용역 고가매입 시가 산정의 적법성, 임차보증금의 업무무관가지급금 해당여부, 그룹 공동운영조직 해당여부

(1) 용역거래 고가매입의 시가 산정이 부적법하고(국패), (2) 임차보증금은 업무무관 가지급금에 해당하며(국승), (3) 쟁점 부서들은 그룹 공동운영조직에 해당하지 아니함(국패)

사 건

2023누40153 법인세부과처분 등 취소

원 고

A 주식회사 외 1명

피 고

변 론 종 결

2024. 7. 12.

판 결 선 고

2024. 9. 6.

주 문

1. 원고들과 피고들의 각 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 각자 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고들이 ⑴ 2018. 2. 12. 원고들에 대하여 한, ① 2013 사업연도 결손금을 14,985,657,692원만큼 감액경정한 처분 중 6,592,361,282원을 초과하는 부분, ② 2015 사업연도 법인세 25,282,150,192원(가산세 포함)의 부과처분 중 15,533,718,362원(가산세 포함)을 초과하는 부분, ③ 2016 사업연도 법인세 7,244,450,594원(가산세 포함)의 부과처분 중 4,912,232,439원(가산세 포함)을 초과하는 부분 및 ⑵ 2018. 3. 14. 원고들에 대하여 한 ① 2012 사업연도 결손금을 21,502,469,421원만큼 감액경정한 처분 중 14,706,792,168원을 초과하는 부분, ② 2014 사업연도 소득금액을 13,990,402,663원만큼 증액한 처분 중 6,998,815,743원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고들

제1심판결을 청구취지와 같이 변경한다.

나. 피고들

제1심판결 중 피고들 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고들의 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는, 제1심판결의 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제3쪽 제11행, 제12행의 각 “납세지를 관할하는 자” 부분을 “납세지를 관할하는 세무서장”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제4쪽 제3~4행의 “주식회사 C(변경 후 상호 A C 주식회사, 이하 ”C“라 한다)” 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『주식회사 C[그 후 상호가 ‘AC 주식회사’, ‘AD 주식회사’로 순차로 변경되었다. 이하 통틀어 ‘C’라 한다]』

○ 제1심판결문 제4쪽 제19행의 “계열사들의 공동경비” 부분을 “계열사들 중 원고 포함 10개 회사의 공동경비”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제4쪽 제20행의 “각 계열사의 매출액” 부분을 “위 10개 계열사의 각 매출액”으로 고쳐 쓴다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장, 나. 관계 법령

○ 제1심판결문 제8쪽 제9행의 “이 사건 임차보증금” 부분을 “원고가 지급한 임차보증금”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제8쪽 제15행의 “이 사건 보증금” 부분을 “위 돈”으로 고쳐 쓴다.

다. 원고의 용역거래에 관한 부당행위계산 부인 관련 주장에 관한 판단

○ 제1심판결문 제11쪽 아래에서 제1행부터 제17쪽 제13행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『2) 이 사건 용역거래의 시가 산정 방법에 관한 판단

가) 관련 규정 및 법리

(1) 구 법인세법 제52조 제1항 은 “납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 ‘특수관계인’이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.”고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 ‘시가’라 한다)을 기준으로 한다.”고 규정하고 있다.

(2) 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제7호는 구 법인세법 제52조 제1항 의 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’의 하나로 ‘금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우’를 들고 있고, 구 법인세법 제52조 제4항 의 위임을 받은 같은 법 시행령 제89조에 의하면, 법인이 특수관계에 있는 자에게 시가보다 높은 대가를 지급하고 용역을 제공받은 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 용역의 ‘시가’는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 의하고(제1항), 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 감정가액 등에 의할 수 있으며(제2항), 이러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없는 경우에는 보충적으로 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 ‘원가’라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금

액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액에 의하도록 하고 있다(제4항 제2호).

(3) ‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미하는 것이지만, 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가액도 시가로 볼 수 있는 것이며, 그렇게 하여서도 그 시가의 산정이 어려운 경우에는 보충적으로 그 시가에 갈음하여 객관적이고 합리적인 방법에 따라 그 가액을 평가하여야 한다(대법원 1987. 6. 9. 선고 85누743 판결, 대법원 1994. 12. 22. 선고 93누22333 판결, 대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결의 각 취지 등 참조), 한편 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ‘시가’에 관한 주장·증명책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

(1) 피고는 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 , 제2항의 방법으로는 시가를 알 수 없다는 이유로, 같은 조 제4항 제2호에 근거하여 이 사건 용역거래의 시가 계산에 보충적 평가방법을 적용하면서, 앞서 본 바와 같이 비교대상거래를 5가지 사업부문으로 분류하여 각 사업부문별 매출액 및 원가를 각 사업연도별로 집계·합산한 뒤 그 총합계액을 토대로 각 사업부문 및 사업연도별 산술평균한 수익률을 산정하고, 이 사건 용역거래의 매출원가와 ‘매출원가에 위 수익률을 곱한 금액’을 합한 금액[즉, 매출원가 + (매출원가 × 위 수익률) 상당액]을 이 사건 용역거래의 정당한 시가라고 보고 이를 기초로 이 부분 처분을 하였다.

(2) 그런데 위와 같은 방법은 앞서 본 구 법인세법 시행령 제89조 에서 정하고 있는 보충적 시가 산정방법에 해당한다고 보기 어렵고(또한 아래에서 보는 바와 같이 국제조세조정법령에서 명시적으로 규정하고 있는 산정방식에도 해당하지 않는다), 결국 피고가 위와 같은 방법으로 용역거래의 시가를 산정한 것이 객관적이고 합리적인 방법에 해당하는지가 문제된다.

그러나 앞서 든 증거들, 갑 제20 내지 22, 46호증의 각 기재, 제1심 법원의 C에 대한 사실조회결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 관련 규정 및 법리에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 피고가 위와 같이 산정한 이 사건 용역거래의 시가가 구 법인세법상 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 시가에 해당한다고 볼 수 없다.

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것인바, 만일 문언의 해석 가능한 범위를 넘어서 과세요건에 관한 법의 흠결을 해석에 의하여 메우는 결과를 초래하는 경우 조세법률주의에 터 잡은 엄격해석의 원칙에 반한다 할 것이어서 허용할 수 없다(대법원 2007. 6. 28. 선고 2005두13537 판결의 취지 등 참조).

