장기임대주택 및 대체주택을 포함한 1세대3주택 이상 보유자에 장기보유특별공제배제 및 중과세율 적용 당부

양도일 현재 이 사건 주택, 장기임대주택, 대체주택을 소유한 3주택 이상에 해당하므로 이 사건 주택의 양도는 양도소득세 중과세율 대상에 해당함

사 건

2024누55664 양도소득세부과처분취소

원 고

김●●

피 고

●●세무서장

변 론 종 결

2025. 05. 02.

판 결 선 고

2025. 06. 27.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 202X. 10. 1. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 000원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 원고가 이 법원에서 추가하거나 강조하는 주장에 관하여 ‘2. 추가 판단’을 기재하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단

가. 원고 주장의 요지

가. 구 소득세법 제95조 제2항 본문, 단서의 적용에 관하여

1) 원고의 주장 요지

이 사건 주택은 고가주택에 해당하여 이 사건 양도에 따른 양도차익 내지 장기보유특별공제액의 산정은 구 소득세법 제95조 제3항 , 같은 법 시행령 제160조 제1항 각 호 의하여야 한다. 그런데 구 소득세법 시행령 제159조의3 은 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’을 ‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)’으로 정하고 있다.

원고 세대의 이 사건 주택 소유는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 및 제20항에 의하여 1세대 1주택으로 의제되어 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 ‘1세대 1주택’에 해당하고, 같은 항 본문에서 적용을 제외한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산의 범위와 구 소득세법 제95조 제2항 단서에서 정하는 위 ‘1세대 1주택’의 범위가 서로 달라, 구 소득세법 제95조 제2항 단서가 같은 항 본문의 적용을 전제하는 규정이라고 볼 수 없으므로, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호 의 ‘법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액’은 구 소득세법 제95조 제2항 단서에 따라 계산한 금액을 가리키는 것으로 해석하여야 한다. 따라서 설령 이 사건 주택의 양도가 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 1세대 3주택에 해당하여 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 따라 장기보유 특별공제액의 적용이 배제되더라도, 같은 항 단서에 의하여 장기보유 특별공제가 인정되어야 한다.

2) 판단

장기보유 특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것이고, 1세대 1주택을 장기간 보유하는 경우 최대 100분의 80에 이르는 고율의 공제율을 적용하는 취지는 1세대 1주택이 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요건임을 감안하여 1세대 1주택의 장기보유자에 대한 양도소득세의 부담을 해소하는 데에 있다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2014두36921 판결 참조). 구 소득세법 제94조 제1항 제1호 는 양도소득을 과세기간에 발생한 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득을 의미한다고 규정하고 있고, 같은 법 제95조 제3항은 고가주택에 해당하는 자산의 ‘장기보유 특별공제액’의 계산을 구 소득세법 시행령 제160조제1항 제2호 로 위임하며, 같은 호는 위 장기보유 특별공제액의 계산방법을 ‘구 소득세법 제95조 제2항 에 따른 장기보유 특별공제액 × (양도가액 – 9억 원) / 양도가액’으로 규정하고 있다. 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 “제1항에서 장기보유 특별공제액이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 … 에 대하여 그 자산의 양도차익(…)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다”라고 규정하고 있다. 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 들고 있으므로, 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택은 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산’에서 제외된다.

이러한 관계 법령의 문언 및 체계에 비추어 살피건대, 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)’은 구 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산일 것을 당연한 전제로 하므로, 구 소득세법 제95조 제2항 은 장기보유 특별공제액(단, 구 소득세법 제95조 제3항 에서 규정한 고가주택에 해당하는 자산의 장기보유 특별공제액은 제외한다)을 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산하는 것으로 정하되, 보유기간별 공제율을 본문과 단서로 나누어 다르게 규정하면서, 본문에서는 ‘구 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산(제104조 제3항 에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것’ 등에 대한 보유기간별 공제율을, 단서에서는 ‘구 소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)’에 대한 보유기간별 공제율을 각 정하고 있다고 해석함이 상당하다(즉 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 부분은 구 소득세법 제95조 제2항 단서 규정에 우선하여 적용된다고 보아야 하고, 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산의 범위와 구 소득세법 제95조 제2항 단서의 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’의 범위가 다르다는 이유로 달리 해석할 것은 아니다).

