비상장주식의 매매사례가액을 법인세법상 부당행위계산의 부인에 따른 시가로 본 처분은 위법하다고 볼 수 없음

원고가 특수관계인과 거래한 비상장주식의 신고가액은 일반적인 거래가액에 현저하게 미치지 못하는 가격이며, 피고가 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 이 사건 거래 당시의 시가로 비상장주식의 매매사례가액을 적용한 처분에는 어떠한 위법이 있다고 보기 어려움

[ 세 목 ]

법인

[ 판결유형 ]

국승

[ 사건번호 ]

서울행정법원-2022-구합-58230(2024.01.02)

[직전소송사건번호 ]

[심판청구 사건번호 ]

조심-2021-서-2989 (2021.12.20)

[ 제 목 ]

비상장주식의 매매사례가액을 법인세법상 부당행위계산의 부인에 따른 시가로 본 처분은 위법하다고 볼 수 없음

[ 요 지 ]

[ 판결내용 ]

판결 내용은 붙임과 같습니다.

[ 관련법령 ]

구 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

구 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위】

사 건

2022구합58230 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 ○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2023. 12. 1.

판 결 선 고

2024. 2. 2.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게 2021. 3. 10. 한 2019년 귀속 법인세 581,140,000원의 부과처분 및 2021. 5. 10. 한 2019년 귀속 2,450,000,000원의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 12. 30. 설립된 부동산 임대법인으로 대표이사 ○○○의 딸 ○○○이 설립 시부터 100% 주식지분을 보유하고 있다.

나. 원고는 2016. 6. 30. 비상장법인 주식회사 ○○○○(이하 ‘○○○○’라 한다) 발행주식 보통주 70,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 1주당 8,000원(총 매입금액: 60,000,000원)에 취득하였다가 2019. 2. 28. 원고의 특수관계인인 ○○○에게 이 건 주식 전부를 1주당 10,000원(총 매각금액: 700,000,000원)에 양도(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)하고 2019년 사업연도에 이 사건 거래로 인한 유가증권처분이익 명목으로 140,000,000원을 계상하고 그에 따른 법인세를 신고, 납부하였다.

다. 피고는 이 사건 주식의 시가를 1주당 45,000원으로 보아 이 사건 거래가 저가양도에 해당한다고 판단하고, 법인세법 제52조 , 같은 법 시행령 제88조, 제89조 제1항의 부당행위계산부인 규정에 근거하여 이 사건 거래의 양도가액인 700,000,000원과 피고가 시가로 본 45,000원(1주당)을 기준으로 산출한 평가액 3,150,000,000원(= 70,000주 × 45,000원)의 차액인 2,450,000,000원을 익금에 산입하여 2021 3. 10. 원고에게 2019년도 귀속 법인세 581,140,000원을 경정․고지하고, 주주 ○○○에게 위 2,450,000,000원을 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2021. 12. 20. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 2, 3호증(가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다) 시행령 제49조 제1항 제1호를 감안하면 45,000원은 이 사건 주식의 시가로 인정될 수 없다. 따라서 이 사건 거래 당시 이 사건 주식에 대해서는 법인세법 시행령 제89조 제1항 이 규정한 “특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격”이 존재하지 아니하므로, 이 사건의 경우 법인세법 시행령 제89조 제1항 이 아니라 같은 조 제2항이 적용되어야 한다. 따라서 이 사건 주식 거래의 경우 법인세법 시행령 제89조 제2항 , 상증세법 제63조 제1항 제1호 나목, 같은 법 시행령 제54조 등 비상장주식의 보충적 평가방법에 따라 가치를 평가하여야 하고, 위 규정을 적용할 경우 이 사건 거래 당시 이 사건 주식의 가치는 ‘0’이므로, 이 사건 거래는 저가양도에 해당하지 않는다. 또한 이 사건 주식의 시가가 45,000원이라는 점에 관하여는 피고 측에 입증책임이 있는데, 피고가 제출한 증거들만으로는 입증이 충분히 이루어졌다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건의 주식의 시가가 존재하고 그 금액이 45,000원이라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 부당행위계산부인에 관한 법인세법 제52조 제2항 , 제4항은 ‘시가’의 기준, 범위 등에 관하여 구체적으로 밝히지 않은 채 ‘시가’를 추상적인 문구로 규정하고 있을 뿐 아니라 ‘시가’ 자체가 불분명한 경우 부당행위계산부인 규정을 어떻게 적용할지 등에 관한 구체적 기준 없이 포괄적으로 시가의 산정 등에 필요한 사항을 대통령령에 위임하였다. 결국 법인세법 제52조 제2항 , 제4항은 조세법률주의 및 포괄위임금지원칙에 위배되어 위헌이므로, 위 규정에 근거하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 법인세법 제52조 제2항 및 제4항의 위헌 여부

