3주택을 보유한 1세대가 1주택을 양도하여 일시적 2주택이 된 상황에서 비과세요건인 '보유기간 2년'은 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서규정에 의거 이 사건 중간 처분 주택의 양도일부터 기산하는 것이 타당함

소득세법 시행령 제154조 제5항 개정규정 시행일인 2021.1.1. 이후 3주택을 보유한 1세대가 1주택을 양도하여 일시적 2주택이 된 상황에서 이 사건 쟁점 주택의 보유기간 기산일은 소득세법 시행령 제154조 제5항 단서규정에 의거 이 사건 중간 처분 주택의 양도일로부터 기산하는 것이 타당함

사 건

2023구합24908 양도소득세경정거부처분취소

원 고

이AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 6. 27.

판 결 선 고

2024. 8. 22.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 2. 2. 원고에 대하여 한 2021년 예정신고에 대한 양도소득세 xxx,xxx,xxx 원의 경정청구 거부처분을 취소한다

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 8. 25. 대구 서구 ○○○○○○○길 ○○-○에 있는 3층 주택(이하 ’이 사건 쟁점 주택‘이라고 한다)에 관하여 2015. 8. 24. 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 2020. 11. 30. 대구 북구 ○○○○○길 ○○에 있는 ○○○○아파트 제○○동 ○○○호(이하 ’이 사건 신규 주택‘이라고 한다)에 관하여 2020. 9. 23. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2021. 4. 28. 대구 북구 ○○○ xx 에 있는 ○○○○타운 xxxx 호(이하 ’이 사건 중간 처분 주택‘이라고 한다) 중 2분의 1 지분에 관하여 2021. 3. 10. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다가, 2021. 8. 20. 이 사건 중간 처분 주택 중 위 2분의 1 지분을 양도하였다.

다. 원고는 2021. 10. 29. 이 사건 쟁점 주택을 xxx,xxx,xxx 원에 양도하였고, 2021. 12. 29. 피고에게 이 사건 쟁점 주택의 양도소득에 일반세율을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세를 xxx,xxx,xxx 원으로 계산한 양도소득세과세표준 신고 및 납부계산서를 제출하였으며, 이후 이 사건 쟁점 주택의 양도소득세 합계 xxx,xxx,xxx 원(= 2021. 12. 31. 납부 xx,xxx,xxx 원 + 20 xx . 2. xx . 납부 xx,xxx,xxx 원)1)을 납부하였다.

라. 원고는 2022. 12. 19. 이 사건 쟁점 주택 처분 당시 원고가 ’1세대 일시적 2주택‘ 상태였으므로 이 사건 쟁점 주택의 양도에 구 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18678호로 개정되기 전의 것. 이하 ’구 소득세법‘이라고 한다) 제89조 제1항 제3호에 따른 1세대 1주택 비과세 특례 규정이 적용된다고 주장하며, 피고에게 위 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2023. 2. 2. ’원고는 3주택 상태에서 1주택 처분일로부터 2년 내에 이 사건 쟁점 주택을 처분함으로써 최종 1주택 상태에서 2년 이상 보유요건을 충족하지 못하였다‘는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ’이 사건 처분‘이라고 한다)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 2. 9. 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 8. 10. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~7호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 처분사유 부존재 주장

원고는 이 사건 쟁점 주택을 취득한 날인 2015. 8. 25.부터 1년 이상이 지난 뒤인 2020. 11. 30. 이 사건 신규 주택을 취득하였고, 이 사건 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내인 2021. 10. 29. 이 사건 쟁점 주택을 처분하였으므로, 이는 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것. 이하 ’구 소득세법 시행령‘이라고 한다) 제155조 제1항 제1호에서 말하는 ’1세대 일시적 2주택 상태에서 종전 주택을 양도하는 경우‘에 해당하여, 1세대 1주택의 비과세 특례 규정인 위 시행령 제154조 제1항이 적용된다. 한편 ’1세대 일시적 2주택‘의 경우 위 시행령 제154조 제1항이 규정하는 비과세요건인 ’보유기간 2년‘은 같은 조 제5항에 따라 해당 주택의 취득시점부터 기산하여야 하고, 원고는 이 사건 쟁점 주택의 처분 당시 이 사건 쟁점 주택을 그 취득시점인 2015. 8. 25.부터 2년 이상 보유하였으므로, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 (가)목, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 따라 이 사건 쟁점 주택의 양도소득에 대하여 비과세요건을 충족하였다.

