주택과 분리하여 각 다른 시기에 양도한 토지를 주택과 같이 양도하려고 했었다는 동기나 원고의 사정만으로 주택에 부수되는 토지 양도로 볼 수 없음.

양도소득을 판단할 때 이 사건 제1토지와 제2토지는 각 양수자와 양도시기가 달라 원고가 최초에는 이 사건 각 부동산을 함께 양도하고자 하였다는 점, 원고로서는 이 사건 제1토지만을 따로 양도할 동기나 이해관계가 없었던 점 등 원고가 주장하는 사정만으로는 판단에 영향을 미치지 않음

사 건

2024구단56323 양도소득세부과처분취소

원 고

○○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 3. 14.

판 결 선 고

2025. 4. 25.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다

청구취지

피고가 2023. 2. 6. 원고에 대하여 한 0000년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세

포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가 . 원고와 ㈜0000의 위 임계약 등 계약관계

1) ‘00부동산’이라는 상호로 공인중개업을 운영하던 원고는 2018. 0. 15.경 서울 000구 00동 00-0 일원에서 00구역 제0지구 정비사업(이하 “이 사 건 정비사업”)을 시행하려던 ㈜0000과의 사이에 사업대상부지의 각 소유자들로부 터 ㈜0000이 토지를 매수할 수 있도록 업무를 처리하고 일정한 용역대금을 지급받 기로 하는 내용의 용역계약을 체결하였고, 2018. 0. 12.과 2018. 00. 26. 위 용역계약에 일부 특약사항을 추가하였다.

2) 원고는 사업대상부지 안에 서울 000구 00동 00-00 대 37.6㎡(이하 “이 사 건 제1토지”), 00동 00-** 대 58.9㎡(이하 “이 사건 제2토지”) 및 위 각 토지 지상 벽돌조 기와지붕 1층 단독주택 49.14㎡(이하 “이 사건 주택”)(이 사건 제1, 2토지와 이 사건 주택을 통틀어 “이 사건 각 부동산”이라 한다)을 소유하고 있었고, 이 사건 각 부 동산 역시 ㈜0000에 대한 매도대상에 포함되었다.

3 ) 원고는 2018 . 00. 29 . ㈜0000 에 이 사건 각 부동산을 0 ,000,000,000원에 매도하는 내용의 매매계약을 체결하였는데 , 그 대금의 지급시기와 관련해서는 아래와 같은 기재만 있었을 뿐 구체적으로 정해진 것은 없었다.

나. 원고의 이 사건 각 부동산에 관한 매매계약체결

1 ) 원고는 2018 . 00. 30 . ㈜0000 에게 이 사건 제1토지를 000 ,000,000원에 매도 하는 내용의 매매계약을 체결하였다 . 그 주된 내용은 아래와 같다.

부동산 매매 계약서

1. 매매목적물

서울 000구 00동 00-00 지목 대 면적 37.60㎡(건물: 없음)

2. 매매대금: 000 ,000,000원

계약금 00,000,000원은 계약시에 지불하고 영수함. 잔금 000,000,000원은 2018. 00. 8.에 지불한다.

제2조[소유권 이전 등] 매도인은 매매대금의 잔금 수령과 동시에 매수인에게 소유권 이전등 기에 필요한 모든 서류를 교부하고 등기절차에 협력하여야 하며, 위 부동산의 인도일은 2018. 00. 8.로 한다.

[특약사항]

3. 잔금 시까지의 각종 공과금은 매도자 부담으로 한다.

4. 본건물은 ** 호에 있으며 대지 00 번지는 접해 있는 토지이다.

5. 상기잔금 중 2018. 00. 8. 0 00,000,000원 지불. 나머지금액은 가등기를 한다.

매도인: 원고, 매수인 : ㈜0000

2) 같은 날 원고는 이 사건 제2토지 및 주택 역시 ( 주)0000에게 000,000,000원 에 매도하는 내용의 매매계약을 체결하였는데(매매계약서의 서식은 가. 3)항의 매매계약서와 동일함 ), 그 대금의 지급시기는 아래와 같이 기재되어 있었다.

3) 원고는 같은 날 2건의 매매계약에 따른 계약금으로 (주)0000로부터 000,000,000원을 지급받았고, 2018.00.8. 위 매매계약에서 정한대로 잔금 중 000,000,000원만 수령한 상태에서 이 사건 제1토지에 관하여 ( 주)0000에게 소유권이전등기를 마쳐 주었다(등기원인 : 2018 . 0 0. 30.자 매매 , 거래가액: 000,000,000원 ). 아울러 원고는 이 사건 제1토지에 관하여 ( 주)0000에게 소유권이전등기를 마쳐준 직후 자신을 가등기권자로 하여 소유권이전청구권가등기를 마쳤다.

