대법원 전원합의체 판결에 따라 신탁부동산 처분에 따른 부가가치세 납세의무자가 위탁자에게 수탁자로 변경된 상황에서 관련 매입세액을 위탁자가 받을 수 있는지 여부

대법원 전원합의체 판결에 따라 신탁부동산의 처분에 대한 부가가치세 납세의무자가 위탁자에서 수탁자로 변경됨에 따라 관련 매입세액을 수탁자가 공제받아야 하며, 위탁자의 매입세액 공제대상이 되지 아니한다.

신탁부동산 처분 부가가치세 납세의무자 위탁자 수탁자 매입세액 공제 매출세액

사 건

2023누57397 부가가치세부과처분취소

원 고

디*

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 04. 05.

판 결 선 고

2024. 05. 10.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 5. 16. 원고에 대하여 한 2016년 제2기분 부가가치세 **원의 경정청구 거부처분 중 **원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가.원고는 건설업, 부동산매매 및 임대업 등을 영위할 목적으로 1981. 1. 10. 설립된 법인으로, 2014. 3.경부터 2016. 6.경까지 주식회사 **신탁, □□신탁 주식회사, △△신탁 주식회사, ■■신탁 주식회사, ▲▲신탁 주식회사(이하 ‘이 사건 신탁회사들’이라 한다)와 사이에 수탁자인 이 사건 신탁회사들이 위탁자인 원고로부터 사업부지의 소유권과 인허가명의, 공사도급 계약자 지위 등을 이전받아 그 지상에 오피스텔이나 아파트 등 건물을 신축하여 분양하는 사업(이하 ‘이 사건 분양사업’이라 한다)의 시행자가 되어 건물을 신축하여 분양하되 사업비 조달은 원고가 하기로 하는 내용의 관리형 토지신탁계약(이하 ‘이 사건 신탁계약’이라 한다)을 체결하였다.

나. 이 사건 신탁회사들은 이 사건 신탁계약에 따라 건물신축사업을 진행하여 2016년 제2기에 신탁재산인 오피스텔, 아파트를 분양하였고, 원고는 이에 따른 부가가치세 납세의무자가 위탁자인 원고임을 전제로 위 분양 관련 매출세금계산서를 발급하여 이를 매출세액의 과세표준으로 하는 한편, 관련 매입세액을 공제하여 2016년 제2기 부가가치세 *원을 신고·납부하였다.

다. 그런데 이후 대법원이 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결(이하 ‘이 사건 전원합의체 판결’이라 한다)을 통하여 신탁재산의 처분 시 부가가치세 납세의무자는 위탁자가 아닌 수탁자라고 판시하자, 원고는 2022. 1. 17. 2016년 제2기 납세의무자는 원고가 아니라 이 사건 신탁회사들이라는 이유로 2016년 제2기 부가가치세와 관련하여 *원을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2022. 5. 16. 원고의 위 경정청구를 거부하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2022. 8. 8. 조세심판청구를 하였고, 조세심판원은 2022. 11. 17. ‘신탁재산 처분 시 거래징수한 매출세액을 감액하는 한편 신탁재산 처분과 관련한 매입세액은 불공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.’고 결정하였다. 이에 따라 피고는 원고가 신고·납부한 2016년 제2기 부가가치세와 관련한 매출세액을 감액하고, 관련 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 불공제(이하 ‘이 사건 매입세액 불공제’라 한다)하여 2022. 11. 30. 환급금 *원 및 환급가산금 *원, 합계 *0원을 원고에게 환급하였다(이하 피고가 원고에게 환급한 금원을 초과한 부분을 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가.원고 주장의 요지

1) 이 사건 전원합의체 판결은 신탁재산 공급에 관한 매출세액 납세의무자만 수탁자로 변경하였고, 사업자에 대하여는 여전히 위탁자로 보는 기존의 입장을 그대로 유지하였다. 또한 매출세액 납세의무자만이 관련 매입세액의 공제를 받을 수 있다는 입장은 이 사건 전원합의체 판결 선고 이후 개정된 부가가치세법 규정들과 상충된다. 따라서 이 사건 과세기간인 2016년 제2기 당시는 물론 이 사건 전원합의체 판결 선고 후 현재까지 부가가치세 법리를 적용하더라도 매입세액은 수탁자가 아니라 이를 징수당한 위탁자가 공제받을 수 있다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