그런데 피고는 비과세요건인 위 2년의 보유기간을 이 사건 쟁점 주택의 취득일이 아닌 이 사건 중간 처분 주택의 양도일부터 기산한 결과 이 사건 쟁점 주택의 양도소득이 비과세요건을 갖추지 못하였다고 판단하였으므로, 이 사건 처분은 처분사유가 부존재하여 위법하다.

2) 신뢰보호의 원칙 위반 주장

1세대 3주택 이상 보유자가 도중에 일부 주택을 처분하여 2주택을 보유하게 되었고 남아있는 주택의 양도에 관하여 ’1세대 일시적 2주택‘ 요건을 충족하는 경우 비과세요건인 ’보유기간 2년‘이 언제부터 기산되는지에 관하여, 기획재정부 등 과세관청은 2021. 11. 2. 이전까지 ’해당 주택의 취득시점부터 기산된다.‘는 취지의 유권해석을 해온바, 이는 공적인 견해표명에 해당하므로, 이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위반되어 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 구체적 판단

1) 처분사유 부존재 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

법은 원칙적으로 불특정 다수인에 대하여 동일한 구속력을 갖는 사회의 보편타당한 규범이므로 이를 해석함에 있어서는 법의 표준적 의미를 밝혀 객관적 타당성이 있도록 하여야 하고, 법해석의 목표는 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 한다. 나아가 그러기 위해서는 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하면서, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제․개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적․논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 위와 같은 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석을 하여야 한다(대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결 등 참조). 또한 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결, 대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

나) 이 사건 쟁점 주택의 양도가 비과세요건을 충족하였는지 여부

(1) 원고가 이 사건 쟁점 주택, 이 사건 신규 주택과 이 사건 중간 처분 주택을 순차로 취득하여 3주택 보유자가 되었다가, 이 사건 중간 처분 주택을 양도하여 2주택 보유자로 있던 중 이 사건 쟁점 주택을 양도한 사실은 앞서 본 바와 같다. 양도 자산이 소득세법 시행령 등이 정하는 ’1세대 1주택‘ 또는 ’1세대 일시적 2주택‘에 해당하는지 여부는 그 주택의 양도 당시를 기준으로 판단하여야 하고(대법원 1993. 1. 19. 선고 92누12988 판결, 대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두10501 판결 등참조), 이 사건 쟁점 주택의 양도 당시 원고는 2주택 보유자로서 이 사건 쟁점 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 이 사건 신규 주택을 취득하였고, 이 사건 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 이 사건 쟁점 주택을 양도하였으므로, 이는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호 에서 말하는 ’1세대 일시적 2주택 상태에서 종전 주택을 양도하는 경우‘에 해당한다고 할 것이다.

(2) 한편 위와 같이 ’1세대 일시적 2주택‘에 해당하여 위 시행령 제155조 제1항에 따라 1세대 1주택으로 간주된다고 하더라도, 무조건 그 양도소득에 대하여 비과세가 되는 것은 아니고, 위 시행령 제154조 제1항이 규정하는 ’보유기간 2년‘의 비과세요건을 충족하여야 한다.

한편 위 시행령 제154조 제5항에서는, 양도소득이 비과세되는 1세대 1주택에 해당하기 위한 주택의 보유기간 계산에 관하여 “ 소득세법 제95조 제4항 에 따른다. 다만 2주택이상( 소득세법 시행령 제155조 , 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 후 신규 주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.”라고 규정하고 있고(이하 위 조항 중 제1문을 ’이 사건 본문 규정‘, 제2문 중 괄호 밖의 부분을 ’이 사건 단서 규정‘, 제2문 중 괄호 안의 “ 소득세법 시행령 제155조 , 제155조의2 및 제156조의2 및 제156조의3에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되” 부분을 ’이 사건 제외 규정‘이라고 한다), 소득세법 제95조 제4항 은 “자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.”라고 규정하고 있다.

