고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 않은 토지들의 처분으로 인하여 얻은 수입전부는 비영리내국법인의 유형자산 처분수입으로서 과세대상임

3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 이 사건 토지는 과세대상에 해당하고, 수익사업 회계로 전환된 유형자산 처분수입 산정 시 손비로 인정되는 양도자산의 양도 당시 장부가액을 토지취득 당시의 매입가액으로 보아 산정한 이 사건 처분은 적법함

사 건

2023구합71262 법인세부과처분취소

원 고

ㅇㅇㅇ씨ㅁㅁ공파종친회

피 고

ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2024.5.1.

판 결 선 고

2024.7.3.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 8. 1. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 귀속 법인세 872,146,000원 부과처분 및 2020 사업연도 귀속 법인세 9,655,000원 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 종중으로서 2005. 5. 23.경 부동산 임대사업자로 법인사업자등록을 하여 수익사업이 있는 비영리내국법인에 해당한다.

나. 원고는 2017. 10. 중순경 자신이 소유한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 451-1 답 506㎡, 같은 리 451-2 답 169㎡, 같은 리 451-3 전 516㎡, 같은 리 452-1 임야 2,549㎡, 같은 리 452-2 전 436㎡(이하 ‘이 사건 1-1토지’라고 한다), 같은 리 467-2 임야 1,527㎡, 468-3 임야 906㎡, 같은 리 477 임야 6,221㎡(이하 ‘이 사건 1-2토지’라고 한다) 합계12,830㎡(이하 위 토지들을 통틀어 ‘이 사건 1토지’라고 한다)와 같은 리 455-1 전 661㎡(이하 ‘이 사건 2토지’라고 하고, 이 사건 1토지와 이 사건 2토지를 통틀어 ‘이 사건 토지들’이라고 한다)를 고유목적사업 자산에서 수익사업 자산으로 전입하였다.

다. 원고는 2017. 12. 29. 임ㅇㅇ에게 이 사건 1-1토지를 980,400,000원에, 주식회사 AA유통에 이 사건 1-2토지를 2,094,400,000원에 각 매도하였다. 원고는 2018. 3. 30. 이 사건 1토지가 고유목적사업에 사용한 토지라는 전제 하에 유형자산 처분이익을 과세제외하여 위 매도금액을 익금불산입하고, 이 사건 1토지의 취득 원가 79,631,000원을 손금불산입하여 유형자산처분이익 2,995,169,000원을 과세제외한 채 2017년 사업연도 법인세를 0원으로 신고하였다.

라. 원고는 2020. 1. 15. 채ㅇㅇ와 최ㅇㅇ에게 이 사건 2토지를 80,000,000원에 매도하고, 2020. 1. 20. 소유권이전등기를 마쳐주었다. 원고는 2021. 3. 27. 2020년 귀속연도 법인세를 신고하면서, 이 사건 2토지의 처분으로 인한 유형자산 처분이익에 관해서는 신고를 누락하였다.

마. 피고는 이 사건 토지들의 처분으로 발생한 소득을 과소신고 및 신고 누락한 것으로 보아, 2021. 8. 1. 원고에게 2017년 사업연도 귀속 법인세 872,146,490원(가산세 포함) 및 2020년 사업연도 귀속 법인세 9,654,680원(가산세 포함)을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 하였으나 기각되었고, 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2023. 6. 29. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

아래와 같은 이유로, 비영리내국법인이 고유목적사업 회계에 속하는 고정자산을 수익사업 회계에 전입한 후 처분하는 경우에는 그 고정자산의 취득가액을 ‘전입 시의 시가’로 평가하여 처분수입을 계산하여야 한다. 따라서 이 사건 토지들의 취득가액을 ‘취득 시 매입가액’으로 보고 계산한 이 사건 처분은 위법하다.

