부가가치세 고지 처분에 하자가 존재한다고 보기 어렵고, 설령 하자가 인정된다 하더라도 그 하자가 중대하고도 명백하여 당연 무효라고 보기에 부족함

부가가치세 경정․고지 처분에 하자가 존재한다고 보기 어렵고, 설령 하자가 인정된다 하더라도 그 하자가 중대하고도 명백하여 당연 무효라고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

사 건

2024가합49337 손해배상

원 고

임AA

피 고

대한민국

변 론 종 결

2024. 9. 26.

판 결 선 고

2024. 11. 14.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고는 원고에게 000,000,000원 및 그중 00,0000,000원에 대하여는 2011. 12. 1.부터, 000,000,000원에 대하여는 2013. 2. 1.부터 각 이 사건 소장 송달일까지는 연 6%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

이 유

1. 기초사실

가. 원고의 부가가치세 신고․납부

원고는 서울 ****구 **동에서 ‘BB주유소’라는 상호로 주유소를 운영하였던 사람으로서, 2008. 8. 1.경부터 2010. 3. 31.경까지 주식회사 CC에너지(이하, ‘CC에너지’라 한다)로부터 2008년 2기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 ***,599,999원,2009년 1기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 ***,490,909원(= ***,200,000원 +***,290,909원), 2009년 2기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 ***,763,636원(=***,963,636원 + ***,800,000원), 2010년 1기 부가가치세 과세기간 중 공급가액 **,909,091원의 각 세금계산서(이하, ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 각 교부받아 각 부가가치세 과세기간의 각 매출세액에서 별지 분기별 세금계산서 ‘매입가’란 기재 각 금액의 10%를 매입세액으로 공제하여 각 부가가치세를 신고․납부하였다.

나. 원고에 대한 부가가치세 경정․고지 등

1) CC에너지에 대한 세무조사

DD지방국세청장은 2009. 8. 26.부터 2010. 1. 15.까지 및 2010. 8. 10.부터 2010. 11. 12.까지 CC에너지에 대한 자료상 조사(조사대상기간: 2009. 1. 1. ~ 2010. 2. 12.)를 실시한 결과, CC에너지가 실물거래 없이 세금계산서를 발행한 자료상에 해당한다고 판단하였다.

2) 2009년 1기 및 2기 각 부가가치세 관련

EEE세무서장는 2010. 9. 13.부터 2010. 10. 24.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 원고가 유류자료상으로 고발된 CC에너지로부터 교부받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 관련 매입세액을 불공제하여 2011. 1. 3. 원고에 대하여 2009년 1기 부가가치세 00,000,000원(원 이하 버림), 2009년 2기 부가가치세 00,000,000원(원 이하 버림)을 각 경정․고지하였다(이하, ‘이 사건 제1 처분’이라 한다).

3) 2008년 2기 및 2010년 1기 각 부가가치세 관련 EEE세무서장은 2011. 7. 11.부터 2011. 8. 21.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 원고가 2008년 2기의 부가가치세 과세기간 중 CC에너지로부터 교부받은 세금계산서 역시 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보고 매입세액을 불공제하여 2011. 12. 1. 원고에 대하여 2008년 2기 부가가치세 00,000,000원(원 이하 버림)을 경정․고지(이하, ‘이 사건 제2 처분’이라 한다)하는 한편, 2010년 1기 부가가치세 0,000,000원(원 이하 버림)을 경정․고지하였다(이하, 이 사건 제1, 2 처분 및 2010년 1기 부가가치세 경정․고지를 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

다. 관련 행정소송 등

1) 원고는 이 사건 각 세금계산서는 실물거래에 따라 진정하게 교부받은 세금계산서라는 주장 등을 하면서, 2011. 8. 30. EEE세무서장을 상대로 서울행정법원 2011구합00000호로 이 사건 제1 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 위 법원은 2012. 1. 11. 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다. 위 1심 판결에 대하여 원고가 항소하였으나, 항소심 법원(서울고등법원 2012누0000호)은 2013. 8. 30. 항소를 기각하는 판결을 선고하였고, 위 항소심 판결에 대하여 원고가 상고하였으나, 2014. 1. 8. 심리불속행 기각되어(대법원 2013두00000호), 위 1심 판결은 그대로 확정(이하, ‘이 사건 제1처분 관련 확정판결’이라 한다)되었다.

