선순위대출 약정행위의 부당행위 여부와 그 판단시기 및 피고의 결손금감액경정처분에 대해서는 다툴 수 없음

선순위대출 약정행위가 경제적 합리성이 없다고 볼 수 없는 등 부당행위로 볼 수 없고, 그 판단시기는 약정시점을 기준으로 하여야 하며, 피고가 2012 사업연도 결손금감액경정처분을 한 것으로 볼 수 있고, 경정청구기한이 지나 결손금 부분은 다툴 수 없음

사 건

2021구합54662 법인세경정거부처 분취소

원 고

□□□□□주△△△

피 고

AA세무서장

변 론 종 결

2023. 9. 8.

판 결 선 고

2023. 12. 1.

주 문

1. 피고가 2019. 5. 30. 원고에게 한, 2013 사업연도 결손금 610,408,492원 증액경정청구에 대한 거부처분, 2014 사업연도 법인세 166,412,175원의 경정청구에 대한 거부처분을 모두 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 2/5는 원고가, 나머지는 피고가 각각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 5. 30. 원고에게 한, 원고의 2012 사업연도 결손금 655,953,399원 증액경정청구, 2013 사업연도 결손금 610,408,492원 증액경정청구, 2014 사업연도 법인세 297,342,855원의 경정청구에 대한 거부처분을 모두 취소한다(이와 같이 이해한다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 선순위대출약정 체결 및 주주 변경

1) 원고는 1996. 12. 24. 구 ｢사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법｣(1994.8. 3. 법률 제4773호로 제정된 것으로, 1998. 12. 31. 법률 제5624호로 ‘사회간접자본시설에 대한 민간투자법’으로 법명이 변경되고, 다시 2005. 1. 27. 법률 제7386호로 ‘사회기반시설에 대한 민간투자법’으로 변경되어 현재까지 시행되고 있다)에 따라 ○○도로와 △△△△를 연결하는 □□□□□ 및 접속도로의 건설, 관리 및 운영 등을 목적으로 하여 설립된 회사로, □□□□□ 축조공사 민간투자사업(이하, ‘이 사건 사업’ 이라 한다)을 시행하여 2005. 7. 30. □□□□□을 개통하였다.

2) □□□자산운용 주식회사(이하, ‘□□□자산운용’이라 한다)는 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣(이하, ‘자본시장법’이라 한다)에 따른 집합투자기구인 □□□만□□□사모특별자산투자신탁(대출채권)을 통해 원고에 대해 투자를 하기로 하였고, □□□자산운용이 □□□만□□□사모특별자산투자신탁(대출채권)의 집합투자업자, ◇◇◇◇중앙회(이하, ‘◇◇중앙회’라 한다)가 □□□만□□□사모특별자산투자신탁(대출채권)의 신탁업자가 되었다.

3) 원고 발행주식 6,700,000주는 ×××× 주식회사, ◇◇건설 주식회사, △△건설 주식회사, ∗∗∗건설 주식회사가 보유하고 있었는데, ◇◇중앙회는 2009. 5. 4. 위 회사들로부터 원고 발행주식 6,700,000주를 양수하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다.

4) 원고, 주식회사 ○○○캐피탈(2016. 7. 1. 상호가 ‘주식회사 ▽▽▽캐피탈’로 변경되었다. 이하, 상호 변경 전후를 불문하고 ‘○○○캐피탈’이라 한다), □□□자산운용은 2010. 3. 29. 원고가 ○○○캐피탈로부터 이율을 연 8.5%의 고정금리로, 지연손해금률을 연 13.5%로 하여 원금 총액이 46,434,000,000원을 초과하지 않는 범위 내에서 장기대출(2010. 6. 29.부터 2020. 3. 29.까지 분할상환)을 받고, 원고가 ○○○캐피탈에게 부담하는 모든 채무를 담보하기 위하여 원고의 예금채권에 근질권을 설정하고 관리운영권에 근저당권을 설정하는 등의 방법으로 ○○○캐피탈에게 담보를 제공하기로 하는 내용의 약정을 하였다(이하, ‘선순위대출약정’이라 하고, 원고가 대출 받은 원금을 ‘선순위대출금’이라 한다). 선순위대출약정의 주요 내용은 다음과 같다.

5) ○○○캐피탈은 2010. 3. 29. 선순위대출약정을 포함한 금융서류에 따라 원고에 대하여 보유하고 있는 46,434,000,000원의 장기대출채권 및 그에 부수하는 담보권 등을 □□□자산운용, ◇◇중앙회에게 46,434,000,000원에 양도하는 계약을 체결하였고, 원고는 이를 승낙하였다.

6) ◇◇중앙회가 2009. 5. 4. 체결한 주식매매계약에 따라 원고 발행주식 6,700,000주를 모두 취득함에 따라 원고의 최대주주가 2010. 4. 9. ×××× 주식회사에서 ◇◇중앙회로 변경되었다.

나. 원고의 후순위대출약정 체결 등

1) 한편 원고, ○○○캐피탈, □□□자산운용은 2010. 4. 30. 원고가 ○○○캐피탈로부터 이율을 다음 표 기재와 같이 정하여 원금 총액이 26,354,000,000원을 초과하지 않는 범위 내에서 대출을 받는 내용의 약정을 하였다(이하, ‘후순위대출약정’이라 하고, 원고가 대출 받은 원금을 ‘후순위대출금’이라 한다).

2) ○○○캐피탈은 2010. 4. 30. 후순위대출약정을 포함한 금융서류에 따라 원고에 대하여 보유하고 있는 26,354,000,000원의 대출채권 및 그에 부수하는 담보권 등을 □□□자산운용, ◇◇중앙회에게 26,354,000,000원에 양도하는 계약을 체결하였고, 원고는 이를 승낙하였다.

다. 원고의 2010~2012 사업연도에 관한 법인세 신고와 BB세무서장의 법인세 경정처분 및 관련 행정사건의 진행 경과

1) 원고는 2010~2012 사업연도에 관한 법인세를 신고하면서 다음 표 기재와 같이 선순위․후순위대출약정에 따라 지급한 이자를 손금에 산입하였다.

