민간건설임대주택에 해당하는지 여부는 임대 목적으로 건설된 것인지 구체적이고 개별적으로 판단하여야 하고 그 입증책임은 원고에게 있음

임대주택이 민간임대주택법 제2조 제2호 가목의 '민간건설 임대주택'에 해당 하는지 여부는 해당 주택 건설 전후의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 그 주택이 임대를 목적으로 건설된 것인지 구체적이고 개별적으로 판단함이 타당하고, 입증책임은 비과세를 주장하는 원고에게 있음

사 건

2024누33961 종합부동산세등부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장, ○○구청장

판 결 선 고

2024. 8. 30.

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고 ○○○○시 ○○구청장(이하 ‘피고 ○○구청장’이라 한다)이 제1심판결 별지1 임대사업자 등록표 중 주택의 소재지 각 기재란 주택에 관한 원고의 각 임대사업자등록에 관하여 202x. 10. 6.자로 한 임대사업자등록부에서 말소한 처분은 무효임을 확인한다. 피고 ○○세무서장이 202x. 11. 19. 원고에게 한 2021년도 종합부동산세 xxx,xxx,xxx원 중 주택분 xxx,xxx,xxx원과 농어촌특별세 xx,xxx,xxx원 중 xx,xxx,xxx원 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장 이외에는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않은바, 제1심 및 당심에 제출된 증거에 비추어 보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다.

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 판결 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하고, 원고가 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장에 대하여 아래 제2항과 같은 판단을 하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

[고쳐 쓰거나 추가하는 부분]

○ 제1심판결문 제2면 아래에서 제2행의 “2020. 10 6.”을 “2020. 10. 6.”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제4면 제11행의 “불복하여”와 “2022. 7. 29.” 사이에 “2022. 2. 18.자 이의신청을 거쳐”를 추가한다.

○ 제1심판결문 제7면 제18행부터 제9면 제20행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『3) 구체적 판단

앞서 본 사실 및 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 관련 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 주택은 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 에 따라 과세표준 합산대상에서 제외되는 민간건설임대주택 요건에 해당하지 않는다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

가) 민간임대주택법상 민간임대주택은 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분되고(제2조 제1호), 민간건설임대주택과 민간매입임대주택은 별도로 정의되고 있으며(제2조 제2호, 제3호), 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 각 호에서도 합산배제 임대주택 해당 요건에 대하여 민간건설임대주택과 민간매입임대주택을 나누어 규정하고 있다. 구체적으로 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 그 요건으로 전용면적이 149제곱미터 이하이고 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 또는 최초 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 9억 원 이하일 것, 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것, 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것을 요구하고 있으나, 민간매입임대주택의 경우에는 제2호에서 ‘해당 주택의 임대개시일 또는 최초 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억 원( 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 수도권 밖의 지역인 경우 3억 원) 이하일 것, 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것, 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것’을 요구하고 있고, 특히 제7, 8호에서 장기일반민간임대주택을 합산배제 대상으로 하면서, ‘10년 이상 계속하여 임대하는 것’ 등의 가중된 요건을 추가로 요구하고 있다.

나) 구 종합부동산세법 제8조 제2항 은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 모두 합산하도록 한 원칙에 대하여 합산배제의 특례를 규정한 특혜조항으로 엄격히 해석되어야 할 필요가 있다.

다) 민간임대주택법 제2조 제2호 가.목은 ’민간건설임대주택‘을 ’임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택‘으로 정의하고 있을 뿐이고, 민간임대주택법이나 그 위임을 받은 민간임대주택법 시행령 및 민간임대주택법 시행규칙에도 ’임대를 목적으로 건설하였는지 여부‘에 관하여 구체적인 판단기준을 제시하고 있지 않다. 따라서 어떠한 임대주택이 민간임대주택법 제2조 제2호 가.목의 ’민간건설임대주택‘에 해당하는지 여부는 해당 주택 건설 전후의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 그 주택이 임대를 목적으로 건설된 것인지 구체적이고 개별적으로 판단함이 타당하다. 그리고 이 사건 주택이 임대를 목적으로 건설된 것이라는 점에 대한 입증책임은 비과세를 주장하는 원고에게 있는 것이다.