2) 원고는 위 1)항과 같은 취지로 주장하면서, 2014. 3. 11. EEE세무서장을 상대로 서울행정법원 2014구합0000호로 이 사건 제2 처분의 무효 확인을 구하는 소를 제기하였으나, 위 법원은 2014. 11. 14. 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다. 위 1심 판결에 대하여 원고가 항소하였으나, 항소심 법원(서울고등법원 2015누00000호)은 2015. 12. 17. 항소를 기각하는 판결을 선고하였고, 위 항소심 판결에 대하여 원고가 상고하였으나, 2016. 4. 12. 심리불속행 기각되어(대법원 2016두00000호), 위 1심 판결은 그대로 확정(이하, ‘이 사건 제2 처분 관련 확정판결’이라 한다)되었다.

3) 원고는 위 1), 2)항과 같은 취지로 주장하면서, 2016. 9. 26. 피고를 상대로 서울행정법원 2016구합0000호로 이 사건 각 세금계산서의 신고는 실제 실물거래와 상이 없음의 확인을 구하는 소를 제기하였으나, 위 법원은 2017. 1. 13. 소를 각하하는 판결을 선고하였다. 위 1심 판결에 대하여 원고가 항소하였으나, 항소심 법원(서울고등법원 2017누00000호)은 2017. 9. 27. 원고의 항소를 기각하는 판결을 선고하였고, 이에 대하여 쌍방 상고하지 않아 위 1심 판결은 그대로 확정되었다.

4) 이 사건 제1, 2 처분 관련 확정판결에서 인정된 사실 및 사정들의 주요 내용은 다음과 같다.

가) 아래의 사실 및 사정들을 종합하면, 이 사건 제1 처분 관련 세금계산서는 경험칙상 원고가 CC에너지 외의 거래처로부터 유류를 공급받았음에도 원고의 필요에 의해 CC에너지로부터 유류를 공급받은 것처럼 위장한 사실과 다른 세금계산서인 것으로 봄이 상당하고, 원고가 제출한 증거나 주장하는 사정만으로는 이 사건 제2 처분 관련 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(1) 원고는 2008년 2기부터 2009년 2기까지 CC에너지로 정상적으로 유류를 공급받았다고 주장하고 있는바, CC에너지가 2009년 원고에게 발행한 세금계산서 대부분(가공비율 2009년 1기 91.75%, 2기 98.7%)이 실물거래 없이 발행된 가공세금계산서라는 이유로 CC에너지는 자료상으로 고발되었다.

(2) CC에너지의 매입처인 주식회사 FFFFF(이하, ‘FFFFF’라 한다)도 2009년 1기 및 2기 매입, 매출이 모두 가공인 자료상으로 고발되었고 매출액의 50%이상이 CC에너지에 대한 매출액이다.

(3) 원고가 2009년 CC에너지의 계좌로 송금한 유류대금은 FFFFF, 주식회사 ****** 계좌를 거쳐 매출만 있고 매입이 없는 폭탄업체인 주식회사 ***에너지 계좌로 이체된 후 대부분 현금으로 출금되었다.

(4) 정유사가 유류를 공급할 때 발행․교부하는 출하전표는 정상적인 유통경로를 거쳐 유류가 거래된 것이라는 점을 확인시켜 주는 중요한 자료인데, CC에너지는 특별한 이유 없이 원고로부터 정유사가 발행한 출하전표를 수거하면서 CC에너지 명의의 출하전표를 발행․교부하였다.

(5) 정유사가 발행한 정상적인 출하전표에는 온도와 밀도에 따라 유류의 부피가 달라져 발행시간이 초단위로 기재되어 있고 온도, 밀도가 정확하게 기재되어 있는 반면, CC에너지가 발행한 출하전표에는 온도, 밀도 등이 기재되어 있지 않아 CC에너지가 발행한 출하전표에 실제 거래내용이 제대로 기재되어 있는지 의문이 든다.

나) 아래의 사실 및 사정들을 종합하면, 원고가 이 사건 제1, 2 처분 관련 세금계산서의 명의 위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(1) 원고는 그 주장에 의하더라도 2003. 5. 14.부터 소규모 석유판매업을 하였으므로 유류공급의 정상적인 구조와 유통경로, 유류업계의 일반적 거래형태나 방식, 자료상 거래의 실태와 위험성에 관하여 충분히 알 수 있었다고 보인다.