2) BB세무서장은 원고가 특수관계인인 ◇◇중앙회에게 당좌대출이자율[2010, 2011 사업연도: 구 법인세법 시행규칙(2012. 2. 28. 기획재정부령 제266호로 개정되기 전의 것) 제43조 제2항에 정해진 연 8.5%, 2012 사업연도: 구 법인세법 시행규칙(2016. 3. 7. 기획재정부령 제544호로 개정되기 전의 것) 제43조 제2항에 정해진 연 6.9%]보다 높은 이자를 지급한 것으로 보고 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘구 법인세법’이라 한다) 제52조의 부당행위계산 부인 규정에 따라 선순위․후순위대출약정에 정해진 이율에 따른 이자와 당좌대출이자율에 따른 이자의 차액을 다음 [표 1] 기재와 같이 손금불산입하여 2013. 6. 17. 원고에게 다음 [표 2] 기재와 같이 2012 사업연도 법인세 79,998,040원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하, ‘2013. 6. 17. 자 처분‘이라 한다).

3) 원고는 2013. 6. 17. 자 처분에 불복하여 2013. 9. 13. 조세심판원장에 심판청구를 하는 한편, 2013. 9. 16. BB세무서장에게 2010 사업연도에 대하여 972,931,917원을, 2011 사업연도에 대해서는 1,449,469,999원을 손금 산입하여 2010 사업연도 결손금을 170,270,456원으로, 2011 사업연도 결손금을 1,297,484,054원으로 감액할 것을 경정청구하였으나, BB세무서장이 2013. 10. 22. 이를 거부하자 2014. 1. 21. 이에 대하여도 조세심판원장에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2014. 6. 9. BB세무서장에게 후순위대출금 이율의 적정이자율을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하도록 하고 원고의 나머지 심판청구는 기각하는 결정을 하였고, BB세무서장은 적정이자율을 재조사한 뒤 당초 조사 및 처분이 정당한 것으로 판단하고 이를 원고에게 통지하였다.

4) 이에 원고는 2014. 9. 5. BB세무서장을 상대로 2013. 6. 17. 자 처분 및 2013. 10. 22. 자 2010 사업연도 법인세 및 2011 사업연도 법인세 경정거부처분의 취소를 구하는 소(CC지방법원 2014구합32206, 이하, ’관련 행정사건‘이라 한다)를 제기하였다.

5) BB세무서장은 관련 행정사건의 계속 중에 2013. 6. 17. 자 처분에서 2010~2012 사업연도 법인세와 관련하여 손금에 불산입하였던 후순위대출약정에 정해진 이율에 따른 이자와 당좌대출이자율에 따른 이자의 차액을 손금에 산입하여 2018. 10. 12. 다음 표 기재와 같이 2010~2012 사업연도 소득금액(또는 결손금)을 경정하고 2013. 6. 17. 자 처분을 취소하였다(BB세무서장이 2012 사업연도 법인세 경정처분 중 선순위대출약정에 관한 부분까지 취소한 것은 아니나, 후순위대출약정에 관한 부분을 취소하는 것만으로도 결손금이 발생하게 되어 전부가 취소되게 되었다).

6) CC지방법원은 관련 행정사건에서 BB세무서장이 2013. 6. 17. 자 처분을 취소하였다는 이유로 2018. 12. 21. 원고가 제기한 소를 각하하는 판결을 하였고, 해당 판결은 2019. 1. 10. 확정되었다.

라. 원고의 2013, 2014 사업연도에 관한 법인세 신고와 경정청구 및 BB세무서장의 거부처분

1) 원고는 2013. 6. 17. 자 처분의 취지에 따라 2013, 2014 사업연도에 관한 법인세를 신고하면서 다음 표 기재와 같이 선순위․후순위대출약정에 따라 지급한 이자 중 당좌대출이자율에 따른 금액을 초과하는 부분(2014 사업연도의 경우 2014. 4. 29.까지 발생한 이자이다)을 손금에 불산입하여 2013 사업연도의 결손금을 4,802,968,367원으로, 2014 사업연도의 소득금액을 14,432,913,277원으로 각각 신고하였다.

2) 원고가 2010~2014 사업연도 법인세와 관련하여 최초 신고한 각 사업연도 소득금액(또는 결손금)을 정리하면 다음 표 기재와 같다.

3) 원고는 2019. 4. 1. 원고가 2013, 2014 사업연도 법인세를 신고하면서 선순위․후순위대출약정에 따라 지급한 이자 중 당좌대출이자율에 따른 금액을 초과하는 부분을 손금불산입한 것이 위법하고, 선순위․후순위대출약정에 정해진 이율에 따른 이자와 당좌대출이자율에 따른 이자의 차액을 손금에 산입할 경우의 정당한 과세표준과 세액이 다음 표 ’경정청구에 따른 과세표준․세액‘란 기재와 같다는 이유로 BB세무서장에게 2013, 2014 사업연도의 과세표준을 경정하고 2014 사업연도의 납부할 세액을 817,338,215원으로 경정하여 2014 사업연도 법인세 1,088,650,767원(= 1,905,988,982원 – 817,338,215원)을 환급해 줄 것을 구하는 경정청구를 하였다(이하, ’이 사건 경정청구‘라 한다).

4) BB세무서장은 2019. 5. 30. ’2013, 2014 사업연도 후순위대출금 지급이자 중 당좌대출이자율을 적용한 이자상당액을 초과하는 부분은 손금 산입하나, 부당행위계산 부인대상은 선순위대출약정 체결 당시뿐만 아니라 그 이후 이자를 지급할 당시를 기준으로 판단하여야 하므로, 2012~2014 사업연도 선순위대출금 지급이자 중 당좌대출이자율을 적용한 이자상당액을 초과하는 부분은 당초 신고 내용과 같이 손금에 불산입한다‘는 이유로 원고에게 다음 표 ’2019. 5. 30. 자 처분‘란 기재와 같이 2013, 2014 사업연도 법인세를 경정․고지하였다[2014 사업연도 법인세 환급액 791,307,912원(= 1,905,988,982원 – 1,114,681,070원), 이하, 위 처분 중 BB세무서장이 이 사건 경정청구 중 거부한 부분(다음 표 ’경정거부부분‘)을 ‘이 사건 처분’이라 한다].