원고는 이 사건 쟁점 주택이 ’1세대 일시적 2주택‘이므로 이 사건 제외 규정에 의하여 이 사건 단서 규정이 아니라 이 사건 본문 규정이 적용된다고 주장하는 반면, 피고는 이 사건 단서 규정에 따라 이 사건 중간 처분 주택의 양도일을 보유기간 기산점으로 보아 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 단서 규정 및 이 사건 제외 규정의 해석이 문제된다.

앞서 본 법리에 비추어 보건대, 아래와 같은 관계 법령의 내용과 그 개정 경과, 이 사건 단서 규정 및 이 사건 제외 규정의 문언 등을 종합하면, 위 시행령 제154조 제1항이 규정하는 비과세요건인 ’보유기간 2년‘은 이 사건 단서 규정에 따라 이 사건 중간 처분 주택의 양도일부터 기산하는 것이 타당하고, 이 사건 쟁점 주택의 양도는 이 사건 중간 처분 주택의 양도일부터 2년 이내에 이루어져 위 시행령 제154조 제1항에 따른 비과세요건을 갖추지 못하였으므로, 이와 다른 전제에 있는 원고의 처분사유 부존재 주장은 이유 없다.

(가) 소득세법은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서( 소득세법 제4조 제1항 제3호 ), 예외적으로 정한 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고( 소득세법 제89조 ), 특히 일정한 요건을 충족한 2주택 보유자, 즉 ’1세대 일시적 2주택‘ 보유자의 주택 처분을 1세대 1주택 처분으로 간주하여 이에 대해 양도소득세를 부과하지 않는 소득세법 등 관련 법령의 각 규정은 명백한 특혜규정이므로, 조세공평의 원칙에 부합하도록 엄격하게 해석하여야 한다.

(나) 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 의 개정과정을 보면, 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령에서는 이 사건 본문 규정만을 두고 있었는데, 위 구 소득세법 시행령이 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되면서 이 사건 단서 규정이 신설되었고, 이 사건 단서 규정의 신설 취지에 관하여 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호)의 개정이유문은 “1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 적용할 때 다주택을 보유한 기간은 보유기간에서 제외하고 최종적으로 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것으로 요건을 강화함”이라고 명시하였다. 즉, 이 사건 단서 규정은 ’다주택을 보유한 기간‘을 비과세요건인 1주택 보유기간에서 제외하기 위하여 신설된 조항이다. 이러한 개정취지에 맞게 이 사건 단서 규정은 “2주택 이상”을 보유한 1세대, 즉 ’다주택자‘2)가 위 2주택 이상의 주택 중 1주택 외의 나머지 주택을 모두 처분한 이후 최종 1주택을 양도하는 경우 최종 1주택 외의 주택을 모두 처분하여 최종 1주택만 남게 된 시점부터 양도소득 비과세 특례 적용 요건인 2년의 보유기간을 기산하도록 규정하고 있다.

(다) 이 사건 제외 규정은 이 사건 단서 규정 전체의 말미가 아니라 이 사건 단서 규정 서두의 “2주택 이상”이라는 단어 뒤에 괄호 형태로 부가되어 있어, 이 사건 단서 규정 전체가 아니라 “2주택 이상”이라는 특정 단어와 결합하여 해석하여야 함이 문언상 명백하다.

