사립학교법상 '학교교육에 직접 사용되는 재산'에 대한 법리

이 사건 주택이 실제로 유치원 교육에 직접 사용되는 재산이 아닌 이상, 양도인의 주택 수를 산정할 때 이를 제외시킬 수는 없다.

이 사건 주택은 사립학교법상 매도 등 처분이 금지되는‘학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산’에 해당하지 않고, 일반 주택에 해당한다. 따라서 이 사건 주택은 양도인의 주택수를 계산할 때 산입해야 한다.

사 건

2021누15997 양도소득세경정거부처분취소

원 고

이AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2023. 11. 15.

판 결 선 고

2023. 12. 20.

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 이 사건 소를 각하한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2020. 2. 18. 원고에 대하여 한, 2018년 귀속 양도소득세 133,737,500원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 이 사건 주택의 양도 및 양도소득세 신고·납부

1) 원고는 2009. 5. 12. ○○시 ○○구 ○○동 705 ○○아파트 제105동 303호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여, 2018. 11. 20. 이를 9억 6,500만 원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다). 원고는 2019. 1. 31. ○○세무서장에게 이 사건 양도에 따른 양도차익 전부에 대하여 장기보유 특별공제 및 일반세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 134,210,300원을 신고·납부하였다.

2) 이 사건 양도 당시, 원고는 이 사건 주택 외에 2017. 8. 8. 취득한 ○○시 ○○동 ○○ 아파트 제1011동 제904호(이하 ‘●●시 주택’이라 한다)를 소유하고 있었다.

3) 한편, 원고와 동일 세대원인 원고의 배우자 신AA(이하 원고와 그 배우자를 함께 ‘원고 세대’라 한다)은, 2011. 3. 2. 유치원 운영을 위해 ○○시 ○○구 ○○읍 ○리 584-50 외 1필지와 그 지상 유치원 건물을 포함하여 그 운영권 일체를 인수하였다. 신AA이 취득한 위 토지 위에는 ① 가동(3층, 용도: 유치원), ② 나동(연와구조 스라브·스레트 지붕 2층 주택 및 변소), ③ 다동 단층, 용도: 노유자시설(유치원) 등 3채의 건물이 위치해 있었고, 그 중 ‘가동’과 ‘다동’ 건물만 유치원 교육시설로 인가 받았을 뿐, ‘나동’ 건물(이하 □□읍 주택’이라 한다)은 유치원 교육시설 인가대상에서 제외되어 있었다.

4) □□읍 주택은 지방자치법 제3조 제4항 에 따른 읍 지역에 소재한 주택으로, 이 사건 양도 당시 주택 및 부수토지의 기준시가 합계액이 3억 원 이하인 주택이었다.

나. 원고의 양도소득세 환급신청 및 이에 대한 거부처분

1) 원고는 2019. 12. 10. 피고에게, ‘□□읍 주택은 유치원 교지에 포함되어 있어 재산권 행사가 불가능한 주택이므로 이 사건 양도 당시 원고 세대가 보유한 주택에서 제외되어야 하고, 따라서 이 사건 양도는 일시적 1세대 2주택자의 양도에 해당한다’는 이유로 신고·납부한 양도소득세 중 133,737,500원(양도가액 중 9억 원을 초과하는 양도차익에 대한 양도소득세 부분 제외)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

2) 이에 대하여 피고는, ‘□□읍 주택은 이BB 외 7인이 임대차계약을 체결하여 거주하는 등 주거용으로 사용되고 있고, 관할 관청인 ○○교육지원청도 □□읍 주택을 유치원의 교육시설로 관리하고 있지 않아 유치원 건물(원사)로 볼 수 없으므로, 이 사건 양도 당시 원고는 일시적 1세대 2주택자가 아니다’라는 이유로, 2020. 2. 18. 원고의 양도소득세 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

3) 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2020. 3. 17. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2020. 9. 2. 원고의 청구를 기각하였다. 이에 원고는 2020. 11. 30. 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기하였다.

다. 피고의 양도소득세 경정처분

1) 한편, 피고는, 2020. 7. 2.부터 2020. 9. 22.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 다음, 이 사건 양도를 조정대상지역 내 1세대 2주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 일반세율에 10%를 더한 중과세율을 적용하여, 2020. 10. 7. 원고에게 아래와 같이 산출된 2018년 귀속 양도소득세 144,322,460원(가산세 포함, 원 미만 버림)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 경정처분’이라 한다).