구 법인세법 시행령 제89조 제1항 은 ‘시가’를 “해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격”으로 규정하고 있고, 같은 조 제4항 제2호는 ‘수익률’을 “당해 사업연도 중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률”이라고 명시하고 있는데, 여기서 말하는 ‘유사한 상황’ 내지 ‘유사한 용역제공거래’는 정형화되어 있거나 그렇지 않다 하더라도 해당 거래와 상당 부분이 공통되어 유사하다고 볼 수 있는 구체적 사례들로 제한된다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건에서 부당행위계산 부인대상으로 삼은 각 용역거래와 유사한 용역제공거래를 특정하여 수익률을 산출하는 것이 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호 의 문언에 부합하고, 그와 달리 구체적인 거래 내용이나 규모, 기간 등을 불문하고 단지 원고가 분류한 것이라는 이유로 표2.(제1심판결문 제11쪽) 기재와 같이 그 사업부문별 거래로서 총 569건 모두를 표본집단수로 삼아 수익률을 산출하는 방법은 위 조항에 부합한다고 단정하기 어렵다고 할 것이다.

(나) 위 조항에 따른 방법으로 시가를 확인하기 어려울 때에는 당해 용역의 내용 등 제반 조건을 고려하여 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있는데, 피고는 원고가 분류한 사업부문별 매출액과 매출원가의 합계액을 바탕으로 각 사업부문 및 사업연도별로 그 수익률을 산출하였고, 이를 토대로 이 사건 용역거래의 시가를 산정하였다.

피고는 이 과정에서 비교대상거래와 이 사건 용역거래의 제반 조건을 비교하여 그 유사성 등을 고려하였어야 함에도 이를 제대로 고려하지 않았다고 보일 뿐만 아니라, 이러한 방법이 용역거래의 시가를 산정하는 데 있어 일반적으로 받아들여질 수 있는 객관적이고 합리적인 방법이라고 볼만한 특별한 근거도 없다. 나아가, 위 방법은 전문성과 객관성을 겸비한 제3자가 원고와 C의 개별적·구체적인 사정에 관하여 조사와 검토를 거쳐서 도출한 것도 아니다.

또한 이는 아래에서 보는 바와 같이, 기존에 조사청에서 E의 2012 내지 2016 사업연도에 대한 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시할 당시 원고로부터 받은 자료만을 토대로 하여 그와 같이 비교대상거래와 이 사건 용역거래의 제반 조건을 비교하여 그 유사성 등을 제대로 고려할 수 있다거나, 개별적·구체적인 사정에 관하여 조사와 검토를 거쳐서 도출할 수 있다고 보기도 어렵다(이는 제1심 법원의 C에 대한 각 사실조회결과를 더하여 보더라도 마찬가지 결론에 이른다고 판단된다).

따라서 피고 측으로서는 특별한 사정이 없는 한 이 사건 세무조사를 실시할 당시에 원고로부터 위와 같이 그 유사성 등을 제대로 고려할 수 있는 자료 등을 제출받는 방법 등으로 이를 실현시켰어야 했다.1) 그러나 피고 측은 이러한 조사를 제대로 실시하지 못하였다고 봄이 상당하다.

(다) 피고는, 원고가 제공한 자료의 분류에 따른 것이고 원고가 제공한 자료에는 용역별 특성이나 내용, 공사시기, 대상 등에 관한 내용은 포함되어 있지 않았으므로, 피고가 산정한 시가는 정당하다는 취지로 주장한다.

① C가 제공한 각 용역은 그 내용이 상당히 광범위할 뿐만 아니라, 같은 사업부문에 속한 개별 용역거래 사이에서도 그 구체적인 계약 내용이 다르고, 용역거래의 기간이나 내용, 지역, 규모, 수익률 등에서 상당한 차이가 나는바, 단지 같은 사업부문이라고 하여 서로 유사한 거래라고 쉽게 유형화하기 어려워 보인다.

② 피고 측은 용역내용, 공사시기, 공사대상, 지역, 규모 등 일정한 기준을 설정한 뒤 해당 기준을 바탕으로 이 사건 용역거래와 유사한 비교대상거래를 각기 추출하는 방법도 고려할 수 있었을 것으로 보이지만, 앞서 본 바와 같이 이 사건 세무조사 과정에서 나온 자료만으로는 위와 같은 방법으로 비교대상거래를 추출하는 것이 현실적으로 어려운 상황이라고 볼 여지가 있다.

그런데 피고 측은 이 사건 세무조사 당시 원고에게 일정 기준을 충족시키는 비교대상거래를 추출한 자료를 다시 제출하라고 충분히 요구할 수 있었을 것이나 피고측은 그 당시 그러한 노력을 기울이지 않은 것으로 보인다.

이처럼 피고는 이 사건 용역거래와 유사한 용역제공거래를 찾기 위한 노력도 제대로 하지 않은 채 만연히 각 사업부문별 용역거래를 모두 유사한 용역제공거래로 보고 그 전체 용역거래의 수익률을 바탕으로 이 사건 용역거래의 시가를 산정하였으나 앞서 본 바와 같이 그렇게 하여야 할 합리적인 근거는 발견할 수 없는바, 따라서 위와 같이 피고가 산정한 시가는 정당하다고 볼 수 없으므로, 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(라) 한편 피고는, 당심에서 2024. 6. 21.자 준비서면을 통해, 원고가 이 사건 세무조사 당시 제시하였던 시가 산정 기준에 따른 시가를 토대로 이를 관련 규정에 맞게 수정하여 정당세액을 계산할 수 있다는 취지로도 주장한다.

그러나 설령 원고가 이 사건 세무조사 당시 제시하였던 시가 산정 기준이 있었다고 하더라도, 피고로서는 이 사건 세무조사 당시 원고로부터 받은 자료만을 토대로 하여 ‘그와 같이 비교대상거래와 이 사건 용역거래의 제반 조건을 비교하여 그 유사성 등을 제대로 고려할 수 있었다거나, 개별적·구체적인 사정에 관하여 조사와 검토를 거쳐서 도출할 수 있었다’고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 사정만으로는 그것이 관련 법령에 따라 정당한 시가를 산정할 수 있는 방법이라고 볼 수 없으므로, 피고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 받아들이기 어렵다.

(마) 또한 피고는, 각 사업부문별 전체 용역거래를 산술평균하여 수익률을 산출한 것은 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 수익률로서 그에 근거하여 산정한 시가는 적법하다는 취지로 주장한다.

① 그러나 을 제2호증의 기재에 의하면, 피고가 산출한 수익률은 각 사업부문의 사업연도별 매출이익률로서 매출 합계액에서 매출원가 합계액을 차감한 금액을 매출원가 합계액으로 나눈 비율에 불과하고[= (총 매출액 . 총 매출원가) ÷ 총 매출원가], 개별거래별로 각 수익률을 산출한 후 유의미한 것들만을 추출하여 평균한 것이 아니다(이는 당심에서 추가로 제출된 을 제17호증에 의하더라도 크게 다르지 않다고 보인다). 그 구체적인 사례 분석의 예는 ‘별지’ 기재와 같다.5)

② 더구나 유사하지 않은 거래를 포함하여 전체 용역거래를 산술평균하는 방식이 일반적으로 받아들여질 수 있는 객관적이고 합리적인 방법이라고 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같다.

