대표이사가 본인 명의로 출원한 특허권을 법인에 양도한 행위와 관련, 해당 특허발명의 발명자는 법인으로 보아야 함

특허권 출원에 있어 대표이사 개인 명의로 출원하였다 하더라도, 법인의 인적․물적 자원을 이용하여 발명한 것이라면 이를 발명한 자는 법인으로 보아야 하며, 따라서 대표이사 명의 특허권을 법인이 양수한 것은 부당행위계산 부인의 대상이 됨

사 건

2024구합60696 소득금액변동통지 취소 청구의 소

원 고

주식회사 AA엔지니어링

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2025. 3. 13.

판 결 선 고

2025. 3. 27..

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 1. 5. 원고에게 한 2021년 귀속 000,000,000원의 소득금액변동통지(소득자 문CC) 중 00,000,000원을 초과하는 부분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 1. 10. 설립되어 산업기계 제조업 및 판매업을 영위하고 있는 법인이고, 문CC는 2012. 3.경부터 현재까지 원고 회사의 대표이사로 재직하고 있는 자로서 원고의 주식 40%를 보유한 최대주주이다.

나. 문CC는 아래와 같이 “압출 프레스 및 그 제조방법”에 관한 발명에 대하여 특허를 출원·등록하였다(이하 위 발명을 ‘이 사건 특허발명’이라 하고, 위 발명에 대한 특허권을 ‘이 사건 특허권’이라 한다).

다. 원고는 2021. 9. 10. 임시주주총회를 개최하여 문CC로부터 이 사건 특허권에 관한 지분 60%를 양수하기로 의결하였고, 2021. 9. 23. 문CC에게 지분 비율 60%에 상응하는 양수대금 000,000,000원을 지급하고 문CC로부터 위 지분을 양수하되, 위 양수대금과 문CC에 대한 가지급금을 상계처리하기로 하는 내용의 ‘특허권 양수도계약’을 체결하였다(이하 ‘이 사건 양도계약’이라 한다).

라. 원고는 위 양수대금 000,000,000원을 문CC의 기타소득으로 보아 소득세를 원천징수한 후 피고에게 기타소득지급명세서를 제출하였고, 이 사건 특허권을 무형자산으로 계상하여 이 사건 특허권에 관한 감가상각비 00,000,000원을 손금산입한 과세표준으로 2021 사업연도 법인세를 신고하였다.

마. DD지방국세청장은 2022. 10. 11.부터 2022. 12. 15.까지 원고에 대한 법인세 조사를 실시한 결과, 이 사건 특허발명의 발명자는 원고이고 원고가 특수관계자인 문CC로부터 이 사건 특허권을 매입하여 법인자금을 부당하게 유출하였다고 판단하였고, 이에 피고는 2023. 1. 5. 원고에게 소득종류를 ‘상여’, 소득자를 ‘문CC’, 2021년 귀속 소득금액을 000,000,000원으로 하는 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 4. 4. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 11. 1. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 11, 12호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

이 사건 특허발명의 발명자는 문CC이고, 원고는 문CC에게 정당한 대가를 지급하고 이 사건 특허권에 관한 문CC의 지분을 양수하였으므로, 이 사건 특허권과 관련하여 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 사실이 없다. 따라서 문CC가 이 사건 특허발명의 발명자가 아니라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 법리

1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

법인세법 제52조 에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다.

이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조).

2) 특허법 제33조 제1항 본문은 발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 의하여 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하고 있는데, 특허법 제2조 제1호 는 ‘발명’이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다고 규정하고 있으므로, 특허법 제33조 제1항 에서 정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자(공동발명자를 포함한다)에 해당한다고 하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였다거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 한 경우 또는 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원ㆍ위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완하거나, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언ㆍ지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원 2012. 12. 27. 선고 2011다67705 판결 등 참조). 발명자에 해당하는지 여부는 특허출원서의 발명자란의 기재 여부와 관계 없이 실질적으로 정해지는 것이다(대법원 2011. 12. 13. 선고 2011도10525 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

앞서 든 증거들, 갑 제7, 10호증, 을 제3 내지 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 각 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 종합해 보면, 문CC가 아닌 원고가 이 사건 특허발명의 발명자에 해당하고, 그럼에도 원고 및 그 대표이사이자 최대주주인 문CC는 문CC를 특허권리자로 등록한 후 이를 원고에게 양도하는 형식을 취하여 그 양도대금과 원고의 문CC에 대한 가지급금을 상계처리하였다고 판단된다.

