실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 시행령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 안분계산한 금액을 공급가액으로 함

쟁점부동산의 매매계약시 건물의 철거가 예정되어 있어 건물의 가액을 0원으로 정하였다고 하더라도 이는 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 비합리적인 가액으로 건물의 경제적 가치가 0원이라고 보기는 어려워 건물의 가액이 시행령에서 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당하므로 쟁점처분은 위법하지 아니함

[ 세 목 ]

부가

[ 판결유형 ]

국승

[ 사건번호 ]

대구지방법원-2023-구합-20548(2024.09.12)

[직전소송사건번호 ]

[심판청구 사건번호 ]

조심-2022-구-6442(2022.11.02)

[ 제 목 ]

실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 시행령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 안분계산한 금액을 공급가액으로 함

[ 요 지 ]

[ 판결내용 ]

판결 내용은 붙임과 같습니다.

[ 관련법령 ]

구 부가가치세법 제29조 【과세표준】

구 부가가치세법 시행령 제64조

사 건

2023구합20548 부가가치세부과처분취소

원 고

○○○○○○ 주식회사

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2024. 6. 20.

판 결 선 고

2024. 9. 12.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 4. 12. 원고에 대하여 한 2021년 제1기 귀속 부가가치세 5,140,607,060원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 12. 20. 별지1 목록 기재 각 토지 지상 집합건물인 ○○○○○ 상가 중 구분소유권의 목적이 되는 제비01호, 제101호, 제201호, 제301호, 제401호, 제434호, 제541호, 제601호, 제701호, 제801호, 제901호(이하 위 11개 호실을 통틀어 ’이 사건 건물‘이라 하고, 이 사건 건물의 소유권대지권의 목적이 된 토지를 ’이 사건 토지‘라 하며, 이 사건 건물과 이 사건 토지를 통틀어 ’이 사건 각 부동산‘이라 한다)를 취득하여 이를 임대하는 부동산 임대업을 영위하였다.

나. 원고는 2020. 10. 12. 주식회사 ○○○○○○(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)와 이 사건 각 부동산에 관하여 매매대금을 78,000,000,000원으로 한 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였고, 2021. 6. 20. 이 사건 매매계약의 매매대금을 88,500,000,000원으로 증액하는 내용의 변경계약을 체결한 후, 2021. 6. 28. 이 사건 회사와 최종 매매계약서(이하 ‘2021. 6. 28.자 최종 매매계약서’라 한다)를 작성하였다. 2021. 6. 28.자 최종 매매계약서의 특약사항 제8항에는 ‘이 사건 건물은 신축을 위해 철거예정이므로 건물매매대금은 없으며 토지매매대금으로 하고, 부가세는 없는 것으로 한다.’라고 기재되어 있다. 이후 2021. 6. 30. 이 사건 회사 앞으로 이 사건 각 부동산에 관한 소유권이전등기가 경료되었다.

다. 피고는 2021. 9. 14.부터 2021. 9. 23.까지의 기간 동안 이 사건 각 부동산에 대한 현장확인을 실시한 다음, 원고가 실지거래가액으로 구분한 이 사건 건물의 가액 0원이 구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 제2호의 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 건물의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’에 해당한다고 보아 구 부가가치세법 제29조 제9항 , 구 부가가치세법 시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조에 따라 총 매매대금 88,500,000,000원을 이 사건 건물 및 토지의 기준시가로 안분계산하여 38,180,315,805원을 이 사건 건물의 공급가액(과세표준)으로 산정하고, 이 사건 건물의 양도에 관한 세금계산서 미발급 가산세를 적용하여 2022. 4. 12. 원고에게 2021년 제1기 귀속 부가가치세 5,140,607,060원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 5. 17. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 11. 2. 그 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 12, 13, 20, 21호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 달리 특정하지 않는 한 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 이 사건 건물은 철거가 예정된 건물이었고, 원고와 이 사건 회사는 이 사건 매매계약을 체결하면서 특약사항으로 ‘이 사건 건물의 매매대금을 0원으로 한다.’고 정하여 명시하였으므로, 원고가 이 사건 회사로부터 지급받은 매매대금에는 이 사건 건물과 실질적·경제적 대가관계에 있는 금원이 포함되어 있지 아니하여 이 사건 건물의 공급가액 자체가 존재하지 않는다. 따라서 구 부가가치세법상 과세의 대상이 되는 이 사건 건물의 공급이 있다고 볼 수 없어, 이 사건에 대해서는 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서가 적용되어서는 아니 된다.

나. 설령 이 사건 건물의 공급이 있었다고 하더라도, 납세자인 원고가 세금계산서를 교부하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 처분 중 세금계산서 미발급 가산세 부분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지2 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제2호의 적용 여부에 관한 판단

1) 관계 규정의 내용

구 부가가치세법 제29조 제9항 본문은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.’고 규정하면서도, 그 단서 및 제2호에서 ‘다만, 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 30/100 이상 차이가 있는 경우에는 위와 같이 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.’고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 본문은 위 공급가액을 ‘토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액’이라고 규정하고 있다.

