소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호 후문에서 사업자가 당초에 취득한 때란 '사업자 지위에서' 부동산을 취득하는 경우로 한정하고 있지 않음

소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호 후문은 사업소득의 필요경비 계산과 관련하여, '사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 해당 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다'고 규정하고 있는 바, 위 조항은 '사업자 지위에서'부동산을 취득하는 경우로 한정하고 있지 않음

사 건 2023구합82155 종합소득세부과처분취소

원 고 AAA

소송대리인 법무법인 gg

피 고 SSS세무서장

변 론 종 결 2024. 7. 12.

판 결 선 고 2024. 10. 11.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 3.**. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 종합소득세 ***,***,***원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 11. **. SS gg구 HH동 대 **㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 2층 건물(연면적 ***.05㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 건물을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 비사업용으로 취득하여 거주하였다.

나. 원고는 2019. 7. **. 이 사건 건물을 멸실한 후 2020. 3. **. 이 사건 토지 지상에 5층 규모의 다세대주택 8채 1) 를 신축하였고, 2020. 5. *. 주거용 건물 건설업으로 사업자등록을 마쳤다(사업개시일 : 2019. 7. &&.).

다. 원고는 신축 다세대주택 건물 중 4층에는 본인이 거주하고, 나머지 7채 중 3채를 2021년에 분양하였는데(이하 위 3채를 ‘이 사건 신주택’이라 한다), 2022. 6. %%. 이 사건 신주택에 관하여 필요경비로서 공사원가를 구성하는 이 사건 각 부동산의 취득가액을 2019. 5. #. 시점을 기준으로 간이평가한 #,###,###,###원(토지 *,***,***,000원, 건물 ***,***,***원, 이하 ‘2019년 기준 간이평가액’이라 한다)으로 하여 2021년 귀속 종합소득세 *,***,***원을 신고·납부하였다.

라. 원고는 2022. 11. **. 이 사건 각 부동산을 2010. 12. @@. 시점을 기준으로 감정평가한 ***,***,***원(토지 ***,***,000원, 건물 **,***,*00원, 이하 ‘2010년 기준 감정평가액’이라 한다)이 사업소득 필요경비인 공사원가 중 토지가액(용지비)에 해당한다고 보아, 2021년 귀속 종합소득세 **,***,***원을 수정신고하였다.

마. 피고는 원고가 수정신고한 ‘2010년 기준 감정평가액’을 부인하고, 이 사건 각 부동산의 취득일인 2001년경에는 이 사건 각 부동산의 개별주택가격이 고시되지 않았다는 이유로 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다) 제61조 제1항에 따라 2001년 경 이 사건 토지의 개별공시지가 ***,***,000원, 신축가격·구조·용도·위치·신축연도 등을 참작하여 평가한 이 사건 건물의 평가액 **,***,*00원, 취·등록세 *,*00,000원을 합산한 ***,***,*00원을 이 사건 각 부동산의 취득가액으로 하여, 2023. 3. **. 원고에 대하여 2021년 귀속 종합소득세 ***,***,***원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 5호증, 을 제1 내지 4호증, 을 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

사업소득의 필요경비는 사업개시 당시 또는 현물출자 당시의 비용을 기준으로 산정하여야 하므로, 필요경비로서 이 사건 각 부동산의 취득가액은 사업개시 및 현물출자일을 기준으로 하는 ‘2019년 기준 간이평가액’이 적용되어야 하고, 그렇지 않다면 적어도 ‘2010년 기준 감정평가액’이 적용되어야 한다(개별공시지가 등은 감정평가액이 없는 경우에야 시가로 인정될 수 있을 뿐이다). 따라서 2001년경 개별공시지가 등을 적용하여 이 사건 각 부동산의 취득가액을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거들, 을 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하면, 이 사건 처분은 위법하다고 볼 수 없다.

1) 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조 제1항 제2호 후문은 사업소득의 필요경비 계산과 관련하여, ‘사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 해당 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다’고 규정하고 있다. 그런데 원고가 사업과 관련 없이 주거 목적으로 취득한 이 사건 각 부동산은 위 조항에서 정한 ‘사업용 외의 목적으로 취득한 부동산’에 해당한다(대법원 2005.7. 8. 선고 2004두8293 판결 참조). 따라서 사업용 외의 목적으로 취득한 이 사건 각 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 원고가 당초에 취득한 2001년경의 구 소득세법 시행령 제89조 를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 하여야 한다.

