회계변경으로 운용소득 사용실적 미달로 인해 성실공익법인 지위를 상실한 경우 상증세법상 주식보유 관련 가산세 대상임

미수배당금에 대한 인식기준을 현금주의에서 발생주의로 변경함으로 인해 운용소득 사용실적이 미달하게 된 경우 성실공익법인 지위를 상실하는 것이고, 이에 따라 주식 초과보유 가산세등 가산세 적용 대상이 됨

사 건

2023구합56675 증여세부과처분취소

원 고

재단법인 AA재단

피 고

BB지방국세청장

변 론 종 결

2024. 6. 18.

판 결 선 고

2024. 7. 23.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 9. 23. 원고에 대하여 한 별지 1 처분내역 ‘사업연도별 잔존 신고시인결정 세액’란 기재 가산세 신고시인결증을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 AA출판사(이하 ‘AA출판사’라 한다)의 대주주 김CC이 한국출판문화의 창조적 활동, 인재양성 등을 목적으로 1993. 12. 20. 그가 보유하던 AA출판사 발행 주식 150,000주(지분율 15.47%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 출연하여 설립한 재단법인으로, 상속세 및 증여세법 제16조 에 따른 공익법인이다.

나. 원고는 이 사건 주식에 대한 2015~2020 사업연도 미수배당금(이하 ‘이 사건 미수배당금’이라 한다)과 관련하여, 2018 사업연도까지는 이를 수익으로 계상하지 않았다가, 2019 사업연도부터 위 미수배당금을 수익으로 계상하여 법인세를 신고·납부하였다. 이 사건 미수배당금 내역은 아래와 같다.

사업연도

2015

2016

2017

2018

2019

미수배당금(원)

309,600,000

264,400,000

734,289,000

다. 원고는 2020. 12. 23. 위 2015~2018 사업연도 미수배당금을 익금산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 수정신고하였다. 위와 같이 수정신고된 소득금액에 따라 각 전년도 출연재산 운용소득을 재계산한 결과, 원고는 2021. 8. 27. ① 원고의 운용소득 사용액이 공익법인의 운용소득 사용기준금액 70%에 미달하게 됨에 따라, 그 미달 사용금액에 대하여 구 상속세 및 증여세법(2020. 12. 22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것 1) , 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제48조 제2항 제5호, 제78조 제9항 제1호에 따른 가산세(이하 ‘운용소득 미달사용 가산세’라 한다)를 재계산하고, ② 2016~2020 사업연도에 원고의 운용소득 사용실적이 성실공익법인의 요건(전년도 운용소득의 80%)을 충족하지 못하는 것으로 됨에 따라, 원고가 AA출판사 발행주식 총수의 5%를 초과하여 이 사건 주식(15.47%)을 보유한 부분에 대하여 상증세법 제49조 제1항, 제78조 제4항에 따른 가산세(이하 ‘주식 초과보유 가산세’라 한다)를, ③ 원고가 특수관계에 있는 AA출판사의 발행주식을 원고의 총 재산가액의 50%를 초과하여 보유한 부분에 대하여 상증세법 제48조 제9항, 제78조 제7항에 따른 가산세(이하 ‘특수관계법인 주식보유 가산세 ’라하고, 위 각 가산세를 통틀어 ‘이 사건 각 가산세’라 한다)를 각 가산하여, 2016~2020년 증여세 가산세를 수정신고하였다.

라. 피고는 2021. 9. 23. 원고에게 원고의 2021. 8. 27.자 신고내용을 모두 인정하는 내용의 2016~2020년 가산세(증여세) 결정통지를 하였다.

마. 이에 대하여 원고는 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2022. 11. 30. 원고의 청구 중 운용소득 미달사용 가산세 부분에 관하여 일부 인용결정을 하고, 나머지 청구는 기각하였다(이하 피고의 2021. 9. 23.자 가산세 부과처분 중 조세심판원의 일부 인용결정으로 취소되고 남은 부분인 별지 1 처분내역 ‘사업연도별 잔존 신고시인결정 세액’란 기재 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 11호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 상증세법령상 성실공익법인의 요건 중 하나인 ‘해당 공익법인등의 운용소득의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것’과 관련하여, 운용소득 산정의 기준이 되는 ‘소득금액’은 실제 소득이 실현되어 사용·수익할 수 있는 것을 의미하므로, 이 사건 미수배당금은 원고의 운용소득 산정에 포함되지 않는다고 보아야 한다. 이와 달리 이 사건 미수배당금을 포함하여 원고의 운용소득을 산정하고, 원고가 ‘운용소득의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것’ 요건을 충족하지 못하였다고 하여 성실공익법인의 지위를 상실하였다는 전제하에 이루어진 이 사건 처분은 그 자체로 위법하다.

