원고의 이 사건 제1~3거래는 실제 거래로 볼 수 없고, 원고 대표이사의 자금유용액은 곧바로 자금을 회수하기 위한 적절한 조치를 취하는 등 원고가 유출자금에 대한 채권을 보유하고 있다고 볼 수 있음

원고의 이 사건 제1~3거래는 실제 거래로 볼 수 없고, 원고는 코스닥 상장법인으로서, 원고 대표이사의 불법행위를 확인한 후 곧바로 자금을 회수하기 위한 적절한 조치를 취하는 등 원고가 유출자금에 대한 채권을 보유하고 있다고 볼 수 있음

주 문

1. 피고가 2021. 7. 4. 원고에게 한 소득자를 김○○으로, 소득금액을 2017년 귀속 1,668,000,000원으로 하는 소득금액변동통지를 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 7. 1. 원고에게 한 2017년 제2기 부가가치세 경정처분 294,950,730원(가산세 포함), 피고가 2021. 7. 4. 원고에게 소득자를 김○○으로 하여 한 2017년 상여소득 1,668,000,000원의 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 주주․대표이사 변동 내역

1)　원고는 19××. ××. ××. 설립되어 운반하역 기계 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사로, 코스닥 상장법인이다.

2) 원고의 최대주주는 김△△로 원고 발행주식 중 864,250주(10.54%)를 보유하고 있었는데, 주식회사 ××홀딩스(김○○이 주식 전부를 보유하고 있었다. 이하, ‘××홀딩스’라 한다)가 원고 발행주식 중 1,636,364주(19.96%)를 취득함에 따라 최대주주가 2017. 4. 21. 김△△에서 ××홀딩스로 변경되었다(××홀딩스는 이후 2017. 9. 28.경 위 1,636,364주 중 412,399주를 제3자에게 양도하여 원고 발행주식 중 1,223,965주를 보유하게 되었다).

3) 유□□□ 주식회사(이하, ‘유□□□’라 한다)는 2017. 9. 4. ××홀딩스로부터 원고 발행주식 1,636,364주를 양수하는 계약을 체결하였다가 ××홀딩스가 위 주식 중 412,399주를 제3자에게 양도함에 따라 나머지 1,223,965주를 양수하기로 계약을 변경하였고, 유□□□가 ××홀딩스로부터 원고 발행주식 1,223,965주를 양수함에 따라 원고의 최대주주가 2018. 5. 3.경 ××홀딩스에서 유□□□로 변경되었다.

4) 2017년경부터 2020년경까지의 원고의 대표이사 변동 내역은 다음 표 기재와 같다.

나. 원고와 주식회사 센△△△의 세금계산서 발급․수취 경위 등

1) 원고가 제출한 개별물품공급계약서(갑 제13호증)에는 유철근이 원고를 대표하여 주식회사 센△△△(이하, ‘센△△△’이라 한다)과 사이에 2017. 6. 15. 원고가 센△△△로부터 8대의 3D 프린터[SS250G 3D 프린터 2대, SM250 3D 프린터 2대, SB420 3D 프린터(A3) 2대, SM80 3D 프린터 2대, 이하, 통틀어 ‘이 사건 각 프린터’라 한다] 등을 공급받는 내용의 계약을 체결한 것으로 기재되어 있고(이하, 위 계약서상 계약을 ‘제1 계약’이라 한다), 제1 계약서에는 이 사건 각 프린터 등의 가액이 4,975,000,000원(부가가치세 포함)으로 기재된 견적서가 첨부되어 있다. 제1 계약의 주요 내용은 다음과 같다.

2) 원고는 2017. 6. 26.경 센△△△에게 보증금 명목으로 2,500,000,000원을 지급하였고, 이 사건 각 프린터 등의 물품대금 명목으로 2017. 7. 28. 1,000,000,000원, 2017. 8. 21. 1,500,000,000원을 센△△△에게 지급하였다.

3) 원고는 2017. 12. 27. 센△△△로부터 공급자를 센△△△로, 공급받는 자를 원고로, 품목을 3D 프린팅 장비로, 공급가액을 4,545,454,545원으로, 부가가치세액을 454,545,455원으로 한 세금계산서를 발급 받았다[이하, 그중 아래 4)항 기재 이 사건 쟁점 프린터에 관한 부분(공급가액 1,136,363,636원)을 ‘제1 거래 세금계산서’라 하고, 그에 따른 거래를 ‘제1 거래’라 한다].

4) 원고는 이 사건 각 프린터 중 2대(제품번호 SM250-17090005, SS600G-17090006)를 2018. 12. 28. 재단법인 대◇◇◇◇(이하, ‘대◇◇◇◇’이라 한다)에 기부하였고, 피고의 조사종결보고서에는 원고가 이 사건 각 프린터 중 4대를 다음과 같이 주식회사 이▽(김○○이 2016. 4. 6.부터 2017. 11. 1.까지 공동대표이사 및 대표이사로 재직한 회사로, 상호가 2019. 3. 29. ‘주식회사 코○○○’로 변경되었다. 이하, 상호 변경 전후를 불문하고 ‘이▽’라 한다)에 매도한 것으로 기재되어 있다(이하, 이 사건 각 프린터 중 위 6대를 제외한 나머지 2대를 ‘이 사건 쟁점 프린터’라 한다).

5) 한편 센△△△과 주식회사 에▽▽▽(이하, ‘에▽▽▽’라 한다)는 2017. 8. 21. 센△△△이 에▽▽▽에게 1,200,000,000원을 대여하기로 하는 금전소비대차계약을 체결하였고, 센△△△은 원고로부터 2017. 8. 21. 지급 받은 1,500,000,000원 중 1,200,000,000원을 같은 날 에▽▽▽에게 지급하였으며, 에▽▽▽는 센△△△로부터 받은 1,200,000,000원을 다음과 같이 송금하였다.

다. 원고와 주식회사 이◇◇◇의 세금계산서 발급․수취 경위 등

1) 원고가 제출한 공동연구 및 사업화 수행계약서(갑 제22호증)에는 김○○이 원고를 대표하여 주식회사 이◇◇◇(이하, ‘이◇◇◇’라 한다)와 사이에 2017. 7. 27. 원고가 이◇◇◇로부터 스마트전자발전기 개발 및 연구사업에 관하여 특허권의 출원 및 사업화를 목적으로 그와 관련한 기술연구 및 연구과제 수행․인력․시설․장비 제공 용역을 제공 받고, 이◇◇◇가 해당 용역을 수행할 수 있도록 현금 300,000,000원을 계약 체결 후 1영업일까지 이◇◇◇에게 지급하기로 하는 계약을 체결한 것으로 기재되어 있다(이하, 위 계약서상 계약을 ‘제2 계약’이라 한다).