(2) 원고로서는 조금만 주의를 기울였다면 CC에너지가 발행한 출하전표가 정상적으로 발급된 것이 아님을 알 수 있었다고 보인다.

(3) 원고는 2003. 5. 14.부터 소규모 석유판매업을 하였으므로 「석유 및 석유대체연료사업법」등 관계 법령에 의하여 2009. 4. 30.까지 대리점 간의 수평거래가 유통질서 저해행위로서 금지된 행위임을 잘 알았을 것으로 보임에도 일반 대리점인 CC에너지로부터 유류를 구입하였다.

(4) 원고는 CC에너지로부터 리터당 10원 정도 싸게 유류를 공급받았다.

라. 관련 재심소송

1) 원고는 2018. 12. 21. EEE세무서장 등을 상대로 서울고등법원 2018재누10256호로 이 사건 제1 처분 관련 확정판결을 취소하고, 이 사건 제1 처분의 취소를 구하는 재심의 소를 제기하였으나, 위 법원은 2019. 8. 21. 소를 각하하는 판결을 선고하였고, 이에 대하여 쌍방 상고하지 않아 위 판결은 그대로 확정되었다.

2) 원고는 2020. 10. 23. EEE세무서장을 상대로 서울고등법원 2020재누191호로 이 사건 제1 처분 관련 확정판결을 취소하고, 이 사건 제1, 2 처분의 취소를 구하는 재심의 소를 제기하였으나, 위 법원은 2020. 11. 26. 소를 각하하는 판결을 선고하였고, 이에 대하여 쌍방 상고하지 않아 위 판결은 그대로 확정되었다.

3) 원고는 2020. 10. 23. EEE세무서장을 상대로 서울고등법원 2020재누207호로 이 사건 제2 처분 관련 확정판결을 취소하고, 이 사건 제2 처분의 무효 확인을 구하는 재심의 소를 제기하였으나, 위 법원은 2021. 7. 14. 소를 각하하는 판결을 선고하였고, 이에 대하여 쌍방 상고하지 않아 위 판결은 그대로 확정되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제10, 35, 38, 59, 73, 76 내지 80호증, 을 제1 내지 3, 6호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 당사자 주장의 요지

가. 원고의 주장

1) 불법행위를 원인으로 한 손해배상청구

원고는 CC에너지로부터 실제 유류를 공급받았고, CC에너지는 유류자료상이 아님에도 불구하고, 피고는 CC에너지가 유류자료상이라는 전제에서 위법한 세무조사를 거쳐 이 사건 각 처분을 하였다. 따라서 이 사건 각 처분은 불법행위에 해당하고, 원고는 이 사건 각 처분으로 인하여 40,000,000원 상당의 정신적 손해를 입었으므로, 피고는 원고에게 위 불법행위를 원인으로 한 정신적 손해 40,000,000원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

2) 부당이득반환청구

피고는 위 1)항에서 본 바와 같이 위법한 세무조사를 거쳐 이 사건 각 처분을 하였고, 이 사건 각 처분은 그 하자가 중대하고도 명백하여 당연 무효이다. 그런데 원고는 이 사건 각 처분으로 인하여 부가가치세 및 이에 대한 가산세 합계 000,000,000원(갑 제97호증의1 참조), 이와 연동된 종합소득세 및 이에 대한 가산세 합계 00,000,000원(갑 제97호증의2 참조)을 납부하였다. 따라서 피고는 원고에게 법률상 원인 없이 얻은 이득인 위 합계 000,000,000원(= 부가가치세 등 000,000,000원 + 종합소득세 등 00,000,000원) 및 이에 대한 지연손해금을 반환할 의무가 있다.

나. 피고의 주장

1) 이 사건 각 처분은 적법하고, 이 사건에서의 원고의 주장은 관련 행정소송 및 재심소송에서 이미 이유 없는 것으로 판단되었다.

2) 설령 이 사건 각 처분이 위법하다고 하더라도, ① 이로 인하여 원고에게 정신적 손해가 발생하였다거나, ② 그 하자가 중대하고 명백하여 당연 무효라고 보기는 어렵다.

