이 사건 주택 양도가액 중 9억원 초과하는 부분에 해당하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제가 배제되고, 중과세율이 적용됨

주택수 판단은 법문상 거주자가 소유하는 모든 주택이 원칙이므로 장기임대주택·대체주택이라 할지라도 주택 수 산정에 포함됨. 원고들이 언급하는 대법원2010두27806 법리는 이 사건에는 적용될 수 없음

사 건

2024구단51137 양도소득세경정거부처분취소

원 고

1. AAA 2. BBB

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 8. 21.

판 결 선 고

2024. 10. 30.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 0000. 00. 00. 원고들에 대하여 한 각 2021년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 포함)에 관한 각 경정거부처분을 취소한다(원고들의 0000. 00. 00.자 청구취지변경 신청서의 ‘변경된 청구취지’란에는 처분일자가 0000. 00. 00.로 기재되어 있으나 이는 오기로 보인다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 부부로서 0000. 00. 00. 서울 00구 00동 00-0 00000아파트 000동 0000호(이하 ‘이 사건 주택’이라고 한다)를 공동명의(전용면적 00㎡, 각 지분율 50%, 취득가액 합계 0억 원)로 취득하여 보유하다가, 00억 원에 양도하면서 0000. 0. 00. 양수인 앞으로 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

이 사건 주택의 양도 당시 원고들은 이 사건 주택 외에도 아래와 같이 3개의 주택을 보유하고 있었다.

나. 원고들은 이 사건 주택이 1세대 1주택인 고가주택에 해당한다고 보아, 9억 원을 초과하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율(24%)을 적용하여 0000. 0. 00. 2021년 귀속 양도소득세 0,000,000원을 각 신고ㆍ납부하였다.

다. 그 후 피고는 원고들이 이 사건 주택 양도 당시 조정대상지역에 1세대 3주택 이상의 주택을 소유하고 있다고 보아, 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 해당하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 수정신고할 것을 원고들에게 안내하였고, 이에 원고들은 0000. 00. 00. 이 사건 주택에 대한 양도소득세를 수정신고하고 00,000,000원(가산세 포함)을 각 추가 납부하였다.

라. 원고들은 0000. 0. 00. 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용해야 한다는 취지로 감액경정을 청구하였으나, 피고는 중과세율의 적용 및 장기보유특별공제 배제가 그대로 타당하다는 이유로 0000. 00. 00. 원고들의 경정청구를 거부하였다.

마. 그러다가 이 사건 소송 계속 중, 피고는 이 사건 주택의 양도에 대해서는 중과세율(58%)이 아닌 일반세율(38%)이 적용되어야 한다고 보아, 0000. 00. 00. 원고 AAA에게, 같은 해 0. 00. 원고 BBB에게 각 00,000,000원을 환급하였다[이로써 원고들에 대한 경정청구거부처분 중 잔존하는 각 00,000,000원(가산세 포함) 부분을 ‘이 사건 처분‘이라고 한다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 9, 13호증(가지번호 있는 경우 각 이를 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들 주장 요지

원고들은 아래와 같은 경위로 주거를 이전하기 위하여 신규주택을 취득하였던 것으로 투기목적이 없었고 신규주택 취득 후 이 사건 주택 양도 시까지 소요된 기간이 일시적이었으므로, 이 사건 주택의 양도에 대해서는 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결의 법리에 따라 원고들이 당초 신고한 바와 같이 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

즉, 원고들은 거주하고 있던 이 사건 주택의 전용면적보다 넓고 입주여건 및 편의시설 등에서 양호한 인근 주택으로 주거를 이전할 목적으로 대체주택을 취득하게 된 것이다. 다만, 원고들은 매도한 이들의 요구로 부득이 단기임대(전세)조건부로 대체주택을 취득할 수밖에 없었고, 원고들은 대체주택을 취득한 2020. 5. 00.부터 전세기간 만료일인 0000. 00. 00. 사이에 이 사건 주택을 팔기 위해 부단히 노력하였다. 그 결과 원고들은 이 사건 주택의 양도에 관한 중도금을 0000. 00. 00. 수령하여 이를 재원으로 대체주택에 관한 전세금(10억 원)을 반환하였고, 원고 BBB은 전세금 반환일 다음날인 0000. 00. 00. 대체주택으로 전입신고를 마쳤으며, 이 사건 주택의 양도대금 잔금(0억 원)을 수령한 0000. 0. 00. 이 사건 주택을 양수인에게 인도함과 동시에 대체주택으로 세대 전원이 이사하였던 것이다.