1) 원고는 2002. 1. 10. 설립되어 산업기계 제조업 및 판매업 등을 영위해 온 법인이고, 이 사건 특허발명은 원고가 제작·판매하는 압출기의 문제점 개선 및 성능 향상을 위한 것으로 보이는데, 이는 원고가 영위하고 있는 주된 사업과 밀접한 관련이 있다.

나아가 이 사건 특허발명의 내용을 구체적으로 살펴보면, 이 사건 특허발명은 ‘압출기에 원료가 투입되어 예열장치를 통과하면서 가열된 후 압출될 때까지 외기에 노출되어 점차 식어감으로써 원료의 변형 및 수축으로 이어져 압출 공정의 성능이 저하되는 문제점을 개선하기 위하여, 압출 기기의 내부에 여러 개구부를 마련함으로써 분사장치로 고압의 공기를 분사하여 이물질을 제거하는 공간 및 가열장치로 자체 온도를 높이는 공간을 확보하는 동시에, 내부에 설치된 감지센서들을 통해 각 공정을 자동으로 제어할 수 있도록 하는 방안을 제시하는 것’을 그 주요 내용으로 하고 있다.

위와 같은 기술내용 및 이 사건 특허발명에 관한 등록특허공보의 기재 내용 등에 비추어 보면, 이 사건 특허발명은 관련 산업현장에서 이용되는 구체적인 제조기술에 관한 것으로서 단순한 구상만으로는 개발이 어렵고, 기술의 실현 가능성, 효율성 등을 검증하기 위하여 시제품의 제작 및 여러 차례의 실험을 통한 실제 공정에의 적용 과정이 필요한 것으로 보이며, 그 과정에서 상당한 시설과 설비 또한 필요할 것으로 보인다(원고의 주장과 같이 이 사건 특허발명이 ‘방법의 발명’에 해당한다고 하여 특별히 달리 보기 어렵다).

2) 원고는 2009. 9.경부터 기업부설연구소를 개설하여 운영해 오고 있고 사내 기술팀을 별도로 운영하고 있기도 한데, 연구개발과 관련하여 2016년 000,000,000원, 2017년 000,000,000원, 2018년 000,000,000원, 2019년 000,000,000원, 2020년 000,000,000원, 2021년 000,000,000원을 지출하였고(을 제3호증), 이 사건 특허발명과 유사한 내용의 특허발명에 관하여 다수의 기존 특허를 보유하고 있기도 하다(을 제4호증 문답서 6내지 8면). 위와 같은 사정을 고려하면, 이 사건 특허발명이 원고 소속 부설연구소의 인력 및 시설과 무관하다고 보기 어렵고, 문CC가 원고가 보유한 인적·물적 자원과 무관하게 독자적으로 이 사건 특허발명을 위하여 연구·개발 활동을 할 만한 합리적 동기나 이유가 있다고 보기도 어렵다.