그렇다면 구 소득세법 제95조 제2항 단서 규정은 같은 항 본문에서 정한 자산이 장기보유 특별공제 적용제외 자산이 아님을 전제로 하는 것이어서, 해당 자산이 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호의 ‘ 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산’으로 장기보유 특별공제 적용대상에서 제외될 경우, 단서 규정이 적용될 여지가 없어 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제2호 가 적용될 수도 없다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

나. 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 의 해석에 관하여

구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 는 “1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 ‘일반주택’이라 한다)”이라고 규정하고 있는바, 위 조항의 ‘1개의 주택만을 소유하고 있는 경우’란 실제 1개의 주택만을 보유하고 있는 경우뿐만 아니라, 실제 2개의 주택들을 보유하고 있으나 구 소득세법 시행령 제155조 등에서 ‘1세대 1주택으로 보는 경우’ 또는 ‘국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보는 경우’라고 규정한 경우들도 포함된다고 보아야 한다.

살피건대, ① 조세감면요건에 관해 유추․확장해석은 허용되지 않는다는 앞서 본 법리(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등), ② ‘양도소득세가 중과되는 1세대2주택에 해당하는 주택의 범위’를 정한 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호 와 같이 ‘1세대가 2주택을 소유하게 되는 경우’ 등에 관한 규정들을 명시적으로 두었던 반면, ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위’를 정한 같은 시행령 제167조의3 제1항은 ‘장기임대주택을 제외하고 1개의 주택을 소유하고 있던 자가 대체주택의 취득 등으로 일시적으로 2주택에 해당하게 되는 경우 이를 1개의 주택으로 본다’와 같은 특례규정을 두지 않았던 점, ③ 1세대 1주택 비과세 특례 규정, 1세대 2주택 중과세 및 장기보유 특별공제 배제규정 및 1세대 3주택 이상 중과세 및 장기보유 특별공제 배제규정 등은 그 적용 대상 및 주택 수 계산에 관한 규정들을 각각 독립적으로 두고 있으므로, 각 비과세, 중과세, 장기보유 특별공제 배제 사유를 개별적으로 검토하여 그 해당 여부를 따져봄이 마땅한 점, ④ 구 소득세법 시행령 제155조 등의 문언과 소득세법상 ‘주택’에 관한 용어사용례 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에서 정한 ‘1개의 주택’에 실제 1개의 주택은 아니지만 법령에 의하여 ‘1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보는 경우’ 또는 ‘1주택으로 보는 경우’까지 포함된다보기는 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

다. 원고의 처에 대한 조사 관련 주장에 관하여

피고는 201X. 4.말∼5월 초순 경 국세청 기획감사의 일환으로 이 사건 주택과 임대주택에 관한 판단을 하면서 원고의 처 AAA에 대하여 장기임대주택에 관한 소명을 요구하였고, 이에 201X. 5. 13. 소명서를 제출하였다. 피고는 그때 국세청의 질의회신이나 예규를 검토하여 1세대 1주택 비과세와 장기보유 특별공제가 허용된다고 보아 조사를 종결하였다. 이와 같이 조사를 종결한 지 3년 5개월이 지난 후에야 이 사건 처분을 하였고, 가산세 부과처분까지 한 것은 위법하다.

피고가 원고의 처에 대하여 기획감사나 세무조사를 하였고, 그 과정에서 이 사건 주택의 양도가 장기보유 특별공제 대상이라는 등의 견해를 밝혔음을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

라. 국세청의 법령해석 등에 관하여

국세청은 1세대가 장기임대주택, 거주주택, 대체주택을 보유하다가 거주주택을 양도하는 경우 1세대 1주택 비과세 적용을 받을 수 있다는 공적 견해를 2017년에 집중적으로 거듭 표명하였고, 원고는 이를 신뢰하여 이 사건 주택을 양도하고 양도소득세 신고를 하였으므로, 원고의 이러한 신뢰는 보호되어야 한다.

원고는 위 주장과 관련하여 참고자료(국세청 사전-2017-법령해석재산-0394, 2017.6. 29., 국세청 사전-2017-법령해석재산-0085, 2017. 6. 30., 국세청 사전-2017-법령해석재산-0586, 2017. 10. 11., 국세청 서면-2015-부동산-0195, 2015. 3. 13., 국세청 서면-2015-부동산-22537, 2015. 3. 4.)를 제출하였는바, 위 참고자료만으로는 국세청이 이 사건 주택의 양도 전에 이 사건과 같은 사안에 관하여 장기보유 특별공제를 적용하겠다거나 중과세율을 배제하겠다는 견해를 표명하였음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을

같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.