부동산을 취득할 수 있는 권리는 조세특례제한법 제99조의2에 따른 과세특례가 적용될 수 있는 주택에 해당하지 아니함

조세특례제한법 제99조의2는 그 법문 자체로 주택을 일정 요건하에 양도하였을 경우의 과세특례를 정한 것으로, 주택이 아닌 이 사건 입주권과 같은 형태의 자산은 과세특례의 적용 대상에 해당하지 아니함

사 건

2020구단56685 양도소득세경정거부처분취소

원 고

안AA 외 1

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2024. 03. 20.

판 결 선 고

2024. 04. 03.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. xx. xx. 원고에 대하여 한 각 2020년 양도소득세 xxx,xxx,xxx원에 대한 각 경정청구 거부처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 안AA와 그 배우자인 원고 박BB는 2014. 1. 28. 서울 00구 00동 000외 2필지 소재 00아파트 00동 000호(이하 ‘이 사건 아파트’라고 한다)에 대해 서울특별시 00구청장으로부터 조세특례제한법 제99조의2 에 따른 양도소득세 감면대상 기존주택임을 확인받고 지분 1/2씩 원고들 공동명의로 취득하였다.

나. 이후 원고들이 취득한 이 사건 아파트는 2016. 1. 6. 주택재건축사업의 관리처분 계획인가에 따라 조합원입주권(이하 ‘이 사건 입주권’이라고 한다)으로 전환되었다. 원고들은 2020. 9. 21. 이 사건 입주권을 x, xxx,xxx,xxx 원에 양도하였다.

다. 원고들은 2020. 11. 27. 이 사건 입주권의 양도에 대해 조세특례제한법 제99조의2 및 같은 법 시행령 제99조의2를 적용하여, 관리처분계획인가 전의 양도차익을 감면 소득으로 보아 원고별로 각 양도소득금액 xxx,xxx,xxx 원, 과세표준 xxx,xxx,xxx 원, 납부세액 xxx,xxx,xxx 원으로 하여 2020년 귀속 양도소득세를 신고･납부하였다.

라. 원고들은 2021. 3. 29. 이 사건 아파트에 대한 재건축사업의 관리처분계획인가 전의 양도차익뿐만 아니라 위 관리처분계획인가 후의 양도차익 역시 감면소득으로 보아야 한다는 사유로 xx,xxx,xxx 원으로 감액경정하여 줄 것을 청구하였으나, 피고는 2021. 5. 10. 관리처분계획인가 후의 양도차익은 감면소득이 아니라고 보아 이를 거부 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제3, 4호증(가지번호 있는 경우 이를 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장 요지

원고들이 이 사건 아파트를 취득하고 주택재건축정비사업조합에 주택건축을 조건으로 신탁한 후 관리처분계획이 인가가 이루어졌는바,이는 이 사건 아파트의 소유권이 멸실되거나 이전된 것이 아니므로 조세특례제한법 제99조의2 소정의 ‘양도’로 볼 수 없고, 재건축시 관리처분계획인가일을 전후로 양도차익이 구분될 뿐이며, 나아가 원고들은 양도의사가 없었음에도 실제 양도와 동일하게 간주하여 원고들의 감면범위를 제한하는 것은 조세특례제한법 제99조의2 의 입법취지와 목적에 반한다. 그러므로 원고들의 감액경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 판단

1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

또한 조세소송에서 비과세요건에 대한 증명책임은 납세자에게 있고 세금의 납부, 강제징수에 의한 충당, 제척기간의 만료 또는 소멸시효의 완성 등 조세채무의 소멸 사유에 대해서도 증명책임은 납세자에게 있다고 할 것이다.

2) 위 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 원고들은 앞서 본 바와 같은 주장을 개진함에 있어, 이 사건 입주권의 양도에 관하여 조세특례제한법 제99조의2 가 전면적으로 적용되어야 하고, 이에 따라 원고들이 이 사건 입주권의 양도로 얻은 양도차익은 관리처분계획인가 전후인지를 불문하고 그 전부가 위 규정에 따른 과세특례가 적용되어야 한다는 함을 전제로 삼고 있다.

그러나 조세특례제한법 제99조의2 는 그 법문 자체로 주택을 일정 요건하에 양도하였을 경우의 과세특례를 정한 것으로, 주택이 아닌 이 사건 입주권과 같은 형태의 자산은 애당초 위와 같은 과세특례의 적용 대상으로 되어 있지 아니하다. 즉, 위 제99조의2의 법문에 나오는 ‘주택’은 본건에 적용되는 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되어 2021. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제7호의 ‘주택’과 동일한 개념, 즉 허가 여부나 공부상의 용도구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물로 새겨야 하고(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두21242 판결 참조), 이 사건 입주권은 단지 구 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목 소정의 ‘부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)’에 해당하는 것일 뿐, 조세특례제한법 제99조의2 에 따른 과세특례가 적용될 수 있는 ‘주택’에 속한다고 볼 수 없다.

그러므로 이 사건 입주권의 양도에 관하여 관리처분계획인가 전후인지를 불문하고 위와 같은 과세특례가 전면적으로 적용되어야 한다는 원고들의 주장은 앞서 본 전제부터 타당하다고 볼 수 없으므로 이를 받아들일 수 없다.

즉, 원고들은 이 사건 입주권의 양도에 대해서도 조세특례제한법 제99조의2 에 따른 과세특례가 전면적으로 적용되어야 함을 당연한 전제로 삼은 다음, 관리처분계획인가로 인하여 이 사건 아파트가 양도된 것처럼 피고가 취급함에 따라 과세특례가 적용되는 범위가 관리처분계획인가 전의 양도차익으로 한정되는 것이 잘못이라는 취지의 주장을 개진하고 있으나, 이는 본건 양도소득세의 과세대상이 이 사건 아파트가 아니라, 부동산 내지 주택이 아닌 이 사건 입주권이라는 점을 출발선에서부터 간과한 것일뿐더러[다만, 피고는 본건과 같은 경우{즉 구 소득세법 시행령(2021. 1. 5. 대통령령 제 31380호로 개정되기 전의 것) 제166조제2항과 같이 재건축사업으로 관리처분계획 등에 따라 취득하게 된 신축주택 및 그 부수토지 자체를 양도하였던 것이 아니라, 같은 조 제1항과 같이 재건축사업을 시행하는 조합의 조합원이 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도한 경우}에 있어서도, 납세의무자에게 유리한 방향으로 관리처분계획인가 전의 양도차익 부분에 한해서는 조세특례제한법 제99조의2 에 의한 과세특례가 적용되도록 기준을 수립하고 적용하여 왔다. 원고들의 이 사건에서의 주장은 조세특례제한법 제99조의2 에 의한 과세특례가 실무상 위와 같이 적용되어 왔던 것을 법적 근거 없이 추가로 확대하여 달라고 요구하는 것에 불과하다.], 조세특례제한법 제99조의2 의 규정을 해석하고 적용하는 과정의 순서를 완전히 전도한 것이다.

4. 결론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.