3) 나아가 원고의 국가배상청구권은 아래에서 보는 바와 같이 이미 소멸시효가 완성되어 소멸하였다.

가) 국가재정법 제96조 제2항 , 제1항2), 민법 제766조 제2항 , 제1항에 의하면, 원고의 국가배상청구권에 대해서는 피고가 불법행위를 한 날로부터 5년의 소멸시효가 적용된다. 그런데 원고는 이 사건 각 처분이 있은 날로부터 5년이 경과한 2018. 1. 11. 비로소 이 사건 소를 제기하였다.

나) 국가배상법 제8조 3), 민법 제766조 제1항 에 의하면, 원고의 국가배상청구권에 대해서는 원고가 손해 및 가해자를 안 날로부터 3년의 소멸시효가 적용된다. 그런데 원고는 이 사건 각 처분이 있은 날 손해 및 가해자를 알았다고 볼 것이고, 그로부터 3년이 경과한 2018. 1. 11. 비로소 이 사건 소를 제기하였다.

3. 불법행위를 원인으로 한 손해배상청구에 관한 판단

가. 관련법리

행정처분의 담당 공무원이 보통 일반의 공무원을 표준으로 하여 볼 때 객관적 주의의무를 결하여 그 행정처분이 객관적 정당성을 상실하였다고 인정될 정도에 이른 경우에 국가배상법 제2조 소정의 국가배상책임의 요건을 충족하였다고 봄이 상당할 것인데, 이때에 객관적 정당성을 상실하였는지 여부는 피침해이익의 종류 및 성질, 침해행위가 되는 행정처분의 태양 및 그 원인, 행정처분의 발동에 대한 피해자 측의 관여 유무, 정도 및 손해의 정도 등 제반 사정을 종합하여 손해의 전보책임을 국가 또는 지방자치단체에 부담시켜야 할 실질적인 이유가 있는지 여부에 의하여 판단하여야 한다(대법원 2000. 5. 12. 선고 99다70600 판결 참조).

또한 민사재판에 있어서는 다른 재판절차에서 그 법원이 인정한 사실에 구속을 받는 것은 아니라 할지라도 이미 확정된 다른 관련사건에서 법원이 인정한 사실은 다른 특별한 사정이 없으면 가장 유력한 증거자료가 된다(대법원 1988. 11. 8. 선고 87다카2370 판결 참조).

나. 판단

앞서 든 증거들, 갑 제11, 17, 36, 37, 56, 67, 86, 89호증의 각 기재, 증인 임**, 김**의 각 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 사실 및 사정들을 종합하면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고에 대하여 세무조사를 실시하고 그에 따라 이 사건 각 처분을 한 피고 소속 공무원이 보통 일반의 공무원을 표준으로 하여 볼 때 객관적 주의의무를 결하여 이 사건 각 처분이 객관적 정당성을 상실하였다고 볼 정도에 이르렀다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 청구는 이유 없다.

① 이 사건 제1, 2 처분 관련 행정소송에서 법원은 제1심에서부터 상고심에 이르기까지 CC에너지가 자료상으로 판단되었다는 점뿐만 아니라, CC에너지의 서류상 매입처인 FFFFF에 대한 세무조사 결과, FFFFF와 CC에너지, CC에너지와 원고 사이의 각 거래형태, CC에너지의 사업 운영실태, CC에너지의 가공거래 비율, 원고 등이 CC에너지에 지급한 유류대금의 순차 입금내역, 정유사 출하전표의 기재내용과 그것이 원고에게 교부되지 않고 수거된 경위, CC에너지가 원고에게 교부한 출하전표의 내용 및 형식, 원고가 CC에너지로부터 공급받았다고 주장하는 유류의 가격 등 여러 사실관계 내지 사정을 종합적으로 고려하여, 이 사건 제1, 2 처분 관련 세금계산서에 기재된 유류의 실제 공급자는 CC에너지가 아닌 제3자이고, CC에너지는 단지 원고와 제3자 사이에 이루어진 실물거래에 관하여 세금계산서 등 필요한 자료를 구비하기 위해 명목적 법률관계를 형성하고 있는 회사에 불과하다고 보고, 이 사건 제1, 2 처분 관련 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단하였다. 이에 비추어 보면, 이 사건 각 처분의 담당 공무원이 이 사건 각 처분 당시 보통 일반의 공무원을 표준으로 하여 볼 때 객관적 주의의무를 결하였다고 보기는 어렵다.