이 사건 처분의 근거가 된 위 조항들이 위헌일 경우 나머지 원고의 주장에 관하여 나아가 살필 필요 없이 이 사건 처분은 위법하므로, 위 주장에 관하여 먼저 살펴본다.

가) 관련 규정

법인세법 제52조 는 부당행위계산의 부인에 관한 규정으로서 제1항에서 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다‘고 규정하고, 제2항에서 ’제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.‘고 규정하며, 제4항에서 ’제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.‘고 규정하고 있다.

그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제89조 제1항에서 ’법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.‘고 규정하고, 제2항에서 ’법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.‘고 규정하면서 제2호에서 ’상증세법 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액.‘을 정하고 있다.

나) 구체적 판단

(1) 조세법률주의는 납세의무자, 과세물건, 과세표준, 과세기간, 세율 등 과세요건과 조세 부과 및 징수절차는 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로 규정하여야 한다는 과세요건법정주의와 아울러 과세요건을 법률로 규정하였다고 하더라도 그 규정내용이 지나치게 추상적이고 불명확하면 과세관청의 자의적 해석과 집행을 초래할 염려가 있으므로 그 규정내용이 명확하고 일의적이어야 한다는 과세요건명확주의를 핵심내용으로 한다. 조세법률주의는 결국 과세요건을 법률로 명확하게 규정함으로써 국민의 재산권을 보장함과 동시에 국민의 경제생활에 법적 안정성과 예측가능성을 보장하기 위한 것이다. 한편, 법률은 본질적으로 일반성과 추상성을 가지는 것으로서 법률 규정은 항상 법관의 해석을 통하여 의미가 구체적이면서 명확해질 수 있고, 이는 조세 법률주의가 적용되는 조세법 분야에 있어서도 다를 바 없다. 조세법 규정이 조세법 일반 이론이나 체계 및 입법취지 등에 비추어 그 의미가 분명해질 수 있다면 그 규정이 과세요건명확주의에 위배된다고 할 수 없다. 또 과세요건명확주의 문제는 납세자의 입장에서 어떤 행위가 과세 대상이 되는 것인지 예견할 수 있을 것인가, 당해 문구의 불확정성이 행정관청 입장에서 자의적이고 차별적으로 법률을 적용할 가능성을 부여하는가등의 기준에 따라 종합적으로 판단하여야 한다[헌법재판소 2016. 2. 25. 선고 2013헌바 175, 247, 266(병합) 전원재판부 결정 등 참조].

위임입법의 경우 그 한계는 예측가능성인바, 이는 법률에 이미 대통령령으로 규정될 내용 및 범위의 기본사항이 구체적으로 규정되어 있어서 누구라도 당해 법률로부터 대통령령 등에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있어야 함을 의미하고, 이러한 예측가능성의 유무는 당해 특정조항 하나만을 가지고 판단할 것은 아니고 관련 법조항 전체를 유기적·체계적으로 종합 판단하여야 하며 각 대상법률의 성질에 따라 구체적ㆍ개별적으로 검토하여 법률조항과 법률의 입법 취지를 종합적으로 고찰할 때 합리적으로 그 대강이 예측될 수 있는 것이라면 위임의 한계를 일탈하지 아니한 것이다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 등 참조).

(2) 위 법리에 비추어 보건대, 아래의 사정들을 종합하여 보면, 법인세법 제52조 제2항 및 제4항이 조세법률주의나 포괄위임금지 원칙을 위반하였다고 볼 수 없다.

