소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호) 부칙 제14조에 따라 해당기간에 취득한 자산도 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택에 해당하면 장기보유특별공제 적용이 배제됨

소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호) 부칙 제14조에 따라 해당기간에 취득한 자산도 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택에 해당하면 장기보유특별공제 적용이 배제됨

사 건

2024구합54427 양도소득세 경정처분 취소청구

원 고

송AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 4. 18.

판 결 선 고

2025. 5. 30.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20xx. xx. xx. 원고에게 한 20xx년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원의 경정처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 20 xx . xx. xx . ○○시 ○○구 ○○동 ○○○외 ○필지 ○○○○○○아파트 ○○○동 ○○○호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 취득하여 보유하다가, 20 xx . xx. xx . 이 사건 아파트를 김BB 및 신CC에게 매매대금 x , xxx , xxx , xxx 원에 양도하였는데, 원고의 세대는 이 사건 아파트 양도 당시 이 사건 아파트를 포함하여 3개의 주택을 보유하고 있었고, 이 사건 아파트가 소재한 ○○시 ○○구는 조정대상지역으로 지정된 곳이었다.

나. 원고는 20 xx . xx . xx . 이 사건 아파트의 양도에 따른 소득에 대하여 중과세율(일반세율에 100분의 20 가산)을 적용하는 한편 장기보유특별공제를 적용하지 않고 20 xx 년 귀속 양도소득세 xxx , xxx , xxx 원을 신고ㆍ납부하였다.

다. 원고는 20 xx . xx . xx . 이 사건 아파트의 양도에 대하여 소득세법 부칙(2008. 12. 26. 법률 제9270호)(이하 ‘이 사건 부칙’이라 한다) 제14조 제1항(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것)이 적용되고, 위 조항이 적용되는 자산의 양도에 대해 장기보유특별공제를 적용하지 않도록 하였던 이 사건 부칙 제14조 제2항(2009. 5. 21. 법률 제9672호로 개정된 것)이 2012. 1. 1. 소득세법 개정에 따라 삭제되었음을 이유로, 이사건 아파트의 양도에 따른 정당한 세액은 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용한 xxx , xxx , xxx 원이라고 주장하면서 이미 납부한 xxx , xxx , xxx 원과의 차액 xxx , xxx , xxx 원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 20 xx . xx . xx . 원고의 위 경정청구를 전부 인용하여 xxx , xxx , xxx 원을 환급하였으나, 20 xx . xx . xx . 이 사건 아파트의 양도에 대한 일반세율의 적용은 타당하나, 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되어 2020. 8. 18. 개정되기 전의 것이며 이하에서도 같다) 제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제는 적용될 수 없다고 보고 원고에게 20 xx 년 귀속 양도소득세 xx , xxx , xxx 원을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

마. 원고는 20 xx . xx. xx . 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 같은 해 xx . xx . 기각결정이 내려졌다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4 내지 6호증, 을 제1, 2, 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 부칙 제14조 제2항(2009. 5. 21. 법률 제9672호로 개정된 것)이 2012. 1. 1. 소득세법 개정에 따라 삭제되었으므로, 원고가 이 사건 부칙 제14조 제1항(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것)에서 정한 2009. 3. 16. ~ 2012. 12. 31.의 기간 내에 취득한 이 사건 아파트를 2012. 1. 1. 이후에 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판 단

1) 관계 규정의 내용 및 개정 경과

가) 2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정된 소득세법은 양도소득세의 부담을 경감시키기 위하여, 제104조 제6항을 신설하여 1세대 3주택의 다주택자가 2010. 12. 31.까지 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 한시적으로 45%의 세율을 적용하도록 하였고, 나아가 이 사건 부칙 제14조 제1항을 통해 2009. 1. 1. ~ 2010. 12. 31. 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여도 45%의 세율을 적용하도록 하였다. 다만 소득세법은 개정된 제95조 제2항 및 이 사건 부칙 제14조 제2항을 통해 위와 같이 45%의 세율이 적용되는 주택 양도에 대하여 장기보유특별공제는 적용되지 않도록 하였다.

나) 2009. 5. 21. 소득세법 개정과 함께 이 사건 부칙 제14조가 개정되었는데, 제14조 제1항은 부동산거래를 정상화하고 침체된 경제를 활성화하기 위하여 2009. 3. 16. ~ 2010. 12. 31. 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 기본세율을 적용하도록 하였다. 다만 제14조 제2항은 위와 같이 기본세율이 적용되는 자산 양도에 대하여 장기보유특별공제는 적용되지 않도록 하였다.

다) 2012. 1. 1. 법률 제11146호로 개정된 소득세법은 부동산 시장 정상화 및 주택공급 활성화를 위하여 제95조 제2항을 개정(장기보유특별공제 적용 제외대상을 ‘제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산’에서 ‘제104조 제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지’로 변경)하여 ‘다주택자에 대한 장기보유특별공제’를 도입하였는데, 이와 같은 소득세법 개정과 함께 이 사건 부칙 제14조 제2항(2009. 5. 21. 법률 제9672호로 개정된 것)이 삭제되었다.

