가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바, 이 건 처분은 잘못이 없음

[ 세 목 ]

양도

[ 결정유형 ]

기각

[ 문서번호 ]

조심-2024-서-5142(2025.03.10)

[ 전심번호 ]

[ 제 목 ]

가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

[ 요 지 ]

법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 바, 이 건 처분은 잘못이 없음

[ 결정내용 ]

결정 내용은 붙임과 같습니다.

[ 관련법령 ]

조세특례제한법 제77조 의 2

[참조결정 ]

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2018.4.4. 배우자로부터 증여받은 경기도 고양시 OOO 토지(1323㎥, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 2022.9.1. 경기도 고양시 OOO 공공주택지구 조성사업의 사업시행자에게 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따라 협의 양도한 후, 위 법에 따라 대토보상을 받았다.

나. 청구인은 2022.10.21. 쟁점토지의 양도에 대해 「조세특례제한법」제77조의2에 따른 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연 신청서를 첨부하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

다. 처분청은 청구인이 공익사업의 사업인정 고시일(2020.3.6.)로부터 소급하여 2년 이전에 취득한 자가 아니므로 대토보상에 대한 과세이연 요건에 해당하지 않는다고 보아 2024.8.12. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원(과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.8.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 가산세는 세법상의 의무이행을 확보하기 위하여 의무를 태만히 하였을 때 일종의 행정법, 행정 질서벌의 성질을 지닌 제재이나, 처분청이 적법한 신고기한 내 과세이연 신청서를 접수하였음에도 이를 처리기간(“즉시”) 내에 거부 또는 승인처분의 의무를 생략한 채 장기간 방치한 후에야 단순 과세이연 대상이 아님을 이유로, 모든 귀책을 납세자에게만 돌린 채, 과소신고 가산세 및 납부지연가산세를 적용한 처분은 지나치게 행정편의주의 발상이며 가혹한 우월권적 처분으로 부당하다.

가산세의 부과는 납세자의 신의칙 위반에 대한 불이익을 명문으로 규정한 것이라 볼 수 있고 신의성실의 원칙은 우월한 지위에서 국세를 부과·징수하는 과세관청 측에 그 준수가 보다 절실하게 요구되는 원칙이다.

과세이연 신청서 우측 상단에는 ‘처리기간 즉시’라고 기재되어 있는바, 처분청이 청구인의 과세이연 신청서 내용에 대한 승인 여부를 처리기간에 따라 즉시 검토 하였더라면 승인 여부를 쉽게 가려 즉시 또는 조기에 통보할 수 있었다.

또한 「조세특례제한법」 제77조의2 제2항 에 따르면 과세이연 특례규정은 “해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 적용 한다”고 규정하고 있는 바, 청구인 역시 과세이연 신청서를 접수한 후 초조하게 시행자의 통보에 따른 처분청의 처리결과 통지만을 기다리고 있었으나 장기간 결과 통지를 받지 못하였기에 당연히 과세이연신청이 승인되어 그동안 과세특례의 혜택을 받고 있는 것으로 알고 평온하게 지냈다.

하지만 처분청은 과세이연신청에 대한 검토를 장기간 미룬 채 미처리 상태로 방치하다가 결국 가산세 부과 원인의 귀책을 청구인에게 물어 가산세 부과처분의 정당성을 주장하고 있다.

(2) 청구인은 실지거래가액으로 양도차익을 계산하고 신고 기한 내에 과세이연 신청서를 첨부하여 양도소득세 과세이연 소득금액 및 과세이연 세액을 신고하였다.

청구인은 양도소득세 과세이연 혜택을 받기 위해 적법한 신고 기한 내에 과세이연금액 OOO원과 과세이연세액 OOO원을 실지거래가액에 의해 계산된 금액을 기재하여 과세이연 신청서를 제출하였으나 처분청의 승인 여부 결과통지를 받지 못하였고, 처분청은 승인 여부를 통지받지도 못한 청구인이 양도소득세 과세표준 예정신고 및 납부세액 계산서를 제출하지 않았다는 이유로 가산세를 부과하였으나, 신고 내용이나 신고 방법이 동시에 양립할 수 없는 사실임에도 그 귀책을 청구인에게 물어 가산세를 부과하는 것은 위법·부당하다.

