3주택을 보유하다가 그중 1개의 주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로서 1세대 2주택이 된 경우는 일시적 1세대 2주택 비과세 특례가 적용되는 경우에 해당하지 아니함

원고가 이 사건 제1주택을 양도한 것은 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’의 양도소득 비과세 특례를 규정한 소득세법 제89조 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항, 제155조 제1항 제1호가 적용되는 경우라고 볼 수 없음

사 건

2023구단70834 양도소득세부과처분취소

원 고

○○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 7. 12.

판 결 선 고

2024. 9. 13.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 11. 16. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 양도소득세 119,526,910원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 3. 19. □□시 서구 □□로 96, 327동 2302호(□□동, AAA, 이하 ‘이 사건 제1주택’이라 한다), 2020. 2. 27. □□시 □□ 구 □□ 동 323 BBB 102동 105호(이하 ‘이 사건 제2주택’이라 한다), 2020. 8. 13. □□시 □□구 □□동 613 CCC 102동 303호(이하 ‘이 사건 제3주택’이라 한다)를 각 취득하였다.

나. 원고는 2021. 5. 28. 이 사건 제3주택을 양도하였고, 2022. 4. 4. 이 사건 제1주택을 조○○에게 xxx,000,000원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였으며, 2022. 6.14. 피고에게 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목에 따른 일시적 2주택자에 해당하는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 양도소득세 신고서를 제출하였다.

다. 피고는 원고의 주택 보유 현황을 확인하여 기획재정부 유권해석(재산세제과-953,2021. 11. 2.)에 따라 원고는 2021. 1. 1. 기준으로 다주택자(3주택)에 해당하고, 이 경우 일시적 2주택의 이 사건 제1주택 보유기간은 직전주택(이 사건 제3주택) 양도일(2021. 5. 28.)로부터 기산하여야 하므로, 이 사건 제1주택 양도일(2022. 4. 4.) 현재 1세대 1주택 비과세 요건 중 보유기간 요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 2022. 11. 16. 원고 에게 2022년 귀속 양도소득세 119,526,920원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재 , 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 제1주택이 양도될 당시 시행되고 있던 소득세법 제89조 제1항 제3호 ,제95조 제4항, 구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제154조 제1항, 제5항, 제11항, 제155조 제1항 제1호의 규정에 의하면, 1주택 보유자가 그 종전 주택을 양도하기 전에 다른 신규주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택 보유자가 된 경우라고 하더라도, 종전 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하였고, 그 신규 주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하였으며, 그 양도 당시 종전 주택의 취득일로부터 양도일까지의 종전 주택의 보유기간이 2년 이상이면 양도소득 비과세 대상인 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’에 해당한다.

(2) 그런데 원고와 같이 종전 주택(이 사건 제1주택)을 소유한 1세대가 순차로 2개의 신규 주택(이 사건 제2주택, 이 사건 제3주택)을 취득하여 3주택을 보유하다가, 1개의 주택(이 사건 제3주택)을 처분하여 2주택(이 사건 제1주택, 이 사건 제2주택)을 보유하던 중 다시 종전 주택(이 사건 제1주택)을 처분한 사안에서, 종전 주택(이 사건 제1주택)을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택(이 사건 제2주택)을 취득하였고, 그 신규 주택(이 사건 제2주택)을 취득한 날로부터 3년 이내에 종전 주택(이 사건 제1주택)을 양도하였으며, 그 양도 당시 종전 주택(이 사건 제1주택) 취득일로부터 양도일까지의 보유기간이 2년 이상이면, 앞서 본 경우와 마찬가지로 양도소득 비과세 대상인 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’에 해당한다고 해석하여야 하고, 원고는 그에 따른 양도소득 비과세 요건을 모두 충족하였다.

