토지 등 양도소득에 대한 법인세 계산 시 양도일에 신뢰성 있게 측정하거나 합리적으로 산정할 수 있는 비용은 양도 당시의 장부가액에 포함하여야 함

이 사건 토지의 양도일 당시 실제 지출 여부와는 관계없이 세무상 장부가액을 구성할 수 있는 비용으로 양도일에 신뢰성 있게 측정하거나 합리적으로 산정할 수 있는 비용은 양도 당시의 장부가액에 포함하여야 할 것으로, 양도일 이후 이 사건 토지 관련하여 지출한 비용 중 일부는 이 사건 토지의 양도 당시 장부가액에 산입할 필요가 있는 것으로 보인다.

사 건

2024구합85304 법인세경정거부처분취소

원 고

주식회사 AAA

피 고

aa세무서장

변 론 종 결

2025. 5. 15.

판 결 선 고

2025. 6. 5.

주 문

1. 피고가 2023. 6. 9. 원고에게 한 2021 사업연도 법인세 1,200,828,336원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문 기재와 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 부동산매매, 분양 및 임대업 등을 할 목적으로 2000. 2. 2. 설립된 회사이다.

나. 원고는 **시 **구 **리 산**-* 번지 일원에서 ****지구 물류단지(총 면적 ***㎡, 이하 ‘**지구’라 한다) 개발사업을 수행하던 중 2019. 11. 5.부터 2021. 4. 23.까지 주식회사 BBB 등 매수인에게 **지구 중 대부분인 ***㎡의 조성부지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 합계 xxx원에 매매하는 계약을 체결하였다. 원고는 이 사건 토지에 대하여 잔금을 지급받기 전인 2021. 6. 14. 매수인들에게 소유권이전등기 절차를 이행하여 주었다.

다. 원고는 2022. 4. 28. 2021 사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 신고 시 양도가액 xxx원에서 이 사건 토지의 소유권이전등기일인 2021. 6. 14. 당시 장부가액 xxx원을 차감하여 과세표준이 xxx원인 것을 전제로 법인세 xxx원을 신고하였다(이하 ‘최초 신고’라 한다).

라. 서울지방국세청장은 2022. 10. 27.부터 2023. 1. 18.까지 원고의 2019~2021 사업연도에 대한 법인 통합조사를 실시하고, 2021 사업연도 말 재고자산(‘용지’ 계정에 계상된 **지구 조성부지)이 xxx원 과소계상(원고가 이를 재고자산으로 계상하여야 함에도 매출원가로 계상)되고 같은 금액만큼 매출원가 즉, 이 사건 토지의 양도 당시 장부가액이 과대계상 되었다고 보아 원고의 2021 사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세 산출세액을 xxx원으로 재산정하여 2023. 3. 3. 원고에게 원고가 신고한 토지 등 양도소득에 대한 법인세 산출세액 xxx원과의 차액 xxx원(= xxx원 – xxx원)을 경정․고지하였다(이하 ‘1차 경정’이라 한다).

마. 원고는 2023. 3. 7. 피고에게 이 사건 토지의 양도 당시 장부가액이 취득가액과 자본적 지출 등을 반영하여 계산하면 xxx원[= 손익계산서상 매출원가 xxx원 + PM(개발사업관리) 수수료 등 xxx원 – 재고자산 과소계상액 xxx원]이고 이를 전제로 2021 사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 재계산하면 xxx원이 되므로 최고 신고 시 법인세 xxx원과의 차액인 xxx원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2023. 6. 9. 이를 거부하는 통지를 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2023. 7. 14. 피고에게 이의신청을 하였다. 피고는 2023. 9. 6. 위와 같은 이의신청에 대해 PM(개발사업관리) 수수료 등 xxx원이 자본적 지출이라는 주장을 받아들여 xxx원은 이 사건 토지의 양도 당시 장부가액에 포함하고, 나머지 청구는 기각하는 결정을 하였고, 같은 달 13. 이 사건 토지의 양도 당시 장부가액이 xxx원(= 회계상 장부가액 xxx원 + PM 수수료 xxx원 – 재고자산 과소계상액 xxx원)인 것을 전제로 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 xxx원으로 하여 1차 경정 시 법인세와의 차액 xxx원(= xxx원 – xxx원)을 감액하는 결정을 하였다(이하‘2차 경정’이라 한다).

사. 피고는 2023. 6. 9. xxx원의 법인세 환급을 거부하였으나, 이 사건에서 원고는 이 사건 토지의 양도 당시 장부가액을 경정청구 당시와는 다르게 산정한 후 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 xxx원으로 보아 2차 경정 시 법인세 xxx원과의 차액 xxx원(= xxx원 – xxx원)의 환급을 구하고 있는바, 위 2023. 6. 9.자 거부처분 중 법인세 xxx의 환급을 거부하는 부분을 ‘이 사건 거부처분’이라 한다. 그 내역은 아래와 같다.