2) 원고는 2017. 7. 28. 이◇◇◇에게 300,000,000원을 지급하였고, 2017. 7. 28. 이◇◇◇로부터 공급가액을 300,000,000원으로 한 세금계산서를 발급 받았다(이하, ‘제2 거래 세금계산서’라 하고, 그에 따른 거래를 ‘제2 거래’라 한다).

라. 원고와 에×××의 세금계산서 발급․수취 경위 등

1) 원고가 제출한 투자유치 및 자산매매대행 용역계약서(갑 제35호증)에는 김○○이 원고를 대표하여 에×××와 사이에 2017. 9. 29. 원고가 에×××로부터 원고가 보유한 전환사채(이▽ 발행 제7회차, 제8회차, 제9회차 전환사채 권면총액 4,501,000,000원, 이하, ‘이 사건 전환사채’라 한다) 매매에 대한 용역을 제공 받고, 에×××에게 그 대금으로 최종 매매대금의 2%(부가가치세 별도)를 지급하기로 하는 계약을 체결한 것으로 기재되어 있다(이하, 위 계약서상 계약을 ‘제3 계약’이라 한다).

2) 원고는 2017. 10. 27.과 2017. 11. 2. 에×××로부터 공급자를 에×××로, 공급받는 자를 원고로, 공급가액을 합계 90,020,000원(= 이 사건 전환사채 권면총액 4,501,000,000원 × 2%)으로 한 세금계산서를 발급 받았고(이하, ‘제3 거래 세금계산서’라 하고, 그에 따른 거래를 ‘제3 거래’라 한다), 에×××에게 2017. 11. 2.과 2017. 11. 3. 합계 99,022,000원(= 90,020,000원 + 부가가치세 9,002,000원)을 지급하였다.

3) 에×××는 원고로부터 지급 받은 합계 99,022,000원 중 88,000,000원을 2017. 11. 3. 주식회사 바▽▽▽(2018. 5. 3. 상호가 ‘주식회사 베△△△’로 변경되었다. 이하, 상호 변경 전후를 불문하고 ‘바▽▽▽’라 한다)에게 지급하였다.

마. 피고의 부가가치세 경정처분․소득금액변동통지 등

1) 피고는 원고에 대한 세무조사 결과 제1, 2, 3 거래를 가공거래로 보는 한편 원고로부터 1,668,000,000원(= 제1 계약 중 이 사건 쟁점 프린터에 관한 1,250,000,000원 + 제2 계약에 관한 330,000,000원 + 에×××가 제3 계약에 따라 받은 돈 중 바▽▽▽에게 지급된 88,000,000원)이 사외유출되었다고 보아, 2021. 5. 27. 원고에게 다음 표 기재와 같이 2017년 제2기 부가가치세를 경정하고 귀속자를 김○○으로, 소득금액을 1,668,000,000원으로 한 소득금액변동통지를 할 예정임을 통지하였다.

2) 피고가 2021. 5. 27. 원고에게 교부한 ‘세무조사 결과 통지서’ 중 ‘조사 항목별 세부내역’란에는 다음과 같이 기재되어 있다.

3) 피고는 2021. 7. 1. 원고에게 2017년 제2기 부가가치세 294,950,730원(가산세 포함)을 경정․고지하였고(이하, ‘이 사건 부가가치세 경정처분’이라 한다), 2021. 7. 4. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제67조의 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호 단서(이하, ‘이 사건 단서조항’이라 한다)에 따라 원고에게 소득자를 김○○으로, 상여소득금액을 1,668,000,000원으로 하여 2017 사업연도 소득금액변동통지를 하였다(이하, ‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, 이 사건 부가가치세 경정처분과 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

4) 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2021. 9. 30. 조세심판원장에게 심판청구를 하면서 ‘제1 거래가 정상적인 매입거래에 해당하므로 피고가 이를 가공거래로 보아 부가가치세를 경정하고 그 대금을 김○○에 대한 상여로 소득처분한 것은 위법하고, 원고가 제2, 3 거래와 관련하여 사외유출된 돈을 회수하기 위해 노력한 이상 유출된 돈을 김○○에 대한 상여로 소득처분한 것은 타당하지 않다’고 주장하였으나, 심판청구가 2022. 12. 21. 기각되었다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1에서 6, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4, 5, 6, 8에서 15, 17, 22, 23, 35, 37, 38호증, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증, 을 제9호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장

가. 원고

1) 절차적 하자

하나의 납세고지서에 의하여 복수의 과세처분을 함께 하는 경우에는 과세처분별로 그 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하여야 하므로, 피고는 제1, 2, 3 거래를 구분하여 해당 거래별로 그 구체적인 과세액을 통보하여야 함에도, 해당 거래별 과세액을 통보하지 않고 하나의 납세고지서를 통해 총액만을 통보하였으므로, 이 사건 각 처분에는 절차적 하자가 있다.

2) 실체적 하자

가) 이 사건 부가가치세 경정처분

① 원고가 제1 계약에 따라 센△△△에게 대금을 지급한 점, ② 원고가 이 사건 각 프린터에 대한 검수를 마치고 그중 6대를 매도하거나 기부하였고, 이 사건 쟁점 프린터를 점유개정의 방법으로 센△△△에 보관시킨 점, ③ 김○○은 마치 원고가 발행한 것처럼 3매의 전환사채를 위조한 뒤 2017. 8.경 센△△△에게 해당 전환사채를 제시하면서 이를 담보로 에▽▽▽에게 1,200,000,000원을 빌려 줄 것을 요청하였고, 센△△△은 2018. 7. 5.경 원고에게 전환사채의 권면액을 지급할 것을 요청하였다가 원고로부터 해당 전환사채가 위조되었다는 답변을 받고 원고에게 이 사건 쟁점 프린터의 인도를 거부한 점 등에 비추어, 제1 거래가 가공거래라고 볼 수 없다. 또한, 제2 거래 역시 가공거래라고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 부가가치세 경정처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나) 이 사건 소득금액변동통지

⑴ 이 사건 단서조항은 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에 있어 사외유출된 금액이 귀속된 것으로 보는 ‘대표자’의 의미를 규정하고 있는데, 법인등기사항증명서상 대표자로 등재되어 있지 않고 법인 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있지 않은 자의 경우에는 법인의 경영을 사실상 지배하고 있더라도 이 사건 단서조항에서 말하는 대표자에 해당하지 않는다. 그런데 ① 제1 계약은 유△△이 체결하였고, 제1 계약 체결 당시(2017. 6. 15.) 김○○은 법인등기사항증명서나 사업자등록증에 원고의 대표이사로 등재되어 있지 않았던 점, ② 김○○이 최대주주였던 ××홀딩스는 원고 발행주식의 19.96%를 보유하였을 뿐 30% 이상을 소유한 사실이 없는 점 등에 비추어, 김○○은 이 사건 단서 조항에서 규정하고 있는 ‘대표자’에 해당하지 않는다.