5) 이 사건 경정청구와 이 사건 처분을 각 사업연도 소득금액(또는 결손금)을 기준으로 살펴보면, 이 사건 경정청구는 다음 표 기재와 같이 ① 2012 사업연도 결손금을 6,310,102원에서 662,263,501원(= 6,310,102원 + 선순위대출금 손금불산입액 655,953,399원)으로 증액하고 ② 2013 사업연도 결손금을 4,802,968,367원에서 7,284,510,857원(= 4,802,968,367원 + 선순위대출금 손금불산입액 610,408,492원 + 후순위대출금 손금불산입액 1,871,133,998원)으로 증액하며 ③ 2014 사업연도 사업소득을 14,432,913,277원에서 13,601,219,943원으로 감액(= 14,432,913,277원 – 선순위대출금 손금불산입액 221,652,386원 – 후순위대출금 손금불산입액 610,040,948원)할 것을 구하는 취지이고, 이 사건 처분은 ① 2012 사업연도 결손금의 증액 청구(선순위대출금 손금불산입액 655,953,399원)를 거부하고(이하, ‘2012 사업연도 경정거부 부분’이라 한다) ② 2013 사업연도 결손금 증액 청구 중 선순위대출금 손금불산입액 610,408,492원 부분을 거부하며(이하, ‘2013 사업연도 경정거부 부분’이라 한다) ③ 2014 사업연도 사업소득 감액 청구 중 선순위대출금 손금불산입액 221,652,386원 부분을 거부한 취지이다(이하, ‘2014 사업연도 경정거부 부분’이라 한다).

마. 전심절차 경유

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 8. 22. 감사원에 심사청구를 하였으나, 심사청구가 2021. 5. 6. 기각되었다.

바. 사무의 승계

｢국세청과 그 소속기관 직제｣ [별표 1]이 CC지방국세청에 BB세무서가 소속된 것으로 규정하였다가 2022. 2. 22. CC지방국세청에 BB세무서를 대신하여 AA세무서가 소속된 것으로 개정(대통령령 제32478호)되어 2022. 4. 22. 시행됨에 따라 피고가 BB세무서장으로부터 이 사건 처분에 관한 사무를 승계하였다. 【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4에서 7호증, 갑 제8호증의 1, 2, 3, 갑 제9호증, 갑 제10호증의 1, 2, 3, 갑 제11호증, 갑 제12호증의 1, 2, 갑 제13호증의 1, 2, 3, 갑 제14, 15, 17에서 21호증, 갑 제22호증의 1, 2, 갑 제23,25호증, 갑 제26호증의 1, 2, 3, 을 제1, 2, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장

가. 원고

다음 사유로 이 사건 처분은 위법하다.

1) 선순위대출약정 체결 행위 관련

구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제88조 제2항이 ‘제1항의 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인간의 거래에 대하여 적용한다’고 규정하고 있으므로, 구 법인세법 제52조 를 적용하기 위해서는 행위 당시 당해 법인과 거래상대방이 특수관계에 있어야 하고, 부당행위계산인지 여부도 행위 당시를 기준으로 판정하여야 한다.

그런데 선순위대출약정 당시 원고와 ◇◇중앙회는 특수관계에 있지 않았고, 원고는 선순위대출약정 당시의 당좌대출이자율(연 8.5%)을 고정금리로 정하였을 뿐이어서 부당행위계산에 해당하지 않으므로, 선순위대출약정 이후에 ◇◇중앙회가 원고의 특수관계인이 되었고 당좌대출이자율이 인하되었다는 사정만으로 행위 당시 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않았던 행위를 당좌대출이자율 인하 이후 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 것으로 보아 구 법인세법 제52조 를 적용하는 것은 위법하다.

2) 이자지급행위 관련

① 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 에 규정된 ‘제7호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정하는 경우’는 제7호에 준하는 경우를 말하는 것일 뿐 제7호에 해당하는 사유 자체를 의미하는 것은 아닌 점, ② 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 부터 제8의2호까지는 모두 거래 당시를 기준으로 부당행위계산 부인 대상 여부를 판단하는데, 제9호의 경우에만 금전 지급 시를 기준으로 판단할 이유가 없는 점 등에 비추어, 원고의 이자지급행위 또한 부당행위계산 부인대상 행위에 해당하지 않는다.

나. 피고

다음 사유로 이 사건 처분은 적법하다.

1) 선순위대출약정 체결이 부당행위계산 부인 대상에 해당

① 원고는 2010. 3. 29. ○○○캐피탈과 사이에 선순위대출약정을 하였고, ○○○캐피탈은 같은 날 선순위대출약정상 채권을 ◇◇중앙회에 양도하였으므로, ◇◇중앙회가 사실상 계약의 당사자로서 협상 과정에 참여하였다거나 최소한 계약 체결 과정에 영향을 미쳤다고 봄이 합리적인 점, ② 원고가 이자를 지급한 2012~2014 사업연도 당시 ◇◇중앙회가 원고의 주주였던 점 등에 비추어, 원고와 ◇◇중앙회는 특수관계에 있었다고 보아야 한다.