2) 구 소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호 에 따르면 취득가액이 불분명한 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액을 자산의 취득가액으로 보는데, 이 사건 각 부동산의 2001년 경 취득가액이 불분명하고 소득세법 시행규칙 제48조 에 따르면 시행령 제89조 제1항 제3호에서 “기획재정부령이 정하는 시가”라 함은 법인세법 시행령 제89조 를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

3) 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항은 시가가 불분명한 경우 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(제1호), 상증세법 제38조, 제39조, 제39조의2, 제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액(제2호)을 차례로 적용하여 계산한 금액을 따르도록 규정하고 있다.

원고는 ‘2019년 기준 간이평가액’과 ‘2010년 기준 감정평가액’을 제출하고 있으나, 이 사건 토지의 개별공시지가 변동 추이에 비추어 볼 때 위 각 가액이 2001년경의 시가를 객관적으로 반영한다고 볼 수 없고 달리 2001년경의 시가를 확인할 만한 자료가 없으므로, 이 사건 각 부동산의 시가가 불분명한 경우에 해당하고, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호 에서 정한 2001년경(당초 취득일)을 기준으로 한 감정평가액이 존재하지도 않는다. 따라서 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호 , 상증세법 제61조 제1항(부동산에 대한 보충적 평가방법)에 따라 이 사건 각 부동산의 취득가액을 평가한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

4) 원고는 ‘구 소득세법 시행령 제55조 제1항 제2호 후문은 사업자 지위를 이미 취득한 자가 비사업용 목적으로 부동산을 취득한 경우에만 적용되는 것으로 한정하여야 한다’고 주장하나, 위 조항은 ‘사업자 지위에서’ 부동산을 취득하는 경우로 한정하고 있지 않다(위 조항의 ‘해당 사업자’라는 문언 부분은 위 조항이 ‘사업소득의 필요경비의 계산’에 관한 조항이기 때문에 그 필요경비 계산을 하는 주체를 표시하는 것으로 보일 뿐이다).

5) 원고는 ‘사업 전환을 기준으로 양도소득이 발생하지 않거나 미미한 경우에는 수익비용 대응 원칙상 필요경비 항목인 건물 부속 토지 공사원가 중 용지비를 사업 전환 당시의 가액으로 평가하여야 한다’고도 주장하나, 그와 같이 볼 근거가 없다.

6) 조합의 사업소득에 관한 필요경비의 경우 조합에 출자한 당시의 자산가액을 기준으로 계산한다는 대법원 1985. 5. 28. 선고 84누545 판결의 법리는 원고가 2001년 경 취득한 이 사건 각 부동산을 소유권 변동 없이 개인사업자 지위에서 그대로 사업에 이용한 이 사건에 그대로 적용하기에 적절하지 않다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지]

관계 법령

▣ 소득세법

제19조(사업소득)

② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 “결손금”이라 한다.

③ 제1항 각 호에 따른 사업의 범위에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 「통계법」 제22조 에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르고, 그 밖의 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

▣ 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것)

제55조(사업소득의 필요경비의 계산)

① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.

2. 부동산의 양도 당시의 장부가액(건물건설업과 부동산 개발 및 공급업의 경우만 해당한다).

이 경우 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 해당 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다.

제89조(자산의 취득가액등)

① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호의 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 제1호 및 제2호의 자산 외의 자산은 해당 자산의 취득 당시의 기획재정부령이 정하는 시가에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액

▣ 소득세법 시행규칙

제48조(시가의 계산)

영 제89조제1항제3호에서 “기획재정부령이 정하는 시가”라 함은 「법인세법 시행령」 제89조 를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

▣ 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것)

제89조(시가의 범위 등)

① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조제1항제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조제2항제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

▣ 상속세 및 증여세법

제61조(부동산 등의 평가)

① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법(倍率方法)으로 평가한 가액으로 한다.

2. 건물

건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

3. 오피스텔 및 상업용 건물

건물에 딸린 토지를 공유(共有)로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이들에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래 상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시한 가액

4. 주택

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(같은 법 제18조제1항 단서에 따라 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격을 말하며, 이하 이호에서 “고시주택가격”이라 한다). 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 납세지 관할세무서장이 인근 유사주택의 고시주택가격을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다.

가. 해당 주택의 고시주택가격이 없는 경우

나. 고시주택가격 고시 후에 해당 주택을 「건축법」 제2조제1항제9호 및 제10호에 따른 대수선 또는 리모델링을 하여 고시주택가격으로 평가하는 것이 적절하지 아니한 경우

끝.