② 원고는, 수평거래가 허용된 이후에는 정유사 발행 출하전표가 도착지까지의 유통경로를 표시 및 확인하는 기능은 거의 상실되었으므로, 원고가 이 사건 각 세금계산서와 관련한 유류를 공급받으면서, 운송기사로부터 원고의 사업장이 아닌 다른 사업장을 도착지로 기재한 정유사 발행 출하전표를 수령한 후 CC에너지에게 이를 교부하고, CC에너지로부터 원고의 사업장을 도착지로 기재한 CC에너지 발행 출하전표, 세금계산서 및 거래명세서를 교부받은 점, CC에너지 발행 출하전표에는 온도, 밀도 등이 기재되어 있지 않은 점 등을 근거로, CC에너지가 정유사로부터 유류를 공급받지 아니하였다고 판단할 수는 없고, 같은 취지에서 원고와 마찬가지로 EEE세무서장으로부터 CC에너지와 유류거래에 관하여 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 부가가치세 등 경정․고지 처분을 받은 주식회사 GGGGGG주유소(이하, ‘GGGGGG주유소’라 한다)에 대하여는 EEE세무서장의 위 처분이 위법하다는 판단(서울행정법원2012구합22379호)이 있었던 점 등에 비추어 보면, 원고는 정상적인 유통경로를 거쳐 CC에너지로부터 유류를 공급받은 것이라고 주장한다. 그러나 원고가 이 사건 각 세금계산서와 관련한 유류를 공급받으면서, 운송기사로부터 원고의 사업장이 아닌 다른 사업장을 도착지로 기재한 정유사 발행 출하전표를 수령한 후 CC에너지에게 이를 교부하고, CC에너지로부터 원고의 사업장을 도착지로 기재한 CC에너지 발행 출하전표, 세금계산서 및 거래명세서를 교부받은 점 등에 아래의 사실 및 사정들 즉, ㉮ 대리점 간의 수평거래는 2009. 4. 30.까지 석유 및 석유대체연료사업법[2009. 1. 30. 법률 제9370호(2009. 5. 1. 시행)로 개정되기 전의 것] 등 관계법령에 의하여 유통질서 저해행위로서 금지되었고, 정유사 발행 출하전표는, 수평거래가 허용되기 이전에는 정유사가 발행하는 출하전표가 정유사에서 대리점으로, 대리점에서 도착지인 주유소로의 유통경로를 표시 및 확인할 수 있는 기능을 가지고 있었던 것으로 보이는 점, ㉯ 원고는 2003. 5. 14.경부터 소규모 석유판매업을 하였으므로 석유 및 석유대체연료사업법 등 관계 법령에 의하여 2009. 4. 30.까지 대리점 간의 수평거래가 유통질서 저해행위로서 금지된 행위임을 잘 알았을 것으로 보이는 점, ㉰ 원고는 CC에너지로부터 리터당 10원 정도 싸게 유류를 공급받은 점, ㉱ 수평거래가 허용된 이후에 CC에너지와의 유류 거래를 시작한 GGGGGG주유소는 CC에너지가 실제 공급자라고 믿었고, 그와 같이 믿은 데에 과실이 없는 선의의 거래자에 해당한다는 이유로 EEE세무서장의 처분이 위법하다는 판단을 받았을 뿐인 점 등을 더하여 보면, 이 사건 각 세금계산서에 기재된 유류의 실제 공급자는 CC에너지가 아닌 제3자이고, CC에너지는 단지 원고와 제3자 사이에 이루어진 실물거래에 관하여 세금계산서 등 필요한 자료를 구비하기 위해 명목적 법률관계를 형성하고 있는 회사에 불과한 것으로 보인다.

③ 원고는, CC에너지 대표이사 한HH가 2018. 7. 18. 수사기관으로부터 이 사건 각 세금계산서 발급에 관련 특정범죄가중처벌등에관한법률(이하, ‘특정범죄가중법’이라 한다)위반(허위세금계산서교부등) 혐의에 관하여 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분(갑제1호증)을 받았으므로, CC에너지가 유류자료상이라는 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다는 취지로 주장한다.

