농업회사법인에 현물출자한 농지는 농업인과 자경요건을 충족하여야 감면 적용이 가능하고, 사업용고정자산에 해당하여야 이월과세 적용 가능함

농업회사법인에 현물출자한 농지는 구 농업식품기본법 제3조 제2호에 따른 농업인으로서 해당 부동산으로부터 직선거리 30키로미터 이내에 거주하며 4년이상 경작하여야 감면 요건을 충족한 것으로 볼 수 있고, 실제로 영리 목적으로 독립적 지위에서 계속․반복적으로 하는 사업활동의‘사업용고정자산’에 해당하지 않는 경우 이월과세도 적용할 수 없음

사 건

2023구단79268 양도소득세등부과처분취소

원 고

김○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 12. 4.

판 결 선 고

2025. 2. 12.

주 문

1. 피고가 2022. 6. 21. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 부과처분 중 납부불성실가산세 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/5는 피고가, 나머지는 원고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. xx. xx. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(일반과소신고가산세 xx,xxx,xxx원, 납부불성실가산세 xx,xxx,xxx,원 포함) 의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. xx. x. oo시 oo동 ooo 전 1,323㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)를 취득한 후, 2018. xx. xx. 원고가 대표자로 있는 농업회사법인 유한회사 aaa(이하 ‘aaa’라고 한다)와 현물출자계약을 체결하고 2019. x. xx. aaa에 현물출자를 원인으로 양도하였다.

나. 원고는 이 사건 부동산에 대한 양도에 관하여 구 조세특례제한법(2018. 12. 31. 법률 제16133호로 개정되어 2019. 4. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제68조에 따라 농업회사법인에 현물출자된 4년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면(1억 원)을 적용하고, 같은 법 제32조에 따라 법인 전환 시 사업용 고정자산을 현물출자한 것으로 보아, 2019. x. xx. 아래와 같이 2019년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원을 이월과세하는 것으로 신고하였다.

다. 피고는 원고가 이 사건 부동산을 4년 이상 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 감면세액 1억 원을 부인하고 더 나아가 이 사건 부동산이 사업용 고정자산이 아니라고 보아 이월과세까지 부인하여, 2022. x. xx. 원고에게 2019년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xx원(일반과소신고가산세 xx,xxx,xxx원, 납부불성실가산세 xx,xxx,xxx원 포함)을 결정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 4, 5, 갑 제6호증의 6, 갑 제7호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장 요지

1) 원고

원고는 이 사건 부동산을 aaa에 현물출자하기 전까지 4년 이상 실제 자경을 하였으므로, 피고가 원고가 신고한 감면세액을 부인한 것은 위법하다(제1주장).

원고는 농업인 자격에서 사업용 고정자산을 양도한 것이므로, 원고가 사업자등록을 하지 않았다는 이유로 이월과세를 부인한 것 역시 위법하다(제2주장).

원고는 의무를 해태한 바가 없으므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 보아야 한다(제3주장).

2) 피고

원고의 제1주장과 관련하여, 원고는 이 사건 부동산을 취득한 2001. xx.부터 이 사건 부동산의 양도가 이루어진 2019.까지 근로복지공단에서 근로소득자로 근무하고 있음이 확인되는바, 원고가 이 사건 부동산에서 직접 영농에 종사하였음이 인정되지 않는 이상, 구 조세특례제한법 제68조 제2항 은 원고에게 적용될 수 없다.

원고의 제2주장과 관련하여, 이 사건 부동산은 원고가 aaa에 현물출자하기 전까지 작물재배업 등의 사업에 직접 사용하는 유형자산에 해당한 바가 없으므로, 피고가 이월과세에 관한 구 조세특례제한법 제32조 제1항 의 적용을 배제한 것 역시 적법하다.

원고의 제3주장과 관련하여, 법령의 부지 또는 오인은 가산세를 면할 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건에서도 가산세의 면책사유가 인정되어서는 아니 된다.

나. 관계법령

■ 구 조세특례제한법

제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. "이월과세(移越課稅)"란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서"종전사업용고정자산등"이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 「소득세법」 제94조 에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여

야 한다.