2) 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조 제1항은 조세심판에 쟁점주의를 채택하고 있는바, 원고는 이 사건 전원합의체 판결에 따라 2016년 제2기 부가가치세 매출세액의 환급을 청구하였을 뿐이므로, 조세심판원은 원고의 위 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 거부처분이 정당한지 여부만을 심리할 수 있음에도 이를 넘어 매입세액 공제 여부까지 판단한 것은 위법하다. 설령 조세심판에 총액주의가 적용된다 하더라도, 매입세액 공제 여부는 매출세액 환급 여부와는 전혀 다른 쟁점이어서 원고의 경정청구에 대한 심판의 부수처분이 될 수 없으므로, 부과제척기간이 경과한 시점에서 정당세액 산출이라는 명목으로 조세심판원이 이를 심판할 수는 없다. 나아가 피고는 경정청구 단계에서는 매입세액 불공제에 대하여 어떠한 주장도 하지 않다가, 조세심판 단계에 이르러서야 “납세의무자를 수탁자로 볼 경우 매입세액 역시 불공제해야 한다.”는 취지로 주장만 하였을 뿐 이와 관련하여 구체적인 주장을 하거나 근거자료를 제출하지 않아 정당한 세액을 특정할 수 없었음에도 조세심판원은 이 사건 매입세액 불공제가 타당하다는 잘못된 전제하에 정당한 세액을 산출하지도 아니한 채 매출세액을 취소함과 동시에 이 사건 매입세액을 불공제하는 위법한 결정을 하였고, 피고는 이러한 위법한 결정에 기해 국세기본법상의 특례부과제척기간을 적용하여 부과제척기간 만료에 불구하고 이 사건 거부처분을 하였으므로 위법하다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

3) 원고가 2017. 1. 25. 2016년 제2기에 대한 부가가치세를 신고ㆍ납부할 당시 신탁재산 처분에 관한 매출세액 납세자가 수탁자가 아니라 위탁자는 점은 확고한 판례 법리였고, 과세관청의 유권해석 역시 위탁자가 용역을 공급받으면서 지급한 매입세액이 공제 대상이라는 점을 분명히 밝혀 왔다. 원고는 위와 같은 공적 견해 표명을 신뢰하였고, 그러한 신뢰에 기초하여 이 사건 매입세액을 2016년 제2기 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고ㆍ납부한 것인바, 원고가 2016년 제2기에 대한 부가가치세를 신고ㆍ납부한 시점으로부터 무려 4개월이 지난 후에야 선고된 이 사건 전원합의체 판결의 법리를 근거로 원고에 대하여 이 사건 매입세액을 불공제하는 것은 신뢰보호의 원칙 내지 신의성실의 원칙에 반하여 위법하다(이하 ‘제3주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 제1주장에 대한 판단

1) 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1호는 ‘사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급’이라는 거래를 부가가치세 과세대상으로 규정하고 있고, 제3조 제1호는 제2조 제3호에서 ‘사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’라고 정의하고 있는 ‘사업자’를 부가가치세 납세의무자로 정하고 있다. 그리고 구 부가가치세법 제9조 제1항 은 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.”고 규정하고, 제11조 제1항은 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.”고 규정하면서 제1호에서 ‘역무를 제공하는 것’을 정하고 있다. 한편, 구 부가가치세법 제37조 제2항 은 “납부세액은 제1항에 따른 매출세액에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. 이 경우 매출세액을 초과하는 부분의 매입세액은 환급세액으로 한다.”고 규정하고, 제38조 제1항 제1호는 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 규정하고 있다.

2) 부가가치세는 재화나 용역이 생산․제공되거나 유통되는 모든 단계에서 창출된 부가가치를 과세표준으로 하고 소비행위에 담세력을 인정하여 과세하는 소비세로서의 성격을 가지고 있지만, 앞서 본 바와 같이 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다. 그리고 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급으로서의 인도 또는 양도는 재화를 사용․소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 행위를 전제로 하므로, 재화를 공급하는 자는 위탁매매나 대리와 같이 부가가치세법에서 별도의 규정을 두고 있지 않는 한 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 그 재화를 사용․소비할 수 있는 권한을 이전하는 행위를 한 자를 의미한다고 보아야 한다(이 사건 전원합의체 판결 등 참조). 이 사건 전원합의체 판결의 취지는 부가가치세는 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다는 것인데, 앞서 본 바와 같이 부가가치세법상 납세의무자는 사업자를 의미하고(구 부가가치세법 제3조 제1호 ), 구 부가가치세법 제37조 제2항 에 따르면 부가가치세 납세의무자가 납부할 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액인 점 등에 비추어 볼 때, 납부세액인 매입세액이 공제되는 납세의무자에 대한 판단 역시 재화 또는 용역의 공급이 라는 거래행위를 기준으로 판단함이 타당하다.