[그림 생략]

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 13, 15 내지 17, 19호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 거부처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고가 2021 사업연도에 지출하여 이 사건 토지의 매출원가로 계상한 **지구 개발사업 관련 공사원가 등은 이 사건 토지에 대한 자본적 지출에 해당하고, 법인세법상 양도일 당시 지출을 하지 않았다고 하더라도 지출이 예정되어 있는 비용이므로 이 사건 토지에 대한 양도소득 계산 시 ‘양도 당시 장부가액’에 포함하여야 한다.

나. 인정사실

1) 원고는 **지구 개발사업을 수행하면서 조성된 토지를 판매하는 회사로 이 사건 토지에 대한 매매계약 당시 매수인으로부터 매매대금을 계약금, 중도금, 잔금으로 순차적으로 나누어 수령하되, 중도금을 지급받음과 동시에 이 사건 토지의 소유권이전등기절차를 이행하고 토지를 인도하기로 약정하였다. 부동산을 양도하는 경우 매도인이 잔금까지 모두 수령한 후 소유권이전등기를 하는 것이 일반적이나, 원고는 계약금과 중도금만 수령한 상태에서 환경영향평가 등 인허가 문제로 인하여 2021. 6. 14. 매수인들에게 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 하여 주었다.

2) 이 사건 토지에 대한 매매계약서 및 확약서에 의하면, 원고는 **지구 부지조성 공사 준공, 기반시설 설치 및 기부채납 의무를 이행하여야 하고, 피고는 원고가 위 의무를 이행하는 것을 조건으로 매매대금의 잔금을 지급하거나 의무불이행 시 매매대금 잔금에서 의무이행비용을 공제할 수 있다.

3) 원고는 **지구 조성부지를 재고자산으로 분류하여 ‘용지’ 계정에 토지매입비용, 공사원가 등을 계상하여 왔는데, 2021. 6. 14.까지 계상한 누적금액은 xxx원이고, 그 이후에 지출한 공사원가 등을 계속 계상하여 2021. 12. 31.까지 계상한 누적금액은 xxx원이다. 재고자산인 ‘용지’ 계정은 해당 부지를 판매하는 경우 판매한 부지에 상응하는 금액이 매출원가로 대체되어 당해연도 비용으로 인식되는데, 원고가 이 사건 토지의 매도로 인하여 2021 사업연도에 ‘용지’ 계정에서 매출원가로 대체한 금액은 xxx원이다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제14, 17, 19호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

원고가 이 사건에서 주장하고 있는 2021 사업연도 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 2차 경정의 법인세 계산과 비교하여 볼 때, 이 사건 토지의 장부가액만 차이가 난다. 그런데 이 사건 토지의 장부가액을 산정할 때 기초가액에서 재고자산의 과소계상액 xxx원을 차감하거나 PM수수료 xxx원을 가산하는 점은 원고와 피고 사이에 차이가 없고, 금융비용 xxx원을 차감하는 부분은 원고가 자인하고 있으므로, 결국 이 사건 토지의 장부가액 산정 시 원고와 피고 사이에 차이가 있는 부분은 기초가액뿐이다. 원고는 그 기초가액이 손익계산서상 매출원가 전액이 되어야 한다고 주장하고 있고, 피고는 이 사건 토지의 양도일 이후에 지출한 비용은 양도 당시 토지의 장부가액이 될 수 없는데 원고가 주장하는 손익계산서상 매출원가에는 이 사건 토지의 양도일 이후에 지출한 비용도 포함되어 있으므로 원고의 주장은 받아들일 수 없다고 주장하는바, 이하에서는 법인세법상 이 사건 토지의 양도일, 양도 당시 토지의 장부가액의 의미와 양도 당시 토지의 장부가액에 양도일 이후 지출한 비용이 포함될 수 있는지에 대하여 살펴본다.

1) 법인세법상 이 사건 토지의 양도일

가) 법인세법 제55조의2 제7항 은 ‘토지등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.’고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제92조의2 제6항은 ‘제68조는 법 제55조의2 제1항에 따른 토지등 양도소득의 귀속사업연도, 양도시기 및 취득시기에 관하여 이를 준용한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호는 ‘자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도에 대하여 상품 등 외의 자산의 양도는 대금을 청산한 날이 속하는 사업연도로 하되, 대금 청산 전 소유권이전등기를 하거나 당해자산을 인도하거나 상대방이 당해자산을 사용수익하는 경우 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른날로 한다.’고 규정하고 있다.