라) 그런데 원고가 2003. 12. 30. 업태를 ’부동산‘, 종목을 ‘임대’로 하여 사업자등록을 한 사실은 인정된다. 그러나 위와 같은 사업자등록은 민간임대주택법에 따른 사업자등록이 아니라 소득세법에 따른 사업자등록에 불과하다. 나아가 피고 강남구청장이 2006. 8. 21. 원고에게 교부한 사용승인서의 ‘주용도’란에는 ‘공동주택(15세대 및 근린생활시설)이라고만 기재되어 있고, 달리 사업계획서나 건축허가서 등 당초부터 이 사건 주택이 임대목적으로 건설되었음을 인정할 수 있는 자료가 확인되지 않는다. 더구나 원고는 이 사건 주택의 사용승인을 받은 날로부터 1년 4개월이 경과한 2007. 12. 14.에야 이 사건 주택에 대하여 민간임대주택법에 따른 임대사업자로 등록하였다. 이러한 사정에 비추어 보면 원고가 2003. 12. 30. 부동산 임대를 사업의 종류로 하여 소득세법에 따른 사업자등록을 하였다는 사정만으로 곧바로 이 사건 주택이 당초부터 임대를 목적으로 건설된 주택이라고 인정할 수는 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

마) 이 사건 주택은 원고의 임대사업자 등록일인 2007. 12. 14. 당시부터 ’매입임대주택‘으로 등록되어 있었다. 그러나 원고는 이후 2020. 10. 6. 피고 ○○구청장으로부터 임대사업자 등록말소에 관한 통지를 받기 전까지, 오랜 기간 동안 이에 대하여 어떠한 이의제기도 하지 않았던 것으로 보일 따름이다. 』

○ 제1심판결문 제14면 제3행의 “법률 제18452호”를 “법률 제17944호”로 고쳐 쓴다.

2. 추가판단

가. 원고의 주장 요지

1) 원고가 2007. 12. 14. 이 사건 주택에 관하여 구 임대주택법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것)에 따라 임대사업자로 등록할 당시 위 법률은 임대주택을 건설임대주택과 매입임대주택 두 종류로만 구분하고 있었다. 그 후 구 임대주택법이 2015. 8. 28. 법률 제13499호로 민간임대주택법으로 전면 개정되면서 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택의 개념이 신설되었고, 민간임대주택법이 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 재차 개정되면서, 제6조 제5항, 부칙 제7조에서 단기민간임대주택 및 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 매입임대주택의 등록을 말소하도록 규정하였다. 그런데 2015. 8. 28. 법률 제13499호로 전면 개정된 민간임대주택법 부칙은, 종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용한다고 규정하고 있고(제3조 제2항), 원고는 구 임대주택법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것)에 따라 임대사업자로 등록하였으므로, 이 사건 주택은 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택 관련 규정의 적용 대상이 아니고, 따라서 이를 기초로 한 2020. 8. 18. 개정된 구 민간임대주택법 제6조 제5항 , 부칙 제7조 역시 이 사건 주택에 적용되지 아니한다. 그렇다면 법령에서 정한 임대사업자 등록 말소 사유가 발생하지 않았음에도 피고 강남구청장이 원고의 임대사업자 등록을 말소한 것인바, 이는 원고에게 임대사업자 등록 말소라는 권리의무의 변동을 초래하는 행위로서 행정처분에 해당한다(이하 “제1주장”이라 한다).

2) 2018. 2. 13. 대통령령 제28645호로 개정되어 2018. 4. 1. 시행된 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 는 단서에서 2018. 3. 31.까지 민간임대주택법에 따른 사업자등록 등을 한 경우에 한하여 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상으로 삼고 있고, 2020. 8. 18. 민간임대주택법의 개정에 따라 2020. 10. 7. 대통령령 제31085호로 개정된 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 나목 3)에서 2020. 7. 11. 이후 민간임대주택법 제5조 제1항 에 따라 사업자등록을 신청한 같은 법 제2조 제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 경우 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 의 적용에서 배제하도록 규정하고 있다. 개정 조세법률 불소급 적용의 원칙에 따라, 2018. 3. 31. 이전에 이미 민간임대주택법에 따른 사업자등록 등을 한 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택인 이 사건 주택은 2020. 8. 18. 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 , 부칙 제7조의 적용 대상이 아니라 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 의 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다(이하 “제2주장”이라 한다).

3) 이 사건 주택 중 1xx호, 1yy호는 현황이 주택이 아니라 사무실에 해당하므로, 종합부동산세 부과대상에서 제외되어야 한다(이하 “제3주장”이라 한다).

나. 판단

1) 제1주장에 관한 판단

가) 관련 법리

법령이 변경된 경우 신 법령이 피적용자에게 유리하여 이를 적용하도록 하는 경과규정을 두는 등의 특별한 규정이 없는 한 헌법 제13조 등의 규정에 비추어 볼 때 그 변경 전에 발생한 사항에 대하여는 변경 후의 신 법령이 아니라 변경 전의 구 법령이 적용되어야 한다(대법원 2002. 12. 10. 선고 2001두3228 판결 등 참조).