제68조(농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등)

② 대통령령으로 정하는 농업인이 2021년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우만 해당한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당농지 또는 초지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 또는 초지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

제127조(중복지원의 배제)

⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에

는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.

■ 구 조세특례제한법 시행령(2019. 3. 12. 대통령령 제29617호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)

④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자

또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

제63조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등)

④ 법 제66조제4항 본문 및 제68조제2항 본문에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 각각

「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지·초

지 또는 부동산(이하 이 조에서 "농지등"이라 한다)이 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항 에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자를 말하며, 법 제66조제7항 및 제68조제3항에서 "대통령령으로 정하는 농업인"이란 각각 「농업·농촌 및 식품산업 기본법」 제3조제2호에 따른 농업인으로서 현물출자하는 농지등이 소재하는 시·군·구, 그와 연접한 시·군·구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경작한 자를 말한다.

⑩ 법 제66조제8항에 따라 양도소득세를 감면받거나 이월과세를 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서 또는 이월과세적용신청서에 해당 영농조합법인의 농어업경영체 등록확인서와 현물출자계약서 사본을 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 영농조합법인과 함께 제출하여야 한다.

⑭ 제4항 및 제6항을 적용할 때 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)

또는 거주자 각각의 「소득세법」 제19조제2항 에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

제65조(농업회사법인에 대한 세액 감면 등)

⑤ 법 제68조제1항 또는 제3항에 따라 법인세를 감면받거나 이월과세를 적용받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서, 면제세액계산서 또는 이월과세적용신청서와 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 농업회사법인과 함께 제출하여야 한다.

■ 구 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」(2019. 1. 15. 법률 제16229호로 개정되어 같은 해 7. 16. 시행되기 전의 것, 이하 ‘구 농업식품기본법’이라고 한다)

제3조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “농업”이란 농작물재배업, 축산업, 임업 및 이들과 관련된 산업으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

2. “농업인”이란 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자를 말한다.

■ 구 「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법 시행령」(2019. 10. 8. 대통령령 제30112호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 농업식품기본법 시행령’이라고 한다)

제2조(농업의 범위)

「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」(이하 "법"이라 한다) 제3조제1호에 따른 농업은 다음 각 호와 같다.

1. 농작물재배업: 식량작물 재배업, 채소작물 재배업, 과실작물 재배업, 화훼작물 재배업, 특용작물 재배업, 약용작물 재배업, 버섯 재배업, 양잠업 및 종자ㆍ묘목 재배업(임업용 종자ㆍ묘목 재배업은 제외한다)

2. 축산업: 동물(수생동물은 제외한다)의 사육업ㆍ증식업ㆍ부화업 및 종축업(種畜業)

3. 임업: 육림업(자연휴양림ㆍ자연수목원의 조성ㆍ관리ㆍ운영업을 포함한다), 임산물 생산ㆍ채취업 및 임업용 종자ㆍ묘목 재배업

제3조(농업인의 기준)

① 법 제3조제2호에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

1. 1천제곱미터 이상의 농지( 「농어촌정비법」 제98조 에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람

2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람

3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람

4. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조제1항 에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람

5. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조제1항 에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통ㆍ가공ㆍ판매활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람

■ 구 소득세법(2019. 8. 27. 법률 제16568호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제20조(근로소득)

① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 근로를 제공함으로써 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여

2. 법인의 주주총회·사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득

3. 「법인세법」에 따라 상여로 처분된 금액

4. 퇴직함으로써 받는 소득으로서 퇴직소득에 속하지 아니하는 소득

5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조제1항제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)

② 근로소득금액은 제1항 각 호의 소득의 금액의 합계액(비과세소득의 금액은 제외하며, 이하

"총급여액"이라 한다)에서 제47조에 따른 근로소득공제를 적용한 금액으로 한다.