또한, ① 선순위대출약정은 원고로 하여금 원금을 상환하는 것과는 별개로 갚지 않은 원금에 대한 이자를 ◇◇중앙회에 지급하도록 강제하고 있어, 차주가 대주에게 원금과 이자를 한 번에 상환하고 상환한 이자를 제외한 나머지 원금을 같은 이율로 차용하는 것과 실질적으로 같은 효과를 발생시키므로, 선순위대출약정과 같이 대출금의 변제기가 장기인 경우 원고의 각 사업연도의 이자 지급 당시를 기준으로 부당행위계산부인 대상에 해당하는지 판단할 수 있는 점, ② 선순위대출약정 당시 원고와 ◇◇중앙회 사이에 특별한 사정(◇◇중앙회가 선순위대출약정 당시 원고 발행주식 전부를 양수한 양수인의 지위에 있었고, 원고가 11년에 걸쳐 선순위대출금을 변제하기로 약정)이 있었던 점, ③ 2009년부터 2011년까지 사이에 시중금리는 가장 높은 이율이 연 5.81%였고, 시중금리가 하락 추세였으며, 원고가 이자를 지급한 과세기간 동안의 당좌대출이자율이 연 6.9%였으므로, 원고는 다른 금융기관으로부터 저리로 대출을 받아 기한 전에 선순위대출금을 변제하거나 ◇◇중앙회를 상대로 금리를 낮출 수 있었던 점, ④ 이 사건 사업은 최소운영수입보장방식으로 CC광역시가 추정통행료 수입의 73.9%를 보전해 주어 원고에 대한 채권을 회수하지 못할 위험성이 매우 낮았던 점, ⑤ 선순위대출금채권에 대하여 관리운영권에 관한 근저당권이 설정되는 등 담보가 설정되어 있었던 점, ⑥ 선순위대출금의 적정 이율을 연 7.25%로 보아 보장기준 통행료수입(MRG)이 결정된 점 등에 비추어, 원고가 특수관계인인 ◇◇중앙회로부터 연 8.5%라는 고율의 고정금리로 대출받는 내용의 선순위대출약정을 체결한 것은 부당행위계산 부인 대상에 해당한다.

2) 이자지급행위가 부당행위계산 부인 대상에 해당

설령 원고의 선순위대출약정 체결이 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않더라도, 원고의 이자지급행위는 특수관계인인 ◇◇중앙회에게 법인의 이익을 분여하기 위한 불가분적 행위로, 구 법인세법 시행령 제88조 1항 제9호 에 규정된 ‘구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호 에 준하는 행위 또는 법인의 이익을 분여하는 행위’에 해당한다.

3. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단

가. 당사자들의 주장

1) 피고

가) 이 사건 경정청구 중 2012 사업연도 결손금 증액경정청구 관련

2012 사업연도 결손금은 2014 사업연도 소득금액에서 이월결손금으로 공제되므로 2012 사업연도 결손금액에 따라 2014 사업연도 법인세 과세표준․세액이 달라지는데, 원고는 2012 사업연도 결손금이 662,263,501원임을 전제로 2014 사업연도 법인세 과세표준․세액의 경정을 구하고 있다. 그리고 2010. 1. 1. 이후 최초로 과세표준을 신고한 사업연도에 발생한 결손금에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우에는 납세의무자로서는 해당 처분의 적법성을 다투지 않는 이상 그 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다.

그런데 2013. 6. 17. 자 처분에 관한 납세고지서(갑 제11호증)에는 2012 사업연도의 과세표준(1,869,950,292원)이 기재되어 있고, 이처럼 과세표준이 양수로 기재된 이상 그 자체로 원고가 2012 사업연도 결손금으로 신고한 662,263,501원이 전액 감액되었음을 의미하므로, 위 납세고지서의 통지를 통해 결손금 감액경정처분이 원고에게 통지되었다고 보아야 한다. 이처럼 BB세무서장이 2013. 6. 17. 2012 사업연도 결손금 감액경정처분을 한 이상, 원고로서는 관련 행정사건에서 위 결손금 감액경정처분의 적법성을 다투었어야 한다. 그러나 원고는 관련 행정사건에서 2012 사업연도 결손금의 증액경정을 구하지 않았고, 관련 행정사건의 결과 2012 사업연도 결손금은 6,310,102원으로 확정되었다. 따라서 이 사건 소 중 2012 사업연도 경정거부 부분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

나) 이 사건 경정청구 중 2013 사업연도 결손금 증액경정청구 관련

2013 사업연도 결손금 증액경정청구를 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘구 국세기본법’이라 한다) 제45조의2 제1항에 따른 경정청구로 볼 경우 원고가 법인세 신고기한(2014. 3. 31.)으로부터 경정청구 청구기간(5년)이 도과한 후인 2019. 4. 1. 경정청구를 하여 부적법하고, 원고가 관련 행정사건의 판결 확정일로부터 3개월 내에 구 국세기본법 제45조의2 제2항 에 따라 경정청구를 한 것으로 보더라도 위 판결에서 선순위대출약정에 따른 이자에 관한 판단이 이루어지지 않은 이상 후발적 경정청구사유가 발생하였다고 볼 수 없어 역시 부적법하다. 따라서 이 사건 소 중 2013 사업연도 경정거부 부분의 취소를 구하는 부분 역시 부적법하다.

2) 원고

① 2013. 6. 17. 자 처분에 관한 납세고지서에 기재된 법인세 과세표준은 산출세액 계산을 위한 것으로서 결손금 감액경정의 의미나 효력을 갖는 것이 아니므로, 위 납세고지서가 결손금 감액경정처분으로서의 효력을 가진다고 볼 수 없는 점, ② 위 납세고지서에는 결손금 감액 여부 및 그 정도가 기재되어 있지 않으므로, 설령 위 납세고지서에 따라 원고가 신고한 결손금이 감액되었다는 것을 알 수 있었다 하더라도 위 납세고지서의 송달로서 결손금 감액경정처분이 송달되었다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어, 원고가 2012 사업연도 결손금에 관한 경정청구권을 행사하는 데 어떠한 지장이 있다고 볼 수 없다.

피고는 경정청구기한이 2019. 3. 31.까지라는 전제에 서 있으나, 2019. 3. 31.은 일요일이었으므로, 원고가 경정청구기한이 지난 후 이 사건 경정청구를 하였다고 볼 수 없다.

나. 이 사건 소 중 2012 사업연도 경정거부 부분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

1) 관련 법리

경정거부처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이고(대법원 2022. 2. 10. 선고 2019두50946 판결 등 참조), 과세관청이 납세의무자의 결손금 증액경정청구에 대하여 전부나 일부를 거부한 경우 납세의무자는 그 거부처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기할 수 있다(대법원 2009. 7. 23. 선고 2007두21297 판결 참조).