(3) 그럼에도 피고는 원고가 양도한 이 사건 제1주택의 보유기간 2년의 기산일을 ‘이 사건 제1주택의 취득일’이 아닌 ‘이 사건 제3주택의 처분일’로 잘못 인정하여 원고가 양도소득 비과세 대상 요건으로서 ‘양도 주택 보유기간 2년 이상’을 충족하지 못하였다고 판단하였고, 그 결과 원고의 이 사건 양도로 인한 양도소득이 비과세 대상이 아니라고 보아 이 사건 처분을 하여 조세법률주의, 조세평등주의, 소득세법 열거주의, 비례의 원칙 및 신뢰보호의 원칙 등을 위반하여 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 이 사건 제1주택의 보유기간 기산일

(1) 관련 법리

조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2006.5. 25. 선고 2005다19163 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

(2) 구체적 판단

가) 원고가 이 사건 제1주택을 보유하다가 순차로 이 사건 제2주택, 이 사건 제3주택을 취득하여 3주택 보유자가 되었다가, 이 사건 제3주택을 처분하여 이 사건 제1주택과 이 사건 제2주택을 보유한 2주택 보유자로 있던 중 이 사건 제1주택을 양도한 사실은 앞서 본 바와 같다.

나) 그런데 위와 같은 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살피면, 원고가 이 사건 제1주택을 양도한 것은 이른바 ‘1세대 일시적 2주택’의 양도소득 비과세 특례를 규정한 소득세법 제89조 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항 , 제155조 제1항 제1호가 적용되는 경우라고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 있는 원고의 조세법률주의, 조세평등주의, 소득세법 열거주의, 비례의 원칙 위반 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 받아들일 수 없다.

① 소득세법은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서( 소득세법 제4조 제1항 제3호 ), 예외적으로 정한 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고( 소득세법 제89조 ), 특히 원고가 주장하는 일정한 요건을 충족한 2주택자의 종전 주택 처분에 대하여 양도소득세를 부과하지 않은 소득세법 등 관련 법령의 각 규정은 명백한 특혜규정이므로 앞서 본 엄격해석의 원칙에 따라 조세공평의 원칙에 부합하도록 엄격하게 해석하여야 한다.

② 이 사건의 경우와 같이 1세대가 주택을 상속, 동거봉양, 혼인 등의 사유가 아닌 신축이나 매매, 증여 등의 계약으로 취득함으로써 2주택 이상을 보유한 경우에 관한 양도소득 비과세 특례를 정하고 있는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 에 따르면, 국내에 1주택(종전 주택)을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 신규주택을 취득함으로써 일시적으로 1세대 2주택이 된 경우 일정한 요건, 즉 종전 주택을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고, 신규 주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하는 경우에는, 1세대 2주택임에도 불구하고 이를 1세대 1주택으로 보아 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 요건을 충족하는 경우 양도소득세를 과세하지 않는다(이른바 ‘1세대 일시적 2주택’). 이와 같은 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 의 문언과 그 내용에 의하면 이른바 ’1세대 일시적 2주택‘에 대한 양도소득 비과세 특례는 1개의 주택을 보유한 1세대가 신규로 1개의 주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고, 원고와 같이 3개의 주택을 보유한 1세대가 그중 1개의 주택을 처분하고 남은 2개의 주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고 있지 않음이 분명하다.

③ 한편 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 에서는, 양도소득 비과세 특례 적용대상인 1세대 1주택에 해당하기 위한 주택의 보유기간 계산에 관하여 ’소득법세 제95조 제4항에 따라 해당 자산의 취득일로부터 양도일까지로 하되, 다만 2주택 이상(구 소득세법 시행령 제155조 , 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규 주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다‘고 정하고 있다. 이처럼 위 양도소득 비과세 특례 적용요건으로서 보유기간 계산에 관한 규정 또한 구 소득세법 시행령 제155조 , 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택이 된 경우나 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 처분하였다가 신규 주택을 취득하여 1세대 2주택이 된 경우(즉 1+1=2)만을 상정하고 있을 뿐, 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우(즉 3-1=2)를 상정하고 있지는 않다.