이와 관련하여 원고는, 이 사건 전원합의체 판결은 신탁재산 공급에 관한 매출세액 납세의무자만 수탁자로 변경하였고, 사업자에 대하여는 여전히 위탁자로 보는 기존의 입장을 그대로 유지하였으므로, 위 전원합의체 판결 전후를 불문하고 거래상대방에게 매입세액을 지급한 위탁자인 원고가 이를 공제받을 수 있다는 취지로 주장한다. 그러나 위 판결에서 명시적으로 매출세액 납세의무자만 수탁자로 변경하고 사업자에 대하여는 여전히 위탁자로 본다고 판시하였다고 보이지 아니하고, 오히려 위 판결의 주된 논거는 ‘수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁재산을 관리․처분하면서 재화를 공급하는 경우 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로, 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 그 재화를 사용․소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 한다’는 것인바, 이러한 논리에 따르면 신탁재산의 처분 이전 단계에서 신탁재산을 관리하면서 재화 또는 용역을 공급받는 거래의 경우에도 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약 당사자가 되어 재화 등을 공급받은 수탁자가 거래의 외형상 재화 등을 공급받은 자로서 관련 매입세액을 공제받는 주체에 해당한다고 보아야 할 것이다. 그렇다면 이 사건에서 이 사건 분양사업과 관련하여 건설업체들로부터 공사용역을 공급받는 내용의 거래행위를 한 자는 원고로부터 공사도급 계약자 지위를 이전받은 수탁자인 이 사건 신탁회사들이므로, 원고가 아닌 이 사건 신탁회사들이 이 사건 매입세액을 공제받는 자에 해당한다.

3) 앞서 본 바와 같이 구 부가가치세법 제3조 제1호 는 ‘영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’인 사업자를 부가가치세 납세의무자로 정하고 있고, 구 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 에서는 ’사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액‘을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 규정하여 사업관련성을 매입세액 공제의 요건으로 정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 ’제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.‘고 하여 사업 관련성이 있는 매입세액과 대응하는 매출세액에서 위 매입세액을 공제하는 것으로 정하고 있다. 그런데 신탁재산의 관리·처분에 관하여 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 사업자 및 납세의무자는 수탁자이므로(이 사건 전원합의체 판결 참조), 사업관련성 역시 수탁자를 기준으로 인정하여야 할 것인바, 위탁자가 사업과 관련하여 지출한 비용이 있다 하더라도 위 비용에 관하여 매입세액 공제의 요건을 갖추었다고 보기 어렵다.

4) 구 부가가치세법 제31조 는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 그 공급을 받는 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부하여야 한다고 규정하고, 제37조 제2항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 기존에 지급한 매입세액을 공제한 금액으로 하고, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액으로 한다고 규정함으로써, 이른바 전단계세액공제 제도를 채택하고 있다. 이는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제⋅환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 한다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99다33984 판결 등 참조).