4) (주)0000은 원고를 비롯한 사업대상부지 내 여러 토지소유자들로부터 토지를 매수하는 계약을 체결하였으나 사업추진이 원활하지 않자 매매계약에 따른 잔금을 지급하지 않았다 . 이에 원고를 비롯한 토지소유자들은 매매대금 잔금 지급시기를 2020. 0. 31.까지 연장해 주었다가, 다시 2020. 00 . 31.까지 연장해 주었다.

5) (주)0000은 2021 . 0 .경 이 사건 정비사업을 000000 ㈜에 양도하였다.

6) 원고는 2021 . 0. 9 . 이 사건 정비사업을 양수한 000000(주)와의 사이에 이 사건 제2토지 및 주택을 000 ,000,000원에 매도하는 내용의 매매계약을 체결하였다. 그 주된 내용은 아래와 같다.

7 ) 원고는 000000(주)로부터 2021 . 0. 9 . 00 0,000,000원을 , 2021 . 0. 31.

000,000,000원을 지급받았다. 원고는 2021. 0. 9. 이 사건 제1토지에 설정된 소유권이전청구권가등기를 말소해 주었고 , 2021 . 0. 31 . 이 사건 제2토지 및 주택에 관하여 000000 ㈜에게 소유권이전등기를 마쳐 주었다(등기원인: 2021. 0. 9.자 매매, 거래 가액 000 ,000,000원)

8) 한편 000000(주)는 이 사건 제1토지에 관하여도 2021 . 0. 31 . ( 주)0000로 부터 소유권이전등기를 넘겨받았다(등기원인: 2021. 0. 9.자 매매, 거래가액 000,000,000원).

다. 원고의 양도소득세 신고‧납부 및 피고의 부과처분

1) 원고는 이 사건 제1토지의 양도와 관련하여 이를 1세대 1주택에 딸린 토지의 양도로서 비과세 양도소득에 해당하는 것으로 보고 2019. 0. 31. 양도소득세를 신고하 였다.

2) 피고는 이 사건 제1토지의 양도는 1세대 1주택에 딸린 토지의 양도로 볼 수 없다고 판단하고 2023. 0. 6. 원고에 대하여 양도소득금액(000,000,000원)에 대한 양도소득세 000,000,000원, 가산세 00,000,000원 합계 000,000,000원을 부과하는 처분을 하였다(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 15호증, 을 제1 내지 9호증의 각 기재

2. 이 사건 부과처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 제1토지는 이 사건 제2토지, 이 사건 주택과 함께 2021. 0 . 31. 양도된 것으로 판단되어야 한다. 결국 이 사건 제1토지의 양도는 1세대 1주택에 딸린 토지의 양도에 해당한다.

2) 설령 이 사건 제1토지가 2018 . 00. 8.에 먼저 양도된 것으로 판단된다고 하더라 도 , 제1토지의 양도가액은 원고가 ( 주)0000로부터 양도시점까지 실제 취득한 000,000,000,000원으로 평가되어야 한다.

3) 원고가 양도소득세를 신고‧납부하지 못한 정당한 사유가 있으므로 이 사건 가산세 부과는 부당하다.

나. 이 사건 양도소득세 부과처분에 대한 판단

1) 관련 법규정

구 소득세법(2018. 3. 20. 법률 제15522호, 이하 “구 소득세법”이라고만 한다)에 의하면 “양도”란 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현 물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다고 규정되어 있고(제88조 제1호), 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 하도록 되어 있다(제98조). 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호, 이하 “구 소득세법 시행령”이라고만 한다)에서는 위의 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”와 관련하여 “1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부‧등록부 또는 명부 등에 기재된 등기‧등 록접수일 또는 명의개서일, 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부‧등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일”이라고 규정되어 있다(제162조 제1항).

2) 이 사건 제1토지의 양도시기 및 양도가액에 대한 판단

위의 증거에 의하여 인정되거나 알 수 있는 아래의 사실 및 사정들을 종합하면, 구 소득세법령의 해석에 의할 때 이 사건 제1토지는 2018 . 00. 8 . ( 주)0000에 양도된 것으로 판단할 수 있고 , 그 양도가액은 000,000 ,000원이라고 봄이 상당하다.