2) 판단

앞서 본 처분의 경위에 따르면, 원고는 2019. 4. 1. BB세무서장에게 2013 사업연도의 과세표준을 당초 신고한 –4,802,968,367원에서 –9,414,528,868원 (2010~2013 사업연도의 결손금을 합한 금액)으로 경정하고 2014 사업연도의 과세표준을 9,629,944,910원에서 4,186,691,075원(2014 사업연도 소득금액 14,432,913,277원에서 위 이월결손금 9,414,528,868원 등을 공제한 금액)으로 경정할 것을 청구하였으므로, 2012 사업연도 결손금이 원고가 주장하는 662,263,501원인지 아니면 피고가 주장하는 6,310,102원인지 여부는 2013 사업연도의 과세표준 및 2014 사업연도 과세표준․세액에 영향을 미친다.

그런데 아래 다항에서 보듯 이 사건 경정청구 중 2013 사업연도 법인세 과세표준에 대한 경정청구가 구 국세기본법 제45조의2 제1항 에 규정된 경정청구기한(법정신고기한 후 5년) 내에 이루어졌고 2014 사업연도 법인세 과세표준․세액에 대한 경정청구 역시 경정청구기한 내에 이루어진 이상 원고로서는 2013 사업연도 과세표준 및 2014 사업연도 과세표준․세액의 경정을 구할 수 있다고 보아야 하고, 2013 사업연도 과세표준 및 2014 사업연도 과세표준․세액의 경정을 구할 수 있는 이상 원고는 2013 사업연도와 2014 사업연도 이월결손금의 증액을 구할 수 있다고 보아야 하며, 다만 해당 이월결손금을 다투는 과정에서 2012 사업연도 결손금의 증액을 주장할 수 있는지 여부는 본안판단사항이라고 보아야 하므로, 피고의 이 부분 항변은 이유 없다.

다. 이 사건 소 중 2013 사업연도 경정거부 부분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

앞서 본 처분의 경위에 따르면, 원고는 2013 사업연도 법인세의 법정신고기한(2014. 3. 31.)이 지난 후 5년 이내인 2019. 4. 1. 이 사건 경정청구를 하였으므로[경정청구기한은 2019. 3. 31.까지이나, 2019. 3. 31.이 일요일이므로 2019. 4. 1.이 경정청구기한의 종기가 된다(구 국세기본법 제5조 )], 이 사건 경정청구 중 2013 사업연도 법인세 과세표준에 대한 경정청구 부분이 청구기간을 도과하였다고 볼 수 없다. 따라서 피고의 이 부분 항변 역시 이유 없다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관계 규정

별지 기재와 같다.

나. 이 사건 처분 중 2012 사업연도 경정거부 부분의 적법 여부(원고가 2012 사업연도 결손금의 증액을 주장할 수 있는지 여부)

2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 법인세법 제13조 는 “내국법인의각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각 호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.”라고 규정하면서, 제1호에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로 공제한다고 규정하고 있었다.

그런데 법률 제9898호로 일부 개정되어 2010. 1. 1. 시행된 법인세법은 제13조 제1호 후문으로 “이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정․경정되거나, 국세기본법 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다.”라는 규정을 신설하였다. 위와 같이 개정된 법인세법 제13조 제1호 후문 규정은 원칙적으로 공제가 가능한 이월결손금의 범위를 신고․경정 등으로 확정된 결손금으로 축소하여 법적 안정성을 도모하기 위한 것이다. 이와 같은 관련 규정의 개정 경위와 법인세법 제13조 제1호 후문의 문언 및 입법 취지 등에 비추어 보면, 개정된 법인세법이 시행된 2010. 1. 1. 이후 최초로 과세표준을 신고한 사업연도에 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다고 보아야 한다(대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결 참조).

2) 이 부분의 쟁점

위 법리에 따르면, 2010. 1. 1. 이후 최초로 과세표준을 신고한 사업연도에 발생한 결손금 등에 대하여 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 결손금과 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없다.

그리고 앞서 본 처분의 경위에 따르면, 원고는 2012 사업연도에 관한 법인세를 신고하면서 선순위대출약정에 따라 지급한 이자 3,484,752,433원을 손금에 산입하여 2012 사업연도 결손금을 662,263,501원으로 신고하였고, BB세무서장은 2013. 6. 17. 선순위․후순위대출약정에 정해진 이율에 따른 이자와 당좌대출이자율에 따른 이자의 차액 합계 2,532,213,793원을 손금불산입하여 2012 사업연도 소득금액을 1,869,950,292원으로 경정하여 원고에게 2012 사업연도 법인세 79,998,040원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(2013. 6. 17. 자 처분).

그런데 피고는 2013. 6. 17. 자 처분에 관한 납세고지서를 통해 2012 사업연도 결손금 감액경정처분을 통지하였다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 위 납세고지서가 결손금 감액경정처분으로서의 효력을 가진다거나 위 납세고지서의 송달로서 결손금 감액경정처분이 송달되었다고 볼 수 없다고 다투므로, 이 부분의 쟁점은 2013. 6. 17. 자 처분에 관한 납세고지서 통지가 2012 사업연도 결손금 감액경정처분의 통지에 해당하는지 여부이다.

3) 2013. 6. 17. 자 처분에 관한 납세고지서 통지가 2012 사업연도 결손금 감액경정처분의 통지에 해당하는지 여부

가) 관계 규정의 내용

구 법인세법 제70조 는 납세지 관할 세무서장은 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 이를 그 내국법인에 알려야 한다고 규정하고 있고, 구 법인세법 제70조 의 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제109조 제1항 은 납세지 관할 세무서장은 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 하고 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지하여야 한다고 규정하고 있으며, 구 법인세사무처리규정(2013. 12. 27. 국세청훈령 제2026호로 개정되기 전의 것) 제77조는 세무서장은 납부할 세액이 없는 경우에는 ‘법인세과세표준 등 결정(경정)통지서’(별지 제9호 서식)로 통지하여야 한다고 규정하고 있다.

나) 판단

갑 제11호증의 기재에 따르면, 2013. 6. 17. 자 처분에 관한 납세고지서에 2012 사업연도 법인세의 과세표준이 ‘1,869,950,292원’으로, 고지세액이 ‘79,998,040원’ 으로 기재되어 있는 사실이 인정된다.

