사업자의 '과세사업'과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만이 공제되는 매입세액에 해당하고, 매입세액이 오로지 비과세 사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없음

사업자의 ‘과세사업’과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만이 공제되는 매입세액에 해당하고, 매입세액이 오로지 비과세 사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없음

[ 세 목 ]

부가

[ 판결유형 ]

국승

[ 사건번호 ]

서울행정법원-2023-구합-51991(2024.7.26)

[직전소송사건번호 ]

[ 제 목 ]

[ 요 지 ]

[ 판결내용 ]

판결 내용은 붙임과 같습니다.

[ 관련법령 ]

부가가치세법 제12조 【용역 공급의 특례】, 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

사 건

2023구합51991 부가가치세부과처분등취소

원 고

주식회사 JJJJJJJJ

피 고

YY세무서장

판 결 선 고

2024. 7. 26.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 19**. **. **. JJBBJJBB공단(변경 전 명칭 : JJJJBB공단)이 중소기업 및 소상공인의 판로확보 등을 지원하여 100% 출자하여 설립된 법인이다.

나. 서울지방국세청장은 20**. **. **.부터 20**. **. **.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 원고가 영위하는 사업은 과세사업인 ‘유통사업(백화점 운영, 홈쇼핑 사업 등)’과 비과세사업인 ‘마케팅지원사업’으로 구분되는데, ‘마케팅지원사업’에 관한 매입세액은 매입세액 공제대상이 아님에도 원고가 2015년 제1기부터 2019년 제2기까지 부가가치세를 신고·납부하면서 이를 전액 매입세액에서 공제하였으므로 이를 불공제하여야 한다는 취지로 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 별지1 기재와 같이 20**년 제1기부터 20**년 제2기까지의 부가가치세 및 가산세를 증액경정·고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

피고는 원고의 사업이 ‘유통사업’과 ‘마케팅지원사업’으로 나누어진다는 전제 아래, 마케팅지원사업과 관련된 매입세액은 유통사업과의 관련성이 인정되지 않고, 마케팅지원사업은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금을 지급한 것으로서 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급한 것이어서 비과세사업에 해당하므로 그 매입세액을 공제할 수 없다고 보아 이 사건 각 처분을 하였다.

그러나 원고는 ‘판로지원 확보사업’이라는 하나의 과세사업을 수행하고 있을 뿐으로 판로지원 확보사업으로 이루어지고 있는 활동을 임의로 ‘유통사업’과 ‘마케팅지원사업’으로 나눌 수 없다. 그와 다른 전제에서 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

설령 원고의 사업을 ‘유통사업’과 ‘마케팅지원사업’으로 구분하여 보더라도, 마케팅지원사업도 과세사업에 해당하므로 관련 매입세액은 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

다. 원고가 별개의 ‘유통사업’과 ‘마케팅지원사업’을 겸영하는 것으로 볼 수 있는지

1) 관련 규정

가) 부가가치세법은 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급, 즉 ‘거래’를 과세대상으로 삼고 있고[구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1호], 개별 단위의 거래마다 과세·면세·비과세 여부가 결정되며, 매입·매출세액도 거래단위별로 산출한다. 한편 구 부가가치세법 제14조 에 따르면, 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되거나, 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보고(제1항), 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역이나, 주된 재화의 생산 과정이나 용역의 제공 과정에서 필연적으로 생기는 재화는 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다(제2항).

나) 「중소기업진흥에 관한 법률」(이하 ‘중소기업진흥법’이라고 한다) 제69조 제1항은 ‘중소벤처기업진흥공단은 제74조 제1항 제5호 및 제19호의 사업을 효율적으로 시행하기 위하여 필요하다고 인정하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소벤처기업부장관의 승인을 받아 중소기업제품·벤처기업제품에 대한 판로의 확보를 지원하기 위한 회사를 설립할 수 있다’라고 규정하고 있다. 원고는 위 규정에 따라 설립된 회사로서 중소기업진흥법 시행령 제71조 제3항 은 원고가 할 수 있는 사업으로 중소기업제품ㆍ벤처기업제품 판매시설의 설치와 운영(제1호), 중소기업제품ㆍ벤처기업제품의 도매ㆍ소매 및 그 지원(제2호), 중소기업제품ㆍ벤처기업제품의 홍보 및 전시사업(제3호), 중소기업제품ㆍ벤처기업제품의 통신판매 및 전자상거래사업(제4호), 그 밖에 중소기업ㆍ벤처기업의 판로 확대를 촉진하기 위하여 중소벤처기업부장관이 필요하다고 인정하는 사업(제5호)을 각 규정하고 있다.