① 원고가 2018 . 10 . 29 . ( 주)0000에 이 사건 각 부동산을 합계 0,000,000,000원에 매도하는 내용의 매매계약서를 작성하였으나 그 대금지급시기나 소유권 이전시기가 구체적으로 특정되지 않았다. 원고는 2018. 00. 30. 이 사건 제1토지에 관하여 별도의 매매계약을 체결하였는데, 이로써 원고는 이 사건 제1토지 부분의 매매 대금을 000,000,000원으로 특정하고 그 토지에 대해서만 먼저 잔금 중 일부를 지급받고 2018. 00. 8.까지 소유권이전등기를 마쳐주기로 합의하였다고 보아야 한다(이하 이 사건 제1토지에 관하여 ( 주)0000과의 사이에 2018 . 00. 30 . 체결된 매매계약을 “ 제1 차 매매계약”이라고 한다).

② 원고는 2018. 00. 30. 이 사건 제2토지 및 이 사건 주택에 관하여도 매매 계약서를 작성하고 매매대금을 000,000 ,000원으로 정하였으나, 그 대금지급시점이나 소유권이전시기를 구체적으로 정하지는 아니하였다. 원고가 계약당일인 2018. 10. 30. (주)0000로부터 수령한 000,000,000원은 제1차 매매계약에 따른 계약금 00 ,000,000 원과 이 사건 제2토지 및 주택의 매매계약에 따른 계약금 00,000,000원을 합산한 금 액이고, 2018. 00. 8. 수령한 000,000,000원은 제1차 매매계약에 따른 잔금이라고 봄이 상당하다. 원고는 제1차 매매계약에서 정한대로 제1토지 매매대금 000,000,000원 중 000,000,000원만 수령한 상태에서 2018 . 00 . 8 . 매수자인 ( 주)0000에 소유권이전등기 를 마쳐 주었고, 나머지 잔금의 보전을 위하여 본인 명의로 소유권이전청구권가등기를 마쳐 놓았다.

③ 원고는 2021 . 0. 15 . 000000(주)와 이 사건 제2토지 및 주택에 관한 매매계약을 체결하면서 매매대금을 000 ,000,000원으로 특정하고 , 원고가 ( 주)0000과 이 사건 제2토지 및 주택에 관하여 체결하였던 기존 매매계약은 해지하고 ( 주)0000 로부터 지급받았던 계약금 00 ,000,000원은 매수인 000000(주)가 지급한 것으로 처리하기로 하였다. 반면 이 사건 제1토지에 관한 매매계약을 해지한다는 언급은 없고, ‘매도인은 ㅇㅇ 건설로부터 잔금 000,000 ,000원을 지급받는 즉시 이 사건 제1토지에 대 한 소유권이전청구권가등기를 포기한다’는 내용이 포함되어 있는바, 이는 제1차 매매계약의 효력이 유지되고 있으며 매수인인 (주)0000이 원고에게 여전히 잔금 000,000,000원을 지급할 의무가 있다는 것을 전제로 하는 것이다(이하 이 사건 제2토지 및 주택에 관하여 000000(주)와의 사이에 2021 . 0. 15 . 체결된 매매계약을 “제2차 매매계약”이라고 한다).

④ 000000(주)는 원고에게 2021 . 0. 9 . 00 ,000,000원을 지급하였고 , 원고는 같은 날 이 사건 제1토지에 관한 소유권이전청구권가등기를 말소하였다 . 제1차 및 제2차 매매계약의 내용, 소유권이전청구권가등기의 말소경위 등 제반사정을 종합해 보면 , 위 000,000 ,000원 중 000,000 ,000원 부분은 000000(주)가 ( 주)0000의 원 고에 대한 제1차 매매계약 잔금채무(000,000,000원)를 대위변제한 것이라 봄이 상당하고 , 나머지 97,955,000원은 제2차 매매계약에 따른 잔금을 지급하였다고 평가할 수 있 다 . 한편 000000(주)는 2021 . 0 . 31 . 원고에게 000,000,000 ,000원을 지급함으로써 제 2차 매매계약에서 약정한 매매대금 000,000 ,000원을 전액 (= 계약금 00,000,000 원 + 2021. 0 . 9.자 00,000 ,000원 + 2021. 0 . 31.자 000,000,000 원) 지급하였고 같은 날 이 사건 토지 및 주택에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.

⑤ 구 소득세법 제98조 , 시행령 제162조 제1항 제2호는 ‘ 대금을 청산하기 전 에 소유권이전등기를 한 경우’ 소득세법상의 양도차익을 계산함에 있어서 양도 및 취 득시기를 ‘ 소유권이전등기의 접수일’로 의제하고 있다 . 이 사안에서 원고는 ( 주)0000 로부터 제1차 매매계약에 따른 매매대금 000,000,000원 중 000,000,000원만을 수령한 상태에서 2018. 00. 8. 이 사건 제1토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었는바, 제1차 매매계약에 따른 매매대금은 사후적으로 ( 주)0000로부터 전액 지급받았고{000000㈜가 대위변제하였음} 제1차 매매계약의 효력도 상실되지 않았으므로, 위 소득 세법령의 해석에 의할 때 이 사건 제1토지의 양도시기는 등기접수일인 2018. 00. 8.로 인정되어야 할 것이다.