이를 고려하면, 피고가 한 이 사건 처분은 위 대법원 판례법리에 반하는 것으로서 위법하므로 마땅히 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건의 쟁점 및 논의의 순서

이 사건 주택의 양도 당시 실지거래가액이 구 소득세법(2021. 3. 16. 법률 제17925호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제156조 제1항에서 정한 9억 원을 초과하여 양도소득세 비과세 요건에 해당하지 아니하는 점, 구 소득세법 제95조 제3항 , 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호 에 따라 9억 원 초과분에 관한 양도차익을 산정하여야 한다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.

다만, 앞서 본 바와 같이 원고들은 이 사건 주택에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하고 있는바, 이에 따라 피고가 이 사건 처분의 전제로 삼은 바와 같이 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 따라 장기보유특별공제가 원칙적으로 배제된다고 보아야 할 것인지를 선결적으로 살핀 다음[ 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3 제1항 제13호가 이 사건 주택의 양도에 대해서까지 적용되어야 한다는 원고들 주장의 당부 역시 함께 본다], 원고들이 주장하는 대법원 판례법리가 이 사건 주택의 양도에 예외적으로 적용될 수 있는지를 순차적으로 살피기로 한다.

2) 선결쟁점: 이 사건 주택의 양도에 대하여 원칙적으로 장기보유특별공제가 배제되어야 할 것인지

가) 구 소득세법 제95조 제3항 , 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 에서 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 양도차익은‘구 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도차익’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있고, 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ‘구 소득세법 제95조 제2항 에 따른 장기보유특별공제액’과 ‘양도가액에서 9억원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있는데, 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 ‘법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외된다)으로서 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 대하여 해당 조항에서 정한 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 ‘장기보유 특별공제액’이라 규정하고 있다.

이 사건 주택의 양도차익 중 9억 원 초과분이 양도차익이 되는 것은 위 법령에 따른 바이므로, 장기보유특별공제의 적용 여부 역시 이러한 법령에서 정한 바에 따라야 할 것인바, 이 사건 주택은 아래에서 순차적으로 살펴는 바와 같이 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 부분에서 장기보유특별공제가 배제되도록 규정한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산에 해당한다고 할 것이므로, 장기보유특별공제 대상에서 원칙적으로 제외된다고 보아야 한다.

① 즉, 구 소득세법 제104조 는 양도소득에 대한 세율을 정하는 규정으로서, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율을 적용하되 (제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하고 (제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 30을 더한 세율을 적용하도록(제7항 제3호) 규정하고 있다. 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 의 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다.

② 이러한 관계법령의 문언 및 체계에 의하면, 1세대가 소유하는 주택 수가 3개 이상인지 여부를 판단할 때에는 법문상 거주자가 실제 소유하는 모든 주택이 포함되어야 하는 것이 원칙으로서, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만 주택 수 산정에서 제외될 뿐, 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례(구 소득세법 제155조 )에 해당하는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택 수 산정에는 포함되고, 오로지 그 해당 주택 자체가 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는다.

③ 그러므로 이 사건 주택의 양도 당시 원고들이 보유하던 이 사건 주택 외의 나머지 주택들, 즉 장기임대주택 및 대체주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 정한 주택에 해당하지 않는 이상, 위 주택들은 주택 수 산정에 있어 모두 포함되어야 한다.

④ 나아가, 양도가 이루어진 이 사건 주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호 중 어느 것에도 해당하지 않으므로(앞서 본 바와 같이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 는, 1세대가 같은 항 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택을 일반주택으로서 중과세율 배제 대상으로 정하고 있으나, 원고들은 이 사건 주택의 양도 당시 장기임대주택 외에 대체주택까지 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 장기임대주택을 제외하고 남은 1개의 주택에 해당하지 않고, 따라서 위 제10호 소정의 일반주택으로 볼 수 없다), 피고가 이 사건 처분 과정에서 전제로 삼은 바와 같이 이 사건 주택의 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 가 정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당한다는 결론에 이르게 된다.

나) 한편, 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3 제1항 제13호는‘제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외하는 것으로 규정하고 있는바, 원고들은 위 규정은 반성적 고려에 따라 마련된 조항이므로, 이 사건 주택의 양도에 대해서도 적용되어야 한다고 주장한다.

그러나 위 개정 규정에 관해서는 이를 소급적용하는 규정이 따로 마련되지 아니하고 오히려 2021. 2. 17. 시행된 이후의 양도분부터 개정 규정을 적용하도록 부칙 제2조 제2항에서 명시하고 있다. 나아가 국가의 조세정책은 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 위 개정 규정이 구 소득세법 시행령 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대 1주택으로 보게 되는 경우를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당하지 않도록 변경한 것은, 개정 전 규정이 위법하다는 인식하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는, 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법형성 재량권을 행사함에 따른 결과로 보인다. 그러므로 위 개정 시행령이 소급하여 적용되어야 한다는 원고들의 주장 역시 받아들일 수 없다.