그러나 행정재판이나 민사재판은 반드시 검사의 불기소처분 사실에 구속되는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있으므로(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결), 원고가 주장하는 사정들만으로 원고가 CC에너지 외의 거래처로부터 유류를 공급받았음에도 원고의 필요에 의해 CC에너지로부터 유류를 공급받은 것처럼 위장한 사실과 다른 이 사건 제1, 2 처분 관련 세금계산서를 발급받았고, 원고가 이 사건 제1, 2 처분 관련 세금계산서의 명의 위장사실을

알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다고 보기 어렵다는 사실의 인정을 뒤집기는 어렵다.

④ 원고는, 서**에 대한 경찰 진술조서(갑 제11호증의2), 운송사실확인서(갑 제11호증의3, 제66호증, 제81호증), 박**, 김**, 장**에 대한 각 진술조서(갑 제71호증), 한HH의 인증진술서(갑 제80호증의2), 이 사건 제2 처분 관련 종결보고서(갑 제80호증의1) 등에 의하면 원고가 CC에너지로부터 유류를 공급받은 사실을 인정할 수 있다고 주장한다.

그러나 ㉮ 송**는 CC에너지에 대한 세무조사 당시 ‘정유사 출하전표상 주문자 및 인도지가 항상 일치하지 않았다. 주문자가 당초 도착지가 아닌 다른 장소로 운반하라고 할 때 위와 같이 일치하지 않는 상황이 생기는 경우가 많다.’는 취지로 진술한 점(갑 제11호증의1, 제67호증, 3, 4쪽), ㉯ 운전기사의 지위에 있는 사람들의 진술만으로 거래의 실질을 판단하기는 어려운 점, ㉰ 이 사건 제2 처분 관련 종결보고서(갑 제80호증의1)에도 ‘원고가 실물유류를 CC에너지로부터 구입한 것으로 보기는 어렵다.‘는 취지로 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, 피고가 앞서 본 여러 사정과 송**에 대한 조사 내용 등을 이 사건 각 처분의 근거로 삼은 것은 국가배상책임 요건을 충족하는 위법․부실한 세무조사로 평가하기는 어렵다.

⑤ 원고는, 피고가 CC에너지에 대한 세무조사 실시 후 작성한 CC에너지 1차 종결보고서(갑 제35, 76호증, 이하 ’CC에너지에 대한 1차 종결보고서‘라 한다)에는 ‘조사대상기간’이 2009. 1. 1.부터로 기재되어 있는데, 이는 대상기간이 ‘2008. 7.경’부터로 기재된 DD지방국세청의 CC에너지에 대한 고충민원회신(갑 제15호증), DD지방국세청의 세무결과 통지(갑 제61호증의1), 세금계산서 수취경위 확인서(갑 제89호증)등의 내용과 상이한 점, CC에너지에 대한 1차 종결보고서에는 ‘조사기간’이 2009. 8. 26.부터로 되어 있음에도 그 당시 확정신고가 되지도 않은 2009년 2기 부가가치세 신고내역까지 조사대상으로 포함하고 있는 점, CC에너지에 대한 1차 종결보고서에는 과장, 국장, 청장의 날인도 없는 점 등에 비추어 보면, CC에너지 1차 종결보고서는 사후에 조작된 허위의 서류라고 주장한다.