③ 설령, 이 사건 용역거래와 유사한 용역제공거래를 찾는 것이 사실상 불가능하여 부득이하게 상이한 용역으로 시가를 산정하여야 한다고 하더라도, 그 상이한 조건의 차이를 제거할 수 있는 합리적인 조정을 거쳐 수익률 내지 시가를 산정하여야 함이 타당하나, 앞서 본 바와 같이 피고는 비교대상거래를 선정함에 있어서 단지 용역거래가 아닌 자재판매 거래의 일부 및 M&E 공사 중 기계설비공사에 해당하지 않는 거래만을 제외하였을 뿐, 공사대상이 공동주택 아파트인지 아니면 상업용 건물인지 또는 건물신축공사의 일부인지 아니면 기존 건물에의 시설 설치공사인지, 각 공사의 규모가 어느 정도인지 등 구체적인 용역거래 내용에 따라 구분하지 않았다.

④ 심지어 부당행위계산 부인대상거래와 비교대상거래의 대상이 전혀 달라 유사한 상황의 거래라고 볼 수 없는 거래, 시가 산정의 기초가 되는 매출원가 등이 확정되지 않아 수익률을 확정할 수 없는 진행 중인 공사까지도 수익률 산정에 포함시켰다.

⑤ 이러한 상황에서 피고가 주장하는 수익률 산출방식이 객관성과 합리성을 갖는다고 하기 위해서는 각 사업부문에 속한 비교대상거래들의 수익률이 각 공사시기, 공사대상, 용역의 구체적 내용, 규모, 지역, 공사진행정도 등의 차이에도 불구하고 일정해야 한다는 점이 전제되어야 할 것이나, 이 점을 인정할만한 사정도 찾을 수 없다.

⑥ 나아가, 피고가 비교대상거래로 선정한 거래 중에서는 피고가 제외한 자재판매 거래 이외에 다른 자재판매 거래의 일부가 남아 있었던 점은 앞서 본 바와 같고, 공사 도중 하자가 발생하여 하자보수비용이 과다하게 지출된 이례적인 용역거래도 포함되는 등 피고가 주장하는 사정만으로는 대외 거래의 수익률 산출을 위하여 합리적인 조정을 거쳤다고 보기 어렵다.

⑦ 또한 스마트홈 사업부문 중 2013 사업연도와 2015 사업연도의 각 일부의 경우, 그 부분 일련의 매출원가와 피고가 산정한 시가가 완전히 동일한 점 등에 비추어 볼 때, 그 시가 산정 자체의 계산에도 오류가 있는 것으로 보이기도 한다.

(마) 이에 대하여 피고는, 제1심 법원의 C에 대한 각 사실조회결과에 의하더라도 C가 원고에게 제공한 용역과 그와 유사한 제3자에게 제공한 용역의 수익률 차이가 크다고 주장하며, 개개 거래별로 매번 유사한 거래를 찾아내어 비교하는 것은 과세관청 입장에서 지나치게 어렵고, 대외 거래의 수익률 중 극단값 등을 제외하는 조정을 통해 세부 용역별 시가를 다시 산정해보아도 기존에 산정한 시가와 차이가 크지 않으므로 기존 수익률 내지 시가 산정방법이 적정하였다는 취지로 주장한다.

그러나 C가 원고에게 제공한 용역과 제3자에게 제공한 용역의 수익률 차이가 크다는 사정만으로는 피고가 산정한 수익률 내지 시가가 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 피고는 원고에게 일정 기준을 제시하며 이 사건 용역거래와 유사한 용역제공거래를 추출하라고 요구할 수도 있었을 것임에도 불구하고 그와 같이 유사한 거래를 찾기 위한 노력을 다하지 않았고, 개별거래마다 유사한 거래를 찾는 것이 현실적으로 불가능하다면 적어도 이 사건 용역거래와 전혀 유사하지 않은 거래 내지 이례적인 사정이 있는 거래를 제외하는 등의 방식으로 그 제반 조건을 고려하여 합리적인 조정을 거쳤어야 하나 그러한 사정도 보이지 않는다.

한편, 피고가 대외 거래 수익률 중 극단값 등을 제외하는 조정을 통해 산정한 시가는 기존에 산정한 시가와 상이한바(피고의 주장과는 달리, 그 차이가 크지 않다고 보이지도 않는다), 이러한 사정은 피고가 기존에 산정한 시가를 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액으로 볼 수 없다는 점을 뒷받침할 뿐이다.

(바) 나아가 피고가 당초 산정한 방식에 따르면, 2013 사업연도의 스마트홈, 2016 사업연도의 M&E 공사 부분은 수익률이 0%이다. 그에 따라 수익률 0%를 적용한 금액이 시가라고 볼 경우, C로서는 부당행위가 되지 않기 위해서는 해당 용역거래는 원가만으로 공정을 수행하였어야 한다는 것이 되고, 결국 해당 사업연도에 이루어진 원고와 C 사이의 스마트홈 및 M&E 공사는 원칙적으로 모두 부당행위계산 부인의 대상이 되는 것인데, 이는 그 결과 자체만으로도 합리적이라고 볼 수 없을뿐더러, 이는 개별거래별로 경제적 합리성을 판단하도록 하는 부당행위계산 부인 규정의 취지에도 부합하지 않는다.

(사) 한편 피고는, 국제조세조정법상 정상가격과 법인세법상 부당행위계산의 기준이 되는 시가는 그 본질을 같이 하므로 국제조세조정법상 정상가격 산출기준의 하나인 산술평균에 의한 평균값으로 수익률을 산정한 것이 타당하다는 취지로 주장한다. 그러나 국제조세조정법은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 적용되는 특별규정으로, 국제조세조정법이 제정되기 전의 구 법인세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 개정되기 전의 것) 제46조 제4항은 국제거래에서 부당행위계산 부인의 기준이 되는 시가 등의 산정방법을 정함으로써 국제거래에 관하여도 구 법인세법에 따른 부당행위계산 부인을 할 수 있도록 하였다.

그런데 1995. 12. 6. 법률 제4981호로 제정된 국제조세조정법은 특수관계 있는 사람 사이의 국제거래에 대하여 국제적으로 일반화되어 통용되고 있는 기준에 따르기 위하여 국제조세조정법을 다른 법률에 우선 적용하도록 하고, 이와 아울러 구 법인세법 등에서 관련 규정을 모두 삭제하였다. 다만 국제조세조정법에서 정한 이전가격세제의 적용 요건과 구 법인세법에서 정한 부당행위계산 부인의 요건이 서로 달라 이들 규정의 적용범위에 관하여 논란의 소지가 있자, 2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정된 국제조세조정법은 제3조 제2항을 신설하여 이전가격세제의 적용이 어려운 일정한 자산의 증여 등에 대하여는 구 법인세법에 따른 부당행위계산 부인 규정만을 적용하도록 하였는바, 이러한 법인세법과 국제조세조정법의 제·개정 연혁과 상호관계, 국제조세조정법 제3조 8) 제2항의 신설 경위 등을 종합하여 보면, 국제조세조정법은 국제거래라는특성을 고려하여 법인세법의 규정을 배제한 특별법의 관계에 있고, 따라서 국제조세조정법의 정상가격과 법인세법의 시가가 일부 유사한 점이 있다고 하더라도 국제조세조정법의 정상가격 산출방법을 법인세법의 시가 산정에 그대로 유추적용할 수는 없다고 봄이 타당하다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2013두6862 판결의 취지 등 참조).