위와 같은 구조에서는 각 거래단계에서 징수되는 매출세액이 그에 대응하는 매입세액의 공제⋅환급을 위한 재원이 되므로 그 매출세액이 제대로 국가에 납부되지 않으면 부가가치세의 체제를 유지하는 것이 불가능하게 된다. 그런데 원고의 주장과 같이, 재화 또는 용역을 공급받은 자가 공제⋅환급 받은 매입세액의 재원이 되는 매출세액은 ‘해당 거래에서 재화 또는 용역을 공급하였던 자가 이를 공급받은 자로부터 공급대가의 일부로서 거래징수한 부가가치세에 해당하는 매출세액’을 의미하는 것인바(즉, 이 사건에서 이 사건 매입세액 공제의 재원이 되는 매출세액은, 이 사건 신탁회사들이 신탁재산을 처분하면서 납부하는 매출세액이 아니라, 건설업자들이 공사용역을 공급하는 과정에서 거래징수한 부가가치세이다), 이 사건과 같은 신탁계약의 경우에 부가가치세 납세의무자(수탁자)와 매입세액을 공제받을 수 있는 주체(위탁자)를 분리하더라도 국고의 유출이 발생하여 그 부담이 일반 국민에게 전가되는 위험이 생긴다고 볼 수는 없다. 그러나 앞서 본 바와 같이 전단계세액공제 제도는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제⋅환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 하는 것이고, 구 부가가치세법 제37조 제2항 이 부가가치세 납세의무자인 각 사업자의 납부세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 기존에 지급한 매입세액을 공제한 금액이라고 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 현행 부가가치세법에서 채택하는 전단계세액공제 방식은 종전 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급받아 매입세액을 공제⋅환급받은 사업자가 다음 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급함으로써 매출세액 상당의 부가가치세를 납부하는 것임을 전제하고 있다고 보이므로, 부가가치세법령에서 납세의무자와 매입세액을 공제받을 수 있는 주체가 일치하지 않을 수 있는 경우를 명시하거나 이를 전제하는 내용의 별도의 규정이 없는 이상, 하나의 사업에서 부가가치세 납세의무자와 매입세액을 공제받을 수 있는 주체가 분리될 수 있다고 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 분양사업의 위탁자인 원고가 매입세액을 공제받고 수탁자인 이 사건 신탁회사들이 매출세액을 납부하는 것은, 국고 손실을 야기하지 않는 것과는 무관하게, 전단계세액공제 제도의 본질과 부가가치세법령의 내용 등에 반하는 것이다.

5) 부가가치세법 시행령이 2021. 2. 17. 대통령령 제31445호로 일부 개정되면서 “법 제3조 제2항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 수탁자가 위탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우”및 “법 제3조 제3항에 따라 부가가치세를 납부해야 하는 위탁자가 수탁자를 재화 또는 용역을 공급받는 자로 하여 발급된 세금계산서의 부가가치세액을 매출세액에서 공제받으려는 경우로서 그 거래사실이 확인되고 재화 또는 용역을 공급한 자가 법 제48조ㆍ제49조 또는 제66조ㆍ제67조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 납부세액을 신고하고 납부한 경우”에는 세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우라 하더라도 매입세액을 공제받을 수 있도록 하는 제75조 제11호와 제12호가 신설되었고, 위 각 규정은 2022. 1. 1.부터 시행되었다. 그러나 위 부가가치세법 시행령 각 규정에 의하더라도 매입세액 공제를 받을 수 있는 자는 어디까지나 부가가치세를 납부해야 하는 수탁자 또는 위탁자뿐이므로, 부가가치세 납부 의무가 없는 위탁자인 원고는 위 부가가치세법 시행령이 시행된 이후라 하더라도 매입세액 공제를 받을 수 없다.

6) 원고는, 부가가치세법이 매입세액 공제를 위한 요건으로 ’세금계산서 수취‘를 강제하고 있으므로 매입세금계산서를 발급받은 위탁자인 원고에 대하여 매입세액을 공제하여야 하고, 부가가치세법상 세금계산서는 발급시기가 정해져 있으므로, 이 사건의 경우 수탁자가 매입세금계산서를 발급받아 매입세액공제를 받을 방법이 없다는 취지로 주장한다. 그러나 부가가치세법 제32조 제7항 은 “세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.”라고 규정하고 있어, 이 사건의 경우 이 사건 매입세액 관련 거래처가 착오로 인한 수정세금계산서를 발급할 수 있을 것으로 보이고, 이 때 당초 세금계산서 발행일이 속하는 과세기간과 수정세금계산서의 실제 발행일이 속하는 과세기간이 서로 다른 경우라 하더라도 수정계산서의 발행이 불허된다고 할 수는 없다(대법원 2013. 10. 17. 선고 2010두12972 판결 참조). 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