따라서 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

(가) 법인세법 제52조 제2항 은 ‘시가’를 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격이라고 정의함으로써 시가 판단을 위한 구체적인 기준으로 ‘건전한 사회 통념’, ‘상거래 관행’, ‘특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래’를 제시하고 있다.

(나) 또한 법인세법 제52조 제2항 이 부당행위계산 즉, 법인의 소득에 대한 규정하고 있고, 부당행위계산의 부인에 관한 규정을 적용하기 위한 시가의 산정 등에 필요한 사항이라고 위임범위도 명시되어 있으므로, 어떠한 내용이 대통령령에서 정해질 것인지 충분히 예측할 수 있다.

2) 이 사건 거래 당시 이 사건 주식에 대한 시가가 존재하는지 및 45,000원을 위 시가로 볼 수 있는지 여부

법인세법 제52조 는 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 사업연도의 소득금액을 계산하도록 하는 이른바 ‘부당행위계산의 부인’에 관한 규정으로서 같은 조 4항에서 시가 산정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제89조 는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따르고(제1항), 시가가 불분명한 경우에는 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따르도록(제2항) 규정함으로써 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격 즉, 시가가 있는 경우에는 제89조 제1항을, 시가가 불분명한 경우에는 제89조 제2항을 적용하도록 규정하고 있다.

(1) 그렇다면 이 사건에서 피고가 제시한 45,000원을 이 사건 주식의 시가로 볼 수 있는지에 관하여 보건대, 을3, 4, 5, 6, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 다음의 사실을 알 수 있다.

(가) 피고는 이 사건 주식에 대한 시가 판정을 위해 ○○○○에 주식 매매 거래에 의한 명의개서 자료를 공문으로 요청하여 ○○○○로부터 주식 매매 명의개서세부내역(2018. 6. 1.~ 2019. 8. 31. 양도분)에 관한 자료(을4호증)를 받는 한편 국세청 전산망을 통해 ○○○○ 주식의 매매과정에서 제출된 매매계약서 및 양도소득세 신고 서류, 관련 증빙 자료(을6, 10호증)를 확보하였다.

(나) 위와 같이 피고가 확보한 자료를 기초로 2018. 6. 1.부터 2019. 8. 31.사이에 ○○○○ 발행 주식 중 이 사건 주식과 같은 보통주를 대상으로 하여 특수관계인이 아닌 자들의 매매사례(이하 ‘이 사건 매매사례’라 한다)를 정리하면 다음과 같다.

(단위: 주, 원)

매매일

양도자

양수자

관계

주식수

양도가액

1주당가액

’18. 8. 24.

○○○

무관계

3,000

150,000,000

50,000

200

10,000,000

1,000

50,000,000

’18. 8. 30.

45,000,000

45,000

’19. 2. 28.

주주

70,000

700,000,000

10,000

’19. 3. 20.

1,390

92,335,714

66,429

’19. 5. 13.

2,000

124,000,000

62,000

’19. 6. 10.

2,466

86,310,000

35,000

’19. 6. 12.

390

13,650,000

’19. 6. 30.

1,038

36,330,000

2,855

99,925,000

(다) ○○○○의 이사회는 2019. 3. 12. 제3자 배정방식으로 4곳의 투자회사에 전환우선주 총 324,000주를 1주당 50,000원에 신주발행하여 162억 원의 유상증자를 실시한다는 내용의 결의를 하였는데, 당시 전환우선주 1주당 보통주 1주로 전환하는 것을 조건으로 하였다.2019

(라) 한편 2018. 7.경 게재된 신문기사에 의하면 ○○○○는 인플루엔자 치료제 개발과 관련하여 임상1상 식약처 승인을 획득하였고, 2019. 4.경 게재된 신문기사에 의하면 ○○○○는 위 (다)항에서 본 유상증자를 통한 투자유치에 성공하고 기술특례를 통한 상장을 준비하고 있음이 확인된다.