또한, 국제조세조정법은 정상가격의 산출방법으로 ‘거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래와 유사한 거래 상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법(비교가능 제3자 가격방법, 제8조 제1항 제1호)’, ‘거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 거래 당사자 중 어느 한쪽이 자산을 제조·판매하거나 용역을 제공하는 경우 자산의 제조·판매나 용역의 제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법[원가가산방법, 같은 항 제3호, 이 경우 통상의 이윤은 원가에 원가기준 통상이익률을 곱하여 계산한 금액으로 하고, 원가기준 통상이익률은 유사한 거래에서 발생한 원가에 대한 매출 총이익의 비율로 한다(같은 법 시행령 제7조 제1항)]’, ‘거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래와 유사한 거래 중 거주자와 특수관계가 없는 자간의 거래에서 실현된 통상의 거래순이익률을 기초로 산출된 거래가격을 정상가격으로 보는 방법(거래순이익률방법, 위 제8조 제1항 제4호)’ 등을 정하고 있다. 이와 같은 방법은 모두 ‘유사한 거래’ 내지 ‘유사한 거래 상황’을 전제로 한 것으로써, 이러한 국제조세조정법상 정상가격 산출방법에 비추어 보더라도, 피고의 산정방식과 같이 유사하지 않은 거래까지 모두 포함하여 산술평균하는 방식은 합리적이라고 보기 어렵다. 따라서 피고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.』

라. 원고가 F에 지급한 임차보증금 관련(. 쟁점) 주장에 관한 판단

1) 인정사실

○ 제1심판결문 제18쪽 제1행의 “법인으로, 최대주주는 원고이다” 부분을 “법인인데,원고는 F의 최대주주로서 지배회사의 지위에 있다고 보인다(을 제12호증의 2 중 제38쪽)”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제18쪽 제8~20행 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『다) 원고는 주식회사 G에 이 사건 쇼핑몰의 리모델링 및 그랜드 오픈 프로젝트에 관한 컨설팅을 의뢰하여 2005. 7.경 이에 관한 최종보고서를 제출받았는데(이하 ‘이 사건 보고서’라 한다), 그에 따르면 이 사건 쇼핑몰의 기존 임차인들은 F(당시에는 상호가 ‘F0 주식회사’이었으나, 2005. 11. 17.자로 ‘주식회사 F’로 변경되었다)에 매장의 운영을 위탁하는 방안을 요구하고 있었다.

한편, 원고는 2005. 10. 21.경 개최된 이사회에서 이 사건 쇼핑몰의 활성화를 위한 방안을 논의하였고, 그 주요 내용은 아래와 같다(갑 제4호증 중 제45~46쪽, 갑 제9호증, 을 제5호증).

라) F은 2006년경 기존 임차인들로부터 매장의 운영권을 위임받는 위임계약을 체결하는 거래방식을 택하였고, 기존 임차인들 중 40%가 이에 동의하여 F과 위와 같은 내용의 위임계약을 체결하였다.

마) 원고는 F로부터 이 사건 쇼핑몰의 매장을 임차하였던 상태는 아니었는데, 2006. 2. 20., 2006. 3. 3., 2006. 4. 5. 총 3회에 걸쳐 F로부터 이 사건 쇼핑몰의 공실 1,028구좌 중 202구좌를 보증금 합계 약 360억 원, 월 임대료 합계 약 3억 5,625만 원에 임차하는 내용의 임대차계약(이하 위 임대차계약을 통칭하여 ‘이 사건 임대차계약’이라 한다)을 신규로 체결하였다. 이 사건 임대차계약의 주요내용은 아래 표4.(제1심판결문 제19쪽) 기재와 같다.』

○ 제1심판결문 제19쪽 표4. 아래 제1행의 “원고는 202개 구좌 중 173개 구좌에 관하여” 부분을 “원고는 202개 구좌 중 29개 구좌는 직접 사용하고, 나머지 173개 구좌(이하 ‘이 사건 매장’이라 한다)에 관하여는”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제20쪽 맨 아래 행부터 제21쪽 제7행까지 부분을 아래와 같이 고쳐쓴다.

『아) 원고는 위 위임계약의 대가로 2013 사업연도에 위탁수수료 명목으로 8,500만원(갑 제4호증 중 제47쪽)을 지급받은 외에 나머지 사업연도에는 F로부터 이 사건 매장 운영위임에 따른 금원을 지급받은 것은 없다.

자) 피고는 원고가 F에 지급한 임차보증금 중 이 사건 매장에 관한 보증금 합계 33,311,507,450원(이하 ‘이 사건 보증금’이라 한다)을 업무무관 가지급금이라고 보아 구 법인세법 제28조 에 따라 위 금원 관련 지급이자를 손금불산입하고, 구 법인세법 제52조 의 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 인정이자를 익금산입하였다. 그 구체적인 내역은 아래 표6.(제1심판결문 제21쪽) 기재와 같다.』

○ 제1심판결문 제21쪽 표6. 아래 제1~2행 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『차) 한편, 원고는 2005년말 기준 F에 대하여 약 982억 원(지연이자 포함)에 달하는 공사대금채권을 가지고 있었는데(갑 제13호증), 이 사건 임대차계약 체결 이후 F 임대료채권 집금계좌11), 백화점 카드매출채권 등을 기초자산으로 한 자금조달을 하였는바, 원고는 2006. 10. 10.경 F로부터 위 공사대금채권 중 약 865억 원(지연이자 포함)을 상환받은 것으로 처리되었다(갑 제16호증,을 제12호증의 2 중 제23~24, 38쪽).

그런데 F은 2004년 당기순손실 89억여 원, 2005년 당기순손실 215억여 원을 기록한 후 이 사건 임대차계약이 체결된 2006년 당기순손실 398억여 원, 2007년 당기순손실 464억여 원, 2008년 당기순손실 332억여 원, 2009년 당기순손실297억여 원, 2010년 당기순손실 233억여 원, 이 사건 임대차계약의 마지막 연도인 2011년에도 당기순손실 165억여 원을 기록하였고, 그 이후에도 2012년 당기순손실 97억여 원, 2013년 당기순손실 44억여 원을 각각 기록하였다(을 제12호증의 1 내지 9).』

2) 업무무관 가지급금 해당 여부

가) 관련 법리

(1) 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목은 특수관계인에게 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’이 있는 해당 법인에 대하여는 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있는바, 그 입법 목적은 차입금을 보유하고 있는 해당 법인이 특수관계인에게 업무와 관련 없이 가지급금 등을 지급한 경우에는 이에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하도록 하는 조세상의 불이익을 주어 차입금을 생산적인 부분에 사용하지 아니하고 계열사 등 특수관계인에게 대여하는 비정상적인 행위를 제한함으로써 타인자본에 의존한 무리한 기업 확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고, 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있다(대법원 2007. 9. 20. 선고 2006두1647 판결, 대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12645 판결 등 참조).