④ 위와 같이 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항 , 제155조 제1항에서, 1세대 2주택임에도 일정한 요건을 충족하는 경우에 ‘1세대 일시적 2주택’으로 보아 1세대 1주택과 동일하게 양도소득 비과세 특례가 적용될 수 있도록 한 것은, 1주택 보유자가 주거를 이전하기 위한 목적으로 대체 주택을 취득하는 등과 같이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 2주택을 보유하다가 양도한 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 양도소득 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우와 동일하게 취급하여 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주·이전의 자유를 보장하려는 입법 목적에 따른 것이라고 할 것이다.

위와 같은 해당 법 규정의 입법 목적이나 제도의 취지에 비추어 보면, 원고와 같이 3주택을 보유하다가 그중 1개의 주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로서 1세대 2주택이 된 경우는 소득세법 제89조 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항 , 제155조 제1항 제1호에서 정한 비과세 특례의 대상 중 어느 경우에도 해당하지 않는다고 할 것이다. 즉, 원고의 주장 취지처럼 3주택 중 1개의 주택이 처분된 시점을 기준으로 하여 그 때부터 새롭게 비과세대상인 1세대 2주택으로 취급하는 것은 종전에 과세의 대상이 되었던 다주택 소유관계를 도외시하고 이를 과세처분에 전혀 반영하지 않는 결과가 되어 위와 같은 입법 목적이나 제도의 취지와도 부합하지 않는 것이다.

⑤ 나아가 3주택을 소유하다가 1주택만을 처분한 원고의 경우는, 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서에서 정한 ’2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 처분하였다가 신규 주택을 취득하여 1세대 2주택이 된 경우‘와도 다름이 분명하다. 설령 이와 유사한 경우라고 보아 위 규정을 이 사건에 유추 적용할 수 있다고 가정하더라도, 주택의 최초 취득일이 아니라 다른 주택 처분 후 해당 1주택을 보유하게 된 날부터 비로소 보유기간을 기산하도록 정한 위 규정의 취지에 비추어, 이 사건 제1주택의 취득일이 아니라 이 사건 제3주택의 처분일, 즉 원고가 3주택자에서 2주택자가 된 시점부터 비로소 보유기간을 기산하여 이 사건 제1주택에 대한 2년 이상 보유요건이 충족되지 아니하였다고 본 피고의 처분사유에는 잘못이 없다고 할 것이다.

라. 신뢰보호의 원칙 위반 여부

조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다. 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 살피건대, 갑 제7, 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 종전 유권해석은 ‘주택 보유세대가 1주택을 양도하여 남은 주택이 1세대 일시적 2주택이 된 상태에서 먼저 취득한 주택을 추가로 양도할 경우, 해당 주택의 보유기간 기산일은 해당 주택(이 사건의 경우, 이 사건 제1주택)의 취득일로 한다’는 내용의 질의회신을 한 사실 및 새로운 유권해석은 ‘위와 같은 경우, 해당 주택의 보유기간 기산일은 1세대 일시적 2주택이 되기 전 양도한 주택(이 사건의 경우, 이 사건 제2주택)의 양도일로 한다’는 내용의 질의회신을 한 사실이 각 인정된다.

그러나 종전 유권해석은 원고의 질의에 대한 답변이 아니므로 원고에 대한 공적인 견해표명으로 보기 어렵고, 종전 유권해석이 대외적으로 공표되었다고 하더라도 이는 불특정납세자를 상대로 일반적으로 공표한 법령 해석에 관한 견해 표명에 불과하므로, 원고에 대한 보호가치 있는 신뢰가 존재한다고 볼 수 없다. 더욱이 새로운 유권해석은 회신일(2021. 11. 2.) 이전으로 소급해서 적용하는 것이 아니라, 위 회신일 이후 양도하는 분부터 새롭게 적용하는 것임을 명시적으로 밝히고 있다. 그리고 설령 원고에게 종전 유권해석에 대한 신뢰가 존재하는 것으로 가정하더라도, 합법성의 원칙을 희생하면서까지 원고의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합한다는 등의 특별한 사정도 보이지 않으므로 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없어 기각한다.