⑵ 또한, ① 김○○이 최대주주로 있던 ××홀딩스는 원고 발행주식 중 19.96%만 보유하고 있었고, 보유 기간도 5개월 남짓인 점, ② 원고는 코스닥 상장법인으로 일반 소액주주의 지분비율이 80%를 상회하는 점, ③ 김○○을 제외한 원고의 임원이 김○○의 불법행위를 묵인하거나 추인하지 않은 점, ④ 김○○의 불법행위를 행위 시에 곧바로 발견하는 것은 사실상 불가능하고, 변경된 임직원이 김○○의 불법행위를 발견하는 것도 쉽지 않은 점, ⑤ 유□□□가 ××홀딩스로부터 원고 발행주식을 양수한 뒤 김○○의 불법행위가 밝혀졌고, 변경된 원고의 최대주주(유□□□) 및 임직원이 김○○의 불법행위를 인지하자마자 김○○을 고소하였으며, 원고가 이◇◇◇, 에×××, 김○○을 상대로 소를 제기하여 승소한 점 등에 비추어, 김○○의 의사를 원고의 의사와 동일시하거나 원고와 김○○의 경제적 이해관계가 사실상 일치한다고 볼 수 없고, 원고는 김○○에 대하여 손해배상채권을 보유하고 있다고 보아야 한다.

⑶ 따라서 원고에서 1,668,000,000원이 사외유출되었다고 보아 소득자를 김○○으로 하여 이루어진 이 사건 소득금액변동통지는 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 피고

1) 절차적 하자 관련

이 사건 부가가치세 경정처분은 하나의 처분이므로 제1, 2, 3 거래별로 구체적인 과세액을 통보할 필요가 없다. 또한, 피고는 원고에게 세무조사결과를 통지하면서경정항목, 경정금액, 경정사유를 제1, 2, 3 거래별로 구분하여 통지하였다. 따라서 이 사건 각 처분에 절차적 하자가 있다고 볼 수 없다.

2) 실체적 하자 관련

가) 이 사건 부가가치세 경정처분 관련

① 원고는 이 사건 쟁점 프린터를 센△△△에서 보관 중이라고 주장하나, 2017. 12.부터 조사종결 시점까지 이 사건 쟁점 프린터가 원고에게 인도된 적이 없고, 원고가 센△△△에게 보관료를 지급하지도 않은 점, ② 피고가 센△△△이 재고를 보관하고 있다는 장소를 확인한 결과 2대의 프린터 중 1대는 제품번호가 이 사건 쟁점 프린터와 달랐고 나머지 1대는 제품번호가 기재되어 있지 않았던 점, ③ 피고가 센△△△로부터 이 사건 쟁점 프린터를 다른 장소에 보관하고 있다는 말을 듣고 해당 장소를 확인하였으나 해당 제품이 사용불능 상태였던 점, ④ 원고가 2020년 회계 결산에서 이 사건 쟁점프린터를 회수불능자산 제각 처리한 점, ⑤ 김○○이 이 사건 쟁점 프린터의 가액에 상응하는 1,200,000,000원을 자신의 채무 변제 목적 등으로 유□□□ 등에 부당유출한 점 등에 비추어, 제1 거래는 가공거래에 해당하고, 제2, 3 거래 역시 가공거래에 해당한다.

따라서 제1, 2, 3 거래가 가공거래라는 전제에서 이루어진 이 사건 부가가치세 경정처분은 적법하다.

나) 이 사건 소득금액변동통지 관련

⑴ 제1 계약 체결일(2017. 6. 15.)에 김○○이 원고의 대표이사로 취임하였고, 김○○이 대표이사로 취임한 이후인 2017. 6. 26.부터 2017. 8. 21.까지 원고가 제1 계약에 따라 센△△△에게 5,000,000,000원을 지급하였으므로, 사외유출의 귀속자를 김○○으로 한 것은 적법하다.

⑵ 대표이사 등이 자금을 유용한 행위는 회수를 전제로 한 것이 아니어서 원칙적으로 사외유출에 해당하고, 회수를 전제로 하였다는 특별한 사정은 원고가 증명하여야 한다. 그런데 ① 원고의 주주들이 주주총회에서 김○○을 대표이사에서 해임하는 등의 적극적 조치를 취하지 않은 점, ② 원고가 제2 계약 체결 이전에 이◇◇◇의 매출규모, 직원 수, 계약수행능력을 파악할 수 있었고, 에×××가 제3 계약상 전환사채 매각 용역을 수행할 능력이 없음을 알고 있었으며, 이 사건 전환사채 매각을 목적으로 한 용역계약이 이중으로 체결되고 용역대금이 중복 지급된 사실을 통해 제3 계약이 허위임을 충분히 인지할 수 있었고, 특히 2017 사업연도에 대한 회계감사를 통해 늦어도 2018. 1. ~ 2.경에는 김○○의 자금유용을 확실히 파악하였음에도 김○○의 자금 유출을 묵인하였고, 김○○을 고소하지도 않아 김○○이 2018. 3. 19. 스스로 사임하도록 방치한 점, ③ 원고가 제2, 3 거래와 관련하여 이◇◇◇, 에×××, 김○○을 상대로 소를 제기하기는 하였으나, 이는 채권을 회수할 수 없는 에×××를 상대로 소를 제기하거나 피고의 조사가 종결된 2021. 5. 17. 이후 사외유출 상여처분을 모면하기 위해 2021. 5. 24. 이◇◇◇를 상대로 소를 제기한 것으로서 형식적 행위에 불과한 점, ④ 원고가 김○○을 고소한 것은 회계법인으로부터 적정의견을 받기 위한 수단에 불과하였던 점 등에 비추어, 김○○이 자금을 유출한 것을 사외유출로 봄이 타당하다.

⑶ 따라서 이 사건 소득금액변동통지는 적법하다.

3. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단

가. 당사자들의 주장

1) 피고

제1, 2, 3 거래는 거래상대방과 기본적 사실관계가 모두 다른 독립적인 거래이므로, 위 각 거래에 대해 모두 전심절차를 거쳐야만 행정소송을 제기할 수 있다. 그런데 원고는 이 사건 부가가치세 경정처분 중 제1 거래에 관한 부분에 대하여만 심판청구를 하여 전심절차를 거쳤을 뿐 제2, 3 거래에 관한 부분에 대하여는 전심절차를 거치지 않았으므로, 이 사건 소 중 제2, 3 거래에 관한 부가가치세 경정처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하되어야 한다.

2) 원고

피고가 제1, 2, 3 거래를 구분하지 않고 하나의 고지서를 통하여 부과한 점, 이 사건 부가가치세 경정처분과 이 사건 소득금액변동통지는 동일한 행위에 관하여 그 법률상 평가와 과세처분만을 중복적으로 한 것으로 내용상 긴밀한 관련성이 인정되는 점 등에 비추어, 원고는 전심절차를 거치지 않고도 제2, 3 거래에 관한 이 사건 부가가치세 경정처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 한다.

나. 관련 법리

1) 항고소송에 있어서 원고는 전심절차에서 주장하지 아니한 공격방어방법을 소송절차에서 주장할 수 있고 법원은 이를 심리하여 행정처분의 적법 여부를 판단할 수 있는 것이므로, 원고가 전심절차에서 주장하지 아니한 처분의 위법사유를 소송절차에서 새롭게 주장하였다고 하여 다시 그 처분에 대하여 별도의 전심절차를 거쳐야 하는 것은 아니다(대법원 1996. 6. 14. 선고 96누754 판결 등 참조).

2) 원래 과세처분이란 법률에 규정된 과세요건이 충족됨으로써 객관적, 추상적으로 성립한 조세채권의 내용을 구체적으로 확인하여 확정하는 절차로서, 과세처분 취소소송의 소송물은 그 취소원인이 되는 위법성 일반이고 그 심판의 대상은 과세처분에 의하여 확인된 조세채무인 과세표준 및 세액의 객관적 존부이므로(대법원 1990. 3. 23. 선고 89누5386 판결 등 참조), 과세표준 및 세액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과하다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조).

다. 판단

원고가 조세심판원장에 심판청구를 하면서 이 사건 부가가치세 경정처분에 관하여는 제1 거래가 정상적인 매입거래라는 주장만을 하였음을 앞서 본 바와 같다. 그런데 부가가치세의 경우 각 과세기간별 부가가치세 과세표준과 세액이 각각 별개의 과세단위로서 각각 독립된 처분을 구성하고, 이 사건 부가가치세 경정처분의 경우에도 원고의 2017년 제2기 부가가치세 과세표준과 세액이 심판대상인 이상, 원고가 전심절차에서는 제2, 3 거래와 관련된 부가가치세 경정처분을 다투지 아니하였고 이 사건 소송에서 제2, 3 거래가 가공거래가 아니라는 주장을 추가하였다고 하더라도 이는 동일한 소송물의 범위 내에서 단순한 공격방어방법을 추가한 데 불과하므로, 원고가 이 사건 부가가치세 경정처분 중 제2, 3 거래 부분에 대하여 적법한 전심절차를 거친 것으로 볼 수 있고, 소송과정에서는 전심절차에서 주장하지 않았던 새로운 위법사유를 주장할 수 있다고 할 것이다. 따라서 피고의 본안 전 항변은 이유 없다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 관계 규정

별지 기재와 같다.

나. 절차적 하자의 유무

1) 관련 법리

하나의 납세고지서에 의하여 복수의 과세처분을 함께 하는 경우에는 과세처분별로 그 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 해야 한다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 등 참조). 납세고지서에는 원칙적으로 납세의무자가 부과처분의 내용을 상세하게 알 수 있도록 과세대상 재산을 특정하고 그에 대한 과세표준액, 적용할 세율 등 세액의 산출근거를 구체적으로 기재하여야 하고, 위 규정은 강행규정으로서 위 규정에서 요구하는 사항 중 일부를 누락시킨 하자가 있는 경우 그 과세처분은 위법하나, 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 제대로 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않았음이 명백하다면, 이로써 납세고지서의 하자가 보완되거나 치유될 수 있다(대법원 2010. 11. 11. 선고 2008두5773 판결 등 참조).

2) 판단

갑 제9, 10호증의 각 기재에 따르면, 피고가 이 사건 부가가치세 경정처분․소득금액변동통지를 하면서 납세고지서 및 소득금액변동통지서에 제1, 2, 3 거래별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하지 않은 사실이 인정되나, ① 이 사건 부가가치세 경정처분․소득금액변동통지가 제1, 2, 3 거래별로 별개의 과세처분에 해당한다고 볼 수 없는 이상 피고가 납세고지서 및 소득금액변동통지서에 제1, 2, 3 거래별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하지 않았다고 하여 위법하다고 볼 수 없는 점, ② 더욱이 피고가 이 사건 각 처분에 앞서 2021. 5. 27. 원고에게 교부한 ‘세무조사 결과 통지서’ 중 ‘조사 항목별 세부내역’란에는 제1, 2, 3 거래별로 결정․경정대상 금액과 그 사유가 구체적으로 기재되어 있어 원고가 이 사건 각 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않았음이 명백한 점 등에 비추어, 이 사건 각 처분에 절차적 하자가 있다고 볼 수 없다.

다. 실체적 하자의 유무

1) 이 사건 부가가치세 경정처분의 적법 여부

가) 관련 법리

특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되어 2018. 1. 1. 시행되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다르게 적힌 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조). 그러나 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

나) 인정 사실

갑 제12, 16, 18호증, 갑 제24호증의 1, 갑 제26, 27, 28, 32호증, 갑 제33호증의 1, 2, 갑 제34호증의 1, 2, 갑 제36호증, 을 제1, 4호증, 을 제6호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 사실이 인정된다.

⑴ 제1 거래 관련

㈎ 원고가 제출한 검수확인서(갑 제16호증)에는 2017. 12. 27. ○○ 캠퍼스 4.0 입고분[3D 프린터 2대(제품번호 SM250-17090004, SS600G-17090004)], ◇◇ 캠퍼스 4.0 입고분[3D 프린터 2대(제품번호 SM250-17090003, SS600G-17090003)], 원고 회사 입고분[3D 프린터 4대(제품번호 SM250-17090005, SM250-17090006, SS600G-17090005, SS600G-17090006)]이 입고되어 검수한 결과 이상이 없어 센△△△로부터 인수하였다고 기재되어 있다.

㈏ 원고가 제출한 물품보관확인증(갑 제18호증)에는 센△△△이 2019. 12. 31. 현재 원고 소유 3D 프린터 2대(제품번호 SM250-17090006, SS600G-17090006)를 보관하고 있음을 확인한다는 내용이 기재되어 있다.