나) 원고가 이 사건 토지에 대해 매매대금의 잔금 지급 전인 2021. 6. 14. 소유권이전등기절차를 이행하여 준 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 법인세법상 이 사건 토지의 양도일은 2021. 6. 14.로 보는 것이 타당하다.

2) 법인세법 제55조의2 제6항 에서 정한 ‘양도 당시 장부가액’의 의미

가) 법인세법 제55조의2 는 제1항에서 내국법인의 토지 등 양도소득에 대하여 법인세액을 추가로 납부하도록 규정하고, 제6항에서 토지등 양도소득은 ‘토지등의 양도금액’에서 ‘양도 당시의 장부가액’을 뺀 금액으로 하도록 규정하고 있다. ‘양도 당시의 장부가액’의 의미와 관련하여 법인세법상 ‘양도 자산의 장부가액’에 대한 명확한 정의규정은 없으나 이는 회계상의 장부가액이 아니라 세무회계에 따라 수정된 장부상 평가가액을 의미하는 것으로서 자산의 취득가액에 자본적 지출․자산평가증 등을 가산하고 감각상각․평가손실 등을 차감한 당해 자산의 장부상 대차잔액을 가리는 것으로 이해된다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2016두64722 판결 등 참조).

나) 토지의 자본적 지출과 관련하여 법인세법상 규정은 없으나 이는 통상 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 데 소요된 비용을 의미한다. 토지의 자본적 지출의 의미와 관련하여서는 소득세법상 양도소득 관련 규정을 참고할 수 있는데, 소득세법 제97조 제1항 제2호 는 자산의 양도소득 산정시 양도가액에서 공제할 비용 중 하나로 자본적 지출액을 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제163조 제3항 제4호 , 소득세법 시행규칙 제79조 제1항 은 자본적 지출액으로 토지이용 편의를 위하여 지출한 장애철거비용, 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지 또는 해당 토지에 인접한 타인 소유의 토지에 도로를 신설한 경우의 그 시설비, 토지이용의 편의를 위하여 해당 토지에 도로를 신설하여 국가 또는 지방자치단체에 이를 무상으로 공여한 경우의 그 도로로 된 토지의 취득당시 가액 등을 규정하고 있다.

다) 한편, 법인이 양도 당시 회계상의 장부가액에 계상하지 않은 금액도 법인세법 제55조의2 제6항 에서 정한 ‘양도 당시의 장부가액’에 반영될 수 있는지와 관련하여, 양도 당시의 장부가액이란 회계상의 장부가액이 아니라 세무회계에 따라 수정된 장부상 평가가액으로서 법률적으로 세법 해석에 맞게 회계상 장부가액을 수정한 가액이므로, 당해 법인이 회계처리를 하지 않았다고 하더라도 세법상 자산의 가액에 해당하는 비용을 회계상 장부가액에 가산하여 세무상 장부가액으로 수정하는 것이 가능하다고 판단된다.

라) 그러므로 법인세법 제55조의2 에 따른 이 사건 토지의 양도소득 계산과 관련하여 ‘양도 당시 장부가액’은 원고의 회계처리와 관계없이 이 사건 토지의 양도일인 2021. 6. 14. 당시 원고가 주장하는 해당 비용이 이 사건 토지에 대한 자본적 지출액으로서 이 사건 토지의 세무상 장부가액이 될 수 있는지에 따라 정하여 진다고 할 것이다.

3) 법인세법상 손금의 귀속시기

가) 법인세법 제40조 제1항 은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.’고 정하고 있다. 이처럼 법인세법은 손익이 권리의무의 확정시에 실현되는 것으로 보는 권리의무 확정주의를 채택하여 손익의 귀속시기를 명확하게 규정하고 있다. 권리확정주의란 소득 원인이 되는 권리 확정시기와 소득 실현시기 사이에 시간적 간격이 있는 경우 과세상 소득(익금-손금)이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도 소득을 산정하는 방식이다. 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위해서는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙․확정되어야 한다. 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 소득이 발생하거나 익금이 확정되었다고 할 수 없다. 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙․확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상․사실상 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결, 대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 등 참조).