2) 원고는 상증세법 제49조 제1항 본문에 따른 5% 초과보유 주식에 대한 처분의무를 부담하지 않으므로, 이와 달리 원고에게 위 처분의무가 있음을 전제로 주식 초과보유 가산세를 부과한 것은 위법하다.

3) 원고는 이 사건 주식을 상증세법 제48조 제9항이 신설된 1999. 12. 28. 이전에 출연받았으므로, 위 주식에 대하여는 상증세법 제48조 제9항에 따른 가산세 납부의무가 없다. 이와 달리 원고에게 위 조항이 적용됨을 전제로 특수관계법인 주식보유 가산세를 부과한 것은 위법하다.

4) 원고에게는 가산세가 면제되는 정당한 사유가 존재한다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 성실공익법인 지위 상실 여부

1) 관련 법리 및 법령

상증세법 제48조 제1항 본문은 ‘공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다. 이는 공익법인의 활동을 조세정책적 차원에서 지원하기 위한 규정으로서 공익법인이 영위하는 공익사업은 원래 국가 또는 지방자치단체가 수행하여야 할 업무라는 점을 고려한 것이다(대법원 2017. 4. 20. 선고 2011두21447 전원합의체 판결 참조). 다만 공익법인에 출연한 재산에 대하여 증여세를 부과하지 않는 점을 틈타서 공익법인에 대한 주식 출연의 방법으로 공익법인을 내국법인에 대한 지배수단으로 이용하면서도 상속세 또는 증여세를 회피하는 것을 막기 위하여, 일정한 경우에는 공익법인에도 증여세나 가산세를 부과하도록 정하고 있다.

한편 상증세법은 일정 요건을 갖춘 공익법인을 ‘성실공익법인’이라 하여 주식의 출연‧취득 및 보유 한도 등을 일반 공익법인에 비하여 높게 허용하고 있다. 상증세법 제16조 제2항 제2호, 구 상증세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31446호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법 시행령’이라 한다) 제13조 제3항 제1호는 성실공익법인의 요건 중 하나로 ‘해당 공익법인등의 운용소득(제38조 제5항에 따른 운용소득을 말한다)의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것(이하 ‘운용소득 사용기준’이라 한다)‘을 규정하고 있다

상증세법 시행령 제38조 제5항은 ‘운용소득’에 대하여 ‘해당 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(출연재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액 및 법 제48조 제2항 제4호에 따른 출연재산 매각금액을 제외하고, 법인세법 제29조 제1항 의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)’과 ‘출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액’의 합계액에서 ‘해당 소득에 대한 법인세 또는 소득세·농어촌특별세·주민세 및 이월결손금’을 뺀 금액으로 규정하고 있다.

2) 구체적 판단

앞서 채택한 각 증거, 갑 제7, 9, 10, 13호증의 각 기재에 관련 법령의 내용을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 미수배당금은 이 사건 과세기간의 원고의 운용소득 산정에 포함되어야 한다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 미수배당금은 원고의 운용소득 산정에 포함되지 않고, 그에 따라 원고가 운용소득 사용기준을 충족하여 성실공익법인의 지위를 상실하지 않았다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

① 상증세법 시행령 제38조 제5항에 의하면 ‘운용소득’이란 ‘해당 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액’과 ‘출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액’의 합계액에서 ‘해당 소득에 대한 법인세 또는 소득세·농어촌특별세·주민세 및 이월결손금’을 뺀 금액을 의미하는데, 이때 ‘소득금액’의 의미에 대하여 상증세 법령에서는 별다른 정의규정을 두고 있지 않다.