다) 한편「중소기업제품 구매촉진 및 판로지원에 관한 법률」(이하 ’판로지원법‘이라고 한다) 제26조는 제1항에서 중소벤처기업부장관이 중소기업의 국내외 시장 개척과 판로 거점 확보를 지원하기 위하여 실시할 수 있는 사업(중소기업 제품의 국내 유통망 구축과 홍보·판매 또는 사후관리 지원에 관한 사업 등)을 각 호에 열거하면서, 제2항에서 ’중소벤처기업부장관은 국내외 판로지원사업의 시행을 위하여 필요하다고 인정하면 대통령령으로 정하는 기관이나 단체에 대하여 그 사업을 위탁하거나 관련 자료와 정보 제공 및 국내외 시장조사 등의 협조를 요청할 수 있다‘라고 규정하고, 제3항에서 ’중소벤처기업부장관은 제2항에 따라 사업을 위탁하는 경우에는 그 사업의 수행에 필요한 비용의 전부 또는 일부를 수탁기관에 지원할 수 있다‘라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제21조 제9호는 ’법 제26조 제2항에서 규정한 대통령령으로 정하는 기관이나 단체‘ 중 하나로 원고를 규정하고 있다.

2) 인정사실

가) 원고는 19**. **. **. 중소기업 제품에 대한 판로의 확보를 지원하기 위하여 JJBBJJBB공단에서 100% 출자하여 설립되었다. 원고는 19**. **.경부터 서울 YY구 MMM로 **(MM)에서 ‘HHH 백화점’을 운영하였고, 20**. **. NN쇼핑의 지분을 인수하였으며, 20**. **.경 GG홈쇼핑을 설립하였다.

나) 원고의 백화점 사업은 판로 개척에 어려움을 겪고 있는 중소기업에게 판매의 장을 제공하며 위 백화점의 1층부터 3층까지는 일반매장으로, 4층은 뒤에서 보는 마케팅지원사업의 일환으로 중소기업제품 전용판매장으로 운영되었고, 원고의 홈쇼핑 사업은 국내 7대 홈쇼핑에 중소기업제품의 방송 런칭 등 판매대행을 하는 방식으로 운영되었다. 원고는 백화점 사업과 홈쇼핑 사업에 관하여 중소기업들에게 유통경로를 제공하는 과정에서 대가를 지급받는 방법으로 수익을 얻었다.

다) 원고는 20**. **.경부터 JJBBJJ부장관으로부터 구 판로지원법 제26조 에 따라 마케팅지원사업을 위탁받았다. 마케팅지원사업의 세부 사업 및 그 내용은 아래와 같다.

<표 생략>

라) 원고는 JJBBJJ부장관으로부터 국고보조금을 지급받아 마케팅지원사업을 수행하였는데, 지급받은 보조금을 별도의 계좌로 관리하였고, 단식부기로 회계처리하면서 정산 결과를 JJBBJJ부에 보고하였다. 반면 유통사업(백화점 사업 및 홈쇼핑 사업)의 경우 비용 집행 내역을 복식부기로 처리하면서 이를 금융감독원에 공시하였다.

마) 원고는 마케팅지원사업 내 9개 사업 역시 지급받은 사업별 예산 및 집행내역을 각 사업마다 별도로 관리·정산하였다(을 제6호증 참조).

바) 원고의 업무분장표에 따르면, ‘유통사업본부’ 아래 홈쇼핑 사업을 담당하는 ‘홈쇼핑 사업단’과 백화점 사업을 담당하는 ‘백화점 사업단’이 있고, ‘마케팅판로본부’ 아래 마케팅지원사업을 담당하는 ‘마케팅지원실’, ‘정책매장사업단’ 등이 있다.