나) 관련 규정

(1) 구 임대주택법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제4호 및 구 임대 주택법 시행령(2007. 12. 31. 대통령령 제20506호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항 제2호는 매입임대주택의 임대의무기간을 당해 임대주택의 임대개시일부터 5년으로 규정하였다.

(2) 구 민간임대주택법(2015. 8. 28. 법률 제13499호로 개정2)된 후 2016. 1. 19. 법률 제13782호로 개정되기 전의 것) 제2조 제4호, 제5호 및 제6호는 민간임대주택을 기업형임대사업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택인 ‘기업형임대주택’, 일반형임대사업자가 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택인 ‘준공공임대주택’ 및 일반형임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택인 ‘단기임대주택’으로 구분하였고, 같은 법 부칙 제3조 제2항은 “종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용한다.”라고 규정하였다.

(3) 구 민간임대주택법(2018. 1. 16. 법률 제15356호로 개정되어 2018. 7. 17. 부터 시행된 후 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조는 기업형임대주택(기업형임대사업자)과 일반형임대주택(일반형임대사업자)의 구분을 없앤 후 제4호, 제5호에서 준공공임대주택을 공공의 지원을 받는 공공지원민간임대주택과 공공의 지원을 받지 않는 장기일반민간임대주택으로 나누어 규정하였고, 제6호에서 기존의 단기임대주택의 명칭을 단기민간임대주택으로 변경하여 규정하였다.

(4) 구 민간임대주택법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 후 2021. 3. 16. 법률 제18452호로 개정되기 전의 것)은 주택시장 과열요인이 될 수 있는 아파트 장기일반민간매입임대주택 유형을 민간임대주택에서 폐지하기 위해 제6조 제5항을 신설하여 “종전의 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.”라고 규정하였고, 같은 법 부칙 제7조에서는 ‘제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.’고 각 규정하고 있다.

다) 구체적 판단

앞서 본 사실 및 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래와 같은사정들을 관련 규정에 비추어 살펴보면, 이 사건 주택은 의무임대기간이 5년인 단기민간임대주택에 해당하고, 임대개시일인 2007. 12. 14.로부터 5년의 기간이 경과하는 2012. 12. 13. 그 의무임대기간이 종료하였으므로, 구 민간임대주택법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 후 2021. 3. 16. 법률 제18452호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항 및 부칙 제7조에 따라 위 법 시행일인 2020. 12. 10. 이 사건 주택은 임대주택의 등록이 말소된 것으로 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 원고는 2007. 12. 14.경 피고 ○○구청장에게 이 사건 주택에 대하여 민간매입임대주택 임대사업자로 등록하고 임대사업을 개시하였다.

(2) 구 임대주택법(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제4호 및 구 임대 주택법 시행령(2007. 12. 31. 대통령령 제20506호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항 제2호에 따른 매입임대주택의 임대의무기간은 당해 임대주택의 임대개시일부터 5년이다.

(3) 구 임대주택법은 2015. 8. 28. 제명을 임대주택법에서 민간임대주택법으로 변경하고, 공공임대주택에 관한 규정을 공공주택 특별법으로 이관하면서 구 민간임대주택법(2015. 8. 28. 법률 제13499호로 개정된 후 2016. 1. 19. 법률 제13782호로 개정되기 전의 것)으로 전면 개정되었는데, 위 구 민간임대주택법의 입법목적은 구 임대주택법과 마찬가지로 민간임대주택의 건설·공급 및 관리와 민간 주택임대사업자 육성 등에 관한 사항을 정함으로써 민간임대주택의 공급을 촉진하고 국민의 주거생활을 안정시키려는 것이고(제1조), 위 전면 개정의 이유는 규제 중심의 현행 임대주택법을 지원 중심의 민간임대주택법으로 전부개정하여 도시ㆍ건축 규제 완화 등 민간 임대주택에 대한 지원을 강화하되, 공공부문의 자원을 활용하여 발생하는 민간의 개발이익을 적정하게 환수하기 위한 근거를 마련하는 등 관련 제도를 보완하려는 것이다[국회의안정보시스템 중 임대 주택법 전부개정법률안(대안)(1916373) 참조]. 그리고 위 민간임대주택법 부칙 제3조 제3항은 구 임대 주택법 제16조 제1항 제3호 에 따라 임대차 계약기간을 10년 이상으로 정하여 신고한 민간건설임대주택은 개정 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 준공공임대주택으로 보고(제2호), 구 임대 주택법 제16조 제1항 제4호 에 따른 민간건설임대주택 또는 매입임대주택은 개정 민간임대주택법 제2조 제6호 에 따른 단기임대주택으로 보도록 규정하였으며(제3호), 위 민간임대주택법 부칙 제9조는 임대사업자에 대한 경과조치로 이 법 시행 당시 종전의 임대 주택법 제6조 에 따라 등록한 임대사업자(공공주택사업자는 제외한다)는 이 법에 따른 일반형임대사업자로 보도록 규정하였다.