당해 법령 자체에 그 법령에서 사용하는 용어의 정의나 포섭의 구체적인 범위가 명확히 규정되어 있지 아니한 경우 법령상 용어의 해석은 그 법령의 전반적인 체계와 취지·목적, 당해 조항의 규정형식과 내용 및 관련 법령을 종합적으로 고려하여 해석하여야 하는바(대법원 2010. 6. 24. 선고 2010두3978 판결 참조), 법인의 한 종류인 공익법인에 해당하는 원고의 운용소득을 산정함에 있어 법인세법상의 소득금액의 개념을 활용하는 것이 비합리적이라고 보이지는 않는다.

② 원고는, 상증세법령에서의 개념인 ‘운용소득’을 산정함에 있어 아무런 법령상 근거 없이 법인세법의 개념을 활용하는 것은 부당하다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 당해 법령 자체에 그 법령에서 사용하는 용어의 정의가 명확히 규정되어 있지 않은 경우 법령상 용어의 해석은 관련 법령을 종합적으로 고려하여 할 수 있으며, 상증세법 시행령 제38조 제5항은 운용소득을 산정함에 있어 ‘ 법인세법 제29조 제1항 의 규정에 의한 고유목적사업준비금, 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액, 해당 소득에 대한 법인세’ 등을 고려하도록 규정함으로써, 그 문언 자체에서 이미 법인세법의 개념들을 활용하고 있다. 따라서 운용소득 산정의 기준이 되는 ‘소득금액’ 또한 법인세법상 개념을 적용할 수 있다고 봄이 타당하다.

③ 법인세법 제40조 제1항 은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 하여 손익 귀속 사업연도에 관하여 권리의무확정주의를 선언하고 있으며, 법 제40조 제2항의 위임에 따른 법인세법 시행령 제70조 제2항 본문은 ‘법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 법인이 수입하는 배당금은 소득세법 시행령 제46조 에 따른 수입시기에 해당하는 날이 속하는 사업연도의 익금에 산입한다’고 규정하고 있고, 소득세법 시행령 제46조 제2호 는 잉여금 처분에 의한 배당의 경우 ‘당해 법인의 잉여금 처분결의일’을 배당소득의 수입시기로 규정하고 있다.

게다가 상증세법 시행령 제38조 제6항은 “법 제48조 제2항 제5호에 따른 운용소득의 사용은 그 소득이 ‘발생한’ 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적을 말한다.”고 규정하고 있기도 하다.

이를 종합하면, 원고의 운용소득 산정에 있어서 이 사건 미수배당금은 잉여금 처분결의일이 속한 사업연도의 소득금액에 산입되어야 한다고 봄이 타당하다.

④ 원고는, 공익법인의 회계처리에 관한 ‘공익법인회계기준(기획재정부 고시 제2017-35호)’이 2017. 12. 7. 제정되어 2018. 1. 1.부터 시행되었고, 위 회계기준에서 비로소 발생주의 회계원칙이 규정되었으므로, 이 사건 미수배당금 중 2019년 이전에 발생한 부분은 해당 사업연도의 운용소득 산정에 포함되어서는 안된다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 미수배당금은 공익법인회계기준이 아닌 법인세법상 소득금액의 개념 및 권리의무확정주의에 기초하여 잉여금 처분결의일이 속한 사업연도의 원고의 소득금액에 산입되어야 하는 것이며, 더욱이 위 공익법인회계기준이 기존 법인세법의 내용과 배치된다고 할 수 없을 뿐만 아니라 그 내용 또한 기존 회계처리방식을 정리, 명시한 것에 불과해 보이므로, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

⑤ 원고는, 상증세법 제32조 및 같은 법 시행령 제24조가 증여재산의 취득시기를 재산을 취득할 권리가 ‘확정’된 날이 아니라 재산을 인도한 날 또는 사실상 사용한 날 등 재산을 취득할 권리가 ‘실현’된 날로 정하고 있는 점 등에 비추어, 공익법인이 출연받은 재산의 범위는 법인세법상 권리확정주의 원칙이 아닌 상증세법 제32조의 증여재산 취득시기에 관한 규정에 따라 판단하여야 하고, 출연받은 재산을 운용하여 얻은 운용소득의 산정 또한 위 증여재산 취득시기에 관한 규정에 따라 소득이 ‘실현’된 때를 기준으로 판단하여야 한다고 주장한다. 그러나 증여받은 재산의 취득시기를 정하는 기준과 해당 재산을 운용하여 얻은 수익의 귀속시기에 관한 기준을 반드시 동일하게 보아야 할 근거는 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