(2) 위 인정사실에서 알 수 있는 다음의 사정들을 종합하여 보면, 피고가 2018. 8. 30.자 거래에서 인정된 주당 45,000원의 가격을 이 사건 거래 당시 이 사건 주식의 시가로 보아 처분을 한 것에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

(가) 이 사건 매매사례들은 납세의무자들의 직접 신고, 제출한 서류(매매계약서)에 근거하여 확인된 것이므로, 처문문서의 증명력을 고려할 때 신빙성이 높아 적절한 시가 판단의 자료로 볼 것이다. 원고는 을4호증 하단에 “해당 기간 2천주(현재 발행주식수 기준 0.06%) 이상 및 기관 간 거래 내역에 대한 내역임”이라고 문구가 기재된 점에 비추어 을4호증에 기재된 거래 외 다른 거래들도 존재함을 알 수 있으므로 일부 거래만 바탕으로 시가를 결정할 수 없고, 2018. 8. 30.자 거래(을6호증)의 경우 을4호증에서 확인되는 명의개서 내용에 반영되지 않아 실제 계약이 이행되었는지도 불분명하다는 취지의 주장을 한다. 을4호증 하단에 원고가 주장하는 내용이 기재되어 있고, 명의개서 세부내역에 관한 을4호증에 2018. 8. 30.자 거래가 포함되어 있지 않은 사실은 인정되나, 과세관청이 반드시 해당 주식과 관련된 모든 거래내역을 확인하여 과세를 하여야 하는 것은 아니고 적정한 사례를 기초로 시가를 판단할 수 있다. 또한 법률상 명의개서가 이루어지지 않더라도 주식에 대한 매매계약은 유효할 뿐 아니라 앞서 본 시가의 의미(특수관계인의 거래가 아닌 정상적이고 사회통념이나 일반적인 상거래 관행에 부합하는 거래에 의하여 형성된 교환가격)에 비추어 보더라도 실제 거래가 이루어진 이상 명의개서 여부를 불문하고 시가로 볼 수 있다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

(나) 이 사건 매매사례들을 보면, 이 사건 거래 약 6개월 전부터 이 사건 거래 약 3개월 후까지 1주당 45,000원~66,429원의 범위에서 거래가 이루어지고, 이 사건 거래 약 4개월 이후에는 1주당 35,000원~40,000원의 범위에서 거래가 이루어졌는바, 적어도 이 사건 거래에서 산정한 1주당 10,000원의 가액은 현저하게 일반적인 거래가액에 미치지 못하는 가격이라 할 것이다.

(다) 여기에 2018. 7. 및 2018. 4.경 게재된 신문기사에 의하면 ○○○○는 이 사건 거래 전후로 치료제 개발과 관련된 식약처의 승인을 취득하고 162억 원 상당의 유상증자에 성공하여 상장을 예정하고 있는 등으로 제약바이오 분야에서 상당한 성과를 거두고 있었다.

(라) 유상증자과정에서 이루어지는 발행가액 조정과정을 고려하더라도 신주 1주당의 발행가격을 50,000원으로 결정한 것은 어느 정도 시세를 반영한 결과로 봄이 상당하다.

(마) 원고는 법인세법 제52조 , 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 의 시가를 판단함에 있어 상증세법 시행령 제49조 제1항의 규정을 고려해야 하고 그렇지 않으면 법인세법에 ‘시가’로 인정되는 금액이 상증세법상으로는 ‘시가’로 인정되지 않는 모순 내지 충돌 문제가 발생한다고 주장한다. 하지만 구 법인세법 시행령 제89조 는 시가가 불분명한 경우를 규율하는 제2항에서 상증세법 등을 적용할 수 있다고 규정하고 있을 뿐 시가가 존재하는 경우에 적용되는 제1항의 경우에는 상증세법 및 동법 시행령의 규정을 준용하거나 시가를 판단함에 있어 이를 고려해야한다는 내용을 규정하고 있지 않다. 또한 법인세법과 상증세법은 그 목적을 달리하는 법률이므로 ‘시가’의 개념을 법률의 목적에 따라 서로 다르게 규정할 수 있고, 그에 따라 양측의 시가판단이 외형상 모순되어 보이더라도 이는 각기 다른 법률의 규율을 받기 때문에 발생하는 현상에 불과하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.