시가대로 자기주식을 매입하여 소각한 경우라고 하더라도 자본거래로 발생한 감자차익은 익금산입대상이 아님

주식의 매도가 자산거래인 주식양도에 해당하는지 또는 자본거래인 주식소각이나 자본 환급에 해당하는지는 법률행위 해석의 문제로서 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 판단해야 하지만, 실질과세의 원칙상 단순히 계약서의 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라, 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체 과정을 실질적으로 파악하여 판단해야 함

서 울 행 정 법 원

제 6 부

판 결

사 건 2024구합62509 법인세부과처분취소

원 고 주식회사 AA

피 고 BB세무서장

변 론 종 결 2025. 5. 16.

판 결 선 고 2025. 6. 27.

주 문

1. 피고가 2023. 5. 16. 원고에게 한 2018 사업연도 귀속 법인세 xxx원(가산세 포함), 2021 사업연도 귀속 법인세 xxx원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 아래와 같이 일부 주주들로부터 원고 발행주식을 액면가액인 주당 xxx원에 양수하기로 하는 주식매매계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 하고, 그 거래를 ‘이 사건 거래’, 그 주식을 ‘이 사건 주식’이라 한다)을 체결하고, 그 무렵 위 주식을 취득하였다.

나. 서울지방국세청장은 2022. 11. 14.부터 2023. 3. 14.까지 원고에 대해 주식변동조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 다음, 원고가 특수관계인인 주주들로부터 이 사건 주식을 저가 매입하였으므로 이 사건 주식의 시가(2018년 거래분 주당 xxx원, 2021년 거래분 주당 xxx원, 각 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법에 의함)와 위 매입가액(주당 xxx원)의 차액을 법인세법 제15조 제2항 제1호 에 따라 익금산입하여야 한다는 내용의 세무조사결과를 피고에게 통보하였다.

다. 원고는 이 사건 조사 이후인 2023. 4. 10. 이 사건 주식을 소각하였다.

라. 피고는 위 세무조사결과 통보에 따라 이 사건 주식의 시가와 위 매입가액의 차액을 익금산입한 다음 2023. 5. 16. 원고에게 2018 사업연도 귀속 법인세 xxx원(가산세 포함), 2021 사업연도 귀속 법인세 xxx원(가산세 포함)을 각 부과(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 8호증, 을 제1, 3, 5호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 이 사건의 쟁점

법인세법 제15조 제1항 은 ‘익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익(이익 또는 수입)의 금액으로 한다’고 규정하고, 제17조 제1항 제4호는 익금산입대상에서 제외되는 자본거래로 인한 수익 중 하나로 감자차익을 규정하고 있다. 익금산입대상의 대상이 되는 수익의 범위에 관하여 규정한 구 법인세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33265호로 개정되기 전의 것) 제11조 제2의2호는 자기주식의 양도금액을 수익의 하나로 규정하고 있다. 위 관련 규정들의 체계와 그 규정들의 취지에 비추어 보면, 법인의 자기주식처분이익은 그것이 자본거래로 발생한 감자차익에 해당하는 경우에는 익금산입대상에서 제외되고, 그 외에 자기주식의 취득과 처분이 법인의 순자산을 증감시키는 거래에 해당하는 경우 그 처분이익은 익금산입의 대상이 되는 것으로 보아야 한다(대법원 2005. 6. 10. 선고 2004두3755 판결 참조).

한편 법인세법 제15조 제2항 제1호 는 ‘특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액’을 익금으로 간주하도록 정하고 있다. 다만 시가대로 자기주식을 매입하여 소각한 경우라고 하더라도 자본거래로 발생한 감자차익은 익금산입대상이 아니므로, 이 사건에서는 이 사건 거래가 자본거래인 주식소각에 해당하는지 또는 그 외에 자산거래로서의 주식양도에 해당하는지 문제된다.

나. 판단

1) 주식의 매도가 자산거래인 주식양도에 해당하는지 또는 자본거래인 주식소각이나 자본 환급에 해당하는지는 법률행위 해석의 문제로서 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 판단해야 하지만, 실질과세의 원칙상 단순히 계약서의 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라, 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체 과정을 실질적으로 파악하여 판단해야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두27091 판결 등 참조).

