수익사업에서 발생한 소득금액이 장차 고유목적사업 등에 지출될 가능성이 없다는 이유로 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 볼 수는 없음

이 사건 부동산 양도차익은 이 사건 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액으로서 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따른 차감대상 금액에 해당하지 않으므로, 구 법인세법 제29조 제1항 제4호의 ‘수익사업에서 발생한 소득’으로서 이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함된다고 보아야 한다.

고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함되는 ‘수익사업에서 발생한 소득’은 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따라 ‘해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액’에서 ‘구 법인세법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액, 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 결손금 및 구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금’을 각각 차감하여 계산하여야 하고, 그 문언과 달리 어떠한 소득금액이 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 것임에도 장차 고유목적사업 등에 지출될 가능성이 없다는 이유로 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 볼 수는 없다.

대 법 원

제 2 부

판 결

사 건 2021 두 31535 법인세경정청구거부처분취소

원고 , 상 고 인 학교법인 AA 학원

피고 , 피상고인 00 세무서장

원 심 판 결 서울고등법원 2020. 12. 17. 선고 2020 누 42349 판결

판 결 선 고 2024. 7. 25.

주 문

원심판결을 파기하고 , 사건을 서울고등법원에 환송한다 .

이 유

상고이유 ( 상고이유서 제출기간이 지난 뒤에 제출된 상고이유보충서 기재는

상고이유를 보충하는 범위에서 ) 를 판단한다 .

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 기록에 따르면 , 다음과 같은 사실을 알 수 있다 .

가 . 사립학교법에 따라 설립된 학교법인인 원고는 20xx 년경 당초 수익사업에 제공하던 부동산 ( 이하 ‘ 이 사건 부동산 ’ 이라 한다 ) 에 대하여 교육부장관으로부터 처분대금 용도를 ‘ 수익용 기본재산의 대체취득 ’ 으로 하여 처분허가를 받은 다음 이를 양도하였고 , 그 결과 처분이익이 0,000,000,000 원 ( 이하 ‘ 이 사건 부동산 양도차익 ’ 이라 한다 ) 발생하였다 .

나 . 원고는 구 법인세법 (2018. 12. 24. 법률 제 16008 호로 개정되기 전의 것 , 이하 같다 ) 제 29 조 제 1 항에 따라 00,000,000,000 원을 고유목적사업준비금으로 설정하고 , 같은 항 각호에 따른 고유목적사업준비금 손금산입한도액이 합계 00,000,000,000 원이 된다는 전제에서 , 위 한도액 상당의 고유목적사업준비금을 손금산입하여 양도일이 속한 사업연도 (20xx. 3. 1.~20xx. 2. 28., 이하 ‘ 이 사건 사업연도 ’ 라 한다 ) 법인세를 신고ㆍ납부하였다 .

다 . 원고는 20xx. 9. 3. 피고에게 ‘ 이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액이 이 사건 부동산 양도차익 상당액을 포함한 합계 00,000,000,000 원이 되어야 한다 .’ 고 주장하면서 , 이 사건 사업연도 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나 , 피고는 20xx. 10. 2. ‘ 이 사건 부동산 처분대금의 용도가 수익용 기본재산의 대체취득으로 제한되어 있으므로 이 사건 부동산 양도차익은 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다 .’ 는 이유로 이를 거부하였다 .

2. 제 1, 2 상고이유에 관하여

가 . 구 법인세법 제 29 조 제 1 항은 ‘ 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다 .’ 고 규정하면서 , 제 4 호에서 ‘ 제 1 호부터 제 3 호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100 분의 50 을 곱하여 산출한 금액 ’ 을 합산하도록 정하고 있는데 , 고유목적사업준비금의 손금산입 특례규정인 구 조세특례제한법 (2018. 12. 24. 법률 제 16009 호로 개정되기 전의 것 ) 제 74 조 제 1 항 제 1 호는 ‘ 사립학교법에 따른 학교법인에 대해서는 구 법인세법 제 29 조 제 1 항 제 4 호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다 .’ 고 규정하고 있다 .

또한 구 법인세법 제 29 조 제 8 항은 ‘ 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 .’ 고 규정하고 있고 , 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 (2019. 2. 12. 대통령령 제 29529 호로 개정되기 전의 것 , 이하 같다 ) 제 56 조 제 3 항은 “ 법 제 29 조 제 1 항 제 4 호에서 ‘ 수익사업에서 발생한 소득 ’ 이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액 ( 고유목적사업준비금과 법 제 24 조 제 2 항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다 ) 에서 법 제 29 조 제 1 항 제 1 호부터 제 3 호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제 13 조 제 1 호에 따른 결손금과 법 제 24 조 제 2 항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다 .” 라고 규정하고 있다 .

한편 구 법인세법 제 29 조 제 4 항 제 4 호는 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5 년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하도록 규정하고 있다 . 이는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5 년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다 ( 대법원 2017. 3. 9. 선고 2016 두 59249 판결 등 참조 ).

나 . 위에서 본 법리와 관련 규정의 문언 내용 및 체계 , 구 법인세법은 고유목적사업준비금을 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 한 취지를 관철하기 위한 원칙적인 수단으로 과세관청의 사후관리 제도를 마련하고 있는 점 , 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점 ( 대법원 2017. 9. 7. 선고 2016 두 35083 판결 등 참조 ) 등을 종합하면 , 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함되는 ‘ 수익사업에서 발생한 소득 ’ 은 구 법인세법 시행령 제 56 조 제 3 항에 따라 ‘ 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액 ’ 에서 ‘ 구 법인세법 제 29 조 제 1 항 제 1 호부터 제 3 호까지의 규정에 따른 금액 , 구 법인세법 제 13 조 제 1 호에 따른 결손금 및 구 법인세법 제 24 조 제 2 항에 따른 기부금 ’ 을 각각 차감하여 계산하여야 하고 , 그 문언과 달리 어떠한 소득금액이 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 것임에도 장차 고유목적사업 등에 지출될 가능성이 없다는 이유로 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 볼 수는 없다 .

다 . 앞서 본 사실관계를 위 법리 등에 비추어 살펴보면 , 이 사건 부동산 양도차익은 이 사건 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액으로서 구 법인세법 시행령 제 56 조 제 3 항에 따른 차감대상 금액에 해당하지 않으므로 , 구 법인세법 제 29 조 제 1 항 제 4 호의 ‘ 수익사업에서 발생한 소득 ’ 으로서 이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액에 포함된다고 보아야 한다 .

라 . 그런데도 원심은 판시와 같은 이유만으로 이 사건 부동산 양도차익이 이 사건 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액에서 제외되어야 한다고 판단하였다 .

원심의 이러한 판단에는 구 법인세법 제 29 조 제 1 항에 따른 고유목적사업준비금 손금산입한도액 산정 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다 . 이를 지적하는 원고의 상고이유 주장은 이유 있다 .

3. 결론

그러므로 나머지 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고 , 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여 , 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다 .