앞서 본 처분의 경위와 위 인정 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어 보면, BB세무서장은 2013. 6. 17. 자 처분의 납세고지서를 원고에게 송달함으로써 2012 사업연도 결손금 감액경정처분도 함께 통지하였다고 판단된다.

⑴ 원고는 2012 사업연도에 관한 법인세를 신고하면서 선순위․후순위대출약정에 따라 지급한 이자를 손금에 산입하여 2012 사업연도 발생 결손금을 662,263,501원으로 신고하였고, BB세무서장은 2013. 6. 17. 선순위․후순위대출약정에 정해진 이율에 따른 이자와 당좌대출이자율에 따른 이자의 차액 합계 2,532,213,793원을 손금불산입하여 2012 사업연도 과세표준을 1,869,950,292원(= 2,532,213,793원 – 662,263,501원)으로 경정․고지하였다.

⑵ BB세무서장은 2013. 6. 17. 자 처분에 관하여 납세고지서를 원고에게 송달하였는데, 해당 납세고지서에는 2012 사업연도 과세표준이 1,869,950,292원으로 기재되어 있으므로, BB세무서장은 해당 납세고지서를 통해 원고가 당초 신고한 2012 사업연도 결손금(662,263,501원)을 초과하는 이자 차액(2,532,213,793원)을 손금불산입함에 따라 2012 사업연도 소득이 결손금 662,263,501원에서 소득 1,869,950,292원으로 경정되었다는 점, 즉 원고가 당초 신고한 결손금을 모두 감액하였다는 의사를 외부에 표시하였다고 보아야 한다.

⑶ 구 법인세법 시행령 제109조 제1항 , 구 법인세사무처리규정(2013. 12. 27. 국세청훈령 제2026호로 개정되기 전의 것) 제77조에 따르면, 납세지 관할세무서장은 과세표준과 세액이 있는 경우에는 납세고지서를 통해 고지하여야 하고, 반면 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 ‘법인세과세표준 등 결정(경정)통지서’로 통지하여야 한다. 그런데 BB세무서장이 2013. 6. 17. 경정한 2012 사업연도 과세표준은 1,869,950,292원, 세액은 79,998,040원으로 과세표준과 세액이 있는 경우에 해당하므로, BB세무서장으로서는 2013. 6. 17. 자 처분 및 2012 사업연도 결손금 감액경정처분을 납세고지서를 통해 고지할 수밖에 없었을 것으로 보이고, 달리 과세표준과 세액이 있는 경우에 결손금 감액경정처분을 별도의 서식을 통해 통지하도록 하는 규정을 찾아볼 수 없다.

4) 소결

위에서 본 것과 같이 피고는 2013. 6. 17. 원고의 2012 사업연도 결손금 662,263,501원을 0원으로 경정하는 처분을 하였고, 2018. 10. 12. 결손금 0원을 다시 6,310,102원으로 경정하는 처분을 하였다.

앞에서 살핀 법리에 따르면, 2013. 6. 17. 자 결손금 감액경정처분 중 남아 있는 655,953,399원 부분(= 662,263,501원 – 6,310,102원, 2012 사업연도 선순위대출에 따른 손금 불산입액 부분임)에 대하여는 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투었어야 하고, 구 법인세법 제13조 제1호 후문이 신고하거나 결정․경정된 결손금만 이월결손금으로 과세표준에 반영할 수 있게 한 취지를 고려하면, 원고가 2013 및 2014 사업연도의 과세표준 및 세액 결정을 다투는 과정에서 이미 경정청구기한이 지나고 다툴 수 없게 된 2012 사업연도 결손금 부분은 다툴 수 없다고 보아야 한다.

따라서 2012 사업연도 결손금 부분에 대한 원고의 경정청구는 이유 없고, 이에 대한 피고의 거부처분은 정당하다.

다. 이 사건 처분 중 2013, 2014 사업연도 경정거부 부분의 적법 여부(2013, 2014 사업연도 선순위대출약정에 따른 이자와 당좌대출이자율에 따른 이자의 차액의 손금산입 여부)

1) 원고의 선순위대출약정 체결 행위가 부당행위계산 부인 대상에 해당하는지 여부

가) 선순위대출약정 당시 원고와 ◇◇중앙회가 특수관계에 있었는지 여부

구 법인세법 제52조 제1항 은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 은 ‘대통령령으로 정하는 특수관계인’은 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자를 말한다고 규정하면서, 제1호에서 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자를, 제2호에서 주주 등(소액주주 등을 제외한다)을 규정하고 있다.

앞서 본 처분의 경위에 따르면, ◇◇중앙회는 선순위대출약정 체결일(2010. 3. 29.) 이후인 2010. 4. 9. 원고의 최대주주로 변경되었으므로, 선순위대출약정 체결 당시에는 ◇◇중앙회는 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제2호 에 규정된 특수관계인에 해당하지는 않았던 것으로 보인다.

그러나 한편으로 앞서 본 처분의 경위에 따라 인정되는 다음 사정 즉, ① □□□자산운용은 □□□만□□□사모특별자산투자신탁(대출채권)을 통해 원고에 대해 투자를 하기로 하였고, ◇◇중앙회가 □□□만□□□사모특별자산투자신탁(대출채권)의 신탁업자가 된 점, ② ◇◇중앙회는 선순위대출약정이 체결되기 전인 2009. 5. 4. 원고의 기존 주주들로부터 원고 발행주식 6,700,000주를 모두 양수하기로 하는 내용의 계약을 이미 체결하였던 점, ③ 원고가 자본시장법 제83조 제4항 6)의 제한으로 인해 □□□자산운용, ◇◇중앙회가 원고에게 직접 선순위대출금을 대출하지 못하고 ○○○캐피탈로부터 대출금채권을 양수하는 방법으로 원고에게 선순위대출금을 대출하였다는 취지로 주장하는 점(2022. 5. 23. 자 준비서면) 등에 비추어 보면, ◇◇중앙회는 선순위대출약정 당시 원고의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있었다고 인정되므로, ◇◇중앙회는 선순위대출약정 당시 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 제1호 에 규정된 특수관계인에는 해당한다고 봄이 타당하다.