나) 수익비용대응 원칙은 기간손익을 정확하게 파악하기 위해 수익과 그 수익발생에 들어간 비용을 동일한 회계연도에 인식하여야 한다는 원칙인데, 이는 법인세법상 손금 귀속시기에 관해서도 적용될 수 있다. 법인세법 제14조 는 ‘각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액으로 한다.’고 규정하고 있고, 법인세법 제19조 , 법인세법 시행령 제19조 제24호 는 ‘법인에게 귀속되었거나 귀속될 금액을 손금으로 한다.’고 규정하고 있는바, 손금에는 당해 연도에 지출된 금액뿐만 아니라 당해 연도에 지출되지는 않았지만 적절한 배부 및 확정절차를 거쳐 당해 연도의 익금에 대응되는 손금으로 확정시킬 수 있는 비용도 포함되는 것으로 해석된다. 법인세법상 수익비용대응의 원칙은 실현된 수익과 그 수익에 관련된 원가, 비용 및 손실을 기간적 또는 대상적으로 대조하여 표시하는 것을 말하는 것으로서 기본적으로 수익이 확정되면 거기에 대응하는 원가, 비용 등을 산입하고자 하는 것이므로 익금에 직접 대응하는 손금은 그 자체가 성숙․확정된 때가 아니라, 그에 대응하는 익금이 확정된 사업연도에 귀속되어야 한다(대법원 2003. 7. 11. 선고 2001두4511 판결 등 참조). 다만 익금이 확정된 사업연도에 손금 자체를 신뢰성 있게 측정하거나 합리적으로 산정할 수 있어야 이를 해당 사업연도 손금에 산입할 수 있다.

다) 이 사건 토지의 양도일이 2021. 6. 14.임은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 토지에 대한 양도가액, 즉 익금은 위 양도일에 확정된다. 따라서 그에 대응하는 손금 즉, 이 사건 토지의 장부가액에는 양도일까지 지출된 비용은 물론 지출되지 않은 비용이라고 하더라도 세무상 장부가액을 구성할 수 있는 비용 중에 양도일에 신뢰성 있게 측정하거나 합리적으로 산정할 수 있는 비용은 산입할 수 있다고 보는 것이 타당하다.

4) 정당세액의 산정 및 이 사건 거부처분의 취소

가) 피고는 이 사건 토지의 양도일인 2021. 6. 14.까지 지출하지 아니한 비용은 모두 이 사건 토지의 양도소득 계산에 있어 양도 당시 장부가액을 구성할 수 없다는 것을 전제로 이 사건 거부처분을 하였다. 그러나 앞서 판단한 바에 따르면 이는 잘못된 전제라고 할 것이므로, 원고가 주장하는 비용 중 이 사건 토지의 양도일인 2021. 6. 14. 당시 실제 지출 여부와는 관계없이 세무상 장부가액을 구성할 수 있는 비용으로 양도일에 신뢰성 있게 측정하거나 합리적으로 산정할 수 있는 비용은 양도 당시의 장부가액에 포함하여 이 사건 토지의 양도소득에 대한 법인세를 계산하여야 할 것이다.

나) 경정거부처분 취소소송에서 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 때에는 감액을 구하는 세액 중 당초 신고한 세액에서 정당한 세액을 차감한 부분만 취소하여야 하고 전체를 취소할 것이 아니다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조). 다만 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조). 또한 경정거부취소소송에 있어서도 적법한 세액을 산출할만한 자료가 없다면 위 법리에 따라 법원은 경정거부처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그에 따른 불이익은 처분청인 피고가 부담하게 된다.

다) ① 원고가 2021. 6. 14. 이후 이 사건 토지에 대하여 지출하여 토지 장부가액에 산입되어야 한다고 주장하는 비용 중 ** **지구 유통물류단지 조성공사 감리용역비 월 xxx만 원(부가가치세 포함)은 2020. 3. 27. 용역기간을 24개월, 2인 월 xxx만 원(부가가치세 별도)으로 하여 체결된 계약에 따라 매월 지출되는 비용(1인이 수행함에 따라 실제로는 xxx만 원이 청구된 것으로 보인다)으로서 위 용역은 이 사건 토지 양도와 관련하여 원고에게 의무가 있는 토지조성공사에 필요한 용역이고, 2021. 6. 14. 기준으로 합리적으로 측정가능한 비용이므로 2021. 6. 14. 이후에 지출되었다고 하더라도 일응 양도 당시 장부가액에 산입하는 것이 타당해 보이는 점, ② 2021. 9. 8. 지출한 PM용역수수료도 ㅇㅇ지구 개발사업 관련한 사업관리 용역비로 2차 경정 시 PM용역수수료 용역의 성격에 대하여는 토지의 원가성이 인정되었고, 2021. 6. 4. 체결된 계약에 따라 지출되는 비용이므로 2021. 6. 14. 이후에 지출되었다고 하더라도 일응 양도 당시 장부가액에 산입하는 것이 타당해 보이는 점 등을 고려하면, 2021. 6. 14. 이후 이 사건 토지 관련하여 지출한 비용 중 일부는 이 사건 토지의 양도 당시 장부가액에 산입할 필요가 있는 것으로 보인다. 그러나 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 원고가 주장하는 각 비용이 이 사건 토지의 양도 당시의 장부가액에 해당하는지 판단하기 어려워 이 사건 토지의 양도소득에 대한 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없다. 따라서 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 거부처분 전부를 취소한다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.