사) 피고는 원고가 국고보조금을 지급받고 대가 없이 용역을 공급한 마케팅지원사업을 비과세사업으로 보아 관련 매입세액을 불공제하였으나, HHH 백화점 4층 및 인천공항 면세점 등에서 수행되는 중소기업제품 전용판매장 설치 및 운영사업(순번 3번)만은 실질적으로 백화점 사업 등 원고의 유통사업과 거래구조가 유사하다는 이유로 관련 매입세액의 공제를 인정하여 이 사건 각 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제2 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 구체적 판단

앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정 등을 종합하면, 원고는 별개의 사업인 유통사업과 마케팅지원사업을 겸영하고 있다고 볼 수 있다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 각 사업은 법적 근거 및 주체가 다르다. 유통사업은 중소기업진흥법 제69조 제1항 , 중소기업진흥법 시행령 제71조 제3항 제1호 (중소기업제품·벤처기업제품 판매시설의 설치와 운영), 제2호(도매·소매 및 그 지원), 제4호(통신판매 및 전자상거래사업)에 따라 원고가 그 수행 주체가 되어 행하는 사업이고, 마케팅지원사업은 원고가 중소벤처기업부장관으로부터 위탁받아 판로지원법 제26조 제1조 각 호(중소기업 제품의 국내 유통망 구축과 홍보ㆍ판매 또는 사후관리 지원에 관한 사업 등)에 따라 행하는 사업이다.

나) 각 사업 내용도 다르다. 유통사업은 중소기업에게 백화점 내 판매의 장을 제공하거나 국내 7대 홈쇼핑에 중소기업제품의 방송 런칭 등 판매대행과 같은 역무를 제공하는 사업인 반면, 마케팅지원사업은 중소기업에 대한 시장성 조사, 방송·신문·뉴미디어 등 주요 매체 홍보, 공동상표 개발, A/S 지원 등 역무를 수행하는 사업이다.

다) 유통사업은 해당 역무를 제공받는 중소기업으로부터 대가를 받아 자체 수입으로 운영하나 마케팅지원사업은 국고보조금을 주된 재원으로 하는 것으로 그 재원의 조달방법이 다르고, 회계도 별도로 관리되고 있다.

라) 마케팅지원사업의 용역 내용이 유통사업 수행 과정에서 통상적으로 수반되거나 일상적으로 행해지는 용역에 해당한다고 볼 수 없고, 인적 조직 역시 ‘유통사업본부’와 ‘마케팅판로본부’로 구분되어 있다.

마) 피고가 중소기업제품 전용판매장 설치 및 운영사업에 관하여만 관련 매입세액의 공제를 인정한 것은 다른 마케팅지원사업들에 비하여 유통사업과 구분되는 별개의 사업인지 여부가 모호한 측면이 있다고 판단하여 원고에게 혜택을 준 것으로 볼 수 있으므로, 이를 모순적인 행태라고 볼 수 없다.

라. ‘마케팅지원사업’이 비과세사업인지 여부에 관하여

1) 관련 법리

구 부가가치세법 제37조 제2항 은 납부세액은 매출세액에서 매입세액을 뺀 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제39조 제1항은 매출세액에서 공제하지 않는 매입세액에 관하여 규정하면서 제4호로 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액을, 제7호로 면세사업 등에 관련된 매입세액을 각 규정하고 있는데, 여기서 면세사업 등이란 ‘면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’을 말한다(같은 법 제29조 제8항). 위 규정들을 종합하면, 사업자의 ‘과세사업’과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만이 공제되는 매입세액에 해당하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결 등 참조). 한편 구 부가가치세법 제12조 제2항 본문은 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

2) 구체적 판단

가) 원고는 중소기업들에 대하여 마케팅지원사업 용역을 제공하고 그 대가로 공동 A/S 센터 상담 대행료, 방송홍보부담금, 제품개선지원사업 부담금을 지급받았으므로 마케팅지원사업이 과세사업에 해당한다고 주장한다.