여기에 양도소득 비과세 특례 규정적용과 관련하여 ’1세대 일시적 2주택을 1세대 1주택으로 간주‘하도록 규정한 구 소득세법 시행령 제155조 , 제155조의2, 제156조의2, 제156조의3의 문언을 더하여 보면, 이 사건 제외 규정은 ’1세대 일시적 2주택‘에 해당하는 경우 이 사건 단서 규정 전체가 적용되지 않는다는 의미가 아니라, ’1세대 일시적 2주택‘은 이 사건 단서 규정에서 말하는 “2주택 이상”으로 보지 않는다는 의미, 보다 구체적으로는 이 사건 단서 규정 중 “2주택 이상”에 해당하는지 판단하기 위하여 그 세대의 보유 주택 수를 계산함에 있어 ’1세대 일시적 2주택‘은 2주택이 아닌 1주택으로 취급한다는 의미로 해석하는 것이 법령의 체계적․논리적 해석이라고 할 것이다.

(라) 위 해석에 따르면, 고와 같이 3주택 이상을 보유하였던 세대가 주택을 순차로 처분하여 최종적으로 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 말하는 ’1세대 일시적 2주택‘ 상태에서 종전 주택을 양도하게 된 경우, 남아있는 ’일시적 2주택‘을 1주택, 즉 ’최종 1주택‘으로 보더라도, 이전에 처분한 ’최종 1주택 이외의 주택(원고의 경우 이 사건 중간 처분주택)‘과 합하여 보유 주택 수를 계산하면 해당 세대는 이 사건 단서 규정에서 말하는 “2주택 이상을 보유한 1세대”에 해당하게 되고, “1주택 외의 주택을 모두 처분하여 1주택을 보유하게 된 날”은 최종 1주택 이외의 주택, 즉 남아있는 ’일시적 2주택‘을 제외한 나머지 주택을 모두 처분한 시점이 된다. 이러한 해석은 다주택 보유기간을 비과세요건인 1주택 보유기간에서 제외하기 위하여 신설된 이 사건 단서 규정의 개정 취지에도 부합한다. 이와 달리 원고의 주장처럼 3주택 이상을 보유하였던 세대가 순차로 주택을 처분하여 최종적으로 쟁점 자산의 처분 당시 ’1세대 일시적 2주택‘ 상태가 된 경우에 이 사건 단서 규정의 적용 자체가 배제된다는 의미로 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 을 해석하여 쟁점 자산의 취득시점부터 2년의 보유기간을 기산하게 되면, 앞서 본 바와 같은 이 사건 단서 규정 및 이 사건 제외 규정의 문언과 체계에 반할 뿐만 아니라 다주택 보유기간이 비과세요건인 1주택 보유기간에 그대로 포함되어 이 사건 단서 규정의 도입 취지에 맞지 않는다.

2) 신뢰보호의 원칙 위반 주장에 관한 판단

가) 조세법률관계에 있어서 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).

또한 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야한다(대법원 2006. 4. 27. 선고 2003두7620 판결, 2013. 5. 9. 선고 2012두28940 판결 등 참조).

나) 기획재정부에서 종래3) “조정지역 내 3주택을 보유한 1세대가 2021. 2. 주택을 양도(과세)하고, 1세대 2주택이 된 후, 2021. 3. 일시적 2주택 특례로 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항 에 따른 보유기간 기산일이 언제인지 여부”라는 질의에 대하여 “다주택자가 주택을 양도하여 남은 주택이 구 소득세법 시행령 제1항 의 일시적 2주택 특례 적용 대상인 경우, 종전의 주택을 양도할 때 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 보유기간 기산일은 종전의 주택취득일임”이라는 내용으로 원고의 주장에 부합하는 듯한 유권해석(기획재정부 법령해석재산과-404)을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2호증에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있다. 그러나 위 유권해석은 원고의 질의에 대한 답변이 아니므로 위와 같은 유권해석이 존재한다는 사정만으로 과세관청이 원고에게 양도소득세 과세 범위에 대한 어떠한 공적인 견해표명을 하였다고 볼 수 없고, 위 유권해석이 대외적으로 공표되었다고 하더라도 이는 불특정납세자를 상대로 일반적으로 공표한 법령 해석에 관한 견해 표명에 불과하여 원고가 그로 인하여 보호가치 있는 개별적인 신뢰를 형성하였다고 볼 수 없으며, 이 사건에 있어 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정도 찾을 수 없다.

따라서 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위배되어 위법하다는 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.