㈐ 피고의 조사종결보고서 중 제1 거래와 관련된 부분은 다음과 같다.

- 원고는 판매하지 못한 4대 중 2대를 대◇◇◇◇에 기부하였고, 이 사건 쟁점 프린터는 제조사인 센△△△에 보관 중이라고 하였으나, 매입한 2017. 12.부터 현재까지 원고로 실물이 이동된 적이 없음.

- 조사팀과 원고는 2021. 4. 5. 센△△△이 재고를 보관하고 있다던 장소(○○시 ○○로 ○○번길, 6층)에서 2대를 확인하였으나, 1대는 제품번호가 상이했고[센△△△이 제출한 보관학인증상 제품번호(SS600G-17090006)와 현장에서 확인한 제품번호(SS600G-20030001)가 상이했고, SS600G-17090006 제품은 대◇◇◇◇에 기부된 제품임], 1대는 제품번호가 미기재되어 원고의 재고가 아닌 것으로 판단함.

- 추후 센△△△은 제품번호가 미기재된 제품이 원고의 재고가 아니고, 다른 장소(◇◇시 ◇◇로 ◇◇번길 ◇◇)에 보관되어 있다고 하여 2021. 4. 19. 현장방문하여 확인하였으나, 제품의 뒷면이 분리되어 있고 오랜 기간 시험가동을 하지 않은 것으로 보아 사용불능상태로 판단되었음.

㈑ 원고의 센△△△에 대한 거래처원장에는 다음과 같이 기재되어 있다.

⑵ 제2 거래 관련

㈎ 원고는 2017. 11. 7. 이◇◇◇에게 이◇◇◇가 제2 계약상의 의무를 이행하지 않고 있다는 이유로 2017. 11. 14.까지 300,000,000원을 반환할 것을 최고하였고, 2018. 6. 11. 다시 이◇◇◇에게 이◇◇◇가 제2 계약에 따른 결과물을 제출하지 못하고 있어 제2 계약을 해지한다는 이유로 300,000,000원을 반환할 것을 촉구하였다.

㈏ 이◇◇◇는 2018. 6. 14. 원고에게 이◇◇◇가 원고로부터 받은 300,000,000원 및 이◇◇◇의 자금을 투입하여 스마트전자발전기 사업화를 총력을 다 해 수행하였으니 직접 방문하여 확인할 것을 요청하였다.

㈐ 원고는 2018. 7.경 ‘김○○이나 이◇◇◇가 처음부터 제2 계약을 이행할 의사가 없었음에도, 김○○이 박□□(이◇◇◇ 대표이사의 아버지)에게 지급하여야 할 채무 중 일부를 원고가 대신 부담하도록 하기 위하여 원고를 대표하여 이◇◇◇와 제2 계약을 체결하고 이◇◇◇에게 300,000,000원을 지급함으로써 이◇◇◇에게 300,000,000원 상당의 재산상 이익을 얻게 하고 원고에게 같은 금액 상당의 손해를 가하였다’는 이유로 김○○을 업무상배임 혐의로 고소하였다. 원고가 제출한 고소장(갑 제28호증)에는 박□□가 김△△로부터 원고 회사를 인수하기로 하는 계약을 체결하였으나 중도금․잔금을 지급하지 못하던 중 2017. 3.경 김○○을 만나 인수계약의 당사자 지위를 김○○에게 승계하는 대가로 김○○으로부터 1,000,000,000원을 지급 받기로 하였고, 원고가 이◇◇◇에게 지급한 300,000,000원은 김○○이 박□□에게 부담하는 위 채무 중 일부라는 내용이 기재되어 있다.

㈑ 이◇◇◇의 표준손익계산서에는 2016. 1. 1.부터 2016. 12. 31.까지의 매출액이 0원, 2017. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지의 매출액이 300,000,000원인 것으로 기재되어 있다.

⑶ 제3 거래 관련

㈎ 원고와 주식회사 텔○○(상호가 2019. 4. 4. ‘주식회사 디△△’으로, 2021. 2. 15. ‘주식회사 코△△△’로, 2023. 3. 28. ‘주식회사 코▽▽▽▽’으로 변경되었다. 이하, 상호 변경 전후를 불문하고 ‘텔○○’라 한다)는 2017. 10. 13. 원고가 텔○○로부터 경영자문 서비스 및 자금유치 업무대행 용역을 제공 받기로 하는 계약을 체결하였고, 원고는 용역대금으로 텔○○에게 2017. 10. 13. 합계 112,000,000원을, 2017. 10. 17. 5,600,000원을 지급하였다.

㈏ 원고는 텔○○가 소개한 ×××자산운용 주식회사(이하, ‘×××자산운용’이라 한다)와 사이에 2017. 10. 27. 이 사건 전환사채 중 제7회 무기명식 무보증 국내사모 전환사채(권면총액 1,800,000,000원) 및 제8회 무기명식 무보증 국내사모 전환사채(권면총액 200,000,000원)를 원고가 ×××자산운용에게 2,000,000,000원에 양도하는 내용의 계약을 체결하였다.

㈐ 원고와 텔○○는 2017. 11. 10. 이 사건 전환사채 중 제8회, 제9회 무기명식 이권부 무보증 사모 전환사채(권면총액 2,501,000,000원)를 원고가 텔○○에게 2,501,000,000원에 양도하는 내용의 계약을 체결하였다.

다) 판단

① 원고가 제1 계약에 따라 센△△△에게 대금 5,000,000,000원을 지급하였고, 이 사건 각 프린터 중 6대를 이▽에게 매도하거나 대◇◇◇◇에 기부한 사실, ② 원고가 제2 계약에 따라 이◇◇◇에게 300,000,000원을 지급하였고, 이◇◇◇가 제2 계약상의 채무를 이행하지 않아 제2 계약을 해지하였다는 이유로 이◇◇◇에게 300,000,000원의 반환을 요청하였으며, 이에 대하여 이◇◇◇가 원고로부터 받은 300,000,000원 및 이◇◇◇의 자금을 투입하여 스마트전자발전기 사업화를 수행하였다고 회신하기도 한 사실, ③ 원고가 제3 계약에 따라 에×××에게 99,022,000원을 지급한 사실은 앞서 본 바와 같다.

그러나 앞서 본 처분의 경위, 갑 제12호증의 기재, 위 인정 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어 보면, 피고는 제1 거래․제2 거래․제3 거래 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점을 상당한 정도로 증명하였고, 원고가 제출한 증거만으로는 제1, 2, 3 거래가 실물거래라고 인정하기 부족하다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 부가가치세 경정처분에 실체적 하자가 있다고 볼 수 없다.