7) 원고는, 부가가치세법상 매입세액 공제와 법인세법상 손금산입 모두 ‘사업관련성’을 요구하고 있는바, 원고가 공급받은 공사용역 원가를 법인세법상 손금으로 인정하는 경우 그에 관한 이 사건 매입세액을 공제하는 것이 각 법률 사이의 체계적 관련성 내지 전체 법체계와 조화를 이루는 해석에 해당한다고 주장한다. 부가가치세법 시행령 제77조 는 “법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조 , 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.”고 규정하고 있는바, 부가가치세법상 매입세액 공제와 법인세법상 손금산입에서 요구하는 ‘사업관련성’의 의미가 서로 일치하는 것으로 보이기는 한다. 그러나 법인세법 제19조 제1항 은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용(이하 ‘손비’라 한다)의 금액으로 한다.“고 규정하고, 제2항은 ”손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.“고 규정하고 있는바, 손금 산입의 주체는 해당 손실 또는 비용이 실질적으로 귀속되는 자를 의미한다. 반면, 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠는 것으로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부는 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하는 것이다(이 사건 전원합의체 판결 참조). 따라서 ‘사업과 관련하여 발생된 지출’이 법인세법상 손금에 해당하는 동시에 부가가치세법상 공제되는 매입세액에도 해당할 수 있으나, 그렇다고 하여 손금 산입의 주체와 매입세액 공제의 주체가 항상 일치하는 것은 아니므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

8) 원고는, 구 부가가치세법 제10조 제7항 , 제12조, 제50조 내지 제53조 등의 규정을 들어 부가가치세법상 납세의무자가 반드시 매입세액을 공제받을 수 있는 것은 아니라고 주장하나, 원고가 들고 있는 규정들은 조세행정 및 납세자의 편의를 위해 예외적으로 부가가치세의 납부나 징수의 특례를 정한 것으로 보일 뿐이고, 납세의무자와 매입세액을 공제받을 수 있는 자가 분리될 수 있음을 전제하고 있는 규정으로 보이지 않으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

9) 원고는, 위탁자와 수탁자 사이의 구체적인 법률관계는 사적자치에 따라 당사자들이 신탁계약으로써 정할 사항으로, 신탁 법률관계에 있어 신탁재산의 명의가 위탁자로부터 수탁자로 이전되는 것과 별개로 위탁자가 해당 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받을 수 있는 것이고, 위탁자로부터 수탁자로의 신탁재산의 이전은 거래의 외형이 존재함에도 불구하고 이 사건 전원합의체 판결 선고 이후 입법자는 부가가치세법 제10조 제9항 제4호 가목을 통해 ‘신탁재산의 소유권 이전으로서 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우는 재화의 공급으로 보지 아니한다’는 특례규정을 두었는바, 신탁의 경우 매출세액 납부 주체와 매입세액 공제 주체가 분리될 수 있다는 취지로도 주장한다. 그러나 부가가치세법상 매입세액 공제 주체가 누구인지는 국가의 과세처분이라는 공법적인 관계에 관한 문제이므로 사적자치의 원칙이 직접적으로 적용된다고 볼 수 없고, 2017. 12. 19. 법률 제15223호로 신설된 부가가치세법 제10조 제9항 제4호 가목은, 신탁법상 신탁계약이 이루어져 수탁자 앞으로 부동산의 소유권이전 등기가 마쳐지면 대내외적으로 그 소유권이 수탁자에게 완전히 이전되는 것이지만(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두26852 판결 등 참조), 수탁자는 신탁법상 신탁계약에서 정한 제한의 범위 내에서만 신탁재산을 관리․처분할 수 있게 될 뿐 재화의 공급이라는 일종의 거래행위가 있었다고 보기는 어렵다는 점에서 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정한 것이지, 이를 근거로 신탁의 경우 부가가치세 매출세액 납부 주체와 매입세액 공제 주체가 분리될 수 있다고 해석할 것은 아니라고 보인다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

10) 원고는, 이 사건 매입세액을 불공제하는 것이 신탁재산의 처분과 관련하여 위탁자의 매입세액 공제를 인정하던 국세청, 기획재정부의 예규와 유권해석에 어긋나는 것이라고 주장하기도 하나, 원고가 들고 있는 국세청, 기획재정부의 예규와 유권해석은 이 사건 전원합의체 판결 선고 전의 것이거나, 부가가치세법이 2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정된 후 2020. 12. 22. 법률 제17653호로 개정되기 전까지 신탁재산의 처분과 관련하여 부가가치세 납세의무자를 위탁자로 보던 시기의 것이다. 나아가 국세청, 기획재정부의 예규는 행정규칙으로서 법원이나 납세의무자 등을 구속할 수 없으므로, 설령 원고의 주장과 같이 신탁재산의 처분과 관련하여 위탁자의 매입세액 공제를 인정하던 국세청, 기획재정부의 예규가 있었다고 하더라도 법원은 이와 달리 판단할 수 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

