영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제는 영세율 적용 대상인 '김 양식용 유기산'에 해당한다고 볼 수 없음

2010년경 이전에 는 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제가 김 양식장에서 널리 사용되었다는 것이 불분명한 점 등을 종합하면, 종전 특례규정의 ‘김 양식용 유기산’은 ‘산처리제’를 일컫는 것으로 보아야 하고, 이와 같은 ‘산처리제’는 이 사건 고시에서 규정하고 있는 활성처리제 중 ‘유기산을 주성분으로 하는 활성처리제’에 상응하는 것으로 해석할 수 있을 뿐, 종전 특례규정상 ‘김 양식용 유기산’의 개념에 ‘영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제’까지 포함되는 것으로 볼 수 없다.

원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반한다거나 과세관청의 비과세관행 등이 성립되었다고 볼 수 없고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

사 건

2023누10371 부가가치세등부과처분취소

원 고

주식회사 ○○산업

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 6. 27.

판 결 선 고

2024. 7. 25.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 8. 6. 원고에 대하여 한 2016년 제2기분 부가가치세 2,480,000원 및 이에 대한 가산세 1,366,108원, 2017년 제2기분 부가가치세 26,716,365원 및 이에 대한 가산세 11,791,266원, 2018년 제1기분 부가가치세 3,072,700원 및 이에 대한 가산세 1,189,287원, 2018년 제2기분 부가가치세 24,759,130원 및 이에 대한 가산세 8,216,316원, 2019년 제1기분 부가가치세 34,966,000원 및 이에 대한 가산세 9,991,534원, 2019년 제2기분 부가가치세 26,285,800원 및 이에 대한 가산세 6,282,306원, 2020년 제1기분 부가가치세 1,400,000원 및 이에 대한 가산세 270,900원, 2020년 제2기분 부가가치세 29,802,600원 및 이에 대한 가산세 4,410,784원의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 원고가 이 법원에서 추가하는 주장에 관하여 아래 제2항과 같이 판단하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제9쪽 제4행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『이 사건 특례규정으로 일부개정되기 전의 ‘농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정 시행규칙’(이하 ‘종전 특례규정’이라 한다)은 ‘김 양식용 유기산’을 영세율이 적용되는 어업용 기자재로 규정하였는데, 위 ‘김 양식용 유기산’ 문구는 그 맥락상 산처리제의 원재료를 지칭하는 것으로 보이는 점, 이 사건 특례규정의 개정이유는 ‘부가가치세 영세율 적용 대상을 원재료인 김 양식용 유기산에서 어민이 직접 공급받아 사용하는 완제품인 김 양식어장 활성처리제로 변경함’인 점은 앞서 본 바와 같다.

여기에 앞서 든 증거들과 갑 제15, 16호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 종전 특례규정에 처음 ‘김 양식용 유기산’이 영세율 적용 대상으로 규정된 1999년경 시행중이던 ‘김 양식어장 산처리제 사용기준(1997. 9. 2. 해양수산부고시 제1997-78호)’에서「“산처리제”라 함은 김양식어장에서 잡조제거 등의 목적으로 사용되는 유기산을 주성분으로 하는 물질을 말한다」고 정의하고(제2조 제1호), 산처리제의 유기산 허용함유량을 20% 이상(제3조 제3항)으로 규정한 점, ② 위 고시는 종전 특례규정의 ‘김 양식용 유기산’의 관련 법령이자 해석기준으로 작용했던 것으로 보이는 점, ③ 농림수산식품부는 2008년경 제2008-31호 고시를 통해 ‘산처리제’를 ‘활성처리제’로 용어를 변경하였고, 이후 해양수산부가 2010년경제2010-107호 고시 및 2014년경 제2014-23호 고시를 통해 활성처리제의 정의를 ‘유기산뿐만 아니라 산성전해수, 영양물질을 주성분으로 하는 물질’로 확대한 점, ④ 위와같이 고시상 활성처리제의 범위가 확대되었지만, ‘유기산을 주성분으로 하는 활성처리제’의 경우 성분의 허용함유량을 기존 ‘산처리제’와 동일하게 유기산 함유비율(15%)을제한하는 방식으로 규정한 점, ⑤ 해양수산부는 위 제2014-23호 고시에서 영양물질 및 영양물질을 포함한 활성처리제를 규정한 취지에 관하여 ‘국립수산과학원에서 2010~2011년 김 양식장에서 발생한 대규모 황백화의 주된 원인이 김의 영양염(질소, 인 등) 부족인 것으로 파악됨. 이러한 연구 결과를 바탕으로 활성처리제 정의에 김의 생장 촉진을 위해 사용할 수 있는 영양물질을 포함함’이라고 설명한 점, ⑥ 위 고시의 해당 부분 개정이유로 ‘김 양식어장에서 사용할 수 있는 활성처리제 사용기준에 영양 물질을 새로이 규정하여 무분별한 영양물질의 사용을 억제함으로써 어장환경을 보호하고 김의 품질 향상을 도모하려는 것임’이라고 기재한 것을 고려하면 2010년경 이전에 는 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제가 김 양식장에서 널리 사용되었다는 것이 불분명한 점 등을 종합하면, 종전 특례규정의 ‘김 양식용 유기산’은 ‘산처리제’를 일컫는 것으로 보아야 하고, 이와 같은 ‘산처리제’는 이 사건 고시에서 규정하고 있는 활성처리제 중 ‘유기산을 주성분으로 하는 활성처리제’에 상응하는 것으로 해석할 수 있을 뿐, 종전 특례규정상 ‘김 양식용 유기산’의 개념에 ‘영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제’까지 포함되는 것으로 볼 수 없다.