⑴ 제1 거래

㈎ 이 사건 쟁점 프린터는 공급가액이 1,136,363,637원으로 상당한 고가의 물품이므로, 원고가 실제로 센△△△로부터 이 사건 쟁점 프린터를 매수하였다면 그 보관․관리에 상당한 주의를 기울였을 것으로 보인다. 그런데 다음 사정에 비추어 보면, 원고는 이 사건 쟁점 프린터를 전혀 관리하지 않은 것으로 보인다.

① 원고가 제출한 검수확인서상 이 사건 각 프린터의 제품번호는 SM250-17090003, SS600G-17090003, SM250-17090004, SS600G-17090004, SM250-17090005, SM250-17090006, SS600G-17090005, SS600G-17090006인데, 이 사건 각 프린터 중 4대(제품번호 SM250-17090003, SS600G-17090003, SM250-17090004, SS600G-17090004)는 이▽에 매도되었고, 2대(제품번호 SM250-17090005, SS600G-17090006)는 대◇◇◇◇에 기부되었으므로, 이 사건 쟁점 프린터의 제품번호는 SM250-17090006, SS600G-17090005인 것으로 판단된다.

② 원고는 이 사건 쟁점 프린터를 센△△△로부터 점유개정의 방법으로 인도 받았다고 주장하면서 센△△△의 물품보관확인증을 제출하였는데, 해당 확인증에 기재된 제품번호(SM250-17090006, SS600G-17090006) 중 SS600G-17090006은 이 사건 쟁점 프린터의 제품번호와 일치하지 않는다(SS600G-17090006은 대◇◇◇◇에 기부된 프린터이다).

③ 피고가 2021. 4. 5. 센△△△이 재고를 보관하고 있다는 장소에서 3D 프린터 2대를 확인한 결과 1대는 제품번호가 SS600G-20030001로 이 사건 쟁점 프린터의 제품번호와 달랐고, 나머지 1대는 제품번호가 기재되어 있지 않았다. 피고는 센△△△로부터 이 사건 쟁점 프린터를 다른 장소에 보관하고 있다는 말을 듣고 2021. 4. 19. 해당 장소를 확인하였으나 프린터가 사용불능 상태인 것을 확인하였다.

㈏ 원고는 2017. 6. 26.경부터 2017. 8. 21.까지 센△△△에게 이 사건 각 프린터의 대금 5,000,000,000원을 모두 지급하였음에도, 센△△△로부터 이 사건 쟁점 프린터를 회수하기 위한 어떠한 조치도 취하지 않은 채 2020. 12. 31. 거래처원장에 이 사건 쟁점 프린터를 회수불능자산으로 처리하였다(원고는 센△△△이 김○○으로부터 위조된 전환사채를 담보로 제공 받고 에▽▽▽에게 1,200,000,000원을 빌려준 뒤 원고에게 전환사채의 권면액을 지급해 줄 것을 요청하였다가 해당 전환사채가 위조되었다는 답변을 받고 원고에게 이 사건 쟁점 프린터의 인도를 거부하였다고 주장하나, 김○○의 전환사채 위조가 원고의 센△△△에 대한 이 사건 쟁점 프린터 인도 청구권에 영향을 미친다고 볼 만한 사정이 없는 이상, 원고가 주장하는 사정만으로 원고가 센△△△을 상대로 이 사건 쟁점 프린터의 인도 청구를 하지 않은 것이 거래관념에 부합한다고 보기 어렵다).

⑵ 제2 거래

㈎ 조세심판결정문(갑 제12호증)에는 ‘제2 거래가 가공거래임은 원고도 인정하고 있다’고 기재되어 있고, 원고는 조세심판원장에게 심판청구를 하면서 제1 거래가 정상적인 매입거래라고 주장하였을 뿐 제2 거래가 실물거래여서 이 사건 부가가치세 경정처분이 위법하다는 주장은 하지 않았다.

㈏ 원고는 이 사건 소를 제기하면서도, 회계감사를 받던 중 제2 거래에 의문을 품고 ○○회계법인 소속 회계사와 함께 2018. 6. 22.경 이◇◇◇를 실질적으로 운영하는 박□□(이◇◇◇ 대표이사 박▽▽의 아버지) 및 박▽▽를 만나 ‘김○○으로부터 1,000,000,000원을 투자받기로 하였음에도 김○○이 이행하지 않았다.’는 말을 듣고 원고가 제2 계약에 따라 이◇◇◇에게 300,000,000원을 지급한 것이 정당하지 않은 자금 집행이었다는 결론을 내렸다고 주장하였다(소장).

㈐ 원고는 2018. 7.경 김○○이 박□□에게 지급하여야 할 채무(1,000,000,000원) 중 300,000,000원을 박□□ 측에 지급하기 위해 허위로 제2 계약을 체결하였다는 이유로 김○○을 업무상배임 혐의로 고소하였다.

㈑ 이◇◇◇는 2016. 8. 24. 설립된 회사인데, 설립 후 제2 계약 체결 당시(2017. 7. 27.)까지 아무런 매출이 없는 상태였다(2017. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지의 유일한 매출액 300,000,000원은 제2 거래에 따른 것이다).

㈒ 이◇◇◇가 제2 계약상 용역을 이행하기 위해 필요한 자료를 원고가 이◇◇◇에게 제공하였다거나, 원고가 이◇◇◇로부터 용역을 제공 받았다고 볼 만한 자료도 전혀 없다.

⑶ 제3 거래

㈎ 원고 스스로 제3 거래가 가공거래임을 인정하고 있다(2023. 7. 22. 자 준비서면).

㈏ 원고는 2017. 10. 13. 텔○○와 사이에 텔○○로부터 경영자문 서비스 및 자금유치 업무대행 용역을 제공 받기로 하는 계약을 체결한 뒤 이 사건 전환사채 중 일부를 텔○○의 중개로 2017. 10. 27. ×××자산운용에 양도하고 나머지는 2017. 11. 10. 텔○○에게 양도하였으므로, 에×××와 사이에 이 사건 전환사채 매매 용역에 관한 제3 계약을 체결할 아무런 이유가 없었다.