나) 갑 제12, 18호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고가 20**. **. **.경부터 20**. **. **.경까지 마케팅지원사업 지원 대상 중소기업들에게 ‘제품개선지원사업 부담금’ 또는 ‘방송홍보부담금’에 관한 세금계산서를 발급한 사실, 원고가 중소기업 공동 A/S 지원사업에 관하여 20**. **. **. 지원 대상 기업들과 체결한 상담서비스 대행계약 내용에 ‘상담서비스 대행료’에 관한 내용이 포함되어 있는 사실, 원고가 20**. **. **.경부터 20**. **. **.경까지(20**년 제1기부터 20**년 제2기까지) 중소기업 공동 A/S 지원 사업 지원 대상 중소기업들에게 ‘공동A/S센터 상담 대행료’에 관한 세금계산서를 발급한 사실은 인정된다.

다) 그러나 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들, 갑 제3, 17호증, 을 제10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정 등을 종합하면, 원고가 마케팅지원사업과 관련하여 용역을 공급하고 지원 대상 중소기업들로부터 그에 대한 대가를 지급받았다고 볼 수 없다. 원고가 국고보조금을 지급받았을 뿐 달리 대가를 받지 아니하고 중소기업들에게 무상으로 용역을 공급하였으므로, 마케팅지원사업은 비과세사업에 해당한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 원고는 마케팅지원사업에 대한 세부 추진계획의 수립·시행·기획·평가·관리 등의 업무를 효과적으로 수행하기 위하여 지정된 ‘관리기관’으로서 정부 위탁사업보조금 예산을 집행·관리하고, 전문성을 갖추고 마케팅이노베이션, 온라인 판로지원 등 마케팅지원사업 업무를 위탁수행하는 ‘전문기관’을 선정하고 그 업무 수행을 관리하였다. 중소기업 마케팅지원사업 관리지침에 따르면, 각 사업에 참여하는 중소기업은 소요경비의 일정 금액을 부담금으로 원고에게 사전 납부하여야 하고, 원고는 위 부담금을 정부 보조금 통장과 별개로 관리하여야 하며, 위 부담금을 ‘마케팅전략수립’ 또는 ‘제품개선’ 등 부담금 입금 목적에 따라 명확히 분류하여 해당 과업 완료 시 검수 후 전문기관에 지급하여야 한다. 위와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 지급받은 각 부담금은 원고가 그대로 보관하다가 전문기관에게 용역 공급의 대가로 지급해야 하는 금전으로, 원고가 중소기업들에게 용역을 공급하고 지급받은 대가라고 볼 수 없다.

(2) 원고는 마케팅지원사업에 대한 관리기관으로서 전반적으로 사업을 관리할 뿐, A/S 상담대행, A/S처리대행, 홍보 전략 설정 등의 용역 업무는 모두 전문기관들이 수행하였다. 원고가 중소기업들에게 실제로 용역을 공급하였음을 인정할 자료가 없다.

(3) 마케팅지원사업은 20**년경부터 20**년경까지 계속되었음에도 원고는 그중 일부 기간에 대하여만 세금계산서를 발급하였다(제품개선지원사업 부담금 또는 방송홍보부담금에 관하여는 20**. 1. 5.경부터 20**. 12. 26.경까지, 공동 A/S 상담서비스 대행료에 관하여는 20**. 4. 30.경부터 20**. 12. 31.경까지). 이는 부담금 또는 상담대행료가 용역 공급의 대가라는 점과 배치되는 사정이고, 전체 사업기간 중 원고가 세금계산서를 발급한 기간 동안만 비과세사업이 과세사업으로 전환된다고 볼 수도 없다.

(4) 20**년경부터 20**년경까지 중소기업 공동 A/S 지원사업의 국고보조금 규모가 합계 **,000,000,000원이고 원고가 20**년에 주식회사 YYYY에게 중소기업 공동 A/S 지원사업 고객센터 위탁운영을 맡기면서 체결한 계약금액이 *,000,000,000원 임에 반하여, 20**년경부터 20**년경까지 원고가 발급한 공동 A/S 상담서비스 대행료 관련 세금계산서 공급가액은 합계 ***,000,000원에 불과한바, 위 금원이 중소기업 공동 A/S 지원사업 용역 공급에 대한 대가인지 의문이 든다.

(5) 원고는 20**. 2.경까지 제품개선지원사업 부담금에 관하여 세금계산서를 발급하였다가, 해당 세금계산서가 착오로 발급한 것이라는 입장을 밝혀 피고가 이를 감액경정하기도 하였다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.