2) 앞서 든 증거들, 을 제4, 7, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따르면, 이 사건 계약은 그 계약서 제목이 ‘주식매매계약서’인 사실, 이 사건 계약에 원고가 양도인들로부터 이 사건 주식을 취득한 다음 소각한다는 내용이 명시되어 있지는 않은 사실, 양도인들이 이 사건 거래에 관해 증권거래세를 신고·납부한 사실, 원고 대표이사가 이 사건 조사 과정에서 ‘자기주식 취득 이후 그 처분은 양수자의 몫이므로 이 사건 계약에 소각에 관한 내용을 기재하지는 않았다’고 진술한 사실, 2018, 2019 각 사업연도 종료 후 작성된 원고에 대한 감사보고서에 이 사건 주식의 소각 등 처리계획 등에 대한 내용이 기재되어 있지 않은 사실 등은 인정된다.

3) 그러나 앞서 든 증거들, 갑 제4, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면, 이 사건 거래는 자본거래인 주식소각에 해당한다고 봄이 타당하므로 이 사건 주식의 시가와 그 매입가액의 차액은 감자차익에 해당하여 익금에 산입할 수 없다. 이와 다른 전제에 있는 이 사건 처분은 위법하다.

① 원고는 이 사건 계약 체결 전 주주들에게 자기주식의 취득목적을 ‘누적결손에 따른 자기주식 소각’으로 그 처분시기를 ‘회사 재무상황 흑자전환 시 소각’ 내지 ‘사업이윤 창출 시 소각’ 등으로 하여 자기주식 취득계획을 통보하였고, 위 통보에 따라 원고에게 주식양도 의사를 밝힌 주주들과 이 사건 계약을 체결하였다.

원고는 2018. 9. 3. 취득목적을 ‘누적결손에 따른 자기 주식 소각’, ‘흑자전환 후 주주총회의 결의에 의하여 소각’으로 하여 자기주식 취득에 관한 이사회 결의를 하고 2018. 9. 5. 그 안건 그대로 주주총회 승인을 받았다. 원고는 2021. 7. 9. 취득목적을 ‘회사가 취득하여 향후 필요시 주주총회의 결의에 의하여 소각함’ 등으로 하여 자기주식 취득에 관한 이사회 결의를 하고 2021. 7. 12. 그 안건 그대로 주주총회 승인을 받았다. 원고는 2021. 8. 12. 취득목적을 ‘취득 후 흑자전환 시 또는 법인청산 절차 진행시 주주총회 결의에 의하여 소각함’ 등으로 하여 자기주식 취득에 관한 이사회 결의를 하고, 2021. 8. 13. 그 안건 그대로 주주총회 승인을 받았다. 원고는 위와 같은 이사회 결의와 주주총회 승인에 따라 이 사건 계약을 체결하여 이 사건 주식을 취득하였다.

원고는 이 사건 주식의 소각을 전제로 이 사건 계약을 체결하였다고 봄이 타당하다.

② 원고가 이 사건 주식을 취득한 이후 이 사건 주식을 제3자에게 처분하려고 하였다고 볼 만한 자료도 없다. 원고는 비상장법인이므로 그 주식 거래가 쉽지 않고 실제 이 사건 거래 이전 원고의 주주변동이 잦았다고 볼만한 자료도 없다.

원고는 2012년 이후 신규사업을 하지 못하여 2013년부터 영업손실이 발생하였고 특히 이 사건 계약 체결 당시 영업손실은 2018년 xxx원, 2019년 xxx원, 2020년 xxx원, 2021년 xxx원, 2022년 xxx원, 2023년 xxx원에 달하였으므로 그 주식 거래가 더더욱 쉽지 않았을 것으로 보인다.

③ 원고의 사업부진이 지속되자 일부 주주들은 원고에게 투자금 원금이라도 반환받기를 원하였고, 이에 원고가 위 주식을 소각 목적으로 취득하기로 하면서 그 매입가액도 주주들의 투자금 원금(이 사건 주식의 당초 인수대금)을 반환한다는 의미에서 이 사건 주식의 매입가액을 액면가액인 xxx원으로 정하였던 것으로 보인다.

④ 원고는 이 사건 조사 이후 실제로 이 사건 주식을 소각하였다. 원고가 이 사건 주식을 취득한 이후 이 사건 주식 소각에 이르기까지 상당한 기간이 경과하기는 하였지만, 상법은 자기주식 취득 후 소각하여야 하는 시기를 제한하고 있지 않으므로 위와 같은 사정을 이유로 원고에게 이 사건 주식의 소각 목적이 없었다고 보기는 어렵다.

원고가 아닌 양도인들이 이 사건 거래에 관해 증권거래세를 신고·납부하였다는 사정이나 회계사들이 작성한 원고에 대한 감사보고서에 이 사건 주식의 소각 등 처리계획 등에 대한 내용이 기재되어 있지 않다는 등 앞서 본 사정들까지 더하여 보더라도 원고에 게 이 사건 주식의 소각 목적이 없었다고 보기는 어렵다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.