그 후 구 민간임대주택법은 2018. 1. 16. 법률 제15356호로 개정되면서 기업형임대주택(기업형임대사업자)과 일반형임대주택(일반형임대사업자)의 구분을 없앤 후 제2조 제5호에서 공공의 지원을 받지 않는 준공공임대주택을 장기일반민간임대주택으로 규정하고, 같은 조 제6호에서 기존의 단기임대주택의 명칭을 단기민간임대주택으로 변경하여 규정하였으며, 그 부칙 제5조 제4항은 ‘이 법 시행 당시 또는 이 법 시행 이후 종전 규정에 따라 등록한 기업형임대주택 또는 준공공임대주택(법률 제13499호 임대 주택법 전부개정법률 부칙 제3조 제3항 제1호 및 제2호에 따라 준공공임대주택으로 보는 주택을 포함한다)은 이 법에 따른 장기일반민간임대주택으로 본다. 다만, 법률 제13499호 임대 주택법 전부개정법률 부칙 제3조 제3항 제1호 및 제2호에 따라 준공공임대주택으로 보는 주택의 임대의무기간, 임대의무기간 이내 매각요건 및 절차, 저당권 설정 제한, 임대주택의 전대 제한, 경매 시 임차인 우선매수권 부여, 특별수선충당금의 적립대상에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.’, 제5항은 ‘이 법 시행 당시 종전 규정에 따라 등록한 단기임대주택(법률 제13499호 임대 주택법 전부개정법률 부칙 제3조 제3항 제3호에 따라 단기임대주택으로 보는 주택을 포함한다)은 이 법에 따른 단기민간임대주택으로 본다. 다만, 법률 제13499호 임대 주택법 전부개정법률 부칙 제3조 제3항 제3호에 따라 단기임대주택으로 보는 주택의 임대의무기간, 임대의무기간 이내 매각요건 및 절차, 저당권 설정 제한, 임대주택의 전대 제한, 경매 시 임차인 우선매수권 부여, 특별수선충당금의 적립대상에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.’, 제6항은 ‘이 법 시행 당시 종전 규정에 따라 등록한 기업형임대사업자와 일반형임대사업자는 제5조의 개정규정에 따른 임대사업자로 본다.’고 각 규정하였다.

위와 같은 구 민간임대주택법의 입법목적, 개정 과정, 개정 취지, 경과규정 등에 비추어 볼 때, 위 구 민간임대주택법(2015. 8. 28. 법률 제13499호로 개정된 후 2016. 1. 19. 법률 제13782호로 개정되기 전의 것) 부칙 제3조 제2항에서 “종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용한다.”라는 특례규정을 둔 취지는, 종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 민간임대주택법의 적용 대상이 되지 않는다는 의미가 아니라, 종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택이라 하더라도 민간임대주택법 제2조 제1 내지 6호의 정의 규정에 따라 각 해당 주택 유형에 포함되지만, 이를 제외한 주택의 임대의무기간, 임대의무기간 이내 매각요건 및 절차, 저당권 설정 제한, 임대주택의 전대 제한, 경매 시 임차인 우선매수권 부여, 특별수선충당금의 적립대상을 포함한 종전 임대주택법의 적용을 유지함으로써 법률관계의 안정과 임대사업자의 편의를 도모한 것이라고 봄이 타당하다.

설령 위 부칙 제3조 제2항의 취지를 달리 해석할 여지가 있다고 하더라도 이는 2020. 6. 9. 법률 제17452호로 삭제되었으므로, 위 부칙 제3조 제2항이 2021년 귀속 종합부동산세를 과세대상으로 하는 이 사건 처분에 적용될 여지는 없다(대법원 2014. 4. 30. 선고 2011두18229 판결 등 참조).

그렇다면, 이 사건 주택은 종전의 임대주택법상 임대의무기간이 5년인 매입임대주택이었으므로, 구 민간임대주택법(법률 제13499호) 부칙 제3조 제3항, 제9조, 구 민간임대주택법(법률 제15356호) 부칙 제5조 제4 내지 6항에 따라 구 민간임대주택법(2015. 8. 28. 법률 제13499호로 개정된 후 2016. 1. 19. 법률 제13782호로 개정되기 전의 것) 및 구 민간임대주택법(2018. 1. 16. 법률 제15356호로 개정되어 2018. 7. 17.부터 시행된 후 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조 제6호의 단기(민간)임대주택에 해당하는데, 원고는 2007. 12. 14.경 피고 강남구청장에게 이 사건 주택에 대하여 민간매입임대주택 임대사업자로 등록하고 임대사업을 개시하였으므로, 임대사업개시일인 2007. 12. 14.로부터 5년이 경과한 2012. 12. 13. 임대의무기간이 만료되었다고 봄이 상당하다.