라) 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법은, 부동산 투기를 억제하기 위하여 제95조 제2항을 개정(장기보유특별공제 적용 제외대상에 ‘제104조 제7항 각호에 따른 자산’을 추가)하여 2주택 이상 보유자가 2018. 4. 1. 이후 조정대상지역 내의 주택을 양도함에 따라 발생하는 소득에 대하여 장기보유특별공제의 적용이 배제되도록 하였다.

2) 관련 법리

양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할 것은 아니다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조).

3) 구체적 판단

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정을 위와 같은 관계 규정의 내용 및 개정 경과와 관련 법리에 비추어보면, 이 사건 아파트의 양도에 따라 발생한 소득에 대하여 장기보유특별공제가 적용되지 않음을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

가) 앞서 본 것처럼 2주택 이상 보유자가 2018. 4. 1. 이후 조정대상지역 내의 주택을 양도함에 따라 발생하는 소득에 대하여는 구 소득세법 제95조 제2항 이 적용되고, 소득세법 부칙(2017. 12. 19. 법률 제15225호)은 이 사건 부칙 제14조 제1항(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정된 것이며 이하에서도 같다)에서 정한 기간 내에 취득한 주택에 대하여 2017. 12. 19. 개정 전의 소득세법 제95조 제2항 을 소급적으로 적용한다는 취지의 규정을 두고 있지 않다. 이 사건에서 2주택 이상 보유자인 원고가 조정대상지역 내의 이 사건 아파트를 양도한 시점은 2018. 4. 1. 이후이므로, 위 양도에 따라 발생한 소득에 대하여는 구 소득세법 제95조 제2항 이 적용된다.

나) 앞서 본 것처럼 2012. 1. 1. ‘부동산 시장 정상화 및 주택공급 활성화’라는 그 당시의 정책적 목적 하에 다주택자가 장기간 보유한 주택에 대하여도 장기보유특별공제가 적용되도록 소득세법 제95조 제2항 이 개정되었는데, 이 사건 부칙 제14조 제2항(2009. 5. 21. 법률 제9672호로 개정된 것이며 이하에서도 같다)이 2012. 1. 1. 삭제된 것은 위와 같은 소득세법 제95조 제2항 의 개정 취지에 따르기 위한 것으로 보인다. 따라서 이 사건 부칙 제14조 제2항이 2012. 1. 1. 삭제된 것을 두고 ‘향후 소득세법 제95조 제2항 의 개정 여부와 무관하게’ 이 사건 부칙조항에서 정한 기간 내에 취득한 자산에 대하여는 장기보유특별공제의 특례를 정한 것이라고 볼 수는 없다.

다) 위와 같이 2012. 1. 1. ‘부동산 시장 정상화 및 주택공급 활성화’의 목적 하에 다주택자에게 장기보유특별공제가 적용되었으나, 그 이후 ‘부동산 투기의 억제’라는 새로운 정책적 목적 하에 2017. 12. 19. 소득세법 제95조 제2항 이 개정되어 2주택 이상 보유자의 조정대상지역 내 주택 양도에 대한 장기보유특별공제의 적용이 배제되었다. 그러한 점에서 2017. 12. 19. 소득세법 제95조 제2항 의 개정에도 불구하고 이 사건 부칙 제14조 제1항에서 정한 기간 내에 취득한 자산에 대하여 계속 장기보유특별공제를 적용하여야 할 필요성이 있다고 보기 어렵다. 나아가 ‘부동산 투기의 억제’라는 입법목적의 관점에서, 이 사건 부칙 제14조 제1항에서 정한 2009. 3. 16. ~ 2012. 12. 31.의 기간 내에 취득한 주택과 해당 기간 이후에 취득한 주택을 달리 취급하여야 할 합리적인 이유도 찾기 어렵다.

라) 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법은 부동산 투기를 억제하기 위하여 다주택자에 대한 장기보유특별공제를 도입함과 동시에, 투기 목적의 분양권 전매를 억제하기 위하여 제104조 제1항 제4호를 신설하였는데, 위 신설조항에 의하면 조정대상지역 내 주택의 입주자로 선정된 지위에 대한 양도소득세율은 ‘분양권의 보유기간에 관계없이’ 양도소득과세표준의 100분의 50이다. 이와 같이 ‘투기의 억제’라는 동일한 입법목적에 따라 신설된 위 조항이 분양권의 보유기간에 따라 적용 여부를 달리하고 있지 않다는 점에서도, 2주택 이상 보유자가 2018. 4. 1. 이후 조정대상지역 내의 주택을 양도하는 경우에는 그 주택의 취득 시점에 관계없이 구 소득세법 제95조 제2항 이 적용된다고 보는 것이 입법자의 의사에 부합한다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.