일시적 2주택자에 대한 1세대 1주택 비과세 특례 적용

신규주택의 취득일로부터 1년 이내에 신규주택으로 세대전원이 이사를 하고 전입신고를 마쳐야 하는데, 원고는 해외파견근무를 하게 되어 부득이하게 전입요건을 갖추지 못하였다고 주장하나, 이는 원고의 주관적인 사정에 해당하고, 관련법령에서는 세대 구성원 중 일부가 이사를 하지 못하는 경우 외에는 예외사유를 규정하고 있지 않음

사 건

2024구합23544 양도소득세부과처분취소

원 고

정AA

피 고

OO세무서장

변 론 종 결

2025. 5. 22.

판 결 선 고

2025. 7. 3.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 3. 12.1) 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 172,175,970원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 2017. 3. 6. 서울 OO구 OO로 OO, xxx동 xxx호(XX드림타운)(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2021. 5. 29. 서OO, 김OO에게 이 사건 종전주택을 총 매매대금 8억원, 계약금 8,000만 원(계약시 지급), 중도금 3억 2,000만 원(2021. 7. 29. 지급), 잔금 4억 원(2021. 9. 27. 지급)으로 하여 매도하는 매매계약을 체결하고, 2021. 9. 16. 위 매수인들 명의로 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 양도’라고 한다).

다. 원고와 원고의 처 이BB는 2021. 6. 4. 이☆☆으로부터 서울 OO구 OO로 80, xxx동 xxx호(XX드림타운)(이하 ‘이 사건 신규주택’이라 한다)를 총 매매대금 11억 5,000만 원, 계약금 8,000만 원(계약시 지급), 중도금 2억 원(2021. 8. 2. 지급), 잔금 8억 7,000만 원(2021. 8. 10. 지급)으로 하여 매수하는 매매계약을 체결하고, 2021. 8. 10. 원고 및 이BB 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 원고는, 2021. 6. 4. 이☆☆에게 이 사건 신규주택을 임대차보증금 7억 5,000만 원, 임대차기간을 2021. 8. 10.부터 2021. 10. 29.까지로 하여 임대하는 계약을, 2021. 6. 19. 이정은에게 이 사건 신규주택을 임대차보증금 6억 5,000만 원, 임대차기간을 2021. 9. 29.부터 2023. 9. 28.까지로 하여 임대하는 계약을 각 체결하였다.

마. 원고는 2021. 11. 12. 이 사건 양도에 관하여 구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제155조 제1항 제2호에서 정하는 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다.

바. △△지방국세청장은 종합감사를 실시한 결과 원고가 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 (가)목(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)에서 정하는 이 사건 신규주택으로의 이사 및 전입 요건을 충족하지 못한 것으로 보고, 피고에게 원고에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례의 적용을 배제하고 양도소득세를 경정·고지하라는 지시사항을 통지하였다.

사. 피고는 위 감사 지시사항에 따라 2024. 1. 9. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 172,175,972원을 과세예고 통지하였고, 원고는 이에 불복하여 2024. 2. 7. △△지방국세청장에게 과세전적부심사청구를 하였으나, △△지방국세청장은 2024. 3. 7. 원고의 청구를 불채택 결정하였다.

아. 피고는 2024. 3. 12. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 172,175,970원을 고지하였고(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다), 원고는 이에 불복하여 2024. 4. 9. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 7. 10. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4 내지 8, 14 내지 20호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고 주장의 요지

가. 이 사건 쟁점 조항의 위헌성

이 사건 시행령 조항 및 그 위임에 따른 구 소득세법 시행규칙(2023. 3. 20. 기획재정부령 제966호로 개정되기 전의 것) 제72조 제7항(이하 이 사건 시행령 조항과 위 시행규칙 조항을 통틀어 ‘이 사건 쟁점 조항’이라 한다)은 과잉금지원칙을 위반하여 원고의 재산권 등을 침해하고, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 제2호 다목 및 동 시행령 제154조 제1항 제3호(이하 ‘비교대상 조항’이라 한다)의 규율대상 사람들과 비교하여 원고를 차별취급 하고 있으므로 평등원칙에도 위반된다.

나. 이 사건 처분의 위법성

1) 처분사유의 부존재

① 원고는 이 사건 신규주택에 관하여 2021. 8. 10. 소유권이전등기를 마쳤으나, 2021. 9. 28. 매도인 이☆☆에게 매매대금을 완납하였으므로 위 매매대금 완납 날짜에 비로소 이 사건 신규주택을 취득한 것으로 보아야 한다. 따라서 원고는 2021. 9. 16. 서OO, 김OO에게 이 사건 종전주택의 소유권을 이전하고, 그 이후 2021. 9. 28. 이 사건 신규주택의 소유권을 취득한 것이므로 2주택을 보유한 사실이 없다.