2) 구체적인 판단

가) 원고가 이 사건 회사에 이 사건 각 부동산을 일괄하여 매도한 사실, 그 매매대금 88,500,000,000원을 기준시가로 안분계산할 경우 이 사건 건물의 공급가액은 38,180,315,805원인 사실은 앞서 본 바와 같다. 따라서 원고가 구분한 이 사건 건물의 실지거래가액 0원은 위와 같이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당한다. 결국 이 사건 건물의 공급가액은 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제2호, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 본문에 따라 위와 같이 안분계산한 38,180,315,805원이 된다.

나) 원고는 이 사건 건물이 철거가 예정된 건물이었고, 원고와 이 사건 회사가 이 사건 건물의 매매대금을 0원으로 하기로 특약하였는바, 원고가 이 사건 회사로부터 지급받은 매매대금에는 이 사건 건물과 실질적·경제적 대가관계에 있는 금원이 포함되어 있지 아니하여 이 사건 건물의 공급가액 자체가 존재하지 않으므로 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제2호의 적용이 배제되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 사실 및 앞서 본 증거, 갑 제5 내지 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 매매계약 시 이사건 건물의 가액을 0원으로 정하였다고 하더라도 이는 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 비합리적인 가액으로 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 건물의 경제적 가치가 0원이라고 보기는 어렵고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

(1) 이 사건 건물은 2007년에 신축되어 원고가 이를 양도할 때까지 14년밖에 지나지 않은 건물이고, 원고는 이 사건 회사에 이 사건 건물의 소유권이전등기를 마쳐주기 전까지도 이 사건 건물에서 임대수익을 얻고 있었으며, 원고가 세무서에 제출한 2021년 제1기 부가가치세신고서에는 이 사건 건물에 관한 임대보증금이 80억 원으로 기재되어 있던 것으로 보인다. 또한 이 사건 건물에는 월 차임 140,000,000원, 임차권자 롯데쇼핑 주식회사로 된 임차권설정등기가 마쳐져 있었는데, 위 임차권설정등기는 이 사건 회사 앞으로 이 사건 건물의 소유권이전등기가 마쳐지기 직전에 말소되었다. 그런데 2021. 6. 28.자 최종 매매계약서에 따르면 원고는 이 사건 회사가 승계하기로 합의한 권리를 제외하고는 이 사건 건물에 설정된 저당권, 임차권 등 소유권의 행사를 제한하는 제한물권 등을 말소하여야 하므로, 당시 이 사건 건물의 경제적 가치가 0원이었다고 볼 수는 없고, 오히려 이 사건 매매계약의 매매대금에는 원고가 이 사건 건물의 완전한 소유권 이전을 위하여 이행하여야 할 위와 같은 의무에 대한 대가가 포함되어 있다고 보아야 한다.

(2) 원고의 2020. 12. 31.자 재무상태표에는 유형자산 항목에 ‘건물’이 약 416억 원으로 기재되어 있는데, 위 가액은 부가가치세법령에 따라 안분계산된 이 사건 건물의 공급가액인 38,180,315,805원보다 더 크다. 이를 고려하면, 원고도 이 사건 건물의 주관적 가치를 0원으로 여기지 않았던 것으로 보인다.

(3) 이 사건 회사의 입장에서 보더라도, 철거가 예정된 이 사건 건물 자체는 아무런 가치가 없지만 이 사건 토지 위에 건물을 신축하기 위해서는 우선 이 사건 건물의 처분권을 취득하여야만 한다. 이러한 이유로, 이 사건 매매계약에서도 이 사건 건물이 목적물로 명시되었고, 이 사건 회사는 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 마친 후 자기의 책임으로 이 사건 건물을 철거하였다. 따라서 이 사건 회사 역시 대가를 지불하고 이 사건 건물의 소유권을 유상으로 취득할 의사가 있었다고 볼 수 있다.

(4) 나아가, 만일 이 사건 회사가 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 마친 후 기존의 계획과 달리 이 사건 건물을 철거하지 않은 채 그대로 사용하기로 결정하였다고 하더라도, 매도인인 원고로서는 이를 문제시할 수 없을 것으로 보이는바, 이러한 측면에서도 원고와 이 사건 회사가 이 사건 매매계약을 체결함에 있어 엄연히 상당한 재산적 가치가 있는 이 사건 건물을 무가치한 것으로 평가하였다고 보기 어렵다.

(5) 이와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 각 부동산의 매매대금에는 이 사건 건물의 대가가 포함되어 있었다고 봄이 타당하므로, 원고는 재화인 이 사건 건물을 이 사건 토지와 함께 매수인인 이 사건 회사에 유상으로 공급하였다고 할 것이다.