그러나 ㉮ 조사대상 선정 검토표(갑 제86호증, 2쪽)에는 CC에너지에 대한 종전 조사대상기간이 ‘2009. 1.부터’라는 취지로 기재되어 있는 점, ㉯ 세금계산서 수취경위확인서(갑 제89호증)에 기재된 ‘2008년 2기 ~ 2009년 1기’는 피고가 원고에게 세금계산서 수취경위의 확인을 요청하는 대상 거래기간을 표시하는 것에 불과한 점, ㉰ 위 CC에너지 1차 종결보고서에는 조사기간이 ‘2009. 8. 26.부터 2010. 1. 15.까지’로 기재되어 있으므로, 2009년 2기 부가가치세 예정신고내역까지도 조사가 가능했을 것으로 보이는 점, ㉱ CC에너지 1차 종결보고서를 작성한 임**은 이 법원에 증인으로 출석하여, ‘저는 최종 종결이 나면 종결보고서에 사인을 해서 편철하고, 국세청 내부전산망(NTIS)에 올릴 때는 한글파일로 올린다.’는 취지로 증언한 점(증인 임광열에 대한 증인신문 녹취서 4, 5쪽) 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정들만으로 CC에너지 1차 종결보고서가 사후에 조작된 허위의 서류라고 보기는 어렵다. ⑥ 원고는, 과장, 국장, 청장의 날인이 없는 CC에너지 2차 종결보고서(갑 제36호증, 제77호증의2, 각 8쪽)에는 도착지 주유소에 ‘******주유소, ***주유소’가 기재되어 있으나, 과장, 국장, 청장의 날인이 있는 CC에너지 2차 종결보고서(갑 제77호증의1, 8쪽)에는 위 주유소들의 기재가 없는 점, 과장, 국장, 청장의 날인이 있는 CC에너지 2차 종결보고서(갑 제77호증의1, 이하 ‘CC에너지 2차 종결보고서 날인본’이라 한다)에는 CC에너지 송** 이사의 진술 외에는 실질적으로 조사한 것이 없음에도 이미 폐업한 CC에너지의 사업장에서 조사가 이루어진 것처럼 기재되어 있고, CC에너지의 당시 대표 한HH를 실제 조사하지도 않았음에도 한HH를 조사한 것으로 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, CC에너지 2차 종결보고서 날인본은 사후에 조작된 허위의 서류이라고 주장한다.

그러나 ㉮ 과장, 국장, 청장의 날인이 없는 CC에너지 2차 종결보고서(갑 제36호증, 제77호증의2)의 내용이 일부 수정된 후 CC에너지 2차 종결보고서 날인본에 대한 최종 결재가 이루어졌을 가능성도 충분히 상정할 수 있는 점, ㉯ CC에너지 2차 종결보고서 날인본에는 사업장 조사 관련하여 ‘조사일시’가 ‘2010. 8. 10. 오전 10시 30분’으로 기재되어 있고, 그 하단에 ‘사업장’으로 이미 폐업한 CC에너지의 주소가 기재되어 있으나, ‘조사사항’란에는 CC에너지가 이미 폐업되었다는 내용도 기재되어 있으므로, 위 기재가 원고의 주장과 같이 피고가 이미 폐업하여 존재하지도 않는 CC에너지의 사업장을 방문하여 조사를 실시하였다는 취지로 해석되지는 않는 점, ㉰ CC에너지의 당시 대표이사 한HH에 대해 실제 조사가 이루어지지 않았음에도 CC에너지 2차 종결보고서 날인본에 한HH에 대한 조사내용이 허위로 기재되었다고 볼만한 자료도 제출된 바 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정들만으로 CC에너지 2차 종결보고서 날인본이 사후에 조작된 허위의 서류라고 보기는 어렵다.

⑦ 원고는, 이 사건 제1 처분 관련 종결보고서는 원본이 제출되지 않았고, 위 사본(갑 제37호증)에도 ‘조사기간’이 기재되어 있지 않으며, 결재란에 ‘팀장’이 기재되어 있는 등 다른 조사보고서들과 양식이 다른 점, 원고는, 피고가 이 사건 제2 처분 관련 행정소송에서 제출한 이 사건 제1 처분 관련 종결보고서(갑 제79호증의1)에는 팀장, 과장날인이 있으나, 동일한 내용의 이 사건 제1 처분 관련 종결보고서(갑 제37호증)에는 팀장, 과장 날인이 없는 점, 피고가 이 사건 제2 처분 관련 행정소송에서 제출한 이 사건 제1 처분 관련 종결보고서(갑 제79호증의1)에는 2009년 1기 부가가치세 예상고지세액이 ‘00,000,000원’으로 기재되어 있으나, 이 사건 제1 처분 관련 부가가치세 경정결의서(갑 제59호증의1)에는 2009년 1기 부가가치세 차감고지세액이 ‘00,000,000원’으로 기재되어 있는 점, 피고가 원고에게 이 사건 제1 처분 관련 세무조사에 관하여 사전통지, 조사통지, 납세자권리헌장 등 수령 확인을 하였다는 증거가 없는 점 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 제1 처분 당시 원고에 대한 세무조사를 진행하지 않았고, 피고가 이 사건 제2 처분 관련 행정소송에서 제출한 이 사건 제1 처분 관련 종결보고서(갑 제79호증의1)는 사후에 조작된 허위의 서류라고 주장한다.