(2) 지급이자 손금규제의 대상기준인 위 규정의 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에는 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 적정한 이자율에 의하여 이자를 받으면서 가지급금을 제공한 경우도 포함된다(대법원 1992. 11. 10. 선고 91누8302 판결, 대법원 2003. 3. 11. 선고 2002두4068 판결, 대법원 2007. 9. 20. 선고 2005두9415 판결 등 참조).

그리고 이러한 가지급금의 업무관련성 여부는 해당 법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(위 대법원 2006두1647 판결, 대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두16971 판결, 대법원 2014. 1. 23. 선고 2013두18926 판결 등 참조).

(3) 국세기본법 제14조 제2항 은 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득,수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.”라고 규정하고 있다. 이러한 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에도 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조).

앞서 인정한 사실에 더하여 앞서 든 증거들, 갑 제42, 43호증의 각 기재 및 변론전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 거래의 내용이나 형식, 당사자의 의사, 이 사건 임대차계약 및 위임계약 체결의 목적과 경위 등 거래의 전체 과정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 임대차계약을 통하여 F에 이 사건 보증금을 지급한 것의 실질은 우회적인 방법으로 업무와 무관하게 F에 자금을 대여한 것이라 할 것이므로, 이 사건 보증금은 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목에서 정한 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 처분 중 피고가 위 가지급금의 비율에 해당하는 차입금의 이자를 손금불산입한 부분은 적법하다.

(1) 이 사건 쇼핑몰은 영업개시 당시 전체 상가 중 62.5%만이 임대되었고, 나머지 37.5%가 공실로 남아 있었던바, F은 자본잠식상태에 빠졌고[2005년 말 기준으로 결손금 420억 원으로서 자본금 224억 원을 초과하여, 자본이 완전 잠식된 상태였다(을 제12호증의 2)], 수익성 제고를 위하여 이 사건 쇼핑몰의 사업구조를 기존임대매장에서 직영매장으로 전환하고자 하였으나 그에 따른 소요자금으로 360억 원이 예상되었다. 이에 F은 추가 자금을 조달하여야 할 필요가 있었는데, 원고가 임차한 전체 202구좌에 대하여 F에 지급한 임차보증금의 합계액은 약360억 원으로 F이 이 사건 쇼핑몰의 사업구조 전환에 필요하였던 금액과 일치한다.

(2) 또한, 원고는 이 사건 매장 173구좌를 임차보증금 합계 33,311,507,450원(‘이사건 보증금’)에 임차하여 1구좌 당 평균 약 1억 9,255만 원의 임차보증금으로 임차하였는데, 원고 이외의 임차인들이 총 1,529구좌를 임차보증금 합계 약 237,311,000,000원에 임차하여 1구좌 당 평균 약 1억 5,520만 원의 임차보증금으로 임차하였는바, 원고는 다른 임차인들에 비하여 평균적으로 24% 가량 높은 수준의 임차보증금을 지급하였고, 원고가 임차한 이 사건 매장의 경우에 다른 매장들에 비하여 그와 같이 높은 수준의 임차보증금을 지급하여야 할 만한 사정은 찾을 수 없다. 결국, 원고는 임차보증금을 F에 필요한 자금 상당액과 동일한 금액으로 맞추고자 한 것으로 봄이 상당하다.

(3) 원고는 F에 자금을 조달하기 위한 방안을 강구하였는데, 유상증자를 통한 자금조달 방식은 당시 F의 2대 주주인 FFF13)가 반대하였고, 외부 차입 및 사채 발행을 통한 자금조달 방식은 자본잠식상태에 있는 F의 자체 신용상태로는 사실상 불가능하였던 것으로 보이며, 원고는 단독으로 증자하는 방안도 고려하였으나 이 경우 과점주주에 해당하게 되어 취득세가 중과될 것을 우려하였던 것으로 보인다.

한편, 원고가 F에 자금을 직접 대여하는 방식으로 지원하는 것이 불가능하였다는 사정은 보이지 않는다. 즉, 원고는 단독 증자를 할 경우의 취득세 중과위험 내지 직접 대여를 할 경우의 차입금 이자 손금불산입 위험 등을 고려하여 F에 임차보증금 형식으로 자금을 지원하려고 한 것으로 보인다. 이와 같은 자금 지원 목적 이외에 원고가 F과 임대차계약을 체결할 필요가 있었다는 사정은 특별히 보이지 않는다.

(4) (가) 원고는 이 사건 임대차계약 이전에 이 사건 쇼핑몰의 매장을 임차한 적이 없고, 위와 같이 F이 사업구조를 전환하는 과정에서 신규로 이 사건 임대차계약을 체결하였다. 그런데 F이 추진하였던 직영매장 운영을 위해서는 F이 이 사건 쇼핑몰 내 매장을 그대로 소유하면서 그 매장을 직접 운영하면 되는 것이므로, F 입장에서 자금조달 목적 외에는 매장을 추가로 임대할 이유가 없다고 보이고, 실제로 원고 이외에 이 사건 쇼핑몰 내 매장을 신규로 임차한 자가 존재한다는 사정도 보이지 않는다.

(나) 이 사건 보고서에는 이 사건 쇼핑몰의 재오픈을 위한 전제조건 중 하나로 “원고의 투자규모와 수익 배분구조(금액)에 대한 결정[위탁운영방식의 매출(이익) 및 배분 방식]”이라고 기재되어 있고, 이사회 보고자료(을 제5호증)에도 소요자금 조달 방법으로 ‘F이 보유한 상가 미임대분 및 해약분을 원고가 인수하고, 그 인수금액을 360억 원 이내로 설정’하는 방법이 기재되어 있다.

(다) 결국 원고는 실제로 이 사건 매장에 관하여 임대차계약을 체결하여 이 사건 매장을 사용·수익할 목적이 있었던 것으로 보이지 않고, 오히려 임차보증금의 형식을 통하여 F에 사업구조 전환을 위한 자금 약 360억 원을 지원하고자 하였던 것으로 보인다.