1) 고유목적사업 회계에 있는 동안 발생한 소득 비과세

① 법인세법은 법인세 과세대상이 되는 소득 개념을 영리법인의 경우 순자산 증가로 보는 것(제4조 제1항, 제14조 제1항, 제15조 제1항)과 달리, 비영리법인의 경우 과세대상이 되는 소득원천을 정형적으로 열거하고 있다(제4조 제3항). 고유목적사업 회계에서 수익사업 회계로의 전입 시 발생하는 자산평가이익은 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입이라고 할 수 없고, 수익사업 회계가 아니라 고유목적사업 회계에 발생한 것이며, 자산 전입행위가 수익을 목적으로 계속적․반복적으로 이루어진 것이 아니어서 수익사업으로 볼 수 없으므로, 익금 산입 대상이 아니다. 따라서 비영리법인의 자산평가이익을 익금에 산입할 수 있음을 근거로 내린 이 사건 처분은 위법하다.

② 2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정된 법인세법 시행령 제3조 제2항 1) (이하 ‘이 사건 시행령조항’이라고 한다)은 “비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.”라고 규정하여 비영리법인이 고정자산을 수익사업에서 고유목적사업으로 전입 후 처분하는 경우 비과세되는 처분수입의 범위를 고유목적사업 전입 이후 발생한 부분으로 한정하고 있다. 위 시행령 조항의 개정 취지를 고려하면, 고정자산을 고유목적사업에서 수익사업으로 전입한 후 처분하는 경우 과세되는 처분수입 역시 수익사업 전입 이후 발생한 부분으로 한정되어야 한다.

2) 구분경리와 기업회계의 존중

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우 수익사업과 고유목적사업을 구분하여 경리한다. 이와 같이 구분경리를 하도록 정한 취지는 과세대상이 되는 수익사업을 통한 과세표준을 명확히 하기 위함이므로, 구분경리는 회계 기술적 요청에 불과한 것이 아니라 취득가액 산정에서도 고려되어야 한다.

② 비영리법인의 수익사업회계에 전입되는 자산의 평가액은 장부가액이 아니라 전입 시의 시가에 의하고 있다. 이러한 기업회계 기준 또는 관행을 존중하여야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 규정 및 법리

1) 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것. 현행 법인세법 제4조 에서도 동일한 내용으로 규정되어 있다. 이하 ‘법인세법’이라고만 하고, 특별히 구법을 언급할 필요가 있을 때 ‘구 법인세법’이라고 한다) 제3조 제1항에서는 “법인세는 각 사업연도의 소득(제1호), 청산소득(제2호), 법 제55조의2에 따른 토지 등 양도소득(제3호 2) )에 대하여 부과한다. 다만 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다”라고 규정하면서 같은 조 제3항에서는 비영리내국법인의 과세되는 각 사업연도의 소득을 7가지의 소득으로 한정하고 있는데, 제5호에서 “고정자산(고유목적사업에 직접사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입”을 들고 있다 3) .

2) 법인세법 제41조 제1항 제1호 는 내국법인이 타인으로부터 매입하여 취득한 자산의 취득가액은 매입한 자산의 매입가액에 부대비용을 더한 금액으로 한다고 규정하고 있고, 법인세법 제42조 제1항 본문은 내국법인이 보유하는 자산의 장부가액을 증액 또는 감액한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 자산의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 하도록 규정하고 있으며, 법인세법 시행령 제19조 제2호 는 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’을 손비로 규정하고 있다. 위 각 규정을 종합하여 보면, 법인세법 시행령 제19조 제2호 에서 정한 ‘양도한 자산의 양도당시의 장부가액’이란 취득 당시 매입가액 등을 기초로 하되, 기업회계에 따른 장부가액이 아니라 세무회계에 따른 장부가액을 의미하고, 자산의 취득 후 기업회계상 평가차익이 발생하였더라도 이를 ‘자산의 장부가액’에 반영할 수 없다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2010두28601 판결 참조). 이러한 법리는 비영리사업회계에 속하는 자산이 수익사업회계에 전입된 때 비영리사업과 수익사업의 구분경리에 관한 법인세법 시행규칙 제76조 제3항 에 의하여 기업회계에 따른 장부가액이 당초 매입가액에 평가차익이 추가된 시가로 계상되었더라도 마찬가지이다(대법원 2017. 7. 11. 선고

2016두64722 판결 참조).

3) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

앞서 든 증거들, 을 제10호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래의 사정을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 토지들의 양도 시 손비로 인정되는 양도자산의 양도당시 장부가액을 토지 취득 당시의 매입가액으로 보아 자산처분수입을 산정한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 달리 이 사건 토지들이 고유목적사업 회계에서 수익사업 회계로 전입될 당시의 시가를 자산의 취득가액으로 보아야 한다는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

① 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 제3조 제3항 은 비영리내국법인의 각 사업연도 소득 가운데 각 호에서 정한 수익사업에서 생기는 소득만을 과세대상으로 삼고 있는데, 제5호에 따라 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 원칙적으로 과세대상에 해당하고, 다만 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분으로 인한 수입인 경우에 한하여 비과세된다[구 법인세법 제3조 제3항 제5호 , 같은 법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 2조 제2항 4) ). 이는 비영리내국법인으로 하여금 상당한 기간 동안 부동산과 같은 고정자산을 고유목적사업에 직접 사용하도록 유도하여 고유목적사업을 원활히 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결 참조).

② 기본적으로 비영리내국법인이더라도 고유목적사업에 직접 3년 이상 사용한 자산을 처분한 경우에야 비과세 대상에 해당하게 되는 것인데, 원고는 이 사건 토지들을 각 처분일을 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하였다는 점에 대해 아무런 증명을 하지 못하고 있다. 따라서 원칙으로 돌아가, 이 사건 토지들이 기업회계상 고유목적사업 회계에서 수익사업 회계로 전입되었는지 여부와 무관하게, 원고가 이 사건 토지들의 처분으로 인하여 얻은 수입 전부가 비영리내국법인의 유형자산 처분수입으로서 과세대상이 된다. 원고는 고유목적사업 회계에서 수익사업 회계로의 전입 시 발생하는 자산평가이익은 고정자산의 처분수입에서 제외하여야 한다고 주장하나, 단지 기업회계상 고유목적사업 회계에 있었다는 이유만으로 그 기간동안 발생한 자산평가이익을 고정자산의 처분수입에서 제외할 수는 없다.

③ 이 사건 시행령조항도 수익사업에서 고유목적사업으로 전입한 고정자산을 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 경우 전입 이후 발생한 차익에 한하여 비과세하는 것으로서, 고유목적사업 전입 전 수익사업 회계에 있던 기간에 발생한 시가상승분에 대해서는 명확히 과세대상이 된다는 것을 밝힌 것이다. 앞에서 본 법인세 과세대상이 되는 비영리내국법인의 소득 규정을 살펴보면, 비영리내국법인이더라도 유형․무형자산을 처분하면 그것이 고유목적사업에 사용된 것이든 수익사업에 사용된 것이든 구분하지 않고 그 처분으로 인한 수입은 법인세 과세소득이 되지만, 그 중에 고유목적사업에 3년 이상 계속 사용한 자산의 처분으로 인하여 생긴 수입에 있어서는 그 부분에 한정하여 비과세하겠다는 것이다(위 대법원 2013두1829 판결 취지 참조). 즉 비영리내국법인의 유형․무형자산 처분 수입은 원칙적으로 법인세 과세대상이 되는데, 그 중 고유목적사업에 3년 이상 계속 사용한 자산을 처분한 경우에만 제외하겠다고 비과세대상을 한정하고 있다. 그런데 반대로 고유목적사업에 사용하고 있다가 수익사업으로 전환한 자산의 처분수입을 산정할 때, 고유목적사업 기간동안 발생한 시가상승분에 대해서는 달리 처분수입에서 제외해야 한다는 비과세 규정을 찾아볼 수 없으며, 유형․무형자산의 처분수입은 그 양도가액( 법인세법 시행령 제11조 제2호 )에서 장부가액으로 자산의 취득 당시 매입가액 등( 법인세법 시행령 제19조 제2호 , 법인세법 제41조 제1항 제1호 , 제42조 제1항 본문, 대법원 2010두 28601 판결 등 참조)을 차감한 차액으로 계산하는 것이어서, 결국 구분경리 전입에 따른 평가이익은 당기의 손익에 반영되지 않더라도 제3자에게 처분할 때 익금으로 산입되어 과세되는 것이다(대법원 2016두31172 판결 취지 참조). 이 사건 시행령조항은 이처럼 오히려 비영리내국법인의 비과세대상이 되는 양도소득의 범위를 한정한 것으로서 그와 달리 반대의 경우인 고유목적사업 회계에서 수익사업 회계로 전환된 유형자산의 처분이익에서 고유목적사업 회계에 있는 동안 발생한 평가증익 역시 비과세대상이 되는 것이라고 비과세 범위를 확대하는 방향으로 해석될 수는 없다.