2) 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부

⑴ 이 사건 단서 조항은 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 하면서, 괄호 안에 ‘소액주주 등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 한다’고 규정하여 대표자가 아니면서 위 규정의 적용을 받는 대표자의 의미를 따로 정하고 있다. 따라서 위 규정상 대표자는 법인등기부상 대표자로 등재되어 있는 자이거나, 위 괄호 안의 요건을 갖춘 주주 등인 임원 중 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 자라야 하므로, 법인등기부상 대표자로 등재되어 있지 아니하고 괄호 안의 주주등인 임원으로서의 요건도 갖추지 못한 자의 경우에는 설령 그 자가 법인의 경영을 사실상 지배하고 있다고 하더라도 위 규정에서 말하는 대표자에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 참조).

⑵ 법인의 실질적 경영자인 대표이사 등이 법인의 자금을 유용하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 애당초 회수를 전제로 하여 이루어진 것이 아니어서 그 금액에 대한 지출 자체로서 이미 사외유출에 해당한다. 여기서 그 유용 당시부터 회수를 전제하지 않은 것으로 볼 수 없는 특별한 사정에 대하여는 횡령의 주체인 대표이사 등의 법인 내에서의 실질적인 지위 및 법인에 대한 지배 정도, 횡령행위에 이르게 된 경위 및 횡령 이후의 법인의 조치 등을 통하여 그 대표이사 등의 의사를 법인의 의사와 동일시하거나 대표이사 등과 법인의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려운 경우인지 여부 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 이러한 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 증명하여야 한다(대법원 2008. 11. 13. 선고 2007두23323 판결 등 참조).

갑 제19호증, 갑 제30호증의 1, 2, 갑 제31, 40, 41호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 사실이 인정된다.

⑴ 원고는 2018. 7.경 김○○이 2017. 5.경 유가증권인 원고 명의 전환사채 3매(사채번호 제2회 가○○○○호, 제2회 다○○○○호, 제2회 다○○○○호)를 행사할 목적으로 위조하고 2017. 8.경 위조 사실을 알지 못하는 에▽▽▽의 대표이사 안중현에게 제시하여 행사하였다는 이유로 김○○을 유가증권위조 및 동행사 혐의로 고소하였다.

⑵ 원고는 2021. 5. 24. 이◇◇◇가 제2 계약상 채무를 이행하지 않아 원고가 제2 계약을 해제하였다는 이유로 이◇◇◇를 상대로 300,000,000원의 반환 및 그 법정이자 또는 지연손해금의 지급을 구하는 소(서울남부지방법원 2021가합××××)를 제기하여 2021. 9. 28. 청구 인용 판결(무변론)을 받았고, 해당 판결은 2021. 10. 16. 확정되었다.

⑶ 원고는 2018. 8. 9. 원고가 텔○○의 중개를 통해 전환사채를 제3자에게 매도하였음에도 에×××와 김○○이 허위로 제3 계약서를 작성한 뒤 그에 따라 김○○이 에×××에게 중개 성공보수 명목으로 합계 99,022,000원을 지급하였다는 이유로 에×××와 김○○을 상대로 공동불법행위책임에 기초하여 공동하여 원고가 입은 손해 99,022,000원을 배상하고 그 지연손해금을 지급할 것을 구하는 소(인천지방법원 2018가단××××)를 제기하여 2019. 11. 14. 청구 인용 판결을 받았다[위 판결 중 에×××에 대한 부분은 확정되었고, 김○○에 대한 부분은 김○○이 추완항소를 제기하여 항소심(인천지방법원 2023나××××) 계속 중이다].

다) 김○○이 이 사건 단서조항상 ‘대표자’에 해당하는지 여부

앞서 본 처분의 경위에 따르면, 김○○은 2017. 6. 15.부터 2018. 3. 19.까지 원고의 대표이사로 재직하여 제1, 2, 3 계약 체결일(2017. 6. 15., 2017. 7. 27., 2017. 9. 29.) 및 원고가 센△△△, 이◇◇◇, 에×××에게 자금을 유출한 시점(2017. 6. 26.부터 2017. 11. 3.까지)에 원고의 대표이사였으므로, 김○○은 이 사건 단서조항에서 규정하고 있는 ‘대표자’에 해당한다고 봄이 타당하다[원고는 김○○에 대한 대표이사 선임등기가 2017. 6. 23. 이루어졌다는 점을 지적하나, 등기할 사항을 등기하지 않으면 이를 선의의 제3자에게 대항하지 못할 뿐이고( 상법 제37조 제1항 ), 김○○이 2017. 6. 15. 원고의 대표이사로 선임된 효력에는 영향을 미치지 않는다].

라) 김○○의 자금 유용이 사외유출에 해당하는지 여부

원고가 제1 계약에 따라 센△△△에게 이 사건 쟁점 프린터의 대금(1,250,000,000원)을 지급한 사실, 원고가 제2 계약에 따라 이◇◇◇에게 300,000,000원을 지급한 사실, 원고가 제3 계약에 따라 에×××에게 99,022,000원을 지급하였고 에×××가 그중 88,000,000원을 바▽▽▽에게 지급한 사실은 앞서 본 바와 같고, 제1, 2, 3 거래는 모두 가공거래로 판단되기는 한다.

그러나 앞서 본 처분의 경위, 갑 제38호증의 기재, 위 인정 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어 보면, 김○○의 의사를 원고의 의사와 동일시하거나 김○○과 원고의 경제적 이해관계가 사실상 일치하는 것으로 보기 어려우므로, 위 1,668,000,000원 상당액이 유출될 당시 곧바로 회수를 전제로 하지 않은 것으로 볼 수 없고 위 자금이 사외유출되었다고 판단할 수 없다.

⑴ 김○○이 주식을 전부 보유하고 있던 ××홀딩스가 원고 발행주식 중 1,636,364주(19.96%)를 취득함에 따라 2017. 4. 21. 원고의 최대주주가 되었고, 그에 따라 김○○이 2017. 6. 15. 원고의 대표이사로 취임하였으나, 원고는 코스닥 상장법인으로 ××홀딩스 외에도 원고 발행주식 중 80.04%를 보유한 다른 주주들이 있었고(더욱이 ××홀딩스는 2017. 9. 28.경 1,636,364주 중 412,399주를 제3자에게 양도하여 원고 발행주식 중 1,223,965주만 보유하게 되었다), ××홀딩스가 원고 발행주식을 보유한 기간도 약 1년에 불과한 것으로 보인다.

⑵ 다음 사정에 비추어 보면, 원고는 김○○의 불법행위를 확인한 후 곧바로 유출된 자금을 회수하기 위한 적절한 조치를 취하였고, 그에 따라 유출된 자금 상당액의 채권을 보유하고 있다고 판단된다. 달리 위 각 조치가 명목상의 것이라거나 원고가 최초에는 이러한 조치를 취할 의사가 없었으나 뒤늦게 입장을 바꿔 해당 조치를 취하였다고 볼 만한 정황도 확인되지 않는다.