(6) 매도인이 매수인에게 토지와 그 지상 건물을 함께 매도함으로써 매수인이 잔금을 지급한 후 토지와 건물을 인도받았다면 그 때 토지뿐만 아니라 건물 역시 매수인에게 공급된 것이다. 만일 매수인이 장차 지상 건물을 철거할 것이라는 사정만으로 매매당사자들이 매매계약서에 건물의 가액을 통상의 거래관행보다 현저히 낮은 금액(예컨대, 0원)으로 기재한 경우, 이를 그대로 받아들여 건물분 부가가치세를 과세할 수 없다고 한다면, 매매당사자 간의 합의로 철거예정건물의 가액을 토지의 가액에 포함시켜 매매계약서를 작성하는 등으로 국가의 부가가치세 징수권을 무력화시키는 부당한 결과를 피할 수 없게 된다.

(7) 원고가 이 사건 건물의 공급가액이 존재하지 않는다고 주장하며 그 근거로 대법원 판례들(2012. 3. 15. 선고 2011두28943 판결, 2014. 1. 29. 선고 2013두22055 판결 등)을 제시하고 있으나, 2011두28943 판결은 ‘양도인이 ○○○○공사가 시행하는 공익사업에 의하여 양도인 소유의 건물을 철거하기로 하고 그에 대한 보상금을 수령하였고, ○○○○공사에 대하여 위 건물을 철거할 의무만을 부담할 뿐 위 건물을 인도하거나 등기를 이전할 의무를 부담하지 아니한다 할 것이어서, 양도인에게 부가가치세의 과세요건으로서의 재화의 공급은 없었다.’라고 판시한 사안이고, 2013두22055 판결은 ‘양도인이 부산광역시로부터 받은 수용보상금은 사업시행자가 양도인 소유 건물의 사용가치를 취득하는 것이 아니라 그 대지를 취득하는 것이 궁극적 목적인데 그 대지상의 건물의 이전이 물리적으로 불가능하거나, 경제적으로 불가능한 경우 등의 사유가 있기 때문에 해당 건물을 철거할 수밖에 없어 그 철거를 조건으로 해당 건물의 대가를 지급한 경우에 해당한다. 이를 고려하면, 양도인이 위 건물에 관하여 ○○광역시로부터 손실보상금을 받았고, ○○광역시가 위 건물에 관한 소유권이전등기를 마친 후 직접 이를 철거하였더라도, 이는 부가가치세법이 정한 재화의 공급을 근거로 한 대가가 아니라 위 건물의 철거에 따른 손실보상금에 불과한 것으로 보인다.’라고 판시한 사안이다. 이와 같이 원고가 제시하고 있는 대법원 판례들은 이 사건 사안과 구체적인 사실관계를 달리하므로 그 판단을 원용하기에 적절하지 않다.

다) 한편, 이 사건 처분 이후에 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서가 신설되어, ‘다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.’고 규정하였고, 위 신설 규정의 위임에 따라 2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정된 부가가치세법 시행령에서 제64조 제2항이 신설되어, ‘법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.’고 규정하면서 각 호에서 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우’(제1호), ‘토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’(제2호)를 규정하였다. 다만, 부가가치세법 부칙(법률 제18577호, 2021. 12. 8.) 제1조, 제7조에 따르면 위와 같이 신설된 각 규정은 2022. 1. 1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되고, 이러한 부칙의 내용 및 취지에 비추어 위와 같이 신설된 각 규정이 단순한 확인적 규정에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 2022. 1. 1. 이전에 이루어진 이 사건 건물의 공급에 위와 같이 신설된 각 규정은 적용되지 않는다.

나. 이 사건 처분 중 세금계산서 미발급 가산세 부분이 위법하다는 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하며(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결 등 참조), 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없는 것이지만, 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두17776 판결, 대법원 2021. 1. 28. 선고 2020두44725 판결 등 참조).

원고는 이 사건 건물은 철거가 예정되어 있었고 원고와 이 사건 회사가 정한 특약사항에 따라 이 사건 건물의 매매대금을 0원으로 하였던 점, 세금계산서에 기재하여야 할 공급가액은 공급받은 자가 실제로 지불한 대가가 되어야 할 것이므로 원고가 이 사건 건물의 실지거래가액(0원)이 아닌 부가가치세법령에 따라 안분계산된 이 사건 건물의 가액 38,180,315,805원을 공급가액으로 기재하지 않았다고 하여 세금계산서를 발급하지 아니하였다고 볼 수 없는 점, 관련 법령의 개정 경과 등에 비추어 보면, ‘납세자인 원고가 세금계산서를 교부하지 아니한 데에 정당한 사유가 인정된다’는 취지로 주장하나, 이는 부가가치세법상 신고·납세의무를 부담하는 원고가 국세청 등에 질의를 하는 방법 등으로 확인을 하지 아니한 채 자기 나름의 해석에 의하여 세금계산서 발급 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것으로서 단순한 법률의 부지나 오해에 해당한다고 봄이 타당하고, 가산세를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당하지 않는다. 나아가 이 사건 건물의 양도는 구 부가가치세법 제33조 및 구 부가가치세법 시행령 제71조 에서 규정하고 있는 세금계산서 발급의무가 면제되는 경우에 해당하는 것으로도 보이지 않는다.

따라서 원고에게 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 적법하게 신고·납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.