(4) 구 민간임대주택법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 후 2021. 3. 16. 법률 제18452호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항 및 부칙 제7조에 따르면, “이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.”라고 규정되어 있는바, 앞서 본 바와 같이 이 사건 주택은 단기민간임대주택에 해당하고, 임대의무기간이 위 법의 시행일 이전인 2012. 12. 13. 만료되었으므로, 이 사건 주택은 위 법의 시행일(2020. 12. 10.)에 임대주택의 등록이 말소된 것으로 봄이 타당하다.

2) 제2주장에 관한 판단

(1) 조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다(대법원 1996. 10. 29. 선고 96누9423 판결 등 참조).

(2) 소급입법 과세금지원칙은 비과세·세액감면·세액공제 등과 같은 조세 우대조치가 축소·폐지되는 경우에도 적용된다고 할 것인바, 국가가 잠정적·시혜적으로 부여한 세제상의 특혜라고 하더라도 이미 완결된 사실 또는 법률관계에 대하여 개정 법령을 소급 적용함으로써 기존의 혜택을 박탈 또는 제한하는 것은 소급입법 과세금지원칙에 반하여 허용되지 아니한다. 소급입법은 신법이 이미 종료된 사실관계에 작용하는지 아니면 현재 진행 중인 사실관계에 작용하는지에 따라 ‘진정소급입법’과 ‘부진정소급입법’으로 구분되고, 전자는 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙이며 특단의 사정이 있는 경우에만 예외적으로 허용될 수 있는 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다(헌법재판소 2008. 5. 29. 선고 2006헌바99 전원재판부 결정 등 참조).

(3) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 허용된다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결, 대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정들에 비추어 보면, 이 사건 주택은 구 민간임대주택법 제6조 제5항 , 부칙 제7조의 임대사업자 등록 말소 간주 대상에 해당하므로, 과세기준일 현재 유효한 임대사업자 등록을 전제로 하는 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 따른 종합부동산세 합산배제 임대주택에는 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 원고의 이 부분 주장도 결국 이유 없다.

(1) 원고의 이 부분 주장은 이 사건 주택이 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에 해당함을 전제로 하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 주택은 2018. 1. 16 법률 제15356호로 개정된 구 민간임대주택법 제2조 제6호 에서 규정하였던 단기민간임대주택에 해당한다. 따라서 이 사건 주택에 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택 등에 관한 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 가 적용될 수 없음은 명백하고, 이 사건 주택이 구 민간임대주택법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택에 해당하는 이상 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 의 나머지 요건을 충족할 경우 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 의 적용 대상이 될 수 있다.

(2) 설령 이 사건 주택이 단기민간임대주택이 아니라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에 해당한다고 보더라도, 아래와 같은 이유로 ‘이 사건 주택은 2018. 3. 31. 이전에 사업자등록을 한 구 민간임대주택법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택으로서, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 가 적용되므로, 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 구 민간임대주택법 제6조 제5항 이나 부칙 제7조의 적용대상에 해당하지 않는다’는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

(가) 먼저, 원고의 주장은 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 따라 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당할 경우 구 민간임대주택법 제6조 제5항 의 임대사업자 등록 말소의 대상이 되지 않는다는 취지로 보이나, ① 종합부동산세법은 고액의 부동산 보유자에 대하여 종합부동산세를 부과하여 부동산보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모함으로써 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 하며(제1조), 구 종합부동산세법 제8조 제2항 , 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 은 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산하도록 한 원칙에 대하여 합산배제의 특례를 규정한 것인 점, ② 한편, 민간임대주택법은 민간임대주택의 건설ㆍ공급 및 관리와 민간 주택임대사업자 육성 등에 관한 사항을 정함으로써 민간임대주택의 공급을 촉진하고 국민의 주거생활을 안정시키는 것을 목적으로 하는 것으로서(제1조), 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 구 민간임대주택법은 일반 임대주택과 차별성이 희박해진 ‘단기민간임대주택’(개정 전 제2조 제6호)의 유형을 삭제하고, 주택시장 과열요인이 될 수 있는 장기일반민간매입임대주택 중 아파트를 임대하는 민간임대주택 유형을 제외하면서(개정 후 제2조 제5호), 제6조 제5항을 통해 위 각 유형의 민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된 것으로 규정한 점, ③ 이처럼 구 민간임대주택법 제6조 제5항 과 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 은 적용요건 및 효과, 입법목적 등이 서로 다른 별개의 법률 규정이므로, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 각 호의 규정에 따라 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상에 해당하면 곧바로 구 민간임대주택법 제6조 제5항 의 적용대상에서 제외되어 임대사업자 등록의 말소가 간주되지 않는다고 해석하기는 어려운 점 등을 고려하면, 2018. 3. 31. 이전에 사업자등록을 한 구 민간임대주택법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택이 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 에 의하여 종합부동산세 합산배제 대상에 해당한다고 하여 구 민간임대주택법 제6조 제5항 , 부칙 제7조의 임대사업자 등록 말소의 대상이 되지 않는다고 볼 수는 없다.

