일시적 2주택 비과세 특례는 1주택을 보유한 1세대가 신규로 1주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고, 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고 있지 않음

구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호의 문언과 그 내용에 의하면, ‘일시적 2주택 비과세 특례’는 1주택을 보유한 1세대가 신규로 1주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고, 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고 있지 않음

사 건

2023구단5704 양도소득세경정거부처분취소

원 고

박AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 10. 8.

판 결 선 고

2024. 11. 5.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 10. 20. 원고에게 한 2022년 귀속 양도소득세 185,798,872원의 경정청구 거부처분을 취소한다(처분일자는 오기임이 분명하므로 위와 같이 정정한다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 1. 19. ○○시 ○○구 ○○동 ○○ ○○아파트 ○○동 ○○호(이하 ‘이 사건 제1주택’이라 한다)를 취득하였다가 2022. 4. 1. 1,040,000,000원에 양도하였다. 원고는 2022. 6. 28. 일반세율을 적용하여 양도소득세 예정신고를 하고, 2022. 6. 29. 양도소득세 185,798,870원을 납부하였다.

나. 원고는 2022. 9. 6. 피고에게 “이 사건 제1주택이 양도 당시 1세대 일시적 2주택에 해당하여 양도소득세 비과세대상이므로 양도소득세를 환급해 달라.”는 내용으로 경정청구를 하였으나, 피고는 2022. 10. 20. “원고가 1세대 1주택 비과세 요건(보유기간)을 충족하지 못하였다.”는 이유로 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 기각되었다.

라. 한편 원고는 2019. 4. 11. ○○ ○○구 ○○동 ○○-○ 주택(이하 ‘이 사건 제2주택’이라 한다)을 배우자인 최BB와 공동으로 취득하였고, 2020. 12. 31. ○○ ○○구 ○○동 ○○ ○○아파트 ○○동 ○○호(이하 ‘이 사건 제3주택’이라 한다)를 취득하였다가 2021. 5. 10. 양도하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의취지

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장 요지

1) 제1주장

원고는 이 사건 제1주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 이 사건 제2주택을 취득하고, 위 제2주택을 취득한 날로부터 3년 이내 이 사건 제1주택을 양도하여 구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것, 이하 특별한 언급이 없는 한 같다) 제155조 제1항 1호가 규정하는 이른바 1세대 일시적 2주택자에 해당한다. 한편 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서가 주택 보유기간 계산에 관한 원칙(그 자산의 취득일부터 양도일까지)에 대하여 다주택자의 예외를 규정하면서도 괄호 부분에서 “시행령 제155조에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외한다.”고 규정하고 있으므로, 이 사건 제1주택의 보유기간은 원칙대로 위 제1주택의 취득일부터 기산되어야 한다. 원고는 1세대 일시적 2주택자로서 2년 이상의 보유기간요건도 충족하였으므로, 이 사건 제1주택의 양도소득은 비과세 대상이다. 그럼에도 피고는 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서 부분을 잘못 해석하여 이 사건 제1주택의 보유기간 기산일을 이 사건 제3주택의 처분일로 보고 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2) 제2주장

국세청과 기획재정부는 종래 3주택을 보유하던 1세대가 1주택을 양도하여 2주택 보유자가 된 상태에서 종전 주택을 양도할 경우에도 그 보유기간을 종전 주택의 취득일부터 기산하는 유권해석을 내려왔다. 그런데 기획재정부는 2021. 11. 2. 갑자기 종래의 유권해석을 폐기하고 주택 보유기간 기산일을 종전 주택 양도일로 보는 새로운 유권해석을 공표하였고, 피고는 새로운 유권해석에 따라 이 사건 처분을 하였다. 원고는 과세관청의 비과세 관행을 신뢰하여 이 사건 제3주택을 추가로 취득하였으나 위와 같은 새로운 유권해석으로 정당하게 받을 수 있었던 이 사건 제1주택에 관한 비과세를 받을 수 없게 되었다. 따라서 이 사건 처분은 종래의 유권해석에 대한 원고의 신뢰를 침해하는 것으로 위법하여 취소되어야 한다.

나. 제1주장에 관한 판단

1) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

2) 판단

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 제1주택의 양도는 1세대 일시적 2주택 비과세 특례조항이 적용될 수 있는 경우에 해당하지 않는다. 따라서 원고의 제1주장은 이유 없다.

가) 소득세법은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서( 소득세법 제4조 제1항 제3호 ) 예외적으로 정한 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(소득세법제89조), ‘일시적 2주택 비과세 특례’ 조항은 명백한 특혜규정이므로 앞서 본 엄격해석의 원칙에 따라 조세공평의 원칙에 부합하도록 그 요건을 엄격하게 해석하여야 한다.

나) 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 에 따르면, 국내에 1주택(기존 주택)을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 1세대 2주택이 된 경우 일정한 요건, 즉 기존 주택을 취득한 날로부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고, 신규 주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 기존 주택을 양도하는 경우에는, 1세대 2주택임에도 불구하고 이를 1세대 1주택으로 보아 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 요건을 충족하는 경우 양도소득세를 과세하지 않는다. 이와 같은 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 의 문언과 그 내용에 의하면, ‘일시적 2주택 비과세 특례’는 1주택을 보유한 1세대가 신규로 1주택을 취득함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고, 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우를 전제로 하고 있지 않음이 분명하다.