㈎ 유□□□가 2017. 9. 4. ××홀딩스로부터 원고 발행주식 중 일부를 양수하는 계약을 체결함에 따라 김◇◇이 2017. 10. 11. 원고의 대표이사로 취임하였고, 유□□□는 이후 2018. 5. 3.경 원고의 최대주주가 되었다.

㈏ 제1 거래와 관련하여, 원고는 대표이사 및 최대주주가 변경된 후인 2018. 7.경 김○○이 원고 명의 전환사채 3매를 위조하여 에▽▽▽에게 행사하였다는 이유로 김○○을 유가증권위조 및 동행사 혐의로 고소하였다. 원고가 센△△△을 상대로 이 사건 쟁점 프린터의 가액에 해당하는 금액의 반환을 청구하는 소를 제기하거나 김○○을 상대로 불법행위에 기초한 손해의 배상을 청구하는 소를 제기하였다고 볼 만한 자료는 없으나, 원고가 일관되게 제1 거래가 실물거래라고 주장하고 있는 점, 김○○이 수사 중 출국하여 김○○에 대한 기소가 중지됨에 따라 제1 거래와 관련한 불법행위가 명백하게 밝혀졌다고 보기 어려운 점을 감안하면, 원고가 센△△△․김○○을 상대로 소를 제기하지 않았다는 사정만으로 자금 회수를 위한 조치를 하지 않았다고 평가할 수는 없다.

㈐ 제2 거래와 관련하여, 원고는 2018. 6. 22.경 박□□ 및 박▽▽를 만나 ‘김○○으로부터 1,000,000,000원을 투자받기로 하였음에도 김○○이 이행하지 않았다.’는 말을 듣고 제2 거래에 따른 자금 유출이 정상적이지 않다는 결론을 내렸고, 그로부터 약 한 달 후인 2018. 7.경 김○○과 이◇◇◇가 제2 계약을 이행할 의사가 없었음에도 김○○이 박□□에게 지급하여야 할 채무 중 일부를 원고가 대신 부담하도록 하기 위하여 제2 계약을 체결하고 이◇◇◇에 300,000,000원을 지급하였다는 이유로 김○○을 업무상배임 혐의로 고소하였으며, 2021. 5. 24.에는 이◇◇◇를 상대로 300,000,000원의 반환 및 그 법정이자 또는 지연손해금의 지급을 구하는 소를 제기하여 2021. 9. 28. 청구 인용 판결을 받았다.

㈑ 제3 거래와 관련하여, 원고는 2018. 8. 9. 에×××와 김○○이 허위로 제3 계약서를 작성한 뒤 그에 따라 김○○이 에×××에게 중개 성공보수 명목으로 합계 99,022,000원을 지급하였다는 이유로 에×××와 김○○을 상대로 공동불법행위책임에 기초하여 공동하여 원고가 입은 손해 99,022,000원을 배상하고 그 지연손해금을 지급할 것을 구하는 소를 제기하여 2019. 11. 14. 청구 인용 판결을 받았다.

⑶ 다음 사정에 비추어 보면, 원고의 다른 임직원들이 김○○의 자금유출을 묵인하거나 추인하였다고 볼 수 없다.

㈎ 제1, 2 거래에 따른 자금유출(2017. 6. 26.경부터 2017. 8. 21.까지 이루어졌다)은 김◇◇이 원고의 대표이사로 취임(2017. 10. 11.)하기 전에 이루어졌으므로, 김◇◇이 위 자금유출을 유출 당시 파악할 수는 없었을 것으로 보인다.

㈏ 이◇◇◇의 표준손익계산서에 2016. 1. 1.부터 2016. 12. 31.까지의 매출액이 0원, 2017. 1. 1.부터 2017. 12. 31.까지의 매출액이 300,000,000원인 것으로 기재되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같고, 을 제8호증의 1, 2의 각 기재에 따르면, 에×××의 표준손익계산서에는 2015. 4. 1.부터 2016. 3. 31.까지의 매출액이 0원, 2016. 4. 1.부터 2017. 3. 31.까지의 매출액이 0원인 것으로 기재된 사실이 인정되나, 계약 체결에 앞서 표준손익계산서를 발급 받아 확인하는 것이 거래 관행이라고 볼 만한 자료가 없고, 제2, 3 계약의 체결 과정을 구체적으로 알 수 있는 자료도 없는 이상, 그러한 사정만으로 원고의 다른 임직원들이 이◇◇◇, 에×××가 제2, 3 용역을 수행할 능력이 없음을 파악할 수 있었다고 단정할 수 없다.

㈐ 제3 거래의 경우, 이 사건 전환사채 매각 용역에 관한 계약이 이중으로 체결되었고 용역대금이 텔○○와 에×××에게 중복 지급되기는 하였으나, ① 원고의 다른 임직원이 계약 체결 및 용역대금 지급 당시 해당 사실을 이미 인지하였다고 볼 만한 자료가 없는 점, ② 원고는 인지 경위에 관하여, 회계감사 과정에서 용역대금 중복 지급 사실을 발견하여 텔○○, 에×××를 상대로 사실관계를 확인하였고, 에×××로부터 아무런 중개업무를 하지 않았음에도 원고로부터 99,022,000원을 받은 다음 그중 88,000,000원을 바▽▽▽에게 송금하였다는 말을 듣고 2018. 7. 20.경 해당 거래내역을 팩스로 수신하였다고 주장하는 점[실제로 에×××가 바▽▽▽에게 88,000,000원을 송금한 내역(갑 제38호증)이 2018. 7. 20. 팩스로 송신된 사실이 인정된다] 등에 비추어, 원고는 2018. 7.경에야 비로소 김○○이 허위 계약에 기초하여 88,000,000원을 유출한 사실을 인지한 것으로 보인다.

㈑ 피고는 원고의 다른 임직원이 2017 사업연도에 대한 회계감사를 통해 늦어도 2018. 1.~2.경에는 김○○의 자금유용을 확실히 파악하였다고 주장하나, 피고가 제출한 관련 증거(을 제10호증의 1에서 4)에는 김○○의 자금유출을 확인할 수 있는 내용이 기재되어 있지 않으므로, 피고가 주장하는 사정만으로 원고의 다른 임직원이 김○○의 자금유출을 묵인 또는 추인하였다고 볼 수 없다.

라. 소결

이 사건 부가가치세 경정처분은 적법하나, 이 사건 소득금액변동통지는 위법하므로 취소되어야 한다.

5. 결론

이 사건 소득금액변동통지는 위법하므로 이를 취소하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.