처분청은 청구인이 「소득세법」 제105조 및 「소득세법 시행령」 제169조 에 따라 양도소득세과세표준예정신고 및 납부세액계산서를 제출하여 예정신고를 했어야 하고, 청구인이 과세이연 신청서상 과세이연 금액과 과세이연 세액을 기재하였다 하더라도 이는 양도소득과세표준예정신고 및 납부계산서의 과세표준과 납부할 세액에 작성한 것이 아니므로 양도소득세 신고로 볼 수 없고, 과소신고 가산세를 판단하는 기준은 양도소득과세표준예정신고 및 납부세액계산서에 작성된 납부할 세액이지 과세이연신청서의 과세이연세액이 아니라며 과소신고 가산세 부과처분이 정당하다는 의견이나,

이는 청구인이 과세이연 신청서를 제출하지 않았거나, 처분청이 과세이연 신청서에 대하여 적법한 처리기간(“즉시”) 내에 청구인에게 통지를 하였음에도 청구인이 양도소득세과세표준예정신고 및 납부세액계산서에 의해 신고하지 않았을 경우의 정당한 부과처분의 사유일 뿐으로, 청구인이 적법기간 내에 신청한 과세이연 신청서를 장기간 방치한 채 처리결과를 통지하지 아니한 책임을 벗어 나고자 하는 처분청의 무책임한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 과세이연 신청서의 우측 상단에 기재된 ‘처리기간 즉시’라는 문구를 근거로 해당 신청서의 검토를 즉시하지 않았으므로 과소신고 가산세와 납부지연가산세의 부당함을 주장하고 있다.

대토보상에 대한 과세이연 특례를 적용받으려는 자가 청구인과 같이 양도일 당시 “대토보상을 받은 자”가 아닌 “대토보상을 받을 권리자”인 경우,「조세특례제한법」제77조의2 제2항과 「조세특례제한법 시행령」제73조 제2항에서 정한 규정을 충족하였는지 과세이연 신청 즉시 확인할 수 있는 방법이 없다.

한편, 자경농지에 대한 감면 규정인 「조세특례제한법」제69조 제3항 및 「조세특례제한법 시행령」제66조 제9항 또한 신청서의 제출 의무를 규정하고 있고, 관련 신청서인 ‘현물출자 등에 대한 세액감면(면제)신청서’에도 ‘처리기간 즉시’라는 문구가 기재되어 있다.

「조세특례제한법」, 같은 법 시행령, 신청서 등을 종합적으로 볼때, 청구인이 제출한 과세이연 신청서와 현물출자 등에 대한 세액감면(면제) 신청서는 일반 민원 신청과는 다르게 「조세특례제한법」에 따른 양도소득세 과세특례의 적용을 위한 양도소득세 신고서의 부속서류 또는 첨부서류로서 양도소득세 신고서와 함께 접수해야 한다는 뜻으로 보아야 한다.

납세자가 신고서를 제출한 이후에는 「소득세법」제114조 제2항에 의해 “납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 예정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류를 발견한 경우에 양도소득과세표준과 세액을 경정한다”라고 규정하고 있는바, 청구 주장과 같이 즉시 신고내용의 적정 여부를 통보할 의무는 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 청구인은 신청서에 대한 결과 통지를 받지 못하였기에 승인이 되었다고 인지하였고, 이에 반하는 부과처분은 신의칙에 반하여 위법부당하다고 주장한다.

