원고는 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않았으므로 국세기본법 제13조 제2항에 따른 법인으로 보는 단체에 해당하지 아니함

원고가 법인 아닌 단체 중 법인으로 보는 단체 신청과 관할세무서장의 승인을 받지 않은 이상 법인으로 보는 단체로 볼 수 없고, 이러한 요건을 충족하지 못한 이상 원고를 법인으로 보는 단체가 아닌 거주자로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 실질과세 원칙에 위배되지 아니함

사 건

2023구단51239 양도소득세부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2023. 08. 30.

판 결 선 고

2023. 11. 01.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 202x. xx. x.x 원고에 대하여 한 201x년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 xx,xxx,xxx원의 합계 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과 처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 대한예수교장로회 소속 교회로서 199x. 9. 1. 서울 ○○구 ○○동 626-34토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하여 2004. 7. 12. 그 지상에 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 통칭 시 ’이 사건 부동산‘이라 한다)을 신축하였다.

나. 이후 원고는 201x. 3. 9. ○○주택재건축정비사업조합에게 이 사건 부동산을 xx억 원에 양도(이하 ’이 사건 양도‘라 한다)하고 피고에게 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.

다. 피고는 원고가 ’법인으로 보는 단체‘ 외의 법인 아닌 단체인 종교단체로서 이 사건 부동산을 양도하는 경우 거주자로서 양도소득세 과세대상이 된다고 보고 202x. 8. 8. 원고에게 이 사건 양도로 인한 201x년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 xx,xxx,xxx원(각 가산세 포함)을 결정․고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2022. 9. 19. 심판청구를 하였으나, 2022. 12. 30. 심판청구가 기각되었다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기

재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 피고로부터 발급받은 고유번호증에 “수익사업을 하지 않는 비영리법인및 국가기관 등”으로 기재되어 있고, 서울특별시 ○○구청장으로부터 받은 토지표시변경 등기완료통지서에도 “교회, 법인”으로 표시되어 있어 자신이 법인으로 보는 단체로 승인된 것으로 인식하고 있었다. 고유번호증에는 의제법인을 의미하는 코드인 ’82‘가 아닌 ’89‘가 기재되어 있으나 일반인으로서는 위 코드가 무엇을 의미하는지 알기 어렵고 담당 공무원은 고유번호증 발급 당시 그 의미에 관하여 설명해주지 않았다. 그런데 원고는 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제13조 제2항에서 규정한 ’법인으로 보는 단체‘의 실질을 모두 갖추고 있으므로, 구 국세기본법 제13조 제1항 , 제2항의 취지를 고려하면 법인으로 보는 단체로 승인을 받은 것으로 취급하여야 한다. 따라서 원고는 ’법인으로 보는 단체‘로서 법인세법상 비영리 내국법인에 해당하고 이 사건 부동산을 처분할 당시 3년 이상 고유목적사업에 사용하여 법인세가 면제되어야 함에도, 피고가 이와 다른 전제에서 원고에게 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고는 위와 같이 고유번호증 및 토지표시변경 등기완료통지서의 각 기재를 신뢰하여 자신이 법인으로 보는 단체로 승인된 것으로 인식하고 있었음에도, 피고는 이사건 양도일로부터 약 7년이 경과한 후 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위반된 것으로 위법하다.

3) 원고는 위와 같이 고유번호증 및 토지표시변경 등기완료통지서의 각 기재를 신뢰하여 자신이 법인으로 보는 단체로 승인된 것으로 인식하고 있었던 점, 원고는 이 사건 처분 전에 세금을 부과받은 적이 없었고 주택재건축사업으로 부득이 교회를 이전해야만 했으며 과세관청의 안내만 있었어도 가산세가 추가되지는 않았을 것인 점, 피고는 이 사건 양도 이후 약 7년 이상 양도소득세를 부과하지 않았던 점 등을 감안하면, 원고가 이 사건 양도로 인하여 양도소득세를 납부할 의무가 있다는 사실을 알지 못한 데 대하여 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당시할 수 있는 사정이 있다고 할 것인바, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고가 법인으로 보는 단체에 해당하는지에 관한 판단

가) 관련 법리

구 국세기본법 제13조 제1항 은 법인 아닌 단체 중 ’주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것‘(제1호), ’공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것‘(제2호)의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 본다고 하여 ’당연의제법인‘을 규정하고, 제2항은 당연의제법인 외의 법인 아닌 단체 중 ’사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것‘(제1호), ’사단, 재단, 그 밖의 단체자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것‘(제2호), ’사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것‘(제3호)의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 본다고 하여 ’승인의제법인‘을 규정하고 있다.