11) 원고는, 부가가치세법 제39조 제1항 에 열거되지 않은 경우임에도 매입세액을 불공제하는 것은 매입세액 불공제의 대상을 한정적으로 보고 있는 대법원 1995. 12. 21. 선고 94누1449 전원합의체 판결의 취지에 반하고, 따라서 이 사건 매입세액이 부가가치세법 제39조 제1항 각 호에 열거된 사유에 해당하지 않는 이상 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 에 따라 이를 공제되는 매입세액으로 봄이 타당하다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 부가가치세법상 이 사건 분양사업의 사업자가 위탁자인 원고가 아니라 수탁자인 이 사건 신탁회사들이고, 부가가치세의 매출세액 부담자와 매입세액의 공제의 주체를 분리할 수 없으므로, 이 사건 분양사업과 관련하여 부가가치세의 납세의무자인 이 사건 신탁회사들이 매출세액에서 이 사건 매입세액을 공제할 수 있을뿐이고, 이 사건 분양사업의 사업자가 아닌 원고와 관련하여 이 사건 매입세액은 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 의 ‘사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’에 해당하지 아니하여 같은 법 제39조 제1항 제4호에 따라 불공제 대상에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

12) 신탁사업에 따른 부가가치세의 실질적인 부담주체는 신탁자와 수탁자 사이의 자유로운 계약에 따라 정해지는 것이고, 만일 신탁자가 매입세액을 공제받지 못한다고 하더라도 수탁자가 매입세액 공제를 받은 후 당사자 사이에서 최종적인 정산이 예정되는 점을 고려해 보면, 앞서 본 바와 같이 납세의무자인 수탁자만이 매입세액의 공제를 받을 수 있다고 해석하는 것이 납세자의 권리를 침해하는 부당한 결과를 초래한다고 보기도 어렵다(이 사건에서는 부과제척기간의 도과로 인하여 수탁자에 대한 부가가치세 과세도 불가능하다).

라. 제2주장에 대한 판단

1) 조세심판원은 2022.11. 17. “수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁재산을 관리·처분하면서 재화를 공급하는 경우 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로, 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공급이라는 거래행위를 통하여 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게 이전한 수탁자로 보아야 한다. 따라서 처분청이 신탁사업 관련 부가가치세 납세의무자를 위탁자인 청구법인(이 사건 원고이다, 이하 같다)으로 보아 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 잘못이므로, 청구법인이 납세의무자가 아닌 것으로 보아 쟁점신탁계약 관련 매출세액을 감액하여야 한다. 다만 부가가치세의 납세의무자를 수탁자로 판단한 이상 관련 매입세액을 수탁자가 공제받는 것이 타당하므로, 매출세액과 관련된 매입세액도 불공제하여 최종적으로 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다.”라는 취지로 판단하여 “ ○○ 세무서장(피고)이 2022. 5. 19. 청구법인에 한 2016년 제2기 부가가치세의 경정청구 거부처분은, 청구법인(원고)이 2014년 3월 등 주식회사 **신탁 외 4개사와 신탁계약을 체결하고 관련 신탁재산 처분 시 거래징수한 매출세액을 감액하는 한편, 신탁재산 처분과 관련한 매입세액을 불공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.”라고 결정하였다.

그런데 이 사건 매입세액은 이 사건 신탁계약에 따라 오피스텔이나 아파트 등 건물을 신축하여 분양하는 이 사건 분양사업을 시행한 수탁자인 이 사건 신탁회사들에게 공급된 건축 용역 등에 관한 것으로서 해당 사업자이자 납세의무자인 수탁자만이 이를 공제받을 수 있고, 납세의무가 부인된 위탁자인 원고에 대하여 이 사건 매입세액을 공제하는 것은 허용되지 아니하므로, 위와 같은 조세심판원의 판단에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵다.