문CC도 세무조사과정에서 ‘이 사건 특허발명과 관련하여 귀하가 개인적으로 운영한 연구소, 도면작성 설비 및 테스트 시설이 있나요?’라는 질문에 ‘개인적으로 연구소를 운영한다는 것은 불가능합니다. 저의 노하우가 있으면 저희 법인 기술부에 자문을 의뢰해서 상의해서 발명하였습니다.’라고 답변하였고(을 제4호증 문답서 8면), ‘솔직히 개인이 이런 기계를 설계하고 실험하는 것은 불가능합니다. 제가 발명한 특허는 새로운 기술이 아니라 법인의 복합적인 제조 과정, 공정 과정, 안전사고의 감축 등과 관련된 것입니다. 원고가 이미 이러한 과정을 실험하고 상용화한 상태이므로 별도의 실험과정은 필요 없었습니다.’라고 진술하였으며(을 제4호증 문답서 9면), 원고가 보유하고 있는 기존 특허권의 발명 내용과 이 사건 특허발명의 차이점에 관하여 ‘기존 특허는 기계 제작 과정의 세부적인 내용이고, 이 사건 특허발명은 기존의 기계 제작 과정을 종합하여 문서화한 것’이라는 취지로 답변하였다(을 제4호증 문답서 8 내지 10면).

3) 문CC가 이 사건 특허의 발명에 관하여 기본적인 과제와 아이디어를 제공하거나 원고의 대표이사로서 연구자들을 일반적으로 관리한 정도를 넘어, 개인의 지위에서 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하였음을 뒷받침하는 객관적인 자료, 즉 연구ㆍ개발 활동에 필요한 재료 구입, 실험, 시제품 제작 등에 일부라도 개인의 자금을 투입하였거나 이를 직접 수행하였음을 확인할 수 있는 자료는 제출되지 아니하였다.

원고는 이 사건 특허권을 취득하기까지 소요된 비용, 즉 특허출원비용, 우선심사 신청수수료, 특허등록관련 수수료, 특허료 등을 모두 문CC가 부담하였다는 점을 그 주장의 근거로 제시하고 있으나, 이는 이 사건 특허발명의 고안·완성에 직접 소요된 비용이 아닐 뿐만 아니라, 문CC가 처음부터 이 사건 특허권을 개인 명의로 취득하고자 의도한 이상 본인이 특허출원비용을 직접 부담하였다고 하더라도 그러한 사정이 문CC가 이 사건 특허발명의 발명자라는 근거가 된다고 볼 수는 없다.

또한 원고는 문CC가 이 사건 특허발명을 직접 고안·완성하였음을 뒷받침할 증거로 문CC가 작성한 연구일지(갑 제7호증)를 제출하였다. 위 연구일지에 이 사건 특허발명의 기본적인 과제와 아이디어가 기재되어 있는 것으로 보이기는 하나, 실제 구체적인 연구과정을 알 수 있는 내용이 포함되어 있지 않고, 이 사건 특허발명을 완성하기까지 ‘오류의 발견과 수정’과 같은 시행착오에 관한 내용도 발견할 수 없다. 또한 문CC는 세무조사과정에서 ‘연구일지는 제가 구두로 설명하여 컨설팅 업체에서 작성해준 것입니다’라고 진술하여 사후적으로 작성된 것임을 인정하기까지 하였다(을 제4호증 문답서 8면). 이러한 사정들에 비추어 보면, 위 연구일지 또한 문CC가 이 사건 특허발명의 발명자라는 근거가 된다고 볼 수는 없다고 봄이 타당하다.

4) 문CC는 세무조사과정에서 이 사건 특허권의 등록 및 이 사건 양도계약의 체결 경위에 관하여 아래와 같이 진술하였는바(을 제4호증 문답서 5, 9 내지 10면), 이를 살펴보면 원고의 문CC에 대한 가지급금을 면제하거나 줄이려는 의도로 외부 업체의 컨설팅을 통하여 이 사건 특허권을 문CC 명의로 등록한 후 이 사건 양도계약의 체결에 이르렀음을 충분히 확인할 수 있다.

다. 소결론

결국, 이 사건 양도계약의 실질은 이 사건 특허권에 대한 정상적인 대가가 아니라 문CC의 원고에 대한 가지급금 채무를 면하기 위하여 대외적으로 양도의 형식을 취한 것으로서 원고의 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되므로 부당행위계산의 부인대상에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 특허권의 양도대금을 문CC에 대한 상여로 소득처분한 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.