② 이 사건 시행령 조항은 일시적으로 2주택이 된 경우로서 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하기 위해서는 신규 주택 취득일로부터 1년 이내에 신규 주택으로 세대 전원이 이사할 것을 요건으로 하면서 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 예외사유로 규정하고 있다. 그런데 위 예외사유는 세대의 구성원 중 일부가 아니라 세대전원이 부득이한 사유로 이사하지 못하는 경우 역시 포함되는 것으로 해석되어야 하므로 원고는 위 예외사유에 해당한다.

③ 이 사건 시행령 조항은 2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되면서 삭제 되었는데, 행정기본법 제14조 제3항 을 고려할 때 원고에게는 위 개정된 소득세법 시행령 규정이 소급 적용되어야 한다.

2) 재량권의 일탈·남용

이 사건 처분으로 원고에게 부과된 양도소득세는 지방세를 포함하여 약 1억9,000만 원에 이르므로 원고가 이를 납부하기 위해서는 이 사건 신규주택을 매도하여야 하는 형편인바, 이러한 점을 고려하면 이 사건 처분은 비례의 원칙을 위반한 위법이 있다.

4. 판단

가. 이 사건 쟁점 조항의 위헌성 여부에 관한 판단

1) 과잉금지원칙 위반 여부

이 사건 시행령 조항은 입법자의 입법재량에 속하는 조세의 감면요건을 정한 것이어서, 거기에 기본권을 제한하는 법규에 대한 과잉금지의 원칙을 적용하기 적절하지 않다. 게다가 이 사건 시행령 조항은 실수요 중심의 주택구입유도와 투기수요억제를 위해 1세대 1주택 비과세 요건을 강화하고, 그 혜택의 범위를 축소하기 위한 것으로서 그 입법목적이 명확하고, 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사할 것을 요건으로 하면서도 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이 한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우는 예외사유로 규정하고 있는바, 피해를 최소화하는 조치가 없었다고 평가하기도 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 평등원칙 위반 여부

조세평등주의는 헌법 제11조 제1항에 의한 평등의 원칙 또는 차별금지의 원칙의 조세법적 표현으로, ‘평등한 것은 평등하게’, ‘불평등한 것은 불평등하게’ 취급함으로써 조세법의 입법과정이나 집행과정에서 조세정의를 실현하려는 원칙이다. 다만, 조세평등주의는 국민에 대하여 절대적인 평등을 보장하는 것이 아니라, 합리적인 이유 없이 차별하는 것을 금지하는 취지이므로, 규율하고자 하는 대상의 본질적 차이에 상응하여 법적으로 차별하는 것은 그 차별이 합리성을 가지는 한 조세평등주의에 위반된다고 볼 수 없다[헌법재판소 2007. 1. 17. 선고 2005헌바75, 2006헌바7, 8(병합) 결정 등 참조].

입법자가 선택한 세율 체계가 입법목적, 해당 세목의 과세객체나 과세대상의 특징 등 에 비추어 현저히 자의적이라고 보기 어려운 이상 이를 조세평등주의에 위반된다고 보기 어렵다(헌법재판소 2017. 9. 28. 선고 2016헌바143 등 결정 참조). 살피건대, 1세대 1주택 비과세 특례 요건과 관련하여, 비교대상 조항은 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우’로서 해당 주택을 양도하는 경우 ‘해당 주택의 보유 기간 내지 거주 기간’에 관하여 규정한 것이고, 이 사건 쟁점 조항은 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우’에 관하여 규정하고 있는 것인바, 규율하고자 하는 대상 등에서 본질적인 차이가 존재한다.

따라서 이 사건 쟁점 조항이 비교대상 조항과 비교하여 합리성 없이 납세자를 자의적으로 차별하고 있다고 평가할 수 없다. 그러므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 이 사건 처분의 위법성 여부에 관한 판단

1) 처분사유의 부존재 주장에 관하여

가) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 또한 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

위 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 인정사실 및 증거에 갑 제3, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 양도에는 이 사건 시행령 조항에 의한 일시적 2주택자에 대한 1세대 1주택 비과세 특례를 적용할 수 없는바, 이 사건 처분의 사유가 존재한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 모두 받아들이지 않는다.