(5) (가) 임대차는 임대인이 임차인에게 임대목적물을 사용·수익하게 할 것을 약정하고 임차인이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 효력이 생긴다( 민법 제618조 ). 그런데 원고는 임대목적물 중 29구좌만을 사무실로 직접 사용하였을 뿐, 나머지 이 사건 매장 173구좌는 임대차계약 체결과 동시에 임대인이자 소유자인 F에 다시 전대하였고, F로부터는 매장 전대에 대한 전대차보증금을 지급받지 않아 결국 원고만이 F에 이 사건 보증금을 지급한 것이 되었으며, 원고의 차임과 F의 전대료는 서로 상계되어 전혀 지급된 바가없다.

이와 같이 임차인이 임대목적물을 임차하여 임차보증금을 지급하였음에도 그 임차와 동시에 그 임대인이자 소유자에게 그 임대목적물을 그대로 다시 전대하되 전대차보증금을 지급받지 않는 방식의 거래구조는 일반적으로 통용되는 정상적인 거래구조라고는 보이지 않는다.

(나) 나아가 원고는 F로부터 2013년도에 이 사건 매장 중 전자점 15개 매장의 임차보증금의 3%에 상응하는 금원인 8,500만 원을 지급받은 외에는 이 사건 매장과 관련하여 지급받은 금원도 전혀 없다.

(다) 결국, 원고는 임대차계약에 따른 이 사건 매장의 사용·수익에 기초한 이익이나 이 사건 매장의 전대에 필수적으로 수반되는 차임을 제대로 얻은 바 없이 단지 임대차계약이라는 형식으로 F에 임차보증금 명목으로 이 사건 보증금 333억여 원을 포함하여 약 360억 원의 자금을 지원해주었을 뿐이다.

(6) 이에 대하여 원고는, 설령 이 사건 보증금의 실질이 임차보증금이 아니라고 하더라도 투자금에 해당하므로 ‘대여금’을 전제로 하는 업무무관 가지급금이라고 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 일반적으로 투자란 이익을 얻기 위하여 어떠한 일이나 사업에 자본 등의 생산요소를 투입하고 그 사업의 성패 및 이로 인한 손익의 부담을 안고 자금을 출연하는 것을 의미하므로, 투자약정의 본질적인 특징은 ‘이익 발생의 불확실성 또는 그로 인한 투자금 회수의 위험성’에 있다고 할 것인바, 사업자금을 투자하면서 사업경영의 손익과는 관계없이 원금을 모두 반환하겠다고 약정하였다거나 그러한 약정에서 금전을 지급한 당사자가 그 자금을 들여 시행하는 사업의 성패에 따라 이득뿐만 아니라 손해를 감수하는 내용을 정하지 않았다면, 이러한 약정은 앞서 본 투자약정이라고 보기 어렵고, 오히려 금전소비대차계약의 실질에 가깝다.

이 사건 임대차계약 및 위임계약에 따르면 원고는 이 사건 보증금을 모두 반환받을 수 있고 F의 손실에 관하여 원고가 어떠한 비용도 분담하지 않는 사실이 확인되고, 실제로 원고가 F의 손실을 분담하였다거나 그 손실액만큼 이 사건 보증금이 감액되었다는 등의 사정은 찾을 수 없는바, 이 사건 보증금을 투자금이라고 볼 수 없고 오히려 금전소비대차계약, 즉 대여금의 실질에 가깝다고 보일 따름이다.

원고 내부적으로 이 사건 보증금이 투자금임을 전제로 그 투자 효율을 분석하였다거나, 원고와 F이 이 사건 보증금을 투자금이라고 인식하였다거나, F이 파산하게 될 경우 이 사건 보증금을 회수하지 못할 위험이 있다는 등 원고가 주장하는 사정만으로는 이와 달리 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이기 어렵다.

(7) 원고는, 법인등기부상의 목적사업인 ‘부동산 관리 임대 및 개발사업과 이에 부대하는 사업에 대한 업무 및 투자사업’의 일환으로 이 사건 보증금을 지급한 것이고 그 지급으로 F의 재무구조도 개선되었으므로 ‘업무와 무관하게’ 지급된 금원이 아니라는 취지로 주장한다.

그러나 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 원고는 정상적인 투자활동이나 목적사업 활동이라기보다는 업무와는 무관하게 특수관계에 있는 F의 자금지원 목적에서 임차보증금이라는 형식을 통하여 자금을 대여하였다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(가) F은 원고가 이 사건 매장을 임차한 2006 사업연도부터 2013 사업연도까지 계속하여 손실을 기록하였는데, 원고가 부동산을 개발·임대하여 수익을창출하는 것을 목적사업 중 하나로 하면서도 이 사건 매장을 임차함과 동시에 전대하면서 전대차보증금이나 전차임을 추가로 받지 아니하였다.

(나) 임차인이 임차보증금을 지급한 임대목적물을 임차함과 동시에 그 임대인이자 소유자에게 전대차보증금을 받지 않고 그대로 전대하는 것은 상당히 이례적이고, 원고가 행한 이 사건 매장 임차관계와 유사하게 “부동산을 임차한 후 곧바로 그 임대인에게 전대하면서 차임을 서로 같은 금액으로 하여 상계함으로써 ‘전대차보증금을 받지 않고 임차보증금만을 지급’하는 방식의 거래”를 한 다른 사례도 찾아보기 어렵다.

(다) 원고는 F로부터 2013 사업연도에 일부 금원을 받은 것 이외에는 이익배당 내지 위탁수수료 등을 전혀 받지 않았다.

(라) ① F이 이 사건 보증금을 지급받은 이후 원고가 F로부터 공사미수금을 일부 회수하였다고 하더라도 앞서 본 바와 같이 그 공사미수금 회수의 자금출처는 대부분 원고 이외의 일반 임차인들의 임차보증금 내지 임대료채권 등에 터 잡은 대출자금으로 보일 뿐만 아니라 ② 설령 원고의 이 사건 보증금이 그러한 대출에 어느 정도 영향을 미쳤다고 보더라도 이러한 공사미수금 회수는 이 사건 보증금의 지급에 따른 부수적인 효과일 뿐, 달리 원고가 이 사건 매장을 임차하고 다시 전대함으로써 원고의 매출이나 수익이 직접적으로 증대되었다고 볼만한 사정도 없다.

(마) 이 사건 보증금은 F의 사업구조 전환에 따른 시설 투자비, 개점 준비비 등으로 사용되면서 F의 순수한 운전자금으로 사용된 것으로 보인다.

(바) 원고가 이 사건 매장을 투자부동산으로 분류하여 관리하고 있다고도 보이지 않는다.

3) 부당행위계산 부인의 대상에 해당하는지 여부

가) 원고는, 기존 임차인들과 동일한 조건으로 계약을 체결하였으므로 설령 이 사건 보증금을 대여금이라고 보더라도 ‘시가’로 대여한 것이어서 경제적 합리성이 있는바, 부당행위계산 부인의 대상에 해당되지 않는다고 주장한다.

나) 관련 법리

(1) 구 법인세법 제52조 의 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위 계산을 말하고, 그 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2004. 2. 13.선고 2002두11479 판결 등 참조).