「국세기본법」제22조 제2항 제1호에서 양도소득세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때 확정되는 세목으로 규정하고 있고, 「국세기본법」제22조 제2항의 단서에서는 “신고한 과세표준과 세액이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우에는 정부가 과세표준과 세액을 경정하는 때에 그 경정에 따라 확정된다”라고 규정하고 있는바, 처분청은 청구인의 신고내용이 세법에서 정하는 바와 맞지 아니한 경우 경정할 수 있을 뿐 해당 신고서의 적정성 여부를 통지할 의무나 권한이 없다.

「상속세법 및 증여세법」상 물납 및 연부연납으로 허가 여부를 서면으로 결정ㆍ통지해야한다는 과세관청의 의무가 규정되어 있다. 「상속세법 및 증여세법」제71조 제1항 및 「상속세법 및 증여세법 시행령」제70조 제3항은 물납 및 연부연납시 과세관청의 통지 의무와 허가 여부를 서면으로 발송하지 아니한 때에는 허가를 한 것으로 본다는 규정을 두고 있으나, 청구인의 과세이연 신청에 관한 「조세특례제한법」제72조의2에서는 위와 같은 규정이 존재하지 않으므로 청구인이 허가 여부 통지를 받지 못하였기에 승인 되었다고 인지하였다는 주장은 법률적 근거가 전혀 없다.

양도소득세는 신고납세 방식의 조세로서 신고․납부의 적정 여부에 대한 책임은 납세의무자 본인에게 있고, 청구인이 양도소득세를 과소신고․납부한 데에 대한 귀책이 처분청에게 있다고 보기 어려우며, 과세관청은 납세의무자의 양도소득 과세표준 및 세액의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 부과제척기간 내에는 이를 경정 및 재경정할 수 있는 것인 점, 세법상 가산세는 고의나 과실의 유무는 상관없이 의무위반 사실만 있으면 부과요건이 성립되는 점, 납세자의 세법에 대한 부지․착오는 가산세 부과를 면제할 정당한 사유에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 청구인에게 세법에 따른 과세표준 및 납부세액 보다 적게 신고납부한 것에 대해 과소신고가산세 및 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법인 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니된다.

설령 처분청이 청구인에 대한 과세처분을 지연하여 청구인으로 하여금 과세처분을 빨리 했을 때보다 많은 납부불성실가산세를 부담하게 하였다고 하더라도, 청구인이 정당한 이유 없이 법에 규정된 납세의무를 위반한 이상, 처분청의 과세처분의 지연이라는 사정만으로는 청구인에게 정당한 이유가 있다거나 처분청의 납부불성실가산세 부과처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수 없다.

(3) 청구인이 제출한 과세이연 신청서는 「조세특례제한법」제77조의2 제4항에 따라 제출된 것으로, 신청서에 「조세특례제한법 시행령」제73조제1항 제2호에서 정한 금액(과세이연금액)과 그 과세이연 금액에 세율을 곱한 금액(과세이연 세액)을 작성하도록 되어있다.

양도소득과세표준 예정신고는 「소득세법」제105조 제1항 제1호에 따라 하여야 하고, 「소득세법 시행령」제169조 제1항에 정한 양도소득과세표준예정신고 및 납부계산서를 제출하여야 하는 바, 청구인이 과세이연 신청서 상 과세이연금액과 과세이연세액을 기재하였다 하더라도 이는 양도소득과세표준예정신고 및 납부계산서의 과세표준과 납부할 세액에 작성한 것이 아니므로 양도소득세 신고와 같이 볼 수 없다.

「국세기본법」제47조의3 제1항은 과소신고 가산세의 부과 대상으로 “납부할 세액을 신고하여 할 세액보다 적게 신고한 경우”라고 규정하고 있고, 청구인이 신고하여할 세액은 OOO원이나, 신고서상 기재한 납부할 세액은 OOO원으로 정당하게 신고하여 할 세액보다 적게 신고 하였다.

과소신고가산세를 판단하는 기준은 양도소득과세표준 예정신고및납부계산서에 작성된 “납부할 세액”이지 과세이연 신청서의 과세이연 세액이 아니므로, 이러한 이유로 과소신고가산세 부과에 대한 위법 부당하다는 주장은 근거가 없다.