④ 법인세법 시행규칙 제76조 제3항 은 “비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.”고 정하고 있으나, 이는 비영리법인이 수익사업을 하는 경우 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 비영리사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하기 위한 기업회계상 구분경리에 관한 규정에 불과하여, 비영리내국법인의 ‘고정자산의 처분으로 인하여 생긴 수입’을 산정할 때 영향을 미칠 수 없다(대법원 2016두64722 판결 참조).

⑤ 법인세법 제43조 는 “내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다.”고 규정하고 있다. 국세기본법 제20조 에서도 “세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다”고 규정하고 있다. 이는 세법에서 정해지지 않은 내용에 대해서 보충적으로 기업회계기준 및 관행을 따르도록 한 것이다. 동일한 법인 내에 과세소득 계산구조가 다른 소득이 복합적으로 발생하는 경우 과세소득 및 세액 계산의 정확성을 도모하고자 법인세법 제113조 등에서 구분경리에 관해 규정을 두고 있는 것인데, 이 사건에서와 같이 비영리내국법인의 유형․무형자산의 처분수입을 계산할 때 수익사업이든 고유목적사업이든 구분 없이 법인세법령에서 그 익금과 손금에 산입해야 하는 것을 명확히 규정하고 있는 상황에서 구분경리를 위한 회계기준이 함부로 적용되어야 할 것은 아니라 하겠다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 위 조항은 2018. 2. 13. 개정 전후로 법인세법 시행령 제2조 제2항 에 위치하였다가, 2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되면서 제3조 제2항으로 조문 위치가 변경되어 현재에 이르고 있다. 이하에서는 편의상 2018. 2. 13. 개정된 위 시행령조항을 제3조 제2항으로 통칭한다.

2) ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’ 과세제도는 2001. 12. 31. 종전의 특별부가세 제도가 폐지됨과 동시에 신설된 제도로서, 부동산 투기의 재발을 방지하고 부동산의 가격 안정을 위하여 법인이 일정한 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물 및 구축물을 포함함), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조 제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 “토지 등”이라 함)을 양도하는 경우 각 사업연도소득에 대한 법인세 외에 추가 과세하는 제도를 말한다.

3) 현 법인세법 제4조 도 이와 동일하게 규율하고 있다. 법인세법 제4조 제3항 은 “제1항 제1호(각 사업연도 소득)를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입에서 생기는 소득으로 한정”한다고 규정하면서 제5호에서 “유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다”고 규정하고 있다.

4) 2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정된 이 사건 시행령조항은, 이 때 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에 전입시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 본다는 부분을 추가하여 규정하였을 뿐 기본적인 내용은 구 법 시행령 조항과 동일하다.