3) 대법원 2010두27806 판결의 법리에 따라 장기보유특별공제가 적용되어야 할 것인지

원고들이 언급한 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결의 법리는, ‘구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호의3, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제167조의3 제1항 제2호 (가)목, 제10호 등은, 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 원칙적으로 60%의 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하고 있는바, 이러한 입법 취지와 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택(대체주택)을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다’는 것이다.

그런데 위 대법원 판결은 1세대가 장기임대주택 1채와 일반주택과 대체주택, 이렇게 총 3주택을 소유하였고 일반주택과 대체주택을 동시에 보유한 기간이 채 4개월도 되지 않았던 사안에 관한 것인 반면, 이 사건에서는 원고들이 장기임대주택 2채와 일반주택, 대체주택, 이렇게 총 4주택을 소유하였을 뿐만 아니라 대체주택을 취득한 후 이 사건 주택을 양도하기까지의 기간이 약 8개월으로 훨씬 길다는 점에서(이에 대해 원고들은, 자신들이 대체주택의 매도인에게 임대차보증금을 완납한 2020. 11. 00.에야 비로소 대체주택에 관한 매매대금의 지급을 마친 것으로 보아야 하고 이때 비로소 원고들이 대체주택을 취득한 것으로 보아야 하므로, 원고들이 대체주택과 이 사건 주택을 동시에 보유한 기간이 2020. 11. 00.부터 기산된다고 보면 한결 짧다는 취지로 주장하나, 매매계약과 임대차계약을 동시에 체결하면서 매수인이 지급할 매매대금 중 일부를 매도인이 지급할 임대차보증금으로 전환하기로 약정하는 경우, 이러한 약정 자체로 매수인이 해당 매매대금을 지급한 효력이 발생하는 것이지, 나중에 매수인이 임대차보

증금을 반환할 때 비로소 이러한 효력이 나타나는 것이 아니므로, 맞지 않는 전제를 기반으로 한 원고들의 주장은 받아들일 수 없다. 원고들이 들고 있는 의정부지방법원2021구합15279 판결의 사실관계 역시 본건과 다르다. 등기일을 기준으로 삼았을 때 원고들은 2020. 5. 00. 대체주택을 취득한 것이 실질적으로도 맞다) 위 대법원 판결의 사안은 본건과 반드시 일치한다고 보기 어렵다. 특히 위 대법원 판례법리가 적용되기 위해서는, 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라 인정될 수 있어야 할 것인데, 이 사건에서의 앞서 본 약 8개월이라는 시간은 그 자체로 일시적인 수준이라고 단정하기 어렵다. 이와 같이 상당한 시간차가 나타나게 된 원인이 원고들이 주장하는 바와 같이 대체주택 매도인의 요구로 해당 매도인에게 대체주택을 단기로 임대하였기 때문임을 받아들이더라도, 원고들 역시 위 기간 동안 매매대금의 일부로 대체한 임대차보증금에 관하여 적어도 이자 상당의 이익을 누릴 수 있었을 뿐 아니라(갑 제10호증의 기재에 의하면, 대체주택의 총 매매대금은 00억 원인 반면, 매매대금으로 대체된 임대차보증금은 절반이

넘는 00억 원에 이른다), 이 사건 주택의 양도와 관련해서도 시세변동의 추이를 지켜보면서 양도할 시점과 조건 등을 선택할 수 있는 무형의 이익을 누릴 수 있었다고 보이는 점(또한 원고들의 주장 자체로, 원고들은 대체주택을 취득한 이후에 비로소 이 사건 주택을 양도하기 위한 노력을 기울이기 시작한 것으로 보인다)까지 고려하면, 이 사건에 위 대법원 판결례를 원용하는 것은 더욱 적절하지 않다고 할 것이다.

아울러 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 일괄적으로 중과세 대상을 규정하는 경우의 불합리를 방지하기 위하여 1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택에 대하여 상세히 규정하고 있는바, 이러한 예외에 해당하지 않는 한 모두 중과세 대상에 포함하려는 것이 당초 입법의도로 보아야 하는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하며 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다는 점을 고려할 때 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에서의‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택’이 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정된다고 해석하기는 어려운 점 등을 종합하면, 이 사건 주택의 양도에 대하여 위 대법원 판례법리가 적용된다고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.