(나) 원고는, 이 사건 주택에 대한 임대사업자 등록을 할 당시 시행되던 구 민간임대주택법 제2조 는 민간임대주택이 민간건설임대주택(제2호)과 민간매입임대주택(제3호)으로만 구분되는 것으로 규정하고 있었고, 이에 따라 이 사건 주택은 사업자등록 시부터 계속 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 또는 제2호가 적용되어 과세혜택을받아왔는데, 이후 원고에게 불리하게 개정된 구 민간임대주택법, 구 종합부동산세법 및 같은 법 시행령 규정들을 적용하여 이 사건 주택의 임대사업자 등록을 말소시키고 종합부동산세 합산배제 임대주택에서 제외시키는 것은 개정 조세법령 불소급의 원칙에 반한다고 주장하기도 한다.

그러나 ① 구 민간임대주택법이 2015. 8. 28. 법률 제13499호로 개정되면서 제2조에 ‘준공공임대주택’에 관한 제5호 및 ‘단기임대주택’에 관한 제6호가 신설되었을 당시 부칙 제3조 제2항에서 “종전의 민간임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 민간임대주택법을 적용한다”는 내용을 규정하고 있었으나 이는 2020. 6. 9. 삭제되었고, 달리 종전 법률에 따라 등록된 임대주택에는 종전 법률을 적용한다는 취지의 경과 규정은 찾을 수 없는 점, ② 오히려 위 법 부칙 제3조 제3항은 이미 등록한 임대주택에 관한 특례로서 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 각 호의 구분에 따른 이 법의 임대주택으로 본다. 다만, 임대의무기간, 임대의무기간 이내 매각요건 및 절차, 저당권 설정 등의 제한, 임대주택의 전대 제한, 경매 시 임차인 우선매수권 부여, 특별수선충당금의 적립대상에 관하여는 종전의 임대주택법을 적용한다.”고 규정하면서, 제1호에서 “1. 종전의 임대 주택법 제6조의2 에 따라 등록한 준공공임대주택: 제2조 제5호에 따른 준공공임대주택”, 제2호에서 “2. 종전의 임대 주택법 제16조 제1항 제3호 에 따라 임대차 계약기간을 10년 이상으로 정하여 신고한 민간건설임대주택: 제2조 제5호에 따른 준공공임대주택”, 제3호에서 “3. 종전의 임대 주택법 제16조 제1항 제4호 에 따른 민간건설임대주택 또는 매입임대주택(제1호에 해당하는 임대주택은 제외한다): 제2조 제6호에 따른 단기임대주택”라고 규정하였던 점, ③ 위 부칙 제3조 제3항은 2020. 8. 18. 신설된 것이기는 하지만, 특별한 사정이 없는 한 행정처분이 이루어지는 시점의 법령이 적용되어야 할 것이므로 위와 같이 개정된 부칙 규정이 이 사건에 적용되어야 하는 점 등을 종합하면, 임대사업자 등록 당시 2015. 8. 28. 법률 제13499호로 개정되기 전의 구 민간임대주택법 제2조 제3호 의 민간매입임대주택에 해당하였다면 그 이후에는 새로 제정되는 임대주택의 유형 분류에는 속하지 아니하고 계속 위 제2조 제3호의 민간매입임대주택에만 해당함을 전제로 하여 종합부동산세법 등 타법 규정의 적용을 받을 뿐이라고 해석하기는 어렵다.