(2) 부당행위계산 부인을 적용할 때 기준이 되는 구 법인세법 제52조 제2항 의 시가에 관하여 정하고 있는 구 법인세법 시행령 제89조 제3항 은, 부당행위계산의 유형 중 하나인 ‘금전을 시가보다 높은 이율로 차용하는 경우’에는 ‘가중평균차입이자율이나 당좌대출이자율을 시가로 한다’고 규정하고 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 위 규정에서 정한 이자율을 그 시가로 보아야 한다(대법원 2018. 10. 25. 선고 2016두39573 판결 등 참조).

다) 구체적 판단

(1) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 경제적 합리성 없이 비정상적인 방법으로 임대차 및 전대라는 형식으로 특수관계인인 F에 구 법인세법 시행령 제89조 제3항 에 따른 시가인 ‘가중평균차입이자율’에 미달하는 이자를 받는 조건으로 금원을 대부한 것으로 이는 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다고 봄이 상당하다.

(가) ① 기존 임차인들의 경우 임대차계약 기간이 남아 있는 상태에서 기존 임대차계약을 해지하는 대신 매장 운영을 위임하는 방식을 선택하여 이익분배금 내지 권리금 등의 이익창출을 도모한 것으로 보이고, 기존 임차인 개인별로 체결한 이 사건 쇼핑몰 구좌도 그리 많지 않은 점, ② 원고는 F에 자금을 지원하기 위한 목적 외에는 달리 이 사건 매장을 신규로 임차할 이유가 없었고, 원고가 임대차계약을 체결한 전체 202구좌 중 173구좌에 관하여 위임계약을 일괄 체결한 것이었으므로 전체 매장의 면적 및 보증금 합계액도 매우 큰 점, ③ 앞서 본 바와 같이 원고가 F에 지급한 금전의 실질은 임차보증금이 아닌 대여금으로 봄이 타당한 점 등에 비추어 보면, 기존 임차인들과 원고의 각 거래의 성격이나 이를 둘러싼 상황이 현저히 다르다고 볼 수밖에 없으므로, 기존 임차인들의 임대차계약 및 위임계약상 거래조건이 원고와 F 사이 금전거래의 ‘시가’에 해당한다고 볼 수 없다.14)

(나) 설령 기존 임차인들의 조건을 ‘시가’라고 볼 여지가 있다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 원고가 F에 자금을 지원하기 위한 목적으로 이 사건 쇼핑몰의 공실 1,028구좌 중 202구좌에 대하여 합계 약 360억 원의 임차보증금을 산정한 다음, 이 사건 임대차계약을 체결함으로써 다른 임차인들에 비하여 평균적으로 24% 가량 높은 수준의 임차보증금을 F에 지급한 것으로 보이는 점(대법원 2013. 9. 27. 선고 2013두10335 판결의 취지 등 참조), 원고가 임차한 이 사건 매장의 경우에 다른 매장들에 비하여 높은 수준의 임차보증금을 지급하여야 할 만한 사정은 찾을 수 없는 점 등을 고려하면, 원고가 기존 임차인들과 동일한 조건으로 임대차계약을 체결하였다고 단정할 수는 없다고 할 것이다.

(다) 나아가, ① 원고는 2013 사업연도에 8,500만 원을 지급받은 외에는 F로부터 이 사건 보증금 또는 이 사건 매장 운영 위임에 대한 어떠한 대가도 받지 않은 점, ② 임차인이 임대목적물을 임차하여 그 임차보증금을 지급하였음에도 그와 동시에 그 임대인이자 소유자에게 전대하되 전대차보증금은 지급받지 않는다는 것은 상당히 이례적이고, 원고 역시 이와 같은 방식의 거래를 한 다른 사례가 없다고 보이는 점, ③ 원고는 다른 임차인들에 비하여 평균적으로 24% 가량 높은 수준의 임차보증금을 지급하였고, 이는 당초 F에 필요하였던 자금 수준과 동일하게 맞추기 위하여 정해진 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 원고가 F의 1대 주주라거나 기존 임차인들이 원고의 투자를 요구하였다는 점만으로는 F에 별다른 대가 없이 이 사건 보증금을 지급한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 인정되는 거래라고 보기 어렵다.

(2) 따라서 이 사건 처분 중 피고가 금전을 시가보다 낮은 이율로 제공한 경우에 있어 인정이자 계산방법을 규정한 구 법인세법 시행령에 따라 그 인정이자를 익금에 산입한 부분 역시 적법하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이기 어렵다.

마. 이 사건 공동경비의 부당행위계산 부인관련 주장에 관한 판단

○ 제1심판결문 제27쪽 제19행의 “H0주식회사” 부분을 “H 주식회사(갑 제18호증)”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제29쪽 표7. 아래 제8~9행 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『마) 한편, 2016년도를 기준으로, 이 사건 계열사 중 I를 제외한 나머지 8개의 계열사는 경영기획팀 내지 경영지원팀 등 이름은 상이하나 경영기획 업무를 담당하는 부서가 별도로 존재하였고, I는 관리부에서 경영기획 업무를 수행하였다. 그리고 이 사건 계열사 중 F은 총무법무팀에서 법무 업무를 담당하였고, 나머지 계열사는 경영기획팀, 경영지원팀 내지 관리부 등 경영기획 담당 부서에서 법무 및 내부감사 업무를 수행하였으며, 비서실은 이 사건 계열사에 모두 존재하였다.』

○ 제1심판결문 제30쪽 제7행의 “있다고 진술하였다” 부분을 “있다”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제31쪽 제7행의 “갑 제18, 19, 23 내지 36, 45호증” 부분을 “갑 제18, 19, 23 내지 36, 45, 49 내지 66호증”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제31쪽 제9행부터 제32쪽 제20행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『2) 구체적 판단

가) 구 법인세법 제26조 제4호 는 ‘내국법인의 각 소득금액을 계산할 때 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중에 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제48조 제1항 제2호 (가)목 본문은 ‘비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각호의 특수관계인의 관계가 있는 경우 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액(한 공동사업자가 다른 공동사업자의 지분을 보유하고 있는 경우 그 주식의 장부가액은 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 총액 중 법인이 선택하는 금액에서 해당 법인의 매출액(총자산가액 총액을 선택한 경우에는 총자산가액을 말한다)이 차지하는 비율에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다.

위 조항들은, 다른 법인 등과 공동으로 운영하거나 영위하는 조직이나 사업에서 생기는 경비는 제 몫만큼만 손금이 된다는 의미를 명확히 규정한 것이고 또한 공동경비의 임의배분에 따른 부당한 소득금액 조작을 방지하기 위해 규정한 것으로 보이며, 다수의 회사가 하나의 동일한 조직을 구성하거나 동일한 종류의 사업을 공동운영함으로써 발생하는 비용은 그로부터 창출되는 수익에 직접 대응되기 때문에 납세자별 과세소득의 적절한 산정을 위하여 해당 공동비용을 매출액 기준 등으로 안분한 금액의 범위 내에서 손금을 인정하도록 한 것이라고 해석된다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2012두16305 판결의 취지 등 참조).