라. 주식 초과보유 가산세 부분에 관한 판단

1) 원고의 주장

상증세법 제49조 제1항은 1996. 12. 31. 현재 성실공익법인의 요건을 충족한 법인에 대하여는 5% 초과보유 주식에 대한 처분의무를 면제하려는 취지이므로, 그 후에 해당 공익법인이 성실공익법인의 요건을 상실하게 되더라도 상증세법 제49조 제1항, 제78조 제4항을 근거로 가산세를 부과할 수는 없다. 이와 달리 원고가 2016 사업연도이후에 성실공익법인의 지위를 상실하였다고 하여 그때부터 주식 초과보유 가산세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 관련 법령

가) 공익법인과 성실공익법인

상증세법 제16조 제1항, 제2항에 의하면, 공익법인은 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자를 말한다. 공익법인 중에서도 ‘성실공익법인’에 해당하기 위하여는, 상증세법 제50조 제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성ㆍ비치 외에도, 상증세법 시행령 제13조 제3항에 따른 ① 해당 공익법인등의 운용소득의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것, ② 출연자 또는 그 특수관계인이 공익법인등의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니할것, ③ 법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것 및 ④ 법 제48조 제1항 전단에 따른 광고ㆍ홍보를 하지 아니할 것 등 요건을 갖추어야 한다(제16조 제2항 제2호). 상증세법 시행령 제13조 제5항에 의하면, 성실공익법인은 주무관청을 통하여 기획재정부장관에게 성실공익법인 해당 요건을 모두 충족하였는지 여부를 확인받아야 하며, 이후 5년마다 재확인을 받아야 한다. 상증세법은 일정한 요건을 갖춘 성실공익법인의 경우 공익법인 제도를 악용할 위험성이 일반 공익법인에 비하여 낮은 점 등을 고려하여, 성실공익법인에 대하여는 주식 출연, 취득, 보유 등 한도에 있어서 일반 공익법인 보다 혜택을 주고 있다.

나) 공익법인 등에 대한 출연재산의 과세가액 불산입

상증세법에 의하면, 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니하나, 다만 성실공익법인등이 내국법인의 주식을 출연받아 그 출연받은 주식과 출연 당시 해당 성실공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 10 또는 100분의 20(공익법인의 경우 100분의 5)을 초과하는 경우에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다(제48조 제1항, 제16조 제2항 제2호).

다) 과세가액 불산입에 대한 사후관리

공익법인이 출연받는 재산에 대하여는 출연시점에 증여세를 과세하지 않는 대신 그 재산 및 그 재산으로부터 얻어지는 수익을 공익사업에 사용토록 사후관리를 하며 사후관리요건을 위반하는 경우에는 증여세를 과세한다.

즉, 상증세법 제48조 제2항 본문에 의하면, 세무서장 등은 재산을 출연받은 공익법인이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등의 용도 외에 사용하거나 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용하는 경우 등의 사유가 있으면 공익법인 등이 일정한 가액을 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세한다. 또한 상증세법 제48조 제11항 제1호에 의하면 성실공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 주식을 출연받은 후 성실공익법인등에 해당하지 않게 된 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 상증세법 제48조 제1항에 따라 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조 제2항에 따라 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다.

라) 공익법인 주식등의 보유기준 초과가산세

상증세법 제49조 제1항에 의하면, 공익법인등이 1996년 12월 31일 현재 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하는 동일한 내국법인의 주식등을 보유하고 있는 경우에는 각 호의 어느 하나에 해당하는 기한까지 그 발행주식총수등의 100분의 5(이하 ‘주식등의 보유기준’이라 한다)를 초과하여 보유하지 아니하도록 하여야 하는데, 성실공익법인 등에 대해서는 그러하지 아니하다. 또한 상증세법 제78조 제4항에 의하면, 공익법인등이 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한이 지난 후에도 같은 항에 따른 주식등의 보유기준을 초과하여 보유하는 경우에는 같은 항 각 호의 어느 하나에 규정된 기한의 종료일 현재(같은 항 각 호 외의 부분 단서를 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재) 그 보유기준을 초과하는 주식등에 대하여 매년 말 현재 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다.