⑥ 매매대금은 매매계약에서 핵심적인 요소에 해당하고 특별한 사정이 없는 한 처분문서인 매매계약서에 기재 된대로 인정되어야 한다. 원고는 이 사건 제1토지에 관하여 ( 주)0000과 매매대금 000,000 ,000원으로 제1차 매매계약을 , 이 사건 제2토지 및 주택에 관하여 000000(주)와 매매대금 000,000 ,000원으로 제2차 매매계약을 각 체결하였고, 이 사건 각 부동산의 등기부등본에도 위 매매계약서의 내용과 같이 거래가액이 기재되었으며 , 대금의 지급도 각 매매계약서의 내용에 따라 이루어졌다 . 원고는 제2차 매매계약 체결과정에서 ( 주)0000로부터 매매대금 잔금 000,000 ,000원을 수령한다는 점을 기재하기도 하였던바, 해당 시점에서 원고의 의사 역시 이 사건 제1토 지의 매매대금을 제1차 매매계약의 기재대로 000,000 ,000원으로 하려는 것이었다고 볼 수 있다.

⑦ 원고는 이 사건 제1토지에 관하여 2018 . 00. 8 . ( 주)0000에게 마쳐진 소유 권이전등기는 명의신탁등기라고 주장하기도 하나 , 위 소유권이전등기는 원고가 이 사건 제1토지를 상대방에게 이전하고 ( 주)0000은 그 대금 000,000 ,000원을 지급하기로 약정한 제1차 매매계약에 따라 이루어진 것으로, 단지 일부 잔금이 지급되지 않은 상태에서 먼저 소유권이전등기를 마쳤다는 이유만으로 원고와 ( 주)0000 사이에 명의신탁약정이 있는 것으로 볼 수는 없다. 아울러 원고는 제1차 매매계약에 따른 매수인 지위를 000000(주)가 양수하였다고 주장하나, 이를 인정할 아무런 근거가 없고{000000㈜가 ( 주)0000로부터 이 사건 정비사업을 양수하였다고 하여 자동적으로 제1차 매매계약에 따른 매수인 지위 역시 양수된다고 인정할 수 없고 , 사후적으로 2021 . 0. 31 . ( 주)0000로부터 이 사건 제1토지의 소유권을 이전받았다고 하여 제1차 매매계약에 따른 매수인 지위가 승계된 것으로 평가할 수 있는 것도 아니다 }, 오히려 제2차 매매계약에 따르면 000000(주) 역시 이미 소유권이전등기까지 마친 ㈜0000이 제1차 매매계약에 따른 매수인 지위를 유지하고 있음을 전제로 그 대금만을 대위변제하였던 것으로 봄이 상당하다. 결국 원고의 위 주장들은 모두 받아들이기 어렵다.

3) 소결

구 소득세법령에 규정된 양도소득을 판단할 때 이 사건 제1토지는 2018. 00 . 8.(주)0000에게 양도된 것으로 판단되어야 하고 , 이 사건 제2토지 및 주택은 2021 . 0 . 31 . 000000(주)에게 양도된 것으로 판단되어야 한다(원고가 최초에는 이 사건 각 부동산을 함께 양도하고자 하였다는 점, 원고로서는 이 사건 제1토지만을 따로 양도할 동기나 이해관계가 없었던 점 등 원고가 주장하는 사정만으로는 이러한 판단에 영향을 주지 아니한다). 결국 이 사건 제1토지는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 1세대 1주택에 부수되는 토지로 볼 수 없고(소득세법 시행규칙 제72조 제2 항 참조) 그 양도가액은 000,000,000원에 해당하므로, 이를 전제로 이루어진 이 사건 양도소득세 부과처분은 정당하다 . 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 가산세 부과처분에 대한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 않고, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것을 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 가산세가 부과되어야 할 것이다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).

살피건대 원고가 이 사건 제1토지에 관하여 제1차 매매계약을 체결하고 이 사건 주택과 분리하여 2018 . 00. 8 . ( 주)0000에 양도한 이상 그에 따른 양도소득세 신고‧ 납부의무가 있었다고 할 것인바 , ( 주)0000이 매매대금의 지급을 지연하였다고 하더 라도 원고가 양도소득세를 제대로 신고‧납부하지 못할 사유가 된다고 보기 어렵고, 달리 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다 . 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.