나아가 구 종합부동산세법 제8조 제1항 , 제2항, 같은 법 시행령 제3조제1항은 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준을 ‘납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액’을 기준으로 정하도록 규정하면서, 합산배제 임대주택은 위 과세표준 합산의대상이 되는 주택의 범위에서 제외하고 있고, 합산배제 임대주택의 요건은 ‘ 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자일 것’을 요건으로 하고 있음은 앞서 본 바와 같은바, 구 민간임대주택법 제6조 제5항 , 부칙 제7조에 따라 ‘임대사업자등록’이 말소되게 되면, 종합부동산세의 과세표준의 합산배제 대상이 되는 임대주택 범위에서 제외되고 비과세 범위가 축소되므로, 이 사건 규정은 종합부동산세법과 결합하여 종합부동산세의 비과세요건을 구성한다고 볼 수는 있다.

그러나 이 사건 처분이 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1. 기준으로 구 민간임대주택법 제6조 제5항 , 부칙 제7조에 따라 이 사건 주택이 2020.12. 10.경 합산배제 임대주택에 해당하지 않게 되었음을 전제로 하여 이루어졌음은 앞서 본 바와 같고, 이에 의하면 구 민간임대주택법 제6조 제5항 , 부칙 제7조는 비과세 요건이 이미 충족된 과거의 사실 또는 법률관계에 소급 적용된 것이 아니라, 그 시행일 이후로서 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2021. 6. 1.을 기준으로 당시 진행 중인 비과세요건의 충족 여부와 관련된 사실 또는 법률관계에 적용된 것임을 알 수 있다.

따라서 구 민간임대주택법 제6조 제5항 , 부칙 제7조는 구 종합부동산세법과 결합하여 비과세요건을 구성하면서 완성되지 아니하고 진행 과정에 있는 사실 또는 법률관계를 규율대상으로 하는 부진정소급입법에 해당하여 원칙적으로 허용되는 것이라고 봄이 타당하다.

한편 원고가 임대사업자 등록 당시 종합부동산세 과세혜택을 계속 받을 수 있으리라 신뢰하였다고 하더라도, 종합부동산세법, 민간임대주택법 등과 같은 부동산 관련 법령은 부동산 정책의 방향, 경제적 상황의 변천 등에 따라 개편 및 조정 등이 이루어지는 것이 일반적인 점, 조세감면 또는 우대에 있어서 한 번 혜택을 보았다고 하여 그것이 지속되어야 하는 것은 아니고(헌법재판소 2012. 4. 24. 선고 2010헌가87 전원재판부 결정 참조), 이러한 조세우대조치의 범위를 축소하기 위해서 반드시 경과규정을 두어야 하는 것도 아닌 점 등에 비추어 보면 기존의 종합부동산세법, 민간임대주택법 등이 변함없이 유지되어 종합부동산세 합산배제 임대주택에 대한 혜택규정을 계속 적용받을 수 있을 것이라는 원고의 신뢰는 헌법상 보호하여야 할 가치나 필요성이 크다고 보기 어렵다.

결국 이 사건 주택이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다고 보는 것이 조세법률 불소급 적용의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

(다) 또한 원고의 주장은 구 민간임대주택법 제2조 제3호 의 ‘민간매입임대주택’에 해당하는 주택은 같은 조 제5호의 ‘장기일반민간임대주택’ 또는 제6호의 ‘단기민간임대주택’에는 해당하지 않는다, 즉 위 각 주택 유형이 서로 배타적으로 구분되는 개념이라고 전제하고 있는 것으로 보인다. 그러나 구 민간임대주택법 제2조 각 호의 내용 등을 고려하면, 민간임대주택 중 민간건설임대주택과 민간매입임대주택은 임대주택의 취득 형태에 따른 구분이고, 단기민간임대주택과 장기일반민간임대주택은 임대기간에 따른 구분일 뿐인바, 구 민간임대주택법 제6조 제5항 의 적용 대상인 ‘구 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택’ 및 ‘제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택’의 경우에도 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 에서 정하는 요건을 모두 갖출 경우 해당 조항에 따라 종합부동산세 합산배제 대상에 해당할 수 있는 것이다.

(3) 구 종합부동산세법 제8조 제1항 은 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액을 기준으로 정하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 ‘민간주택임대주택법에 따른 민간임대주택 등으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택’을 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에서 제외하고 있다. 구 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 의 위임에 따른 같은 법 시행령 제3조 제1항은 ‘ 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택’을 합산배제 임대주택으로 규정하면서, 제2호에서 ‘ 민간임대주택법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택(다만 2018. 3. 31. 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자등록과 사업자등록을 한 주택으로 한정)으로서 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택’을 규정하고 있음은 앞서 본 바와 같다.