(4) 「국세기본법」제48조 제1항 제2호의 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유란 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우라 할 것이고, 쟁점토지의 양도가 과세이연 대상에 해당하지 아니함은 청구인도 인정하여 세법상의 의의로 인한 견해대립이 있는 등의 정당한 사유가 있다 볼 수 없다.

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의과실은 고려되지 아니하므로, 처분청이 비록 대략 2년이 지나 부과 처분을 하였다고는 하나 국세부과 제척기간 이내에 이루어진 만큼 이건 처분에 위법이 있다고 볼 수 없으므로 과소신고 및 납부지연 가산세 부과는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

나. 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2023.12.31. 법률 제19936호로 일부개정되기 전의 것

제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2023년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 "대토보상"이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

② 제1항은 해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 적용한다.

④ 제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.

⑤ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용하는 경우 대토보상의 요건 및 방법, 감면받거나 과세이연받은 세액의 납부 사유 및 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제73조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 법 제77조의2제1항에 따라 토지등을 사업시행자에게 양도하고 토지등의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지(이하 이 조에서 “대토”라 한다)로 보상받은 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 양도소득세 과세특례를 적용한다.

2. 과세이연을 신청하는 경우 : 거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액(이하 “과세이연금액”이라 한다)에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때에 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 대토를 양도할 때는 「소득세법」 제95조제2항 에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간은 대토의 취득 시부터 양도 시까지로 본다.

② 법 제77조의2 제2항에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 법 제77조의2 제1항에 따라 대토보상을 받은 자(이하 “대토보상자”라 한다)에 대한 보상명세를 다음 달 말일까지 대토보상자의 납세지 관할 세무서장에게 통보하는 것을 말한다.

⑥ 법 제77조의2 제4항에 따라 양도소득세 감면이나 과세이연을 신청하려는 자는 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서 또는 기획재정부령으로 정하는 과세이연신청서에 대토보상 신청서 및 대토보상 계약서 사본을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 사업시행자는 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 해당 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 보유사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 양도자의 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 하며, 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 때에는 양도자의 납세지 관할 세무서장에게 그 등기사항증명서를 제출하여야 한다.

(3) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구인에게 부과된 가산세는 일반과소신고가산세 OOO원 및 납부지연가산세 OOO원 등이다.

(나) 청구인은 2022.10.21. 과세이연신청서를 첨부하여 양도소득 예정신고를 하였고, 신고서상 과세표준 및 납부할 세액은 OOO원으로 기재된 것으로 나타난다.

(다) 청구인이 제출한 과세이연신청서에 의하면 과세이연 금액 OOO원, 과세이연 세액 OOO원 등이 기재되어 있다.

(라) 과세이연 신청서 우측 상단에는 “처리기한 즉시”라고 기재되어 있는바, 청구인은 이를 근거로 처분청이 처리기한에 따라 즉시 처리했어야 하나 약 1년 10개월 이후에서야 경정한 것은 신의성실 원칙에 위반하여 가산세 감면 사유가 된다고 주장한다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 하고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바(대법원 2016.11.10. 선고 2016두31920 판결 참조), 청구인은 「조세특례제한법」에 따른 과세이연 특례 규정을 적용하여 양도소득 신고를 하였으나 요건 불비하여 과세이연 특례가 적용되지 않은 점, 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연 특례를 규정한「조세특례제한법」에는 처분청이 과세이연 허용 여부를 통보한다는 취지의 규정을 두고 있지 않은 점, 납부지연가산세는 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연이자 성격을 갖고 있으므로 미납부한 기간 동안 실질적으로 받게 되는 금융혜택 상당액을 국가에 납부하도록 하는 의미도 있는 점 등에 비추어 청구인의 법령에 대한 부지 또는 오인에 불과한 것으로 보이므로 처분청이 청구인에게 가산세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없어 보인다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.