2. 추가판단

가. 원고의 주장 요지

피고를 포함한 과세관청은 과거부터 이 사건 처분이 있은 2021. 8.경까지 영양물질을 포함한 활성처리제에 대하여 과세처분을 한 적이 없고, 지방자치단체는 영양물질을 포함한 활성처리제에 대하여 영세율이 적용되는 것을 전제로 입찰공고를 하였으며, 수산업협동조합 또한 김 활성처리제 공급업체와 계약하면서 영세율 적용 사실을 확인하는 납품확인서를 작성한 점 등을 고려하면, 원고에게는 피고가 영양물질을 포함한 활성처리제에 대하여 부가가치세 과세처분을 하지 않을 것이라고 믿을 만한 정당한 사유가 있었다고 보아야 하므로, 피고의 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 관련 법리

1) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 국세기본법 제15조 , 제18조 제3항 의 규정이 정하는 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면, 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는 다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요한다고 해석되며, 같은 법 제18조 제3항 규정에서의 ‘일반적으로 납세자에게 받아 들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다(대법원 2010. 4. 15. 선고 2007두19294 판결, 대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43077 판결 등 참조). 그리고 비과세 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두403 판결 등 참조).

2) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이다(대법원 2002. 3. 29. 선고 99두1861 판결 등 참조).

다. 구체적인 검토

갑 제17, 19 내지 24, 31, 36호증의 각 기재에 의하면, 피고는 2014년경 해양수산부 고시를 통해 활성처리제의 개념이 영양물질을 주성분으로 하는 물질까지 확대되었을

때부터 이 사건 처분이 있은 2021년경까지 영양물질을 포함한 원고의 슈퍼노리 활성처리제에 대하여 부가가치세 부과처분을 하지 않은 사실, AA군은 2018년경 활성처리제(유기산)에 대한 물품입찰공고를 하며 영세율이 적용된다는 기재를 한 사실, 원고를 비롯한 활성처리제 공급업체들이 이 사건 특례규정 개정 전 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제를 수산업협동조합, 어촌계 등에 공급하며 영세율이 적용되는 것을 전제로 구매계약을 체결한 사실, BB군, AA군, CC군은 2014년경부터 2021년경까지 진행한 활성처리제(영양물질) 공급사업에 참여한 업체들이 부가가치세와 관련하여 영세율 적용 세금계산서를 작성ㆍ제출하였을 때 이에 대하여 이의를 제기하지 않은 사실 등을 인정할 수 있기는 한다.

그러나 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 피고는 원고 등의 활성처리제 공급업체를 상대로 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제에 관하여 과세하지 않겠다는 의사를 표명한 적이 없는 점, ② 일부 지방자치단체 및 수산업협동조합 등이 영세율 적용을 전제로 영양물질을 주성분으로 하는 활성처리제의 공급계약을 체결하였다 하더라도, 이를 과세관청의 공적 견해 표명이 있었던 것으로 보거나 원고에게 비과세에 대한 정당한 신뢰를 부여하였다고 보기는 어려운 점, ③ 과세당국이 이 사건 처분과 동일한 세목에 대하여 다른 업체에게 과세처분한 사례가 존재하는 점, ④ 부가가치세는 납세자인 원고가 신고ㆍ납부하는 신고납세방식으로 운영되고 있어, 피고가 신고 내용에서 오류나 탈루를 발견하고 경정고지를 하기까지 상당한 시간이 필요할 것으로 보이므로, 위 기간 동안 피고가 과세를 하지 않았다고 하여 비과세관행이 성립되었다거나 비과세에 대한 원고의 정당한 기대를 위한 기초가 형성되었다고 인정하기는 어려운 점 등을 종합해 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 반한다거나 과세관청의 비과세관행 등이 성립되었다고 볼 수 없고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 하는데, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.