나) 원고의 선순위대출약정 체결 행위가 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지 여부

6) 제83조(금전차입 등의 제한) ④ 집합투자업자는 집합투자재산을 운용함에 있어서 집합투자재산 중 금전을 대여(대통령령으로 정하는 금융기관에 대한 30일 이내의 단기대출을 제외한다)하여서는 아니 된다.

⑴ 관련 법리

구 법인세법 제52조 의 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 것으로 인정되는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위 또는 계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 특수관계인이 아닌 자 사이의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조).

한편 부당행위계산 부인을 적용할 때 기준이 되는 구 법인세법 제52조 제2항 의 시가에 관하여 정하고 있는 구 법인세법 시행령 제89조 제3항 은, 부당행위계산의 유형 중 하나인 ‘금전을 시가보다 높은 이율로 차용하는 경우’에는 ‘가중평균차입이자율이나 당좌대출이자율을 시가로 한다’고 규정하고 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 위 규정에서 정한 이자율을 그 시가로 보아야 한다(대법원 2018. 10. 25. 선고 2016두39573 판결 참조).

부당행위계산의 판단 시기는 그 행위 시를 기준으로 하여야 할 것인데, 금전대여 당시 당좌대출이자율 또는 그 이상으로 금전을 대여하여 부당행위계산 부인의 대상이 아니었던 금전대여가 이후 당좌대출이자율이 변동되었다는 사정만으로 부당행위계산 부인의 대상으로 변한다고 하는 것은 불합리하다(대법원 2007. 9. 20. 선고 2006두1647 판결 참조).

⑵ 인정 사실

을 제5, 6호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음 사실이 인정된다.

㈎ 선순위대출약정을 전후한 2005년부터 2014년까지의 시장금리는 다음 표 기재와 같다.

㈏ 선순위대출약정을 전후한 2005년부터 2014년까지의 예금은행 대출금리는 다음 표 기재와 같다.

⑶ 판단

원고, ○○○캐피탈, □□□자산운용이 2010. 3. 29. 원고가 ○○○캐피탈로부터 이율을 연 8.5%의 고정금리로 하여 장기대출을 받는 내용의 선순위대출약정을 체결하면서 원고가 ○○○캐피탈에게 부담하는 모든 채무를 담보하기 위하여 원고의 예금채권에 근질권을 설정하고 관리운영권에 근저당권을 설정하는 등의 방법으로 ○○○캐피탈에게 담보를 제공하고, 원고가 원금불균등분할상환 방식으로 대출금을 상환하되 기한 전 상환수수료로 해당 상환원금의 0.75%를 지급하고 기한 전에 대출금을 상환할 수 있다고 약정한 사실은 앞서 본 바와 같고, 당좌대출이자율은 원고가 선순위대출약정을 할 당시에는 구 법인세법 시행규칙(2012. 2. 28. 기획재정부령 제266호로 개정되기 전의 것) 제43조 제2항에 규정된 연 8.5%였다가 이후 법인세법 시행규칙의 개정으로 그보다 낮은 연 6.9%로 변경되기는 하였다.

그러나 앞서 본 처분의 경위와 인정 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 사정에 비추어 보면, 원고가 연 8.5%의 고정금리로 대출을 받는 내용의 선순위대출약정을 체결한 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것이라고 볼 수는 없다고 봄이 타당하다.

㈎ 구 법인세법 시행령 제88조 제2항 은 부당행위계산 부인은 그 행위 당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래에 대하여 적용한다고 규정하고 있고, 앞서 본 관련 법리에서 보듯 부당행위계산의 판단 시기는 그 행위 시를 기준으로 하여야 하므로, 원고의 선순위대출약정 체결 행위가 구 법인세법 제52조 에 규정된 부당행위계산 부인 대상에 해당하는지 여부는 그 이율을 확정짓는 합의가 이루어진 거래 당시(선순위대출약정 시)를 기준으로 판단하여야 한다.

이에 대하여 피고는 대법원 2018. 10. 25. 선고 2016두39573 판결을 근거로 선순위대출약정과 같이 대출금의 변제기가 장기인 경우 원고가 각 사업연도의 이자를 지급할 당시를 기준으로 부당행위계산 부인 대상에 해당하는지 판단할 수 있다고 주장하나, 위 판결은 원고가 1999. 12. 3. ○○공제회로부터 이율을 연 13.06%로 하여 대출을 받는 계약을 체결한 뒤 2009년부터 2012년까지 ○○공제회에 이자를 지급하였는데, 피고가 원고가 특수관계인인 ○○공제회로부터 금전을 시가보다 높은 이율로 빌렸다고 보아 위 이율로 지급된 이자와 당좌대출이자율(2009~2011년 연 8.5%, 2012년 연 6.9%)로 계산한 이자의 차액을 손금불산입하여 2009~2012 사업연도 법인세를 경정한 사안으로, ① 원고가 대출약정 당시의 당좌대출이자율(연 11%)보다 높은 이율(연 13.06%)을 정한 점, ② 약정이율(연 13.06%)과 원고의 이자지급시기(2009~2012년) 당시의 당좌대출이자율(연 8.5%, 연 6.9%)의 차이가 약 4.5~6%로 큰 점(과세관청은 약정이율이 당좌대출이자율보다 약 2~4% 높았던 2008 사업연도까지는 원고가 지급한 이자를 손금에 불산입하지 않았다), ③ 원고의 대출약정체결 시기(1999년)와 이자지급시기(2009~2012년)의 시간적 간격이 10년 이상으로 긴 점 등이 이 사건과 사실관계가 달라 위 판결을 이 사건에 그대로 원용할 수 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

㈏ 앞서 본 대로 부당행위계산의 유형 중 하나인 ‘금전을 시가보다 높은 이율로 차용하는 경우’에 있어 시가는 특별한 사정이 없는 한 당좌대출이자율이 되는데, 원고는 선순위대출약정을 하면서 당시 적용되던 당좌대출이자율(연 8.5%)과 같은 연 8.5%의 고정금리를 이율로 정하였으므로, 원고가 시가보다 높은 이율로 대출을 받았다고 볼 수 없다.