3) 구체적 판단

앞서 채택한 각 증거와 관련 법령을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 상증세법 제49조 제1항이 1996. 12. 31. 현재 성실공익법인의 요건을 충족한 법인의 경우 향후 성실공익법인의 지위를 상실하더라도 주식 보유기준 초과분에 대한 처분의무를 면제한 것이라고 보기는 어려우므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 과세기간에 원고가 성실공익법인의 지위를 상실하였더라도 주식 초과보유 가산세 부과의 대상이 되지 않는다는 원고의 주장은 이유 없다.

① 상증세법이 1996. 12. 30. 법률 제5193호로 개정되면서 공익법인 등의 주식 보유기준을 정한 제49조 제1항 및 가산세에 관한 제78조 제4항이 신설되었고, 위 개정 법률은 1997. 1. 1.부터 시행되었다. 상증세법 제49조 제1항의 취지는 공익법인들이 동일 종목을 기준으로 5%를 초과하여 주식을 보유하지 못하도록 하는 것이므로, 기본적으로 모든 공익법인에는 5% 초과보유 주식에 대한 처분의무가 있는 것이고, 다만 성실공익법인에 해당하여 혜택을 부여할 수 있는 경우에 한하여 예외사유로 규정하고 있는 것이다. 따라서 이후 성실공익법인의 지위를 상실함으로써 예외사유에 해당하지 않게 된 경우에는 원칙으로 돌아가 5% 초과보유 주식에 대한 처분의무를 부담한다고 보아야 한다.

위 조항이 1996. 12. 31.을 기준으로 삼고 있는 것은, 제49조 제1항의 신설 및 시행시기를 고려하여 당시 이미 5%를 초과하는 주식을 보유하고 있던 공익법인의 경우 이를 처분할 시간적 여유를 주기 위하여 유예기간을 부여함에 따른 것이라고 보일 뿐이고, 1996. 12. 31. 현재 제49조 제1항 단서의 예외사유에 해당하기만 하면 평생 5% 초과보유 주식에 대한 처분의무를 면제하려는 취지라고는 볼 수 없다.

② 상증세법은 성실공익법인의 경우 공익법인 제도를 악용할 위험성이 일반 공익법인에 비해 낮다는 점에서 주식 출연․취득 및 보유 한도를 일반 공익법인에 비해 높게 허용하고 있는바, 상증세법 제16조 제2항, 같은 법 시행령 제13조 제3, 5항, 제42조 등에서 정한 성실공익법인 요건의 구체적 내용에서 알 수 있듯이 성실공익법인이란 지속적인 관리가 요구되는 계속적 개념이므로, 특정 시점의 상태만을 기준으로 성실공익법인의 상태가 확정된다고 할 수 없고, 각 과세연도마다 상증세법령상의 요건을 충족하였는지에 따라 성실공익법인 여부가 달리 정하여진다. 원고의 주장처럼, 1996. 12. 31. 현재 성실공익법인에 해당하기만 하면 향후 그 요건을 미충족하게 되더라도 성실공익법인에 부여되는 혜택이 계속 유지된다고 보는 것은 성실공익법인 제도의 취지에도 반한다.

③ 법률 조항에 대한 해석은 해당 조항이 속한 법률의 전반적인 체계와 취지 및 목적 등을 유기적·체계적으로 종합하여 판단하여야 한다. 상증세법 제78조 제4항은 제49조 제1항에 위반한 경우의 가산세에 대하여 규정하고 있는데, 위 조항은 가산세를 ‘유예기간의 종료일 현재 그 보유기준을 초과하는 주식 등’에 대하여 부과한다고 하면서, ‘제49조 제1항 단서를 적용받는 경우에는 그 기준에 미달하는 소득세 과세기간 또는 법인세 사업연도 종료일 현재’ 그 보유기준을 초과하는 주식에 대하여 가산세를 부과한다고 규정하고 있다. 즉, 상증세법은 명시적으로 제49조 제1항 단서에 해당하여 5% 초과보유 주식의 처분의무를 부여받지 않다가 추후 그 지위를 상실한 경우에도 가산세 부과의 대상이 되는 것으로 규정하고 있다. 이러한 점에서도 상증세법 제49조 제1항을 원고의 주장과 같이 해석할 수는 없다.