2) 이에 대하여 원고는, 구 국세기본법 제79조 제1항 은 조세심판의 심리에 있어 쟁점주의를 취하고 있는데, 매출세액의 납세의무자 판단과 매입세액 공제요건은 판단의 근거법령과 과세요건이 완전히 다르므로, 원고가 청구하지 않은 매입세액 공제 여부를 판단한 조세심판원의 결정은 위법하다는 취지로 주장한다.

그러나 과세처분 취소소송에 있어서의 심판대상 즉 소송물은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부로서, 과세처분 취소소송의 심리는 쟁점주의가 아닌 총액주의에 따르고(대법원 1989. 3. 28. 선고 88누6504 판결, 대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결 등 참조), 이는 조세심판에서도 마찬가지로 적용된다. 나아가 구 국세기본법 제79조 제1항 은 “조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.”라고 규정하고 있는바, 위 규정 역시 불고불리가 적용되는 대상의 단위를 ‘처분’으로 명확하게 규정하고 있으므로, 위 규정이 원고의 주장처럼 과세처분의 취소소송의 소송물과 달리 쟁점주의를 규정한 것으로 볼 수는 없다. 또한 부가가치세법상 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로, 매출세액과 매입세액은 부가가치세액의 계산을 위한 요소에 불과하고, 별개의 과세단위나 소송물을 이룬다고 볼 수도 없다. 따라서 납세의무자가 아니라는 이유로 위탁자의 매출세액을 취소하는 과정에서 관련 매입세액을 불공제하는 것은 정당한 세액을 산출하는 과정에 불과한 것이고, 이로 인해 부과제척기간의 취지가 몰각되는 것이라고 볼 수 없다. 결국 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 한편 원고는, 조세심판원이 정당한 세액을 산출하지도 아니한 채 2016년 제2기 부가가치세의 과세표준과 세액을 경정하는 결정을 하였으므로 위법하다는 취지로도 주장한다. 그런데 구 국세기본법 제80조의2 , 제65조 제1항 제3호는 “심판청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소ㆍ경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만, 취소ㆍ경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 취소ㆍ경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.”고 규정하고 있다. 앞서 본 바와 같이 조세심판원은 원고의 심판청구가 일부 이유 있다고 인정된다는 판단 하에 이에 대한 경정 결정을 한 것이고, 그 과정에서 반드시 정당한 세액을 산출하여야 한다고는 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) 결국 피고는 위법한 결정에 기해 구 국세기본법상의 특례부과제척기간을 적용하여 부과제척기간 만료에 불구하고 이 사건 처분을 한 것이 아니므로, 이 부분 원고의 주장은 모두 이유 없다.

마. 제3주장에 대한 판단

1) 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 참조). 그러나 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이므로, 과세관청의 행위에 대하여 이를 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조). 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조).

그리고 신뢰보호의 원칙은 행정청이 공적인 견해를 표명할 당시의 사정이 그대로 유지됨을 전제로 적용되는 것이 원칙이므로, 사후에 그와 같은 사정이 변경된 경우에는 그 공적 견해가 더 이상 개인에게 신뢰의 대상이 된다고 보기 어려운 만큼, 특별한 사정이 없는 한 행정청이 그 견해표명에 반하는 처분을 하더라도 신뢰보호의 원칙에 위반된다고 할 수 없다(대법원 2020. 6. 25. 선고 2018두34732 판결 등 참조).

한편 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였다는 사실은 납세자가 주장·입증하여야 한다고 보는 것이 상당하다(대법원 1992. 3. 31. 선고 91누9824 판결 등 참조).

2) 살피건대, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음의 사정을 종합하면, 이 사건 전원합의체 판결 및 그 이후 개정된 부가가치세법령 규정 등을 근거로 원고에 대하여 이 사건 매입세액을 불공제하는 것이 신뢰보호의 원칙 내지 신의성실의 원칙에 반하는 것으로서 위법하다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

가) 비록 종전 대법원 판례들이 이 사건 전원합의체 판결이 선고되기 전에 ‘신탁 재산의 공급에 따른 부가가치세의 납세의무자는 그 처분 등으로 발생한 이익과 비용이 최종적으로 귀속되는 신탁계약의 위탁자’임을 판시하여 오긴 하였으나, 매입세액의 공제 주체 역시 위탁자라는 점까지 명시적으로 설시한 것은 아니었을 뿐 아니라, 사법기관인 대법원에서 선고한 판례 법리를 과세관청의 견해 표명이라고 보기는 어렵다.