앞서 본 대로 선순위대출약정 이후 당좌대출이자율이 연 8.5%에서 연 6.9%로 인하되기는 하였으나, 선순위대출약정 당시 당좌대출이자율로 대출을 받아 부당행위계산 부인 대상이 아니었던 금전차용이 이후 당좌대출이자율이 인하되었다는 사정만으로 부당행위계산 부인 대상으로 변한다고 하는 것은 불합리하다.

㈐ 선순위대출약정을 전후한 2005년부터 2014년까지의 시장금리 및 예금은행 대출금리를 살펴보면, 시장금리 중 국고채 3년(평균), 국고채 5년(평균), 국고채 10년(평균), 회사채 3년(평균)은 2005년부터 2008년까지는 상승하다가 2009년부터 2014년까지는 하락한 것을, 시장금리 중 CD 91물(평균), 콜금리(1일물, 평균)는 2005년부터 2008년까지 상승하다가 2009년 하락하였다가 2010년 다시 상승한 것을, 시장금리 중 기준금리는 2005년부터 2007년까지 상승하다가 2008년부터 2009년까지 하락하였다가 2010년 다시 상승한 것을 확인할 수 있고, 예금은행 대출금리는 2005년부터 2008년까지 상승하다가 2009년부터 2010년까지는 하락한 것을 확인할 수 있다.

이처럼 선순위대출약정 체결에 앞선 2005년부터 2008년까지 시장금리 및 예금은행 대출금리가 대체로 상승하였던 점, 특히 시장금리 중 CD 91물(평균), 콜금리(1일물, 평균), 기준금리는 선순위대출약정이 체결된 2010년 상승하기도 하였던 점 등에 비추어, 원고가 선순위대출약정을 체결할 당시 2010년 이후 시장금리 및 예금은행 대출금리가 하락할 것이라는 점을 예측할 수 있었다고 볼 수도 없다.

㈑ 피고는 2010. 3.경 작성된 ‘자금재조달 관련 협상 안건’이라는 문서에 아래 글상자와 같이 기재되어 있는 것을 근거로 선순위대출금 적정 이율이 연 7.25%라는 전제에서 보장기준 통행료수입(MRG)이 최종 결정되었다고 주장하나, 아래 글상자에 기재된 내용만으로 원고와 CC광역시가 선순위대출약정에서 이율을 연 7.25%로 정한다는 전제에서 MRG율을 73.90%로 정한 것이라고 단정할 수는 없다.

2) 원고의 이자지급행위가 부당행위계산 부인 대상에 해당하는지 여부

앞서 본 처분의 경위와 관계 규정의 내용 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 사정에 비추어 보면, 원고의 이자지급행위가 부당행위계산 부인 대상에 해당한다고 볼 수 없다.

가) 구 법인세법 제52조 제1항 에 규정된 거래에 따른 부인 대상 중 ‘행위’란 대외적으로 법률효과를 발생시키는 법률행위를 가리키는데, 원고가 ◇◇중앙회에 이자를 지급한 행위는 선순위대출약정을 이행하기 위한 사실행위에 불과하여 법률행위에 해당하지 않으므로, 원고의 이자지급행위가 부당행위계산 부인 대상에 해당한다고 볼 수 없다.

나) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 은 부당행위계산 부인 대상으로 ‘금전을 시가보다 높은 이율로 차용한 경우’(제7호) 및 ‘그 밖에 제7호에 준하는 행위 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’(제9호)를 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호 에 규정된 행위는 금전소비대차계약 체결 행위인 반면, 이자지급행위는 금전소비대차계약에서 정해진 이자를 지급하는 행위에 불과하므로 이를 두고 제88조 제1항 제9호에 규정된 ‘제7호에 준하는 행위’에 해당한다고 보기 어렵다.

다) 앞서 본 대로 원고는 선순위대출약정을 하면서 기한 전 상환수수료로 해당 상환원금의 0.75%를 지급하고 기한 전에 대출금을 상환할 수 있다고 약정하였고, 당좌대출이자율이 선순위대출약정 이후 연 8.5%에서 연 6.9%로 인하되어 결과적으로 선순위대출약정에서 정해진 이율보다 낮아지기는 하였다.

그러나 ① 2013년과 2014년은 선순위대출약정 시점으로부터 3년 내지 4년이 경과한 시점이었고 2012년 이후 당좌대출이자율이 변경되어(기존 연 8.5%에서 연 6.9%로 변경) 그 차이가 연 1.6% 정도 생기게 되었던 점, ② 앞서 본 2005년부터 2014년까지의 시장금리 및 예금은행 대출금리를 살펴보면, 2010년부터 2014년까지 대체로 하락하기는 하였으나 그 하락 정도는 0.18%[CD 91물(평균)]에서 1.67%[회사채 3년(평균)]로 크지 않고, 일부 금리[콜금리(1일물, 평균)]는 2010년에 비해 2014년에 오히려 상승하기도 한 점, 선순위대출금에 대한 기한 전 상환수수료율(0.75%), 신규 대출과정에서 발생하는 수수료 및 제반 비용 등을 종합하면, 원고가 다른 금융기관으로부터 대출을 받아 ◇◇중앙회에 선순위대출금을 기한 전에 상환하거나 ◇◇중앙회와 사이에 더 낮은 이율로 대출약정을 다시 체결하지 않은 채 선순위대출약정에 따른 이자를 지급한 행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것이라고 단정할 수도 없다.

라. 소결

이 사건 처분 중 2012 사업연도 결손금 655,953,399원 증액경정청구에 대한 거부처분은 적법하나, 2013 사업연도 결손금 610,408,492원 증액경정청구에 대한 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2014 사업연도 법인세와 관련하여 2013 사업연도 결손금 610,408,492원을 추가로 반영하고, 2014 사업연도 선순위대출약정과 관련한 221,652,386원을 손금 산입하면, 정당한 법인세 내역은 아래와 같이 948,268,895원으로 산정되므로, 피고가 원고의 2014 사업연도 법인세 경정청구에 대하여 한 166,412,175원(= 1,114,681,070원 – 948,268,895원)의 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.

5. 결론

원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.