위와 같은 규정은 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기위하여 법인격 없는 사단․재단 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의적용에 있어 법인으로 본다는 것으로서 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 합리적인 규정이라고 할 것인 점(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 등 참조),

구 국세기본법 제13조 제1항 은 ’법인 아닌 단체‘ 중 일정한 단체는 별도의 신청 및 승인 절차 없이 당연히 법인으로 본다(당연의제법인)고 규정하는 반면 제13조 제2항은‘법인 아닌 단체’ 중 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를법인으로 본다(승인의제법인)고 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 구 국세기본법 제13

조 제2항이 규정하는 일정 요건을 갖추었더라도 관할 세무서장에게 신청하여 승인을받지 않은 이상, 법인으로 보는 단체로 볼 수 없다고 봄이 타당하다.

나) 구체적 판단

위 인정사실에 앞서 든 각 증거와 갑 제9, 10호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 알 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 볼 때, 원고는 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않았으므로, 구 국세기본법 제13조 제2항 에 따른 법인으로 보는 단체에 해당하지 않는다. 따라서 원고는 양도소득의 과세대상으로서 이 사건 처분에 따른 납세의무가 있으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 피고를 비롯한 관할 세무관서는 고유번호증을 부여함에 있어 4, 5번째 자리에 법인 아닌 종교단체의 경우에는 ‘89’, 법인으로 보는 단체의 경우에는 ‘82’를 부여하여 왔고, 그 신청 및 승인 절차를 구분하여 처리를 하여 온 것으로 보인다.

② 그런데 원고는 201x. 3. 28. 사업장 소재지 이전으로 인한 고유번호증을 재발급 받기 위해 ‘법인이 아닌 단체의 고유번호 정정신고서’ 서식을 사용하였고, 같은 날 ○○세무서장으로부터 발급받은 고유번호증에는 고유번호에 ‘89’가 기재되어 있을 뿐, 달리 원고가 관할 세무관서에 법인으로 보는 단체로 신고하여 승인을 받은 사정은 나타나지 아니한다.

③ 구 국세기본법 제13조 는 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 규정으로서 같은 법 제13조 제2항은 법인 아닌 단체 중 법인으로 보는 단체를 신청을 통한 관할세무서장의 승인에 의하여 특정함으로써 조세법률관계를 명확히 하려는 규정이라 할 것인바, 신청과 관할 세무서장의 승인을 받지 않은 이상 법인으로 보는 단체로 볼 수 없고, 이러한 요건을 충족하지 못한 이상 원고를 법인으로 보는 단체로 보지 않고 거주자로 보아 양도소득세를 부과한다고 하여 실질과세의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

2) 신의성실의 원칙 위반 여부에 관한 판단

구 국세기본법 제15조 는 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다고 규정하고 있다. 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 등 참조).

위 인정사실에 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 피고가 원고에게 발급한 고유번호증에 “수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등”으로 기재되어 있고, 서울특별시 ○○구청장이 원고에게 발급한토지표시변경 등기완료통지서에 “교회, 법인”으로 표시되어 있다는 사정만으로 피고가원고에게 ‘법인으로 보는 단체’라고 승인하는 공적인 견해를 표명하였다고 보기 어려운 점, ② 설령 그렇지 않더라도 관련 규정상 법인으로 보는 단체가 되기 위해서는 세무서장의 승인을 받아야 함은 법문상 명백하므로, 그에 대한 원고의 신뢰가 합리적이라거나 정당한 기대에 기한 것이라고도 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 처분이 신의성실의 원칙을 위반하여 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3) 가산세 부과에 있어 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 것이다(대법원2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 등 참조). 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법의 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 도저히 당사자에게 기대할 수 없다고 평가되는 사정이 있을 때와 같이 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결, 대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 등 참조).

위 인정사실에 앞서 든 각 증거와 을 제3 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① 피고는 원고에게 이 사건 부동산의 양도에 대한 양도소득세 예정신고․납부 안내 및 양도소득세 기한 후 신고에 관한 안내 등을 하였음에도 이 사건 부동산의 양도에 관한 양도소득세 신고를 하지 아니하였고, 달리 문의 내지 조회를 한 정황도 나타나지 아니하는 점, ② 그런데 원고는 자신이 의제법인 승인을 받았다고 스스로 오해하고 이를 신뢰하여 양도소득세 신고납부의무를 불이행하였다고 한 것이므로, 이를 두고 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 주장하는 사정을 고려하더라도 원고가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있거나 그 의무의 이행을 원고에게 기대하기 어려운 사정이 있었던 것으로 보이지 아니한다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.