다) 한편 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 에서는, 이른바 ‘1세대 1주택 비과세 특례’ 1) 에 해당하기 위한 주택의 보유기간 계산에 관하여 ‘소득법세 제95조 제4항에 따라 해당 자산의 취득일로부터 양도일까지로 하되, 다만 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.’라고 정하고 있다. 이처럼 위 ‘1세대 1주택 비과세 특례’ 적용 요건으로서 보유기간 계산에 관한 규정 또한 구 소득세법 시행령 제155조 , 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택이 된 경우나 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 처분하였다가 신규 주택을 취득하여 1세대 2주택이 된 경우(1주택 + 1주택 = 2주택)만을 상정하고 있을 뿐, 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우(3주택 – 1주택 = 2주택)를 적용대상으로 상정하고 있지는 않다.

라) 위와 같이 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 제154조 제11항, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 1세대 2주택임에도 일정한 요건을 충족하는 경우에 ‘1세대 일시적 2주택’으로 보아 1세대 1주택과 동일하게 양도소득 비과세 특례가 적용될 수 있도록 한 것은, 1주택 보유자가 주거를 이전하기 위한 목적으로 대체 주택을 취득하는 등과 같이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 2주택을 보유하다가 양도한 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는 양도소득 비과세 대상인 1세대 1주택의 경우와 동일하게 취급하여 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주·이전의 자유를 보장하려는 입법 목적에 따른 것이다. 위와 같은 해당 법 규정의 입법 목적이나 제도의 취지에 비추어 보면, 원고와 같이 3주택을 보유하다가 그중 1주택을 처분하고 남은 2주택을 보유함으로써 1세대 2주택이 된 경우는 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령 제154조 제11항 , 제155조 제1항 제1호에서 정한 비과세 특례의 대상 중 어느 경우에도 해당하지 않는다고 봄이 타당하다. 즉, 원고의 주장처럼 3주택 중 1주택이 처분된 시점을 기준으로 하여 그때부터 새롭게 비과세 대상인 1세대 2주택으로 취급하는 것은 종전에 과세의 대상이 되었던 다주택 소유관계를 도외시하고 이를 과세처분에 전혀 반영하지 않는 결과가 되어 위와 같은 입법 목적이나 제도의 취지와도 부합하지 않는 것이다.

마) 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서에 따르면, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택을 제외한 모든 주택을 양도하여 다주택 상태를 완전히 해소한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우조차 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하도록 규정하고 있는데, 여전히 다주택 보유상태가 유지되는 이 사건에서 이 사건 제1주택의 보유기간을 그 취득일부터 기산하는 것은 위 시행령 규정의 통일적 해석과 입법취지에 반한다.

다. 제2주장에 관한 판단

가) 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 참조).

나) 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법원칙이다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11233 판결 등 참조). 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙을 위반한 것이라고 할 수 없다. 따라서 원고의 제2주장은 이유 없고, 이 사건 처분은 정당하다.

가) 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정된 소득세법 시행령은 “다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.”는 내용의 제154조 제5항 단서 규정(이하 ‘이 사건 단서 규정’이라 한다)을 신설하였고, 위 개정규정은 2021. 1. 1. 시행되었다.

나) 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정된 소득세법 시행령은 개정이유에서 이 사건 단서 규정의 신설 취지에 관하여 “주택임대사업자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 적용할 때 다주택을 보유한 기간은 보유기간에서 제외하고 최종적으로 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것으로 요건을 강화함”이라고 명시하였는데, 원고는 이 사건 단서 규정 신설 이후 이 사건 제2, 3주택을 각 취득하였다.

다) 기획재정부는 2020. 2. 18. ’3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이전인 2020. 12.경 1주택을 양도한 후 2021년 이후에 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 에 따른 보유기간 기산일’을 묻는 질의에 대하여, 이를 ‘해당 주택 취득일’로 봄이 타당하다는 취지로 답변하였다(기획재정부재산세제과-194). 그런데 이러한 기획재정부 예규는 3주택 보유자가 이 사건 단서 규정 시행 ‘이전’에 1주택을 양도하는 경우에 관한 것이어서 이 사건 단서 규정 시행 이후에 이 사건 제1, 3주택을 양도한 원고와는 사안을 달리한다.

라) 국세청은 2021. 4. 12. ‘3주택 보유 세대가 이 사건 단서 규정 시행 이후에 1주택을 양도하고 남은 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 에 따른 보유기간 기산일’을 묻는 질의에 대하여, 위 나)항의 기획재정부 예규를 참고하라는 취지로 답변하였다. 이러한 종전 국세청 회신은 원고의 경우와 같이 3주택 보유자가 이 사건 단서 규정 시행 ‘이후’에 1주택을 양도하는 경우에 관한 것이기는 하나, 원고의 경우와는 사안을 달리하는 종전 기획재정부 예규를 단순히 인용한 데 불과하여 비과세 혜택에 관한 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이었다고 보기 어렵다.

마) 앞서 본 바와 같이 관련 법령의 문언상 원고와 같이 3주택을 보유한 1세대가 그중 1주택을 처분하여 2주택 보유자가 된 경우는 이른바 1세대 일시적 2주택의 양도소득 비과세 특례 적용대상이 아님이 분명하다. 이 사건 단서 규정을 원고 주장과 같이 풀이할 경우 2주택 보유자가 양도소득세 부담을 줄이기 위하여 저가의 주택을 취득하는 방식으로 1세대 일시적 2주택 비과세 특례를 악용할 수 있는데, 합법성의 원칙을 희생하여서라도 원고의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정할 만한 특별한 사정이 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) ‘1세대 1주택 비과세 특례’는 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목, 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 근거한 것으로서, 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 소득세법 시행령 제154조 제11항 , 제155조 제1항 제1호에 근거한 ‘일시적 2주택 비과세 특례’와는 구분된다.