그러나 ㉮ 이 사건 제1 처분 관련 종결보고서(갑 제37호증)에는 서장의 날인이 존재하고, 다만 피고가 개인정보 유출을 고려하여 팀장, 과장의 날인을 가림작업하여 제출하였을 가능성도 충분히 상정할 수 있는 점, ㉯ 이 사건 제1 처분 관련 종결보고서(갑 제79호증의1)는 2010. 11.경 작성되었으나, 이 사건 제1 처분 관련 부가가치세 경정결의서(갑 제59호증의1)는 2011. 1. 3. 고지되었으므로, 각 가산세 산정의 기준이 되는 시점이 달라 그 세액이 달라졌을 가능성도 충분히 상정할 수 있는 점, ㉰ 이 사건 제1 처분 관련 종결보고서를 작성한 김JJ은 이 법원에 증인으로 출석하여, ‘조사 기간은 전산으로도 조회가 되는 것으로 알고 있다.’는 취지로 증언한 점(증인 김JJ에 대한 증인신문녹취서 3쪽) 등에 비추어 보면, 피고가 원본을 제출하지 못하고 있다는 사정을 들어 이 사건 제1 처분 관련 세무조사가 이루어지지 않았고, 이로 인하여 이 사건 제1 처분 관련 종결보고서(갑 제79호증의1) 원본이 처음부터 존재하지 않았다거나, 사후에 조작된 허위의 서류라고 보기는 어렵다.

4. 부당이득반환청구에 관한 판단

가. 이 사건 제1, 2 처분 관련

1) 관련법리

과세처분의 취소소송은 과세처분의 실체적, 절차적 위법을 그 취소원인으로 하는 것으로서 그 심리의 대상은 과세관청의 과세처분에 의하여 인정된 조세채무인 과세표준 및 세액의 객관적 존부, 즉 당해 과세처분의 적부가 심리의 대상이 되는 것이며, 과세처분 취소청구를 기각하는 판결이 확정되면 그 처분이 적법하다는 점에 관하여 기판력이 생기고 그 후 원고가 이를 무효라 하여 무효확인을 소구할 수 없는 것이어서 과세처분의 취소소송에서 청구가 기각된 확정판결의 기판력은 그 과세처분의 무효확인을 구하는 소송에도 미친다. 한편, 취소소송의 피고는 처분청이므로 행정청을 피고로 하는 취소소송에 있어서의 기판력은 당해 처분이 귀속하는 국가 또는 공공단체에 미친다(대법원1998. 7. 24. 선고 98다10854 판결 참조).

또한 전소와 후소의 소송물이 동일하지 아니하여도 전소의 기판력 있는 법률관계가 후소의 선결적 법률관계로 되는 때에는 분쟁의 1회적 해결의 측면에서 전소판결의 기판력이 후소에 미쳐 후소의 법원은 전에 한 판단과 모순되는 판단을 할 수 없다(대법원 2008. 11. 27. 선고 2008다60742 판결 참조).

2) 판단

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살펴보면, 원고가 EEE세무서장을 상대로 이 사건 제1, 2처분에 절차적, 실체적 위법이 있다는 이유로 취소소송 또는 무효확인소송을 제기하였으나, 원고의 청구를 기각하는 판결이 확정된 사실은 앞서 본 바와 같고, 위 확정판결의 기판력은 이 사건 제1, 2처분의 적법성 여부를 선결적 법률관계로 하는 이 사건 제1, 2 처분 관련 부당이득반환청구에도 미친다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 제1, 2 처분의 적법성에 관하여 전소의 확정판결과 모순된 판단을 구하는 원고의 이 사건 제1, 2 처분 관련 부당이득반환청구는 이유 없다.

나. 2010년 1기 부가가치세 경정․고지 처분 관련

위 3의 나항에서 본 사실 및 사정들에 의하면, 이 사건 제2 처분과 함께 이루어진 2010년 1기 부가가치세 경정․고지 처분에 하자가 존재한다고 보기 어렵고, 설령 하자가 인정된다 하더라도 그 하자가 중대하고도 명백하여 당연 무효라고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 2010년 1기 부가가치세 경정․고지 처분 관련 부당이득반환청구도 이유 없다.

5. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.