즉, 구 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에서는 합산배제 임대주택의 요건으로 ‘구 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자’가 과세기준일 현재 임대하는 주택일 것을 요구하고 있고, 구 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자는 같은 법 제5조에 따라 임대사업자 등록을 한 자를 말한다. 그런데 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이므로(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조), 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 이 적용되기 위한 임대사업자 요건인 ‘구 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자’라는 요건은 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록과 함께 구 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 하고, 과세기준일 현재에도 위와 같은 사업자등록을 유효하게 유지하고 있을 것을 포함하는 것으로 봄이 상당하다.

그런데 앞서 살핀 바와 같이, 이 사건 주택의 경우 구 민간임대주택법 제6조 제5항 및 부칙 제7조에 따라 위 법 시행일인 2020. 12. 10. 원고의 임대사업자 등록이 말소되었고, 해당 시점 이후에는 이 사건 주택에 관하여 유효한 임대사업자 등록이 유지되지 않은 것이라고 볼 수밖에 없으므로, 이 사건 주택은 2021년 귀속 종합부동산세의 과세기준일인 2021. 6. 1.을 기준으로 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 에서 정한 합산배제 임대주택에 해당한다고 볼 수 없다.

3) 제3주장에 관한 판단

가) 관련 규정 및 법리

(1) 구 종합부동산세법 제7조 제1항 은 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다고 규정한다. 그리고 구 종합부동산세법 제2조 제3호 는 “주택이라 함은 지방세법 제104조 제3호 의 규정에 의한 주택을 말한다.”라고 규정하고 있고, 지방세법 제104조 제3호 는 ‘주택’이란 “ 주택법 제2조 제1호 에 따른 주택”이라고 규정하고 있으며, 주택법 제2조 제1호 는 “주택이란 세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하며, 단독주택과 공동주택으로 구분한다.”라고 각 규정하고 있다.

(2) 구 지방세법 시행령(2021. 12. 31. 대통령령 제32293호로 개정되기 전의 것) 제119조는 ‘재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재 현황과 사실상의 현황이 다른 경우에는 사실상 현황에 따라 재산세를 부과한다.’고 규정하였으므로, 재산세 과세대상인 ‘주택’에 해당하는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 공부상의 용도에 관계없이 재산세 과세기준일 현재 사실상 주거용으로 사용되는지를 기준으로 판단함이 타당하다(대법원 2023. 11. 16. 선고 2023두47435 판결 등 참조).

(3) 한편 주택이 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결, 대법원 2014. 3. 27. 선고 2013두24945 판결의 취지 참조).

(4) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

나) 판단

그런데 을 제3, 4호증의 각 기재에 의하면, 원고가 이 사건 주택 중 1xx호, 1yy호의 임대와 관련하여 ㈜BBBB, ㈜CCCCC에게 2021년 제1기분 부가가치세 매출세금계산서를 발급한 사실은 인정되나, 한편 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 주택 중 1xx호, 1yy호는 이를 주택으로 봄이 상당하고, 위 인정사실 및 원고가 제출한 증거들만으로는 이와 달리 위 1xx호, 1yy호를 사무실로 보기에는 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 원고는 2003. 12. 30. 업태를 ’부동산‘, 종목을 ‘임대’로 하여 사업자등록을 하였고, 피고 ○○구청장이 2006. 8. 21. 원고에게 교부한 이 사건 주택의 사용승인서의 ‘주용도’란에는 ‘공동주택(00세대 및 근린생활시설)’이라고 기재되어 있다.

(2) 원고는 이 사건 주택의 사용승인을 받은 후 2007. 12. 14. 이 사건 주택에 대하여 민간임대주택법에 따른 임대사업자로 등록하였고, 이후 2020. 10. 6. 피고 ○○구청장으로부터 임대사업자 등록말소에 관한 통지를 받기 전까지 이를 그대로 유지하였다.

(3) 이 사건 주택은 모두 00개 호실로서 각 호실이 구분되어 독립적인 주거가 가능한 공동주택으로 건축된 것이므로, 그 중 1xx호, 1yy호가 사무실 용도로 사용되고 있다고 하더라도 이는 임차인들에 의한 일시적인 사용으로서 언제든지 주택 용도로 사용이 가능하다고 보인다. 1)

3. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 원고의 피고 ○○구청장에 대한 청구는 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 피고 ○○세무서장에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 피고들에 대한 항소는 이유 없어 이를 모두 기각한다.

1) 원고가 당심 변론종결 후에 제출한 사진들(갑 제9호증의 1 내지 5)에 의하더라도 위 1xx호, 1yy호에는 거실, 방의 구획이나 씽크대가 남아 있는 등 각 호실의 주택 기능이 유지되고 있다고 보이고, 원고의 주장처럼 일시적으로 각 호실의 벽을 허물어 사무실로 활용하거나 일부 출입문을 사용하지 않고 있다고 하여 이러한 판단에 지장을 주지 않는다.