■ 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것)

제48조(가산세 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조제1항에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

■ 구 국세기본법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것)

제28조(가산세의 감면 등)

① 법 제48조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하

는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의·회신 등에 따라 신고·납부하였으나 이후 다른 과세

처분을 하는 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 토지등의 수용 또는 사용, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시·군계획 또는 그 밖의 법령 등으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우

다. 판단

1) 원고의 제1주장에 관하여

원고의 이 부분 주장은, 원고가 구 조세특례제한법 제68조 제2항 및 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제63조 제4항에 따른 요건을 충족하였다는 취지의 것인바, 위 시행령 제63조 제4항은 구 조세특례제한법 제68조 제2항 을 적용받을 수 있는 ‘농업인’으로 인정되기 위해서는, ① 구 농업식품기본법 제3조 제2호 에 따른 농업인의 요건을 충족하여야 하고, 나아가 ② 현물출자하는 해당 부동산이 소재하는 시ㆍ군ㆍ구 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 부동산으로부터 직선거리 30킬로미터 이내에 거주하면서 4년 이상(구 조세특례제한법 시행령 제63조 제14항 에 따라 구 소득세법 제20조 제2항 에 따른 총급여액이 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 경작기간에서 제외된다) 직접 경작한 자에도 해당하여야 한다고 규정하고 있다. 그리고 위 ①의 요건과 관련해서는, 구 농업식품기본법 제3조 제2호 의 위임에 따라 구 농업식품기본법 시행령 제3조 제1항 의 각 호 중 어느 하나에 해당하여야 한다. 이러한 요건들은 양도소득세를 감면받기 위한 원고에게 유리한 사항으로서 증명책임이 원고에게 있다고 할 것이고, 특히 위 ②의 요건과 관련하여 양도한 토지가 농지로 이용되었다고 해서 양도자가 자

경한 사실까지 추정되는 것은 아니라고 보아야 한다(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 취지 참조).

위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 부동산의 양도에 관하여 구 조세특례제한법 제68조 제2항 및 같은 법 시행령 제63조 제4항에 따른 양도소득세 감면의 요건이 충족되었다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 그 구체적 이유는 다음과 같다.

가) 앞서 본 바와 같이 위 ②의 요건과 관련하여, 구 조세특례제한법 시행령 제63조 제14항 에 따라 구 소득세법 제20조 제2항 에 따른 총급여액이 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 경작기간에서 제외되므로, 원고의 경우 위 ②의 요건이 충족되기 위해서는 이 사건 부동산을 취득한 2001. 12. 4.부터 2005. 12. 31.까지의 기간 동안 원고가 직접 경작한 사실이 인정되어야 할 것이다. 근로소득자인 원고는 2006년 이후로 총급여액이 3,700만 원 이상이기 때문이다. 원고도 이 점에 대해서는 따로 다투고 있지 아니하다.

나) 그런데 원고가 제출한 갑 제3호증의 1 내지 갑 제5호증의 3, 갑 제8호증의 1 내지 7의 각 영상만으로는 원고가 이 사건 부동산에서 2001. x. x.부터 2005. xx.xx.까지의 기간 동안 실제로 직접 자경을 한 것으로 보기 어렵다. 설령 위 증거들에 의하여 이 사건 부동산이 위 기간 동안 농지로 이용된 것 자체가 뒷받침된다고 보더라도, 앞서 본 대법원 판례 법리에 따라 양도자인 원고가 이 사건 부동산에서 직접 경작을 한 사실까지 추정되지는 않는다. 이는 갑 제10호증, 갑 제12호증의 1, 2의 각 기재까지 보태어 보더라도 마찬가지이다. 해당 확인서를 작성한 이들이 원고가 4년 이상 직접 경작을 한 것이 맞는지를 객관적으로 확인 또는 보증할 수 있는 지위에 있는지조차 불분명해 보이기 때문이다.

다) 그러므로 원고는 위 ②의 요건 중 4년 이상 직접 경작하여야 한다는 요건을 충족한 것으로 볼 수 없어, 구 조세특례제한법 제68조 제2항 및 같은 법 시행령 제63조 제4항에 따른 양도소득세 감면의 요건을 전체적으로 충족한 것으로 인정되지 않는다.