라. 특수관계법인 주식보유 가산세 부분에 대한 판단

상증세법 제48조 제9항의 공익법인의 사후관리의무 규정은 상증세법이 1999. 12. 28. 법률 제6048호로 개정(이하 ‘1999년 상증세법’이라 한다)되면서 신설되었는데, 부칙 제2조 본문은 ‘이 법은 이 법 시행후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다’고 규정하고, 제2조는 ‘제48조 제8항 내지 제10항 및 제78조 제6항 내지 제8항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다’고 규정할 뿐, 제48조 제9항이 공익법인이 1999년 상증세법이 시행되기 이전에 출연받은 재산을 그대로 보유하고 있는 경우에도 적용되는지에 대하여 아무런 경과규정이 없으므로, 원고가 1999년 상증세법 시행 전에 출연받은 이 사건 주식에 대하여는 상증세법 제48조 제9항에 따른 사후관리의무가 없다. 그럼에도 원고에게 이에 따른 사후관리의무가 있다고 보아 특수관계법인 주식보유 가산세를 부과하는 것은 법적 근거 없이 침익적 규정인 상증세법 제48조 제9항을 확대 적용하는 것으로 조세법률주의에 반한다.

가) 상증세법 제48조 제9항 본문은 ‘공익법인등(성실공익법인등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식등을 보유하는 경우로서 그 내국법인의 주식등의 가액이 해당 공익법인등의 총 재산가액의 100분의 30(제50조 제3항에 따른 회계감사, 제50조의2에 따른 전용계좌 개설·사용 및 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시를 이행하는 공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 50)을 초과하는 경우에는 제78조 제7항에 따른 가산세를 부과한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제78조 제7항은 ‘세무서장등은 공익법인등이 제48조 제9항에 따른 내국법인의 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유하는 경우에는 매 사업연도 말 현재 그 초과하여 보유하는 주식등의 시가의 100분의 5에 상당하는 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공익법인등이 납부할 세액에 가산하여 부과한다’고 규정하고 있다.

상증세법 제48조 제8 내지 10항, 제78조의 제6 내지 8항은 1999년 상증세법이 개정되면서 신설되었는데, 그 부칙 제1조는 ‘이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제78조 제4항의 개정규정은 공포일부터 시행하고, 제61조 제1항 제2호의 개정규정은 2000년 7월 1일부터 시행한다.’고 규정하고, 제2조 본문은 ‘이 법은 이 법 시행 후 최초로 상속이 개시되거나 증여하는 분부터 적용한다’고 규정하며, 제3조는 ‘제48조 제8항 내지 제10항 및 제78조 제6항 내지 제8항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다’고 규정하였다.

나) 앞서 채택한 각 증거 및 관련 규정을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 원고가 특수관계법인의 주식인 이 사건 주식을 총 재산가액의 100분의 50을 초과하여 보유한 이상, 상증세법 제48조 제9항 및 제78조 제7항에 따른 가산세 부과대상에 해당한다고 봄이 타당하고, 이와 다른 전제에선 원고의 주장은 받아들 일 수 없다.

① 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 참조). 또한 세법의 개정이 있는 경우 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 함은 법률불소급의 원칙상 당연하나, 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 하고 있는 경우에는 구법이 적용되어야 하므로(대법원 1999. 7. 9. 선고 97누11843 판결 참조), 부칙으로 본칙에 관한 경과규정을 둔 경우에는 경과규정에 따라 처분의 근거법령이 정해진다.

② 살피건대, 1999년 상증세법 부칙에서 그 시행 이전에 출연된 재산에 대하여 제48조 제9항의 적용을 제외한다는 명시적인 규정을 두고 있지 않은 이상, 원칙에 따라 납세의무가 성립될 당시의 법령이 적용되어야 하는 것이므로, 1999년 상증세법 부칙 제1, 3조의 각 규정에 의하여 상증세법 제48조 제9항 및 제78조 제7항에 따른 가산세 납세의무는 1999년 상증세법 시행일인 2000. 1. 1.부터 최초로 시행하는 사업연도분부터 적용된다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 주식을 1999년 상증세법 시행 전에 출연받았는지와 관계없이 상증세법 제48조 제9항 및 제78조 제7항에 따른 가산세 부과 대상에 해당하게 된 이상, 원고에게 특수관계법인 주식보유 가산세를 부과할 수 있다고 보아야 한다.