나) 원고가 주장하는 과세관청의 유권해석(부가 46015-574)의 경우, ‘신탁을 원인으로 토지소유권을 이전받아 건물 신축․분양시 세금계산서 교부방법’이라는 제목하에 그 답변내용으로 “부동산 신탁회사가 토지소유자로부터 신탁법에 의한 신탁을 원인으로 토지의 소유권을 이전받은 후 신탁약정에 따라 건설업자에 도급을 주어 당해 토지에 건물을 신축하여 분양 또는 임대하여 주고 신탁수수료를 받는 경우에는 건설업자로부터 당해 건물 신축용역에 대한 세금계산서를 토지소유자가 교부(세금계산서 비고란에 부동산 신탁회사 명의를 부기함)받는 것이며,

또한 토지소유자가 당해 건물분양 및 임대와 관련하여 자기의 명의로 교부한 세금계산서의 매출세액이 있는 때에는 당해 매입세금계산서상의 매입세액을 공제하여 그 차감세액을 신고하여 납부하거나 환급받는 것입니다.”고 기재되어 있다.

위 유권해석은 ‘건설업자의 건물 신축용역에 대한 세금계산서를 토지소유자가 교부하는 것임’을 주된 내용으로 하는 것으로 보이고, 답변내용 중 ‘토지소유자가 당해 건물분양 및 임대와 관련하여 자기의 명의로 교부한 세금계산서의 매출세액이 있는 때에는 당해 매입세금계산서상의 매입세액을 공제하여 그 차감세액을 신고하여 납부하거나 환급받는 것’이라는 부분은 부가가치세법상 일반적인 부가가치세 산정 법리를 적용한 것에 불과할 뿐, 이를 두고 신탁계약의 경우 매입세금계산서상의 매입세액을 공제 받는 주체가 수탁자가 아닌 토지소유자(위탁자)라는 법적인 쟁점을 드러냈다고 볼 수 는 없다.

따라서 위 과세관청의 유권해석을 납세자로 하여금 정당한 기대를 가지게 할 만 한 신뢰를 부여하는 공적인 견해표명에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 그 밖에 어떠한 공적 견해표명의 존재를 인정할만한 증거가 없다.

다) 설령 위 과세관청의 유권해석을 납세자로 하여금 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰를 부여하는 공적인 견해표명에 해당한다고 보더라도, 이러한 과세관청의 유권해석은 신탁계약의 경우 부가가치세의 납세의무자가 위탁자라는 기존의 대법원 판례의 법리를 기초로 한 것인데, 앞서 본 바와 같이 2017. 5. 18. 신탁계약의 경우 부가가치세의 납세의무자가 수탁자라는 취지의 이 사건 전원합의체 판결이 선고되고, 부가가치세법이 2017. 12. 19. 및 2020. 12. 22. 2차례에 걸쳐 개정되어 신탁계약의 경우 원칙적으로 수탁자가 부가가치세의 납세의무자라고 규정하기에 이르렀으므로, 위와 같은 과세관청의 유권해석은 그와 같은 공적 견해를 표명할 당시의 기초 사정에 중대한 변경이 있다고 할 것이어서 더 이상 원고와 같은 부가가치세 납세의무자의 신뢰의 대상이 된다고 보기 어렵다.

라) 더욱이 원고는 조세심판원에 심판청구를 하면서 이 사건 전원합의체 판결을 근거로 2016년 제2기 납세의무자는 위탁자인 원고가 아니라 수탁자인 이 사건 신탁회사들이라고 주장하여 신탁재산 처분 시 거래징수한 매출세액을 감액하는 내용의 결정을 받았으면서, 신탁재산 처분과 관련한 매입세액의 공제는 신뢰보호원칙에 따라 위탁자인 원고에 대하여 이루어져야 한다고 상반된 주장을 하고 있는바, 이는 이 사건 전원합의체 판결을 자신에게 유리한 방향으로만 취사선택하여 적용하는 것으로 선별적, 부분적으로 신뢰보호를 주장하는 셈이어서 부당하다.

마) 따라서 매출세액의 납세의무자가 원고가 아닌 이 사건 신탁회사들이라고 보는 이상 이 사건 매입세액의 공제 주체 역시 원고가 아니라고 봄이 합당한 결론이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.