2) 원고의 제2주장에 관하여

살피건대, 원고의 이 부분 주장이 받아들여지기 위해서는, 원고가 aaa에 현물출자한 이 사건 부동산이 이월과세에 관한 구 조세특례제한법 제32조 제1항 중 ‘사업용고정자산’에 해당하여야 할 것인바, 이때의 ‘사업용고정자산’이 갖는 의미에 대해서는 구 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호 의 법문에 나타나는 징표로서 ‘개인이 어느 사업에 사용하여야 한다’는 점이 인정되어야 할 것이다. 나아가 구 조세특례제한법 제32조 제1항 의 적용 요건 역시 납세자에게 유리한 양도소득세 감면과 실질적으로 관련된 것으로서, 이에 대한 증명책임은 원고에게 있다고 보아야 한다.

그런데, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 부동산이 양도될 당시 원고가 이 사업에 이를 정도의 농업을 영위하였는지, 이 사건 부동산이 이러한 사업에 사용되었는지를 알 수 없고, 달리 이를 인정할 아무런 증거가 없다. 소득세법에서 규정하는 사업소득의 의미와 대조하여 볼 때, 원고가 사업을 영위한 정도에 이르기 위해서는, 원고가 영리를 목적으로 독립된 지위에서 계속ㆍ반복적으로 하는 사회적 활동을 한 것으로 인정되어야 할 것인바(대법원 2017. 7. 11. 선고 2017두36885 판결 등 취지 참조),

앞서 본 바와 같이 원고는 2006년 이후로 총급여액이 3,700만 원 이상인 근로소득자로서(그 소속 직장은 ‘근로복지공단’으로 보인다), 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 부동산이 양도될 당시 사업을 영위한 것으로 인정될 정도로 농업에 종사한 것으로 볼수 없고(갑 제6호증의 4 중 2/3면의 기재에 의하면, 원고가 농업경영체로 등록되었던 사실을 인정할 수 있기는 하나, 이의 근거법령을 살펴보면 영리를 목적으로 독립된 지위에서 계속ㆍ반복적으로 이루어지는 ‘사업성’과는 직접적인 관련이 없다), 달리 이를 인정할 증거가 없다. 더욱이 원고가 근무한 ‘근로복지공단’은 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조 제1항 제1호 에 따른 공공기관으로서, 여기에 소속된 직원은 같은 법 제37조 제1항에 따라 그 직무 외의 영리를 목적으로 하는 업무에 종사하여서는 아니될 의무를 부담하였던 것으로 보이는바, 원고가 이러한 의무를 위반하면서까지 사업에 이를 정도의 농업에 종사하지는 아니하였을 것이다.

3) 원고의 제3주장에 관하여

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 1995. 11. 14. 선고 95누10181판결 참조).

먼저 원고에 대한 일반과소신고가산세의 경우, 앞서 본 바와 같이 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있는바, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 이 사건 부동산에 대하여 구 조세특례제한법에 따른 양도소득세의 감면 내지 이월과세가 허용된다고 원고가 2019년 귀속 양도소득세를 잘못 신고한 것의 결과로써 이루어진 점, 위와 같이 양도소득세의 신고가 잘못 이루어진 것에 대해서는 누구보다 이 사건 부동산 관련 감면 등의 요건이 충족되었는지를 쉽게 파악할 수 있던 원고에게 귀책사유가 있다고 평가할 수밖에 없는 점 등을 고려하면, 원고에게는 가산세를 면할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

