렷한 이유를 찾기 어려운 점에 비추어 보면, 갑 제24 내지 29호증의 각 기재 내지 영상만으로는 이 사건 주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아서는 안 될 특별한 사정이 있다고 인정하기 어렵다.

5) 이 사건 주택의 양도에 관하여 장기보유특별공제가 적용되지 않고, 1가구 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 중과세율이 적용된다고 보아 원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

따라서 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.