나) 위 인정사실에 더하여 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 2012 내지 2016 사업연도에서 이 사건 계열사와 이 사건 부서를 공동으로 운영하였다거나 이 사건 부서가 원고와 이 사건 계열사의 업무를 공동으로 수행하였다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 부서가 원고와 이 사건 계열사가 공동으로 운영하는 조직이라는 등의 전제 하에 이루어진 이 부분 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 원고는 2018. 5. 2. 인적분할되기 이전부터 .독점규제 및 공정거래에 관한 법률.에 따라 기업집단인 E 그룹을 총괄하는 회사(이른바 대표회사, 이하 ‘대표회사’라 한다)로 지정되어 왔고(갑 제34호증의 1, 2), 이 사건 계열사 대부분에 관하여 50%를 초과한 지분을 보유한 주주인바(갑 제18호증),원고가 계열회사를 관리·감독하는 것은 상법 등 관련 법령에 저촉되는 등 특별한 사정이 없는 한 위와 같은 주주이자 모회사 내지 대표회사(이하 ‘대표회사 등’이라 한다)로서의 정당한 권리를 행사하는 것이라고 할 것이고, 그와 관련된 업무는 원고가 대표회사 등의 지위에서 하는 고유의 업무라고 보아야 한다.

(2) ① 원고가 이 사건 계열사와 이 사건 부서를 공동으로 운영하였다거나 이 사건 부서가 이 사건 계열사의 업무를 공동으로 수행하였다고 보기 위해서는, 이 사건 계열사가 자신의 인적·물적 자원을 활용하여 수행하여야 할 고유의 업무를 이 사건 부서의 직원들이 원고의 자원을 활용하여 대신 수행하였다고 볼 정도에 이르러야 할 것이나, 이 사건 계열사는 모두 경영기획 업무를 담당하는 별도의 조직이나 직원이 존재하였던 점, ② 원고 경영기획팀의 조직도상 계열사 관련 업무를 담당하는 것으로 기재된 인원은 3명에 불과하고, 해당 인원이 계열사 관련 업무만을 전담하는 것으로도 보이지 않는 점, ③ 제1심 증인 J의 증언에 의하더라도 경영기획팀의 위 계열사 관련 업무 담당 인원은 계열사 사장들의 회의를 위한 회의실 확보, E 그룹의대표회사로서 공정거래위원회에 제출할 자료 등 각종 자료 취합, 공유 및 출력 등의 소극적 업무만을 하였던 것으로 보일 뿐 피고의 주장과 같이 이 사건 부서가 직접 이 사건 계열사의 경영전략을 구체적으로 수립하거나 이 사건 계열사의 사업계획을 분석하는 등 이 사건 계열사가 스스로 해야 할 업무를 대신 수행하였다는 사정은 전혀 발견되지 않고, 그러한 업무가 위와 같은 3명의 인원만으로 처리할 수 있는 업무라고 보이지도 않는 점, ④ 계열사의 경영전략 등을 취합하고 이를 공유하는 것은 대표회사 등의 계열회사에 대한 관리·감독 업무의 하나로 보이는 점 등을 고려하면, 원고의 경영기획팀이 이 사건 계열사의 업무를 대신하여 수행하였다고 볼 수 없다.

(3) 또한, ① 이 사건 계열사는 모두 법무 및 감사 업무를 담당하는 별도의 조직내지 직원을 두고 있었던 점, ② 원고의 법무감사팀이 이 사건 계열사 중 하나인 H의 소송 진행 상황을 파악하고 사장에게 보고한 사실이 있기는 하나, 이는 H의 소송 결과에 따라 원고의 재무 상태에도 중대한 영향이 있을 수 있었기 때문이었던 것으로 보이고(원고의 지분이 56.6%이다. 갑 제18호증), 위와 같이 단순히 소송경과를 파악하고 보고하는 차원을 넘어서 원고의 법무감사팀이 위 H의 소송에 직접 관여하였다는 사정은 찾을 수 없는 점, ③ 제1심 증인 K은 ‘H의 소송을 방청한 것 이외에 계열사들의 소송에 구체적으로 관여한 적은 없다’, ‘계열사의 계약 검토나 법률자문을 수행한 사실이 없다’고 진술하였고, 달리 원고의 법무감사팀이 이 사건 계열사의 소송에 일반적으로 개입하였다거나 이 사건 계열사의 법률문제에 대한 자문을 제공하였다고 볼만한 증거도 없는 점, ④ 원고의 법무감사팀은 원고의 사업장에 대한 감사 업무를 주로 수행하였고, 이 사건 계열사에 대한 감사는 부수적인 업

무였으며, 매년 계열사 감사를 실시한 것도 아닌 점, ⑤ 자회사에 대한 모회사의 조사권을 규정하고 있는 상법 제412조의5 에 의하더라도 모회사로서 자회사에 대한 감사를 충분히 실시할 수 있는 점, ⑥ 이 사건 계열사는 내부감사 업무를 수행하는 별도의 조직 내지 직원을 두고 있는바, 원고의 이 사건 계열사에 대한 감사는 대표회사 등의 계열회사에 대한 관리·감독의 일환으로써 진행된 것으로 보이고, 이 사건 계열사가 직접 수행하여야 할 감사 업무를 원고의 법무감사팀이 대신하여 수행한 것이라고 보이지 않는 점 등을 고려하면, 원고의 법무감사팀은 대표회사 등의 지위에서 계열회사에 대한 관리·감독을 한 것에 불과하다고 보일 뿐이고, 이 사건 계열사가 직접 수행하여야 할 법무 또는 감사 업무를 대신 처리하였다거나 그 업무를 공동으로 수행하였다고 보기 어렵다.

(4) 피고는, 원고의 대표이사가 E 그룹을 총괄하는 회장이므로 그 비서실은 계열사 관련 업무를 하는 조직으로 보아야 한다고 주장하나, 이 사건 계열사는 모두 비서실을 별도로 두고 있기도 한 점 등에 비추어 볼 때, 피고가 주장하는 사정만으로는 원고와 이 사건 계열사가 원고의 비서실을 공동으로 운영하였다고 볼 수 없고, 달리 원고의 비서실이 E 그룹 중 이 사건 계열사와의 공동운영조직이라거나 이 사건 계열사의 업무를 공동으로 수행하였다고 인정할 만한 증거가 없다.』

바. 이 사건 부과처분의 취소 범위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 제1심판결의 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 피고들에 대한 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 각 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하여야 한다. 이와 결론을 같이하는 제1심판결은 정당하므로 원고들과 피고들의 각 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.