다만, 원고에 대한 납부불성실가산세와 관련해서는, 갑 제6호증의 1 내지 5의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 당초 이 사건 부동산에 관한 양도소득세를 신고ㆍ납부를 한 2019. x. xx. 이후, 피고는 2019. x. xx. 원고에게 소명자료를 요구한 후 같은 해 xx. xx. 재차 소명자료를 제출받은 뒤에 더 이상 요구 내지 통지를 원고에게 하지 않다가, 2022. x. xx.에야 다시 소명자료를 요구한 후 2022. x. xx. 이 사건 처분을 하기에 이르렀음을 알 수 있는바, 이와 같이 피고가 소명자료를 요구한 2019. x. xx.부터 이 사건 처분이 이루어진 2022. x. xx.까지 거의 3년에 가까운 기간이 지난 뒤에야 뒤늦게 이 사건 처분을 하였으면서, 원고가 당초 신고ㆍ납부를 한 시점부터 이 사건 처분 시까지의 기간 전부에 대해 납부불성실가산세를 부과하는 것은, 국세기본법 제15조 가 “납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다.”라고 규정함으로써 세무공무원에게도 신의성실의 원칙이 적용됨을 선언하고 있는 취지에 반하고 피고의 업무처리가 원고와 무관한 사유로 말미암아 지연된 것에 따른 불이익까지 납세의무자인 원고에게 전가시키고자 한 것으로서 허용되어서는 아니 된다고 판단된다. 피고가 이 사건 처분으로 나아갈 것인지를 검토하는 데에 일정 시간이 소요되리라는 점은 받아들일 수 있지만, 거의 3년에 이르는 기간은 그 자체로 지나치게 길 뿐만 아니라, 이 사건의 경우에는 위와 같이 장기간의 시간을 요할 수밖에 없다고 볼 만한 특별한 사정도 발견하기 어렵기 때문이다(피고는 2024. xx. xx.자 준비서면에서, 2019. xx. xx. 원고로부터 소명자료를 제출한 뒤 원고의 당초 양도소득세 신고를 내부적으로 시인하였다가 2021. xx.경에 이르러 국세청에서 법인전환 이월과세 대상자에 대한 감면사후관리를 시행하도록 방침을 정하는 바람에 이 사건 처분이 늦어지게 되었다고 주장하나, 애당초 피고가 원고로부터 2019. xx. xx. 소명자료를 받은 이후로 이 사건 처분으로 나아가기 위하여 추가 조사할 것이 남아 있었다고 보기 어려운 이상, 위 피고의 주장 자체로 양도소득세 감면 및 이월과세 요건이 충족되었는지를 2019. xx. xx. 무렵에 제대로 잘 살피지 않고 있다가 2021.xx.경에야 본격적인 검토를 했다는 것은 납득하기 어렵다). 따라서 원고가 당초 이 사건 부동산 관련 양도소득세를 신고ㆍ납부한 2019. x. xx.부터, 피고가 2019. xx. xx. 원고에게 소명자료를 제출받은 시점으로부터 이 사건과 유사한 사안에서 과세처분을 내리기까지 통상적으로 소요되는 기간(만일 이러한 기간을 명확히 특정하기 어렵다면, 본건과 같이 추가 조사할 것이 남아 있지 아니한 사안에서는 심사청구 또는 심판청구의 절차에서 행해진 재조사 결정에 따른 과세관청의 처분을 다투는 행정소송의 제소기간과 관련하여, 국세기본법 제56조 제4항 이 재조사 결정일부터 60일 이내에 처분 상대방이 처분 결과 통지를 받지 못하는 경우 위 60일이 지난 날부터 행정소송을 제기할 수 있다고 규정하고 있는 취지 등에 비추어 볼 때, 60일을 상한으로 삼는 것이 일응 합리적인 기준일 것이다)까지에 대해서는 원고에게 납부불성실가산세를 부과하는 것이 위법하지 않겠으나, 그 외의 나머지 기간에 대해서는 원고에게 납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재한다고 할 것이어서, 원고에 대한 납부불성실가산세 중 후자와 관련된 부분은 위법을 면할 수 없다.

4) 소결론

과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정 당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분 중 납부불성실가산세 외의 부분은 위법하다고 볼 수 없고 단지 납부불성실가산세 부분 중 일부[피고가 2019. xx. xx. 원고에게 소명자료를 요구한 시점으로부터 이 사건과 유사한 사안에서 과세처분을 내리기까지 통상적으로 소요되는 기간(최장 60일)이 도과한 이후의 나머지 기간에 대응하는 부분]만이 위법하다고 할 것이나, 이 사건에서 이 사건 변론에서 나타난 자료만으로는 원고에 대한 납부불성실가산세의 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 결국 이 사건 처분 중 납부불성실가산세 부분은 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.