① 소득세법 제98조 본문은 “자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.”라고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 는 ‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된등기접수일’이라고 규정하고 있다. 위 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석ㆍ적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 취지 참조). 원고가 이 사건 신규주택에 관한 소유권이전등기를 2021. 8. 10. 마친 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 이 사건 신규주택 매매계약에 따른 잔금을 지급하기 이전에 위 소유권이전등기를 마친 것이라고 하더라도, 원고의 이 사건 신규주택 취득시기는 소득세법 제98조 본문, 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 에 따라 소유권이전등기접수일인 2021. 8. 10.이라고 보아야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

② 이 사건 시행령 조항은 “신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하고 「주민등록법」제16조에 따라 전입신고를 마친 경우”라고 규정하고 있다. 소득세법은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(제4조 제1항 제3호), 예외적으로 정한 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(제89조), 원고가 주장하는 일시적 2주택자에 대한 1세대 1주택 비과세 특례에 관한 이 사건 시행령 조항은 명백한 특혜규정이므로 앞서 본 엄격해석의 원칙에 따라 조세공평의 원칙에 부합하도록 그 요건을 엄격하게 해석하여야 한다.

이 사건 시행령 조항에 의하면, 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 신규주택으로 세대전원이 이사를 하고 전입신고를 마쳐야 하는데, 원고와 원고의 가족들은 신규주택을 취득한 2021. 8. 10.로부터 1년 이상이 지난 현재까지 세대원 중 누구도 이사 및 전입신고를 마친 사실이 없다. 원고는 5년간 인도네시아에서 파견근무를 하게 되어 부득이하게 원고 및 가족 전원이 위 이사 및 전입신고 요건을 갖추지 못한 것이라고 주장하나, 이는 원고의 주관적인 사정에 해당하며, 이 사건 시행령 조항은 기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖의 부득이한 사유로 세대 구성원 중 일부가 이사를 하지 못하는 경우 외에는 예외사유를 규정하고 있지 않다. 따라서 원고가 위 예외사유에 해당한다는 주장은 받아들일 수 없다.

원고는 2주택을 보유한 기간이 불과 37일에 불과하고 향후 귀국하여 거주할 목적으로 이 사건 종전주택을 매도하고 이 사건 신규주택을 매수한 것인바 원고에게 투기 목적이 없으므로 이 사건 양도에 관하여 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되어야 한다는 취지로도 주장하나, 원고의 주장과 같이 실거주 목적인지, 투기 목적인지 여부를 살펴서 이 사건 시행령 조항의 적용 여부를 개별적으로 판단하는 것은 법문의 가능한 해석범위를 벗어날 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 예외적으로 엄격한 요건 아래에서만 양도소득에 대한 비과세가 가능하도록 규정한 소득세법에 반하는 것이어서 받아들일 수 없다.

③ 법령이 개정된 경우 개정 법령의 소급적용 여부와 소급적용의 범위는 입법자의 형성 재량에 맡겨진 사항이므로, 개정 법령의 입법자가 개정 법령을 소급적용하도록 특별한 규정을 두지 않은 이상 법원은 그 개정 전에 발생한 사항에 대하여는 개정 법령이 아니라 개정 전의 구 법령을 적용하는 것이 원칙이고(대법원 2002. 12. 10. 선고 2001두3228 판결 등 참조), 이 사건 시행령 조항의 전입요건은 양도소득세 비과세요건과 관련하여 실수요 중심의 주택구입유도 및 투기수요억제를 위해 둔 규정으로서 재산권을 과도하게 침해하는 위헌적인 규정이라고 단정할 수는 없으며, 전입요건이 삭제된 것도 정책변경의 결과라고 보는 것이 타당하다.

한편 2022. 5. 31. 개정된 소득세법 시행령 부칙 제3조는 “제155조 제1항 제2호의 개정규정은 2022. 5. 10. 이후 종전의 주택을 양도하는 경우부터 적용한다. 2022. 5. 10. 전에 종전의 주택을 양도한 경우의 비과세 요건에 관하여는 제155조 제1항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.”라고 규정하고 있는바, 2022. 5. 10. 전에 이 사건 종전주택을 양도한 이 사건의 경우에는 2022. 5. 31. 개정된 소득세법 시행령을 소급 적용할 수 없음이 명확하다. 따라서 이 사건 양도에 위 개정된 소득세법 시행령을 소급 적용해야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

2) 재량권의 일탈·남용 주장에 관하여

양도소득세는 그것이 비과세요건이나 감면요건에 해당하지 아니하는 이상 구 소득세법 제104조 제7항 등에 따라 필요적으로 일정한 세율에 따른 양도소득세를 산출하도록 규정하고 있어 과세관청에게는 그 과세 여부를 결정하거나 세액을 조정할 수 있는 재량의 여지가 없는 것으로 보인다. 따라서 이 사건 처분에 비례의 원칙 등을 위반한 위법이 있다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.