2) 원고는 이 사건 경정처분의 취소를 구하는 행정소송(수원지방법원 0000구단00000)을 제기하였고, 위 법원은 2022. 10. 21. 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의10 제1항의 ‘(1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다)’(이하 ’이 사건 괄호 규정‘이라 한다) 부분은 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호 에도 적용되므로, 이 사건 주택의 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제1호 에서 정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’에 해당하지 않는다는 이유로 이 사건 경정처분을 취소하는 판결을 선고하였다. 이에 대하여 피고가 항소하였으나(수원고등법원 0000누00000), 항소심법원은 2023. 8. 11. 피고의 항소를 기각하는 판결을 선고하였고, 위 판결은 2023. 8. 30. 그대로 확정되었다(이하 ‘이 사건 관련소송’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함), 변

론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부에 관한 판단

직권으로 이 사건 소의 적법 여부에 관하여 본다.

가. 관련 법리

과세표준과 세액을 증액하는 경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초 신고나 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 그 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 된다. 이는 증액경정 시 당초 결정분과의 차액만을 추가로 고지한 경우에도 동일하다(대법원 1999. 5. 28. 선고 97누16329 판결, 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 등 참조).

그리고 납세자가 감액경정청구 거부처분에 대한 취소소송을 제기한 후 증액경정처분이 이루어져서 그 증액경정처분에 대하여도 취소소송을 제기한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 동일한 납세의무의 확정에 관한 심리의 중복과 판단의 저촉을 피하기 위하여 감액경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다(대법원 2005. 10. 14. 선고 2004두8972 판결 참조).

나. 판단

1) 피고가 이 사건 거부처분 이후인 2020. 10. 7. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세를 증액경정하는 이 사건 경정처분을 한 사실, 원고는 피고를 상대로 이 사건 경정처분의 취소를 구하는 이 사건 관련소송을 제기하여 위 경정처분을 취소하는 취지의 판결을 선고받고 그 판결이 확정된 사실은 앞서 인정한 바와 같다. 따라서 이 사건 거부 처분은 이 사건 경정처분에 흡수되어 소멸하였고, 원고는 별소로써 위 경정처분을 다투어 이를 취소하는 판결을 선고받았으므로, 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 이 사건 소는 그 취소를 구할 이익이나 필요가 없어 부적법하다.

2) 다만, 이 사건 관련소송에서는 원고가 이 사건 소에서 이 사건 거부처분의 취소 사유로 주장하는 내용, 즉 □□읍 주택이 사립학교법에 의해 매도·처분이 금지되는 재산으로서 양도소득세 계산에 있어 원고 세대가 보유한 주택에서 제외되어야 하는지 여부에 대하여는 특별히 판단하지 않은 것으로 보이므로, 아래에서 이에 대하여 보충적으로 살펴본다.

사립학교법 제28조 제2항 , 제51조, 사립학교법 시행령 제12조 제1항 에서 규정하고 있는 ‘학교교육에 직접 사용되는 사립학교경영자의 재산으로서 매도하거나 담보에 제공할 수 없는 재산’ 중 교지·교사·체육장은, 사립유치원의 경우 유치원 설립인가를 받을 당시의 원지·원사·유원장으로서 실제로 유치원 교육에 직접 사용되는 것 또는 설립 인가 이후에 원지·원사·유원장의 변경인가를 받은 경우에는 그 변경인가를 받은 원지·원사·유원장으로서 실제로 유치원 교육에 직접 사용되는 것을 의미한다고 볼 것이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008다12279 판결, 대법원 2004. 12. 10. 선고 2004도6261 판결 등 참조). 따라서 사립유치원이 종전에 원사로 사용하던 건물 중 일부를 유치원의 교육시설에서 제외시키는 것으로 변경인가를 받았다면 변경인가에서 제외된 건물 부분은 유치권 교육에 직접 사용하는 재산에서 제외되었다고 봄이 타당하고, 그 후 설령 유치원경영자가 변경인가 이후에도 제외된 건물 일부를 강당 등 유치원의 교육장소로 간헐적으로 사용했다 하더라도 그러한 일시적 사용만을 가지고 제외된 건물 일부를 사립학교법이 정한 ‘매도하거나 담보에 제공할 수 없는 학교교육에 직접 사용되는 재산’이라고 할 수는 없다.

앞서 본 바에 따르면, □□읍 주택은 유치원 부지 안에 위치해 있긴 하나 관할 교육청으로부터 정식으로 유치원 교육시설로 인가받은 건물에 속하지 않고 그 동안 다수의 세입자가 원고측과 임대차계약을 체결하여 거주해 오기도 한 사실을 인정할 수 있다. 이에 비추어 보면 □□읍 주택은 주거용 건물일 뿐 실제로 유치원 교육에 직접 사용되는 재산이 아니므로, 이는 사립학교법상 매도 등 처분이 금지되는 ‘학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산’에 해당한다고 볼 수 없고, 원고가 주장하는 나머지 사정만으로 □□읍 주택이 양도소득세 산정에 있어 원고 세대가 보유하는 주택에서 제외되어야 한다고 볼 수 없다.

3. 결 론

이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하여야 한다. 이와 결론을 달리하는 제1심판결은 부당하므로, 제1심판결을 취소하고 주문과 같이 판결한다.