마. 가산세 면제의 정당한 사유 관련

국세기본법 제48조 제1항 제2호 에 의하면, 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세가 면제된다. 설령 원고가 ‘운용소득의 100분의 80 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것’ 요건을 충족하지 못함으로써 성실공익법인의 지위를 상실하였더라도, 당시 상증세법상 운용소득 산정의 기준에 관한 명시적 규정이 존재하지 않아 혼란이 있었던 점 등을 고려하면, 원고가 운용소득 사용의무를 해태하여 성실공익법인의 요건을 갖추지 못하게 된 것에 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. 따라서 원고에 대한 가산세는 면제되어야 하고, 이 사건 처분은 위법하다.

앞서 채택한 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 원고에게 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

① 피고는, 원고가 운용소득 사용기준을 충족하지 못하여 성실공익법인의 지위를 상실하였음을 전제로, 그 미달 사용금액에 대하여 상증세법 제48조 제2항 제5호, 제78조 제9항 제1호에 따른 운용소득 미달사용 가산세를, 원고가 주식등의 보유기준을 초과하여 이 사건 주식을 보유한 부분에 대하여 상증세법 제49조, 제78조 제4항에 따른 주식초과보유 가산세를, 특수관계인의 주식을 원고의 총 재산가액의 50%를 초과하여 보유한 부분에 대하여 상증세법 제48조 제9항, 제78조 제7항에 따른 특수관계법인 주식보유 가산세를 각 부과하였다. 그런데 위 가산세들의 경우 해당 공익법인이 운용소득을 기준금액에 미달하게 사용하거나(제48조 제2항 제5호), 주식등의 보유기준을 초과하여 주식등을 보유하거나(제49조 제1항), 특수관계법인의 주식을 기준 비율을 초과하여 보유하는 것(제48조 제9항) 자체를 이유로 하여 부과되는 것이므로, 통상적인 무신고 가산세 및 납부불성실 가산세와 그 부과사유나 면제사유(정당한 사유)가 동일하다고 보기는 어렵다.

② 원고는, 이 사건 미수배당금을 운용소득의 산정에 포함하여야 하는지와 관련하여 상증세법상 운용소득 산정의 기준에 관한 명시적 규정이 존재하지 않았으므로, 원고가 운용소득 사용의무를 해태한 데에 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 원고가 운용소득 사용기준을 충족하지 못하여 성실공익법인의 지위를 상실한 것은 상증세법령상 성실공익법인의 요건을 갖추지 못하였기 때문이지, 의무해태에 대한 제재로서 이루어진 것이라고 할 수는 없으며, 이 사건 각 가산세 또한 원고가 성실공익법인의 지위를 상실함으로써 더 이상 가산세 부과의 예외사유에 해당하지 않게 되었기 때문에 원칙으로 돌아가 각 가산세가 부과된 것일 뿐, 세금의 무신고 또는 미납부로 인한 것이 아니다. 따라서 원고가 드는 위 사정들이 이 사건 각 가산세를 면제할 만한 정당한 사유에 해당한다고 할 수 없다.

③ 뿐만 아니라, 상증세법 제38조 제5항에 따른 공익법인의 운용소득을 산정하기 위한 ‘소득금액’을 확정함에 있어서 법인세법상 소득금액의 개념 및 그에 따른 권리의무확정주의가 적용되어야 한다는 점이, 관계 법령의 문언 및 체계상 특별히 모호하다거나, 수범자의 입장에서 극히 이해하기 어려웠고 이에 관련한 세법해석상 다툼이 있었다고 보이지도 않으므로, 원고의 주장은 그 자체로도 받아들이기 어렵다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

1) 이 사건에서 문제된 과세기간인 2016 12. 31.~2020. 12. 31. 관계 법령의 변경이 있었으나, 실질적인 내용에는 변화가 거의 없다고 보이므로, 가장 마지막 과세기준일인 2020. 12. 31. 당시 시행되는 법령을 적용한다.